1W50A

Apo structure of bace (beta secretase)
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Apo and Inhibitor Complex Structures of Bace (Beta-Secretase)
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2004-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w50A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w50A02
4EQJA 5P5HA 3IAWA 2FNSA 2I1AA 5P4HA 8HVPA 1EPOE 4RROA 4KE1A 4QJ6A 4FM6A 3PCWA 3R1GB 1HPSA 5P0UA 4D85A 1ODWA 5P2AA 2ER9E 5P26A 2ZJNA 4JPEA 2V00A 4B1EA 2B8LA 4JPCA 2VNMA 3UDMA 4DVFA 2O4LA 1ZPKA 3G70A 5P7VA 3SA6A 5B18A 4XX3A 5P5DA 2VIZA 1ZTZA 3U71A 3EKPA 5P1EA 5DQ2A 4Y3MA 5P6AA 1HVLA 3MXDA 4DH6A 1FFFC 3S45A 3PBDA 2ZJJA 2JJIA 3RTHA 5P4NA 4GZFA 2HAHA 2VIYA 3BVAA 5KQXA 3OADA 3FNUA 4EXGA 5P6OA 1PPME 1B5FA 4Y5BA 3PWWA 5P39A 4CPQA 1TCWA 2G24A 5P5XA 5P8AA 2QI0A 3EMYA 3K1WA 5OZNA 3KDBA 2BPVA 3D1ZA 5P3CA 3M9FA 5P8QA 3IN3A 5P82A 3PMUA 3OUBA 5OZUA 4CPTA 5P1KA 1KJGA 5OZWA 5P4DA 5P89A 2VIEA 3SM2A 4DJRA 4FGXA 2QI4A 4OC6A 5P7YA 1EBKC 3WZ7A 5P4EA 3INDA 5P7EA 1SBGA 2HS1A 4H3IA 5P6BA 3LPKA 5OZ5A 4D8CA 1FMBA 1YM2A 4Y41A 2J9JB 3IXKA 3OWNA 5P66A 4N00A 4RYGA 1IZHA 2Q3KA 1A9MA 5OZJA 5P6GA 5P10A 3UHLA 5P64A 2XFIA 5P1UA 4A4QA 5P5EA 1GVVA 2AOIA 5P3TA 5OZ1A 3ZKSA 4BEKA 3HBOA 3MXEA 3URLA 3OXCA 1AIDA 5P5TA 3VF7A 4Y3WA 1G6LA 4B70A 3SABA 5OYQA 1FMUA 3INFA 3OHHA 4FRSA 5P3RA 3LIZA 5OZMA 2PQZA 3NU4A 4YBIA 3RTNA 5P6QA 3OXWA 2O4NA 2Q63A 3KDDA 1D4YA 5TOLA 4COEA 3PLLA 3INHA 4LP9A 2SAMA 4QGIA 1RNEA 2G94A 3LPJA 3O9HA 3SA9A 1AZ5A 3OQKA 3Q5HA 4Y44A 5P8EA 3PHVA 3FKTA 4ZSQA 3TH9A 1MT9A 1FQ7A 2QI7A 5P0YA 2WEBA 2O4SA 5P40A 4CPSA 3KFNA 2F3EA 4PYVA 5P1RA 1FFIC 3AIDA 4Y4TA 4YBFA 2QZXA 5P5YA 1LYWA 3NDTA 5P01A 3IA9A 4LC7A 5P4PA 3GI5A 3URJA 5HDZA 2R38A 4XX4A 5P5SA 2NXDA 5OZ7A 3FV3A 2QHYA 3BGBA 3URIA 5P5CA 5I3YA 3T6IA 3APPA 4Y3GA 2PSVA 1CPIA 4OBZB 5OZ3A 3NU6A 1HBVA 3JVYA 3OAGA 5P81A 5EZZA 1D4SA 4YE3A 5OZXA 5OZ4A 5P1OA 1TZSA 1FG6C 5P27A 3LIXA 4Y3PA 1HVKA 1E5OE 1YTIA 2PSUA 4QJ8A 5P6UA 3S43B 5P6IA 3S8IA 3VYFA 1HIHA 2OF0A 4B1CA 5P2NA 5IE1A 2G1NA 2I4DA 5P7ZA 4J1HA 5P5VA 4QJ2A 2I4QA 3C9XA 5P3DA 1U8GA 4Y36A 3OQ7A 5P83A 5P62A 1B6LA 3O9LA 3SA8A 1APUE 2QZWA 4Y43A 1DP5A 5DR3A 1K1UA 3EKYA 4Y4DA 4QJ9A 5P2HA 4I11A 2WF2A 2IGXA 4CPRA 6APRE 4OBKA 2IS0A 5P0KA 3L5DA 4J55A 1ZPAA 2VJ9A 3WB5A 4ZPEA 5P8DA 2QI1A 3EL9A 5OZSA 3UDJA 1PSAA 1AXAA 1HVCA 2BPYA 2I4WA 5BS4A 5EZXA 3UPJA 4B0QA 4R95A 4Y3RA 5OZTA 1APVE 2H6SA 3T7PA 4AA8A 3F9QA 5KR0A 1EC2A 3EL1A 1EPPE 5P09A 5P0GA 3L38A 5P1SA 4Y3FA 4KB9A 1T3RA 2AOCA 4ACXA 1LF2A 4UPJA 5JODA 1GNOA 3KFRA 3ZKNA 5OZZA 4Y53A 1BV7A 1K2CA 3VYEA 4LXMA 3PMYA 1YG9A 1C6XA 3PRSA 5P3BA 2NXMA 5AH8A 3OHFA 4Y3DA 3GGVA 5P8TA 2AZBA 2P3AA 1T7KA 3BRAA 4EJDA 5P4TA 5P8NA 1HWRA 1QRPE 5P0FA 1AVFA 2ZHRA 3CIBA 5P0OA 5P42A 3FX5A 2UY0A 5P45A 5AHAA 2R5PA 4YA8A 4Y5KA 2XFKA 1MTBA 3PWMA 4B05A 3EKVA 5ENKA 1ER8E 4DJPA 3QVCA 3BXRA 2I4XA 1PFZA 4Y3TA 5P04A 3VV7A 4M8YA 3I6OA 5P1BA 1HTRB 3CYXA 5P8HA 3B80A 1Z1HA 3QN8A 2J9JA 5OYSA 5OZ2A 3KYRA 1PSNA 5P17A 4NKKA 2ZHUA 5P3AA 2APRA 1YTGA 4CPWA 5P7IA 2VIJA 1BDQA 1DPJA 5OZBA 4I0GA 5P3PA 1W5VA 3VF5A 3OOZA 2B42A 3LZUA 4TRYA 3VFAA 5P0MA 3L5BA 5JFPA 3S85A 1SIVA 2JYSA 3N3IA 4RGHA 5P46A 5OZQA 4ACUA 3HLOA 4Y3NA 5P7FA 5DQ1A 3BUHA 4L6BA 4Y3JA 3I7EA 4RYCA 4E43A 2R9BA 5P1PA 5OYZA 1UPJA 1M0BA 4Y3XA 5P71A 3D20A 5P80A 3ZPTA 5P6VA 4J0ZA 3CYWA 1QDMA 2PWCA 4LXAA 1IBQA 5IS4A 1HVHA 3BVBA 3UFLA 4MC2A 4I0ZA 5P0RA 4FRJA 2QNQA 5JFUA 3PBZA 5P38A 4NJTA 5P22A 4R91A 2R3TA 2HIZA 4JOOA 1MSNA 1EBWA 5P6TA 2CEJA 5P5PA 1A94A 5J25A 6UPJA 4FLGA 4DJQA 2F8GA 4IVSA 5P28A 5P35A 1LYBB 3VF3A 5DPZA 5IVRA 3ZKXA 1WKRA 2BJUA 5HE5A 1E82E 2B7FA 5P1IA 4QJ7A 4R8YA 3BUFA 1UH7A 1ZP8A 2ZJKA 4GJCA 4OBGA 3LINA 4L7HA 3TPRA 3T7XA 1EC1A 5P8PA 5HTZA 4Y4EA 2OHPA 3MSLA 3CKPA 2XYFA 4Q1XA 5P3ZA 5P5BA 4K4QA 2QCIA 4Y4WA 5I3XA 4OBZA 4CP7A 1HVJA 2NR6A 2QHZA 4MC9A 3LZSA 2QD6A 2Q15A 4Z22A 1FLHA 1YT9A 2VA5A 2AOGA 3N4LA 2AVVA 1FQ8A 5P85A 1META 2FGUA 4X2LA 1B6PA 5P4LA 3RSVA 2QU2A 3SQFA 4Y48A 4F73A 5P2BA 5P11A 5P2WA 5P50A 3QIHA 5OZKA 2AODA 2AOEA 2WF1A 4YDFA 4U7VA 5P5UA 5P6NA 2AVSA 1ME6A 4PHVA 5CONA 5P47A 2QZLA 7UPJA 4LL3A 5P8VA 5AHBA 1APWE 1Z1RA 4LAPA 3BUGA 4OBFA 3HDKA 2AIDA 4J0YA 4Q1NA 4YD6A 5P76A 4RCFA 4GYEA 5P3KA 3WSJA 1OEWA 2WL0A 4GB2A 5P29A 1SGZA 4DQEA 1ODYA 4Y56A 5P4GA 1MTRA 1IIQA 5P4MA 5DGUA 2G1OA 9HVPA 3DCKA 3NUOA 3EKXA 3CKRA 4BFDA 2FGVA 5P20A 5P25A 1MSMA 2FIVA 4Y4UA 1FMXA 1LYAA 4DJOA 5P32A 3EKWA 1LF3A 3QPJA 4NJSA 4YOAA 1B6JA 1LEEA 1N49A 3DK1A 3H5BA 5DGWA 5P24A 4D83A 3DM6A 2IQGA 1XN2A 3QAAA 4RRSA 4EJ8A 2O4PA 5HDXA 3WZ6A 2F3KA 5P13A 4I0EA 1NPVA 5P8IA 3S54A 2ZHTA 2G20A 1RPIA 4L1AB 3EL4A 3VV8A 3O9GA 3DV1A 2I4VA 3T11A 5OZRA 2QI6A 4S1GA 5P1YA 5P7CA 1K6VA 5P4FA 2Q54A 4GJAA 2AVMA 1BV9A 4DPFA 1IVPA 4K8SA 5OYWA 1B6KA 5P0LA 4BELA 3OOTA 5P1HA 1K1TA 4Y4GA 5OZFA 1BWAA 3S2OA 1SGUA 3EM6A 1CMSA 2BKTA 3ZMGA 5P3LA 1ZLFA 5AH7A 1XL5A 4OBJA 3L58A 1SDVA 3IGBA 5BWYA 5KQZA 5P2EA 2FS4A 3LZYA 5P1NA 3TPLA 3NYGA 3NDUA 2BPXA 4FM7A 5P33A 5P3VA 1M4HA 4D89A 5P54A 3IVHA 1A30A 5P2IA 5P6PA 3D1YA 4Y4ZA 5F00A 2AZCA 1QBRA 1EPLE 3CIDA 3CICA 4ZSRA 1NPAA 2OHTA 1G2KA 4GMIA 1B6MA 1OEXA 1W5WA 5P5FA 1VIKA 5I70A 5P7QA 4NJVA 3Q4BA 5P1LA 3I2LA 5P4OA 4EHCA 5OYYA 4YCTA 5C9BA 4RCDA 2VNNA 4Y39A 5P56A 5P15A 4J0PA 1KZKA 5P3GA 1FB7A 2Q11A 2V10C 1FEJC 3O9EA 2P3DA 3L59A 5P1CA 1ZJ7A 3AUPA 5AH6A 3NWXA 5E5JA 5IVSA 3ZPUA 4EJLA 3GI6A 2R43A 4HA5A 5CLMA 1LYBA 5AH9A 3TKGA 1FQ4A 5P5WA 3ZKGA 3UDHA 4PEPA 5OZIA 1EBZA 1GKTA 5P2KA 4DI2A 5P2VA 5P0HA 2F3FA 4EP3A 4EQ0A 4HVPA 4M8XA 3VUCA 5P8UA 1KJFA 3OQFA 5P0PA 4Y45A 1QS8A 1AJXA 5P68A 4J1CA 4Y5PA 1SDUA 5ENMA 4RVXA 4YD4A 4LXKA 3PI0A 1W6IA 4U7QA 2BPZA 2QD7A 3HZCA 4ZPFA 3TNEA 5P41A 1MEUA 4TRWA 3UDQA 1HPOA 5P5NA 1DMPA 2QK5A 3NUJA 4GJBA 4CPXA 4Y51A 5P6CA 5P2UA 3PSUA 1IDBA 3UQPA 1W5YA 1SMRA 1HSGA 2JE4A 4APEA 3FSMA 5HCOA 5P63A 3OU3A 2V11C 3SPKA 3INEA 2RKGA 5P44A 1VIJA 3OU1B 4DPIA 5P2GA 4NPUA 4OD9B 5P6WA 4FM8A 4EYRA 5P0QA 5P0TA 1BAIA 4HZTA 4XKXA 1DAZC 5P0EA 3SFCA 4I10A 1FKNA 5P2TA 1T7JA 1QBTA 4A6CA 4APRE 1GNMA 1MERA 2JXRA 2AOHA 5P6EA 3VEUA 3O9IA 5HVPA 1PSOE 2I0DA 3PLDA 4U8WA 2IKOA 1LZQA 4Y5MA 1RQ9A 5P0VA 3UQWA 3SA4A 3O9BA 4Y6MA 5P8JA 3K5FA 3NXNA 3HAUA 3UDRA 3OTYA 1EEDP 2RENA 1IZDA 3O9CA 5C9FA 3OXXA 2QMPA 3D3TA 3OQDA 4CPUA 3KM4A 3SLZA 3VG1A 5SXNA 4PZXA 5P1JA 4I0FA 5P2RA 4Y38A 3LZVA 1TCXA 3UCBA 5P5MA 4K4RA 1ZSFA 4DFGA 1BIMA 4FCOA 2ER0E 2F80A 4L1AA 4RVIA 5P4VA 5P7UA 3R0YA 5P0SA 5HD0A 4YD5A 2Z54A 1IZEA 3KF0A 5P8SA 5SY3A 4Y3LA 1W50A 1HTEA 2OHUA 4Y4JA 4Y57A 4Y3EA 3EM3A 2Q64A 5UPJA 4FAEA 1XN3A 2IDWA 5P67A 1G0VA 3LHGA 3KFPA 2JJJA 3ZLQA 5OZAA 3DCRA 2RSPA 1IDAA 4J0TA 1FF0C 2CENA 3VV6A 5P75A 5P6YA 3ZKIA 2NXLA 3OGQA 1GVTA 3G6ZA 3UDNA 3SACA 1BBSA 1F34A 1WBKA 3GI4A 2FDPA 2WEZA 3LIVA 5P43A 1BXQA 1YX9A 3UQXA 5P1MA 1MT8A 3G72A 5P14A 1KJHA 2FLEA 4FIVA 2OHMA 3APRE 5P2SA 3DJKA 5P0ZA 5APRE 1MESA 4DQFA 4DJUA 5KOSA 1AAQA 7HVPA 5P3NA 3QBFA 5OZGA 4EWOA 2QZKA 2ZJHA 3TPJA 2BPWA 4HDBA 5P18A 2QHCA 5P5ZA 4ZIPA 3QI1A 3OK9A 4CMSA 2I4UA 4QJAA 5P53A 3Q70A 1EC3A 5OYRA 4YDGA 4Q5MA 2EWYA 3SKGA 4Z4XA 2HPEA 1BWBA 5DQCA 1ENTE 2PMAA 1MIQA 2OHSA 2ZHSA 1HVSA 5P0WA 4OC6B 1OD1A 3VSXA 5DR1A 4Y47A 2QI3A 3VLBA 1GVXA 3KMYA 3HD8A 4Q1WA 5KOQA 2P3BB 3DOXA 3PI5A 4KE0A 5OYUA 4AUCA 5P7WA 1YM4A 3I8WA 5P0IA 3SKFA 4WY6A 5HU0A 5P61A 5FIVA 5P3MA 1A8GA 2HB3A 5I3VA 2ZJLA 2R5QA 3GI0A 4RCEA 5DR8A 1HHPA 3ER3E 5SZ9A 5P59A 1MPPA 3S53A 3HVGA 2OHQA 3KT2A 1BILA 1PPKE 5P0XA 2VJ6A 3EC0A 3QRMA 4H3GA 1XE6A 5HU1A 1NH0A 5P79A 5P1QA 3MWSA 4Y54A 2Q5KA 2IRZA 1M43A 3PB5A 5P52A 1AJVA 4YHQA 5P65A 5P05A 3CKTA 4EJKA 3OU1A 5P4UA 1XE5A 2MIPA 3PM4A 3VLAA 3PVKA 3Q6YA 4OD9A 5P1AA 4AMTA 4FRIA 2P83A 2XFJA 4FS4A 3BC4A 4Y3QA 2G69A 5P5OA 3S43A 3OU4B 4TRZA 5HE7A 5P7PA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EQJ A;  5P5H A;  3IAW A;  2FNS A;  2I1A A;  5P4H A;  8HVP A;  1EPO E;  4RRO A;  4KE1 A;  4QJ6 A;  4FM6 A;  3PCW A;  3R1G B;  1HPS A;  5P0U A;  4D85 A;  1ODW A;  5P2A A;  2ER9 E;  5P26 A;  2ZJN A;  4JPE A;  2V00 A;  4B1E A;  2B8L A;  4JPC A;  2VNM A;  3UDM A;  4DVF A;  2O4L A;  1ZPK A;  3G70 A;  5P7V A;  3SA6 A;  5B18 A;  4XX3 A;  5P5D A;  2VIZ A;  1ZTZ A;  3U71 A;  3EKP A;  5P1E A;  5DQ2 A;  4Y3M A;  5P6A A;  1HVL A;  3MXD A;  4DH6 A;  1FFF C;  3S45 A;  3PBD A;  2ZJJ A;  2JJI A;  3RTH A;  5P4N A;  4GZF A;  2HAH A;  2VIY A;  3BVA A;  5KQX A;  3OAD A;  3FNU A;  4EXG A;  5P6O A;  1PPM E;  1B5F A;  4Y5B A;  3PWW A;  5P39 A;  4CPQ A;  1TCW A;  2G24 A;  5P5X A;  5P8A A;  2QI0 A;  3EMY A;  3K1W A;  5OZN A;  3KDB A;  2BPV A;  3D1Z A;  5P3C A;  3M9F A;  5P8Q A;  3IN3 A;  5P82 A;  3PMU A;  3OUB A;  5OZU A;  4CPT A;  5P1K A;  1KJG A;  5OZW A;  5P4D A;  5P89 A;  2VIE A;  3SM2 A;  4DJR A;  4FGX A;  2QI4 A;  4OC6 A;  5P7Y A;  1EBK C;  3WZ7 A;  5P4E A;  3IND A;  5P7E A;  1SBG A;  2HS1 A;  4H3I A;  5P6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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