2P3BA

Crystal structure of the subtype b wild type hiv protease complexed with tl-3 inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Structural Characterization of B and non-B Subtypes of HIV-Protease: Insights into the Natural Susceptibility to Drug Resistance Development.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p3bA00
3EL5A 1PFZA 3S2OA 3IXOA 1FQXA 2QU2A 4J17A 3UDQA 3QN8A 4AMTA 5P5PA 4Y5BA 4R92A 5AH8A 2QHYA 5P28A 4PEPA 5P0ZA 5HE4A 1D4SA 4Y43A 4RYCA 3LPIA 2JJIA 1SIVA 2VJ7A 5P5FA 4QJ8A 1ME6A 5DQ4A 4ZSMA 1EPQE 5P51A 2QP8A 3PJ6A 5JODA 5P6NA 2QZLA 4Y3HA 1MT8A 1IZHA 5P5JA 5OZOA 4Y5AA 3PLDA 4F75A 2QZKA 5P41A 2HB3A 3R0WA 2PYNA 2P3AA 4Y9WA 2QI3A 4OBKA 5P3FA 2QMPA 3D1ZA 3GI4A 4Y37A 4CPUA 5P56A 2ZE1A 3NU5A 3ZKQA 2G21A 2QI1A 4Y5KA 5P0IA 5P6UA 5P1TA 3INHA 2PH6A 5BS4A 4ZPGA 5P8FA 2F8GA 2QD6A 1BXQA 5P7BA 4Y4EA 4Y5CA 5P63A 4A6BA 3PVKA 4B72A 2Q11A 1IDAA 5P8OA 4QLHA 5OZ2A 5P66A 5OYXA 4AUCA 6APRE 2QCIA 5HDXA 5P2DA 1W5XA 1G0VA 4ZSQA 1HVJA 5P2TA 2OHNA 1NPVA 4J1IA 4J0PA 1GKTA 2I4UA 2RMPA 5B18A 5P5SA 1D4YA 5P1AA 1XE5A 5P15A 4DJWA 4Y3WA 1NH0A 2G20A 5P69A 1MTBA 5P2IA 5I3WA 5C9BA 1K2BA 2BPZA 5P6JA 4Y3DA 2BPWA 3QBHA 5P03A 1EPNE 2WL0A 3KFRA 5P3YA 2I4WA 4B00A 4DQBA 5DQCA 3URJA 3FV3A 3KF0A 5P1HA 3PMUA 3SAAA 5P34A 5P8AA 3D3TA 4PYVA 2ZHSA 3R2FA 2HB4A 4GJDA 5COPA 4J1CA 5P3NA 1HSIA 3D1XA 4K4QA 3SLZA 3TL9A 1GVTA 7HVPA 1VIKA 1Z1RA 3B7VA 3S56A 1APUE 2QMGA 5P1UA 1UH8A 2NNPA 4HLAA 5APRE 5P4NA 1MESA 5P59A 5KQYA 1APVE 5CLMA 1AJXA 3LZUA 5EZZA 3EKXA 3NU4A 1BAIA 2OF0A 1B6JA 3OOTA 3I25A 4F73A 3TH9A 5P60A 5P86A 3PMYA 2I0DA 4HDPA 4CPTA 4OBHA 4OBDA 5P6IA 5DR4A 5P02A 5AH9A 5P4KA 3T11A 5P1MA 2V00A 1TSQA 2AOCA 5P7UA 4KUPA 5E5JA 1HVCA 4RRNA 1MERA 4Y44A 5OZLA 4PZXA 5P3OA 1E81E 3L5CA 3PWRA 5P4GA 3HVGA 2AVMA 4Y3NA 3PBDA 5P2WA 5OZ7A 2XFKA 1GNOA 4Y6MA 4I0JA 4GJCA 2VA7A 5OZVA 5P67A 2FXEA 5P47A 2JXRA 3PRSA 2WHHA 3Q5HA 2MIPA 5P17A 3SFCA 1HVIA 3SA3A 4TRZA 3UFLA 5P0DA 3ER3E 1BWBA 1SGZA 4NJSA 3KM4A 3L5BA 3OUBA 3EKYA 4OBZA 2V10C 3PWWA 5OZGA 5P6KA 1W6IA 2ZJMA 5P33A 3I8WA 5HE7A 5P00A 3RSXA 1A94A 4WY6A 2FIVA 1ZBGA 2VIEA 3VV6A 3AUPA 1T3RA 2AOHA 3OADA 4B1CA 5P4PA 1SDTA 1UPJA 3QRVA 5P8QA 1BV9A 1ENTE 5AGZA 2NMZA 2J9JB 5P6WA 1HHPA 1SMEA 5HVPA 1BILA 1XDHA 5P8DA 3EL4A 4EJ8A 3SM1A 1E82E 3ZKMA 5P7YA 1MIQA 3EXOA 2PH8A 1OEXA 5KR2A 4YCTA 5P05A 2F3EA 3OWNA 4JPCA 5P4ZA 2V12C 1GVXA 1HWRA 1C6ZA 4DJVA 4QJ2A 1YT9A 4Q1YA 5P0SA 1W5WA 1HPVA 2XYFA 3KYRA 1FQ5A 4OBGA 2PMAA 5P87A 1EBKC 2NTRA 4RRSA 4FGXA 5P16A 3KDCA 3OY4A 5E5KA 5P1LA 4TVHA 4L1AB 1HEGE 3K1WA 2UXZA 4U7QA 2HC0A 5P74A 1C6XA 5OZNA 1KJHA 5P3UA 2VJ9A 1EPOE 2AVSA 1ZJ7A 1F7AA 3FNSA 4HDFA 2HPEA 5P2EA 5P2CA 3AIDA 5SZ9A 1NPAA 5P0QA 4CP7A 2FNTA 5P4WA 3DV5A 5P3IA 1IVQA 4IVSA 2QNNA 2FGUA 1SIPA 1LS5A 3OUDB 4DJOA 3GGVA 3QIHA 5OYRA 3EL9A 5P6FA 3ZKXA 3BUHA 3OGQA 4J0ZA 3URIA 1DMPA 1RNEA 5P24A 2CEJA 3TOHA 4B1EA 4I0ZA 4X2LA 3OXCA 4H3IA 1FQ6A 1OD1A 5P3EA 2F3FA 1EPME 2NMYA 1W6HA 1ZPKA 4FS4A 1D4KA 5P53A 4AA8A 5FIVA 1FLHA 5P2LA 4LL3A 4LP9A 3Q70A 4DPFA 3EL0A 5P3LA 5P3AA 5P81A 4FSLA 4YA8A 2A4FA 5P6RA 5IVSA 3EKPA 5P8NA 3LIZA 1Z8CA 1K6TA 1D4IA 4H3FA 3VV7A 3UDRA 2VIZA 5P7LA 5OZAA 5P3HA 5P3DA 5SY2A 1G2KA 5P3VA 2WECA 5P2FA 5DR0A 4RROA 5P6YA 1K6CA 3PHVA 4YDGA 5OYVA 3QRMA 1YG9A 5COOA 3QROA 2VJ6A 1WBMA 3KN0A 5P06A 5P6AA 5P7FA 1EC1A 3IVHA 4ZSRA 4I0HA 3VFBA 1BXOA 3IN3A 4I0DA 5P0PA 2VA6A 5P0TA 5DR1A 4BELA 2FS4A 3TNEA 1LF3A 3UQUA 4EHCA 4Y5GA 2UPJA 5P31A 4Y4TA 4GIDA 1TCWA 3LNKA 1KJ7A 3OU4A 5P49A 3R4BA 3T7QA 4GJ7A 2AVQA 5P2YA 3OAGB 5P1XA 2QNQA 3IA9A 9HVPA 4YOAA 5IVRA 3PSGA 3WZ7A 2G24A 5P42A 1T7KA 1YTIA 4ZE6A 2NPHA 2FDPA 1IIQA 3MSJA 5P5YA 5P19A 2NXLA 2VIJA 3G6ZA 5P04A 3IGBA 5P85A 3ZPTA 5P1SA 3VF7A 5P36A 1B6LA 3O9HA 1BDRA 4DFGA 2Q5KA 5P1PA 1EC2A 2J9JA 5P7NA 5P83A 2PWCA 2PSGA 1PROA 3RVIA 4ZIPA 3LPJA 5P8BA 5P0YA 4FCOA 5P29A 3JW2A 3BC4A 3HLOA 3S8IA 2WEZA 5AHAA 5BRYA 1AAQA 3HD8A 3K5CA 2ER7E 3LITA 1HTFA 3S7LA 2IENA 3SA8A 5P1ZA 3S85A 4LXMA 7UPJA 1PPLE 3DK1A 5KOQA 3NDTA 3QPJA 2P3BA 3WZ8A 5P8MA 5P62A 4Y3EA 5P8KA 5P65A 3VCMA 4L1AA 3IN4A 3NSHA 1HIVA 3QVCA 3VFAA 4XXSA 2OHKA 4LXKA 4EWOA 1JLDA 5IVQA 1RQ9A 1F34A 5P48A 3FX5A 4BFBA 4DVFA 5OYYA 5P5XA 1BWAA 3O9DA 2Q64A 1HXBA 5HDVA 3HW1A 1IZIA 4B77A 5P1CA 2RKFA 3ZMGA 3DV1A 2XYEA 4D88A 5KR8A 3N3IA 3KDDA 5P2KA 5P58A 1A30A 3NXEA 3LZYA 5OZCA 1XL2A 2WF1A 3OOZA 4PHVA 1MRXA 3SO9A 5P5IA 4QGIA 4DJUA 5JFPA 3OUDA 4OBZB 4CMSA 1MUIA 5P40A 5P79A 3VLBA 1ODXA 4ACXA 1FQ8A 4NPTA 4XX3A 1EPRE 2ZGAA 2CEMA 1C6YA 5JFUA 3DCKA 4QJ6A 5P1OA 1C70A 5P10A 1E80E 4GYEA 4FM8A 3OADB 2ER6E 1HTGA 2FGVA 4EXGA 1NPWA 3TKWA 4Y4AA 2P3DA 3BGBA 1BVGA 5P7CA 5P7RA 5OZHA 5P1FA 1OHRA 2ZHTA 5P1RA 1W5VA 5OZKA 4A6CA 1UH9A 4EXHA 5OZUA 5P1JA 2A1EA 3ZKSA 3OK9A 2OHUA 1MT7A 3MWSA 3TKGA 5BWYA 1GVWA 1QBUA 2VIYA 5P8RA 5OZRA 5P5EA 1NSOA 5P6EA 2WKZA 1EEDP 4CPSA 1EBZA 5IVTA 1SP5A 4I0GA 5OZ3A 5P2AA 4Y3RA 4YCYA 4ZPEA 2PSVA 2PC0A 3NU3A 5P89A 1M4HA 3B80A 4DQHA 5IE1A 3VYEA 2UY0A 3RTNA 1EC0A 4YD7A 2R5QA 4GJ5A 1IZEA 3HDKA 5P0FA 4ZSPA 5HTZA 4HE9A 1T7JA 4HVPA 4GJBA 3WSJA 2ZJIA 5OZMA 1FQ4A 5P80A 1MRWA 3OAGA 5P4RA 1B6KA 1DAZC 2FXDA 3BUFA 5HDUA 2AZ9A 3DCRA 5P71A 1WKRA 1E5OE 3RU1A 1FB7A 4D83A 3ZKGA 3S43A 1UH7A 5HD0A 2B42A 5KQXA 5P38A 5P3GA 5C9DA 1K6PA 3HVPA 4R91A 2OHQA 3DJKA 4R95A 1FMUA 5P2OA 3HAWA 3CICA 3FNTA 5P11A 1CPIA 5OZ4A 2BKTA 3H5BA 4Y54A 2WEDA 4I12A 2WF2A 2I4QA 5DQ5A 2B8LA 2AODA 4E43A 2G27A 1ZTZA 2WF4A 5ER2E 1PSAA 1TCXA 5P3XA 2RENA 5P2MA 1K6VA 1QBTA 2I4DA 2O4PA 3G70A 4Y57A 4R93A 4NKKA 5P8GA 1B11A 5P45A 3NWQA 4ZLSA 4ER1E 4I0FA 5DR8A 3SKFA 2QHZA 3HZCA 4K4RA 1MEUA 2OHTA 4RVXA 1AM5A 1HTRB 5P0KA 1FGCC 4MC9A 3UDNA 5P4MA 4Y4BA 4I11A 2VNNA 1Z1HA 1M0BA 4Y5LA 3VV8A 2I0AA 5P7MA 3ZKIA 5J25A 2P8HA 1MTRA 3UQRA 2HPFA 4Y4WA 3Q3TA 2VKMA 5ENMA 3T7XA 5P7XA 3S45A 4DH6A 3NXNA 1QBSA 4Y36A 1W50A 4YD3A 3OU4B 2ZJNA 2BPYA 3IXKA 1HSGA 5OZEA 3KFPA 4Y3JA 3SA7A 3LPKA 5P6MA 1DP5A 2ANLA 2Z4OA 2QNPA 5P8SA 5P6GA 1APWE 3ZPUA 3LIQA 5P5ZA 4FRKA 2IGXA 5P14A 4Y39A 4D85A 4B78A 3O99A 3F9QA 5OZZA 4Y4ZA 4FIVA 3OGPA 5DQ2A 3PB5A 2NNKA 3LIYA 1B5FB 2OHMA 2QHCA 5P20A 1LYBB 5P4TA 5P6PA 4Y3FA 4RZ1A 1AJVA 3TPJA 2PWRA 5KR0A 4Q5MA 3OUCA 5P2HA 4ACUA 3QRSA 3Q6YA 3QVIA 4Z2ZA 3CIDA 3H0BA 5P75A 5P5UA 4BFDA 4AA9A 4RLDA 2IS0A 5P4SA 1K1TA 2JYSA 4MC6A 2AVOA 2Q3KA 5P3CA 5P52A 4Z4XA 4PZWA 1HRNA 3PWMA 2AOJA 1TQFA 3G72A 1HPOA 2WF0A 5OYWA 1KZKA 2J9KA 2ZHVA 3LIVA 5P07A 2QK5A 3HBOA 8HVPA 4Q1NA 5P5QA 2F3KA 4DJYA 3MSKA 2QI0A 4D8CA 2P3BB 4DJPA 5AHBA 1BDQA 5P2ZA 1DIFA 5P3PA 4OD9B 3L38A 4DPIA 5OYZA 1FG8C 5P3MA 3QP0A 3UFNA 4Y3TA 4R5NA 2V16C 2IQGA 3NLSA 3HAUA 2B7ZA 3K5FA 4GJ8A 4J1FA 5P1NA 5P7IA 5TOLA 4HA5A 1KJGA 4LHHA 1EBYA 5P12A 3PI0A 2QMDA 4HDBA 5P5LA 3UCBA 3PEPA 2PQZA 3OXXA 1SBGA 2ER0E 1IBQA 5P84A 1IDBA 5PEPA 3WZ6A 4FAEA 5I70A 4LAPA 5DGWA 1LEEA 1YTJA 5P2GA 5HCOA 3BRAA 1A9MA 2G69A 3JVWA 2PK6A 4J0YA 3SQFA 3EKVA 5P1BA 1ZLFA 3OQAA 3SKGA 5P44A 5P3TA 3RSVA 2HS1A 3UHLA 2ZHUA 3UQWA 3ER5E 1MVPA 1QS8A 1QRPE 3NDUA 1SMRA 5P6HA 3FIVA 3UDJA 2HS2A 4MC2A 3DM6A 1MSMA 4NJVA 4Q1WA 4Y3SA 5P7SA 3CMSA 2Q63A 4I10A 4K9HA 4Y3QA 3UDHA 2Q55A 5ISJA 4GJ9A 3NR6A 5P5GA 5P6QA 2B7FA 3NWXA 1EAGA 4L7GA 4YBIA 5P0BA 2I4XA 5HCTA 1U8GA 2IRZA 4Y51A 4I0IA 4Y53A 1LYWB 4EP3A 2QU3A 2QI6A 2OHLA 2R43A 4Z50A 3NUOA 4COEA 5P8JA 2G1NA 2IDWA 3LZVA 1EPLE 2FMBA 4FM7A 5P2BA 3K5GA 4FL8A 2BKSA 4QJ9A 3UDPA 5ISKA 5DGUA 5CONA 5P54A 3VF5A 1D4JA 4I1CA 2BBBA 5P0VA 5HE5A 3INFA 5P23A 2WEAA 4H1EA 1T6GA 5P4JA 5P4IA 1LZQA 5P7WA 5P4QA 5P4DA 5OYSA 1J71A 3S43B 4J54A 4ER4E 4UPJA 3VG1A 2V0ZC 3CKPA 4DJQA 2FDDA 5OZPA 5I3YA 5P7VA 1B5FA 5P6DA 1LYBA 2G1OA 3IXJA 3S54A 2NXDA 3R0YA 4DQEA 4Y4JA 2AVVA 2NR6A 2R3WA 3UDKA 5I3XA 4EQJA 3L3AA 5P46A 3TPRA 2QD8A 4D89A 1G6LA 3K5DA 1FFIC 4F74A 1GNMA 3O9GA 4FRSA 3QI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EL5 A;  1PFZ A;  3S2O A;  3IXO A;  1FQX A;  2QU2 A;  4J17 A;  3UDQ A;  3QN8 A;  4AMT A;  5P5P A;  4Y5B A;  4R92 A;  5AH8 A;  2QHY A;  5P28 A;  4PEP A;  5P0Z A;  5HE4 A;  1D4S A;  4Y43 A;  4RYC A;  3LPI A;  2JJI A;  1SIV A;  2VJ7 A;  5P5F A;  4QJ8 A;  1ME6 A;  5DQ4 A;  4ZSM A;  1EPQ E;  5P51 A;  2QP8 A;  3PJ6 A;  5JOD A;  5P6N A;  2QZL A;  4Y3H A;  1MT8 A;  1IZH A;  5P5J A;  5OZO A;  4Y5A A;  3PLD A;  4F75 A;  2QZK A;  5P41 A;  2HB3 A;  3R0W A;  2PYN A;  2P3A A;  4Y9W A;  2QI3 A;  4OBK A;  5P3F A;  2QMP A;  3D1Z A;  3GI4 A;  4Y37 A;  4CPU A;  5P56 A;  2ZE1 A;  3NU5 A;  3ZKQ A;  2G21 A;  2QI1 A;  4Y5K A;  5P0I A;  5P6U A;  5P1T A;  3INH A;  2PH6 A;  5BS4 A;  4ZPG A;  5P8F A;  2F8G A;  2QD6 A;  1BXQ A;  5P7B A;  4Y4E A;  4Y5C A;  5P63 A;  4A6B A;  3PVK A;  4B72 A;  2Q11 A;  1IDA A;  5P8O A;  4QLH A;  5OZ2 A;  5P66 A;  5OYX A;  4AUC A;  6APR E;  2QCI A;  5HDX A;  5P2D A;  1W5X A;  1G0V A;  4ZSQ A;  1HVJ A;  5P2T A;  2OHN A;  1NPV A;  4J1I A;  4J0P A;  1GKT A;  2I4U A;  2RMP A;  5B18 A;  5P5S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EC3 A;  1YM4 A;  5P88 A;  3CYX A;  5HDZ A;  1AVF A;  4X7I A;  4PPH A;  3VSW A;  5HU0 A;  5F01 A;  5P4X A;  2BPX A;  2NXM A;  1D4H A;  4JEC A;  2IKU A;  2FNS A;  4FAF A;  3OU3 A;  2G26 A;  3TPL A;  3MXD A;  4M8Y A;  3IAW A;  5P8T A;  3WB5 A;  5P1E A;  1DPJ A;  3INE A;  3N4L A;  4YBF A;  3L59 A;  5SY3 A;  4QJA A;  1WBK A;  1APT E;  1PSN A;  5P4U A;  5T4S A;  3FNU A;  4RGH A;  2QMF A;  5AH6 A;  2AOI A;  1HSH A;  5OZ8 A;  1B6P A;  4Y50 A;  3NDW A;  5P2Q A;  5P35 A;  5P76 A;  5P0J A;  5P0O A;  5P4V A;  5P7P A;  1LF2 A;  1HIH A;  5ENK A;  1BIM A;  3D1Y A;  3QBF A;  4B1D A;  4Y4X A;  4GJ6 A;  3KA2 A;  5KQZ A;  3O9L A;  3MXE A;  3O9B A;  2IGY A;  4YDF A;  5OZ1 A;  1ODY A;  5P5T A;  1LYW A;  3KMY A;  5OZY A;  5P0W A;  4LXA A;  4M8X A;  3L58 A;  5P7J A;  4BEK A;  5P5M A;  4KE1 A;  5P2S A;  5COK A;  3SA6 A;  3SA9 A;  3T6I A;  1EBW A;  4Y5M A;  2WF3 A;  3D91 A;  2R9B A;  2Z54 A;  5P3W A;  1XE6 A;  4FLG A;  5P1W A;  3ZLQ A;  4OBF A;  5P6O A;  4Y56 A;  1LYA B;  5P5R A;  2OHS A;  1T7I A;  5OZT A;  3VSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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