5F01A

Crystal structure of bace-1 in complex with (1sr,2sr)-2-((r)-2-amino-5,5-difluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-1,3-oxazin-4-yl)-n-(3-chloroquinolin-8-yl)cyclopropanecarboxamide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
384
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 384
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f01A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f01A02
4FRSA 4J0VA 2ZHUA 4GIDA 5OYSA 4B1EA 4X7IA 3DK1A 5P32A 3VF7A 4Y4WA 1XE5A 4GJ6A 5IVRA 1M0BA 2VA6A 5P61A 5P2TA 4FE6A 5P0XA 5OZIA 1QDMA 2IQGA 3OOTA 3BGCA 3D91A 2Q54A 2B8VA 2PYMA 4DJUA 5I3YA 2G1OA 1IBQA 3LZYA 5P65A 3D1YA 1W6IA 1YX9A 3OY4A 2BQVA 5P6MA 2RMPA 5P6IA 5P2EA 5P2SA 2VA5A 1UH9A 3MXDA 2VIJA 5OYRA 1MSMA 2HS2A 5P1KA 5KQZA 1GNMA 1VIKA 4OBDA 5P7LA 2G21A 4HDFA 5P4MA 4LXMA 3MSLA 3QVCA 4FRJA 3H0BA 2PC0A 1EPLE 4OBZB 4NJVA 3BVBA 2IKUA 4JP9A 4WY1A 4DVFA 4R91A 5P4OA 1WKRA 5P05A 4E43A 5HU1A 5OZ4A 3ZKSA 1LYBB 4GJ9A 4NPTA 3OOZA 5P16A 4GJ5A 2HM1A 2WJOA 3VLBA 4EJKA 5OZAA 5P2XA 3EL0A 1YT9A 1APUE 3LINA 2Q55A 2I1AA 5P5UA 3SKFA 3PWMA 5DGUA 5P18A 4DV9A 3MSKA 4FGXA 4ZEAA 5P5QA 4J17A 3PGIA 5OZ0A 3OUDA 5P0CA 2R3TA 3I7EA 3NLSA 3N4LA 4Y4GA 2BPYA 3HAWA 2QI0A 4Y3JA 5P2VA 3B80A 4LL3A 3QPJA 1DPJA 2PSVA 5P0YA 3O9IA 4Y50A 2ZJMA 2QHYA 1CZIE 4LXKA 4LBTA 3L5EA 2WF2A 3R0WA 1META 3O9AA 5OZQA 4K4PA 5P0VA 5OYUA 4NJSA 3T7XA 3TNEA 5P5WA 4I8ZA 3OQKA 1BWBA 5P5TA 1AZ5A 1FFFC 4B05A 5TOLA 2G1RA 5OZ3A 1EC0A 5P7DA 5P35A 5P03A 5P0NA 1ZPKA 5P3UA 5P8NA 3TLHA 2AOFA 3I8WA 1UPJA 5P8MA 4DJWA 3EXOA 5P4ZA 4H3JA 4Y36A 4Y4BA 4XX3A 1HTFA 3VSXA 5P7VA 3KFPA 4J1CA 4TRWA 2R38A 3I25A 3TPJA 5P1CA 5P8OA 2I4DA 5P4TA 3G6ZA 2F3FA 3SA4A 3S85A 4D85A 1FMXA 3ER3E 3WZ7A 3UQRA 2XFIA 5P43A 3NDWA 3HDKA 5P71A 3IXJA 5P67A 2WF3A 1ZAPA 5JFPA 1E82E 5P26A 4DJYA 5P02A 5P13A 1KJFA 5OYZA 2UXZA 3VV7A 4J55A 4Y51A 5OZ2A 4DQBA 3FIVA 5P0FA 5P80A 5P85A 4ER4E 1TCWA 3K5GA 3CICA 2OHQA 4ZIPA 1EPPE 1MERA 2BKSA 4Y58A 4YOBA 3OXXA 1FQ6A 1FKNA 3CKTA 2MIPA 5P4UA 4B70A 2BB9A 4EJDA 3GI5A 5OZGA 3ZKIA 4J0TA 4YBFA 4FS4A 1QBSA 5P1SA 3CKPA 2XFKA 5P3PA 3APRE 3WB4A 5P6DA 4YE3A 2IENA 3K5FA 3UQPA 3OK9A 1BAIA 1DW6C 3PCZA 5P2AA 1DIFA 1NH0A 1DMPA 4QJ7A 5P6WA 5P7XA 3PSGA 3VV8A 4GYEA 2OHTA 2P3CA 3SA5A 5P7OA 3O9EA 2PSUA 1F7AA 3T11A 4HE9A 5P5GA 5P4NA 1HPOA 3PMYA 5SY2A 3NUJA 5P55A 2QMGA 3LIYA 5P6PA 3UTLA 3D1ZA 5P51A 3TKGA 4BEKA 1E5OE 2WEDA 5P4IA 3BRAA 3EM4A 4Y4AA 1CPIA 2B42A 4Y39A 5JG1A 2OHPA 4RVIA 5P5BA 2NPHA 2Q11A 4DJXA 5P6RA 1EBWA 3S56A 3R4BA 4PEPA 1EPNE 4GJBA 3OUDB 4L6BA 2AZ8A 4J1KA 1AJVA 4ACXA 3ZKGA 5P7KA 1T6EX 4Y35A 3I6OA 1G2KA 5P23A 3SA3A 5T4SA 5CONA 1SP5A 5P1OA 5OZ1A 5AH7A 3VUCA 3HW1A 1IZIA 3O9HA 2QP8A 1J71A 8HVPA 3UDMA 4Z50A 3TPLA 3PJ6A 4RZ1A 5P5DA 5P3BA 3VEUA 1T6GA 3L5FA 3UFNA 4NPUA 5P7WA 1MESA 2WF0A 5P54A 1ZTZA 4Y3NA 4I0ZA 5P64A 2V12C 1M4HA 4D83A 3WSJA 1TSQA 2Q5KA 2V00A 5P7FA 3OUBA 3FSMA 3BUFA 2VJ7A 2BPXA 4Y4DA 1TCXA 4DQGA 2ZHTA 3F9QA 2ZJKA 5AGZA 4EQ0A 3TPPA 5IVTA 2OF0A 5P0ZA 2EWYA 5DGWA 3Q4BA 4TVGA 1NPWA 2FGUA 5P8KA 2QMDA 2ER7E 2QNPA 1BBSA 5SXNA 1G6LA 4APEA 5P11A 4J0ZA 1ME6A 4F76A 3TKWA 2O4PA 3NU3A 5IVQA 5P2RA 1D4JA 2F3KA 2NMYA 2BJUA 4DFGA 2HAHA 5DR8A 1HPVA 3QBHA 3LHGA 3OWNA 3DJKA 1PPME 3GW5A 5KR2A 4FM7A 2A1EA 3ZKNA 3TTPA 5P63A 3UQUA 4Y4TA 5P5KA 5P07A 2IKOA 3RTMA 2HB3A 3ECGA 1AJXA 4RRSA 4DQFA 4EQJA 5OZBA 5P4KA 4J1IA 3EKVA 5P3JA 1ZLFA 3ZMGA 5P6NA 4ER1E 2V10C 3EM3A 3GGAA 3L5BA 4EP2A 2PYNA 3O9LA 2OAHA 4EJ8A 3INHA 1FIVA 5P73A 5FIVA 5P4JA 2QU3A 5OYVA 4K9HA 5OZ7A 2R8NA 2XYFA 5P1QA 4YHQA 4Y57A 3KMXA 1BVGA 5P12A 2HB4A 5OYQA 3LPKA 4ZSQA 1OHRA 1Z8CA 1ZSFA 5P79A 1C6YA 2FGVA 5P29A 5IVSA 4YBIA 2J9JA 2AVSA 4DJPA 5P7NA 3OGPA 3IA9A 4FLGA 4KE0A 5P8IA 5P6TA 5E5JA 4J0PA 3VYFA 1LYAA 2XFJA 1ER8E 3R1GB 5P31A 5P0PA 5HDVA 5P4FA 5P5HA 3IAWA 3EKQA 5P4CA 3KM4A 2ZJHA 5DQ5A 5P20A 1W5YA 3M9FA 4OBHA 5DR1A 1LF2A 5P66A 4B1DA 3Q5HA 4Y5EA 3S8IA 3VF5A 5P6KA 2UPJA 5P0DA 2VS2A 2QZXA 3G70A 5HVPA 4Y3WA 3RSXA 4QJ2A 5OZKA 4H1EA 4DPIA 4Q1YA 1IDBA 2AOGA 1ODXA 1TSUA 5OZ5A 1APVE 4EPJA 1MRWA 4YD4A 3UDQA 2HS1A 3QIHA 4JPEA 5P1UA 1OEXA 3UQXA 1BXOA 3DOXA 4ZPEA 5P8GA 3NUOA 1TQFA 3OTYA 3DUYA 5P38A 3K4VA 1HVCA 2RKFA 5P4XA 1FQ5A 5OZHA 4Y38A 4H3FA 3EKPA 5HE7A 2I4WA 3L58A 3RSVA 3MSJA 3NDXA 7HVPA 4YCTA 1XE6A 3GI6A 1FGCC 5P3IA 5P77A 3KA2A 3PWWA 3FX5A 5P1YA 1SGUA 1W51A 3NWQA 3OQFA 2ZHRA 4R95A 4B1CA 2O4KA 5P3GA 1MTBA 2VJ6A 2AQUA 4F74A 4UPJA 4LHHA 5JFUA 4WTUA 3PLLA 4J5JA 3L38A 3OUAA 5OYWA 1MSNA 5P41A 2WEBA 2NTRA 4Y44A 4CPQA 1AXAA 1T7JA 5P60A 5P88A 1ZJ7A 4GJ8A 4CKUA 2NXMA 4Q1NA 5P0QA 1D4HA 1EAGA 4K4RA 4Y4UA 3O9LB 2QI5A 5P1BA 3TOFA 4RRNA 5P3DA 4Y41A 4Y5CA 2QI3A 2NXDA 3SQFA 4R92A 5P3YA 3NXNA 3CIBA 1GNOA 5P0SA 3EBZA 1LEEA 5DQCA 5P4HA 2HPFA 5BRYA 1SBGA 2WHHA 1GVVA 2FIVA 1K2CA 5P0IA 4MC1A 4XX4A 4IVSA 1SH9A 2VNMA 1SDTA 5KOQA 1W5WA 5P69A 4XKXA 1DAZC 3UDRA 1EC3A 3VFAA 2AVVA 3GGXA 3OQ7A 5P3HA 5P3CA 1LYAB 5SZ9A 2O4NA 4J1EA 3TPRA 1YTGA 3SLZA 5P8EA 3TOHA 2G22A 4OBJA 4Y3GA 2AZCA 4BELA 1LV1A 3SKGA 3NDUA 5P53A 4Y4JA 5P4DA 1PSOE 1EBKC 5EZXA 1HBVA 1LYWA 1MRXA 5P2QA 2P4JA 2RSPA 1BV9A 5I3XA 5OZLA 3HVGA 2I4XA 1IZDA 5P1LA 2IGXA 3KYRA 2FS4A 5P0MA 1HTEA 5P6UA 5P3FA 4A4QA 4Y5NA 4I0FA 4Y5LA 2QNQA 1KJHA 5P5SA 2JE4A 5P3SA 2FDEA 3OTSA 3IXOA 2BBBA 4QJAA 5P5ZA 3PBZA 1TZSA 1W5XA 2PK6A 5IS4A 5P5CA 3K1WA 5P2NA 1HWRA 3QN8A 5C9FA 3SM2A 1HXWA 4L7HA 3H5BA 3OADA 5P56A 3FKTA 4XXSA 5COKA 1FFIC 4L1AB 1T7KA 3R0YA 3EKXA 4YDFA 4B72A 1K1TA 4I1CA 5P28A 3D3TA 3GI0A 4GZFA 5OZCA 5P0RA 5P1ZA 4A6CA 4KB9A 1FF0C 3K5CA 1GVXA 1QBUA 4Y3HA 4EXGA 2PWCA 4Z4XA 5P1EA 5P6FA 5P50A 3S43B 2QD6A 3OXCA 5P6EA 5OZYA 1IZEA 1K2BA 3AUPA 3QVIA 3KFSA 4LP9A 3APPA 5P0AA 5P6OA 5P19A 1BDQA 2AZBA 2RKGA 5P58A 3WB5A 3VG1A 5OZVA 3KDCA 1HTRB 3QRSA 2ZJLA 4DQEA 5P1RA 3U6AA 4GJDA 4J54A 4I0GA 5P1JA 5P5IA 4Y3YA 1F34A 2VIZA 4J1FA 1SIVA 2O4LA 4RVXA 4Q5MA 3OU1A 3TH9A 5P0JA 5P2UA 3CYXA 5P3LA 3U71A 5P06A 2G24A 3INFA 5KQFA 1HVHA 4AUCA 3VCMA 3LIVA 3T7QA 4I10A 5P3WA 2BKTA 4Y3RA 4FIVA 4LAPA 5P36A 5P7ZA 3T3CA 2CEJA 2G1NA 4ZSMA 2I0DA 5P37A 5OZOA 3O9FA 2G26A 1AAQA 4I0JA 5P57A 2QZLA 1HXBA 5P1PA 1HIVA 4AMTA 1EC2A 5OZFA 9HVPA 5KQYA 1AM5A 5ENMA 3T6IA 1HPXA 5P1MA 1SDVA 1Q9PA 4FRIA 3SACA 5P6VA 5F01A 2AZ9A 5OZUA 4YD5A 1EBZA 3D20A 2QI1A 5AH8A 2NNPA 2SAMA 2P3AA 4CPUA 2I0AA 3OGQA 3RVIA 2O40A 4DPFA 1LYWB 2QMPA 4F73A 4PZXA 2IDWA 1D4YA 1RQ9A 3QBFA 2JYSA 1LZQA 5P2BA 1BV7A 3PWRA 3KF0A 2HC0A 5P70A 3OAGA 1NSOA 2B7ZA 3O9GA 4Y4EA 5P2ZA 5P7PA 3PEPA 3EKYA 3OU3A 5DQ1A 5J25A 2P3BA 5P7SA 2G1YA 6UPJA 5P8SA 2AVQA 6APRE 2BPWA 2NXLA 3PI0A 1ZP8A 5P68A 3SA7A 5I3WA 3QS1A 2HB2A 2AOHA 2NR6A 3B7VA 2WF4A 1QBRA 5P1HA 3OADB 4I12A 1EPME 5HCOA 5OZ9A 1U8GA 2QNNA 3O9DA 4H3GA 3URIA 4KE1A 5P7QA 1XN3A 2PK5A 5P7CA 2QI7A 3L59A 2I4VA 4F75A 2V11C 2R3WA 4D8CA 2PQZA 1D4LA 1HVKA 3PM4A 5OYYA 1FQ7A 3NR6A 5P6XA 1E80E 2QMFA 2APRA 1W6HA 3VLAA 2V0ZC 1FG6C 3KFRA 3ZKMA 5COOA 3UDNA 1IZHA 3O9BA 5P0OA 4GJAA 3JVWA 3SA8A 2R5QA 5P7TA 2ZJNA 5OZTA 4OD9A 5P2DA 2ZJJA 4JOOA 4ZSPA 4DJRA 1RL8A 1CMSA 5OYTA 1G0VA 3VF3A 2NMZA 5P5JA 3ZLQA 5P08A 5KR8A 1T3RA 1AVFA 1HPSA 2HIZA 2VIYA 1C70A 1B6LA 5KR1A 4NJUA 3RU1A 4Y54A 2UY0A 1ZSRA 5P3ZA 1BDLA 3OU1B 1YTJA 3OHFA 5OZZA 3PLDA 1B5FA 4PZWA 4M8YA 5HDUA 3FNUA 4B0QA 5JODA 4Y3XA 2FMBA 4NKKA 2ZDZA 2G94A 3UDKA 2V13A 1A8GA 4JPCA 5P4RA 1IVQA 3EL1A 1HRNA 5P6CA 5P17A 1OD1A 1HSIA 5P8LA 3G72A 2VIEA 3S54A 1YTHA 5P2OA 4J0YA 3JW2A 5P3QA 5P25A 5OZEA 3GGVA 4S1GA 5P59A 5P4BA 2V16C 2WECA 5P3OA 4Y47A 1GVUA 3EL9A 1M43A 5HD0A 5EZZA 5P7GA 1ENTE 3SA6A 2WL0A 3NSHA 5BWYA 3KT5A 1WBKA 4CP7A 3URJA 1K1UA 4L7JA 3EKTA 4OBKA 5P74A 4Y5KA 4QJ6A 3KT2A 3BHEA 3PRSA 3Q6YA 5P1VA 2ER9E 4QLHA 2FXEA 2ANLA 5P7HA 1TW7A 4ZPGA 1HSHA 1HIIA 4FRKA 5P8JA 3OAGB 5P2LA 1MPPA 4Y3QA 4B78A 1K6TA 2I4UA 5CLMA 4LC7A 5P49A 2FXDA 4I8WA 5P40A 1B6JA 2P3DA 3KN0A 2Q64A 3IN4A 2IL2A 1NPAA 2P3BB 2ZE1A 3VV6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRS A;  4J0V A;  2ZHU A;  4GID A;  5OYS A;  4B1E A;  4X7I A;  3DK1 A;  5P32 A;  3VF7 A;  4Y4W A;  1XE5 A;  4GJ6 A;  5IVR A;  1M0B A;  2VA6 A;  5P61 A;  5P2T A;  4FE6 A;  5P0X A;  5OZI A;  1QDM A;  2IQG A;  3OOT A;  3BGC A;  3D91 A;  2Q54 A;  2B8V A;  2PYM A;  4DJU A;  5I3Y A;  2G1O A;  1IBQ A;  3LZY A;  5P65 A;  3D1Y A;  1W6I A;  1YX9 A;  3OY4 A;  2BQV A;  5P6M A;  2RMP A;  5P6I A;  5P2E A;  5P2S A;  2VA5 A;  1UH9 A;  3MXD A;  2VIJ A;  5OYR A;  1MSM A;  2HS2 A;  5P1K A;  5KQZ A;  1GNM A;  1VIK A;  4OBD A;  5P7L A;  2G21 A;  4HDF A;  5P4M A;  4LXM A;  3MSL A;  3QVC A;  4FRJ A;  3H0B A;  2PC0 A;  1EPL E;  4OBZ B;  4NJV A;  3BVB A;  2IKU A;  4JP9 A;  4WY1 A;  4DVF A;  4R91 A;  5P4O A;  1WKR A;  5P05 A;  4E43 A;  5HU1 A;  5OZ4 A;  3ZKS A;  1LYB B;  4GJ9 A;  4NPT A;  3OOZ A;  5P16 A;  4GJ5 A;  2HM1 A;  2WJO A;  3VLB A;  4EJK A;  5OZA A;  5P2X A;  3EL0 A;  1YT9 A;  1APU E;  3LIN A;  2Q55 A;  2I1A A;  5P5U A;  3SKF A;  3PWM A;  5DGU A;  5P18 A;  4DV9 A;  3MSK A;  4FGX A;  4ZEA A;  5P5Q A;  4J17 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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