5OZBA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 22
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozbA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozbA01
5DQ4A 3OTSA 3VCMA 3RU1A 4J1EA 2BB9A 2B60A 2VNNA 1HEFE 3PHVA 2R43A 5P6RA 2QHCA 1SGUA 1OHRA 4YD6A 4R8YA 5P4CA 5P6EA 5P7LA 3SA9A 5OZMA 3PWWA 3R4BA 2HB3A 3O9AA 5P05A 3VEUA 5P17A 1XN3A 1EPLE 2G1OA 1D4IA 3NUOA 4I0DA 1B5FB 2V0ZC 5P78A 4Y3DA 4I0FA 1D4SA 5P3SA 1K6VA 4Y5EA 4KE1A 1OEXA 5P0EA 2QK5A 3NWXA 5P7QA 4GMIA 2AZ9A 3Q70A 5P07A 5P3ZA 4B1EA 5OZLA 5P3DA 2WEAA 3URIA 2HS2A 5P6TA 2QI5A 4ZEAA 4DVFA 3FSMA 3N3IA 1C6YA 3KFRA 1HPVA 5P1KA 1PPLE 4HLAA 1IZEA 3INDA 2XFKA 5P2TA 5P5IA 5I3WA 3TOGA 5P0UA 3TPLA 3K5CA 5P4ZA 4TVGA 2QMFA 2WEBA 3OADB 5P1YA 3KF0A 3UDHA 4J1FA 5DPZA 2BKSA 3OU1B 3FX5A 4Y4AA 1TSUA 5P2QA 3O9EA 3ECGA 5P5AA 3IN4A 1A30A 1E80E 4XX4A 3BUHA 5P4XA 5P7NA 3OXXA 4Y5PA 3ER3E 3IXKA 4J1HA 2P83A 1HPSA 1MT9A 1GKTA 2J9KA 1A8GA 5OZOA 3T6IA 3QRVA 4Y4BA 3PVKA 3ZKNA 2QI4A 5P74A 1ZSRA 2HB2A 2NR6A 4YOBA 1SBGA 3HAWA 4Y4EA 1ZTZA 4JP9A 3VF7A 2QHZA 4EJDA 1ZPKA 1KJ7A 2IS0A 2QI7A 4Y43A 5P4MA 3EMYA 4FL8A 5P7GA 1QBSA 1VIKA 1ME6A 3EKPA 6FIVA 2IGYA 3WB4A 1HPOA 1SIVA 2V10C 3PB5A 3VUCA 4RVIA 1E81E 2Q5KA 5P3WA 4J0VA 1K1UA 3TPRA 2ZJKA 3KFPA 5P3BA 5P4HA 2WF3A 1XS7D 2A4FA 2BPWA 5P3HA 5P8KA 4L7HA 3SKGA 3DUYA 5OZKA 4FM6A 5P36A 2O4KA 3SLZA 1W51A 5P5VA 4FAFA 5P6MA 4IVTA 3ZKMA 3S43B 5EZXA 5P4AA 5P7UA 1D4YA 2O4SA 4EXGA 5P4PA 3LINA 1DW6C 3HVGA 3LZUA 2HC0A 3DOXA 2BPVA 5CLMA 5HDVA 4UPJA 5P3CA 4RRNA 5OYUA 5P31A 3U6AA 3KN0A 5P5BA 3ZL7A 3OGQA 5P33A 3KDDA 4GJAA 1G6LA 1XE5A 4Y4DA 5P8PA 4Z50A 1NPVA 1MTBA 3RVIA 5OZBA 5P7FA 5OZVA 1EC2A 2UY0A 5EZZA 4QJ6A 5P1ZA 2Q54A 5P7CA 3OWNA 1ZBGA 5P7DA 2PMAA 5OZ4A 3TPJA 2G21A 2WEDA 2QI3A 4RVJA 4F76A 2V12C 5OZYA 5KQXA 1QBUA 5OZTA 1GVVA 3PI0A 3VF3A 2G1YA 2ZHUA 4M8YA 4I0IA 4RYGA 3PLDA 5P3OA 2HM1A 4I8WA 3T11A 5ER2E 5P1FA 5P8JA 2QMDA 4EP3A 4JPCA 4IVSA 2B7ZA 4TRYA 5IS4A 2QP8A 4ZSPA 3D91A 4I11A 1B6KA 3PCWA 4TVHA 4I0HA 2R3WA 1GNNA 5OYZA 5P42A 2P8HA 4Q1XA 5P8BA 1UPJA 3NU9A 5P6SA 3B7VA 4LL3A 2PSVA 1M4HA 1LYWB 3ZKQA 4B77A 1EAGA 3NR6A 5P5SA 5P2YA 5SXNA 2O4PA 4Y5MA 4Y35A 5P3MA 2QU3A 5P37A 2VJ7A 5IVRA 3OUDA 3GGUA 4DJUA 5P1DA 2A1EA 5P41A 1G2KA 3QRSA 1Z1HA 5P0CA 3BUFA 4Z22A 4OD9A 3BGCA 3ZKGA 5P0PA 1G35A 4H3IA 3DCRA 1E82E 1RQ9A 2BBBA 3G6ZA 4AA9A 4I12A 3UFLA 5P2CA 5P7ZA 3S53A 5KR2A 5P8SA 3EL4A 2AVQA 1MESA 4Z4XA 2VNMA 1MERA 5P5PA 5P6PA 2Q55A 1D4JA 5P5NA 2BPZA 3SM1A 1D4LA 1FMXA 1LF4A 2ZYEA 3PSYA 3HD8A 1HVJA 4Q1NA 5P54A 5P38A 3A2OA 1IZDA 3LIVA 1A9MA 2I4DA 2VJ9A 2WF2A 4Y57A 4APEA 5OYSA 5P29A 4OBHA 4Y48A 4ACUA 5P8NA 2B8VA 2NXMA 1HOSA 3PSUA 3TTPA 4EXHA 3SO9A 5JG1A 1SDUA 4Y5BA 1HVIA 5P6BA 5JFUA 3L3AA 4APRE 5P0SA 2ZJIA 2RKGA 1NPWA 1LF2A 4Y56A 3NU3A 1HSIA 3HW1A 3K4VA 1ER8E 3EKQA 5P22A 1U8GA 5P3VA 5P7YA 5P4YA 1RNEA 4OC6A 3T7PA 5KR0A 5OYVA 3S8IA 3IAWA 3LZVA 3QBFA 4Y9WA 3NUJA 5P8FA 4Y3WA 5P6QA 2G69A 5F01A 4HVPA 3CMSA 2B7FA 3H5BA 5P4DA 5P2RA 4ER1E 2FGUA 2R5QA 5P3TA 1CZIE 3GI4A 4CPQA 1B11A 2NPHA 4Y3QA 1EBKC 4GJ5A 5OZ3A 2R38A 4DPFA 1HWRA 2VIJA 1HIVA 3BXRA 4QGIA 4JECA 5I70A 1OD1A 4YCTA 5P2UA 4D8CA 4I10A 5P19A 5P08A 1HIHA 4LXKA 4GJ7A 1KJ4A 5P27A 5P0TA 1HSGA 4DJWA 2RKFA 6APRE 4YDFA 5AH7A 1YTJA 3ZMGA 5P3GA 1BWBA 3OUDB 3EL5A 4LXMA 4R5NA 1FF0C 5P1RA 1BIMA 5P4QA 4J0TA 3INHA 5KR1A 4OD9B 5P7HA 1Z8CA 4Y3XA 4PHVA 5P00A 2SAMA 5P1TA 5P6WA 5P7VA 4I8ZA 1ZSFA 5P70A 1LV1A 4Y37A 3OXVA 5P7WA 3L5BA 3SM2A 1GNOA 5P8MA 3NSHA 5C9BA 5P47A 3BVAA 4E43A 3GW5A 4RROA 5HD0A 2NNPA 5P51A 3Q4BA 2P4JA 1K6CA 3JVYA 5P7BA 2G1RA 2I4UA 1Q9PA 2WF0A 5OZSA 4YE3A 2O4LA 4PPHA 1SH9A 3MXEA 2ZHRA 5P8DA 3BRAA 1B6JA 4Y5CA 3SA3A 3UQPA 6UPJA 5P20A 3SA8A 5P0ZA 5ER1E 2OHKA 4EP2A 1LF3A 2ZE1A 4DQBA 1ODYA 3BHEA 5P7JA 5P86A 4BFBA 3PBZA 1AJVA 4RVXA 4A6CA 4OC6B 4Y4WA 2ER9E 5DR1A 2F3KA 5P5WA 4Q1WA 2Q3KA 5P5LA 4Y38A 5AHBA 1HEGE 2OHTA 5OZ1A 3RTNA 2QAKA 3DK1A 4F75A 3O9HA 5P3IA 5P4GA 4R92A 1FQ8A 2RSPA 3UHLA 3UQUA 4Y3SA 5P89A 2QZWA 5P8GA 1NH0A 3MSKA 3QAAA 2NNKA 3HDKA 5KQFA 4EYRA 3CKPA 4KB9A 4Y3EA 5P4BA 4YBFA 2ER7E 1MEUA 3LZYA 4AMTA 1MUIA 5IVTA 5P0RA 3HBOA 3NYGA 1MRWA 3K5DA 4NJVA 1FQ5A 1W6IA 4Y58A 3OU3A 4J1CA 2G26A 3OOTA 1NSOA 3I7EA 4Y4TA 3QPJA 1GNMA 4Q5MA 2XFIA 4H3GA 5P66A 3KDCA 1M43A 1MRXA 2AZ8A 4L1AB 1DIFA 3EM3A 4CPTA 5P3UA 1ZJ7A 1ENTE 2FLEA 2PWRA 3JW2A 1BAIA 2ASIA 4L6BA 4CPXA 1MVPA 4QJAA 1IZHA 5AHCA 3GGAA 4J1KA 1QRPE 3VYDA 3OUCA 1LYAA 2AIDA 2ZHVA 4U7QA 2MIPA 2VIEA 4K9HA 3L59A 3UDMA 5HE4A 5P85A 1XDHA 4K4QA 5P3LA 4OBKA 5P8CA 4YHQA 5P5ZA 3D1ZA 3OAGB 4ZPEA 5E5JA 1EC3A 2QZKA 4D89A 5P7IA 5OZ0A 5P65A 1HTRB 1B6LA 4K4RA 3OQDA 3T3CA 1EBZA 5OYRA 1C6XA 5P67A 3T7XA 4MC6A 4FRJA 1HVRA 2AZBA 4ZIPA 5P3RA 4YOAA 1QBRA 3NLSA 4RZ1A 3I8WA 5P64A 3HAUA 2FIVA 2BKTA 3KMYA 3CYXA 5P25A 4Y3NA 5P4RA 3Q6YA 5P87A 4AUCA 3S2OA 2V11C 2V16C 1SP5A 4PYVA 4XXSA 1NPAA 3CIDA 5HU1A 2ZGAA 3T7QA 2J9JA 3FNTA 1YX9A 3LPJA 3O9LA 4DH6A 5P28A 4FE6A 4L7GA 1FFIC 3LPIA 4EJKA 5P80A 1PPME 2JYSA 2WF4A 1IVPA 4YBIA 3IVHA 5OZFA 2BJUA 5P5MA 4WTUA 5P43A 5P0NA 4Y5NA 5T4SA 4DI2A 3DV1A 5P5EA 5P5YA 3Q5HA 3S85A 1W5YA 5BS4A 2VIYA 5P5RA 4LP9A 2QMGA 5SZ9A 2AOCA 4ZPFA 4DQFA 2AVOA 3WB5A 5P77A 5P8VA 1FLHA 1HVCA 3OQKA 3OQAA 5P02A 1SDTA 5P76A 4KE0A 4I1CA 2G22A 1ZLFA 5P4UA 1AZ5A 5CONA 4EJ8A 2OF0A 4OBFA 2QZXA 2AOHA 1MSNA 5P1QA 1MTRA 5ENMA 1TZSA 1HVSA 5P04A 2FMBA 3UDKA 1BWAA 5P3XA 3QI1A 3K5FA 5P16A 5P30A 5P2ZA 5P0BA 2ER0E 3H0BA 5C9FA 3NXNA 5DR7A 5P3YA 3UPJA 2P3BA 3PWRA 3R0YA 1AXAA 1TQFA 5P0GA 3EXOA 3DM6A 5OYWA 4Y41A 4Y6MA 3ZOVA 5P2VA 4RRSA 3RTHA 3O99A 2XFJA 1KJFA 4FM8A 5P8OA 2ZHSA 5P3QA 2P3AA 3L5DA 3EL1A 1FQ4A 5I3XA 2FDPA 1YM4A 9HVPA 3S45A 4CPRA 2QZLA 4B00A 3VLBA 3KDBA 3LIYA 5OZUA 2F3FA 1QBTA 5APRE 1MPPA 3UF3A 5P4NA 4Y5AA 2QCIA 4ZSRA 1FG6C 5P83A 1EPPE 2G1SA 3TL9A 5P35A 1FB7A 5P6LA 5P7TA 5P3EA 4DJRA 3MWSA 4Y5GA 4FLGA 4Y3GA 2ER6E 1KJGA 3OK9A 1FMUA 4HDFA 5P3AA 2AVSA 3EKXA 4Y3YA 4QJ7A 4CP7A 3O9LB 4DV9A 5P88A 1DPJA 4OBZA 1UH9A 3C9XA 5P03A 1TCWA 3APPA 4FCOA 1T3RA 3EBZA 3TH9A 5P1EA 5P1VA 5I3VA 4H3JA 4B0QA 2IDWA 4DQCA 2O40A 2I4WA 3PMYA 3TKWA 5OYYA 4B1CA 1EPME 5FIVA 3VV6A 5P0YA 1YT9A 3VSXA 4ACXA 5P0VA 5P1SA 2HS1A 3VSWA 3SA4A 2ZJMA 4RCDA 2ANLA 1GVTA 2RENA 4EPJA 3S7LA 5OZGA 3LNKA 1LEEA 2Q15A 4JPEA 2QI0A 5P5OA 1EPNE 2IQGA 4A4QA 5OZZA 3UDYA 4Y54A 4Y3FA 5OZIA 2VA5A 2F80A 3ZKSA 1ZP8A 2F8GA 5P81A 5P4JA 3LPKA 4KUPA 1HHPA 1HVLA 5P8HA 2B42A 3K1WA 2IKOA 3LZSA 3EL0A 4Y3MA 3KT2A 4YCKA 5P48A 4EWOA 5P2MA 1BILA 3INFA 1AAQA 4DJVA 2P3BB 1SGZA 4B05A 1EPRE 3GI6A 3LHGA 5P45A 2ZJHA 3GI0A 2AOJA 3K5GA 2BQVA 4ZSMA 5P6VA 3APRE 3SA5A 3OQ7A 2PSUA 2VA6A 1BXOA 5P6FA 3EKVA 2NMZA 4J5JA 5P7XA 5P50A 3D3TA 2RMPA 2HAHA 3UCBA 3URJA 3SACA 3I25A 1LYBA 3PRSA 2QNQA 2HIZA 4TRWA 5HDXA 4EHCA 5P5FA 5OZEA 5P84A 2FDDA 2FNSA 4K4PA 3RSVA 1ODWA 1FIVA 3SPKA 3OQFA 1EC0A 1BV7A 3WZ6A 4Y51A 4J17A 3NU4A 1K6PA 3IVIA 3UTLA 1HVKA 4OBJA 4D85A 5P0OA 5P6UA 4A6BA 4ER2E 5P4EA 4LXAA 3K4VC 3VLAA 3VYEA 1WBMA 5P26A 4YCYA 3IXJA 1BVGA 1K1TA 2JE4A 3EKYA 4R95A 3OXCA 3N4LA 4OBZB 3UDRA 1HXWA 3O9BA 5P5QA 4N00A 5P34A 5P2KA 2QD6A 4GJBA 4DJYA 2AQUA 1RPIA 5P06A 4B78A 4Y3JA 4NKKA 4RLDA 3FKTA 5P58A 2OHNA 5P61A 5P52A 5P39A 2G1NA 1BDLA 1EC1A 2QNNA 5OYXA 3VG1A 1LZQA 4CPSA 1KZKA 4NPTA 4M8XA 2ZDZA 4DJXA 1ZAPA 5P4LA 1CMSA 5OZ5A 3URLA 4K8SA 5P63A 1W50A 5DR0A 1HTEA 4BFDA 1GVUA 1HIIA 5P0IA 5AH8A 4DJPA 3ZKXA 5P1MA 5BRYA 3BXSA 3L5FA 4R91A 4FAEA 3ZPSA 3QIHA 2NTRA 1PROA 3O9CA 3R2FA 1IDAA 1DP5A 2VIZA 2FDEA 1B6PA 2OAHA 7UPJA 1DAZC 5P6AA 3PM4A 2OHRA 3QBHA 5DQCA 3OADA 2P3DA 5P4WA 5OZDA 5P7SA 2OHPA 2NXLA 2V13A 4I0GA 2G27A 1FEJC 3AIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQ4 A;  3OTS A;  3VCM A;  3RU1 A;  4J1E A;  2BB9 A;  2B60 A;  2VNN A;  1HEF E;  3PHV A;  2R43 A;  5P6R A;  2QHC A;  1SGU A;  1OHR A;  4YD6 A;  4R8Y A;  5P4C A;  5P6E A;  5P7L A;  3SA9 A;  5OZM A;  3PWW A;  3R4B A;  2HB3 A;  3O9A A;  5P05 A;  3VEU A;  5P17 A;  1XN3 A;  1EPL E;  2G1O A;  1D4I A;  3NUO A;  4I0D A;  1B5F B;  2V0Z C;  5P78 A;  4Y3D A;  4I0F A;  1D4S A;  5P3S A;  1K6V A;  4Y5E A;  4KE1 A;  1OEX A;  5P0E A;  2QK5 A;  3NWX A;  5P7Q A;  4GMI A;  2AZ9 A;  3Q70 A;  5P07 A;  5P3Z A;  4B1E A;  5OZL A;  5P3D A;  2WEA A;  3URI A;  2HS2 A;  5P6T A;  2QI5 A;  4ZEA A;  4DVF A;  3FSM A;  3N3I A;  1C6Y A;  3KFR A;  1HPV A;  5P1K A;  1PPL E;  4HLA A;  1IZE A;  3IND A;  2XFK A;  5P2T A;  5P5I A;  5I3W A;  3TOG A;  5P0U A;  3TPL A;  3K5C A;  5P4Z A;  4TVG A;  2QMF A;  2WEB A;  3OAD B;  5P1Y A;  3KF0 A;  3UDH A;  4J1F A;  5DPZ A;  2BKS A;  3OU1 B;  3FX5 A;  4Y4A A;  1TSU A;  5P2Q A;  3O9E A;  3ECG A;  5P5A A;  3IN4 A;  1A30 A;  1E80 E;  4XX4 A;  3BUH A;  5P4X A;  5P7N A;  3OXX A;  4Y5P A;  3ER3 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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