3NUOA

Crystal structure of hiv-1 protease mutant l90m with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nuoA00
4LP9A 3QIHA 1G2KA 5P15A 4U8WA 1GKTA 5P8UA 5P17A 4B1DA 3GI4A 1T3RA 1HXBA 4KB9A 3S54A 5P7JA 4DJUA 5P5EA 3BXRA 5KOQA 2I0AA 1ZPKA 1DIFA 3U7SA 2IKOA 4Y43A 2ZJLA 1BAIA 3SQFA 5AHAA 1MERA 4Y54A 5P1LA 3O9BA 3NU3A 4YCKA 5BWYA 2IQGA 5P0WA 5P4XA 1LV1A 3MSKA 2VIYA 1FG6C 5SY3A 3QPJA 3D3TA 2JJIA 3NWXA 3OY4A 3H0BA 1MTBA 3IA9A 3OTSA 2G26A 3FNTA 5P7GA 5P7FA 5P6RA 3S45A 4IVTA 2R5PA 1M0BA 3G72A 5P0LA 3O9AA 2FMBA 1PPKE 2BBBA 5P5OA 4K4QA 5P2KA 5PEPA 4RVJA 5P1VA 5P72A 4A6CA 1K1TA 3OK9A 3KFNA 5P49A 1HVCA 4XX3A 5DR8A 5P7DA 1PSNA 4Q1WA 4RZ1A 5P18A 3CKPA 4B1CA 1VIKA 5P6VA 3VLBA 4B70A 3LPJA 3L5CA 3RTHA 4J1FA 5P74A 3O9HA 3OOZA 3O9EA 3QVCA 2AZBA 1IDBA 5OZ9A 3PVKA 4Y3PA 3ZKQA 2F3FA 5P4UA 3LIQA 3DCRA 4FS4A 4NKKA 3UDPA 2AOJA 2XFKA 4NPTA 9HVPA 2PQZA 5AGZA 5I3VA 5P02A 1NH0A 1ME6A 4L7GA 4H3IA 4J0TA 2JJJA 3WZ8A 2BPYA 4BEKA 5P1XA 4Y3XA 4EP2A 3F9QA 4OC6B 5P0VA 4Y58A 3UDKA 5OZ6A 1EPPE 1TZSA 4K8SA 5P40A 4HDPA 2ZJKA 3O9CA 3KN0A 1EC2A 4LAPA 5KQYA 3NR6A 5P6CA 3URIA 3JVWA 1QBRA 2R9BA 5P19A 4KUPA 2PH6A 1F34A 1HWRA 2QNQA 5P6PA 3SA4A 1LYWA 5ENKA 3TKGA 2UY0A 2HPFA 3EKQA 5HCOA 1SH9A 5P0OA 2V11C 1ODYA 5HE4A 5P8PA 4CPUA 2A4FA 3LPIA 2ZJNA 2G20A 3UDMA 5OZLA 5P2YA 1IZEA 2FS4A 5AHBA 4QJ6A 5P8OA 1T6EX 5P3CA 2VA7A 1PSAA 5P76A 3S43A 2Q15A 3KDDA 1HTGA 1EBZA 3BC4A 5DGWA 5P3SA 5P3IA 1MUIA 5P7LA 1UH9A 4YD6A 3K4VA 3EMYA 5P7NA 2QHCA 3HW1A 4GJ8A 3D1ZA 4DJRA 5OZ3A 5P7BA 4XXSA 5P48A 5P5ZA 2PSUA 4J1HA 5P41A 5P67A 1FMXA 5P4PA 2FGVA 3OUBA 4RRSA 3PRSA 4Y3EA 2ZJHA 3OU4A 3ZKXA 1LYAB 3BXSA 5P6SA 3MXDA 3KMXA 1HVLA 3IVIA 2XYEA 1LEEA 5P3EA 1W5YA 5P65A 5HU0A 2FDEA 4EJKA 4FM6A 3DUYA 3UQXA 5P8SA 4RCDA 3SFCA 3SKGA 3OADB 2BPWA 2HM1A 5P7XA 2AQUA 3KDCA 1FQ4A 2QI6A 2AOGA 2V00A 1D4LA 5P7MA 1HVHA 5DR3A 4J1IA 2PMAA 3HBOA 2G1YA 2NPHA 1A30A 2O40A 3L3AA 2O4LA 5OZHA 2B42A 4Z4XA 4ZPGA 5P54A 1APWE 2SAMA 3NDWA 5OZFA 1YG9A 2AOFA 2ZHTA 4QJ9A 5P3JA 1TCXA 4Y3RA 3VV7A 3NWQA 4BFDA 1MPPA 2V10C 3EKTA 2R43A 1DPJA 3BGCA 5P1YA 1E82E 4R91A 5OYVA 2JYSA 4OD9A 5P20A 3TPPA 1K6CA 2PSVA 3L5DA 2Q64A 4LL3A 4ZLSA 5E5KA 5P07A 4CP7A 5P08A 1FFFC 4I0HA 4FL8A 4NJTA 5P2UA 4CKUA 3EKWA 2F8GA 2RMPA 2AZ9A 3SAAA 5P86A 5OYQA 4GJDA 4ZEAA 1W51A 2BPVA 2RENA 5P6HA 5P7HA 3VG1A 2ZGAA 1SMRA 4Y3AA 1LYWB 4ZIPA 3WZ6A 2FLEA 2XFIA 4NPUA 2WL0A 4B00A 3OQDA 3LPKA 2ER9E 4Y36A 1B5FA 3HVPA 5J25A 3AUPA 1B6MA 2QI5A 4YD5A 5P3XA 2AZCA 2QMPA 5P2SA 5P89A 2B7ZA 1ZP8A 5KR1A 2P3AA 4PHVA 3UDNA 1BV9A 1GVTA 2ZYEA 5HCTA 4DPFA 4RRNA 3DV1A 3KT2A 5DQ5A 2VJ9A 5P2FA 3PI5A 3SM2A 5P5LA 5P5CA 2NNPA 4DH6A 1BXOA 1QBUA 3INHA 5P6QA 3K5DA 1PSOE 5P5NA 5DR0A 2QZLA 5HTZA 4DQFA 4J1CA 1MTRA 5P2NA 4ER4E 1E80E 3EC0A 3BUFA 4DQGA 1IIQA 1PPME 4Y3TA 3B80A 2HAHA 5OZ5A 5KOSA 5P0FA 2UXZA 4Y45A 1PFZA 3INDA 3QP0A 3N3IA 1EBKC 3EKVA 1OEWA 5OZEA 1ENTE 2VIEA 5P0QA 1BVEA 5P4DA 5OZDA 5P66A 4M8YA 5KAOA 1GVUA 1FGCC 3IXKA 1ZAPA 3I6OA 1FQXA 2BB9A 3EL5A 4Y53A 1AAQA 3RTMA 2O4PA 4L1AB 4RCFA 2Q63A 5P59A 4EXGA 5C9FA 1EAGA 3KFPA 5P7CA 5P2JA 5OZ2A 3ZLQA 1NSOA 3OXWA 3VYFA 3NXNA 1HPSA 4D8CA 4JECA 3MSLA 4J17A 6UPJA 3R4BA 5P34A 1NPAA 5P6DA 5OZGA 7UPJA 5P42A 1LS5A 2WF0A 3QBHA 1BDLA 5P8NA 4NJVA 5P5QA 1LF3A 5P7YA 1SMEA 5ISKA 5P0NA 3G6ZA 5I3WA 3ZKIA 4I8ZA 5P6AA 3R0YA 1EPNE 1HVIA 1HIIA 1SIVA 4B78A 2HS2A 3PCWA 1HHPA 2BKTA 2OHMA 2Q3KA 1QBSA 2XYFA 4YD3A 3OXVA 1XE6A 3AIDA 4OBFA 4B05A 4Y4EA 2F3EA 3U6AA 1FKNA 2FDPA 5P2RA 5P7PA 5AH8A 5P4GA 2I4XA 3UDQA 2JE4A 2ZHRA 1HRNA 3PM4A 1DW6C 2IL2A 4LBTA 5P26A 3NDXA 4EHCA 5P7OA 5TOLA 2WF4A 3L58A 1PPLE 4MC9A 5P00A 5OZKA 1HVRA 2QHYA 4BELA 5OYTA 3TOGA 2IGYA 2QI0A 5P8KA 1ZSRA 5P1BA 1MRWA 5P3UA 3PHVA 5OZWA 4ZPFA 3LHGA 5P6BA 5IVTA 2VS2A 3GGVA 5P53A 2HB4A 2Q54A 1YTGA 5AH9A 5P11A 1HBVA 5CONA 4GJ7A 5P4ZA 1W5VA 4EYRA 5P4LA 2I4VA 2NXDA 3LINA 1RQ9A 3T7PA 5HVPA 3BUHA 5P46A 1CZIE 5DPZA 5AH6A 5P4SA 5P5TA 5P2IA 3S56A 5OZPA 3NSHA 3K5FA 2PK5A 5P83A 4FIVA 2WHHA 3O9LB 5P8VA 2AOCA 4ZSRA 3OAGB 5CLMA 1BVGA 3NXEA 4F76A 4KE0A 5OZNA 1DAZC 1KJ4A 5P80A 3UF3A 3JW2A 1QS8A 4OBDA 3O9DA 1W5WA 3VV6A 1IZDA 1XE5A 5IS4A 5OYYA 3CYWA 5P0MA 4JOOA 1UPJA 3EL9A 5P4KA 4H3FA 2WEDA 4I12A 4Y5KA 3OTYA 3LNKA 2QD8A 1W6HA 2VNNA 5P3RA 5OYXA 1EPOE 5HU1A 1BWBA 5P6NA 4GJBA 2QHZA 1NPVA 2ZJIA 4OC6A 4WTUA 4Y4UA 5OZXA 4X7IA 5P4MA 5P2CA 1G35A 1APTE 1IVQA 1B6JA 3ZKNA 2NXMA 3TPRA 5HDXA 3H5BA 5P6EA 5P8JA 4Y47A 3OWNA 3WB4A 4ER1E 1HPVA 2OHTA 3VLAA 5P7SA 2F80A 2CEMA 1FQ7A 4Y3DA 2OHPA 4Y4XA 5OZRA 5P8GA 4Y37A 4Y3SA 2NMYA 5P43A 5HDVA 3BVAA 5OZZA 4L6BA 5P2AA 4RROA 1E81E 3I7EA 2O4KA 3CKTA 5P85A 5P4FA 3IXOA 3IN4A 2CEJA 4JPEA 5P4TA 5DGUA 5P3YA 1B11A 2BJUA 2R38A 2OHNA 5OYZA 4GZFA 1MESA 1CMSA 2PH8A 4PPHA 3N4LA 4COEA 4XKXA 4Y56A 3O9GA 4Y3HA 1TW7A 1AZ5A 5P58A 5P82A 1MT9A 3VUCA 4YOBA 5OZCA 5P8RA 4B0QA 5KQFA 4EJDA 2XFJA 1LYAA 1OD1A 5P06A 3SLZA 3OU1B 4Y3WA 1MEUA 6APRE 1LZQA 5P2EA 3KA2A 3KM4A 3FV3A 5P4QA 1EPME 4Y4JA 4MC1A 4I11A 3SACA 3OADA 5P0AA 2WEBA 4Y3MA 3Q3TA 3C9XA 5HE7A 5P5RA 5OZ0A 1HTRB 3FSMA 1YM4A 5P38A 5P5IA 3DK1A 3S53A 3APPA 3OHFA 1AXAA 4F74A 4E43A 1ZLFA 2WF2A 5P01A 2G1OA 4Y4GA 1ODWA 2HB2A 4I0DA 3LZVA 1SDTA 1FQ5A 3VSXA 2OF0A 3K5CA 3LZYA 4YCYA 3URJA 2ER0E 5P1HA 4LXAA 2QK5A 1BWAA 3NUOA 4GJ6A 7HVPA 5P7VA 1FQ6A 5P04A 2OHQA 5P8TA 5P0HA 2APRA 1TSUA 4DJYA 3NU5A 3NU6A 4Y9WA 4HA5A 4Z2ZA 2P3BB 3DV5A 1RL8A 2QMDA 4TRYA 3L5EA 2G1SA 4ZSMA 8HVPA 1Q9PA 2HB3A 5P0TA 3HD8A 2FNSA 2I4DA 1MSMA 2R3TA 1HSGA 4DJQA 3L38A 3APRE 4NJSA 4CPRA 1RV7A 5P0XA 5EZXA 2QU2A 5P39A 3HVGA 5P52A 1BILA 5SXNA 3LITA 3I25A 4FGXA 3SM1A 1FLHA 4Y57A 4GJAA 5HDZA 1EC1A 4I0EA 5P6FA 3ER3E 3UQRA 4YHQA 2R5QA 2WEZA 5P5XA 5ENMA 1XL5A 3CMSA 4Y51A 3S7LA 3EBZA 3R0WA 5P60A 5P31A 5T4SA 5P5WA 1KJHA 3GI0A 2ER7E 1K2BA 1N49A 5P5FA 4FCOA 2FXEA 5P25A 2G69A 2RSPA 1HTEA 3MXEA 3GW5A 4LC7A 4Y3LA 3Q70A 4B1EA 3SPKA 4L1AA 5P3KA 1CPIA 2IDWA 3O99A 2QI1A 5P12A 3ZPSA 1G6LA 3OUAA 5JG1A 1YTJA 3KDBA 1KZKA 4AA8A 3T11A 4J0PA 5P1TA 1QRPE 5P4OA 2F3KA 4YDFA 3PJ6A 4Y5BA 3TOHA 4TVHA 3GI5A 5DR4A 2ANLA 5OZ7A 1WBMA 2F81A 3VFBA 2HIZA 5P37A 2QCIA 4APRE 3SA6A 4CMSA 3VFAA 3SA7A 5P3OA 5P1RA 4D85A 5P4WA 5P2OA 1MVPA 5P5YA 1D4JA 3NDTA 3OQAA 5P1SA 3FNSA 4FAEA 4IVSA 2QD6A 3S85A 5P62A 5OZVA 5IVRA 4DQEA 5P5JA 4R92A 3BRAA 2NNKA 5P1JA 1K2CA 3MSJA 3PSYA 5P7KA 1HTFA 5P28A 1BIMA 1YM2A 4FRKA 3CIBA 1BDRA 4Y4AA 4R8YA 4DV9A 5HE5A 4AMTA 5P73A 5UPJA 2WF1A 3KMYA 5SZ9A 2FDDA 2QZXA 5P2GA 5JFUA 1LYBB 3CICA 3GGUA 3HZCA 3OGPA 1ZTZA 5P1GA 5P0EA 4Y3JA 4H3JA 3PGIA 1HOSA 4CPSA 4YBIA 4CPXA 3PB5A 3ER5E 2FNTA 5P88A 5P6JA 3TLHA 5E5JA 1C6ZA 3FKTA 4PEPA 5EZZA 2PYMA 3EKXA 1SDUA 5P33A 3IXJA 1MSNA 3SA8A 5P23A 3O9LA 4EQ0A 3A2OA 3OAGA 4Y41A 1ZPAA 5P71A 1AJVA 2ZJJA 1EBYA 3PBZA 1EC0A 4J0ZA 2PWRA 2EWYA 5I3XA 5P8BA 2B60A 4YD7A 1FEJC 3VYDA 5P6GA 5APRE 4ZSPA 4FAFA 2WF3A 2B8VA 2BPXA 1HVSA 1MT7A 4I0JA 1KJGA 3UTLA 5P7UA 2IKUA 4Y5EA 3QRVA 5P78A 2AVOA 3S7MA 4EXHA 3PEPA 5P3LA 3Q6YA 3ZKMA 5P6YA 4DQCA 4TRWA 2BQVA 5P87A 4HE9A 2P3DA 4GMIA 3EL1A 5P5VA 3U71A 1K6PA 2QP8A 4A4QA 4AZYA 3Q4BA 5P6KA 5P5PA 1ER8E 5P4BA 4A6BA 3ZPTA 2G27A 4K4RA 3I8WA 1GVXA 2P83A 5P13A 5P3TA 3DM6A 2V16C 3QVIA 3ZKSA 3KYRA 2AODA 3PWRA 5P8HA 3EL0A 5OZIA 5AH7A 3UCBA 3TNEA 3WZ7A 5P8CA 1EPRE 4RYCA 5P27A 5P0CA 3UDJA 2AVMA 4J0VA 1A8KA 4Y35A 5P24A 3JVYA 1NPWA 4F75A 4OBHA 3SA9A 1D4HA 2QZKA 1C6YA 5P70A 2HC0A 3OQFA 4HDFA 2R8NA 2ZJMA 2PWCA 4D83A 5OZ1A 4Y3YA 2VIZA 5P6TA 4HVPA 4DPIA 3OU1A 3QAAA 4YOAA 5P0RA 5P8MA 1Z1HA 2Z54A 5P0IA 1HSIA 5KQZA 4CPWA 2ZDZA 4Z22A 1GNNA 1Z1RA 4XX4A 2OHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LP9 A;  3QIH A;  1G2K A;  5P15 A;  4U8W A;  1GKT A;  5P8U A;  5P17 A;  4B1D A;  3GI4 A;  1T3R A;  1HXB A;  4KB9 A;  3S54 A;  5P7J A;  4DJU A;  5P5E A;  3BXR A;  5KOQ A;  2I0A A;  1ZPK A;  1DIF A;  3U7S A;  2IKO A;  4Y43 A;  2ZJL A;  1BAI A;  3SQF A;  5AHA A;  1MER A;  4Y54 A;  5P1L A;  3O9B A;  3NU3 A;  4YCK A;  5BWY A;  2IQG A;  5P0W A;  5P4X A;  1LV1 A;  3MSK A;  2VIY A;  1FG6 C;  5SY3 A;  3QPJ A;  3D3T A;  2JJI A;  3NWX A;  3OY4 A;  3H0B A;  1MTB A;  3IA9 A;  3OTS A;  2G26 A;  3FNT A;  5P7G A;  5P7F A;  5P6R A;  3S45 A;  4IVT A;  2R5P A;  1M0B A;  3G72 A;  5P0L A;  3O9A A;  2FMB A;  1PPK E;  2BBB A;  5P5O A;  4K4Q A;  5P2K A;  5PEP A;  4RVJ A;  5P1V A;  5P72 A;  4A6C A;  1K1T A;  3OK9 A;  3KFN A;  5P49 A;  1HVC A;  4XX3 A;  5DR8 A;  5P7D A;  1PSN A;  4Q1W A;  4RZ1 A;  5P18 A;  3CKP A;  4B1C A;  1VIK A;  5P6V A;  3VLB A;  4B70 A;  3LPJ A;  3L5C A;  3RTH A;  4J1F A;  5P74 A;  3O9H A;  3OOZ A;  3O9E A;  3QVC A;  2AZB A;  1IDB A;  5OZ9 A;  3PVK A;  4Y3P A;  3ZKQ A;  2F3F A;  5P4U A;  3LIQ A; 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 2PSU A;  4J1H A;  5P41 A;  5P67 A;  1FMX A;  5P4P A;  2FGV A;  3OUB A;  4RRS A;  3PRS A;  4Y3E A;  2ZJH A;  3OU4 A;  3ZKX A;  1LYA B;  3BXS A;  5P6S A;  3MXD A;  3KMX A;  1HVL A;  3IVI A;  2XYE A;  1LEE A;  5P3E A;  1W5Y A;  5P65 A;  5HU0 A;  2FDE A;  4EJK A;  4FM6 A;  3DUY A;  3UQX A;  5P8S A;  4RCD A;  3SFC A;  3SKG A;  3OAD B;  2BPW A;  2HM1 A;  5P7X A;  2AQU A;  3KDC A;  1FQ4 A;  2QI6 A;  2AOG A;  2V00 A;  1D4L A;  5P7M A;  1HVH A;  5DR3 A;  4J1I A;  2PMA A;  3HBO A;  2G1Y A;  2NPH A;  1A30 A;  2O40 A;  3L3A A;  2O4L A;  5OZH A;  2B42 A;  4Z4X A;  4ZPG A;  5P54 A;  1APW E;  2SAM A;  3NDW A;  5OZF A;  1YG9 A;  2AOF A;  2ZHT A;  4QJ9 A;  5P3J A;  1TCX A;  4Y3R A;  3VV7 A;  3NWQ A;  4BFD A;  1MPP A;  2V10 C;  3EKT A;  2R43 A;  1DPJ A;  3BGC A;  5P1Y A;  1E82 E;  4R91 A;  5OYV A;  2JYS A;  4OD9 A;  5P20 A;  3TPP A;  1K6C A;  2PSV A;  3L5D A;  2Q64 A;  4LL3 A;  4ZLS A;  5E5K A;  5P07 A;  4CP7 A;  5P08 A;  1FFF C;  4I0H A;  4FL8 A;  4NJT A;  5P2U A;  4CKU A;  3EKW A;  2F8G A;  2RMP A;  2AZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CID A;  4I0F A;  4ACX A;  5P5K A;  2G21 A;  1A8G A;  2P3B A;  3SAB A;  1DMP A;  4WY6 A;  4DVF A;  2NR6 A;  5P64 A;  5F01 A;  1OHR A;  5P2V A;  2QI7 A;  3PCZ A;  3EXO A;  5P6L A;  1W5X A;  3GI6 A;  5P7E A;  5P77 A;  1KJ7 A;  5P6X A;  3GGA A;  5OZJ A;  2WEA A;  1FQ8 A;  4HZT A;  5P75 A;  5P81 A;  3OXX A;  5P45 A;  4QJ2 A;  5OZA A;  3UPJ A;  3VCM A;  1HVK A;  5P6O A;  2AOE A;  4EWO A;  2ZHV A;  5P7Z A;  5OZM A;  4PYV A;  4Y44 A;  5P1F A;  3TOF A;  1A9M A;  1XDH A;  2VA5 A;  2QD7 A;  4EP3 A;  1UH7 A;  2QNP A;  3SO9 A;  2Z4O A;  3Q5H A;  4Y4T A;  2VA6 A;  3L5B A;  4EPJ A;  5P30 A;  5P16 A;  4Q5M A;  4APE A;  1J71 A;  1YT9 A;  4Y38 A;  3DOX A;  3NYG A;  1HIH A;  5P4Y A;  3FX5 A;  5P1Z A;  4Y5P A;  3LZU A;  5P7W A;  3FNU A;  4GJ9 A;  4U7V A;  4FE6 A;  3OUC A;  2QMF A;  3EKP A;  5P4E A;  1FF0 C;  4TRZ A;  2CEN A;  4J5J A;  2VNM A;  5DR7 A;  4OBZ B;  3OUD B;  4FLG A;  5P4V A;  4R5N A;  5P3M A;  5I3Y A;  5P6M A;  4L7H A;  4B77 A;  1GNM A;  3LIX A;  1FFI C;  1XL2 A;  5P44 A;  3DJK A;  2AZ8 A;  4L7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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