5P5UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 255
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5uA01
4F76A 2OHKA 1DP5A 2Q11A 1FGCC 3EXOA 5P64A 3RSXA 1B6MA 5P6YA 2QZLA 3QI1A 5SXNA 5P89A 1B6LA 3K1WA 1AIDA 3LIXA 3T7QA 1PPLE 3N4LA 2BPYA 5AH8A 3PLLA 5P0NA 1BILA 4UPJA 3O9AA 5P48A 4CPRA 5P1TA 4GYEA 5P6KA 2VA7A 1K2CA 5P3SA 1Z8CA 3PSYA 5ISKA 4J1KA 5P1VA 3PMYA 5P1QA 4TVHA 5P36A 3U71A 2HPEA 5OZJA 5P5OA 1DAZC 4Y5NA 3LIVA 2QI5A 3B80A 3GI0A 5P0QA 5P71A 4GJDA 3TOFA 1YTJA 4Y3JA 4Y43A 1HTGA 4GJ8A 4B00A 2JE4A 1FEJC 4Q1WA 4AA8A 4N00A 5OZNA 2PH6A 5P15A 1HIHA 2O40A 5P1FA 3SABA 4ER2E 5P80A 3TTPA 3ZKNA 3NXNA 5P6SA 3PGIA 1B6PA 2OHPA 4R92A 4L7JA 1FB7A 5P0GA 4CKUA 5P0KA 5P2ZA 3OXWA 3PJ6A 4B72A 2WJOA 5P1MA 4OBKA 3DCRA 3EKQA 4YDGA 2PYMA 3NUJA 1PPKE 4BEKA 4JPEA 2VJ9A 3OUCA 4EP2A 5P7KA 2AODA 2PMAA 3EKWA 5P2AA 4A6CA 3VCMA 3OHHA 5SY3A 3K5CA 5P7MA 5HCOA 4L7HA 3OADB 4QJ2A 5P6LA 1FIVA 4B70A 1K6VA 2AZCA 2G1NA 5P8GA 4YD3A 5P8UA 2NXMA 2ZJMA 5IE1A 5OZOA 3BGBA 7HVPA 1ZPAA 1FQ4A 4Y3DA 5P1LA 4DFGA 3L58A 5P3KA 3QRMA 1PROA 5P88A 5P5FA 4NJUA 1FLHA 2ZDZA 4ZPFA 4YD4A 5OZVA 3UDRA 2O4PA 1K6PA 4R5NA 1SMRA 1M4HA 4Y4JA 5P1SA 2Q64A 1SGZA 5BWYA 5P1KA 5P29A 2WHHA 3NSHA 2NNKA 2V13A 4COEA 8HVPA 5P4GA 4ZSRA 4U7QA 1Z1HA 4EYRA 2IKOA 3KFPA 1TQFA 4ZPGA 1LF4A 1FQXA 5P0OA 4GMIA 5P0JA 4FSEA 2VS2A 5OZWA 4LP9A 5AH9A 1AXAA 5OZZA 3KDCA 3WZ7A 1G2KA 4QGIA 2J9JA 2VA5A 3IAWA 5P2UA 1ZBGA 3ZKGA 1META 2P3BB 5P07A 3FX5A 5P06A 5P4WA 1XDHA 5P4EA 5AH7A 1ODWA 5P2QA 1DPJA 1WKRA 3JVWA 3KMXA 3O9EA 2G21A 2HM1A 3DM6A 1HBVA 1RQ9A 4Y37A 2QI6A 1T6EX 3PB5A 4HDBA 2AOFA 4TRZA 5P6HA 2ER7E 4RCDA 5P0CA 1FQ5A 3SKGA 4APEA 3QVIA 4Y3LA 4Y4DA 2IDWA 1D4YA 5P50A 3MSJA 5P67A 4JECA 1M43A 4Y39A 4OBDA 1AM5A 2VNNA 1SH9A 2I1AA 3FKTA 5KQXA 2EWYA 3D20A 3QVCA 4Y44A 3T6IA 1ZTZA 3FNSA 1A8KA 1SP5A 5P8RA 3T7XA 3PWWA 5P1XA 5FIVA 2G69A 4Y3NA 5OZAA 4DJUA 3NU9A 4EXHA 2I0AA 4I1CA 3MXEA 2Z4OA 4DJVA 3DOXA 2FGVA 1NSOA 3QN8A 5P7DA 5P3VA 3MSKA 3INHA 2ANLA 3SA7A 5P5PA 1E82E 2QNQA 4WTUA 4HE9A 1GNMA 4RVIA 4CPTA 3EL1A 7UPJA 2JYSA 2FS4A 5DR1A 1MESA 5KAOA 1BDLA 2P3CA 3WZ6A 1YM2A 1EPME 3PMUA 3NDWA 3LHGA 3TH9A 2O4NA 5P02A 1XN2A 1QBSA 3KT2A 2WF0A 3VYFA 5P8JA 4Y5CA 3SA4A 4J0ZA 2PC0A 3WSJA 3TNEA 2IENA 1TSUA 2PSVA 1IVQA 3U7SA 5EZXA 1SDTA 3FSMA 2IS0A 5P47A 3I7EA 4Y3GA 4FRIA 5P7WA 3KF0A 4YHQA 3OY4A 2HB4A 4MC6A 5P8LA 3R0YA 4EJDA 1IZIA 1XS7D 4LHHA 5P7GA 5P6PA 3BUHA 3MSLA 3IVIA 3ZKIA 5KQFA 1K1TA 5F00A 1BBSA 5P13A 3IA9A 3NDTA 3QBFA 4ZIPA 4FAFA 2IRZA 1UH8A 4Y54A 3M9FA 3OUAA 4K4PA 2WF2A 5HDZA 2ZJLA 2BPWA 4K9HA 5P52A 2JXRA 5P2FA 3UDKA 4GJBA 2P3BA 3OU3A 5DGUA 1OHRA 3OQFA 1LF3A 2PQZA 2HS1A 3PCWA 5P5XA 5OYUA 3PWMA 1LYWB 6APRE 3Q5HA 3CYWA 1T6GA 5P33A 3RTMA 4I0IA 1HPOA 2F8GA 2V00A 1ZP8A 2QCIA 4DVFA 3L59A 5P5MA 1K6TA 3VUCA 4RVXA 2QD8A 3CICA 2IGYA 3BUFA 1EPLE 3HZCA 4Q5MA 2VKMA 5P2YA 5P4DA 4H1EA 3TOHA 2AVVA 3KMYA 5P3MA 4H3JA 3D1YA 3URJA 3A2OA 2QI0A 1FFIC 1Z1RA 2IGXA 1HPXA 4DJRA 2H6TA 5P37A 5P53A 3R4BA 2G20A 3OU4A 3DJKA 2I4XA 5OYQA 3PLDA 5P2KA 5P3RA 4NJTA 3PM4A 1DMPA 1W5VA 3NYGA 5OZSA 2QNNA 4FE6A 1FG6C 4HA5A 1LS5A 1B11A 3LZSA 3R2FA 3OXXA 5P3ZA 5C9FA 1OEWA 1IDBA 5OZKA 4YD5A 4ZE6A 3EM3A 5P2TA 1BV9A 1HOSA 5SZ9A 3GI4A 3TL9A 1AJVA 3NWQA 5P8BA 3SA6A 3H0BA 4I8WA 2NR6A 4WY1A 2NXLA 1HVKA 2Q3KA 5P7ZA 4Y5BA 4RCEA 5OYYA 5P5NA 4GJCA 5DQ1A 2F3EA 4Y3EA 5OZMA 3JW2A 4QJ9A 3NXEA 3HD8A 5P7LA 4I11A 5P1EA 2QHCA 4J5JA 3UTLA 2P4JA 4GJ7A 4Y4TA 2G94A 5OZEA 3SA3A 2AOJA 5P54A 1YM4A 2B8VA 3FNUA 5P08A 4OBGA 3AUPA 5P76A 2FLEA 1ZJ7A 2PK6A 5P45A 3O9CA 5P39A 2QZWA 5I3WA 3VF3A 3SM2A 1HIIA 3H5BA 4GJ9A 5P8EA 1LZQA 5P2OA 1C6XA 5P46A 5P28A 1HTFA 2ER0E 5P75A 1KJ4A 4I8ZA 5P6VA 3KFRA 3CKTA 2BBBA 5P8OA 1AVFA 2AVSA 4NPUA 5P2MA 3EL9A 1W5XA 5P0ZA 1OD1A 5P27A 4KE1A 3HLOA 2UXZA 5P3YA 5DR3A 3SPKA 5P8HA 4ZLSA 4Y35A 4Y36A 3TPRA 3HVGA 2V16C 4ACUA 5P2SA 5ENKA 3WB4A 1CPIA 5P8CA 5OYWA 2F3KA 1K1UA 2ZHVA 3UHLA 3NDXA 5AH6A 3KT5A 3L5BA 2IEOA 3CIDA 3BXRA 3WZ8A 4RZ1A 2NTRA 5DQ5A 5DR7A 2OHQA 4H3IA 2J9JB 5P34A 1LYWA 5P2VA 3UCBA 5P0PA 4GZFA 3PBDA 3UF3A 3ZKXA 5P3UA 4OBHA 2QK5A 5P6TA 4IVTA 3IN4A 5P6UA 5P24A 5P5QA 1W51A 3O9BA 5P3TA 2WL0A 2O4LA 4PPHA 2AOEA 4FL8A 3UFLA 4YD6A 5IVTA 2QI1A 5SY2A 3DV1A 1BWAA 1ODXA 5P84A 5IVQA 1D4SA 5OZRA 2ZJIA 1WBMA 1E81E 4RVJA 4B1DA 5OZ7A 5P7QA 4Y51A 4CPXA 5P2DA 5P1CA 3CKPA 5P7PA 1ZLFA 4Y3AA 3CKRA 1B6JA 1T7IA 2AOIA 3OGQA 4DJPA 5P5AA 2NMZA 3I25A 2BPXA 2O4KA 3VSWA 4KUPA 2HAHA 4DQGA 5P6QA 1CMSA 3OTSA 3LZUA 5P7HA 3F9QA 1YTGA 2QP8A 1ENTE 5P69A 5HU1A 2RMPA 2QAKA 1A94A 2QHYA 4LL3A 2Q55A 3VV8A 4APRE 1MTRA 3EBZA 2OHMA 4RCFA 5P32A 5P8AA 5P5JA 3ZLQA 3O9IA 5APRE 2NXDA 1IDAA 4RROA 2MIPA 2Z54A 3PWRA 4Y5KA 3GGAA 5P73A 5KOSA 3OQAA 1C70A 2HB2A 1EPRE 2RKGA 4Y53A 2OHNA 5P5EA 5P0HA 1C6YA 1MERA 3ZOVA 3DK1A 4Y41A 4FM7A 4XX3A 5AGZA 5P12A 3K5FA 2PSUA 5IVRA 4NJVA 5OZ6A 5ER1E 2QZXA 1W6HA 2FDEA 4RRNA 2FDPA 4RYGA 5HE4A 4XKXA 1G0VA 3LIYA 2ZE1A 5I3YA 1FMUA 2RSPA 4HDFA 1GVUA 3HVPA 3UQRA 2NMYA 2QMFA 2QNPA 2JJIA 3R0WA 4H3FA 4H3GA 3WB5A 5BRYA 2XFJA 4FM8A 3BUGA 1K6CA 3QAAA 5DQCA 3UDPA 4HLAA 3VYDA 1W5YA 2HS2A 5P4HA 2R9BA 1RNEA 4D8CA 1SDUA 2WEZA 4AA9A 2Q63A 5P5HA 4Y3PA 1ZPKA 2OAHA 4YOBA 4B0QA 3URLA 3OQDA 5P41A 1W5WA 4GIDA 5P2JA 5P8FA 5P8IA 3ZKSA 1AJXA 1UH7A 2AOHA 3QROA 1MRWA 3EL5A 3TPLA 5P7EA 2R5QA 5HTZA 2IQGA 2HC0A 5P3GA 1HVRA 5KR1A 5DQ2A 1TZSA 1D4IA 5P5LA 2HIZA 5HDXA 1D4KA 4Y3MA 4NJSA 4FM6A 5OZ3A 1F7AA 2ZHTA 1KZKA 4QJ7A 5AHCA 3NU6A 3EM4A 5CONA 4K4QA 4CPQA 1PFZA 5OZIA 2P8HA 2WECA 5UPJA 3OU4B 5P65A 4B1CA 3UDHA 2OHRA 2XYEA 4OBFA 1EPPE 5P7OA 3LPJA 2B42A 3CIBA 1G6LA 5HDUA 5P79A 3DUYA 4B05A 3RU1A 5OZBA 3UDYA 4MC1A 5P04A 1FG8C 5P2EA 4EJKA 5P2RA 1KJGA 5P03A 5P7FA 2XFKA 1MSNA 4TVGA 5P44A 2VJ7A 1IZDA 4U7VA 3IGBA 2BPVA 5P38A 3OUDA 4E43A 3GI6A 2SAMA 3INEA 3O9HA 1SBGA 2F80A 5P3EA 3PVKA 1XE5A 4J1HA 5P4ZA 4CP7A 3D1XA 5IVSA 4J1EA 2R43A 3OUBA 2PWRA 4PEPA 5P1ZA 4GJ6A 4Y4BA 3EM6A 3OQ7A 3TKGA 1SIVA 1E80E 1PSAA 1GVXA 5OYTA 2A4FA 5P59A 5J25A 1PSNA 3OK9A 1KJHA 4MC9A 5P5SA 3D91A 5P0VA 4A4QA 5P4YA 2B8LA 2OF0A 1MRXA 4OC6B 5P3DA 1XL5A 1B5FA 5P2XA 4Y9WA 5P8PA 2R5PA 1M0BA 2CEMA 2ZGAA 5P26A 1ER8E 5CLMA 3S7LA 5P6AA 2QMPA 5JG1A 2G1RA 2WEDA 1BWBA 1GVWA 3D1ZA 5P7AA 4L6BA 4EJ8A 4J0VA 1MUIA 3S85A 1XL2A 6FIVA 4FCOA 2BQVA 5DR0A 5P11A 5P8VA 5DR8A 5HVPA 3JVYA 4L7GA 3EKTA 4B1EA 1BIMA 1E5OE 5P60A 4Y3TA 4TRYA 5P5RA 5P3HA 1HPVA 3N3IA 5P0MA 1HVHA 3VFAA 3EKYA 5HU0A 2G1OA 2I4WA 3UDJA 5P0BA 2JJJA 3PCZA 5P0IA 1MEUA 3O9LB 5ISJA 3IXOA 2F3FA 3GGXA 5OZQA 2Q15A 3S43A 5P0XA 4ACXA 5P5YA 3LINA 2UPJA 4J0YA 3VV7A 3AIDA 4XXSA 3L5CA 1PSOE 4Y4UA 1APTE 3U6AA 3I6OA 1EPQE 3KN0A 5P4TA 4J54A 1HPSA 5KR8A 2FXDA 3NDUA 3I8WA 3SA9A 1K2BA 4JP9A 1MTBA 3VLBA 4ER4E 3IXKA 1U8GA 1EC0A 5P1BA 4R95A 5P1RA 4J0TA 1HSIA 4I10A 2FMBA 5P3PA 1HRNA 1D4HA 1SMEA 4DJQA 4Y5GA 1WBKA 4HZTA 1C6ZA 5P0EA 1BAIA 2BB9A 5P0AA 4I0EA 2AZ8A 2P3AA 3OQKA 1RL8A 3OOTA 4F74A 4B77A 4HDPA 5AHAA 2HPFA 4Q1XA 5ENMA 1KJ7A 4DPFA 5P7CA 4GB2A 5OZ2A 5P3QA 1MT8A 1FMBA 4KE0A 3SA8A 2Q54A 4OD9B 1MT9A 4Y4WA 4DQHA 3ZPTA 5P5GA 1ZSFA 4R93A 4Y56A 4LAPA 4YCTA 2A1EA 5P0SA 4Z50A 3UPJA 4Y5EA 4Y50A 5P4OA 5P77A 5P1WA 5P5UA 4LXAA 2NNPA 4J0PA 5IS4A 5DR4A 5P5VA 2XYFA 5P1JA 5P3AA 5P2WA 3O9GA 3OAGA 2ZJJA 3CYXA 5P0WA 5P7SA 3PEPA 1EBZA 2WF1A 3QRSA 1FQ6A 4YA8A 5DGWA 2R38A 4DQFA 4RGHA 1MPPA 5P30A 5P4IA 5P7YA 4OC6A 2FGUA 1KJFA 2G1SA 1LV1A 1MT7A 1W6IA 4LXKA 4A6BA 4EQJA 5P3CA 2FNSA 2I0DA 4B78A 4J55A 1EPNE 3ER5E 1BV7A 5P8KA 1YTHA 2OHUA 5P6JA 4R91A 2G1YA 2ZHRA 5P1YA 1BDQA 4Z2ZA 5P8TA 5P2GA 1J71A 3HBOA 5P16A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F76 A;  2OHK A;  1DP5 A;  2Q11 A;  1FGC C;  3EXO A;  5P64 A;  3RSX A;  1B6M A;  5P6Y A;  2QZL A;  3QI1 A;  5SXN A;  5P89 A;  1B6L A;  3K1W A;  1AID A;  3LIX A;  3T7Q A;  1PPL E;  3N4L A;  2BPY A;  5AH8 A;  3PLL A;  5P0N A;  1BIL A;  4UPJ A;  3O9A A;  5P48 A;  4CPR A;  5P1T A;  4GYE A;  5P6K A;  2VA7 A;  1K2C A;  5P3S A;  1Z8C A;  3PSY A;  5ISK A;  4J1K A;  5P1V A;  3PMY A;  5P1Q A;  4TVH A;  5P36 A;  3U71 A;  2HPE A;  5OZJ A;  5P5O A;  1DAZ C;  4Y5N A;  3LIV A;  2QI5 A;  3B80 A;  3GI0 A;  5P0Q A;  5P71 A;  4GJD A;  3TOF A;  1YTJ A;  4Y3J A;  4Y43 A;  1HTG A;  4GJ8 A;  4B00 A;  2JE4 A;  1FEJ C;  4Q1W A;  4AA8 A;  4N00 A;  5OZN A;  2PH6 A;  5P15 A;  1HIH A;  2O40 A;  5P1F A;  3SAB A;  4ER2 E;  5P80 A;  3TTP A;  3ZKN A;  3NXN A;  5P6S A;  3PGI A;  1B6P A;  2OHP A;  4R92 A;  4L7J A;  1FB7 A;  5P0G A;  4CKU A;  5P0K A;  5P2Z A;  3OXW A;  3PJ6 A;  4B72 A;  2WJO A;  5P1M A;  4OBK A;  3DCR A;  3EKQ A;  4YDG A;  2PYM A;  3NUJ A;  1PPK E;  4BEK A;  4JPE A;  2VJ9 A;  3OUC A;  4EP2 A;  5P7K A;  2AOD A;  2PMA A;  3EKW A;  5P2A A;  4A6C A;  3VCM A;  3OHH A;  5SY3 A;  3K5C A;  5P7M A;  5HCO A;  4L7H A;  3OAD B;  4QJ2 A;  5P6L A;  1FIV A;  4B70 A;  1K6V A;  2AZC A;  2G1N A;  5P8G A;  4YD3 A;  5P8U A;  2NXM A;  2ZJM A;  5IE1 A;  5OZO A;  3BGB A;  7HVP A;  1ZPA A;  1FQ4 A;  4Y3D A;  5P1L A;  4DFG A;  3L58 A;  5P3K A;  3QRM A;  1PRO A;  5P88 A;  5P5F A;  4NJU A;  1FLH A;  2ZDZ A;  4ZPF A;  4YD4 A;  5OZV A;  3UDR A;  2O4P A;  1K6P A;  4R5N A;  1SMR A;  1M4H A;  4Y4J A;  5P1S A;  2Q64 A;  1SGZ A;  5BWY A;  5P1K A;  5P29 A;  2WHH A;  3NSH A;  2NNK A;  2V13 A;  4COE A;  8HVP A;  5P4G A;  4ZSR A;  4U7Q A;  1Z1H A;  4EYR A;  2IKO A;  3KFP A;  1TQF A;  4ZPG A;  1LF4 A;  1FQX A;  5P0O A;  4GMI A;  5P0J A;  4FSE A;  2VS2 A;  5OZW A;  4LP9 A;  5AH9 A;  1AXA A;  5OZZ A;  3KDC A;  3WZ7 A;  1G2K A;  4QGI A;  2J9J A;  2VA5 A;  3IAW A;  5P2U A;  1ZBG A;  3ZKG A;  1MET A;  2P3B B;  5P07 A;  3FX5 A;  5P06 A;  5P4W A;  1XDH A;  5P4E A;  5AH7 A;  1ODW A;  5P2Q A;  1DPJ A;  1WKR A;  3JVW A;  3KMX A;  3O9E A;  2G21 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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