2QU2A

Bace1 with compound 1
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
386
structure length
364
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHDEFRTAAVEGPFVDCG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Thiophene substituted acylguanidines as BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 364
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qu2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qu2A02
3TKGA 5P25A 5P1LA 2ZHTA 1A9MA 5KQFA 4RVIA 1DAZC 2IQGA 5P53A 1FG6C 3PSGA 3HLOA 4J0YA 1D4SA 3R0YA 4H3GA 4Y5CA 2APRA 1W6IA 5P4AA 5P7BA 4YE3A 4Q5MA 2O4SA 5P1RA 1SDTA 1IZDA 2QZWA 5P80A 2QU2A 4L7JA 4FM6A 3EL4A 4JP9A 4EXGA 1UH9A 3M9FA 4I8WA 3BUGA 3NU5A 3S8IA 5HE7A 5P7WA 5HCTA 3OUCA 5P8EA 1QBSA 5P1BA 1IVPA 1BXQA 3LIVA 1UH8A 3KDDA 5P4OA 2FDDA 1W5WA 5P7YA 2HB2A 1G35A 1SIVA 1B6MA 5P24A 3OGQA 5OZ9A 3BC4A 3CIBA 3KYRA 4ZEAA 3KFNA 5P28A 2G24A 3VSWA 2VA6A 2OHQA 1K6PA 2FMBA 3N4LA 4Y3NA 5ER2E 5P6ZA 4K8SA 5P00A 2PYMA 5C9BA 4B00A 1CPIA 1D4IA 3HVPA 5P6GA 4YD4A 3VG1A 2UXZA 4U7QA 3UQUA 5ER1E 3LZUA 1G2KA 3LHGA 5OZWA 3FIVA 5P78A 5P0VA 3WB5A 5P12A 3UDKA 2BB9A 1DPJA 5P1MA 2QNNA 4E43A 1E5OE 2WF1A 3EKTA 1KJ7A 4Y3EA 4L1AB 4Y3JA 5KOSA 1C70A 5P8DA 1YM2A 4OD9B 4NPTA 3FNSA 3S2OA 3SA9A 5ISJA 3S43A 5JG1A 3KFPA 5P5SA 1DIFA 3VLAA 3PRSA 2WEDA 3O9EA 4Y3HA 1HPVA 2G27A 5P6VA 3NLSA 3OHFA 3ZPTA 5I3YA 6APRE 2OHKA 5P7RA 3PLLA 3EKQA 3PMUA 4Y38A 5P85A 2OF0A 4Y3SA 3UQXA 5OYXA 5P5WA 5P1EA 5P69A 5P5LA 2CEJA 2XFJA 5P62A 3APRE 5OZTA 2QI0A 5P6YA 1HBVA 4HLAA 5EZZA 4YD7A 5HE5A 2QHYA 5P6XA 4Z2ZA 3KN0A 5P2EA 3INDA 3EL0A 5P6WA 3GW5A 5OZOA 1FMXA 4B77A 5P50A 1ZBGA 5P06A 3OQKA 2QAKA 5P3AA 3SM2A 4D89A 4F76A 5DR8A 3N3IA 3LNKA 4FAEA 4Y3QA 2P83A 2RSPA 2AVVA 3G6ZA 4LC7A 2AZBA 5DQ1A 3OTSA 7UPJA 2QNQA 1HTEA 3TL9A 2FDEA 4Y5BA 3UF3A 1E82E 2V00A 5P6BA 5P2BA 3ZKGA 4GJ8A 4DPFA 3NYGA 5BS4A 1K1TA 3JVYA 4YDGA 1BWBA 3UFLA 3BGBA 5HE4A 3OAGA 5P1TA 1MUIA 3G70A 1VIJA 3SA8A 2G26A 4JPEA 3T3CA 2PH6A 1EPOE 5DGWA 4DJUA 3TPJA 5P3EA 4GJCA 1FMUA 3EBZA 1K6CA 5HD0A 3O9BA 2OHMA 4I10A 4FSLA 5P8VA 1EC0A 4L7GA 2AZ8A 5P5GA 3PSYA 5OZ5A 2IENA 4RGHA 5PEPA 1EBWA 3OU4B 1FIVA 1B5FB 1T7KA 3SA5A 2VNMA 5P6RA 3UDMA 5P1KA 4DJOA 4J1KA 2BPYA 4WTUA 4IVSA 3RSVA 5P15A 3KT2A 5P5NA 5P7QA 3ST5A 4Y50A 5P22A 3PGIA 4Y5KA 3HDKA 4Y4EA 3DOXA 5ISKA 5P4EA 2AZCA 1A94A 4FRKA 2VIYA 1IDBA 5P43A 2QMDA 1AIDA 5P45A 4H3IA 2I4DA 4TVHA 3F9QA 4Y3LA 5P0NA 5P4WA 4L7HA 1APTE 5P4XA 5P1SA 2Q3KA 5P5AA 2AVQA 5DR4A 5TOLA 4CPSA 5DGUA 1FMBA 2NTRA 5BWYA 4PHVA 5P7UA 2OHRA 2BPWA 4FM8A 1MESA 3QRMA 1IZEA 5P46A 3INEA 5I3VA 3CKPA 5P6KA 3OQFA 3PJ6A 5P86A 5P2KA 3PEPA 5P14A 1APUE 5P59A 5KQXA 4FSEA 4RROA 4Y3AA 5I3WA 1LF4A 2CENA 3L58A 3VUCA 5P6FA 5P2JA 5OZGA 5P8JA 2PQZA 5P31A 1SMEA 4I12A 3IVIA 5P27A 2VNNA 5P0MA 5P3YA 4YD6A 1LZQA 3IXOA 4K9HA 1MPPA 1HHPA 1MSMA 2Q15A 5P6SA 4ZLSA 2ER9E 3O9CA 2NXMA 5P74A 4KE0A 4RCFA 1EBYA 5COPA 1NSOA 5SY2A 4DPIA 1HVCA 5AH8A 3SPKA 1HXBA 3OOZA 4AUCA 5OZ8A 3KT5A 2Z54A 3MXEA 2QMGA 4GJ9A 5P75A 3QIHA 2PSGA 3R1GB 3OWNA 3NDXA 3VEUA 1BBSA 2WF0A 5P8CA 1HIVA 3GGAA 4YBFA 2NNKA 2H6SA 1ODYA 5P3UA 7HVPA 1OHRA 5P2LA 1W5YA 1T6GA 3PB5A 4M8XA 1FQ7A 4Y3WA 3L5DA 5P2NA 2MIPA 1XDHA 5P72A 2IKOA 4I0ZA 1A8GA 3DCKA 2FNTA 3EM4A 5P4QA 3LPIA 4GJBA 3CKTA 3EM3A 3SLZA 4A4QA 4OBDA 2NNPA 3OXCA 4DJWA 1APVE 4KB9A 3ZPUA 3K5CA 1Z8CA 2QU3A 5P2OA 2J9KA 5IVSA 4FE6A 4D8CA 5P1XA 5DQ5A 5P4TA 1D4YA 5P47A 3PCWA 3UCBA 4Y3RA 2I4VA 3KDBA 1TSUA 3NXNA 1MTRA 4R91A 5P7JA 5P51A 3EKYA 2PSUA 1C6ZA 1Z1HA 4Y5AA 3TLHA 4H3FA 5OYSA 4OBKA 2NMYA 5P33A 3OU3A 1XE5A 5OZ3A 5P0FA 3MSLA 4PPHA 1DP5A 4EYRA 5OZEA 3D3TA 2UY0A 4FGXA 3GI5A 4D85A 5P5YA 5P7MA 5P37A 1M43A 5OZAA 5P5VA 5P8BA 5P6AA 4ZE6A 1BWAA 3UQPA 2A1EA 1D4KA 2FDPA 3C9XA 2QI7A 1XN3A 5P7IA 4OBZA 3OAGB 3U7SA 1BVGA 4J1CA 3ECGA 2AODA 3I6OA 2NXDA 3FSMA 4ZSMA 5P1AA 1IBQA 1ZJ7A 5P0KA 1KJHA 4QJ9A 4Y3PA 1XN2A 2QNPA 4EJKA 3CICA 3SACA 3EM6A 3KM4A 4DJVA 1QDMA 4J54A 4ZSPA 4RLDA 5IVQA 3OXWA 4HA5A 3RTHA 3UQRA 1HOSA 1GNMA 3K5GA 3UDQA 1XL5A 1BV7A 4Y4AA 2F3KA 2PSVA 4M8YA 4I0JA 4I8ZA 3NU9A 3OUDA 3BGCA 3PWMA 1HVIA 4ACUA 4J1FA 5P3PA 3L38A 1RL8A 3APPA 2AOFA 5KQZA 1RQ9A 2FLEA 2ER7E 2P8HA 5HDZA 3QAAA 2F81A 4Y3DA 4BFDA 4OBGA 3LZYA 4LAPA 4Y35A 5P6CA 4Y54A 4K4RA 5P79A 4LXMA 4LXAA 1K1UA 3JW2A 3PM4A 4GZFA 4J17A 2P3AA 2QI1A 4GJ5A 5P05A 1LF2A 3D1YA 4EXHA 5P7OA 3S7LA 3Q5HA 5P4MA 4DQEA 4QJAA 3PBZA 1YTJA 2ER6E 5P4NA 4ZSQA 3OGPA 1F34A 5P0DA 1GNOA 2G69A 3URIA 1T6EX 1HTFA 4HDBA 1EPRE 5P38A 4Y3YA 4B05A 3IVHA 3OUAA 5P4IA 3HAWA 4U7VA 1W5VA 3IXJA 5P29A 2AQUA 2G1NA 1FB7A 2OHLA 3QN8A 1SGUA 4Y5MA 3UPJA 5FIVA 1BDQA 3L5FA 4EJDA 3HW1A 3AUPA 4FIVA 5P5PA 2O40A 5SY3A 4A6CA 2O4NA 5P32A 1BV9A 2O4LA 4FRJA 2WECA 3QVIA 2BKTA 3DV5A 2V11C 5P0ZA 5P7ZA 3NXEA 1EPQE 4HDFA 1UPJA 2F80A 4Z50A 5P8NA 2PC0A 1SBGA 1FQ4A 2I0DA 5P48A 5P08A 5P2ZA 4RRNA 2J9JB 5P0HA 1T7IA 3UQWA 5P8MA 2WEBA 4Y58A 4NJTA 4Y43A 2ZHUA 5P61A 4MC6A 3O9DA 3OTYA 4IVTA 1EC3A 3D20A 5P36A 1ZPAA 3B7VA 4GJAA 3O99A 2HC0A 4FCOA 4DI2A 5HU0A 5P4JA 5P2HA 4MC9A 4RRSA 3LPJA 5P3HA 3Q70A 5P8TA 2ZGAA 3PBDA 2WJOA 4XX3A 5P55A 2FXDA 5P7VA 5P8AA 4CP7A 3LIQA 3TPRA 4HE9A 2QI5A 4Y51A 5P1IA 4RVJA 1K2CA 4Y4ZA 1BDLA 2VS2A 2XFIA 1W50A 5P18A 5P3ZA 5B18A 3PWWA 3OQAA 2PYNA 3L5BA 4FM7A 3CKRA 1FF0C 2OAHA 3EL9A 5P2YA 4RZ1A 5C9DA 3U6AA 3QRSA 4RYCA 3AIDA 4Y6MA 1T3RA 1YTGA 5P82A 3NDUA 3FV3A 5OYRA 5P2UA 3UDNA 3PMYA 5KR1A 3O9HA 4CMSA 1YT9A 5P4KA 5P70A 3SM1A 1IZIA 2ZHVA 3RVIA 3DM6A 5P3WA 2OHUA 4DJQA 4BFBA 5P1GA 1LYAA 3QBFA 4MC2A 1SIPA 1MT8A 3KMXA 5P17A 1Z1RA 4RCEA 4Q1XA 2R5PA 4J55A 3TOGA 1E81E 5P8IA 5F00A 2VIJA 1MSNA 3OQ7A 5P7CA 2EWYA 5P8LA 4DVFA 4ER4E 2ANLA 1XS7D 1CMSA 1IIQA 1FGCC 1QS8A 5P2FA 2V13A 3VV7A 4I0FA 3S85A 1BIMA 4Y36A 4GB2A 4LBTA 1ZLFA 2QHZA 4Q1YA 4JPCA 3RTNA 2F8GA 1AXAA 3HVGA 4ZSRA 5T4SA 2QMPA 1GVUA 3VSXA 2NMZA 1SP5A 2VIZA 3IA9A 3SA3A 4PZWA 5OZ1A 2R5QA 5P58A 5P4PA 4EJLA 3I8WA 5P0CA 5P65A 5P52A 5P2GA 5P0EA 1Q9PA 4NJUA 3CMSA 3OXXA 5P4CA 3OU1A 4XX4A 4QJ7A 3T6IA 4KE1A 2BBBA 3OY4A 2Q63A 1YM4A 3IN4A 1HVLA 1OEXA 2HM1A 2QD8A 5DQ2A 4K4PA 1BAIA 5P7XA 2VKMA 5APRE 3NWXA 5P1DA 3SQFA 2IDWA 3OUDB 3O9LA 3NR6A 1JLDA 5P4YA 4F74A 4I0IA 3UHLA 2B7ZA 3TPLA 5P3BA 2Q55A 5P4GA 5P56A 2FS4A 1HRNA 5P3MA 3SKGA 5OZHA 1TCXA 4FS4A 5P5QA 3KA2A 4JOOA 2RMPA 4GMIA 2Q11A 2RENA 3UDYA 5HTZA 2WHHA 3K1WA 5ENMA 4R8YA 3Q6YA 5OZYA 2P3DA 4J0TA 1TQFA 4FL8A 4Y4BA 3CYWA 2BPXA 5P7FA 5P11A 2AIDA 4PZXA 5P16A 4TRWA 3VF7A 1MERA 4Y5EA 5P7SA 5EZXA 3O9IA 4J1EA 3LIZA 3NU6A 1SGZA 2PWRA 2B7FA 2BPZA 2NXLA 3GGUA 5P5IA 5OYYA 2QCIA 2AVSA 1HTRB 1M0BA 4B0QA 1RNEA 5HDUA 5KR0A 4YCTA 5P0BA 4DQGA 3EXOA 2I4UA 4ZPEA 1FQXA 4ACXA 2QP8A 4ZIPA 3I2LA 5I70A 5P0JA 5P4DA 2B8LA 4Y48A 4Y5NA 4APEA 5KR8A 5P6JA 5DQ4A 5AGZA 5OZBA 3L59A 2Z4OA 1C6XA 2G1RA 3EL5A 5COOA 4H3JA 1XE6A 1LF3A 3ER3E 2P3BA 4H1EA 5P0RA 2R9BA 2VA7A 5P7PA 5P88A 4FRSA 5SZ9A 1G6LA 4RCDA 2AOHA 1YTIA 4Q1WA 3S54A 3S56A 4WY6A 4B78A 3SA7A 1C6YA 4UPJA 3LIXA 5P1WA 3SFCA 5P7NA 5P6QA 4QJ2A 1W51A 5P8KA 3MSJA 2ZHRA 4GYEA 2ZJIA 5P1UA 5JODA 2G21A 2V12C 1ER8E 3R2FA 2QD6A 2AVOA 5P5KA 5P6EA 4GJ7A 4APRE 2R3WA 4OC6A 5P20A 2BQVA 1AJXA 3S53A 4OBFA 3S43B 4QLHA 4TRZA 5HCOA 1K2BA 5P4FA 3QROA 1IZHA 2IS0A 3ZMGA 1K6TA 1MRWA 5P34A 1SH9A 5OZCA 5P0UA 2BKSA 3PWRA 2AVMA 3FNTA 6UPJA 3K4VC 5P4LA 3VCMA 5P64A 5OZLA 3RU1A 4S1GA 5P2XA 5P1HA 4JECA 3FKTA 4HVPA 4B1DA 3SA4A 3HBOA 5P3SA 2HS2A 3I25A 5P4HA 5P8SA 1NPAA 3ER5E 4D88A 2ZDZA 1ODWA 3LZSA 5P0AA 4X7IA 5P8OA 4WY1A 4PYVA 3T7PA 3TH9A 5P1OA 5P0IA 2B42A 5HVPA 1XL2A 4L1AA 5DR3A 5P5ZA 4J1IA 2WKZA 4Q1NA 4AMTA 3VV8A 2VIEA 4Y4TA 2AZ9A 3SABA 4NJSA 5P35A 2OHNA 5P7EA 5P7HA 4DUSA 1IDAA 5P3GA 5OZXA 3PCZA 1AZ5A 1FFFC 5OZPA 1PPKE 3ZKQA 2WF2A 3IN3A 3JVWA 5P7KA 3O9GA 5P5DA 4AA9A 3B80A 2OHPA 1GVXA 3OU1B 3WZ8A 5P8UA 2O4KA 3VYDA 5P3DA 2NR6A 3OOTA 1EBZA 5AH9A 1HVRA 2R38A 5P0YA 4F75A 5P83A 4Y44A 3FNUA 3UDHA 5OZDA 5P5UA 2WEAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TKG A;  5P25 A;  5P1L A;  2ZHT A;  1A9M A;  5KQF A;  4RVI A;  1DAZ C;  2IQG A;  5P53 A;  1FG6 C;  3PSG A;  3HLO A;  4J0Y A;  1D4S A;  3R0Y A;  4H3G A;  4Y5C A;  2APR A;  1W6I A;  5P4A A;  5P7B A;  4YE3 A;  4Q5M A;  2O4S A;  5P1R A;  1SDT A;  1IZD A;  2QZW A;  5P80 A;  2QU2 A;  4L7J A;  4FM6 A;  3EL4 A;  4JP9 A;  4EXG A;  1UH9 A;  3M9F A;  4I8W A;  3BUG A;  3NU5 A;  3S8I A;  5HE7 A;  5P7W A;  5HCT A;  3OUC A;  5P8E A;  1QBS A;  5P1B A;  1IVP A;  1BXQ A;  3LIV A;  1UH8 A;  3KDD A;  5P4O A;  2FDD A;  1W5W A;  5P7Y A;  2HB2 A;  1G35 A;  1SIV A;  1B6M A;  5P24 A;  3OGQ A;  5OZ9 A;  3BC4 A;  3CIB A;  3KYR A;  4ZEA A;  3KFN A;  5P28 A;  2G24 A;  3VSW A;  2VA6 A;  2OHQ A;  1K6P A;  2FMB A;  3N4L A;  4Y3N A;  5ER2 E;  5P6Z A;  4K8S A;  5P00 A;  2PYM A;  5C9B A;  4B00 A;  1CPI A;  1D4I A;  3HVP A;  5P6G A;  4YD4 A;  3VG1 A;  2UXZ A;  4U7Q A;  3UQU A;  5ER1 E;  3LZU A;  1G2K A;  3LHG A;  5OZW A;  3FIV A;  5P78 A;  5P0V A;  3WB5 A;  5P12 A;  3UDK A;  2BB9 A;  1DPJ A;  5P1M A;  2QNN A;  4E43 A;  1E5O E;  2WF1 A;  3EKT A;  1KJ7 A;  4Y3E A;  4L1A B;  4Y3J A;  5KOS A;  1C70 A;  5P8D A;  1YM2 A;  4OD9 B;  4NPT A;  3FNS A;  3S2O A;  3SA9 A;  5ISJ A;  3S43 A;  5JG1 A;  3KFP A;  5P5S A;  1DIF A;  3VLA A;  3PRS A;  2WED A;  3O9E A;  4Y3H A;  1HPV A;  2G27 A;  5P6V A;  3NLS A;  3OHF A;  3ZPT A;  5I3Y A;  6APR E;  2OHK A;  5P7R A;  3PLL A;  3EKQ A;  3PMU A;  4Y38 A;  5P85 A;  2OF0 A;  4Y3S A;  3UQX A;  5OYX A;  5P5W A;  5P1E A;  5P69 A;  5P5L A;  2CEJ A;  2XFJ A;  5P62 A;  3APR E;  5OZT A;  2QI0 A;  5P6Y A;  1HBV A;  4HLA A;  5EZZ A;  4YD7 A;  5HE5 A;  2QHY A;  5P6X A;  4Z2Z A;  3KN0 A;  5P2E A;  3IND A;  3EL0 A;  5P6W A;  3GW5 A;  5OZO A;  1FMX A;  4B77 A;  5P50 A;  1ZBG A;  5P06 A;  3OQK A;  2QAK A;  5P3A A;  3SM2 A;  4D89 A;  4F76 A;  5DR8 A;  3N3I A;  3LNK A;  4FAE A;  4Y3Q A;  2P83 A;  2RSP A;  2AVV A;  3G6Z A;  4LC7 A;  2AZB A;  5DQ1 A;  3OTS A;  7UPJ A;  2QNQ A;  1HTE A;  3TL9 A;  2FDE A;  4Y5B A;  3UF3 A;  1E82 E;  2V00 A;  5P6B A;  5P2B A;  3ZKG A;  4GJ8 A;  4DPF A;  3NYG A;  5BS4 A;  1K1T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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