4TRYA

Structure of bace1 complex with a hea-type inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure of BACE1 complex with an anti-HMC-type inhibitor
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tryA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tryA02
4YA8A 4YCTA 3URLA 4RVJA 5IVRA 3U7SA 3PHVA 1HVCA 3OUDB 2Q64A 1W6IA 5P6XA 1FQ8A 1D4LA 3ZKSA 4NPUA 3OU4A 5P4JA 5P1UA 1HSHA 3S54A 4HEGA 4DQCA 3SFCA 1FB7A 3GGUA 4J1HA 4X7IA 3UQWA 5P0DA 4Y5GA 5P3OA 1LYBA 1YG9A 2QI5A 3O9GA 3CKPA 2FDEA 1YM2A 3PCZA 2QZLA 5OZBA 2H6TA 4EJDA 3KM4A 1VIKA 2QHZA 5P88A 2G24A 1AXAA 5P3EA 3INDA 5OYYA 4B78A 2IQGA 2ZDZA 4Y3ZA 4JOOA 5P8PA 5F01A 1A9MA 5P7VA 5P7ZA 5P8CA 4OD9A 1GVXA 5P4BA 4MC1A 1LF3A 1ZJ7A 4ER1E 1G0VA 5P5RA 5OZCA 3VYFA 5P60A 4Y51A 1DPJA 3UCBA 3WB4A 5KQFA 1XN3A 3SA9A 4Y5BA 1EPME 3BXSA 4EJKA 5IE1A 2R38A 5OZQA 3H0BA 2G1YA 3GI4A 5P39A 4CPXA 4U8WA 4HVPA 4RVIA 5OZLA 5P8BA 4F75A 4EWOA 1HSIA 4Y5AA 3OGPA 4CPUA 5P77A 3Q5HA 1OD1A 1LYAB 3EKYA 3OUDA 4D89A 3QROA 2QMGA 3I25A 3LIYA 4HDFA 4OBZB 2I4QA 3PM4A 1QBRA 3URJA 4KE1A 5OZDA 3SABA 5P6DA 3TPPA 2BBBA 5KR2A 1U8GA 5P5GA 5P61A 4NPTA 1HHPA 1DMPA 4GJAA 1HTRB 4Y54A 5P5NA 5P3QA 4Y4JA 2WEBA 1ZPAA 4J55A 1META 5P7WA 5P37A 5P0UA 3TPRA 1UH9A 4BFDA 1YM4A 5P8OA 3O9BA 5P65A 2IKOA 5DR4A 3S43B 5P2RA 1EC0A 4KUPA 2HB2A 5P8KA 2AQUA 2I0DA 1EBZA 4CKUA 2A1EA 5AH9A 2QMDA 5P7BA 5P2VA 1HBVA 4ZSQA 5DQCA 2J9JB 5P2QA 4N00A 3IGBA 4Y3AA 3UDNA 1CZIE 4YD5A 5P09A 3KMYA 3KMXA 5P3AA 2ZYEA 3K1WA 3RTMA 3WB5A 4CP7A 5P4PA 1CPIA 1FIVA 2Q3KA 4YDFA 5P5CA 4GJDA 2PH6A 4OBKA 3UFNA 1K6TA 4Z4XA 5KAOA 4OBZA 3S45A 5P3NA 4Q5MA 4EJLA 1SH9A 4GZFA 4EQJA 2FGUA 1D4SA 5I3VA 1TSQA 5P7CA 5P08A 3O9IA 4OBGA 3SA6A 4LL3A 2R3TA 5KOSA 3GGXA 3SPKA 5P4FA 4ZE6A 2B7ZA 4DVFA 5P1FA 1BWBA 4CPRA 4M8YA 4J0YA 4HE9A 2G22A 4Y5PA 3TKGA 2NXMA 4Y5MA 1Z1RA 4MC6A 3S43A 4AMTA 1MPPA 5IS4A 1QBTA 4I0FA 1TZSA 4ZSRA 3LZUA 2XFJA 5P67A 5AH7A 4B00A 1RPIA 5P1XA 2VIZA 5OZ6A 2QHYA 3FKTA 4LHHA 2J9JA 1ENTE 2NPHA 4Y3JA 3IXJA 3BVAA 4FM7A 4I10A 2V11C 4Y3SA 3OQKA 2BKSA 1APWE 5P0CA 1PSNA 5P3MA 2NMYA 2G94A 2QI4A 1XL2A 6FIVA 4RYGA 2FDPA 3UFLA 4Y4ZA 2VS2A 1SP5A 1HIVA 2EWYA 3S7MA 1YTHA 5P2HA 5P1BA 2QP8A 1KJGA 5P3WA 3ZL7A 5OZ9A 1BIMA 4Y5EA 5P27A 1EC3A 3DUYA 1GVVA 3U6AA 3PJ6A 5P8MA 3L3AA 1T7JA 2QZWA 2ER7E 4GJ5A 1BVEA 1W5XA 3VFBA 1RV7A 3HDKA 5J25A 3K5DA 2ASIA 2QZXA 4R91A 5P3IA 2BQVA 2PQZA 1BV9A 1FG6C 4EYRA 3PSGA 1GVTA 1OHRA 4EQ0A 3SM2A 4K8SA 3S85A 4FM8A 2ER9E 4D8CA 3SA5A 5JG1A 3VV8A 5JFPA 2Q11A 5P7YA 3G72A 3H5BA 5P16A 2HS2A 3NXNA 4TRYA 3N3IA 2QZKA 1GKTA 1IZEA 1HVRA 3PCWA 1LYWB 5P3KA 2IL2A 3ZPSA 3SA3A 4DJOA 4RRNA 3VV6A 5P2UA 1IIQA 1MT9A 2BPWA 4XX4A 1MTRA 5P4SA 4PZXA 4DQFA 3KT2A 5P41A 2G69A 4LBTA 3LPIA 2R43A 1TSUA 4J54A 1B6MA 2AIDA 1HPSA 3ZMGA 3O9LA 3OHHA 5P2DA 1ZSFA 5APRE 1HTEA 3I8WA 1EBYA 4ZPEA 3CMSA 3PSUA 4L1AB 3OAGB 5P28A 2V12C 3APPA 5P5HA 4NJVA 1SMEA 5OZJA 5P36A 1M4HA 5P4RA 5P2KA 1M0BA 3INFA 5OZGA 4Z22A 4J1IA 4HDBA 4J0TA 5OYWA 1APUE 3KA2A 5P89A 2PK5A 3HBOA 5OZVA 5P0SA 1AAQA 2H6SA 2FGVA 4GJ7A 3VF7A 5JFUA 5P4EA 4B77A 5P66A 5P4HA 3UDYA 2P3AA 5P49A 4JECA 5P2AA 4FS4A 1F34A 4FCOA 2I4XA 4GYEA 3EL1A 5HDVA 5P1PA 3M9FA 4J17A 4RYCA 5P7PA 5P63A 3NDWA 5P22A 5P54A 1NSOA 5P3JA 4HA5A 3LHGA 6UPJA 3NDTA 3R0YA 5P8LA 4EHCA 2AVQA 1KJFA 2PSVA 3QP0A 1D4HA 3BGBA 7HVPA 1T3RA 1BAIA 1CMSA 1MESA 4IVSA 4AA9A 4LAPA 3TOGA 5HDXA 2B7FA 1EBWA 5P4QA 4YHQA 5P17A 5P1AA 2Q15A 4RGHA 3HVGA 3OWNA 4KE0A 1SDUA 2HPEA 2I4UA 3CKRA 4ZPGA 5P7RA 1GVWA 5P2FA 7UPJA 3BVBA 5OZFA 5HE5A 1MUIA 5P4ZA 3EM4A 3OAGA 3QBFA 5P0NA 3EBZA 2ZHRA 1RQ9A 5OZ3A 2NXDA 1YT9A 1OEXA 1T7KA 3O99A 5P5QA 5OYRA 3RSXA 5OZEA 5P2OA 3BHEA 4J0PA 2ER0E 5P73A 1HOSA 3BUGA 3HLOA 3KT5A 1LZQA 1E80E 3DK1A 5P3RA 4D88A 5DQ4A 4EPJA 3QRVA 5P3UA 5P8SA 1HVJA 1W50A 2WECA 2OF0A 2Z4OA 3U71A 5OZ7A 2I4VA 4YE3A 3KYRA 4I8ZA 1LYBB 1W5VA 3UHLA 3ER5E 5IVSA 4RRSA 5P78A 1ODXA 1ZSRA 3F9QA 2QMFA 3VUCA 3HAUA 5P6CA 3NYGA 4F76A 5P3VA 4I0IA 5OYUA 3DJKA 4I12A 2B8LA 2RKFA 2WF4A 3OUBA 5P8GA 5P6EA 3L58A 5P6AA 5DQ5A 2QD7A 2PMAA 5DR3A 2IKUA 5ISJA 3OXWA 2G1OA 5P4KA 3MSKA 3GI0A 3SAAA 2OHSA 3T11A 5P5LA 6APRE 1EPRE 3O9AA 1A8KA 5P85A 5OZ4A 1TCXA 5HE4A 3I2LA 8HVPA 1HRNA 5P7GA 3VCMA 3JW2A 5P75A 4YD3A 5P71A 4FLGA 5P5KA 5P5UA 5P5YA 1NH0A 2ZHVA 3T7QA 3IXOA 4Y48A 1ODWA 2PWCA 4J0VA 4QJ8A 1IDBA 2OHNA 5P5FA 5DGUA 1UPJA 1FMUA 2P83A 2OHPA 1NPVA 3KF0A 5P3TA 1HPXA 3OQAA 4RCEA 5KR1A 3ST5A 3O9EA 4I1CA 4BFBA 3UTLA 5P0KA 5P44A 4I8WA 3UDRA 3NU9A 5P8IA 3UDMA 5P80A 5KQXA 4Y57A 1FFIC 3UDHA 4CPSA 1FQ6A 4R93A 4JPEA 4QLHA 1ZPKA 3SA8A 5OZUA 4ACUA 4Y45A 1PROA 5P05A 2ZHTA 2ZJHA 5P3GA 4LXKA 4Y3DA 5P0JA 3D3TA 1MSMA 2OHKA 1FF0C 3TLHA 3VSWA 2FXDA 3S56A 2O4KA 5P58A 3QVCA 2FS4A 2MIPA 1YTIA 3R1GB 2QK5A 1HTFA 2F3FA 2AOHA 1E81E 3UQRA 3VSXA 1W51A 2NR6A 1MSNA 2PWRA 5P6QA 1BXQA 4R8YA 3NDUA 2V0ZC 4I0ZA 2IRZA 3NXEA 2FNTA 1XDHA 5P06A 5P5VA 2ZGAA 3S7LA 4EXGA 3WZ6A 5P1MA 2AOIA 4Y4TA 4DJUA 1SGUA 2AOJA 3VG1A 5P3YA 5P2GA 5CONA 3OXVA 1LV1A 2F3EA 4Y5NA 2P8HA 3UPJA 3O9HA 3I6OA 5P2MA 3BUHA 5I3WA 5I3YA 3S53A 1LF2A 5P2XA 3KFPA 2VKMA 3NR6A 4K4RA 5BS4A 4FSEA 4B1DA 2IS0A 5FIVA 5P5SA 5P7LA 1GNNA 2A4FA 4DPIA 5P8UA 1IZHA 3LPJA 5P1OA 1GVUA 4OBJA 4ZSPA 1AZ5A 3L5BA 1FFFC 5P5ZA 3NDXA 2WF3A 1MT7A 1K1TA 2CEMA 3APRE 4QJ9A 1HVKA 4ER2E 1SGZA 5P23A 4I0EA 3LINA 3OUCA 2RMPA 3PSYA 5OYSA 5AH8A 4R92A 4EP2A 2G20A 4L7HA 1T6EX 3DV1A 3HVPA 5OZSA 3UQXA 3UDPA 4Y4EA 1XN2A 3PBDA 3HZCA 1PSOE 2B60A 1YX9A 2AOFA 3PRSA 3NLSA 1T6GA 4DPFA 1B6PA 1UH8A 3QI1A 4XXSA 3GI6A 2IENA 3OOTA 4GJBA 5P1DA 3EL5A 5OZ1A 3OXXA 4RROA 1PFZA 4Y3XA 4EP3A 2R9BA 5P5DA 5P00A 1DIFA 3R0WA 2R3WA 5P19A 4J5JA 5SY2A 5ENKA 3VFAA 5P6FA 5P12A 3PB5A 4FE6A 3SQFA 3UDKA 3LIXA 5P7HA 2OAHA 5P2YA 1G35A 3OQFA 4J1CA 5HE7A 3EL0A 5P7DA 4FM6A 5I3XA 4TVHA 4D85A 4ZSMA 2VIJA 5P5IA 3ZLQA 3VYDA 3QRSA 3DM6A 3MSLA 5SZ9A 1D4YA 3BRAA 4E43A 1QDMA 1K2CA 5P5BA 3FV3A 5P4NA 5OZWA 4Y3GA 3OK9A 1APVE 1HWRA 3FNUA 2AODA 5DQ2A 4K9HA 3OXCA 2WHHA 1EPQE 1HIIA 3NU6A 3SO9A 5HCTA 5P8RA 5P68A 2VIEA 1IZIA 2Q5KA 1BBSA 4Y3YA 1ZBGA 1AJXA 5P8EA 2NXLA 5P30A 5P53A 2IEOA 4B72A 3CICA 5DQ1A 2WF1A 1D4JA 3O9LB 4Y4UA 5P11A 2FNSA 5E5JA 2O4PA 5P3ZA 2O4NA 4CMSA 5P5JA 2Q54A 1K6VA 5P20A 5P6GA 1HIHA 3K5GA 3HW1A 4FRSA 5DR0A 5P29A 1K6CA 3UDJA 1K2BA 5C9BA 3TOFA 3OQ7A 3UDQA 2AZ9A 4ER4E 2AVOA 2JE4A 1A30A 3SKFA 3OU1B 1EPLE 4K4PA 4DJRA 1EC1A 4DH6A 4ZLSA 4ZEAA 1BVGA 2HAHA 5P46A 5P0WA 3VEUA 2FDDA 3GGAA 5OZ0A 2BPXA 3D20A 2HC0A 2ZJIA 5P7AA 1SIVA 4FRKA 3EKXA 5P0YA 4PPHA 1SIPA 1HVHA 3OADB 4U7VA 5P6VA 5KR8A 3OGQA 2V00A 5P6IA 5P13A 4Y39A 4HZTA 4DFGA 3FNTA 5P1YA 5P1RA 4EXHA 4LC7A 4Y3TA 5UPJA 5HTZA 4YCYA 5P5WA 1BDLA 2QNNA 3PI5A 4Y5LA 2BPZA 3S8IA 5IVTA 1C70A 5P0XA 3ECGA 3FX5A 5AHCA 4QJAA 5DPZA 1MEUA 5P0BA 4Y4GA 5AHAA 1PPLE 3OUAA 5P2TA 1RNEA 3K5FA 5P76A 1B6KA 5P4VA 3IA9A 3K5CA 2ZHSA 3MSJA 5P4YA 2VA6A 5KOQA 2QD6A 3OU1A 4PZWA 2PH8A 4Y43A 3UQPA 4B1EA 1FG8C 5OZ8A 3SACA 5P0VA 2V16C 4OBFA 5P31A 3NU4A 5HU1A 2NTRA 5BWYA 2VA7A 5P6LA 5P7EA 1W6HA 5P0LA 3HD8A 3OADA 2AZ8A 3FIVA 3ZKIA 1SDTA 1BILA 5KQYA 1UH7A 4DQEA 5P34A 4S1GA 3PLDA 1WBMA 4NJTA 4IVTA 4QJ2A 5HD0A 2QI1A 5P2LA 3IN3A 3IVIA 3Q70A 5OZYA 4Y4XA 2QI7A 2QNPA 2V13A 4H1EA 5P6OA 5P4UA 2SAMA 2AOEA 3TNEA 2I4DA 3NUOA 4Y3QA 2NNKA 4J1FA 5P6RA 2G26A 5P1VA 4BEKA 5P4XA 5P8QA 1PPKE 1IDAA 4OBHA 1E82E 5P1EA 5P7KA 5OYQA 2OHMA 2WL0A 1BXOA 4FRJA 1G2KA 2Q55A 1APTE 2IDWA 1IZDA 2G21A 5P87A 3NWXA 4DJPA 3OY4A 3PMUA 1Q9PA 3EM3A 1B11A 3AUPA 5OZXA 4QJ6A 2IGXA 5P14A 5P55A 4Y3LA 1DP5A 3OTSA 2PYMA 1HVLA 3D1YA 4LXMA 3B7VA 3GI5A 3FSMA 4YOAA 5P7JA 4Z2ZA 1AJVA 1K6PA 3IVHA 3QVIA 3LZVA 3CKTA 4TVGA 5P6YA 4YD7A 2OHQA 1XS7D 3INHA 5P7SA 2HB3A 1ZTZA 3QBHA 5OZPA 4YBFA 3K4VC 1NPWA 3PBZA 4GMIA 2BB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YA8 A;  4YCT A;  3URL A;  4RVJ A;  5IVR A;  3U7S A;  3PHV A;  1HVC A;  3OUD B;  2Q64 A;  1W6I A;  5P6X A;  1FQ8 A;  1D4L A;  3ZKS A;  4NPU A;  3OU4 A;  5P4J A;  5P1U A;  1HSH A;  3S54 A;  4HEG A;  4DQC A;  3SFC A;  1FB7 A;  3GGU A;  4J1H A;  4X7I A;  3UQW A;  5P0D A;  4Y5G A;  5P3O A;  1LYB A;  1YG9 A;  2QI5 A;  3O9G A;  3CKP A;  2FDE A;  1YM2 A;  3PCZ A;  2QZL A;  5OZB A;  2H6T A;  4EJD A;  3KM4 A;  1VIK A;  2QHZ A;  5P88 A;  2G24 A;  1AXA A;  5P3E A;  3IND A;  5OYY A;  4B78 A;  2IQG A;  2ZDZ A;  4Y3Z A;  4JOO A;  5P8P A;  5F01 A;  1A9M A;  5P7V A;  5P7Z A;  5P8C A;  4OD9 A;  1GVX A;  5P4B A;  4MC1 A;  1LF3 A;  1ZJ7 A;  4ER1 E;  1G0V A;  5P5R A;  5OZC A;  3VYF A;  5P60 A;  4Y51 A;  1DPJ A;  3UCB A;  3WB4 A;  5KQF A;  1XN3 A;  3SA9 A;  4Y5B A;  1EPM E;  3BXS A;  4EJK A;  5IE1 A;  2R38 A;  5OZQ A;  3H0B A;  2G1Y A;  3GI4 A;  5P39 A;  4CPX A;  4U8W A;  4HVP A;  4RVI A;  5OZL A;  5P8B A;  4F75 A;  4EWO A;  1HSI A;  4Y5A A;  3OGP A;  4CPU A;  5P77 A;  3Q5H A;  1OD1 A;  1LYA B;  3EKY A;  3OUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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