5I3WA

Crystal structure of bace1 in complex with 2-aminooxazoline-3-azaxanthene inhibitor 2
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 377
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3wA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3wA02
1YM2A 1QBSA 3L3AA 1MESA 4RYGA 1KJHA 5P7XA 5OZEA 3I25A 1BVEA 2FXDA 5B18A 3NU5A 4ZSQA 4OBZB 1K6CA 1GVVA 2HPEA 5P4AA 5OZFA 3L5CA 4RVXA 3KFSA 4ZPGA 2AVQA 3NU4A 4OC6B 5OZUA 2ANLA 2FIVA 4NKKA 3TLHA 1ME6A 1LEEA 4EPJA 1DIFA 5P22A 4DH6A 5P6XA 5P6OA 2ZGAA 4EXHA 3OHFA 4I0JA 1MIQA 1YX9A 3I8WA 1XE6A 3GI5A 4DV9A 3TPLA 2I4DA 5P09A 3NSHA 1W5WA 4OBZA 4FCOA 1EEDP 5OZZA 4KE1A 4RYCA 3IXOA 5P76A 2CEJA 2IQGA 1ZJ7A 2QI1A 3VCMA 2P3DA 5P4UA 3UQPA 2G21A 3OXCA 3UDJA 5OZTA 4OBJA 2OHQA 3I7EA 4BELA 5E5KA 4NPTA 4XXSA 1B11A 3QPJA 5P3MA 3SFCA 5OZLA 4Y5BA 3CMSA 1EBKC 4Y53A 1FKNA 3TL9A 5P8JA 5P1IA 1XL2A 5P54A 1ZSRA 3L5BA 4R92A 5P8LA 5P3SA 4CPUA 1B6LA 2O4SA 2PYMA 3SM1A 3MSLA 3URJA 4Y3JA 4Y4WA 5P1JA 4AZYA 1GNNA 5P12A 3PBZA 3CICA 2NPHA 4Y5KA 4J0YA 1CZIE 5P02A 4B72A 5HCOA 2HPFA 5OZRA 5IVRA 3SAAA 4U7VA 2BKSA 1RNEA 2ZDZA 5P4LA 4K4RA 2IKUA 3QS1A 1FQ7A 5DQ2A 3LIYA 1EPME 4Q1WA 3OADB 5P7DA 2P4JA 1SIPA 4FIVA 5P2HA 5P6SA 4LHHA 5P57A 1QS8A 4Y54A 5P3JA 4Y5EA 1PSAA 5SXNA 2VNNA 1Q9PA 1T6GA 4AUCA 5P0GA 2OHLA 1LS5A 3FNTA 5P25A 1LYWA 3LZSA 3ZKGA 2HAHA 5OZNA 2ER7E 5P2UA 3OY4A 5P0SA 4L7HA 3MWSA 3OTYA 4HLAA 3BC4A 2WKZA 4GJDA 5P48A 5P0NA 3A2OA 4FRJA 4AA9A 1MVPA 3Q4BA 3FSMA 2PMAA 4Y3NA 1B6JA 3S56A 1BV7A 4Y3MA 3ZKSA 3NUOA 1LV1A 2G1NA 5P2CA 1K6TA 3OU4B 2NXMA 2G1OA 1ZLFA 1SMEA 4I8WA 4QJ6A 3TOHA 3LNKA 2ER6E 3WB5A 1FLHA 3IVHA 3IXJA 3LINA 2WEZA 2V13A 3EKPA 2PQZA 5P3UA 5P16A 1IZEA 3EKWA 5P4BA 3OK9A 4J0PA 3UDKA 3UFNA 3OQAA 3EM4A 5DQ5A 1QBUA 2Q54A 5P0VA 4ACUA 5DR3A 5P3TA 5P1QA 2AZBA 2QHYA 1HPSA 2OHSA 3JVWA 1TCWA 2F3KA 3GI6A 5P60A 4X7IA 2IL2A 5P23A 4DUSA 1FMUA 2PWCA 1MRWA 3G72A 5P4XA 4R95A 3VLAA 1B6KA 1DW6C 5P47A 3ZPTA 3QP0A 3OGPA 2OHNA 4DJPA 1Z1HA 3DUYA 4CPQA 3OAGB 5P8CA 2O4PA 1PPKE 1LYAA 1LYBA 1E81E 5P3LA 3PHVA 4Y48A 5P7FA 1BBSA 2G26A 4ZSPA 5OZMA 4FSEA 2B8LA 4EJKA 5P8EA 3NXNA 4OBDA 5P4EA 3D91A 5COPA 1HTRB 5P7HA 1HWRA 3QN8A 5P8TA 4F73A 4YOAA 1B5FB 3FNUA 5P4HA 2WEAA 1Z8CA 5I70A 5IVSA 5IVQA 2G22A 2HB2A 2IGYA 3OAGA 4Y4XA 2HS2A 1EAGA 4QJ9A 4A4QA 5P32A 5P4TA 3RU1A 1OD1A 3O9BA 5P74A 5P72A 4RCFA 3Q6YA 3TOGA 2O4NA 3HVPA 3K5FA 3KFRA 5P64A 5P5OA 2F8GA 3PMYA 4J55A 4QGIA 4Y3GA 2G24A 5P6MA 2BBBA 3SA9A 4YDFA 5APRE 3UQUA 2WF4A 3MXDA 3TKWA 4Y3AA 5P2ZA 1D4IA 1T7JA 5DQ4A 2QI0A 3O9AA 5OYWA 4JP9A 2QK5A 4K8SA 5P4ZA 1IZHA 1FQ8A 5P7QA 4EQ0A 5CLMA 2BJUA 3PB5A 4N00A 1PFZA 1HSHA 3OQFA 1LZQA 1NPWA 3KDCA 4AA8A 2RSPA 4LXKA 5P4QA 1HTGA 4I0EA 3S7MA 4FSLA 3SO9A 5P5SA 1FIVA 4Y50A 1WKRA 1MEUA 4J1CA 4Y3ZA 5P0KA 5P8NA 1HIVA 1W5XA 2AOJA 1KJ7A 5P3AA 2Q3KA 1ODWA 5P8HA 5P2EA 3QIHA 2ZJJA 3ZLQA 1J71A 5P0JA 1W5YA 1FB7A 2Q64A 5P5GA 7HVPA 4LXMA 2HC0A 5P0PA 4J1EA 4Y4JA 1A9MA 1CMSA 2VKMA 3PI0A 3CIBA 5P42A 5P4YA 4OD9B 3GGAA 5P14A 5P50A 4FAEA 4I11A 5P6LA 5OYTA 5P5TA 4XX4A 4EWOA 5ISKA 5P5LA 1JLDA 1QBTA 3EBZA 2QNPA 4GIDA 5P34A 5P3XA 4Y5CA 3IXKA 4Y3SA 5P11A 5P8IA 1FG6C 1G6LA 5P2MA 3QBHA 3PM4A 2MIPA 5I3YA 4DQHA 5P04A 5P85A 4Z2ZA 5P59A 3VF5A 3T7QA 3UF3A 5P5XA 4NJSA 5HU0A 5OZHA 5P6FA 3CKTA 1G2KA 1ER8E 1HVCA 3PJ6A 4PEPA 2V12C 5AGZA 2FGUA 3UTLA 5P5JA 3H5BA 5P70A 1HVSA 5P1ZA 1HSIA 4MC2A 3UDYA 3UQXA 1DP5A 3BUHA 1NPAA 5P1MA 4PPHA 2XFKA 3NXEA 2QMPA 5OZJA 1HPXA 5P7NA 3EMYA 5P0FA 4EJLA 3T11A 2AVVA 5P2JA 5C9DA 3PWMA 1T3RA 2QZXA 5P5HA 5P41A 5P3ZA 3QRVA 5P3PA 4L1AB 1FMXA 5P7RA 1FQ6A 1M4HA 1HPOA 3NU6A 1M43A 2Q15A 2AOFA 3OU1B 5P5QA 5P44A 4DJQA 3OOTA 2VS2A 2R9BA 4I0ZA 5P0MA 4I0FA 3CYWA 3DM6A 2IENA 4DJXA 3UDRA 4D85A 1DMPA 4GJ9A 5HCTA 1YG9A 5P38A 2ZJKA 3TH9A 2AVMA 5P2RA 5IS4A 3IGBA 3CYXA 4NJTA 3HLOA 3TKGA 5P6IA 4CP7A 5P6CA 3TNEA 1FQXA 4FRIA 3BXRA 1FGCC 3D1YA 5P2SA 5BRYA 1OEWA 5BS4A 2R5QA 1FQ4A 3QRSA 2XYFA 5P6RA 3S53A 5F01A 3OUDB 5P8KA 5P30A 2AQUA 3HAUA 5P0UA 4K4QA 5DR1A 4U7QA 1HVLA 5P79A 1BAIA 5P5MA 1BXOA 1OEXA 4KB9A 1AVFA 1NH0A 2BPXA 5P20A 3UDHA 2ASIA 3ZKNA 1EPOE 4WY6A 3BVAA 4ZPFA 4IVTA 1SP5A 5OYVA 5P8OA 5DR7A 3QBFA 5P1RA 5P7GA 3D1ZA 2F3EA 3OU3A 2WEDA 1A30A 1TQFA 1MT8A 3NDTA 3T3CA 1SGZA 4NPUA 2ER0E 6UPJA 1D4JA 5P2NA 4Y4EA 4MC1A 5F00A 5P84A 2PH6A 1FF0C 5P6WA 3OUDA 5OZQA 3O9CA 2XFIA 2APRA 3VUCA 4Y3PA 5OZIA 1EPNE 3O9GA 4WY1A 2IEOA 1XS7D 4B0QA 5P7BA 5DGUA 5P0RA 2BKTA 3N3IA 1MTBA 5P6KA 1W51A 4Q1XA 5P5UA 3VV7A 2BB9A 2QI5A 3DK1A 2G1YA 1MUIA 5P2KA 1TZSA 4KUPA 5P3RA 4DQGA 2QP8A 1SMRA 4Y6MA 5P0YA 1WBKA 2QHCA 5P8DA 3OGQA 5P1XA 5P1LA 1MRXA 4GJ6A 5P7KA 4FAFA 3QROA 5P6UA 5P10A 5P8QA 2NNKA 5KQYA 3WZ8A 4J5JA 2AODA 3T6IA 4Y58A 5P15A 3FV3A 5P5EA 3VYEA 1MERA 4QJAA 3NU9A 4J0VA 2QMGA 1C6YA 3H0BA 5P0DA 5I3XA 4L6BA 2VIZA 5P0CA 4A6CA 4QLHA 2XFJA 5KR0A 5DR0A 2QMFA 1HIHA 5P1CA 4DI2A 3LZVA 5KAOA 3OXVA 3FIVA 2O40A 3PSUA 4FM7A 2B8VA 4J1HA 5P3NA 2V00A 3HW1A 3NWQA 2O4KA 4RRNA 5C9BA 1VIKA 4DJYA 5ENMA 3KA2A 2R3WA 4BFBA 4HDPA 3SA3A 4PYVA 1LYWB 4TVGA 4AMTA 2WECA 5P6NA 2BPVA 1KZKA 1B6MA 4DQEA 4J0ZA 1HVJA 3PWWA 4Y44A 3R0WA 9HVPA 3D20A 1IIQA 1MTRA 3OTSA 4I0HA 2QZWA 5P7SA 2ZHVA 5HDZA 4D89A 3O9LB 3LIVA 3MSKA 2R43A 1EC0A 3EKQA 3BHEA 4GYEA 1BVGA 1HHPA 2OHMA 5P6EA 2H6SA 3U71A 5I3WA 5P27A 2A1EA 4R8YA 2HM1A 4CPTA 3TPPA 4PZXA 4RVJA 3APPA 3URIA 4CPXA 1C6ZA 2AVSA 4GMIA 1DAZC 2IGXA 5TOLA 4JPEA 3LIXA 3ZPUA 1A94A 4H3GA 5P3BA 4Y3TA 1HTEA 5P7EA 2QI4A 5HD0A 1UH8A 2BPWA 5P89A 5P2YA 3O9LA 3RTNA 5P4VA 4I1CA 1BDQA 3AUPA 5P7JA 3ZL7A 1IBQA 1W6HA 4J17A 3ZKXA 2ER9E 4OBHA 5IE1A 3INDA 2Q11A 3KYRA 5OZVA 5P3IA 3PSGA 5OZ7A 3UQRA 4UPJA 2I1AA 5OZ0A 4Y3RA 1APUE 5P5RA 3R2FA 4LXAA 2ZHSA 4GJ7A 1LYAB 1LYBB 5UPJA 3WZ7A 2PK5A 2VIEA 3L5DA 4FM6A 1SBGA 5P65A 5P0IA 5OZXA 4Y3HA 2WEBA 3R1GB 3KF0A 3VG1A 4Z4XA 4I0GA 5P6BA 5P5DA 5P6YA 5HDVA 3GW5A 5P61A 4JECA 4ZE6A 3VF3A 4CPRA 4K9HA 4IVSA 3NUJA 3TPRA 1MSMA 2SAMA 5P53A 4EP3A 2QD6A 5P1BA 5P6ZA 5P2DA 3S45A 5P3WA 2QZLA 2WHHA 5P39A 3EKTA 5P4DA 3IN4A 4D83A 3BVBA 3PVKA 5P0TA 5P71A 5P78A 3L58A 5DPZA 4Y45A 5HE4A 6APRE 1IZDA 5P2OA 3QAAA 1BXQA 5P8SA 4EQJA 2WF2A 2PH8A 4ZLSA 1A8GA 2VJ9A 5P07A 2AOIA 5P46A 5P8FA 2J9KA 2AIDA 3OUAA 4H3FA 4B78A 2B60A 3K5DA 1APWE 4NJUA 5OZOA 3JW2A 5P35A 2B42A 3U6AA 4M8YA 1XN2A 5KOSA 5OZ8A 4CPSA 3K5GA 1SDTA 5P1KA 5P3CA 2G69A 5P1DA 5P6QA 4RCDA 5ENKA 4R93A 5P13A 5P18A 2JE4A 3O9HA 4J1IA 3VEUA 2IDWA 1K6PA 4Y38A 1A8KA 4YCYA 2FNSA 3SKFA 5P8UA 4FM8A 1FMBA 4FLGA 5P29A 4Y5LA 2QHZA 2RKFA 1U8GA 4U8WA 1IVPA 1K2CA 5OZ6A 2P3CA 2QMDA 4RZ1A 4YHQA 3G70A 3EKXA 5P5AA 4EJDA 2HB3A 2PSGA 2QU2A 2AZCA 1ZAPA 5AHCA 1ENTE 3UQWA 3PEPA 5P4SA 4HE9A 5P3HA 1SGUA 2FXEA 4GJ8A 5IVTA 5HU1A 3INFA 3T7XA 4TRYA 3KT5A 4APRE 3FX5A 1SH9A 2H6TA 5JFUA 3NDXA 3NLSA 4Y43A 4YD5A 5DQ1A 3DV1A 3LHGA 3T7PA 5P8AA 4MC9A 3ER5E 5P8VA 5P2TA 3VV6A 1IDAA 2R38A 1QBRA 2FDPA 3B80A 4ER2E 5SY3A 3VYDA 5P1PA 4HA5A 4J54A 5P0HA 4E43A 5P1OA 3UPJA 2G27A 5P3KA 2ZHTA 2I0AA 4PZWA 1Z1RA 5P4GA 1C70A 4I8ZA 5P58A 2OHUA 2HS1A 3RVIA 1W6IA 5P3FA 3I6OA 1HXBA 2BQVA 2ZHUA 2VNMA 2AZ9A 3SACA 3L59A 5P62A 3CKPA 4Y4AA 2NMZA 1XN3A 5P24A 4HDBA 3HVGA 3EM6A 4FGXA 2PYNA 3OHHA 5P63A 5P2FA 4B1CA 1MSNA 3NYGA 5P6GA 4ER1E 5P87A 3B7VA 1BV9A 5P5NA 5P81A 5C9FA 3NU3A 5P7WA 1WBMA 4GJ5A 5OZ9A 5P1TA 7UPJA 2Q55A 2FS4A 2F80A 4YD7A 4Y5MA 2NNPA 2J9JB 3EL5A 3G6ZA 2P3AA 1XL5A 5P31A 2NTRA 1MPPA 3RSVA 5P06A 3PSYA 5OZSA 1PPME 4HDFA 2NXDA 4CKUA 4JOOA 1CPIA 2IKOA 1GVXA 1META 1EC2A 4ZPEA 3KDBA 3OUBA 3WZ6A 2O4LA 3FNSA 2VJ7A 5P05A 2I0DA 3HDKA 3EKYA 3NDWA 1GNMA 1W5VA 5HVPA 3PLDA 4Q5MA 2P83A 2P3BB 1TSQA 3MXEA 1HVRA 5OZCA 4LP9A 3KDDA 4EHCA 4HEGA 5P8RA 5P3OA 2J9JA 2AOEA 3IA9A 2AVOA 5AH6A 5P1FA 3QVIA 3VSXA 3BRAA 3PCWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YM2 A;  1QBS A;  3L3A A;  1MES A;  4RYG A;  1KJH A;  5P7X A;  5OZE A;  3I25 A;  1BVE A;  2FXD A;  5B18 A;  3NU5 A;  4ZSQ A;  4OBZ B;  1K6C A;  1GVV A;  2HPE A;  5P4A A;  5OZF A;  3L5C A;  4RVX A;  3KFS A;  4ZPG A;  2AVQ A;  3NU4 A;  4OC6 B;  5OZU A;  2ANL A;  2FIV A;  4NKK A;  3TLH A;  1ME6 A;  1LEE A;  4EPJ A;  1DIF A;  5P22 A;  4DH6 A;  5P6X A;  5P6O A;  2ZGA A;  4EXH A;  3OHF A;  4I0J A;  1MIQ A;  1YX9 A;  3I8W A;  1XE6 A;  3GI5 A;  4DV9 A;  3TPL A;  2I4D A;  5P09 A;  3NSH A;  1W5W A;  4OBZ A;  4FCO A;  1EED P;  5OZZ A;  4KE1 A;  4RYC A;  3IXO A;  5P76 A;  2CEJ A;  2IQG A;  1ZJ7 A;  2QI1 A;  3VCM A;  2P3D A;  5P4U A;  3UQP A;  2G21 A;  3OXC A;  3UDJ A;  5OZT A;  4OBJ A;  2OHQ A;  3I7E A;  4BEL A;  5E5K A;  4NPT A;  4XXS A;  1B11 A;  3QPJ A;  5P3M A;  3SFC A;  5OZL A;  4Y5B A;  3CMS A;  1EBK C;  4Y53 A;  1FKN A;  3TL9 A;  5P8J A;  5P1I A;  1XL2 A;  5P54 A;  1ZSR A;  3L5B A;  4R92 A;  5P8L A;  5P3S A;  4CPU A;  1B6L A;  2O4S A;  2PYM A;  3SM1 A;  3MSL A;  3URJ A;  4Y3J A;  4Y4W A;  5P1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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