3L59A

Structure of bace bound to sch710413
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l59A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l59A02
2RENA 5P4AA 4GJ8A 2I4QA 3UTLA 3OQAA 4EHCA 5P5TA 4Y4JA 5OZGA 4FS4A 2AOFA 3FV3A 4ZIPA 5P7DA 1LV1A 3NUJA 5P1PA 2R3TA 1TCWA 3NU6A 3L5BA 2ZJLA 1ZSFA 1EBWA 4B77A 4A6CA 3FSMA 3VG1A 1ZP8A 5P10A 4CPSA 3GI5A 3QRSA 4OBHA 5P4FA 2R5PA 1VIKA 1DAZC 5P4RA 3EKQA 5P1EA 5OZFA 2PWRA 1TQFA 3PLLA 4LXMA 5BRYA 1XL2A 2WF3A 5P4HA 4I0GA 4QGIA 3RSXA 1E80E 3O99A 4OBZA 4Y35A 1TW7A 3HD8A 5P0FA 5OZ6A 5P4SA 4DQHA 4J1IA 4YD5A 3BXRA 5P3HA 3FNUA 5P0EA 5C9FA 3PI0A 3UDJA 2HB2A 5DQ5A 7UPJA 3DJKA 4Y5KA 3OWNA 4HDFA 4QJ9A 2QI0A 1LYWB 4RYGA 1LYBA 5P0BA 4GJDA 5DR8A 5P7NA 5P27A 2NTRA 4K9HA 1HPVA 1YM2A 2OHRA 4OBJA 2OHNA 5P7WA 3RSVA 3MSKA 1AJVA 3SQFA 2AZCA 4Y37A 4BFBA 1MUIA 5P64A 5E5KA 1B6PA 3OADB 5P0LA 5P5XA 5DQCA 5P5FA 3JVWA 4Y54A 5P70A 5P7VA 5P0XA 3IVHA 5P43A 2G1SA 4Y4EA 4FRSA 5P04A 2PH8A 4LXAA 5P14A 4DJRA 2ZJNA 4I0JA 5P2WA 4Y47A 5P5DA 1WKRA 5P09A 1ZPKA 1T7KA 4YD7A 5P2TA 4MC1A 3Q70A 5P6BA 3UQXA 3VFAA 3WSJA 4XX4A 4EQJA 4LAPA 4Y4TA 3UDPA 4GJ9A 1VIJA 3UDQA 2V10C 5P5GA 2QNQA 3OU1B 2WHHA 1YTHA 5DR3A 5ENKA 1XE5A 2EWYA 4ZPGA 4Y3LA 5P50A 4QLHA 4JOOA 3OTYA 4H3FA 2F3KA 1EPPE 3IVIA 4EP3A 5OYSA 4I8WA 2O40A 2G1NA 3PMYA 3URLA 1ZTZA 5OYUA 5P7RA 5TOLA 1MT8A 4HEGA 3ZKQA 4GB2A 4EQ0A 5DQ1A 1F7AA 2AOJA 5P7ZA 4Y4DA 2I4VA 5P83A 5P7TA 3SA7A 1EPRE 3VSXA 4CPRA 4Y45A 3IN4A 2BPZA 2VA7A 3D1ZA 2ZDZA 3DOXA 4HE9A 5P5IA 5P4TA 5P5CA 4PZWA 3UDKA 3VUCA 4HDPA 1FLHA 1META 3TPRA 5P5SA 2VIJA 4J0YA 5P6VA 1OHRA 4K4RA 2XFIA 3CYWA 5P7FA 1SDVA 4Y3WA 5P1TA 1HTRB 5P3TA 5P63A 2OHSA 4DJVA 3VEUA 4FLGA 5P49A 3LNKA 2VA5A 1CMSA 4YDGA 1APWE 5P4IA 5COKA 3QRMA 4Y57A 5OYQA 1MRXA 4CPXA 5OZMA 3TPJA 3AIDA 3ZKNA 3OXWA 2ZYEA 5P34A 3EL4A 3PBZA 1CZIE 2Q54A 5P8EA 3FKTA 1BVGA 2ZHVA 5P8GA 2QAKA 2QD7A 3FX5A 3BUGA 4D85A 5OYWA 4IVSA 2XFJA 3LZVA 1IZHA 4FRKA 4PZXA 5IVRA 4FM6A 1IZDA 1SIPA 1MSMA 4H3IA 3PBDA 5P30A 3S54A 3FNTA 4F76A 1HIIA 2B42A 4B1DA 4Y50A 1ZLFA 1U8GA 4Y3XA 2G1OA 1EC1A 2Q55A 3TOGA 2AZBA 4Y53A 2AVVA 4YE3A 1RPIA 5P0KA 2BPYA 1BV7A 4NKKA 5P5NA 5P51A 5P61A 5P47A 3BC4A 3I8WA 2SAMA 5P24A 4ZSPA 2QI7A 4CKUA 4R93A 5P0ZA 4OC6A 1LS5A 3NDXA 4RCDA 4ACXA 5P1AA 5AH9A 2AVSA 2UY0A 1LF4A 3B7VA 2G26A 5P08A 5KAOA 1HHPA 5P0HA 5P7AA 3RTHA 5P1NA 3PHVA 1MPPA 5P8SA 5SY3A 4CPUA 2G1YA 5P3BA 2RMPA 5P8BA 2NPHA 1EPME 5ISKA 5P75A 1LYAB 5I3WA 5P2GA 1W5XA 5OZAA 4ZSQA 2IS0A 2O4LA 5OZSA 3O9AA 4MC2A 3EKVA 5HDZA 5P7YA 4AZYA 2ER0E 2PYMA 2AOEA 3QAAA 5P03A 3UCBA 2BPVA 3DM6A 2JJJA 4Q1YA 2WL0A 4ZEAA 2FLEA 3VCMA 4OD9A 5P4KA 5KQXA 5P7SA 5OYXA 3O9DA 4Y3TA 4QJ7A 5P4ZA 1K6CA 4QJ8A 3NDUA 2OHKA 5P8UA 4Y5AA 2PWCA 2PK6A 1GVUA 4Y36A 3SLZA 2JXRA 2Q63A 3RTNA 5KR2A 5P6PA 5P4PA 3NXNA 1YX9A 5P3GA 4Y3EA 3NWQA 5P8QA 2QCIA 2B60A 2ZJIA 5I3YA 4Y38A 3VYEA 4DPIA 3GW5A 1HPXA 2VNMA 2VJ9A 3HVPA 1ME6A 2NR6A 5P77A 5ENMA 5P1JA 5P05A 5P5VA 2F8GA 3Q5HA 2ER6E 2QZKA 1TZSA 4Y41A 3PCWA 1EBYA 3NXEA 4DJUA 5P6TA 2CEJA 4BELA 4L7HA 4Y3GA 1TSQA 1XS7D 3PRSA 2WJOA 5P1VA 5P59A 1N49A 3MWSA 3KFSA 3ZPSA 3LITA 2OHTA 5P3RA 5P8PA 4DH6A 4GJ5A 1BDQA 1SBGA 1B5FB 5P2YA 4EJKA 5J25A 3U71A 4PPHA 3DV1A 3TPPA 5P4BA 3BXSA 3OU1A 3K5CA 1HIHA 3TTPA 2QU2A 2PC0A 5DGWA 3TPLA 4Y5MA 5C9DA 1APVE 5P11A 3S7MA 1DPJA 1AJXA 5P2NA 3OTSA 1QBRA 3R4BA 1RNEA 3K5DA 3CKPA 1K6PA 3FIVA 3VYFA 4U8WA 1IZIA 3IGBA 3TLHA 3OXVA 5P2LA 1EC0A 1LF3A 3PEPA 3BUFA 3K4VC 3LHGA 5P0YA 2BKTA 1HRNA 3GGXA 2WF2A 3OUDA 5P19A 4X2LA 5P87A 5HDVA 2NMZA 5P07A 3NWXA 3KYRA 4Y4UA 3UFLA 2ANLA 3QVCA 2IDWA 1EPQE 2XFKA 4B78A 5JODA 1W5VA 5P80A 1A8GA 2ZHTA 1C6ZA 1LZQA 5OYVA 4NJTA 5OZHA 3VYDA 3UDMA 1MRWA 4MC6A 1QRPE 5P6CA 5ISJA 3D3TA 4GYEA 3QN8A 5P5QA 2QMPA 1ZSRA 4CMSA 5APRE 3OUBA 5F01A 4OBDA 1MVPA 3NU5A 2AVMA 3K1WA 2VJ7A 5HCTA 2UXZA 4DQEA 5P3MA 3S56A 4COEA 3O9BA 4Y3QA 5HDXA 3BUHA 1D4SA 3SA6A 3EL5A 4EXHA 4LP9A 2VKMA 2FDPA 4PYVA 4B1EA 2OHMA 1EPLE 5DQ4A 5P8JA 1OEWA 2QI4A 3RU1A 2HPEA 3KN0A 5P8FA 5P0RA 2PSGA 5P66A 5P5KA 3VSWA 3EMYA 1FQ5A 3SFCA 9HVPA 1HXWA 4M8YA 5P5HA 2QK5A 2PQZA 5P4WA 1W51A 3N3IA 3L58A 2H6SA 5P88A 3PI5A 5P0DA 4Y5LA 3OAGA 3VV8A 3UDRA 5P0MA 5P67A 3G70A 4YBIA 1K2BA 3TOHA 3K5FA 3INDA 2J9JA 4F73A 2P3DA 2FXEA 4J17A 5P7JA 5P1WA 5KR8A 1IVPA 5P0WA 1AZ5A 2WF1A 1MEUA 5HDUA 3ECGA 4H3JA 3D91A 5DPZA 2B7FA 3DCKA 5HE7A 4D88A 5P6AA 3U6AA 2Q64A 1XN2A 3OY4A 5P71A 5P3QA 3U7SA 2QZLA 3QVIA 2J9KA 1HTFA 5P5LA 4DJXA 2BKSA 5P69A 4Y4ZA 4Y3HA 1MTBA 2ZGAA 3SM2A 5OZXA 1W6HA 1M0BA 5OZ1A 4Y3RA 1MT9A 2JYSA 4FM8A 2AIDA 3EC0A 2P8HA 4I0ZA 4Y3ZA 5P1GA 3ZL7A 5I70A 3EBZA 1PPME 4AA9A 5KR0A 3OK9A 5OZDA 5P1DA 5P3CA 2IENA 2QMFA 3TNEA 1BWBA 2VJ6A 4HVPA 2FIVA 4I0EA 3O9FA 2BPWA 3PWWA 5P45A 1FQ6A 1YG9A 3HZCA 4J1KA 5P12A 4I0DA 2IKUA 4HDBA 1T6GA 5P2QA 3KDDA 4Y3JA 5P40A 4D89A 5OZTA 3LPIA 5P4OA 2P3BA 5P18A 5KOSA 4Y3MA 1D4JA 4I8ZA 1FGCC 1NPVA 4AMTA 5AHCA 5P5YA 5P82A 1B6MA 3ZPTA 3HDKA 5IVSA 5OZ5A 4B0QA 4R5NA 3IAWA 1FEJC 5P1KA 2QU3A 3T7XA 5P3LA 4QJAA 4FRIA 5P62A 4DJWA 4FAFA 3GI6A 2BQVA 1EC3A 4R92A 2ZJMA 3EKPA 3PVKA 3WB5A 3LZUA 1XN3A 1Z1RA 5JFPA 5P56A 3RVIA 1FG8C 5ER2E 5P74A 4JPEA 3VV6A 2QP8A 3CKTA 3PJ6A 1AM5A 3OU4B 5AH6A 3EKXA 5COOA 4FRJA 4J1FA 3BHEA 1GVXA 3VF5A 1KJHA 5P01A 4L1AA 2FDEA 4DI2A 5P7KA 3IA9A 4DJQA 5BS4A 2BPXA 5EZZA 3QS1A 5OZRA 5I3VA 3SO9A 3SAAA 5P0AA 5KQFA 5P54A 4Y5BA 3KT5A 7HVPA 4UPJA 1J71A 4YHQA 4KB9A 1FQ4A 4H1EA 3R1GB 4RLDA 5P73A 5P5ZA 4FGXA 5P3JA 4M8XA 3SACA 2HM1A 4DFGA 1IDBA 3UQWA 3BVAA 3SM1A 5P02A 5P5OA 2VS2A 4DVFA 4Y3NA 2R9BA 2WEBA 2OF0A 4A4QA 1BDLA 3NR6A 5P4GA 4CPQA 5P6UA 3PWRA 4RVIA 3PSUA 2BJUA 1EBZA 5P6GA 2UPJA 5DGUA 4QJ6A 2QHZA 5P32A 3QP0A 5P8VA 4Y6MA 1IIQA 4HZTA 5P3EA 3S43A 3VFBA 1C6YA 5P15A 5P4XA 1HVLA 2O4NA 3L5DA 1QS8A 5DR0A 3C9XA 3DK1A 3O9LA 1PSAA 1WBMA 1FFFC 5P26A 2AOCA 2Q5KA 2RKFA 5P41A 1FKNA 1RV7A 3PSGA 2JE4A 5P2FA 2CENA 1QBTA 5P8CA 5OZVA 3L5FA 2VNNA 4EWOA 5P58A 3NU3A 5P2VA 5P2UA 1KJFA 5P29A 2FXDA 3SKGA 5P0NA 2A4FA 2OAHA 1BAIA 3INFA 3ZKMA 4K4PA 4OBFA 5P53A 5P52A 5SXNA 1ZPAA 3D1XA 5P5JA 2V13A 5P0OA 5P7LA 2CEMA 2IGYA 5P23A 5OZQA 5P1UA 2FDDA 1OEXA 4NJVA 2AOIA 3UPJA 5P6WA 1BDRA 4J1EA 4A6BA 5OZPA 2I4WA 4EPJA 4TVHA 8HVPA 2AOGA 4YDFA 5PEPA 1M43A 2FMBA 2QZXA 5B18A 2F81A 4DQFA 4Y4XA 1W6IA 2JJIA 4Y4AA 4MC9A 1SP5A 1EAGA 5P60A 4APEA 3OHHA 4Y9WA 4H3GA 3LIYA 5P1OA 4EJLA 6FIVA 4YCKA 1HEGE 5P31A 4YOAA 3AUPA 3S53A 5P72A 1SDTA 3LZSA 3HAWA 2H6TA 4Y56A 5P6NA 4DV9A 5P5AA 5P6JA 1UH8A 5P28A 3CIBA 1K6VA 1RQ9A 2V16C 3GI4A 4BFDA 3EM4A 3APRE 5OZNA 1LYWA 5P1BA 5DR7A 1K1UA 3M9FA 4I0FA 5OYTA 1FQXA 3HBOA 3NDTA 3EXOA 1DMPA 1BXQA 5P7OA 1LYBB 4TRYA 5P1QA 4DQBA 5P2MA 2OHLA 5P22A 3OADA 5OZWA 3SA8A 5P8NA 5C9BA 5P8MA 3OOTA 5FIVA 3KFNA 2QNPA 5P1IA 1W5WA 3SPKA 5SZ9A 4TRWA 2G22A 5P3NA 5P6KA 5I3XA 1GVVA 1D4YA 3L38A 3EKTA 3LIXA 1HWRA 5HE4A 3INHA 1QDMA 4XX3A 5P7CA 3KF0A 5OZYA 1AVFA 3NSHA 5P84A 1MSNA 4EJDA 2PK5A 5KOQA 3OQ7A 5P0UA 3LZYA 3ZLQA 4ER2E 1IDAA 5HE5A 3T7PA 3N4LA 5P2CA 3I7EA 2F3EA 3L5EA 2V0ZC 3ZKIA 3UDHA 5P36A 5P55A 3NU4A 4K8SA 5P6HA 4RRNA 5P4VA 1KZKA 2NXLA 3WZ8A 2WKZA 2QI1A 1MIQA 5P4MA 1Z1HA 3KDCA 4JECA 4J55A 4EXGA 1FMXA 1TSUA 5P2EA 4L6BA 5COPA 3OGPA 1EEDP 3OXCA 4Y58A 3OHFA 3OUCA 5P1FA 4Z4XA 5OZ8A 2G20A 5P0JA 2QI6A 4J0ZA 2R38A 3MXEA 4JP9A 4FSLA 1SH9A 4RRSA 2IEOA 4Y3PA 4I0HA 5P2HA 1E81E 3TH9A 3UDNA 5P7MA 3D20A 3EL9A 5P6IA 4Y5EA 4S1GA 1BBSA 3O9CA 4Q1XA 2HIZA 5P3AA 1WBKA 3GGAA 4I0IA 5P86A 2Q3KA 5P3YA 1Z8CA 5OZLA 5P8HA 1ZJ7A 2HB3A 2QD6A 5P4YA 1PPLE 1BV9A 3GGVA 1OD1A 5P6OA 2AZ8A 4FL8A 5IS4A 5AGZA 1UH7A 1ODWA 3KA2A 2NNPA 1EC2A 3O9IA 5OZKA 2I4UA 3L59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2REN A;  5P4A A;  4GJ8 A;  2I4Q A;  3UTL A;  3OQA A;  4EHC A;  5P5T A;  4Y4J A;  5OZG A;  4FS4 A;  2AOF A;  3FV3 A;  4ZIP A;  5P7D A;  1LV1 A;  3NUJ A;  5P1P A;  2R3T A;  1TCW A;  3NU6 A;  3L5B A;  2ZJL A;  1ZSF A;  1EBW A;  4B77 A;  4A6C A;  3FSM A;  3VG1 A;  1ZP8 A;  5P10 A;  4CPS A;  3GI5 A;  3QRS A;  4OBH A;  5P4F A;  2R5P A;  1VIK A;  1DAZ C;  5P4R A;  3EKQ A;  5P1E A;  5OZF A;  2PWR A;  1TQF A;  3PLL A;  4LXM A;  5BRY A;  1XL2 A;  2WF3 A;  5P4H A;  4I0G A;  4QGI A;  3RSX A;  1E80 E;  3O99 A;  4OBZ A;  4Y35 A;  1TW7 A;  3HD8 A;  5P0F A;  5OZ6 A;  5P4S A;  4DQH A;  4J1I A;  4YD5 A;  3BXR A;  5P3H A;  3FNU A;  5P0E A;  5C9F A;  3PI0 A;  3UDJ A;  2HB2 A;  5DQ5 A;  7UPJ A;  3DJK A;  4Y5K A;  3OWN A;  4HDF A;  4QJ9 A;  2QI0 A;  1LYW B;  4RYG A;  1LYB A;  5P0B A;  4GJD A;  5DR8 A;  5P7N A;  5P27 A;  2NTR A;  4K9H A;  1HPV A;  1YM2 A;  2OHR A;  4OBJ A;  2OHN A;  5P7W A;  3RSV A;  3MSK A;  1AJV A;  3SQF A;  2AZC A;  4Y37 A;  4BFB A;  1MUI A;  5P64 A;  5E5K A;  1B6P A;  3OAD B;  5P0L A;  5P5X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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