3QIHA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qihA00
1FLHA 2B8LA 3G72A 3KDCA 3OU1B 5P18A 3VLAA 4S1GA 3O9EA 5OZCA 3VYFA 3KMYA 5P7JA 2AZ9A 3NU6A 2PK6A 3OTYA 5I70A 5OZZA 1M0BA 5P1IA 4GYEA 5KQFA 4GJ9A 5P3FA 4YDFA 5P69A 5P82A 4Y4WA 5AHCA 1HSGA 2BKSA 3D91A 4R95A 1TSUA 2NNPA 2VJ7A 4J1IA 5P23A 5AH7A 3FNUA 5P1ZA 5P29A 1MSNA 3UDRA 5P3VA 5P6RA 3GGXA 4HZTA 1LYBA 2QI1A 5P3UA 3SABA 3S54A 3UFNA 5EZXA 1U8GA 1BDRA 5P7HA 5OZ8A 2FGVA 4KE0A 3ER3E 2NPHA 3PHVA 5P2FA 3BC4A 1K6CA 4PYVA 5OZ9A 3SLZA 2J9JB 1HVKA 4F76A 1QS8A 1UH8A 5OZYA 4D89A 3INEA 1WKRA 1AZ5A 4H3JA 4ZE6A 4NJTA 3EKVA 4Y4BA 5P4XA 2OHLA 2G1SA 5P4EA 4OBFA 2OHSA 3INDA 5OZLA 3OK9A 2B7FA 3NR6A 2O40A 5P81A 4DQFA 4FAEA 1BWAA 2OHTA 2FGUA 3L5FA 1NPAA 4GB2A 5DQCA 2VS2A 1G6LA 2IGXA 5BRYA 1LEEA 1NPWA 3M9FA 5ENKA 5P35A 3PI5A 3OQAA 4NKKA 4OBZA 3OU4B 5P8RA 4ZSQA 1YG9A 4ZPGA 5P7YA 2ZJLA 4NJUA 5OZWA 3AUPA 1ZSRA 1EPOE 4DH6A 1MPPA 3UTLA 2ZDZA 3QRVA 4WTUA 5P4JA 5P48A 5P8VA 3LINA 5P0XA 3T3CA 3K5CA 3LIVA 5T4SA 5SY2A 4Q5MA 3EL1A 5IVTA 5AH9A 3EKWA 1PPME 4Y3DA 2QMDA 3N3IA 3U7SA 1GVUA 5FIVA 5P0JA 4K4RA 3TPPA 5P89A 5C9FA 5P06A 4J0VA 3GI4A 5OZAA 4FRJA 2QU3A 2VIJA 4B0QA 5P2RA 1MVPA 4B05A 2RMPA 5OZGA 4DPFA 3RTHA 5P2OA 4CPQA 2IDWA 2PYMA 3SAAA 5P5YA 4R91A 4LHHA 5P0PA 4Q1XA 4NJVA 3L38A 4XX3A 5P56A 1K1TA 3NUOA 1LS5A 2HC0A 2BPZA 3OQFA 4RRSA 4Y3GA 4Y3RA 3LPIA 1HVIA 2PK5A 5P7QA 3A2OA 2AOCA 3FSMA 4Y5GA 5OZJA 1FQ6A 1MEUA 2WEBA 1M43A 4Y47A 1CZIE 1TCXA 1FFFC 1SMEA 2QZWA 5P6IA 5P0SA 2PYNA 1HHPA 4I0ZA 5HCOA 5OZQA 4NJSA 5P3JA 3SACA 3SA3A 4L7HA 5P6LA 5KQYA 3URLA 2UPJA 1K2BA 3OUCA 1VIJA 2QK5A 1XDHA 5F01A 5P1HA 5P76A 5HDZA 1PPLE 2WF3A 4F74A 1BWBA 4B1EA 4RYGA 1ZTZA 3UFLA 6FIVA 4L6BA 2AZBA 1HPOA 3BGCA 2PMAA 4Q1WA 3IXOA 3R0WA 2AOJA 5P7IA 2IRZA 4GIDA 4J54A 5P66A 4J1KA 5P5RA 5P42A 1T7KA 5P5SA 4Y3QA 5KAOA 3LITA 1KJGA 2NMZA 3DUYA 3OHFA 1PROA 1ZBGA 4OD9A 3UCBA 1G35A 4RRNA 5OZDA 3OWNA 3GI5A 5P8GA 5P7OA 3K1WA 1PSNA 2AOFA 3DOXA 4FL8A 1FQ4A 5P6ZA 2VNNA 5P0RA 3KF0A 5P8FA 1D4LA 1LF4A 2ZJIA 2G24A 2QCIA 1BVGA 3EXOA 1XE6A 3TPRA 3NU9A 1J71A 3KFRA 4ZIPA 1SIVA 1Z1HA 4WY1A 5P5AA 1DIFA 3OXCA 3FNSA 4K4PA 2I4XA 4YHQA 3I8WA 4IVSA 4YBFA 3URIA 1ZJ7A 5P1KA 1FQ8A 4LAPA 4JOOA 3RVIA 1D4SA 3BXRA 1GKTA 2AVVA 3O99A 2XFIA 3KDBA 4DJVA 4L7GA 5P00A 5DQ2A 5P7CA 3HVPA 5P1LA 5P6WA 4CPWA 1HIVA 3QBFA 3ZKGA 2HPEA 1APUE 4XX4A 4PHVA 2SAMA 3BUHA 2QU2A 5P36A 5KQXA 1SDUA 3SA5A 1B6JA 4ACUA 3L5EA 5CLMA 5P2XA 4L7JA 5P3NA 3K5DA 3SA7A 1XN2A 3LZYA 3OU3A 3GGVA 3QIHA 5P49A 3ZPUA 1PSOE 3VUCA 2WECA 3O9DA 5P0WA 5P4HA 1YTGA 2WKZA 5C9DA 3S43B 5P7DA 3UDQA 5P6PA 3EM3A 4DVFA 4GJBA 5P7SA 3APPA 5P3MA 2Q5KA 4TVGA 5OZUA 5P70A 4D8CA 1NSOA 4EJDA 3LHGA 5OYWA 1HTRB 1B5FB 3PB5A 2BPYA 5P5EA 3NWXA 3KFSA 2V00A 5AHAA 5P3PA 4EXGA 4U7QA 5P4AA 2JJIA 5P7PA 1SIPA 3CICA 4I12A 3VG1A 5P4QA 4QJ9A 3S85A 4CKUA 4KB9A 7HVPA 5P1EA 5KR0A 4JPCA 1HTFA 4QJ7A 4DQGA 4OBJA 5ER2E 5P37A 4ZPEA 2I0DA 4RVIA 4Y4XA 1N49A 5P87A 5IE1A 1SDVA 2QHYA 3BVBA 5P3KA 5P6QA 5P3YA 5P75A 1BV7A 4DJOA 4I0FA 5P44A 3O9IA 3S45A 5P4BA 3UQWA 3IAWA 4GJ5A 5CONA 5KOQA 5OZ0A 2QD6A 3HVGA 3WSJA 3ZL7A 1FQXA 2CEJA 4Y3XA 5P1MA 3PLDA 4EQJA 1RQ9A 3OAGA 2I4UA 2VA7A 3S56A 1D4YA 5SY3A 5P0GA 1AAQA 3DM6A 4GJAA 5P5QA 5P8NA 5P63A 3PCZA 4OC6A 4YCKA 1APWE 3PMYA 2QNPA 5P1WA 5P47A 4RLDA 4X7IA 5P7MA 3HAUA 1ZAPA 5P4RA 4GJCA 2QHZA 3OGPA 3FKTA 4Y3MA 3FX5A 4DQBA 1F34A 1MT8A 2B8VA 1IVQA 2ER6E 5P0YA 3O9GA 5ISJA 5P8OA 3Q4BA 1HBVA 2VJ9A 1MRWA 4RCDA 2O4LA 2QMFA 2QZKA 3EKTA 5P1CA 2AOHA 4HA5A 2G1YA 4R8YA 3Q3TA 4R5NA 1IBQA 5IVRA 2AVSA 4Y3YA 5P1UA 4Y3WA 1IDAA 4J1HA 3MXEA 4Y48A 3OU1A 2CENA 1K2CA 1W51A 3S2OA 2PC0A 3EKPA 2R3WA 1G2KA 4B00A 5P8LA 5AHBA 3HZCA 1XN3A 1AJVA 1HEGE 1GNNA 5HDXA 5P60A 4ER4E 4B77A 2O4PA 1IIQA 1FQ7A 1FKNA 1AIDA 5OZMA 3I25A 2IS0A 1A30A 3ZPSA 5P1NA 4BEKA 5P5UA 5J25A 3NWQA 5P5GA 4Y5AA 1SP5A 1ME6A 5P6SA 5JODA 1TSQA 1HTEA 2HPFA 2O4KA 5OZBA 5P5XA 2FXDA 3D20A 1QBRA 5OZNA 2XFJA 4LXKA 5IVSA 2FDDA 4DFGA 1GVXA 2QI7A 4D85A 1EC1A 5P2IA 2UXZA 5P17A 2J9JA 5OZ6A 5P1XA 3SA6A 1RNEA 2ZJHA 1K6VA 4FE6A 1MT7A 2VKMA 5P34A 3C9XA 1EBYA 4AA8A 4RROA 5P6KA 4B70A 2P83A 3UDHA 1MERA 5P58A 5P5BA 4QGIA 3CIDA 5P2YA 3SPKA 4ER1E 2P4JA 4D88A 5P4CA 5P3ZA 3ST5A 6UPJA 5OZ5A 2G26A 3PWMA 5P1JA 5HDUA 1W5WA 1OD1A 4KE1A 3QRSA 2FDEA 3OU4A 4FGXA 1ODYA 3OADA 3EL5A 3VEUA 4ACXA 5DPZA 5OYXA 3IGBA 3OOTA 2NMYA 5COPA 4YOBA 3VF3A 3S53A 5P1OA 5P8DA 4A6BA 4GMIA 3PSUA 1BBSA 3R0YA 4Y5BA 2IQGA 4EP2A 4DJUA 4JP9A 4Y54A 4OBHA 5P73A 1HRNA 5COKA 3IXKA 3INHA 5KR1A 1IZEA 5OZEA 1EPNE 2AZCA 5P2GA 3ER5E 4HDPA 4HDFA 5P1PA 2NXMA 1T7JA 5P62A 5P51A 5P3HA 3TOGA 1G0VA 4J17A 1GNMA 5P28A 1K6PA 4TVHA 4EQ0A 5P46A 4EJ8A 5P85A 3SA4A 4TRWA 2JYSA 1RV7A 5P4KA 3OADB 1FMUA 1Q9PA 5P3BA 5OZ3A 3KYRA 1DAZC 1HXBA 4I8WA 1IVPA 3SO9A 3TH9A 1MESA 4E43A 2CEMA 5P3SA 1EPQE 3MSJA 5P6XA 3RU1A 5ENMA 2A4FA 4Y3JA 5P14A 5P43A 3TLHA 2G22A 2QAKA 1EBKC 5P0QA 1IZDA 4X2LA 3KN0A 4ZPFA 3NDTA 2Q55A 1W6HA 2OHQA 5P2KA 3LIQA 3EC0A 1YX9A 1A9MA 1PSAA 1OEXA 3OXVA 5P6FA 5P4MA 1SDTA 3R1GB 3NDUA 3LPJA 4U7VA 5P6GA 2F81A 3EM4A 3H0BA 4J0TA 4DQEA 1QBTA 1PFZA 5KR2A 4FM6A 4Y58A 1UH7A 5P4SA 1HVRA 5DQ5A 5HU1A 5P3OA 2G27A 4FCOA 1QBSA 5P7XA 5P2WA 5P2MA 1AVFA 2QI0A 1W5XA 5P4ZA 5P7UA 2HIZA 2V0ZC 4Y56A 5P2CA 5JG1A 4FIVA 5P30A 3VYEA 2WF1A 5P4GA 3BVAA 3AIDA 5HU0A 1EPPE 2QZLA 5P0MA 4L1AB 1HVCA 3KM4A 2O4NA 1HPVA 3LIXA 5P3DA 1BVEA 4MC2A 4PPHA 1K1UA 4Y4ZA 3LZSA 5P52A 4I0DA 2B42A 4GJDA 1MUIA 2ASIA 4Y50A 4FS4A 5P13A 3VV7A 5HE5A 2WL0A 5P8MA 4Z4XA 4Y4GA 2AVQA 3KT2A 1FEJC 5P64A 5IS4A 2UY0A 5P6CA 1BDLA 3D1ZA 5OZSA 5P5WA 5P7AA 4Y35A 1FG6C 5ISKA 5JFPA 3EMYA 4EWOA 4D83A 4F73A 3O9LB 5BS4A 2P3AA 2P3CA 4DPIA 2FLEA 4YBIA 3D1XA 5OZIA 2QMGA 4OBKA 4JPEA 1K6TA 3QI1A 5OZ2A 5P4TA 4OBDA 3F9QA 3PJ6A 2QD8A 2I1AA 3L5CA 5SXNA 5KOSA 4EHCA 1DMPA 4COEA 3KFNA 5P4NA 5SZ9A 3NUJA 4H1EA 3CKTA 1OHRA 3GGUA 1E81E 3UDKA 5I3VA 2Q3KA 5DR3A 4HLAA 2RSPA 5P33A 4J1FA 2G69A 5P83A 3MWSA 5P84A 4R93A 1UH9A 3EBZA 2VNMA 5P19A 1W6IA 9HVPA 3NXNA 5P20A 5P10A 1UPJA 3NU3A 5P1QA 5P7TA 3RSVA 1YTHA 3T7PA 2FDPA 2I4DA 3OQ7A 2RENA 2NR6A 5I3WA 3FV3A 1HWRA 1FFIC 3WB4A 1W5YA 5P65A 2F8GA 3CIBA 5KQZA 5P5CA 5B18A 5P8JA 3I7EA 3G70A 5P6VA 4YD4A 3DV5A 3UF3A 5P8CA 4DJQA 4XXSA 1MTBA 5P4DA 3S43A 1KJHA 2IGYA 3ZKSA 1HVHA 4K4QA 1HTGA 5P7ZA 4Z50A 3OOZA 4Y6MA 2ZGAA 2OHPA 5P6JA 4M8YA 3S7LA 1B5FA 4YOAA 5P2TA 2QP8A 2FNTA 2V16C 5P0FA 3UPJA 3TPLA 4EJKA 4Y3FA 1CMSA 5P6MA 1SBGA 3QVCA 4FRKA 3PBDA 5P8IA 3U6AA 3SFCA 1XL2A 3VFBA 2FMBA 1GVVA 1B6PA 4BFBA 4EPJA 3D1YA 5P67A 4FRSA 5P3LA 2XYEA 4DJYA 3VV8A 4Y5EA 4Y3LA 5P27A 1SGUA 5P53A 4BFDA 2JXRA 4Y9WA 1LF2A 2WJOA 1A8KA 4YD5A 5P6HA 4YE3A 5OYYA 4YD6A 4DUSA 1EBWA 4PZXA 2HB3A 4GJ8A 5DR1A 2ANLA 5P57A 3KFPA 4Y37A 1QRPE 4RYCA 5DGUA 3Q6YA 4PZWA 1DP5A 5P5FA 2QZXA 1EPLE 4I0JA 3VSWA 2I4VA 4EXHA 5P0VA 2Q64A 3QP0A 2Q11A 3VCMA 2ZYEA 3QN8A 3L5DA 4B1DA 2P3BB 3S7MA 5DR8A 3TNEA 3EKYA 3PRSA 5E5JA 2FXEA 2V12C 4Y44A 5I3YA 5JFUA 3K4VC 2ZHTA 4LC7A 3QBHA 5P39A 2WF0A 1YTIA 1WBKA 4FAFA 4YA8A 3NU4A 3TOFA 2I0AA 1RL8A 5AGZA 3EM6A 5P1RA 2MIPA 4B72A 4RVXA 5OZKA 1HSIA 1M4HA 1DW6C 2HS1A 2R5QA 3DCRA 1HPXA 3T7XA 3UQXA 4CPUA 1LYWB 1Z1RA 1C70A 4Y38A 2VA5A 3Q70A 3ZKMA 3QRMA 3CYXA 4K8SA 3SA9A 2B7ZA 3QVIA 5P2VA 3OXXA 5OZ7A 1FB7A 2XFKA 2BB9A 2VIEA 3KT5A 5DR4A 5TOLA 5DR0A 2RKFA 1LYAB 2AOIA 3LZVA 2QI6A 1IDBA 3TOHA 3APRE 3DV1A 3T11A 3QROA 3U71A 3K5FA 4I0EA 4OBGA 3G6ZA 1ER8E 5P07A 3HDKA 4Y5PA 4Y3SA 3BGBA 3IN3A 5OZ4A 3JVWA 1TZSA 1ENTE 5P31A 4XKXA 5P7EA 4I1CA 5P3XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FLH A;  2B8L A;  3G72 A;  3KDC A;  3OU1 B;  5P18 A;  3VLA A;  4S1G A;  3O9E A;  5OZC A;  3VYF A;  3KMY A;  5P7J A;  2AZ9 A;  3NU6 A;  2PK6 A;  3OTY A;  5I70 A;  5OZZ A;  1M0B A;  5P1I A;  4GYE A;  5KQF A;  4GJ9 A;  5P3F A;  4YDF A;  5P69 A;  5P82 A;  4Y4W A;  5AHC A;  1HSG A;  2BKS A;  3D91 A;  4R95 A;  1TSU A;  2NNP A;  2VJ7 A;  4J1I A;  5P23 A;  5AH7 A;  3FNU A;  5P1Z A;  5P29 A;  1MSN A;  3UDR A;  5P3V A;  5P6R A;  3GGX A;  4HZT A;  1LYB A;  2QI1 A;  5P3U A;  3SAB A;  3S54 A;  3UFN A;  5EZX A;  1U8G A;  1BDR A;  5P7H A;  5OZ8 A;  2FGV A;  4KE0 A;  3ER3 E;  2NPH A;  3PHV A;  5P2F A;  3BC4 A;  1K6C A;  4PYV A;  5OZ9 A;  3SLZ A;  2J9J B;  1HVK A;  4F76 A;  1QS8 A;  1UH8 A;  5OZY A;  4D89 A;  3INE A;  1WKR A;  1AZ5 A;  4H3J A;  4ZE6 A;  4NJT A;  3EKV A;  4Y4B A;  5P4X A;  2OHL A;  2G1S A;  5P4E A;  4OBF A;  2OHS A;  3IND A;  5OZL A;  3OK9 A;  2B7F A;  3NR6 A;  2O40 A;  5P81 A;  4DQF A;  4FAE A;  1BWA A;  2OHT A;  2FGU A;  3L5F A;  1NPA A;  4GB2 A;  5DQC A;  2VS2 A;  1G6L A;  2IGX A;  5BRY A;  1LEE A;  1NPW A;  3M9F A;  5ENK A;  5P35 A;  3PI5 A;  3OQA A;  4NKK A;  4OBZ A;  3OU4 B;  5P8R A;  4ZSQ A;  1YG9 A;  4ZPG A;  5P7Y A;  2ZJL A;  4NJU A;  5OZW A;  3AUP A;  1ZSR A;  1EPO E;  4DH6 A;  1MPP A;  3UTL A;  2ZDZ A;  3QRV A;  4WTU A;  5P4J A;  5P48 A;  5P8V A;  3LIN A;  5P0X A;  3T3C A;  3K5C A;  3LIV A;  5T4S A;  5SY2 A;  4Q5M A;  3EL1 A;  5IVT A;  5AH9 A;  3EKW A;  1PPM E;  4Y3D A;  2QMD A;  3N3I A;  3U7S A;  1GVU A;  5FIV A;  5P0J A;  4K4R A;  3TPP A;  5P89 A;  5C9F A;  5P06 A;  4J0V A;  3GI4 A;  5OZA A;  4FRJ A;  2QU3 A;  2VIJ A;  4B0Q A;  5P2R A;  1MVP A;  4B05 A;  2RMP A;  5OZG A;  4DPF A;  3RTH A;  5P2O A;  4CPQ A;  2IDW A;  2PYM A;  3SAA A;  5P5Y A;  4R91 A;  4LHH A;  5P0P A;  4Q1X A;  4NJV A;  3L38 A;  4XX3 A;  5P56 A;  1K1T A;  3NUO A;  1LS5 A;  2HC0 A;  2BPZ A;  3OQF A;  4RRS A;  4Y3G A;  4Y3R A;  3LPI A;  1HVI A;  2PK5 A;  5P7Q A;  3A2O A;  2AOC A;  3FSM A;  4Y5G A;  5OZJ A;  1FQ6 A;  1MEU A;  2WEB A;  1M43 A;  4Y47 A;  1CZI E;  1TCX A;  1FFF C;  1SME A;  2QZW A;  5P6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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