5E5JA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 6.0
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5jA00
4GJAA 3Q3TA 2VA7A 3PI5A 4GMIA 2PMAA 5P6HA 3VV8A 4CPWA 5P82A 4Y4TA 4DQHA 2V12C 3APRE 4D88A 3WZ8A 5HCOA 4X7IA 1HVCA 3T3CA 2VKMA 1FQ8A 1UPJA 4J0PA 4Y4ZA 5P4OA 1HVLA 3K5CA 4J1FA 5P2GA 2G1NA 4CKUA 5P2SA 1HSGA 5P40A 3QVIA 4FM8A 1Z1RA 1FG6C 3OQ7A 4RROA 2WF0A 5P8OA 5IS4A 4TVHA 3UTLA 1SIVA 1KJ4A 3WSJA 5P55A 1ZSFA 4Q1NA 5P8EA 1B6JA 5AGZA 1PPME 1MUIA 4J0ZA 3SO9A 4ZEAA 5P66A 5P1TA 4CPSA 5HTZA 1QBTA 5OZ7A 1BVGA 5P0RA 4Y4DA 1ER8E 2AOHA 3OWNA 4EQJA 3UDPA 2J9KA 3L5DA 3QP0A 1FB7A 4GJBA 2QI4A 5P71A 5P62A 3TOHA 4Y4BA 5P7WA 3HD8A 3INEA 3IVIA 2Z4OA 1YT9A 5P23A 3S85A 4ZSRA 4X2LA 3LPKA 5P5NA 2Q63A 5P83A 2I4VA 1LF4A 4Y3FA 2ZDZA 3KDDA 4GJCA 5P63A 5P7QA 5P2CA 4YBIA 5P8AA 3OUAA 3SA8A 3O9LB 2VJ6A 3BVAA 5P0CA 1MRWA 4PEPA 1HTRB 3VF3A 3SA3A 5DQ4A 4LBTA 5P6MA 4ER1E 3PMUA 1FIVA 5P7CA 3VFAA 1WKRA 1MTRA 1ZP8A 4QJ2A 5P50A 5P27A 1OEXA 3DCRA 4LP9A 3HBOA 3OY4A 1BWAA 4ZPEA 5KAOA 5HCTA 3LNKA 4MC9A 3HVGA 3QAAA 3OQFA 3NWQA 5P3KA 6UPJA 1EPNE 5P6XA 5P8SA 5P3UA 3O9IA 1HRNA 5P2MA 5P4IA 3RU1A 4RVIA 1W5XA 5P67A 1E5OE 2G27A 5P09A 3ZPSA 1META 5P5BA 5P6EA 1FEJC 5P5UA 1QBSA 4Q1WA 5OZNA 2G20A 5P6JA 5P5EA 3URJA 4J1EA 1CZIE 1FMUA 4FS4A 5OZ5A 3TKWA 4Y3QA 5P6OA 4Y54A 5P3SA 3H0BA 3K5FA 5P3LA 5P7OA 1A9MA 5OYTA 3CICA 5SZ9A 2Q54A 3VV6A 4M8YA 2QZKA 4DI2A 4EJLA 3NR6A 3OHHA 4Y4AA 3NSHA 1XDHA 4APEA 3T7XA 2OF0A 5OZ8A 4HDBA 4Y3AA 3B7VA 1FKNA 5P2NA 1T3RA 5P4SA 2OAHA 4CP7A 3PEPA 4QLHA 3FV3A 5P5GA 3NXEA 5P75A 4HEGA 5P4NA 2NXLA 1HOSA 2OHUA 5P2UA 1TW7A 1K6CA 1W50A 4GYEA 3KA2A 5OYWA 4DPFA 3TH9A 1W5VA 3SPKA 4WTUA 1EC3A 2ZYEA 3IXKA 1HEFE 3OUDB 5P5PA 1ZBGA 4I0GA 3WZ7A 1BXQA 1WBMA 4GJ9A 3SFCA 5P7JA 4S1GA 4Y5PA 5COOA 1MSNA 1QDMA 2EWYA 3UDJA 2QU2A 5OZOA 2XFIA 5P3BA 5P43A 3VUCA 5I3XA 4NKKA 1B6PA 2AQUA 4L1AB 4D8CA 3DK1A 3IGBA 4Y5AA 1EC1A 3EKWA 4Y3MA 4N00A 4QJ9A 4GJDA 3BGBA 5P0BA 2FGVA 1ODYA 2BPWA 4Y4WA 5OZPA 3N4LA 2R3TA 4JPEA 2H6TA 4Y3RA 2G1RA 4MC1A 2I0AA 3GGAA 2QMFA 4J1IA 3T6IA 4RZ1A 3K5DA 3HAUA 3VLBA 3PCZA 3PJ6A 5OZLA 1SDTA 2NXMA 3QBFA 6FIVA 3IXOA 5P0XA 3FKTA 5P1XA 3KT2A 5P1SA 4I12A 4I1CA 1XS7D 2B7ZA 1HTGA 3DCKA 5P4PA 1PFZA 3IA9A 4KE1A 5P0FA 1ZAPA 4I0IA 5P47A 4EPJA 5OZDA 1HPVA 3R0YA 3MSKA 3NDUA 4OBGA 5JFUA 2OHMA 2V13A 3KFPA 5P0ZA 5P2RA 5P1AA 4Z4XA 1KZKA 1EPRE 3CYXA 4J54A 3OADB 1B6KA 5P22A 5IVRA 5P0YA 2RMPA 5OYRA 4BFBA 2BPXA 3CKTA 2OHRA 3EM4A 3K5GA 2JJIA 3IVHA 3JVYA 3B80A 4DPIA 3I6OA 4GZFA 3S43A 4I0HA 4GIDA 2HPFA 4Z22A 5KQFA 3EKVA 5DR4A 1MT8A 1EPQE 1BILA 3IXJA 4FM6A 2AVQA 4Z50A 5P4HA 2R43A 3ZKMA 2P3BA 5P2DA 2WJOA 5P6ZA 1N49A 2VJ7A 1YTJA 4R8YA 5P3YA 4RVXA 5P8BA 3JW2A 3OHFA 3D20A 4FRSA 3TKGA 5IVQA 5J25A 5HD0A 5AH9A 5P7XA 1FFFC 2PH6A 5ISJA 5P8LA 3LZUA 3SA5A 2ER9E 5ENMA 2IQGA 3UFLA 1XN2A 3PVKA 1M4HA 2Q55A 4JOOA 2B7FA 2IGXA 2MIPA 3ZOVA 1B5FB 5COKA 1B6LA 3ZPUA 2QD8A 4OBZB 1IZIA 3PB5A 5P2XA 1DW6C 3OQAA 1MVPA 4CPRA 3ZKNA 4FSLA 3EL1A 1G35A 1HVHA 2P3DA 4R95A 4DJYA 1YG9A 2I1AA 4YDFA 5P0EA 3VG1A 3MXEA 3L59A 5I70A 3OAGA 1FQ4A 1HTEA 2HB3A 3BUGA 4RGHA 2AOGA 3AUPA 1ME6A 1BXOA 5OZTA 4KUPA 3LHGA 2SAMA 4JPCA 2PSGA 3PHVA 3FIVA 1UH9A 4HDFA 3LIVA 3VYFA 4DFGA 5OZ2A 5P19A 5P6YA 2HB4A 5P3HA 3UQRA 3NDXA 4Z2ZA 1T6EX 5P7DA 3G70A 5P61A 4DJVA 4RVJA 1G2KA 3U7SA 3VYEA 5P32A 5P4EA 5P7KA 3I7EA 5P37A 5KQZA 4DJOA 5P60A 2B8LA 5E5KA 2VS2A 3T11A 5P13A 3OU3A 5KOQA 1HEGE 2OHSA 4Y39A 5P5KA 1XN3A 5OZ3A 4F75A 3L5FA 4DH6A 5OZHA 3VSWA 4Y4GA 4B72A 4AA8A 2AOFA 4EJ8A 3D1ZA 1EAGA 4RYCA 5P8VA 2AVSA 5P7EA 3T7QA 1AVFA 5P1ZA 5P1BA 3ZL7A 5KOSA 5APRE 3VEUA 2A4FA 3Q5HA 2B8VA 4J1KA 3ZKQA 5P2ZA 3NU3A 4J17A 5P08A 4MC2A 3A2OA 1DIFA 3PM4A 5P0OA 3S7MA 1F7AA 5HE4A 1HVRA 1NPAA 2AVOA 1HSHA 2BKTA 3OU4A 2J9JB 1LYWB 1ODWA 1LV1A 2BBBA 1B11A 4EP3A 5P1CA 3EL9A 2CENA 2VIZA 1M43A 5P5HA 1Z8CA 4CPQA 1MERA 1SDUA 3O9LA 5C9DA 3GGUA 3SACA 3LZSA 4Q5MA 3URIA 1D4SA 4AZYA 4YOBA 4YD5A 5P4DA 4CMSA 1SDVA 4FGXA 3NDTA 3OOZA 1MTBA 5P1DA 2WECA 3PLDA 2FGUA 2Q3KA 3NUOA 5P0IA 3QI1A 4Y56A 2QI1A 5P4LA 2AOJA 2P3AA 4Q1XA 5OZ9A 3HZCA 5P5CA 3VFBA 2NMZA 1F34A 3FSMA 4B77A 1GNOA 3ZKGA 4R91A 4OD9B 5OZGA 1M0BA 2O4KA 4L6BA 3IAWA 1DPJA 4I10A 3WB5A 1BIMA 4K4QA 3INFA 1IIQA 3L38A 3QIHA 5P6KA 3NU9A 1HBVA 1OHRA 1YTHA 3I8WA 4Y5EA 2FMBA 2F3EA 5P26A 5P4FA 2F3KA 2VJ9A 5KQXA 4I0FA 5OZXA 7UPJA 4FLGA 4H3IA 4I0EA 4J55A 3OU1B 2P83A 2ZHUA 5P15A 4FE6A 5P3PA 2BPVA 1YM2A 5P6VA 3O9HA 5OZ4A 3RTHA 5P3OA 4GJ5A 1FMBA 2WHHA 3L5EA 3SQFA 5P78A 1AZ5A 3HVPA 3ZKIA 1AJVA 4Y4UA 4PZXA 4EP2A 5P17A 4DJPA 1VIJA 2G21A 4DVFA 5P8DA 3UF3A 5P68A 3LINA 4YOAA 3WZ6A 2UY0A 5P7AA 2VIYA 5OZUA 5HVPA 2P8HA 1RQ9A 1FGCC 1TSUA 3NYGA 5P4MA 2PYMA 1HVIA 4D85A 2WF2A 2ZJMA 2ER7E 2F8GA 3S54A 4AA9A 5P6UA 2FDDA 3UDRA 2P3CA 4B00A 5CLMA 2WF4A 2PSVA 3DV1A 1PPKE 5KR2A 3RVIA 3ZMGA 5ISKA 4DQBA 3OUBA 4B78A 5OYVA 5P7HA 5P52A 4L1AA 5P8FA 4R92A 2QCIA 4AUCA 3OXVA 5F00A 1W6HA 4ZSMA 3DJKA 3S2OA 4EWOA 5P8HA 1E82E 4Y37A 1HVSA 3KMXA 1MIQA 5P41A 4LXKA 1IZDA 5P14A 5P0SA 5P1GA 2AOEA 5P7GA 4Y3WA 5P7MA 2G69A 3G6ZA 5KR0A 2O40A 2QNNA 3Q6YA 2V16C 5P0HA 1YX9A 2NNKA 4A6BA 3BUFA 5P3JA 5P6GA 5P1KA 4Y9WA 3LIXA 5OZ1A 1T7IA 5P79A 5P36A 2IGYA 5JFPA 4UPJA 2RENA 4OBKA 8HVPA 3HW1A 5AHBA 2XYFA 2AVMA 3EL4A 2R8NA 5P45A 3ECGA 4ER4E 2I4XA 4J0YA 3O9BA 2CEJA 5P7TA 3UQPA 5P20A 3TPLA 3CKRA 3SKFA 3OADA 3U6AA 3LZVA 5P00A 4I8ZA 2I4DA 1Z1HA 2ZJLA 1A94A 4LC7A 1OEWA 2ZJHA 4Y4EA 4OBDA 4FAEA 4YE3A 3EKTA 4L7HA 5SXNA 4J1HA 1PSNA 5OYZA 5P8NA 1HSIA 2OHPA 4JP9A 2HM1A 5P7NA 2QD7A 3LITA 2ANLA 4DQFA 1GKTA 2XYEA 3SM2A 3NLSA 5OYUA 3PCWA 1MSMA 3KFRA 1ZLFA 3PI0A 5P7RA 5P2AA 1LYAB 4PPHA 1BDQA 3UCBA 4YBFA 2FS4A 3QRSA 5P5SA 4RCFA 2APRA 4EYRA 4EHCA 5P3WA 2PK6A 4DQCA 5P1EA 5P57A 3DV5A 1B5FA 1FQ6A 2G1YA 4Y5LA 4ACXA 1B6MA 4OBZA 5OZKA 3CIBA 1FQXA 2Z54A 5SY3A 1HWRA 3SA9A 4Y58A 2Q5KA 5DR1A 1C6YA 4FM7A 5P8CA 5DQCA 5OYQA 2NR6A 3O9GA 5P3MA 5P80A 4B1DA 4PYVA 5HDXA 5P0QA 2G1OA 5P87A 5OZRA 1KJ7A 5P3FA 4ZE6A 4Y51A 5P5LA 5P4CA 1PSAA 3L58A 4RLDA 2G26A 3G72A 2QI5A 3UDHA 4NJUA 5P1LA 3O99A 4Y4JA 3O9DA 3PWWA 5P6DA 4Y53A 2PC0A 4Y38A 1K1TA 2PWRA 5P0MA 4B70A 2WEDA 4Y3JA 3PBDA 4K9HA 1MEUA 2ZJKA 3GW5A 5P1HA 3VSXA 4ZPFA 1HVKA 1HHPA 5P5IA 3ER3E 1MPPA 5DGUA 2FXEA 5ENKA 5OYSA 3FX5A 2NPHA 3IN3A 2QMPA 1BVEA 5P03A 4I11A 1VIKA 3OXWA 4CPXA 3NWXA 2JE4A 4LHHA 2FNTA 1A30A 2V10C 4D89A 4NJTA 5P31A 1K6VA 5P8QA 1LF3A 5DQ2A 3ZKXA 5HDZA 4R5NA 5P04A 4COEA 2ZJJA 4K4PA 1ZPKA 4Y3YA 4LXAA 5P5VA 3BHEA 5P4ZA 4RCDA 5P7PA 5P34A 4EQ0A 2OHTA 5P53A 4XKXA 2HC0A 2J9JA 1LYWA 3D3TA 4Y3NA 1GVXA 1EEDP 3CMSA 1KJHA 1IZEA 4Y3GA 5P8GA 5P1OA 3K1WA 2QHCA 5P0NA 2ZJNA 5P24A 4DV9A 2ZGAA 2BQVA 4DJQA 2NMYA 1FG8C 1LEEA 3O9FA 5P8RA 1IZHA 3EBZA 4QJAA 1LYBB 1EPOE 3CIDA 2OHNA 3EC0A 3UDQA 2OHKA 5FIVA 5P0JA 5P54A 1W51A 3M9FA 5P49A 4MC6A 3LPIA 3PGIA 3S56A 3HLOA 5P8IA 5COPA 3PWRA 2B60A 4Y35A 1IDAA 3SKGA 5KR8A 1DMPA 3NU6A 5JODA 5P5ZA 1NPWA 1SIPA 1TCWA 4Y47A 5P2QA 1EPME 2V00A 2O4PA 4YD6A 2HPEA 3PSYA 1G0VA 3UQXA 1AM5A 2HB2A 5HU1A 1AJXA 3KFNA 4Y43A 5OZJA 5P33A 3L5CA 2QU3A 1TZSA 1KJFA 2VNNA 3TLHA 3BXRA 4XX3A 1DP5A 4FCOA 5P1PA 2PH8A 5OZEA 2F3FA 3BC4A 5DGWA 3FNTA 1BBSA 4Y5CA 5P8MA 5P5JA 3BUHA 3EKQA 1APUE 3KDCA 3ER5E 5P0WA 2O4LA 4Y45A 5P4BA 3OU1A 5P2BA 5P1MA 5P2JA 4JECA 3PBZA 4Y3EA 1GNMA 1PSOE 3BGCA 1T6GA 3AIDA 5P2OA 2IENA 3HDKA 4FL8A 3TL9A 4HZTA 2ZHVA 2FNSA 3QBHA 3EKXA 1HPSA 4D83A 5P1WA 3FNUA 5KR1A 4OC6B 3UQUA 1HXBA 1TQFA 2QI3A 5P8KA 5BRYA 1IVPA 4E43A 5P3CA 3OXCA 4QGIA 5P2LA 5AHCA 5P18A 5AH8A 5P4XA 4WY1A 1XL2A 5P76A 2O4SA 3UFNA 2R38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJA A;  3Q3T A;  2VA7 A;  3PI5 A;  4GMI A;  2PMA A;  5P6H A;  3VV8 A;  4CPW A;  5P82 A;  4Y4T A;  4DQH A;  2V12 C;  3APR E;  4D88 A;  3WZ8 A;  5HCO A;  4X7I A;  1HVC A;  3T3C A;  2VKM A;  1FQ8 A;  1UPJ A;  4J0P A;  4Y4Z A;  5P4O A;  1HVL A;  3K5C A;  4J1F A;  5P2G A;  2G1N A;  4CKU A;  5P2S A;  1HSG A;  5P40 A;  3QVI A;  4FM8 A;  1Z1R A;  1FG6 C;  3OQ7 A;  4RRO A;  2WF0 A;  5P8O A;  5IS4 A;  4TVH A;  3UTL A;  1SIV A;  1KJ4 A;  3WSJ A;  5P55 A;  1ZSF A;  4Q1N A;  5P8E A;  1B6J A;  5AGZ A;  1PPM E;  1MUI A;  4J0Z A;  3SO9 A;  4ZEA A;  5P66 A;  5P1T A;  4CPS A;  5HTZ A;  1QBT A;  5OZ7 A;  1BVG A;  5P0R A;  4Y4D A;  1ER8 E;  2AOH A;  3OWN A;  4EQJ A;  3UDP A;  2J9K A;  3L5D A;  3QP0 A;  1FB7 A;  4GJB A;  2QI4 A;  5P71 A;  5P62 A;  3TOH A;  4Y4B A;  5P7W A;  3HD8 A;  3INE A;  3IVI A;  2Z4O A;  1YT9 A;  5P23 A;  3S85 A;  4ZSR A;  4X2L A;  3LPK A;  5P5N A;  2Q63 A;  5P83 A;  2I4V A;  1LF4 A;  4Y3F A;  2ZDZ A;  3KDD A;  4GJC A;  5P63 A;  5P7Q A;  5P2C A;  4YBI A;  5P8A A;  3OUA A;  3SA8 A;  3O9L B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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