1QDMA

Crystal structure of prophytepsin, a zymogen of a barley vacuolar aspartic proteinase.
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
478
structure length
430
Chain Sequence
VRIALKKRPIDRNSRVATGLSEEEGDIVALKNYMNAQYFGEIGVGTPPQKFTVIFDTGSSNLWVPSAKCYFSIACYLHSRYKAGASSTYKKNGKPAAIQYGTGSIAGYFSEDSVTVGDLVVKDQEFIEATKEPGITFLVAKFDGILGLGFKEISVGKAVPVWYKMIEQGLVSDPVFSFWLNRHGGEIIFGGMDPKHYVGEHTYVPVTQKGYWQFDMGDVLVGGKSTGFCAGGCAAIADSGTSLLAGPTAIITEINEKIGAAGVVSQECKTIVSQYGQQILDLLLAETQPKKICSQVGLCADPMCSACEMAVVWMQNQLAQNKTQDLILDYVNQLCNRLPSPMGESAVDCGSLGSMPDIEFTIGGKKFALKPEEYILKVGEGAAAQCISGFTAMDIPPPRGPLWILGDVFMGPYHTVFDYGKLRIGFAKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROPHYTEPSIN
publication title Crystal structure of plant aspartic proteinase prophytepsin: inactivation and vacuolar targeting.
pubmed doi rcsb
total genus 73
structure length 430
sequence length 478
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.40: Phytepsin.
pdb deposition date 1999-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF03489 SapB_2 Saposin-like type B, region 2
A PF05184 SapB_1 Saposin-like type B, region 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.225.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle NK-Lysin Saposin-like 1qdmA03
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qdmA01
5OZSA 5P4TA 3L5FA 4DPFA 8HVPA 4D85A 4Y5PA 5P85A 5P5LA 4APRE 3HD8A 2OHKA 5P4QA 5P6DA 2ZHTA 4YOAA 4MC9A 4FSLA 5OZYA 5HU1A 1APUE 1BVEA 1CZIE 5P7RA 4CKUA 2WECA 2B8LA 1FMBA 3EL5A 5P6TA 2CEMA 5OZ7A 2QZKA 3LZUA 4DJUA 3OGQA 5P09A 5P3IA 5P5HA 3INHA 3QRMA 3QROA 3LZSA 3Q4BA 4NJSA 5P7GA 3TKWA 1DIFA 4NPTA 5BWYA 4J1KA 3VF5A 5P14A 4FCOA 5P81A 3BHEA 3BUFA 1BDRA 4DQHA 2QNPA 3LIVA 5P6QA 1DP5A 2FXEA 5OZFA 5KQYA 4D83A 1MT8A 3SFCA 1M12A 4OBZB 3EKVA 3T11A 4ACXA 2I1AA 5P4ZA 1ZP8A 5F00A 2IS0A 2LPNA 3S56A 4I0HA 2G69A 1MESA 3NR6A 5P8AA 3UDHA 3T6IA 3L59A 4YA8A 5IVTA 3IN3A 4FRJA 4LXMA 2AZ8A 5OZIA 4K8SA 2IDWA 2Z9AA 5P0MA 5SY2A 3PBDA 4BFBA 3OUBA 4OD9A 5P2NA 5P04A 1ZJ7A 1ZPKA 5ER2E 4EJ8A 3BVAA 3RFIA 3SO9A 1NSOA 3EKWA 2Q5KA 3EXOA 2RKFA 5AHBA 5P6CA 4NJVA 2R8NA 3PSYA 3NXNA 2VIJA 5DR3A 2QP8A 5P2IA 3PB5A 2O4KA 4E43A 3OHHA 5AHAA 2G1YA 2RSPA 3BVBA 1HVSA 4JOOA 2HB4A 3B80A 4OBFA 1NKLA 5OZ0A 2ZJLA 2R0RA 1HRNA 5P3QA 3HZCA 5KQFA 2R1QA 2ZGAA 5DQ2A 1F34A 1F7AA 5OZWA 3OUDA 1W5WA 5P0NA 1B6PA 5P26A 3NWQA 4FRIA 4LBTA 3LZVA 3ZKIA 5P7NA 4FAEA 5P5NA 2FLEA 4Y5EA 5P6MA 4M8XA 2BPYA 4GJ7A 5P1FA 1A30A 3PMYA 2VA7A 3U7SA 3ZPUA 1T7IA 3DM6A 3VYEA 1KJ7A 2HB2A 5P4HA 4D88A 1APWE 3GGXA 2QMGA 1HXWA 5ENKA 4I0DA 3OAGB 5P49A 4Y9WA 3VV7A 2AOGA 3R4BA 5P1IA 4HE9A 2HS1A 3GI0A 4I12A 2HM1A 4GMIA 2IEOA 5P89A 2FNTA 3NDWA 2QD8A 4I0IA 4XX3A 6FIVA 5P40A 5P7ZA 4BEKA 3O9EA 4XXSA 5OYXA 4ZSQA 2ZJNA 5P10A 5P5TA 2F3KA 3HLOA 2JE4A 3OXXA 3EBZA 1GVXA 4Z22A 5P73A 4Y3LA 5P0KA 4TRWA 5P4IA 2XYFA 4H3GA 5P88A 4RVIA 1TSQA 5JFPA 3L5EA 2PWCA 4CPTA 2O40A 1B11A 2AVQA 5ISKA 3NDUA 5P2YA 4UPJA 2QMDA 5P7MA 4Y50A 5P3MA 1AXAA 1A9MA 3KYRA 3NU5A 5DPZA 5JODA 5P1QA 4I0GA 2P3CA 3EKYA 1J71A 5P1AA 3S43A 2G26A 1EPLE 5P6GA 5P8UA 3MSKA 2EWYA 3PSGA 3UCBA 2NMYA 4Y51A 2NXMA 2ZHRA 3S64A 5DR1A 3NLSA 2G1RA 3UDYA 3KMYA 4M8YA 2BQVA 3PVKA 2QYPA 3UDQA 5OZRA 3SPKA 5P72A 3NXEA 3VF3A 4QGIA 4Y44A 1SIPA 5KR0A 3CMSA 3QPJA 5P7TA 4Y3DA 5AH9A 4OD9B 4Y48A 1ZAPA 3HW1A 3SQFA 3KF0A 3EL1A 4F74A 5P6UA 1W5YA 3PMUA 3NUJA 3INEA 3K5CA 3L5BA 4JPCA 4FLGA 4I8WA 4R8YA 3LIQA 1QBTA 1XL5A 2XYEA 5P3ZA 3JW2A 3EL0A 3UDNA 5P06A 2JSAA 4DQCA 2FNSA 4YD3A 3UQWA 2IRZA 5P24A 3OUAA 2CEJA 3NDTA 4RCEA 2QMFA 1E80E 5I70A 1E5OE 3RSXA 3SACA 1K6CA 3S7MA 1HIVA 4AA8A 4RROA 1BDQA 1MSMA 5P3YA 4DJWA 1YTGA 4D89A 2I4VA 3RTMA 4GJ5A 1W51A 3INFA 3AIDA 5P76A 3WB5A 5P8GA 5P35A 3U71A 1WKRA 5P0WA 2G1NA 2ZJHA 1WBMA 5P67A 2PK5A 2OHSA 5DR0A 1FKNA 5P2OA 5DR8A 3KFRA 3IXJA 3TPLA 5P3SA 5AH6A 6APRE 2RB3A 4Y57A 3VV6A 5P23A 5P7YA 3DCRA 3VSXA 1BIMA 2PQZA 3PRSA 2PSGA 3DV1A 3Q70A 5P01A 3TPJA 2FDEA 2QHZA 3UHLA 2BPWA 4Y3TA 4FM6A 3KM4A 3O9AA 3U6AA 1GNNA 1G2KA 4GJAA 2V0ZC 1B6LA 3URLA 1K6PA 1UH7A 2RKGA 3EM4A 5P3PA 3OHFA 4JPEA 1OEWA 2G22A 3DUYA 1FIVA 7UPJA 1D4HA 3VG1A 5OZHA 5COKA 2J9KA 2O4LA 5OYTA 4GYEA 3R2FA 3R1GB 4R92A 4ZIPA 4FIVA 4J55A 5P4OA 1ODXA 1GVVA 4EWOA 2AOHA 2O4SA 2G1OA 5P6JA 5I3YA 2QZLA 3EKQA 2P3DA 3S43B 5OZ6A 5P86A 4Z2ZA 5P46A 3SA8A 3UDRA 5KR8A 3O99A 1A94A 2RQYA 5OZ9A 1HPXA 4Y3RA 5P4JA 4YHQA 2QZXA 4DQFA 3EKTA 3EM6A 4Y3JA 3SA9A 4DFGA 1BILA 4J1FA 4B78A 2QI6A 5P37A 1GNOA 4LP9A 3EL4A 3BQPA 5P6NA 3PBZA 4Y5GA 1L9LA 1MIQA 1QS8A 3K4VA 4GJCA 4EPJA 2Z54A 5PEPA 5P1MA 4Y5LA 5P7QA 1W50A 2WL0A 5P43A 3SA3A 5OYUA 2JXRA 3QP0A 5P1BA 2R3TA 5P6SA 5P8NA 1PROA 4EJKA 5P6AA 4TRZA 4Y3ZA 4CPXA 1MTRA 5P7JA 1OD1A 2J9JA 4A6BA 1IIQA 4RCFA 3IXKA 3L3AA 4Y4GA 4QLHA 2W51A 4YOBA 5OYSA 4Y3PA 5IVSA 2IQGA 5P77A 5P8RA 4D8CA 5P6OA 4Y5AA 5CONA 3D91A 3Q5HA 5P29A 4EHCA 1FQ4A 2I0AA 1JLDA 1IDAA 5P6BA 4Y47A 4Y53A 2JS9A 2G24A 2AZ9A 4I0ZA 2Q15A 2Q54A 5P0AA 5P3VA 3ER3E 3SA5A 1AVFA 1SBGA 2F80A 4FGXA 4RRNA 2NMZA 1ODYA 3OXVA 1PSAA 4FRKA 5P7CA 1FF0C 5OZ4A 1APVE 1SDTA 1FG8C 5P4XA 5P4KA 3LNKA 4R95A 1PSOE 5P4SA 5OZ5A 3OY4A 3K5FA 4YDGA 4ZSRA 3S8IA 4Y5MA 5P5FA 3FV3A 5P7VA 5P28A 3D1ZA 3QS1A 4K4QA 2F81A 4L7GA 4FRSA 3UPJA 5DGUA 3IGBA 4DJYA 5P2TA 3PSUA 5F01A 4GZFA 1Z1RA 5P0FA 1XE5A 1HVKA 4DH6A 2UY0A 4GIDA 5P4BA 3LIZA 4K4PA 2WEBA 3G72A 2I4QA 3OK9A 5OZLA 5OYRA 2AOCA 5AH8A 3LHGA 1TQFA 3OTYA 3S7LA 4PZWA 4JP9A 3EM3A 1A8GA 1BAIA 5P0YA 4YCKA 4Y4WA 4HLAA 1T6EX 4CPUA 5KOSA 2B8VA 5I3XA 2OHUA 5HVPA 4Y4JA 5P3LA 5DR7A 5P74A 2PYMA 4Y54A 5SZ9A 2RMPA 4ZPEA 2QZWA 3CYXA 5P4NA 1D4SA 2FDDA 3O9HA 4XKXA 2PSUA 1IVPA 2HPEA 5SXNA 3MSJA 5P07A 1MRXA 5OZDA 5I3WA 4Y4AA 2NPHA 3S54A 3UDMA 4JECA 5OZPA 3O9IA 5P5UA 2QNQA 4AZYA 3ZL7A 5P5JA 1SDUA 5P5GA 2WEDA 2OHTA 5P62A 5DQ4A 4N00A 5P18A 3BXSA 4L7JA 3EMYA 5P1SA 3G70A 5OZKA 5P3DA 1LS5A 3MXEA 2VKMA 3URIA 1YTHA 4KE1A 4HDFA 5P0PA 2NR6A 3ZOVA 1YM2A 5ER1E 2PC0A 2G94A 1FB7A 5OZOA 4DDJA 2NXLA 3R0YA 2AVSA 3HBOA 4ER4E 3KDCA 3ECGA 3KA2A 2NNPA 3TPRA 1GVUA 2ER9E 5P8DA 3UQXA 2J9JB 3CKPA 1HSIA 2OF0A 2GTGA 5OYVA 4FAFA 3PHVA 1T7JA 3T7PA 4X2LA 5P2QA 5P8MA 3LZYA 3JVYA 5KQXA 2WHHA 2B60A 1HSGA 3UQRA 2R9BA 5P7EA 5EZXA 1W6IA 3QVIA 1C6ZA 3UFNA 2G1SA 1EPOE 2XFIA 1M43A 4Y4UA 2P8HA 4DV9A 1Q9PA 4J1IA 1E81E 4ER2E 3SKFA 5P5KA 2XFJA 4KB9A 3TOFA 2Q55A 5P13A 4MC6A 1FQ6A 5P87A 5P8SA 3NYGA 5AHCA 4PYVA 2VJ6A 5P41A 1SDVA 3I6OA 3NU4A 4BELA 5P71A 4Y3FA 1RQ9A 5P8CA 5JFUA 4QJ7A 4Y4BA 5P0SA 3S85A 2F8GA 5P1JA 5P3JA 5P8HA 1HTGA 5P6PA 2PSVA 1EBWA 3VV8A 4IVTA 3IVHA 5P79A 5P5OA 1NPAA 2JJJA 4DJRA 3CICA 4LAPA 1HXBA 5HU0A 5P8EA 2IGYA 5P80A 2ZE1A 2VJ9A 3JVWA 3ST5A 4LC7A 2BBBA 4Y3XA 1YG9A 4DJOA 3WSJA 4Y5KA 1WBKA 2PH8A 4HA5A 1GVTA 1W5VA 2V11C 2G21A 5P6XA 3KMXA 1QBUA 4Y3GA 1D4KA 2FS4A 4OBKA 2QU2A 3BUHA 3BRAA 5HE4A 4Y58A 4GJ9A 3SA4A 2WF3A 1FEJC 3GW5A 2H6TA 2IKOA 1YM4A 4Y56A 1LYAB 5P50A 4B00A 5P4YA 5P8OA 2AOEA 2VNNA 2IL2A 2QI7A 3NDXA 3PWMA 3UQUA 3NU3A 1QRPE 2PWRA 1ZTZA 3NU9A 1BV9A 2P83A 3OU4A 4QJ9A 4CPWA 4DQGA 4Y4TA 2V10C 4RYGA 4K4RA 5P5BA 1OHRA 4BFDA 4ZLSA 3CIBA 2VJ7A 4Y5BA 2G27A 1ZSRA 5OZMA 2VIYA 5P82A 2AQUA 1VIJA 3GI6A 3BGBA 4YD5A 4MC2A 5P4AA 4Y36A 1HPOA 4R5NA 4J1HA 5P3BA 1MT9A 2ZJMA 5P7AA 4Y37A 2XFKA 3NSHA 5HCTA 5P5VA 3OQAA 1B6JA 3CKRA 3UDKA 2A4FA 2FXDA 5P5RA 1ZBGA 1FFFC 4B0QA 3VYFA 2B7FA 5P03A 5P8QA 3TL9A 5P6WA 1SGUA 3M9FA 3APPA 4PHVA 2R3WA 5OZCA 3OU1A 4IVSA 5P8LA 3ZPSA 5P3TA 1EC3A 3SAAA 5OZ2A 5P6FA 4Y35A 1XE6A 2QHCA 5P1PA 1HVRA 1N69A 4GJDA 1C6XA 4ZE6A 2CENA 5P3CA 5P3HA 5KR2A 1HEFE 5P59A 3GI5A 5P7FA 1IDBA 4J0YA 5P54A 2BB9A 4DJVA 4J0VA 4KE0A 5P1DA 1BWAA 4YBIA 5OZTA 4CP7A 2FGVA 1BVGA 2HAHA 5P55A 1EPRE 1XS7D 5OZXA 4A4QA 5P1NA 1CMSA 5P4WA 3ZKSA 3TH9A 3H5BA 1MPPA 3SA6A 4I11A 1UH9A 3IN4A 3UDJA 5C9BA 3PCWA 3KFSA 5P1RA 3HAUA 3NU6A 3S53A 5P05A 5P0LA 5P65A 5DGWA 2ZDZA 5P4FA 1EBYA 4CPRA 3UTLA 3VLAA 2QNNA 5P1TA 3FSMA 2OHLA 1D4IA 5P6EA 4FL8A 2HPFA 3HDKA 2V13A 1D4LA 4YDFA 2Q63A 5OYQA 2QD6A 2V12C 2B7ZA 2KVDA 1LEEA 5P0BA 1YX9A 2WEZA 5P4RA 4CMSA 3I25A 2QK5A 2OHPA 2R43A 1MSNA 5OZZA 5P7DA 3QAAA 1BXOA 1FGCC 4Q5MA 5IVRA 1K6VA 3KFPA 5P2JA 1APTE 3WB4A 5DQ1A 5P0CA 2O4PA 1ER8E 2P4JA 5P2GA 3PWWA 4WTUA 2BKSA 4I1CA 4Y4EA 2QI0A 5OZNA 2FDPA 2IKUA 5P68A 4PEPA 3O9BA 5P7OA 5P2BA 5P6LA 2Q11A 5P1GA 4HDPA 5CLMA 1B6KA 3ZMGA 5OZ1A 1BWBA 3N4LA 5P30A 5P64A 1UH8A 5P2MA 2BKTA 5P0EA 1K2BA 2QHYA 3OU4B 4J1CA 1MERA 4FS4A 1LYBA 1C6YA 3CYWA 1G6LA 2B42A 4EXGA 5DQ5A 2FGUA 5P52A 2AODA 3S45A 1FQXA 1VIKA 1HTRB 5P4LA 5P5ZA 5P53A 1ZLFA 4OC6A 5P7BA 3RSVA 1PPME 4TVHA 2JJIA 3DK1A 3HVPA 4ACUA 1NH0A 2VA6A 3OTSA 2BPVA 5P1HA 5OZQA 3VYDA 3QRVA 5P25A 4B77A 3OUCA 3FNTA 5J25A 2A1EA 2QD7A 3L5DA 5P4DA 2QI3A 4UEXA 3OOTA 4RGHA 2I4XA 5HDVA 1XDHA 5OZAA 4OBHA 3OU1B 5KR1A 5IVQA 5OZJA 5P00A 2BPZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZS A;  5P4T A;  3L5F A;  4DPF A;  8HVP A;  4D85 A;  4Y5P A;  5P85 A;  5P5L A;  4APR E;  3HD8 A;  2OHK A;  5P4Q A;  5P6D A;  2ZHT A;  4YOA A;  4MC9 A;  4FSL A;  5OZY A;  5HU1 A;  1APU E;  1BVE A;  1CZI E;  5P7R A;  4CKU A;  2WEC A;  2B8L A;  1FMB A;  3EL5 A;  5P6T A;  2CEM A;  5OZ7 A;  2QZK A;  3LZU A;  4DJU A;  3OGQ A;  5P09 A;  5P3I A;  5P5H A;  3INH A;  3QRM A;  3QRO A;  3LZS A;  3Q4B A;  4NJS A;  5P7G A;  3TKW A;  1DIF A;  4NPT A;  5BWY A;  4J1K A;  3VF5 A;  5P14 A;  4FCO A;  5P81 A;  3BHE A;  3BUF A;  1BDR A;  4DQH A;  2QNP A;  3LIV A;  5P6Q A;  1DP5 A;  2FXE A;  5OZF A;  5KQY A;  4D83 A;  1MT8 A;  3SFC A;  1M12 A;  4OBZ B;  3EKV A;  3T11 A;  4ACX A;  2I1A A;  5P4Z A;  1ZP8 A;  5F00 A;  2IS0 A;  2LPN A;  3S56 A;  4I0H A;  2G69 A;  1MES A;  3NR6 A;  5P8A A;  3UDH A;  3T6I A;  3L59 A;  4YA8 A;  5IVT A;  3IN3 A;  4FRJ A;  4LXM A;  2AZ8 A;  5OZI A;  4K8S A;  2IDW A;  2Z9A A;  5P0M A;  5SY2 A;  3PBD A;  4BFB A;  3OUB A;  4OD9 A;  5P2N A;  5P04 A;  1ZJ7 A;  1ZPK A;  5ER2 E;  4EJ8 A;  3BVA A;  3RFI A;  3SO9 A;  1NSO A;  3EKW A;  2Q5K A;  3EXO A;  2RKF A;  5AHB A;  5P6C A;  4NJV A;  2R8N A;  3PSY A;  3NXN A;  2VIJ A;  5DR3 A;  2QP8 A;  5P2I A;  3PB5 A;  2O4K A;  4E43 A;  3OHH A;  5AHA A;  2G1Y A;  2RSP A;  3BVB A;  1HVS A;  4JOO A;  2HB4 A;  3B80 A;  4OBF A;  1NKL A;  5OZ0 A;  2ZJL A;  2R0R A;  1HRN A;  5P3Q A;  3HZC A;  5KQF A;  2R1Q A;  2ZGA A;  5DQ2 A;  1F34 A;  1F7A A;  5OZW A;  3OUD A;  1W5W A;  5P0N A;  1B6P A;  5P26 A;  3NWQ A;  4FRI A;  4LBT A;  3LZV A;  3ZKI A;  5P7N A;  4FAE A;  5P5N A;  2FLE A;  4Y5E A;  5P6M A;  4M8X A;  2BPY A;  4GJ7 A;  5P1F A;  1A30 A;  3PMY A;  2VA7 A;  3U7S A;  3ZPU A;  1T7I A;  3DM6 A;  3VYE A;  1KJ7 A;  2HB2 A;  5P4H A;  4D88 A;  1APW E;  3GGX A;  2QMG A;  1HXW A;  5ENK A;  4I0D A;  3OAG B;  5P49 A;  4Y9W A;  3VV7 A;  2AOG A;  3R4B A;  5P1I A;  4HE9 A;  2HS1 A;  3GI0 A;  4I12 A;  2HM1 A;  4GMI A;  2IEO A;  5P89 A;  2FNT A;  3NDW A;  2QD8 A;  4I0I A;  4XX3 A;  6FIV A;  5P40 A;  5P7Z A;  4BEK A;  3O9E A;  4XXS A;  5OYX A;  4ZSQ A;  2ZJN A;  5P10 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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