1YTGA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV PROTEASE
publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytgA00
5P2XA 5OZKA 3R0YA 2BJUA 3OOZA 2FDDA 4JP9A 1T6GA 4LHHA 4CPWA 1N49A 5P4RA 3B7VA 1FQ8A 1G6LA 3GGVA 1PPME 5P6HA 1QBRA 2PYMA 4GJ8A 2JE4A 4I0FA 4J1KA 4FRSA 1FFFC 4DQEA 1OD1A 2QI5A 3O9CA 1RPIA 5P03A 3S7LA 5P5TA 5OYZA 4RVIA 3SA7A 2OHSA 2ZJIA 5P4AA 5P1AA 3ZKIA 5P12A 5OZ1A 5P0SA 5P5ZA 2VIEA 4RROA 2G94A 4PZWA 4ZSQA 4Y4EA 5OZZA 5P1JA 3IA9A 2FGVA 2VJ6A 4HA5A 1BVEA 3NU6A 3BRAA 5P5EA 5C9FA 1DW6C 5OZ0A 5P1NA 5P8FA 5P8NA 3QRMA 4L7HA 2G1RA 3SKGA 3IAWA 2VIZA 2Q55A 5OZ7A 4FIVA 2FDPA 4APEA 5P23A 1EBKC 2ER9E 2QZXA 5KR2A 5P1QA 3Q5HA 3FNUA 7HVPA 1ZBGA 1YTJA 3OGPA 1K6VA 3FNSA 3MXDA 2OHUA 5P1ZA 4FCOA 1HHPA 5P3OA 4DVFA 4DJOA 3UQXA 2WJOA 5P2NA 4L6BA 1BBSA 1GVVA 5P4EA 2R5QA 5P55A 3VF7A 6FIVA 3TL9A 5P8JA 2OHNA 4R93A 3PBZA 5P80A 1D4LA 4GMIA 4Y5KA 2WKZA 4Y50A 2IKOA 5P08A 4MC9A 1MTBA 4Y5AA 5HDUA 3CYWA 3LIYA 3CKPA 2QMGA 3APRE 3VLAA 3MSLA 4NJUA 5P8MA 1GVWA 2OHLA 5P51A 2ER0E 3LIQA 5E5JA 2B7FA 4Y37A 1KJFA 5P01A 1SP5A 1FG8C 2WF0A 5P4UA 3L5DA 1SBGA 3CIDA 1T7JA 5P3CA 5BS4A 5P4XA 4FRJA 1EPPE 4Y54A 2IQGA 5P6OA 3OADB 5DQ1A 3HVGA 1LYAB 4DJVA 4PPHA 1IBQA 1Z1RA 3G6ZA 3OQDA 5P1CA 4Y3GA 5DR3A 3OUBA 5IVTA 3R0WA 5P0UA 2G1OA 5HDVA 1QDMA 1ZTZA 1NH0A 5DR0A 5P0RA 2I4WA 1IIQA 3QVCA 5P0YA 5P6CA 4HVPA 4YHQA 5P1WA 3PRSA 4WY6A 1UH8A 5P0BA 5P3XA 5P4GA 4D89A 3ER3E 2I4XA 5OZNA 5P7HA 3O9EA 5OYTA 2AZ9A 1NPAA 1E80E 5P8RA 1HVSA 5P1PA 1PSOE 1QBSA 5P2SA 5P4WA 1SGUA 5OZQA 5HDZA 2VNMA 4DJXA 5DR7A 5COOA 4GJ6A 2OHQA 3OUDA 5P2YA 5P5LA 2G69A 3PI0A 1SIVA 5P6DA 5P7RA 5P05A 4QJ8A 5P89A 3OADA 2R43A 4Y9WA 3ZPSA 1APVE 1MSMA 1LYAA 4M8YA 3EMYA 3OU1A 4IVSA 3EKPA 4FRIA 5PEPA 4OD9B 2ZE1A 5DQ5A 3BUFA 5HU0A 4EHCA 2CEJA 1YX9A 1SDTA 2JJJA 3CYXA 3DM6A 5SY3A 1IZDA 5P1MA 3O99A 5AH7A 5P4ZA 4OBHA 5OZPA 5P66A 3VSXA 4AA9A 3RTHA 5OZBA 1K1TA 1T7IA 2AVQA 3RTNA 1GVXA 2Q11A 3OTYA 5P5BA 3SA3A 4OBDA 3UHLA 3NWQA 5P2IA 5HU1A 5OYXA 4YOAA 4ZPGA 1OEWA 5P4YA 5P56A 5P6YA 1OHRA 1YM4A 5P3MA 1T3RA 4RLDA 5KOQA 3LZVA 5P04A 1K1UA 2QMFA 5P32A 4Y3NA 1MTRA 4RGHA 4HEGA 4KB9A 4EPJA 5DR1A 1B6JA 2AOGA 3EKWA 2RKGA 5P6RA 3QN8A 3EM4A 4OD9A 1CPIA 2P4JA 5P26A 3KFPA 5OZ6A 3TKGA 2H6TA 5P3JA 5OYRA 5P88A 3RU1A 3PLLA 3D3TA 2Q63A 4I11A 5P07A 1ODYA 1FLHA 3BXRA 4Q5MA 1XE5A 3JW2A 5KQYA 5P0AA 3GI5A 5P8UA 5P48A 2PMAA 1YTGA 1D4JA 1Z1HA 4Y3EA 3NUJA 1HVCA 3T7PA 3SA6A 5P17A 4RCFA 2NPHA 1QBUA 5P81A 2HB3A 2QHZA 4Y3PA 5ENKA 5P5CA 1G0VA 1WBKA 2BPZA 2O4LA 3D1XA 3WZ6A 2G26A 3Q3TA 3PSYA 3VF5A 3OU4B 3UDJA 3SLZA 2VIJA 4FSEA 1B6PA 2OHTA 2ZYEA 4Y3MA 2WL0A 4J0ZA 3URJA 5JG1A 2NXMA 4FSLA 1FIVA 3KDCA 3NU4A 5KR0A 1T6EX 2NNPA 4FM7A 4Y48A 4B00A 1META 4BFBA 3MSKA 3WB4A 2NNKA 4U7VA 1A9MA 3TPJA 2P83A 4R5NA 5P87A 5P1FA 5P00A 5P0JA 3LPIA 4M8XA 4EJLA 5P2HA 1RQ9A 2WEDA 1NSOA 4Y43A 3PEPA 5P82A 5P7LA 3OUCA 2FXDA 5DPZA 1A30A 5DQ4A 5P1GA 4Y5EA 3EC0A 5P0VA 5CLMA 3K1WA 4LXMA 1ODXA 3FNTA 5P75A 1EPLE 2AOEA 2I4QA 5P6NA 4XX4A 3FSMA 2IKUA 1EC2A 1BV9A 3PWRA 5P30A 3BXSA 1HXWA 1BIMA 5KQZA 4K4PA 3UQWA 1A8GA 2A1EA 4GB2A 3NXNA 5KOSA 1C6YA 4H3JA 1DIFA 3NDXA 5P3NA 4YCYA 5P86A 4D8CA 3EKTA 5P57A 1HVKA 4H3FA 5P4TA 4QJAA 5P71A 5P1YA 4R92A 4Y44A 2PH8A 4XX3A 5P7DA 4YA8A 4FLGA 3D1YA 1FFIC 2ER7E 3KN0A 3VEUA 3HZCA 5P3YA 1W50A 1BXQA 4ACUA 3GW5A 3EL0A 3OHFA 4JOOA 3R2FA 1ZJ7A 3QI1A 3PJ6A 5DGWA 2AZBA 2J9JA 1EC1A 5OZAA 2VA6A 4Y6MA 5OZFA 5P85A 2O4NA 4UPJA 2I1AA 2XYFA 3S54A 2P3BB 1W51A 1LYBB 1LF3A 5OZ4A 1IZHA 1YTHA 5P5DA 1FQ7A 1ODWA 3NDUA 2JYSA 5E5KA 1QBTA 3LPKA 5P2EA 3PCWA 4J0PA 4DPFA 2B7ZA 3ZKXA 3T3CA 3K5CA 5P0LA 3LHGA 3OQ7A 4Y5GA 1HVLA 5P5VA 3LINA 4DQFA 5COKA 2P3CA 4I1CA 3ZLQA 1ZAPA 3UF3A 4RYGA 2VA5A 4K8SA 5P2BA 3GI0A 4XXSA 1XN2A 5P8KA 5P4VA 1TSQA 1Q9PA 3PGIA 3L5BA 3KMYA 1LF4A 3VYFA 3NWXA 5OZCA 4HDBA 3TOFA 1TZSA 1NPVA 2PWCA 2HAHA 5P59A 1BXOA 5P0CA 1LS5A 2XYEA 5P14A 3KT2A 1BVGA 5P60A 5P54A 1UH9A 1ZLFA 2PWRA 3S53A 3H5BA 5CONA 1KJ7A 3TKWA 3NDWA 2IENA 1QS8A 2VJ7A 5P2DA 5P8OA 3NDTA 1HVIA 3O9FA 4F74A 4ZSRA 1F7AA 3BUGA 5P63A 5EZXA 1ZSRA 3R4BA 3WZ8A 3OGQA 2QNQA 3VFAA 1W5VA 4AUCA 5P06A 5P25A 2P3AA 3O9LA 4FM8A 4DQHA 1NPWA 2PSUA 4GJ9A 5P1DA 1MPPA 1RV7A 2QHYA 5P3KA 5P83A 1E5OE 4Y3ZA 2PK6A 5P52A 5KQXA 2XFIA 5OZIA 4L1AB 3I7EA 4K4QA 3NSHA 1FQ4A 5P0NA 3TPRA 5P6SA 1YT9A 1W5XA 2I4VA 5HCTA 5P69A 2AVMA 3KFRA 5P1RA 3ZOVA 2B8LA 2WF2A 5P18A 2NXDA 2WHHA 4PYVA 4Z22A 2ZHUA 3KFNA 5P8DA 3S8IA 2F3KA 2RKFA 2FGUA 1HEFE 4OBZA 1J71A 4HLAA 1HVHA 3UQUA 2ZJLA 4COEA 3ECGA 3OU3A 4EJ8A 3QBFA 4R8YA 3Q4BA 1C6ZA 1HBVA 3SABA 3DV1A 2Q54A 3ZL7A 3PSUA 1EBWA 4CP7A 5ISJA 3ZKSA 2B8VA 5P1TA 5P33A 3ZKGA 4MC6A 3KFSA 4DQGA 3M9FA 1HRNA 4B72A 4Y4XA 5ER2E 8HVPA 4J1IA 2SAMA 1ZP8A 5P6BA 5OZMA 4L1AA 2FMBA 2Z54A 3EKQA 4CPSA 4B77A 3VG1A 1D4SA 1SGZA 3HLOA 1FEJC 2IGXA 5P4PA 3INHA 1FQXA 5P2LA 5P31A 4ZPEA 4RZ1A 1A8KA 4ER4E 1EAGA 3LZYA 5P7TA 1XE6A 5P7SA 1ENTE 5P7JA 3IN4A 2AOIA 2QHCA 4FRKA 4BEKA 1LYWA 5OZ9A 5P6QA 3AIDA 3OHHA 1HPOA 4EXGA 1MESA 4Y3WA 3O9DA 5OZ5A 5OZWA 5P5XA 3FX5A 5JFPA 3VV7A 1B6LA 1GKTA 2QI6A 3BHEA 5P44A 3TPLA 4F75A 3G72A 1OEXA 2G20A 5P6JA 4EXHA 4AZYA 4Y5NA 2B42A 3HBOA 5BRYA 2QMPA 4EP3A 5P7ZA 4YD7A 5P5KA 5T4SA 5OZTA 5P3EA 2BPVA 3QPJA 2HS2A 2FLEA 3OK9A 1HSGA 2PSVA 4EQ0A 3GGUA 5P6ZA 3NU3A 5IS4A 5OYWA 3OUDB 1Z8CA 1K6PA 5P3VA 3PBDA 1SH9A 5P5JA 4Q1WA 5EZZA 3IVIA 4H3GA 4KUPA 1D4HA 3OXXA 1FB7A 2QD7A 1EEDP 1HXBA 5P5AA 2R9BA 1AJVA 4GJ5A 4L7JA 1EC3A 2FXEA 3Q6YA 5KR8A 3UDYA 5P7AA 3IXKA 3OU1B 5C9BA 3UDKA 3AUPA 4Y38A 4YD4A 3PMUA 5AHAA 3R1GB 5P1BA 3QVIA 4LP9A 4Y3QA 4CPQA 2O4PA 4H1EA 3SM2A 5P50A 5P5FA 2R8NA 4XKXA 5P7CA 3LIVA 1HPXA 5OZHA 2WF4A 5P0WA 1MRWA 4APRE 4NKKA 1FQ6A 3RVIA 4YD5A 3IN3A 3UQPA 2F8GA 1FG6C 4DPIA 1CZIE 5P0FA 1A94A 4ER2E 5P5RA 5P1HA 2OF0A 4Y56A 4HZTA 4EP2A 3CKRA 2I0DA 5P3TA 5P2WA 5HVPA 4ACXA 5P3PA 1HTGA 5P2RA 5P3RA 5KAOA 5P6LA 3O9HA 3INFA 1B6KA 1TCWA 5P8GA 4J17A 3G70A 1IVPA 3S45A 1IZIA 1PPKE 2G27A 1ER8E 2IEOA 3OTSA 1APTE 1W5WA 1EPQE 5DGUA 1HIIA 3TPPA 5P8CA 4Y58A 3PCZA 4I8ZA 3KDDA 2WEBA 5P73A 5OZOA 4Y5MA 3WZ7A 4NPUA 2R3WA 1SDVA 3DJKA 4KE1A 2AQUA 4YCTA 5P4CA 2ZJHA 5P8PA 3I2LA 2HIZA 1XN3A 4EQJA 4I12A 1D4IA 5IVSA 5I3VA 1HOSA 1IDBA 1VIKA 1EPME 4YDGA 4D83A 5P15A 3VUCA 3SACA 4Y5BA 4AMTA 5P72A 1EBZA 5P8TA 4JPEA 1VIJA 1FKNA 5P5IA 3DOXA 3N4LA 4DJQA 2G22A 3NYGA 5F01A 2HS1A 2G1SA 5P0MA 4Y41A 3QRVA 2AIDA 3PI5A 3B80A 3EKVA 1MT9A 5P2UA 5SZ9A 4Y4TA 2BPXA 4I0DA 1MERA 3S43A 1MRXA 2F3FA 4Y45A 5P4IA 6APRE 1EPOE 5HDXA 5P20A 5P8EA 4KE0A 1M4HA 2H6SA 5P5QA 3BUHA 2VNNA 3PMYA 2JXRA 5P3FA 3D1ZA 2IGYA 3K5GA 3PB5A 2V11C 2G24A 4TVGA 4LL3A 5P10A 5P1XA 2FNSA 4GJCA 4ER1E 3SKFA 2PK5A 3EM3A 4TRWA 2ZGAA 1HPSA 3LITA 1PROA 3VCMA 4D85A 5P2CA 1BAIA 5P6AA 3HW1A 5APRE 1FMBA 2QI1A 4ZEAA 2QK5A 4Y3AA 3OAGB 2Q64A 5P11A 1KJHA 2UY0A 5OZYA 3MXEA 4Y4BA 5P34A 5I3YA 2AZCA 5ENMA 2PH6A 2ZJKA 5P0EA 1CMSA 4I0IA 2RMPA 3IGBA 4Y3DA 5AHCA 1AVFA 3CIBA 3SO9A 1KJGA 2V16C 1HVRA 4QJ6A 3SA8A 4Y4ZA 3LZSA 3LZUA 5P40A 4I0HA 2J9JB 3APPA 1UH7A 4F73A 4DJUA 4DQCA 2P8HA 1TCXA 3TOGA 2ZJMA 5P61A 4DI2A 4Y5CA 3NU9A 1B5FA 3OXVA 4E43A 3PM4A 2J9KA 5P1IA 3FIVA 5P8VA 2OHKA 3OAGA 1HTFA 5HD0A 4FS4A 1GVUA 5P4LA 4OBKA 3VSWA 5HE5A 5P2ZA 5P2OA 3VYDA 3L38A 2WEZA 5P3IA 1B6MA 5I3XA 4DUSA 2PYNA 4PHVA 5OZRA 2A4FA 1DMPA 1YM2A 3S7MA 5P7VA 4B0QA 1C70A 4J0TA 5B18A 4QGIA 1XL5A 5P5SA 1RL8A 2QD6A 3UDQA 4I0GA 3JVYA 4B70A 5J25A 5F00A 4NPTA 5OZ2A 4QJ7A 1WKRA 5P47A 3OWNA 4YCKA 3NU5A 5P24A 2QZWA 3MWSA 1BDQA 4RRNA 3GGAA 4J55A 3K5FA 4FAFA 2NTRA 2UPJA 2VKMA 4ZSPA 3MSJA 1MUIA 2V12C 3U6AA 2G1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2X A;  5OZK A;  3R0Y A;  2BJU A;  3OOZ A;  2FDD A;  4JP9 A;  1T6G A;  4LHH A;  4CPW A;  1N49 A;  5P4R A;  3B7V A;  1FQ8 A;  1G6L A;  3GGV A;  1PPM E;  5P6H A;  1QBR A;  2PYM A;  4GJ8 A;  2JE4 A;  4I0F A;  4J1K A;  4FRS A;  1FFF C;  4DQE A;  1OD1 A;  2QI5 A;  3O9C A;  1RPI A;  5P03 A;  3S7L A;  5P5T A;  5OYZ A;  4RVI A;  3SA7 A;  2OHS A;  2ZJI A;  5P4A A;  5P1A A;  3ZKI A;  5P12 A;  5OZ1 A;  5P0S A;  5P5Z A;  2VIE A;  4RRO A;  2G94 A;  4PZW A;  4ZSQ A;  4Y4E A;  5OZZ A;  5P1J A;  3IA9 A;  2FGV A;  2VJ6 A;  4HA5 A;  1BVE A;  3NU6 A;  3BRA A;  5P5E A;  5C9F A;  1DW6 C;  5OZ0 A;  5P1N A;  5P8F A;  5P8N A;  3QRM A;  4L7H A;  2G1R A;  3SKG A;  3IAW A;  2VIZ A;  2Q55 A;  5OZ7 A;  4FIV A;  2FDP A;  4APE A;  5P23 A;  1EBK C;  2ER9 E;  2QZX A;  5KR2 A;  5P1Q A;  3Q5H A;  3FNU A;  7HVP A;  1ZBG A;  1YTJ A;  3OGP A;  1K6V A;  3FNS A;  3MXD A;  2OHU A;  5P1Z A;  4FCO A;  1HHP A;  5P3O A;  4DVF A;  4DJO A;  3UQX A;  2WJO A;  5P2N A;  4L6B A;  1BBS A;  1GVV A;  5P4E A;  2R5Q A;  5P55 A;  3VF7 A;  6FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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