5J25A

Endothiapepsin in complex with fragment 158
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5j25A01
2G24A 3DUYA 5P43A 5P1ZA 2ZHUA 3SM1A 5P89A 2BQVA 4L7HA 5P40A 2AIDA 4H3GA 3SFCA 3SPKA 3GGXA 1PSNA 3BGCA 4OD9A 4GJAA 3BGBA 3OQDA 5P66A 5P5GA 5P6BA 2HIZA 1MERA 4NPTA 1GVUA 1A30A 3TPRA 3PM4A 5P4TA 4YDFA 4DJUA 1APTE 3NU9A 5P7QA 1EBWA 3HD8A 1M4HA 5P0TA 1QBSA 4AA9A 5SZ9A 2JJIA 5P88A 5P75A 2QNPA 2R43A 2PYMA 4EP2A 5P68A 3UCBA 1AJVA 3EM6A 3VCMA 7HVPA 1A8GA 1LEEA 1NH0A 4Y41A 3S54A 1C6ZA 2J9KA 5P8VA 2O4NA 3PJ6A 4RVXA 4BELA 3VV6A 4Y48A 5I70A 5P6KA 3UQWA 5P2NA 2AOFA 4B1DA 3RVIA 3UDQA 1MUIA 1HVKA 3UFNA 3DK1A 1OEWA 3DCKA 3LZUA 3VUCA 4J0TA 5DR4A 5P1BA 1D4HA 1FMUA 4Y4ZA 3T3CA 4BEKA 5P7EA 3KFRA 3HDKA 5OZSA 5P49A 5P0QA 4DJQA 2VNNA 1IZEA 4YD7A 3D1ZA 5P2WA 3Q70A 3OUDB 3LIQA 5P53A 3EM3A 1LYBB 5P5YA 2O4KA 4QJ8A 4EJLA 6APRE 4IVSA 5P0YA 3TPPA 1HEGE 4DJYA 1ODWA 1YTJA 3TNEA 5KOSA 2RKFA 4A6CA 2NMZA 5OYWA 1D4KA 5P7VA 3BXRA 3PVKA 1EPME 2NNPA 4R93A 5P3AA 3DV1A 3EL1A 4YBIA 5P2IA 4A4QA 3LZSA 5P2YA 1SDUA 1MT7A 3R0YA 3R2FA 5DGWA 1D4JA 5P4OA 4Y4AA 1HVSA 2OAHA 3HLOA 5P4HA 3ZKXA 2PH8A 2ER0E 5P7CA 4Y3PA 1BILA 2JJJA 3TOHA 2ZE1A 4I0GA 5OZPA 5P6VA 3IN4A 2I1AA 2HS1A 1UH7A 5T4SA 5P50A 2AOEA 5DR8A 1G35A 3TOGA 2ZGAA 4RVJA 2R3TA 4MC9A 3ER3E 2Q5KA 1YG9A 3K4VA 5AGZA 3ZPUA 3TH9A 3EKWA 5P4YA 3OU1B 5P3IA 3SA6A 1RQ9A 1VIKA 5P10A 5C9FA 5P4CA 4FRJA 3TTPA 4HZTA 4DQBA 4DQHA 1TW7A 1YM4A 3ZOVA 1QBTA 3SAAA 5ENMA 2JXRA 5OYRA 2UPJA 3QRVA 2V10C 1DP5A 4OBGA 5P86A 1HXWA 4KE1A 5P0BA 5P18A 2XYEA 4KE0A 4R8YA 1WBKA 5P03A 1DMPA 1MSNA 2B8LA 3ZPSA 3CIDA 1CZIE 2NNKA 1FFFC 2VNMA 5UPJA 5ISJA 3G6ZA 2IKOA 5ER2E 5P6XA 5P7YA 3FV3A 1PPKE 3PEPA 3NDXA 4GJ9A 5P6WA 4EP3A 4OD9B 2FXEA 3K5GA 2V0ZC 5P0NA 5B18A 5HDXA 4Y5GA 4K8SA 5KQFA 4FLGA 3HW1A 5P02A 3MWSA 5C9DA 2AZ9A 4D83A 3PSGA 3DV5A 2WJOA 3IA9A 4NJTA 3GI6A 4FSLA 5P6SA 5P6ZA 3ZKQA 5P8JA 3VFAA 1J71A 5P1WA 8HVPA 2BPXA 3NUJA 3APPA 1W6IA 3PHVA 1PPLE 3IXJA 1HRNA 5DR7A 3OHFA 1APUE 2EWYA 1T6GA 1GNMA 4F75A 1ZP8A 5P2OA 3OU4A 1B6MA 5P5VA 1G2KA 2WF0A 2WEDA 4HA5A 1RNEA 4Y4XA 5P7SA 4LHHA 3QRMA 4Y3YA 3NWQA 5P3EA 5P5SA 4Y5MA 3QBHA 3EMYA 2VJ6A 3EL5A 3BVAA 5OYQA 5P8BA 5P4KA 2FNSA 2ER6E 5P2CA 5P1OA 1GKTA 2Q11A 5P55A 5KR1A 1YM2A 5P3QA 2QI7A 4OBJA 5IVTA 4YCTA 1TSQA 3FSMA 3LIZA 2AZCA 4BFDA 3VF3A 2HPFA 1DIFA 3I6OA 1HTGA 5P3TA 3VG1A 2SAMA 1SMEA 2QHCA 4Y47A 2P3DA 3UDNA 4FRKA 1W50A 5P7ZA 1HPVA 4Y5EA 1KJGA 1Q9PA 1ZSFA 4ER1E 5P0CA 1SDTA 2VIYA 5P7GA 5IE1A 2QI5A 1EPLE 5P8MA 3O9LA 4XKXA 2F8GA 1FQ6A 5COPA 4HVPA 5P8GA 2HB4A 3B80A 2J9JA 3EKYA 3QVCA 5C9BA 4GIDA 5P1HA 1HIHA 5P83A 1SH9A 3S2OA 5KOQA 1K2BA 5P61A 1KJ7A 5OZ8A 2PC0A 1EBKC 3S7LA 5OYXA 5P6AA 5HDVA 3VF5A 5P0GA 3R0WA 3QPJA 5P74A 4CKUA 5P0PA 5COOA 5P73A 2VA5A 2AZ8A 3SKFA 4CPUA 3FIVA 3BUFA 5P4PA 2IS0A 5P5FA 3PBDA 5P24A 1MIQA 1XL5A 2BBBA 4Y5LA 3PWRA 4I8ZA 5P1RA 3QI1A 5BWYA 5IS4A 5P3ZA 1ZLFA 5OZIA 5P0EA 1FEJC 4L6BA 3UDJA 3S85A 2AVMA 5OZJA 2NXDA 4RCEA 1EC3A 1PSAA 3NUOA 4RLDA 2OF0A 5P0KA 2G1SA 3LIXA 5P4IA 1IIQA 3URIA 1QS8A 4QJ9A 4Y5PA 4CPSA 2CEJA 5DR3A 1MEUA 3S43B 1KJ4A 1K2CA 3RTMA 3L5CA 2RENA 4Y53A 3CKTA 2R8NA 4B1EA 4L7GA 5DQCA 1GVWA 3I2LA 3RTNA 4K9HA 3PWMA 4Q1WA 2P83A 1SDVA 5P82A 2I0DA 4I0ZA 5OZNA 5P5HA 3AUPA 5P2SA 3K1WA 1VIJA 2G1NA 5IVSA 1SIVA 5P3BA 1EPPE 1EC0A 5P36A 5P4UA 5P0HA 4I0DA 4BFBA 5OYZA 2F3FA 2AVVA 3NDTA 3N3IA 1FF0C 1AVFA 5AHCA 4Y3SA 3H5BA 2HB2A 4DPIA 5OZ5A 5P3XA 4PEPA 3MSLA 5P76A 1ZPKA 5P3SA 1YX9A 2R9BA 3NU4A 3UHLA 5P2RA 1ZJ7A 2R3WA 5P41A 1IDAA 2QD7A 1YTHA 5HDZA 5OZBA 3GI0A 4ER2E 5P87A 3I7EA 1SP5A 5P7FA 4J0VA 5P3PA 5P6NA 3MXEA 4F74A 5DQ2A 2PSGA 3O99A 5P5EA 2ZJNA 4YD4A 3EKXA 2XFKA 4I10A 5P2XA 4Q1XA 2V00A 3FNUA 4ZE6A 3Q5HA 3K4VC 5HE4A 4TRWA 3LINA 4JP9A 3OAGA 5HU1A 1HIIA 5FIVA 4LXAA 5P1XA 5P72A 5P3KA 4FE6A 1AIDA 1D4SA 2G69A 5P56A 5P7TA 5P8QA 5DQ5A 3D20A 1OHRA 4L1AB 1CMSA 1Z8CA 5P0WA 5P8OA 5P59A 3LPJA 2IL2A 5P19A 5P2KA 4YD3A 4J0ZA 3O9BA 1HIVA 3ZKIA 4LXMA 4DQCA 3L38A 3QRSA 1AJXA 5P6UA 4Y3MA 3EL0A 1SGUA 5OYUA 1IBQA 2VIZA 2QU2A 3VFBA 5P4XA 4B77A 4K4QA 2PMAA 2Q54A 3I8WA 5P7KA 3SA8A 2QZLA 5AHBA 2QU3A 2FXDA 3MSJA 2F81A 4Y38A 3L5DA 5P69A 3URLA 5OZOA 1LF4A 1DW6C 4J1IA 3SKGA 4Y45A 1K6PA 2OHTA 4Y36A 3CYXA 1T6EX 4DQGA 5P0MA 1HPOA 2VIEA 4Y5AA 5P4SA 1XDHA 2I0AA 1DPJA 5P5OA 4R92A 5OZFA 3NU6A 3NSHA 2O4SA 5KQZA 3R4BA 5P5NA 4I1CA 1OEXA 2RMPA 5P2BA 1MT9A 4GMIA 4NJVA 1TSUA 3PSUA 4U7VA 3IXKA 3PI5A 4Y35A 2QI6A 3HAUA 4Q1YA 4D85A 4J54A 1B6PA 5OZCA 2I4WA 5OZHA 5P2JA 3KDDA 3CIBA 5P4BA 2ER7E 3F9QA 1E5OE 5P7MA 2CENA 2WF3A 3L58A 4JPEA 5P8NA 3QVIA 3S8IA 5OZVA 4DH6A 3ER5E 3S45A 2I4DA 3KFSA 4I11A 1HTEA 1LV1A 4Y3TA 1IZHA 2V16C 2WHHA 2B7FA 1HSHA 5P7DA 1KZKA 1D4YA 1YT9A 1EAGA 2QMDA 1NPVA 5KQYA 3GI4A 4H3FA 5P4DA 4H1EA 3OUAA 3KN0A 5BS4A 4CMSA 5P2UA 5P0FA 5P3NA 3PMYA 5P85A 5P3WA 3S56A 4FRSA 1U8GA 2QMGA 4FAEA 1LYWA 5EZZA 4FM8A 2G94A 2OHSA 4MC2A 4GJBA 4NPUA 2WF4A 3O9EA 5P6GA 5P8SA 2IGYA 4RRNA 1FQ8A 1XS7D 5P1CA 5EZXA 5P38A 1YTIA 2NXLA 3KMXA 1K6TA 1HHPA 2V13A 3OXCA 4Y4WA 3UDMA 5P37A 2Q63A 3L5EA 5P84A 4ACUA 3NLSA 1QDMA 5OZDA 4R5NA 5OZ7A 1Z1HA 2IKUA 3BUHA 3VV8A 4JECA 5OZZA 5P5RA 5P80A 1FKNA 3TPLA 3WB5A 5P7JA 3VF7A 3KDBA 4Q5MA 4Y4UA 3K5DA 3ZKSA 4L7JA 4K4RA 1F34A 5OZGA 5J25A 5P3OA 4GB2A 2R38A 3JVWA 2P3BA 1SMRA 1MRXA 2AOIA 1LS5A 3GGAA 3SA9A 4XX4A 3N4LA 1HTRB 5P2QA 2OHLA 4Z2ZA 5APRE 4YA8A 4X7IA 4OC6B 3PMUA 2CEMA 1HSIA 1BAIA 5P6LA 3WZ6A 2ZHVA 3ST5A 1TQFA 4J1FA 4FL8A 1A94A 3KDCA 3SABA 1AM5A 1W5YA 5P1EA 3OOZA 5P3MA 2OHQA 1HEFE 2FDDA 1BVGA 5P29A 5P3YA 2B42A 5P4VA 5P27A 1ZSRA 2NXMA 5P1KA 4Y3EA 4JOOA 2PK6A 3CMSA 1FQ5A 4ZEAA 5P5TA 4MC6A 4ZSRA 4M8YA 1PPME 3EKQA 5OZMA 3BHEA 1MT8A 4Y44A 3PCWA 5OZXA 5HCOA 1FG6C 3HVGA 5P09A 2O4LA 5P5AA 4Y54A 1HVIA 4CPWA 5P13A 4OBFA 4GJDA 2HAHA 4OBKA 5F01A 4ER4E 1M43A 2QHYA 2G22A 1IVPA 5OZAA 5P05A 2F80A 3BVBA 5P3FA 2A1EA 5HU0A 5P6EA 1IVQA 2OHUA 1G0VA 1SGZA 4MC1A 5P4MA 2IRZA 2QZKA 1C6XA 2FDEA 3INHA 4B78A 3VLBA 1RPIA 1BDLA 3VSXA 3SO9A 5P8LA 1B5FA 4LAPA 3EBZA 3EXOA 5P4RA 2RSPA 4RCFA 4DJOA 4ACXA 3VLAA 5OZRA 3UDKA 5P17A 3KFNA 5P1VA 3IGBA 5AHAA 4GJ8A 2OHPA 5ENKA 5P8TA 4LL3A 1WBMA 3U71A 4I0JA 5P2VA 3OHHA 3WSJA 2BB9A 3UDPA 1BBSA 1EPQE 5P0LA 5P5PA 1PROA 3EKTA 4GJ6A 5P5DA 3D1XA 5P42A 5P8AA 5P1NA 2V12C 4RCDA 4I12A 5P16A 1QBUA 3KFPA 5KR2A 2ANLA 3UQPA 5P6JA 3IXOA 3G72A 4TRYA 5P8DA 5P6DA 1HPSA 2QD6A 2QI3A 3PLDA 3PB5A 3FNTA 5AH8A 3DCRA 1BDQA 2BPZA 4DQEA 4HDFA 2P3AA 1ODYA 5P4QA 2QK5A 2OHMA 4S1GA 5ER1E 3MXDA 1FMXA 4FRIA 5SY3A 4QGIA 2APRA 5P64A 4OBHA 3L5FA 3UF3A 5OZQA 2BPYA 3O9AA 5P28A 1W6HA 3KT5A 5P7NA 4FS4A 2AOCA 3OUCA 2AOGA 5P57A 4DFGA 3EKVA 1B6KA 4GJCA 1BWAA 4NKKA 2OHNA 5P1TA 4Y5BA 2PH6A 1W5VA 3LIYA 5P7OA 4EXGA 1HVLA 5P52A 4I0IA 3INEA 2XFIA 5P2DA 3QP0A 4ZSQA 1TCXA 2O4PA 4J1KA 2FGUA 5P2ZA 1NSOA 1ER8E 1K6CA 4J5JA 1BIMA 5P7AA 5P3GA 1MVPA 5P1MA 3JVYA 4QJ2A 4Y3ZA 3LZYA 2Z54A 2ASIA 5P1DA 1YTGA 2Q55A 1WKRA 3KMYA 3KYRA 1EPRE 5P51A 3SA4A 2AOHA 4YBFA 3OU3A 1FMBA 4FM6A 2QP8A 3BUGA 3O9FA 1XE6A 4Y43A 3QROA 4LBTA 5P44A 1G6LA 3OQFA 1K1UA 1B11A 5P8KA 3UPJA 5SXNA 5OZ1A 4J55A 5P4GA 5HVPA 2FMBA 1ZAPA 2HM1A 5OZLA 1T3RA 4FGXA 2AQUA 4APRE 3HVPA 5DQ1A 5OYTA 1FQ4A 5P8CA 2VA7A 3OOTA 5HE7A 3PLLA 4Y5CA 5P6MA 1K6VA 5OZ9A 4Y3GA 3QIHA 4Y4DA 3T7QA 4ZPFA 2AVQA 5P5QA 2RKGA 3O9DA 5P4ZA 1W5XA 1DAZC 3EC0A 4PZXA 3T6IA 3OQAA 2WEAA 1BDRA 4Q1NA 4KB9A 4QLHA 4EQ0A 1LYBA 5P32A 5P33A 5P2LA 2NMYA 4Y39A 3LZVA 5P3JA 3OU4B 3UQXA 4PPHA 2QZWA 1BV9A 4UPJA 5JG1A 1BV7A 2NPHA 4KUPA 2ZJKA 3EKPA 2HC0A 2XFJA 5P26A 1UH9A 4J0YA 3AIDA 3M9FA 2QNNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G24 A;  3DUY A;  5P43 A;  5P1Z A;  2ZHU A;  3SM1 A;  5P89 A;  2BQV A;  4L7H A;  5P40 A;  2AID A;  4H3G A;  3SFC A;  3SPK A;  3GGX A;  1PSN A;  3BGC A;  4OD9 A;  4GJA A;  3BGB A;  3OQD A;  5P66 A;  5P5G A;  5P6B A;  2HIZ A;  1MER A;  4NPT A;  1GVU A;  1A30 A;  3TPR A;  3PM4 A;  5P4T A;  4YDF A;  4DJU A;  1APT E;  3NU9 A;  5P7Q A;  1EBW A;  3HD8 A;  1M4H A;  5P0T A;  1QBS A;  4AA9 A;  5SZ9 A;  2JJI A;  5P88 A;  5P75 A;  2QNP A;  2R43 A;  2PYM A;  4EP2 A;  5P68 A;  3UCB A;  1AJV A;  3EM6 A;  3VCM A;  7HVP A;  1A8G A;  1LEE A;  1NH0 A;  4Y41 A;  3S54 A;  1C6Z A;  2J9K A;  5P8V A;  2O4N A;  3PJ6 A;  4RVX A;  4BEL A;  3VV6 A;  4Y48 A;  5I70 A;  5P6K A;  3UQW A;  5P2N A;  2AOF A;  4B1D A;  3RVI A;  3UDQ A;  1MUI A;  1HVK A;  3UFN A;  3DK1 A;  1OEW A;  3DCK A;  3LZU A;  3VUC A;  4J0T A;  5DR4 A;  5P1B A;  1D4H A;  1FMU A;  4Y4Z A;  3T3C A;  4BEK A;  5P7E A;  3KFR A;  3HDK A;  5OZS A;  5P49 A;  5P0Q A;  4DJQ A;  2VNN A;  1IZE A;  4YD7 A;  3D1Z A;  5P2W A;  3Q70 A;  3OUD B;  3LIQ A;  5P53 A;  3EM3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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