3A2OA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with kni-1689
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Small-sized human immunodeficiency virus type-1 protease inhibitors containing allophenylnorstatine to explore the S2' pocket.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3a2oA00
1GNNA 5IVQA 1LS5A 3VLAA 5HDZA 2ANLA 5P5ZA 3EM4A 4B1DA 4LXMA 2I0AA 4I0DA 5OZ7A 4HDFA 1F34A 5OZFA 5P0EA 4OC6A 1SP5A 3OQFA 3URIA 2ER6E 2QMFA 1EC0A 3NDUA 4Z2ZA 5P4UA 4Q1WA 4HLAA 1DMPA 2NXMA 5DQ2A 1EPRE 5P69A 5P5TA 5P8HA 2BKSA 5P79A 3OQKA 3ZKGA 1W6IA 3IVIA 3O9DA 5OZQA 1ME6A 3KT5A 4K9HA 4ACXA 5I3XA 3ZPSA 4FRJA 5B18A 3GI6A 3JW2A 3RTMA 2NNPA 3TOHA 5OZ9A 4IVTA 3I8WA 2R38A 3ZKNA 1IVQA 3NUJA 4Y3GA 2CENA 4FAFA 4EXHA 3PSYA 5P1KA 5P35A 5EZZA 5P33A 5P50A 5OYSA 1TW7A 4HE9A 3FX5A 3DK1A 1TZSA 1E5OE 5P0AA 5EZXA 4EPJA 1HVSA 5P3UA 2QZLA 2G1SA 2AQUA 3VCMA 5P2MA 5AHCA 5OYUA 2APRA 2AZ8A 5OZMA 4Y6MA 5P7SA 5P2RA 2PYNA 3INHA 3K4VA 3QRSA 1IDAA 2WEBA 3RSXA 3SKFA 4YBIA 1PPLE 3Q6YA 5IVSA 1YTIA 2AVVA 4GJ6A 1FKNA 4WTUA 5P28A 5P3TA 3BUHA 2G22A 1SIPA 1FQ8A 1FLHA 4J0YA 2QD6A 3MWSA 5C9FA 4D89A 4ZPEA 5P0LA 1LYAB 2R3WA 5OYQA 1FFFC 4EWOA 5BS4A 5C9DA 5P5XA 3TOFA 4GZFA 5P4BA 3CYXA 3MXDA 2WECA 4I10A 4WY6A 1LZQA 5OZ8A 2HC0A 4I0EA 5P6WA 5P5VA 4Y39A 3BXRA 5P3GA 2IL2A 1EBZA 3O9LA 3C9XA 5OZCA 1EC3A 5P3YA 2HPEA 2IGXA 3UDMA 3ZL7A 5AH8A 1D4YA 3QIHA 4Y5NA 4DI2A 2ZGAA 3EXOA 1HVJA 1UH7A 2WF4A 1C6ZA 1CZIE 1GVVA 2BPXA 2QZKA 5P83A 1PPME 1Q9PA 2VJ9A 5OZNA 5P6EA 3U6AA 4DQGA 1QS8A 1B5FB 5P5FA 5P6NA 3BC4A 4CPRA 4RRNA 4DJVA 1PSAA 5P6CA 4DQHA 3CKPA 1MSMA 3IA9A 3QRMA 2VA7A 1WKRA 5P6KA 2OF0A 3O9LB 1MT7A 5I3WA 2WL0A 2WF0A 4Y47A 5OZVA 1AAQA 2VKMA 5P7YA 4YD4A 1NSOA 2AOCA 4X7IA 4EJDA 1T7JA 2NXLA 3VF3A 4RLDA 5P55A 2FS4A 5CLMA 2O4NA 5OYXA 9HVPA 3BVBA 5P5YA 1AM5A 5P8TA 3EKQA 3LZVA 3BXSA 4TRWA 5OZAA 3CIDA 4JPCA 1BILA 2WF1A 2HS2A 5P1BA 4DPIA 3KDBA 5FIVA 5P48A 2ZJNA 4Y3DA 5OZLA 2QCIA 1E81E 2B8VA 5BWYA 4OBZB 2FIVA 5OYWA 2P3AA 2OHPA 4B0QA 1EPOE 3BHEA 3DUYA 3BVAA 5ISJA 4L7JA 5P7UA 4L7HA 5HDVA 1T7IA 3IVHA 4GJ5A 3KM4A 2SAMA 3HVGA 3SA5A 5OZPA 5P4RA 3VFAA 2VA6A 3ZLQA 5P2NA 5P4DA 5KAOA 5P5HA 2V16C 1HPOA 2WEAA 3O9FA 2V00A 5P56A 1PROA 5P44A 5P3DA 5P8EA 1EBWA 2AODA 5P8SA 2Q3KA 3OOZA 2NNKA 1KJGA 1EAGA 2HS1A 2F3EA 4YCTA 4DJQA 3NSHA 2QNNA 1HEGE 4EJLA 4UPJA 3O9HA 3UQRA 5DR0A 1BWAA 1FIVA 5P8NA 2CEMA 2I0DA 3KYRA 1YG9A 5OYYA 3EL0A 3NDTA 3NWXA 1D4LA 5P1GA 5IS4A 2VIEA 4YHQA 5ISKA 5KQXA 2G94A 3VFBA 1XE6A 4B1EA 1HVHA 3PWRA 3EKWA 5P8OA 2G24A 2IS0A 5F00A 5DPZA 1TCWA 4GB2A 4L6BA 3UDJA 3I2LA 1K6TA 5P41A 4APRE 3CIBA 4RVXA 3UF3A 3OXVA 4EXGA 4YD6A 5P5QA 5P7NA 2FGUA 3A2OA 4KB9A 2UXZA 3FSMA 1MPPA 5P8FA 2G21A 3LZUA 1OEXA 5P8GA 2NR6A 3HVPA 4CPXA 5P60A 4AZYA 2IENA 5P6GA 4DJYA 2ZDZA 2NMYA 2G1YA 3SM2A 5P5PA 5P8JA 3PRSA 2QU3A 1BXOA 4J1IA 3UDQA 5P71A 3JVYA 5P1RA 5P36A 1LYWA 4Y54A 3MSLA 5OZBA 4DJUA 2Q64A 2ZHTA 4DQEA 4NKKA 4Y5EA 3GW5A 2R8NA 3OGQA 1B11A 3QS1A 5P3JA 3S54A 2QMPA 1NPWA 4Y3TA 2O4SA 1YTJA 3D91A 5P3QA 5P61A 5P1TA 5DGUA 5P3FA 4M8XA 2HM1A 3U71A 2Q11A 3R1GB 1MRWA 1FMUA 5P6OA 4H3JA 1K2BA 3AIDA 3UDYA 5OZ4A 2WHHA 1D4JA 1CPIA 5OYVA 5P1LA 4RYGA 3BUFA 3UCBA 2XYFA 3UFNA 1FEJC 3QVCA 3G70A 3WZ7A 2PQZA 2AVOA 4Y57A 2B42A 1B6PA 5P6FA 5P2BA 3OUDB 2WKZA 5P3LA 5P66A 5P08A 1GVXA 5OZ6A 3KT2A 2P3BB 1YTGA 2ZJKA 5P78A 3CKTA 1HXWA 2FXEA 3URLA 4JPEA 4PZWA 1MTRA 2WF2A 2J9JB 4BELA 1HHPA 4I0GA 3L5EA 3T11A 1UH8A 1SMEA 2PSVA 1MUIA 5OZRA 3LIYA 1PFZA 3S45A 5P02A 2AIDA 3OADA 1B6MA 2ZHRA 1AIDA 1EC2A 7UPJA 3OAGA 4F74A 5P6JA 3SKGA 4Y4EA 5P0OA 1HBVA 1AJVA 2O40A 3K4VC 4OD9A 3VF5A 3S7MA 4ZEAA 3M9FA 4J1HA 2BPWA 5P1DA 4DFGA 5OYTA 4B00A 4E43A 1APWE 3SACA 3OU1B 1NH0A 1FF0C 2QHYA 3CICA 4YBFA 3RU1A 5COKA 3PLLA 5P06A 3SPKA 3WZ6A 5P3RA 2VIZA 5OZZA 4K4QA 3MSJA 4QJ7A 3R0YA 3ZKXA 3OU4A 3VV6A 1KJ4A 4R92A 5P51A 8HVPA 5P00A 2RSPA 3S43B 2F3KA 2ER0E 4BFBA 2HPFA 5P3XA 2V10C 4QJ2A 1YM4A 5P7DA 2I4VA 5P3AA 4L1AB 5P8QA 5AH6A 5P3NA 5P30A 1QBUA 3F9QA 5P2VA 3PMYA 2VNNA 3NU6A 1DIFA 3SABA 4DJWA 1FQ5A 5KOQA 3HW1A 2VJ6A 1ZLFA 4ZPGA 2Q15A 3LNKA 5E5JA 4YD3A 3AUPA 4I8WA 2QI1A 2F80A 2BJUA 1MT8A 4GIDA 3FNUA 3L5DA 5P4HA 4MC6A 1G0VA 3O9GA 3OY4A 4Y4DA 1AZ5A 4A6CA 3OXXA 5P0TA 1HSIA 3PSUA 5P3WA 3EKTA 4K8SA 1NPAA 5P52A 4Y38A 5P6LA 3FKTA 4I0FA 5P5DA 4TRZA 3SA3A 5P7OA 3OHHA 4FM6A 5P47A 5ENKA 5JG1A 5P7HA 2QI5A 5P6SA 5P88A 1JLDA 3NXEA 1BDRA 1TCXA 2Q54A 3UTLA 1F7AA 5AGZA 1CMSA 4DUSA 2Q55A 1NPVA 5P2KA 5KQFA 5P26A 2ER9E 5P1WA 1EBKC 3TLHA 2PSGA 1LF4A 3IAWA 5KOSA 2FDPA 4OC6B 5P1UA 3NUOA 3R0WA 5P8VA 3UQPA 3NU9A 5P4KA 4CPUA 1WBMA 5P5AA 4ZE6A 2A1EA 5P03A 4WY1A 5P17A 4H3GA 1HVIA 5P0WA 5P2SA 1ZPAA 4GJAA 5P1PA 3KFPA 3QI1A 4OBKA 2FXDA 5DQ5A 3NWQA 3KDCA 3K1WA 2ZJLA 2QI6A 4B1CA 1HTGA 2I4XA 1BBSA 3L38A 5P5GA 3KMYA 4RCDA 5OZOA 3VV7A 2A4FA 5P2CA 2FDEA 2WJOA 1EBYA 3HD8A 5P5RA 5COOA 2OHNA 1LV1A 2V12C 2WEZA 5P39A 1RL8A 4LXAA 5P59A 3OQDA 5JODA 4Y3HA 2AOEA 5P65A 2O4KA 3QAAA 5P73A 4I8ZA 1SGUA 5DR3A 1SDUA 4S1GA 3UQUA 5P29A 5OZ1A 3CMSA 1XL2A 5P2LA 4EJ8A 1LF3A 2G1RA 3Q5HA 3NU4A 3K5GA 5P3OA 4DQCA 4YE3A 3PJ6A 5P4VA 4TVGA 5P0BA 3NYGA 3PGIA 2P3CA 3L3AA 5P38A 2NPHA 1N49A 2BPVA 4Y4GA 3LZSA 2BKTA 1ZSRA 4KE0A 3G6ZA 1ODXA 3BGCA 5P0MA 4FRKA 4EP2A 2QZXA 5OZSA 1QRPE 5P6VA 1QDMA 5P4SA 3EKPA 2FNSA 5P8LA 4GJ7A 2QU2A 4CPWA 4Y3PA 2Z4OA 1BAIA 1ZTZA 3OK9A 3RSVA 6UPJA 3VEUA 5HU0A 1B6LA 4M8YA 4FRIA 4H3IA 2PYMA 4OBDA 5P1MA 4EQ0A 3GGVA 2HB2A 2UY0A 5P2AA 3LIZA 4PYVA 5P7RA 5HDUA 4LL3A 4B72A 3WZ8A 2OAHA 4ZSQA 3D20A 4PHVA 3ZOVA 3OTSA 4Y5LA 3VYFA 1MTBA 2Z54A 5P4MA 3T3CA 4RGHA 1GVTA 5P0PA 3EBZA 3GGXA 3O9EA 4NJSA 2G20A 1M4HA 3PI5A 5P70A 2V11C 5P0FA 3FNTA 5P6PA 3SAAA 3SLZA 1HOSA 1XN2A 1SIVA 1APVE 5P0NA 5P4ZA 4DJPA 1FFIC 1IDBA 3D3TA 4FM8A 2ZHUA 3ZKSA 5JFPA 3IN4A 3NR6A 4Y3ZA 3Q70A 4D85A 3ZKQA 4LHHA 5OZUA 4D8CA 4I1CA 2AOHA 2AZ9A 3KDDA 3T7QA 2AOIA 3ECGA 1TSUA 5P32A 3DOXA 4Y3NA 4FGXA 1BIMA 3O9CA 1T6GA 3TPPA 4DVFA 4YCKA 2NTRA 1E80E 4GJDA 4ZSPA 4H1EA 5P86A 1YX9A 5P46A 1T6EX 3APPA 3SA7A 1EC1A 5P3MA 1IZIA 2F3FA 4GJCA 1HTFA 4Y3AA 5P8RA 5P4LA 1FQ6A 5P62A 1HVKA 5P4QA 5P57A 4DJXA 2OHUA 3D1XA 3T6IA 4J55A 3MSKA 5P5OA 5HDXA 1MIQA 4Y36A 5P77A 3U7SA 4FL8A 2AOJA 4TVHA 5P4JA 1XL5A 2ER7E 4Y3QA 5P6YA 4Y4BA 5P49A 1BWBA 1W5WA 5OZTA 3PCZA 5P7PA 1A8GA 5P1IA 3PWMA 4XX3A 5P0IA 5IVTA 2ZE1A 3CYWA 5P07A 4YOAA 5P1XA 2QD7A 5P3HA 5OZHA 5P7LA 3NU5A 5P4CA 3FV3A 5P80A 2WF3A 5OZDA 6APRE 3N4LA 3DJKA 5P5JA 3SM1A 1HVLA 2OHKA 5P85A 5IVRA 2B7ZA 3PMUA 3VF7A 4YD7A 3NDWA 3LPIA 4ZLSA 5P19A 5P53A 5P4IA 3IGBA 5P2QA 1LEEA 5P1JA 1KJHA 3OU3A 1UPJA 4LC7A 5P1SA 5P6ZA 5OZJA 2R5QA 2AVMA 5AH9A 2G69A 5P0QA 2MIPA 4DH6A 5P8BA 1A8KA 4HEGA 2AZBA 4Z22A 5P84A 2G1NA 1PSOE 3ST5A 5P15A 4AMTA 5OZWA 5P5IA 3TPJA 3ZMGA 4Y4TA 5P5MA 3HBOA 5P72A 4OBFA 4PZXA 5P11A 1RQ9A 2OHSA 5P87A 3NDXA 4YDFA 4RCFA 3HZCA 1EPNE 1HWRA 3ER5E 2AZCA 2VIYA 2PH8A 5OZEA 5HCOA 5P22A 3O9AA 1HVCA 1HTRB 4CPQA 3INFA 5P1NA 1GVWA 3S2OA 1META 2BB9A 4NJVA 1BV7A 1OEWA 5P7XA 1FQ4A 4L7GA 4FRSA 4RYCA 1J71A 5I3YA 5P1AA 1HXBA 4RZ1A 4CMSA 2F8GA 2EWYA 1LYWB 1M0BA 4Y4AA 5P89A 4Y51A 5P0YA 3I6OA 3QBFA 3OXCA 4GJ9A 3LIVA 5P6UA 5P4NA 4Y3LA 4QJAA 1BDQA 1EPLE 1U8GA 5P2HA 5P40A 4J0TA 3QP0A 3K5DA 5P2EA 3O9BA 5OZ3A 2FGVA 1DP5A 5P0RA 1DAZC 4FE6A 5P68A 5SXNA 5P0DA 4GJBA 2FMBA 5P6HA 2QD8A 4H3FA 3OOTA 5P4AA 2PWCA 1LYBA 5HVPA 2QI0A 1K1UA 2NMZA 1DPJA 1W5XA 5KR8A 1APUE 1BDLA 3UDHA 2XYEA 2HIZA 3L5FA 3OQ7A 4ER1E 5P7IA 4EYRA 3Q3TA 1BVEA 3PWWA 4FAEA 3KFRA 4KUPA 2RKGA 3PM4A 2OHQA 2P3DA 3I7EA 1LYBB 3N3IA 5P23A 5P6BA 5P45A 1FG8C 1EPME 2I4UA 5P01A 3PHVA 4J5JA 1HSHA 5HE7A 3SO9A 1G6LA 4Y53A 1QBSA 4Y4JA 2ZJMA 5PEPA 3HAWA 2OHRA 3UQXA 3LPKA 3MXEA 3SA9A 3EKXA 4FS4A 2PK5A 2I4WA 4R91A 3IXKA 5P4EA 3OADB 5HE4A 5P37A 5DR7A 3OAGB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNN A;  5IVQ A;  1LS5 A;  3VLA A;  5HDZ A;  2ANL A;  5P5Z A;  3EM4 A;  4B1D A;  4LXM A;  2I0A A;  4I0D A;  5OZ7 A;  4HDF A;  1F34 A;  5OZF A;  5P0E A;  4OC6 A;  1SP5 A;  3OQF A;  3URI A;  2ER6 E;  2QMF A;  1EC0 A;  3NDU A;  4Z2Z A;  5P4U A;  4Q1W A;  4HLA A;  1DMP A;  2NXM A;  5DQ2 A;  1EPR E;  5P69 A;  5P5T A;  5P8H A;  2BKS A;  5P79 A;  3OQK A;  3ZKG A;  1W6I A;  3IVI A;  3O9D A;  5OZQ A;  1ME6 A;  3KT5 A;  4K9H A;  4ACX A;  5I3X A;  3ZPS A;  4FRJ A;  5B18 A;  3GI6 A;  3JW2 A;  3RTM A;  2NNP A;  3TOH A;  5OZ9 A;  4IVT A;  3I8W A;  2R38 A;  3ZKN A;  1IVQ A;  3NUJ A;  4Y3G A;  2CEN A;  4FAF A;  4EXH A;  3PSY A;  5P1K A;  5P35 A;  5EZZ A;  5P33 A;  5P50 A;  5OYS A;  1TW7 A;  4HE9 A;  3FX5 A;  3DK1 A;  1TZS A;  1E5O E;  5P0A A;  5EZX A;  4EPJ A;  1HVS A;  5P3U A;  2QZL A;  2G1S A;  2AQU A;  3VCM A;  5P2M A;  5AHC A;  5OYU A;  2APR A;  2AZ8 A;  5OZM A;  4Y6M A;  5P7S A;  5P2R A;  2PYN A;  3INH A;  3K4V A;  3QRS A;  1IDA A;  2WEB A;  3RSX A;  3SKF A;  4YBI A;  1PPL E;  3Q6Y A;  5IVS A;  1YTI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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