3KMYA

Structure of bace bound to sch12472
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
EPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of Fragment-Based NMR Screening, X-ray Crystallography, Structure-Based Design, and Focused Chemical Library Design to Identify Novel muM Leads for the Development of nM BACE-1 (beta-Site APP Cleaving Enzyme 1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kmyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kmyA02
3OU4B 4ZEAA 2V0ZC 4DJPA 1VIJA 3D3TA 3BUGA 4AA9A 4ZSRA 4Q1NA 2B60A 4Y4AA 4Y3AA 1MUIA 2IQGA 1QRPE 3GGAA 4I0FA 4RROA 5P13A 1F7AA 1KJ7A 3TKGA 3UCBA 4APRE 3PSUA 2ZYEA 5HDUA 5P65A 5OZAA 5P56A 5P3XA 3I6OA 5P40A 1D4IA 1EPME 4RRSA 1UH7A 3GGVA 4LXMA 4RCEA 2BKTA 5SY2A 4OBJA 1KJGA 3IGBA 1EBZA 4IVSA 5OZIA 3OTYA 3VF3A 4Y54A 2MIPA 2Q15A 5DR3A 2AOGA 3UFLA 3ZKMA 5P20A 4ER4E 4Y38A 2V12C 1IVPA 4CPRA 1HIHA 1KJHA 1ZPAA 4M8YA 5DGWA 3L5EA 3OQFA 5P7CA 2WEAA 4EXGA 1FQ8A 2P3BA 3WZ6A 2G26A 1B5FB 3R0WA 4XXSA 2G1OA 2OHTA 3S43A 8HVPA 5P58A 2QI1A 1ODXA 2IRZA 3CICA 3I2LA 2WECA 1Z1HA 2QD7A 3IN4A 1CZIE 5P15A 5P79A 4H3IA 1HIIA 4PZXA 4FM8A 1K6VA 3RTMA 3UQXA 2AZBA 3HVPA 1HVJA 5P1IA 3R1GB 4Y57A 5BS4A 1FGCC 5P82A 3B80A 3OUAA 5JFPA 1APUE 2BQVA 5KR0A 4DJYA 1MRXA 3FV3A 1K1TA 5P05A 5P76A 3H5BA 3FNTA 4XX4A 1SGUA 3R0YA 2PK5A 4AA8A 3O9BA 4E43A 3ZKQA 3LIZA 5P44A 1PROA 3Q70A 4FGXA 5OZJA 3GI6A 1YTGA 2AOCA 2RKGA 2VNMA 5P85A 2AODA 3TPJA 5P4YA 3K5DA 3BXSA 2OHLA 2QD8A 1TQFA 5P3KA 3HBOA 5P4KA 4B1EA 2OHSA 5P36A 3S7LA 4GJ5A 3URJA 1EC1A 3ST5A 1HVKA 5P4VA 1QBRA 5P80A 3Q4BA 5P1PA 4D8CA 1D4KA 5OZ0A 2NR6A 4GJDA 3ZLQA 1K2BA 3ZKNA 3GW5A 1T6EX 5DR4A 5HCOA 2NNPA 5P4LA 5P7GA 3KYRA 3PBDA 4Y4XA 3LZUA 4Y3HA 5P4OA 5KR1A 5P55A 1WKRA 4Y4TA 3R4BA 5HDVA 2G1YA 3EC0A 3D1YA 4DJUA 3WSJA 4Y4ZA 4EPJA 3FKTA 4EJ8A 2I4XA 2ZHSA 2HB4A 2G21A 2FDEA 4R93A 3OQ7A 5APRE 2HB2A 1EEDP 1DIFA 2ANLA 3LNKA 4CMSA 1BAIA 3QRVA 5P3EA 4LC7A 1W5XA 5P0VA 3SFCA 2G1NA 2G94A 4Y47A 4D85A 5IVQA 5PEPA 4Y56A 3K4VC 4HE9A 3SPKA 3HZCA 4QJ7A 4GIDA 3LPJA 4ER2E 1GVVA 3VF5A 3NLSA 5P8EA 1MT7A 4X2LA 5P1YA 5P3DA 3QVIA 4NKKA 1BBSA 3UQWA 5P3CA 3HAWA 4OBGA 2WL0A 5P49A 3VLBA 5P84A 4YBIA 5P27A 5P64A 3TLHA 1AZ5A 2FS4A 3WZ8A 2I0AA 4K8SA 4GZFA 5HTZA 5P2HA 5OZRA 5OZFA 4B05A 5P7YA 2QZXA 5P6QA 1B6MA 5P0MA 5FIVA 4TVGA 5HU0A 5HD0A 4Y5NA 2G22A 4Y3PA 3UTLA 1ENTE 3VG1A 3QBHA 4A6BA 5OZZA 5P2AA 4AUCA 3EKPA 5DR7A 1MESA 4QGIA 3UFNA 3CKRA 2ER6E 3O9DA 5P4BA 5P6TA 5P3BA 1BDQA 5OZ2A 4YA8A 3OUDB 1TW7A 2B7FA 5P8BA 5P4NA 1SMEA 3NU9A 2XYEA 5P51A 4B0QA 6FIVA 1SH9A 3MSLA 4I1CA 5P6DA 5HE7A 2WJOA 5P2YA 5P2FA 1ZPKA 5P6RA 5P1BA 5P16A 1LS5A 4XX3A 4J55A 2AVMA 5P3PA 5P38A 5P5OA 3S7MA 4Y5EA 5TOLA 3OAGB 4YD3A 1EC3A 5P1UA 4Z22A 5P0CA 2QAKA 3EM4A 5P4IA 2VIEA 2R9BA 2IDWA 3I7EA 4RYGA 5P37A 5P54A 4J1KA 1LYBB 5P6EA 5P0HA 2BBBA 4NJSA 3G70A 3C9XA 2IGXA 1BDLA 2V16C 4JP9A 1A9MA 2FGVA 5DPZA 2R8NA 2G27A 2QMGA 5P3SA 2ZJJA 5P28A 3DV1A 3IVIA 1APVE 3OU3A 5IS4A 4Y5CA 2ZHTA 4TRYA 1HSIA 5P6UA 1A8KA 2B8LA 3OUDA 1ER8E 5P26A 4YCTA 4OBZB 3VLAA 3BVBA 3T3CA 4PZWA 5ENKA 1C6YA 1MT9A 3TTPA 5BWYA 4KB9A 1KJFA 3OOTA 3VUCA 3ECGA 5UPJA 5P2XA 3ZPUA 4YCYA 3U6AA 5P2VA 2JXRA 1SGZA 2ASIA 3GI5A 4U7QA 2ZJMA 1EC0A 2I4QA 5P3JA 5P8AA 3OXXA 3TL9A 2AQUA 9HVPA 1B11A 1RQ9A 2WF3A 5DQ5A 1EBWA 1SBGA 3T6IA 1ZLFA 5P3VA 1LZQA 3VV6A 3OUBA 3D1XA 5OYUA 1T3RA 3FNUA 3OADA 3ZL7A 1ZAPA 4LXKA 5AH7A 5P0GA 3ZKIA 2FNSA 5P5XA 4OD9B 4DQHA 3PLLA 2OHNA 1CPIA 4PEPA 5P73A 1EPQE 5P0JA 5P5HA 3PI0A 5P0SA 3SM1A 2NTRA 2PMAA 5P46A 4Q1YA 5P14A 1GVXA 3LZSA 5P7HA 3SA4A 2QK5A 3L3AA 5KR8A 3VYDA 4ACXA 2QMPA 2BKSA 2IKOA 5P8IA 2V13A 4YOBA 1CMSA 5OZTA 2ZJLA 4DQFA 4F74A 5P47A 2QI4A 2CEMA 4EYRA 5P4HA 2R3TA 3TPPA 3EL1A 1KJ4A 1ZSFA 3NSHA 4Y4WA 5I3WA 5OZQA 1HXBA 5P07A 4L6BA 3ER3E 4X7IA 4Y5KA 5P1WA 2OAHA 5P5BA 5P32A 4H3GA 4EJLA 3K1WA 5P70A 5P3LA 3GGXA 5P3WA 1HXWA 4DQEA 5E5JA 1BVGA 5P86A 1EPOE 4JPCA 4GJ6A 3OXVA 2JJIA 1Q9PA 1FKNA 4UPJA 7UPJA 2AVSA 5P5QA 5P6SA 3S2OA 3NU4A 4OD9A 5E5KA 5I70A 5B18A 5P75A 3LZVA 3S85A 1META 5P08A 5P0RA 1HBVA 2PC0A 2ER0E 3WZ7A 5P0FA 3PHVA 4I0EA 1C6XA 3L38A 5P5AA 3K5GA 1YTHA 2H6TA 3CKPA 2WF1A 4FRIA 4K4QA 4GJAA 5P5FA 3CIDA 3ZKXA 1UH8A 5P00A 1MSNA 3SM2A 5OZMA 5OYWA 5AGZA 4Y39A 4YBFA 3LIYA 5P6MA 3TOGA 4B72A 1ZSRA 4DH6A 2B7ZA 1GNMA 3BC4A 4HEGA 2NMZA 2QP8A 1AIDA 5P7AA 5P8MA 3K5CA 1SDVA 1HPXA 1XN2A 1HTRB 1HSHA 3EL9A 5P8CA 1A94A 5P6FA 2CENA 2OHMA 4FE6A 4J0VA 4Y3FA 5P88A 3SA9A 4HDPA 4B1DA 5KQYA 5P1AA 5P5VA 1MEUA 1C6ZA 4QJ6A 5P1FA 2H6SA 2APRA 3DOXA 3OY4A 4Z2ZA 4CP7A 3VYEA 3BRAA 4Y51A 4EQJA 3IA9A 5OZNA 2IEOA 3PB5A 3KMXA 1M0BA 1XDHA 4Y37A 3MXEA 5P45A 4ZE6A 2QD6A 3NUOA 4FAEA 3EKYA 4PYVA 3UQPA 1GVUA 3NR6A 5AH9A 5P43A 3OGPA 5P0TA 2RKFA 4GJBA 3L5DA 1DAZC 1GNNA 2ZJIA 2PSVA 4YDFA 3TOFA 5P0BA 2QI3A 2VJ9A 5P7KA 1IZEA 3OGQA 5ISKA 4WY1A 5OYXA 3EL4A 5P5IA 5P5JA 3R2FA 3DJKA 4LBTA 5P1RA 5P7NA 3QP0A 3EM3A 5P5LA 2NNKA 5P1GA 2G24A 5P0DA 3FIVA 5P6NA 3TPRA 1IZHA 3PLDA 2QNQA 2P3AA 5P7JA 1EBKC 5P3ZA 4COEA 5P2ZA 4K9HA 1EAGA 3EXOA 5P06A 3UDQA 5ISJA 1IZDA 2O4NA 3SABA 5P0OA 5P2EA 1HPOA 3D20A 3QROA 2I4UA 3DM6A 4Y3ZA 4FIVA 2VA7A 3N4LA 2G1SA 1FEJC 3INEA 4Y6MA 5C9BA 2Q3KA 3GI0A 2QNPA 5P4EA 4I8ZA 5P5CA 2QMFA 1WBKA 5P1SA 1HVRA 3RTNA 4EP3A 2FGUA 1B6PA 4L7JA 1NPAA 1HSGA 5OYYA 1PFZA 3RVIA 1OEWA 3EKQA 3PRSA 5P1JA 1FG6C 3OXCA 2QZKA 3HDKA 3CYXA 4Y5GA 4GJ7A 5DR1A 3EMYA 2PWRA 4L1AA 5OZUA 4H3FA 4Y4DA 3OK9A 5P3TA 1FQ4A 3KM4A 5P10A 3NXNA 1EC2A 3CIBA 3VEUA 4FAFA 5P12A 5DR0A 4Y50A 4Y5PA 5P1MA 2AOIA 3ER5E 3O9GA 5P02A 4Y3YA 3INHA 3JVYA 5P17A 1W5YA 4JPEA 3S54A 4H3JA 5P4JA 4QJ9A 4DPIA 4APEA 4Y9WA 1TSUA 1FFFC 3SLZA 5P48A 1C70A 5P7MA 5P7TA 1VIKA 3NU5A 5OZSA 5P0QA 1RV7A 2IS0A 4Y36A 3JVWA 5P4WA 3OTSA 5P3GA 4R8YA 2V10C 4FM7A 3ZKSA 3TKWA 1OD1A 2F81A 2QHCA 2VJ6A 2VA6A 1RPIA 4WTUA 5I3VA 3PWRA 3KDDA 3VFBA 2BJUA 1ODWA 4LP9A 5OZ5A 4Y48A 5P8JA 3A2OA 3HW1A 2Q63A 1E5OE 2IGYA 3PSGA 1RL8A 2OHUA 5OZ3A 5P4UA 4ZPEA 3TOHA 2O4SA 5P2QA 2A1EA 5ER2E 3QS1A 4F73A 4HDBA 3BHEA 5P8GA 1QBTA 4B00A 3HAUA 1MTRA 5KR2A 1M4HA 2OHQA 2QI7A 5P2KA 5IE1A 5P2RA 5P4RA 4I0IA 4EXHA 3KFRA 4DJVA 5HU1A 2WF0A 2QHYA 2B8VA 4Y3NA 3QBFA 4ZSPA 4Y5MA 4YOAA 2QNNA 1AJVA 5P5WA 3OQAA 5P8KA 2F8GA 3O9CA 4LHHA 1AVFA 1A30A 1B6KA 4I12A 3HD8A 4R95A 5CLMA 1SDTA 2I1AA 3FX5A 3BVAA 4I0JA 3HVGA 1UPJA 4Y3GA 5COKA 5P74A 4MC6A 5I3YA 1PPME 5P4MA 1XL5A 5P7WA 3O9LA 5P3UA 4BEKA 4Y5AA 2AOHA 5P1ZA 5P0WA 2PK6A 4D88A 1IVQA 3QIHA 5P8NA 4GYEA 1ODYA 3VSWA 3SKGA 2AOFA 3UF3A 2HB3A 3S45A 1NPVA 4J0TA 1Z1RA 5OZ4A 2WKZA 5P1XA 4A6CA 3OOZA 3FNSA 4CPTA 3BUFA 2OHKA 3UHLA 1UH9A 4Y3DA 1DW6C 1E81E 4ZPFA 2WEDA 3ZPSA 4GMIA 4RLDA 4Y35A 5DGUA 3IXJA 3IXKA 4MC1A 5P39A 5EZXA 2VS2A 5P29A 3EKTA 5P23A 1YTJA 3EBZA 3NUJA 4ZIPA 1XS7D 5P7DA 1XN3A 2FMBA 1HPVA 3OADB 1B6JA 4EWOA 2Q11A 5SZ9A 5P4SA 4CPQA 5P60A 3GGUA 3G6ZA 4Y3EA 5P7EA 3APPA 2V00A 2ZGAA 1NSOA 3OUCA 3TH9A 1MERA 2HC0A 3KFPA 4Q1XA 2FIVA 5P2CA 2XFKA 3T7XA 3UDRA 1FQ7A 5P7IA 4I0GA 1NPWA 4B70A 1TSQA 4B1CA 2J9KA 5P77A 5P7LA 4Y3TA 2P8HA 5P2UA 5P57A 2EWYA 4DUSA 2Q64A 3URIA 4NJTA 5F00A 3DK1A 3NDXA 3PCZA 4YD7A 4DJXA 1FMUA 3EKWA 4YE3A 2NXLA 3PGIA 3S53A 1DMPA 4J0PA 5OZVA 1YM2A 5P63A 3LHGA 1GKTA 5OZWA 5P34A 2AVOA 4DI2A 1QBSA 5P8PA 2ZJHA 5P0LA 5P72A 5P41A 5OZKA 4S1GA 5P6VA 3F9QA 1ZBGA 4RRNA 2PH8A 4FCOA 5P5PA 4MC9A 3ZMGA 2V11C 5P2NA 3BXRA 5P2MA 1YG9A 4MC2A 4DQGA 1K6CA 2WF2A 3B7VA 3EM6A 2FDPA 2RMPA 1HHPA 1MRWA 2RSPA 1D4SA 5P2SA 2AOJA 5P3NA 4N00A 3EKVA 3UDHA 4B77A 3NDUA 2P4JA 1SDUA 4I8WA 5P8VA 5AHAA 4J1CA 3VCMA 5DQCA 5P7OA 1W51A 5JG1A 3LIQA 5P03A 3KMYA 2AZ8A 4ER1E 4BELA 3NYGA 3IXOA 4A4QA 2HPFA 2F3EA 4HVPA 4Y3QA 5P09A 5OZOA 2FDDA 3OU1B 5P6GA 1BXQA 2IENA 5P18A 5P7ZA 4TVHA 4Y4BA 5P7VA 1HEGE 1IIQA 1MPPA 2F80A 2NPHA 5P6AA 1FG8C 5SXNA 5P35A 3UDNA 3EL5A 4YD6A 3O9HA 5P3OA 2BPZA 2UY0A 5P7UA 5P5RA 3NWXA 5HVPA 5P3FA 1FB7A 2OF0A 1HVLA 4KUPA 1GNOA 4RCFA 1EPLE 4CPXA 3PJ6A 4Z4XA 1XE5A 2O40A 4Y43A 3PMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU4 B;  4ZEA A;  2V0Z C;  4DJP A;  1VIJ A;  3D3T A;  3BUG A;  4AA9 A;  4ZSR A;  4Q1N A;  2B60 A;  4Y4A A;  4Y3A A;  1MUI A;  2IQG A;  1QRP E;  3GGA A;  4I0F A;  4RRO A;  5P13 A;  1F7A A;  1KJ7 A;  3TKG A;  3UCB A;  4APR E;  3PSU A;  2ZYE A;  5HDU A;  5P65 A;  5OZA A;  5P56 A;  5P3X A;  3I6O A;  5P40 A;  1D4I A;  1EPM E;  4RRS A;  1UH7 A;  3GGV A;  4LXM A;  4RCE A;  2BKT A;  5SY2 A;  4OBJ A;  1KJG A;  3IGB A;  1EBZ A;  4IVS A;  5OZI A;  3OTY A;  3VF3 A;  4Y54 A;  2MIP A;  2Q15 A;  5DR3 A;  2AOG A;  3UFL A;  3ZKM A;  5P20 A;  4ER4 E;  4Y38 A;  2V12 C;  1IVP A;  4CPR A;  1HIH A;  1KJH A;  1ZPA A;  4M8Y A;  5DGW A;  3L5E A;  3OQF A;  5P7C A;  2WEA A;  4EXG A;  1FQ8 A;  2P3B A;  3WZ6 A;  2G26 A;  1B5F B;  3R0W A;  4XXS A;  2G1O A;  2OHT A;  3S43 A;  8HVP A;  5P58 A;  2QI1 A;  1ODX A;  2IRZ A;  3CIC A;  3I2L A;  2WEC A;  1Z1H A;  2QD7 A;  3IN4 A;  1CZI E;  5P15 A;  5P79 A;  4H3I A;  1HII A;  4PZX A;  4FM8 A;  1K6V A;  3RTM A;  3UQX A;  2AZB A;  3HVP A;  1HVJ A;  5P1I A;  3R1G B;  4Y57 A;  5BS4 A;  1FGC C;  5P82 A;  3B80 A;  3OUA A;  5JFP A;  1APU E;  2BQV A;  5KR0 A;  4DJY A;  1MRX A;  3FV3 A;  1K1T A;  5P05 A;  5P76 A;  3H5B A;  3FNT A;  4XX4 A;  1SGU A;  3R0Y A;  2PK5 A;  4AA8 A;  3O9B A;  4E43 A;  3ZKQ A;  3LIZ A;  5P44 A;  1PRO A;  3Q70 A;  4FGX A;  5OZJ A;  3GI6 A;  1YTG A;  2AOC A;  2RKG A;  2VNM A;  5P85 A;  2AOD A;  3TPJ A;  5P4Y A;  3K5D A;  3BXS A;  2OHL A;  2QD8 A;  1TQF A;  5P3K A;  3HBO A;  5P4K A;  4B1E A;  2OHS A;  5P36 A;  3S7L A;  4GJ5 A;  3URJ A;  1EC1 A;  3ST5 A;  1HVK A;  5P4V A;  1QBR A;  5P80 A;  3Q4B A;  5P1P A;  4D8C A;  1D4K A;  5OZ0 A;  2NR6 A;  4GJD A;  3ZLQ A;  1K2B A;  3ZKN A;  3GW5 A;  1T6E X;  5DR4 A;  5HCO A;  2NNP A;  5P4L A;  5P7G A;  3KYR A;  3PBD A;  4Y4X A;  3LZU A;  4Y3H A;  5P4O A;  5KR1 A;  5P55 A;  1WKR A;  4Y4T A;  3R4B A;  5HDV A;  2G1Y A;  3EC0 A;  3D1Y A;  4DJU A;  3WSJ A;  4Y4Z A;  4EPJ A;  3FKT A;  4EJ8 A;  2I4X A;  2ZHS A;  2HB4 A;  2G21 A;  2FDE A;  4R93 A;  3OQ7 A;  5APR E;  2HB2 A;  1EED P;  1DIF A;  2ANL A;  3LNK A;  4CMS A;  1BAI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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