2OHLA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with 2-aminoquinoline
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohlA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohlA02
4LAPA 1HPVA 4DJPA 4RRNA 4JOOA 3BXSA 4TVGA 5OZCA 3MWSA 2OHLA 5OZAA 4B77A 1GVXA 3QIHA 4GJDA 2F80A 3QPJA 2R3WA 4Y5PA 3LZSA 3UFLA 2R5QA 5P0TA 4Q1YA 1FQ6A 5P43A 2NMZA 3G70A 2AIDA 4IVSA 1QBRA 5P28A 5P5VA 5P49A 3NU4A 1C6XA 1RNEA 1RQ9A 3EMYA 2VIJA 1Z1HA 1QBUA 3B80A 1W6HA 5P0DA 1T7JA 4JP9A 5HE5A 5P46A 1AVFA 2H6TA 5P81A 2AOEA 4EWOA 3T6IA 5OZ2A 5HTZA 2P83A 4GJ9A 3OU4A 2Q15A 4GJ6A 4OD9B 5OZFA 4FSLA 1UH9A 4DQCA 3UQUA 3APRE 3D1ZA 5AHAA 5P10A 4JPCA 1MESA 1EPRE 1DMPA 1HVSA 2BPVA 3PMUA 1C6ZA 3C9XA 5P2FA 2B60A 5P2OA 4DVFA 5P1YA 5P3PA 4RCFA 5P45A 5P7OA 5DR4A 3ZKMA 5OZ6A 1EBYA 5P73A 2QP8A 3SLZA 5P2SA 4DI2A 5P8IA 2G27A 5P4TA 4NJUA 4OBFA 5OZEA 5P25A 1LS5A 4Y5EA 5P65A 1A94A 4FRSA 4ZSRA 3KFPA 5DQ4A 3ZLQA 5P5RA 1APVE 4Y3GA 2G24A 3O9LA 5OZIA 5P6VA 4B0QA 3TNEA 3SFCA 5P59A 5HD0A 5BRYA 2O4SA 3BGCA 3DM6A 5P37A 5P4IA 1LYAB 3TPPA 1BV7A 3S7MA 5P6KA 3OUDB 3WSJA 5P20A 4YD7A 3IN3A 4H3JA 4PZXA 1HBVA 2JYSA 5P1NA 3VV8A 3S85A 5HU1A 4GB2A 3BVBA 1GVUA 2OHPA 3H5BA 3RVIA 3NU9A 1D4YA 4L7JA 2FMBA 1E5OE 4OBDA 2QI0A 4RRSA 5AH9A 1PROA 3BGBA 5P33A 1F7AA 5ER2E 4L1AA 2P3DA 1AZ5A 5P52A 3SO9A 5P00A 2FDPA 3FX5A 5OZ7A 2RKGA 5P15A 4OBHA 3UQRA 5P3MA 3PWRA 1QS8A 4L6BA 2BKSA 3VYFA 4Y58A 2WEBA 3FNTA 1WKRA 1NPAA 4LC7A 5P69A 2WF0A 5P0CA 2R43A 3SA9A 2FXDA 2QU3A 3D3TA 5P70A 6UPJA 1BIMA 5P6LA 1EPQE 3K5DA 1G2KA 5P6TA 5P2KA 2AQUA 4EJDA 4I0FA 1SDVA 1B6MA 5C9DA 3S7LA 2WEZA 5DQ1A 1W5VA 4QJ6A 5P8OA 4DJQA 5P64A 5P0WA 5P7XA 2BPZA 3ZKIA 2R9BA 2HB3A 2MIPA 2HB4A 1AXAA 2PWRA 1HXWA 2ZJNA 3EC0A 3T7QA 3Q6YA 2RSPA 1YM2A 1B5FA 3HD8A 4J1KA 5P3RA 2G22A 5DGWA 4AZYA 2ZHSA 2CEMA 1OEXA 5P3EA 2ZJMA 5PEPA 4DJUA 4I0DA 3OHFA 3SA7A 4YA8A 2NTRA 1XN2A 5FIVA 4L7HA 5P2NA 4Y4AA 4Y4BA 5P24A 1MSMA 5P8KA 3NU3A 5P1UA 1FIVA 3JVWA 5AGZA 4AUCA 4FRKA 2WKZA 1HVKA 3ZKSA 4CPQA 4FM8A 5P4KA 3A2OA 4Y4JA 1XS7D 1D4KA 4HE9A 4CPUA 5P42A 4YD3A 3PBZA 4AA8A 1TCXA 2P4JA 1BBSA 2QMDA 5P47A 4DPIA 3MSKA 2WECA 5KQFA 3O9EA 1ZAPA 2VIZA 2PH8A 3EL9A 5P35A 2QNQA 5P4CA 1SP5A 2IKOA 5OZ5A 5P1EA 3UCBA 3OQFA 5P1QA 3S53A 5AH7A 5P4HA 2OHTA 1MERA 2R5PA 3KMXA 5OYYA 3NUOA 5OZDA 2O4LA 5P5XA 2HC0A 5AHBA 4B72A 1EBWA 3CICA 6APRE 2BPYA 4F74A 4Y3LA 5P85A 1A9MA 5KR1A 1K6VA 5P51A 5HVPA 3HVGA 5P6HA 1EPPE 2G26A 4Y3YA 5P4BA 1FKNA 5P2TA 1BILA 5P3XA 5P1OA 5P5IA 4H3FA 4YCTA 3ZPSA 5P2IA 1XL2A 2VNNA 3ER3E 1DW6C 3S43B 4DV9A 5P41A 5P0LA 5P3ZA 1K1TA 3IXJA 5P3UA 1M0BA 1HRNA 5P7RA 2BPXA 2WHHA 2FS4A 3IGBA 3LINA 1T6EX 3S2OA 4OBKA 4ACXA 3SA4A 3UQXA 5P7YA 2IENA 5P3KA 1YTIA 3IXOA 5F01A 4Y44A 4EPJA 3Q3TA 4Y3FA 4I0JA 1FQXA 4DJVA 3L3AA 4N00A 4QJ7A 1W6IA 5OZ3A 2R38A 2VA7A 4Y4GA 5P67A 3WB4A 5HCOA 4Y51A 3O9FA 5JFPA 1OHRA 4D85A 1AM5A 2ER0E 2FXEA 4YHQA 4YOBA 4XKXA 4J54A 4OC6A 5P4SA 1YX9A 1FMBA 4ZSQA 4EJ8A 2PSGA 2O40A 3ZKQA 3TLHA 5P5MA 5IVQA 5P5UA 5DR7A 5OZMA 3PWMA 1HWRA 5P2RA 2PWCA 5P5YA 4NKKA 1K2BA 2NNKA 5F00A 1B6PA 5P8JA 2IQGA 5P4NA 4J0VA 5P3GA 1IVPA 3U7SA 3OOTA 5P8PA 1K2CA 2VJ7A 1FQ8A 5P8VA 4MC1A 1HVIA 4GJBA 5P6CA 4L1AB 3PHVA 3UDMA 5OZLA 3DV1A 5P07A 5P2HA 3EKVA 5P3BA 3H0BA 2BB9A 2VA6A 5P7JA 4TRYA 1VIJA 2VA5A 1EC3A 3QS1A 1HEGE 1KJ7A 5P7TA 3VCMA 5P76A 3DCRA 1TCWA 4FM7A 4COEA 2OHKA 1WBMA 5P74A 1VIKA 4ER4E 3PCWA 1SGZA 4EHCA 3NWXA 2RMPA 4KE0A 2FGUA 4DJXA 2BPWA 3QP0A 2QAKA 2F3EA 3MSLA 5P5QA 3D1YA 5P0GA 3VV6A 3NWQA 3HLOA 1MIQA 1BAIA 3D20A 3EKTA 3L5EA 5CLMA 5P2QA 1DP5A 5P7DA 3K1WA 1Z8CA 3R4BA 1PSOE 3NXEA 5P11A 3UTLA 2QMGA 5P7VA 3GI4A 2Q11A 4Y3SA 5I3YA 5P88A 3PSYA 1YM4A 3NU5A 1RPIA 3VLAA 1MT7A 5OZHA 2HIZA 2XFJA 5P6WA 5P0NA 2APRA 1QBTA 4HLAA 4Y5NA 5P0HA 5P8SA 2V11C 3OU1B 1GVWA 3NLSA 4Y3QA 3BC4A 5UPJA 3TH9A 5P1WA 5OZJA 2QD6A 4B1DA 3EL1A 1ZJ7A 3R0WA 2UY0A 3QI1A 2JXRA 2ZJHA 1IZIA 3HBOA 4Y4UA 5P0KA 5P34A 5BS4A 5OYQA 6FIVA 3Q5HA 5P7BA 4YBFA 4TVHA 5P5ZA 4J55A 4Y5LA 5P5LA 8HVPA 5HDVA 5P7KA 3LHGA 5P7CA 3FKTA 3NSHA 5KQXA 5P5FA 5P4EA 4BELA 1Q9PA 2PH6A 5P0MA 5P16A 5AH6A 5OZYA 1IZHA 2AOHA 5DR0A 1ODXA 5P6ZA 3CKTA 2XFIA 2B7ZA 4Y4EA 2G94A 3DV5A 3OAGA 5P1GA 5P8TA 1TZSA 1FQ4A 1SIPA 4JPEA 3PGIA 1GNNA 1MSNA 4DJOA 1F34A 2P3BA 4Y53A 5B18A 4K4QA 3R1GB 3IA9A 5HE4A 3DCKA 1KJ4A 4U7QA 4Y4ZA 5P1VA 5KOQA 4A6BA 3S54A 4I8ZA 5P5KA 4Y4DA 4DQGA 2ZHRA 3PMYA 4YDFA 1ZPKA 5P8NA 2OF0A 2FDDA 4TRWA 3G6ZA 1HSGA 3OOZA 4J1FA 4J17A 5P0YA 1PSNA 5P50A 5OYRA 4YE3A 1EC0A 3KFNA 5P6GA 5KR8A 1K1UA 4FSEA 3KA2A 1NH0A 2IS0A 5P82A 1META 3WZ7A 1EC2A 2G1SA 5P7HA 5P8QA 5P2CA 5P27A 3KT5A 5I3VA 3OADB 1N49A 3T11A 1APWE 4Q5MA 2G1OA 3BRAA 5P4VA 1CMSA 1LF3A 3D91A 1LV1A 4M8YA 1ZP8A 5P4AA 5KAOA 1KJGA 5AHCA 3G72A 2ZDZA 1T7IA 4GJ8A 5P0IA 1HXBA 4BFDA 4RVIA 4NJVA 4Y5BA 4RCEA 1MRXA 3DUYA 3UQPA 4FIVA 3BUGA 3QBHA 2QMFA 3OGPA 1ER8E 3QRVA 4HDBA 1EBKC 3PRSA 2BBBA 5P0SA 4RYCA 4B70A 3NDUA 3L5CA 3VYEA 1B6KA 4ACUA 1APUE 3KFSA 3OWNA 5P4MA 1HVRA 2WJOA 3SKGA 4WY6A 5OZOA 3EXOA 5P8EA 4OC6B 5HCTA 4A4QA 1EBZA 3U6AA 1IDAA 4Y47A 4QLHA 1J71A 3PBDA 2F8GA 4AA9A 4B05A 3ZPTA 1UH7A 2FIVA 1ZLFA 3ZKGA 3RTNA 5P4YA 4LBTA 5IVRA 5P6MA 5P3FA 5I3XA 1SGUA 3O9AA 4YD4A 4Y57A 2IRZA 1D4JA 4NJSA 4K8SA 5P4JA 3SKFA 3AIDA 2Z54A 2O4KA 3S45A 5I70A 3FNSA 2FNSA 1LYWB 5P3SA 4GZFA 5P5HA 1D4SA 5P1MA 1IZEA 5EZXA 3CYWA 2AOGA 4B78A 5P2EA 5P2JA 4I0EA 5C9BA 7UPJA 1C70A 1SMEA 2I4XA 1FQ5A 5P4OA 4I0IA 2WF3A 5DGUA 3UFNA 1GNMA 2QK5A 5JG1A 5P4RA 1K6TA 1HIIA 3SPKA 1FMUA 2AODA 2QD8A 1FMXA 3CIBA 3I25A 3UF3A 4J1HA 2J9KA 4EYRA 4R93A 3N3IA 3NR6A 3BVAA 5P1LA 1MVPA 5P4QA 1W5XA 3OQAA 5OYTA 3O9IA 3VYDA 3L59A 2ER6E 3L58A 2OHRA 4MC9A 4YDGA 4X2LA 2F81A 5P0ZA 1AJXA 4FM6A 2QI4A 5P01A 5OYZA 3L5FA 1GVTA 2UXZA 3SAAA 4Y5CA 1SBGA 3PLDA 3EKXA 3VLBA 2QNPA 3KDCA 3OTYA 4YD5A 4OBZA 5P6AA 5P03A 3GGUA 2IDWA 4Y3EA 3O9CA 5P84A 2J9JA 4A6CA 2HAHA 5P3AA 2AVVA 3OY4A 2O4PA 2I0DA 5P2LA 5P5GA 4KE1A 1HPSA 1ZSRA 5P8LA 4J0YA 4Y39A 2G69A 4Q1XA 5CONA 4EP2A 5P6SA 3SACA 2VJ9A 4CPWA 2G20A 4EJKA 5P1TA 3VG1A 1B11A 2AOFA 5ISJA 3INFA 3VSWA 1BWBA 5P4ZA 4R92A 1YT9A 3Q70A 1ZBGA 5OZRA 2Q54A 3PLLA 1BV9A 1FFFC 4Y5AA 5P3LA 2QHZA 5P6FA 5P3NA 3TPJA 3UPJA 5P7PA 2XYEA 3SM2A 5I3WA 3CKPA 5P1RA 5SXNA 1CPIA 2QI5A 2V0ZC 1BWAA 5OYSA 5P3DA 5ENKA 4DH6A 3MXDA 4Z4XA 1BXQA 5P4DA 1G6LA 5P66A 3APPA 1C6YA 5P5CA 1HVHA 2UPJA 3K5GA 5OZUA 3EM6A 3LIVA 3OK9A 5COPA 1IVQA 1PPME 5KQYA 4WTUA 1BDRA 5P5PA 5SY3A 1U8GA 5SY2A 3CKRA 4HA5A 3O9HA 5P0BA 5P2DA 5OZ1A 5P80A 5P58A 5P5AA 2QNNA 1SMRA 2PMAA 3OU4B 3OXXA 5OZBA 5P6XA 2NPHA 4F75A 4QJ2A 5P3JA 1YTHA 3EKYA 2FGVA 2RENA 5P1FA 2PYMA 4F73A 5P79A 3ZL7A 4JECA 1MPPA 2NNPA 5P7EA 4I12A 4OD9A 5IVSA 5P2XA 1M4HA 4J5JA 5DQCA 3O9GA 1T7KA 5IS4A 4FCOA 2A4FA 4GJ5A 4CPSA 3L38A 3ST5A 4EQJA 2JJJA 3GW5A 3SQFA 5P56A 5P89A 1MT8A 3FIVA 5P60A 3HVPA 4Y4WA 2AOCA 5P0PA 3UDHA 3TPLA 5P0UA 5P12A 5P7NA 4Y5MA 4J1EA 4MC6A 1FEJC 1TSQA 2AVQA 5P3WA 1D4HA 5P23A 3KF0A 3O9LB 1LF2A 1FB7A 4FRIA 3M9FA 5OZXA 5P6JA 5P44A 1BDLA 4Y37A 1MTRA 4APRE 1K6PA 3KT2A 5P1ZA 4F76A 3EM3A 1NSOA 4MC2A 2G1NA 3VFAA 5P4LA 1LYAA 5P3IA 3BUFA 4DUSA 3INHA 1AIDA 4B1CA 3OUDA 2OHQA 3OUBA 3GI0A 5P26A 5P8UA 4PPHA 1HTGA 3WZ8A 5P54A 5P1JA 3ZMGA 1FFIC 2B7FA 5P7QA 4Y3RA 4DJRA 2ZE1A 4FE6A 5HDXA 2WF2A 3I8WA 1T6GA 1FF0C 2VIYA 3QROA 3UQWA 2NMYA 3UHLA 5P5TA 3KFRA 2ANLA 2B42A 5OZGA 2AZCA 1MEUA 3JW2A 5HE7A 2IEOA 4PHVA 5DPZA 1LYBA 2Q55A 2IKUA 5P5JA 5OZ4A 4HDPA 3ECGA 4EXHA 1EPLE 4D83A 2VNMA 2VS2A 3UDYA 5P0VA 4QJAA 5P71A 4K4RA 3EL5A 7HVPA 2QI1A 5ENMA 5P7GA 3L5BA 3PCZA 3MXEA 4ZPGA 1ODYA 3I2LA 3LIXA 1MTBA 3OQ7A 4R8YA 5P6NA 4APEA 3HZCA 1E80E 3GI5A 1Z1RA 5P6RA 4D89A 2V12C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LAP A;  1HPV A;  4DJP A;  4RRN A;  4JOO A;  3BXS A;  4TVG A;  5OZC A;  3MWS A;  2OHL A;  5OZA A;  4B77 A;  1GVX A;  3QIH A;  4GJD A;  2F80 A;  3QPJ A;  2R3W A;  4Y5P A;  3LZS A;  3UFL A;  2R5Q A;  5P0T A;  4Q1Y A;  1FQ6 A;  5P43 A;  2NMZ A;  3G70 A;  2AID A;  4IVS A;  1QBR A;  5P28 A;  5P5V A;  5P49 A;  3NU4 A;  1C6X A;  1RNE A;  1RQ9 A;  3EMY A;  2VIJ A;  1Z1H A;  1QBU A;  3B80 A;  1W6H A;  5P0D A;  1T7J A;  4JP9 A;  5HE5 A;  5P46 A;  1AVF A;  2H6T A;  5P81 A;  2AOE A;  4EWO A;  3T6I A;  5OZ2 A;  5HTZ A;  2P83 A;  4GJ9 A;  3OU4 A;  2Q15 A;  4GJ6 A;  4OD9 B;  5OZF A;  4FSL A;  1UH9 A;  4DQC A;  3UQU A;  3APR E;  3D1Z A;  5AHA A;  5P10 A;  4JPC A;  1MES A;  1EPR E;  1DMP A;  1HVS A;  2BPV A;  3PMU A;  1C6Z A;  3C9X A;  5P2F A;  2B60 A;  5P2O A;  4DVF A;  5P1Y A;  5P3P A;  4RCF A;  5P45 A;  5P7O A;  5DR4 A;  3ZKM A;  5OZ6 A;  1EBY A;  5P73 A;  2QP8 A;  3SLZ A;  5P2S A;  4DI2 A;  5P8I A;  2G27 A;  5P4T A;  4NJU A;  4OBF A;  5OZE A;  5P25 A;  1LS5 A;  4Y5E A;  5P65 A;  1A94 A;  4FRS A;  4ZSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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