3INDA

Bace1 with the aminohydantoin compound 29
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA02
1DW6C 2ZJMA 4ZEAA 4Y3LA 2F8GA 3T6IA 4HDFA 3MWSA 1AXAA 1UPJA 1W5YA 1MIQA 5P8PA 4YA8A 3U6AA 4Y4AA 5P0GA 5P2LA 3JVYA 4F73A 4FLGA 5P3GA 3EM6A 5OYYA 2G24A 5P34A 3ER5E 5P8QA 5P88A 3WB5A 3ZKXA 1HVLA 5P1SA 3EXOA 3O9EA 5P2YA 3VV8A 3NDTA 4FM8A 3PWRA 2VIEA 3PVKA 3HD8A 1SGZA 2QI4A 3TKGA 1IZDA 2Q3KA 4YCYA 1T7IA 4RROA 5P1KA 3DK1A 5ISJA 3S7MA 2VA7A 2WECA 4OD9B 3S85A 4GJ5A 5OZHA 1TZSA 4DFGA 4RRNA 2O40A 5P4IA 3NYGA 5P3IA 1NSOA 5P7UA 3LPJA 5HCOA 3EMYA 3SKFA 1HIVA 2QMGA 3C9XA 5OZVA 3NU6A 5OZCA 1HEGE 5P0EA 1BXQA 3R1GB 1APWE 4J0TA 1IIQA 3EL1A 4HDPA 4B1EA 2BBBA 2O4NA 2R5QA 1C6XA 2XFIA 5I3YA 1C6ZA 1SMRA 5P4DA 3NUJA 5P2MA 5HDVA 3OGQA 4Y5NA 2WKZA 1K6PA 1SDUA 3EM3A 1FQ5A 3O99A 1NH0A 2VIJA 4OC6B 5P24A 1A30A 1Z1RA 2OHRA 5P0NA 3PB5A 5P3VA 3K1WA 2FS4A 5P2OA 4Y4DA 3OU1B 3URIA 2VA6A 2IDWA 5P1GA 3UFNA 2ZHSA 3OU3A 5P20A 3OUDA 5P26A 5P32A 4NKKA 3QIHA 2F80A 3NU5A 2HB4A 3OOTA 5OZQA 2OHUA 3Q6YA 5P7HA 2PWRA 4Y3EA 5P50A 4EXGA 4X7IA 5P7XA 5P6EA 5P79A 1FB7A 5P05A 5P62A 5P38A 1EBYA 4Y4EA 5P2HA 1OEWA 2BPZA 3HVPA 5P89A 5P5EA 5P51A 1IVPA 5P4BA 3TH9A 1T6GA 2BKSA 3EKVA 3I6OA 3O9DA 2QI6A 3KF0A 3GGAA 3VLAA 5OZJA 4LAPA 5P3JA 5I70A 4L1AA 4XXSA 5P3EA 4I0ZA 3SA6A 4K4PA 5P6BA 3QAAA 5P3XA 3DM6A 5P5VA 2AOFA 5P7AA 5J25A 4OBKA 5P8CA 3JW2A 2QZWA 4RVXA 1FMUA 3CIBA 1EBZA 2Q15A 2UY0A 1BWAA 2ZHTA 2QZLA 4EHCA 3LIQA 4ZPEA 5ISKA 1PROA 4XX3A 1ZSFA 1FQ7A 1IDBA 5P7RA 1SIVA 2I0AA 5HDUA 3SACA 1FKNA 3L5EA 4RYCA 5P43A 3OQFA 4JPCA 4HEGA 3TKWA 2V13A 4J1EA 3TLHA 2CEJA 3IXJA 3TPJA 3TOGA 2HPFA 3D1XA 4EJLA 5P6FA 3O9AA 5P5AA 1IZHA 1ODWA 1HPVA 3ZOVA 3UQWA 3N3IA 5P6CA 3IVHA 3OTYA 1EPOE 3LIXA 3A2OA 4ZSPA 2FXDA 2FMBA 4N00A 1QBUA 4B05A 2IL2A 4K8SA 5P3CA 3OY4A 5P72A 3OQDA 4RVIA 1D4HA 1PSAA 4H3GA 4YOAA 2P3DA 2IEOA 7UPJA 5P4KA 3TPPA 5P4SA 2HPEA 3I7EA 4JOOA 5KQFA 2RKFA 5P14A 3LIZA 3MSKA 4OBZA 5C9DA 5P7KA 3O9HA 2QAKA 5P6RA 5COOA 3RTMA 5KR8A 1EPME 3OADA 3QBFA 5F01A 5P6XA 5P3UA 1MESA 7HVPA 3H0BA 1YM4A 2B7FA 1FQ8A 2PMAA 5P3ZA 5P2QA 2I4UA 4D85A 2QNPA 4OBDA 4J1CA 5P3NA 3LINA 4TVGA 2VIYA 4AA9A 1SH9A 3L5DA 3NR6A 4I11A 5OZEA 3FNSA 5P4ZA 3TTPA 2P3AA 2IKUA 5BS4A 4I0FA 5P5CA 5P1AA 3D3TA 5OZYA 1MT8A 5P4GA 1PSOE 1ZPAA 5C9BA 4I0JA 4A6CA 4YDGA 4IVTA 4RRSA 3UCBA 1LYWA 2B60A 1LYBA 3ZKGA 4J1IA 1NPVA 2UXZA 2FIVA 2ZJJA 2A4FA 1ZJ7A 2FNSA 5COPA 3S43A 1PPKE 4CPUA 5P3PA 3OXVA 1HVRA 2AVMA 5P1VA 1A94A 5P2EA 5OZPA 2NMYA 4J0VA 5P60A 1G6LA 2HS1A 3QS1A 5P3HA 5P7WA 5P30A 5P84A 5COKA 5P4AA 3VYEA 1JLDA 3KT2A 3GI6A 4RVJA 2G22A 3IAWA 5P3YA 1AZ5A 4NJVA 2R38A 5BRYA 5P6KA 1VIJA 5P3KA 1LYBB 5P2SA 1GVTA 3OHHA 2O4PA 5IVSA 1GNNA 4Y9WA 4BFDA 5P2DA 3GGVA 2J9JB 3BRAA 1HTGA 1RQ9A 2APRA 1W50A 5P1CA 5P6GA 2Z4OA 5OYSA 3URJA 5P2UA 5ER2E 2I4WA 5P4PA 2OHKA 5P0MA 3D1ZA 5P2BA 2BPYA 5P1FA 5P77A 5P0LA 3UDHA 5P1BA 3VYFA 5P0SA 5P37A 5HVPA 2JXRA 5HU1A 2NMZA 3EKQA 4U7QA 5P6SA 4KUPA 3B7VA 3JVWA 3BVBA 1HWRA 5P6YA 3K5CA 4DQBA 2ER7E 2V0ZC 4QJ9A 4FSEA 1B5FA 3R4BA 3N4LA 5JFUA 2WF0A 1KJ4A 3EKTA 3BGBA 2I4DA 2WEBA 3FIVA 4Y4XA 2AZ9A 4DJVA 5OZ0A 5P5PA 2OF0A 5DR3A 4Q1YA 3SM2A 2QI5A 5P44A 4CKUA 5P4TA 1EPNE 5P4VA 5AH6A 3Q3TA 5P1MA 2R43A 5P3WA 1GNMA 3EC0A 4R92A 3G72A 3SLZA 3TOHA 1A8KA 4I0HA 3KFRA 5P83A 4Y3TA 4Z22A 5P4YA 3OAGA 2PWCA 5P0VA 1D4YA 2WEZA 3NWQA 2PSGA 4ACXA 4DJOA 2CENA 3CYWA 3ZKNA 2ER9E 2OHPA 4YCKA 4ZSMA 5P16A 5P68A 2R8NA 2WJOA 5P1IA 4CPTA 5P3BA 1KJFA 5P81A 2NR6A 2NTRA 3TNEA 3OXCA 3UQUA 3DV1A 1HEFE 4CPRA 3ZKMA 2FDDA 5OZKA 5SY2A 3UF3A 4B00A 5DR4A 5OZ1A 2ASIA 3IXOA 3KM4A 2PSUA 2PYMA 3VFAA 5P40A 3NUOA 4FCOA 4B78A 1BVGA 2V12C 1E81E 2NNPA 4Q5MA 4Y5BA 5DQ1A 4J1HA 2I4VA 3Q4BA 2AOCA 5P03A 5P01A 5DQ2A 3OOZA 3ZKIA 5P52A 5P54A 4FAEA 1GNOA 4HZTA 5P6VA 4FAFA 3I2LA 5P0YA 5P6NA 5P4CA 4FL8A 1BAIA 2G1RA 2OAHA 3INDA 3O9LB 2AIDA 3INEA 5P6IA 3OU4B 5P8OA 3QRMA 3CKRA 5AHBA 3FSMA 3G6ZA 5OZ6A 5P2FA 4FM7A 5P45A 1N49A 5P8EA 1TSUA 3OK9A 5P5FA 4R91A 4DPFA 3SPKA 2IS0A 4Y56A 2G26A 5P5QA 1ODXA 3S2OA 2QK5A 4Y4BA 3IN4A 4R5NA 2G20A 2FNTA 5P2RA 5OZBA 1AJXA 1NPWA 5P3TA 4AA8A 3O9GA 4Y3DA 5P23A 5C9FA 4UPJA 5P18A 1J71A 3PGIA 5P2GA 5P73A 2AVQA 5HDZA 5P1YA 3VF7A 1TSQA 4TRWA 9HVPA 3VUCA 1BILA 2VKMA 1ZP8A 1BDQA 5P0OA 5P6DA 1ZBGA 1HVIA 5P0HA 5P7EA 3PMYA 3HZCA 5CONA 4LL3A 4FM6A 5BWYA 1MEUA 2AQUA 1CMSA 4ZSQA 3D1YA 1F34A 1WBKA 3FNTA 1GKTA 4YD7A 5OYXA 5P4EA 1HSHA 5P70A 3K5FA 5OZWA 3BUHA 1IZIA 4TVHA 1IZEA 3NDUA 6UPJA 3S8IA 3CKPA 1E5OE 3CICA 3SAAA 5P2AA 2PH6A 5P1WA 5P76A 3PSGA 3I8WA 4QJ8A 5OZNA 5CLMA 1EC3A 5P5KA 5P4QA 5DR1A 4I12A 3VYDA 3VSXA 5OYTA 4QJ6A 5P7MA 2V16C 3RVIA 3VV7A 1YM2A 4CPXA 5P4WA 1D4JA 1ZTZA 2OHNA 1GVUA 1UH7A 1IBQA 2IRZA 4L7GA 1HTEA 5IVQA 1M4HA 1FQXA 5P3RA 4YD4A 3CYXA 1LEEA 4DQHA 2ZDZA 5KQXA 5P8KA 2Q11A 5HTZA 5UPJA 4F74A 3NXEA 2J9KA 2JYSA 3FNUA 5HU0A 5P5YA 1XL5A 5HE7A 3UPJA 5P71A 5P3SA 1AJVA 4LXAA 4CPWA 5P7GA 4EPJA 1U8GA 4APRE 5P5OA 3ECGA 3T7QA 5P7CA 3OUDB 4MC9A 4Y3XA 3UDJA 4J17A 4DJPA 3UDYA 4I10A 3L3AA 2AZCA 4Y53A 4Y3AA 3QN8A 3PM4A 5P0WA 3KYRA 1RPIA 3LZYA 3SA5A 1BDLA 2P3BA 1HPSA 1K1UA 4AMTA 1HVHA 5P5JA 1EPRE 1GVWA 3K5GA 3VFBA 5P6QA 4DUSA 4TRYA 3ST5A 3UFLA 5P1UA 5P0CA 3AUPA 1FF0C 2Z54A 1MSNA 5P07A 4EWOA 3K5DA 4FRKA 5P5IA 3UDQA 4L1AB 4OBFA 4TRZA 3BGCA 1MRXA 5P5BA 4Q1XA 5P35A 1B6MA 5AGZA 2BPWA 1BXOA 4Y41A 3GI5A 5P3QA 2G1OA 1UH8A 3PJ6A 5P53A 2SAMA 3QROA 5P7QA 3L5CA 2F3KA 1MERA 3RTHA 2RMPA 1AIDA 1D4LA 1YX9A 5P85A 2FXEA 2CEMA 6FIVA 4ACUA 2RENA 1T3RA 5P1HA 3VV6A 2VNNA 5OZZA 3RU1A 2HB3A 5P3DA 4Q1NA 4EYRA 3KMYA 5OZ2A 1BBSA 3BXSA 2OHTA 1QDMA 5P6WA 2VA5A 5P5TA 5P8HA 2PK6A 2BJUA 4QJ2A 5OZIA 5P8AA 5F00A 1DP5A 2XYFA 3KFNA 1DIFA 4Y3JA 4Y4JA 4B1DA 1EBKC 2R3TA 3APRE 1XDHA 3T11A 2UPJA 3QVIA 1FG6C 4FE6A 5P7SA 5P3MA 5P6AA 3HAUA 4J0PA 4DQCA 3VEUA 5P8GA 5DGWA 4EQJA 1A9MA 4HA5A 1AM5A 5P1XA 5P49A 5P8BA 5OZLA 5HE4A 3L5BA 2QHCA 3KFSA 3LZUA 1HVKA 2NNKA 2HIZA 4B77A 3QRVA 5DR7A 4DI2A 5FIVA 5ENMA 4I8ZA 3D20A 4F76A 1C70A 3B80A 3PEPA 4GJ6A 4PZXA 5OZOA 3U71A 5P78A 5P56A 4DJYA 1YTHA 4ZLSA 1T6EX 4WY1A 2BQVA 5OZAA 3SABA 4OBZB 2QU2A 4YDFA 4RCEA 4S1GA 5P7FA 4JPEA 3OADB 2G69A 2Q5KA 2HM1A 5P3AA 5P6HA 1HIIA 3L59A 4M8YA 5P42A 5P7IA 2QHYA 2ZHRA 1W5WA 3EKPA 1HSGA 2QD6A 2ZJLA 4ER1E 4ZE6A 5P2IA 2ZGAA 4CMSA 3NDWA 4Y54A 4Y5AA 4PHVA 4GJAA 1BV7A 1EPLE 3NU3A 4NJTA 3Q5HA 3SO9A 3T7PA 3SA9A 2ER6E 4QLHA 5ER1E 3WB4A 2OHSA 1KJHA 2HC0A 2VJ9A 3NU4A 3HLOA 3Q70A 3QBHA 3EKXA 3OTSA 5P22A 4Y44A 5P5RA 5E5KA 2P4JA 5P6OA 3HBOA 1LYWB 3GI4A 5P57A 5P0RA 3K4VA 5HDXA 3PLLA 2XFJA 3VSWA 3I25A 4YE3A 4Y58A 4Y4WA 3DV5A 4Y3FA 3ZPTA 1MPPA 3S43B 4H1EA 5P1ZA 5DGUA 5P5LA 3PLDA 3RSVA 5EZXA 1PPLE 4LHHA 3VG1A 1LF2A 3EL0A 1M0BA 4ER2E 2PC0A 1AVFA 3LPKA 5P8TA 3KN0A 5P75A 2P3CA 1B6KA 5P11A 4I1CA 2QNNA 2IGYA 4GJCA 4I8WA 3HVGA 3PWWA 4CPSA 1SMEA 4Y3MA 1SIPA 2ZJHA 4GYEA 4ZPFA 1XE5A 5P4LA 3UDMA 3S54A 3PSYA 2F81A 4Y4ZA 1GVXA 1HVCA 3LZSA 4K4QA 5HE5A 3TPRA 5P2NA 2ANLA 4FS4A 3UTLA 2BB9A 4KE0A 4Y5PA 4Y3HA 1OEXA 2VJ7A 5OZXA 4AZYA 1VIKA 5P1DA 1FMBA 3MXDA 2PYNA 8HVPA 3VCMA 5P5DA 2Q63A 3L5FA 3SKGA 1K2CA 5P86A 3KA2A 4B70A 3NXNA 1KJGA 5P0QA 5P02A 4GB2A 1ZPKA 5P1PA 5KR0A 2AZ8A 5KQYA 5P47A 2QI7A 2WHHA 3DCRA 5P0UA 1HBVA 4FRSA 3KT5A 4I0EA 3UQRA 3PHVA 2Q64A 2QD8A 1SP5A 4EQ0A 4COEA 4RYGA 2ZJNA 1XE6A 5P1EA 3AIDA 5SXNA 1AAQA 2R5PA 4Y48A 5KOQA 4PZWA 4DJRA 2IENA 5P1RA 1IVQA 3M9FA 2FGUA 4CPQA 1W5VA 5P0XA 3LNKA 1EPQE 2G21A 1B5FB 2IGXA 4Y35A 3CMSA 1HTFA 4R8YA 5APRE 3BC4A 3O9CA 5P69A 5P3LA 3WSJA 5P8MA 1LF3A 4Y5EA 4OBHA 1EAGA 5P0PA 5P7YA 3PWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DW6 C;  2ZJM A;  4ZEA A;  4Y3L A;  2F8G A;  3T6I A;  4HDF A;  3MWS A;  1AXA A;  1UPJ A;  1W5Y A;  1MIQ A;  5P8P A;  4YA8 A;  3U6A A;  4Y4A A;  5P0G A;  5P2L A;  3JVY A;  4F73 A;  4FLG A;  5P3G A;  3EM6 A;  5OYY A;  2G24 A;  5P34 A;  3ER5 E;  5P8Q A;  5P88 A;  3WB5 A;  3ZKX A;  1HVL A;  5P1S A;  3EXO A;  3O9E A;  5P2Y A;  3VV8 A;  3NDT A;  4FM8 A;  3PWR A;  2VIE A;  3PVK A;  3HD8 A;  1SGZ A;  2QI4 A;  3TKG A;  1IZD A;  2Q3K A;  4YCY A;  1T7I A;  4RRO A;  5P1K A;  3DK1 A;  5ISJ A;  3S7M A;  2VA7 A;  2WEC A;  4OD9 B;  3S85 A;  4GJ5 A;  5OZH A;  1TZS A;  4DFG A;  4RRN A;  2O40 A;  5P4I A;  3NYG A;  5P3I A;  1NSO A;  5P7U A;  3LPJ A;  5HCO A;  3EMY A;  3SKF A;  1HIV A;  2QMG A;  3C9X A;  5OZV A;  3NU6 A;  5OZC A;  1HEG E;  5P0E A;  1BXQ A;  3R1G B;  1APW E;  4J0T A;  1IIQ A;  3EL1 A;  4HDP A;  4B1E A;  2BBB A;  2O4N A;  2R5Q A;  1C6X A;  2XFI A;  5I3Y A;  1C6Z A;  1SMR A;  5P4D A;  3NUJ A;  5P2M A;  5HDV A;  3OGQ A;  4Y5N A;  2WKZ A;  1K6P A;  1SDU A;  3EM3 A;  1FQ5 A;  3O99 A;  1NH0 A;  2VIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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