5P2UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 147
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2uA01
3OQAA 1OEXA 3KFRA 1MPPA 1IVPA 4Y58A 4APEA 1SP5A 1G6LA 3O9CA 5P7KA 5P22A 5HE5A 1HVCA 3JVYA 4Y4JA 3K4VA 4XX4A 1TQFA 4OBZA 6UPJA 5P4FA 2P3BA 5P30A 1ZPKA 3OUAA 1APWE 2Z54A 6APRE 3FX5A 5P8CA 1B6MA 2FNSA 5P4IA 2V10C 1HPVA 4LXMA 2P83A 5P3QA 4QJ2A 4YOAA 2QHZA 5P5JA 5P1QA 3TH9A 5P2RA 3U71A 4BEKA 5BS4A 1QBUA 1IDBA 2G26A 4L6BA 1HVSA 4K4PA 2V00A 1MTRA 1BV7A 5P5WA 4Y3PA 5P5NA 5P1FA 4NJTA 3TPLA 3UDMA 5P1AA 3OU1A 3UCBA 5P66A 2Q63A 4I10A 2R5PA 3EMYA 1LYWB 3GW5A 2NNKA 3WZ7A 1QRPE 5P3WA 4RVXA 5P0IA 1A8GA 3O9HA 1Z8CA 4Y5KA 5P63A 2VKMA 1GVUA 4IVTA 5P2YA 4B72A 3R1GB 5P1YA 3CKRA 1ZTZA 2FGUA 1LZQA 2G20A 5P6TA 4Y5BA 4OC6B 5P34A 2WF3A 4KE0A 4Y4GA 4DJYA 4EJLA 3B7VA 5P6CA 2XFKA 2HPEA 4EYRA 5P8KA 4FS4A 5P4YA 4Y53A 2ZJJA 3SQFA 3OXCA 3MWSA 2BPVA 3L5FA 5JFPA 2Q64A 4AZYA 3BVBA 1B6PA 4RRNA 2F80A 4X2LA 1DPJA 4H3FA 5P5SA 3DOXA 5P2GA 3LNKA 5ER1E 2J9JB 5KR8A 3SM2A 9HVPA 4HZTA 1PSNA 4YOBA 5P68A 5OYUA 5P16A 3K5CA 3ZKMA 3SO9A 4Y3LA 1E81E 1LYAB 1T3RA 5P1ZA 2B8VA 4FIVA 4AMTA 3OUDA 3BXRA 3NSHA 2G69A 3LIXA 4NJVA 5EZXA 5DR1A 2QI7A 2XYEA 4DJQA 5P84A 3TTPA 3VLBA 5P3SA 1A9MA 5OZ0A 3IVIA 3O9DA 5P12A 1HWRA 1YM4A 4GJ9A 4I0GA 5P0ZA 4OD9A 1XL2A 5HDZA 5P7FA 2XFIA 1GVTA 1ER8E 3UDQA 3A2OA 2QD7A 2QZWA 5P0WA 5P5FA 5P7BA 3VF3A 5P8RA 2QI5A 3L38A 3OY4A 5P7YA 1LF3A 4I8ZA 3BUGA 1MT8A 3INDA 4Y5PA 5P17A 5P0SA 3RTMA 5KOQA 1EBYA 2PYNA 3BXSA 3PHVA 5JODA 2I4QA 1KJHA 1FQ8A 3KT2A 2PQZA 2O4PA 2O4SA 1SGUA 1JLDA 1T6GA 4RCDA 4DQHA 1FQXA 2WL0A 5P3CA 3LINA 5OZ7A 5DR7A 1GKTA 2OHUA 2NNPA 4OBFA 1D4KA 2BKSA 3QN8A 4I0FA 4BELA 2HS1A 5P7QA 3G6ZA 5OZJA 2WECA 5P5AA 1FQ7A 3UDKA 1QBRA 3HAWA 3UHLA 3PWMA 5P7RA 4FSEA 5P3NA 5IVQA 4RVJA 3IXKA 4L7HA 4QJ8A 3OK9A 3SKFA 3H5BA 3S7LA 1K2CA 5P23A 3LHGA 3GGXA 2ZJIA 3MXDA 5P7HA 1LYWA 3TOHA 5P14A 3RSXA 3ZOVA 4OBHA 3TOFA 4Q5MA 5KOSA 1G35A 4QJ9A 4JP9A 3QBFA 4ZSQA 1AJXA 3VSXA 1META 5HD0A 1YG9A 5OYXA 5P4OA 5P4MA 4D88A 2ER6E 1EPLE 2Q3KA 3NDWA 5P5LA 3QVCA 5P1VA 1SBGA 4OC6A 3PLLA 1ZJ7A 2B8LA 1AJVA 4EQ0A 3UDYA 3EKWA 4EJ8A 1FMUA 3S54A 1MTBA 5P49A 1IIQA 5P5HA 4TRYA 5P8OA 1D4JA 5P4QA 4DJPA 3EL1A 4RZ1A 5P54A 4YBFA 3I8WA 5P8SA 1DW6C 3LPIA 5P6GA 4EHCA 2R9BA 4GJ5A 5P6ZA 2H6TA 4EP3A 5P7NA 2J9JA 8HVPA 3OXVA 3UDJA 5C9DA 3O9BA 4GJDA 1IZDA 4B77A 4Y3FA 5P7SA 5OZ2A 4B05A 3L59A 3O9AA 1HPSA 4Y5EA 5P7VA 4Y5LA 1MEUA 1LYAA 4DVFA 4D89A 5P7DA 5P1PA 5P41A 5COPA 3R0YA 2P3CA 5OYQA 5P6EA 5IS4A 4Y3MA 5P8UA 1LYBB 4EXHA 5P1DA 4HDFA 5P75A 4F74A 5P87A 5P20A 5P1XA 1SDTA 3EL4A 3RSVA 5P04A 4J1IA 4YD7A 5PEPA 3QAAA 4ZLSA 4E43A 3NLSA 4J0YA 5P28A 5KQXA 3LIVA 3I25A 4GB2A 4DH6A 1FFIC 5OZ1A 4R95A 5P3LA 4M8XA 3UDNA 4QJ6A 1SIVA 5P3FA 3HDKA 5P3OA 5OZ8A 2MIPA 1NSOA 4A4QA 5P3BA 5DR4A 5AH8A 2NMZA 4R91A 3INFA 3KDBA 5P5ZA 3KFSA 4H3JA 1LEEA 2QD6A 1SDVA 1YM2A 3SA7A 1ZBGA 5P1OA 5P46A 5P7PA 1VIKA 1WKRA 1PSAA 5OZIA 5P89A 1XE6A 4Y44A 5DPZA 1W5YA 2WEZA 1BXOA 3CIBA 5P2CA 2QI4A 1NPVA 3UQWA 5P76A 5P83A 2JXRA 5P6AA 4Y4XA 3PSGA 3GI5A 3LIZA 4FL8A 1HXBA 2ZJHA 3SKGA 3T7XA 5I70A 2OHSA 1CPIA 5P25A 1ODXA 4XX3A 5OZWA 2HM1A 5P1TA 5P65A 5P5EA 1ODWA 5P03A 3KDCA 2IENA 4DPFA 5P5YA 2NMYA 2WHHA 3DV1A 5P27A 2AOGA 4RLDA 2P8HA 5P24A 3O9LA 4Y4EA 3GGVA 4I0HA 5ISJA 4GIDA 2R3WA 5P81A 5P2KA 2PMAA 1FGCC 2B7ZA 1K1TA 4EXGA 3EC0A 2NXMA 5P1JA 4B78A 4J1FA 5DQ2A 1EPQE 3SM1A 4BFBA 5APRE 3EBZA 3VLAA 3S56A 5P35A 5P6XA 3CMSA 3LZVA 4QJ7A 4FE6A 5P3HA 5J25A 3APPA 5F00A 5OYYA 5OZDA 1EBZA 1MERA 1QDMA 2OHQA 1F7AA 5P1CA 5P05A 7UPJA 5P50A 1XDHA 5P61A 4AA9A 5P5CA 5P2ZA 1HOSA 3HW1A 1GVXA 1UH7A 4J0PA 2H6SA 3VV7A 5P3TA 2Q11A 1N49A 4B00A 2R3TA 2I0DA 5P3KA 3ZLQA 5P2LA 4Y3RA 5BWYA 3NUOA 5OZHA 4CPSA 2FLEA 3LIYA 2CEMA 5P6UA 3PBZA 5P2BA 3EL0A 1AIDA 3KYRA 2Q15A 5HVPA 3S7MA 2ZGAA 5P1MA 3IXOA 1ZPAA 1YTGA 2BPXA 1A8KA 5P2MA 2QI6A 4FRIA 5P7CA 5P74A 3QPJA 1YTIA 1BDLA 1LYBA 3OADB 3PGIA 3NU4A 4FAFA 2IS0A 5HCTA 4J1CA 3NR6A 3VV6A 4PHVA 3K4VC 3UDHA 4ZPEA 5P0RA 3NUJA 1GNMA 4EQJA 3OGQA 3FV3A 4Y5CA 2FDEA 3OTSA 1FF0C 4Y3QA 5OZSA 1G0VA 3OHFA 2I4UA 2ANLA 4DUSA 4RVIA 2ZDZA 5I3WA 3ER3E 2VNNA 1EPME 1T6EX 2ZHTA 3CKPA 5P1KA 5P0CA 4LXKA 4CPTA 1APTE 2RSPA 1HEGE 4ZPGA 4Q1NA 5CONA 2NXLA 2ER9E 4MC9A 3PM4A 5P32A 1MT7A 1QS8A 4U8WA 4WTUA 1DAZC 2ER0E 2F3KA 3QVIA 2F81A 2FDPA 2NR6A 3D20A 5P3IA 1D4YA 4DI2A 3L5EA 2B42A 5OYSA 2WF4A 5P09A 2QU3A 4Y51A 4ER1E 5P1HA 1PPKE 1EC3A 1HVJA 4PZXA 4R92A 3O9EA 2FDDA 1W51A 2IEOA 5P0KA 5P2HA 3QROA 1MSNA 5P0PA 4FCOA 4ER4E 3GI0A 2Z4OA 5HE7A 2QK5A 1UH9A 1W6IA 2R8NA 3OWNA 4LP9A 2IGYA 5P4BA 3OXXA 3L58A 1U8GA 4CMSA 5OZAA 5KR2A 1B5FB 1RL8A 3VUCA 4YDGA 1HVIA 5P2FA 4I0EA 3T6IA 3SACA 5P8JA 4FSLA 3MSJA 3FNSA 3PCZA 2JJIA 2P4JA 2A4FA 3KFNA 1HVLA 3FKTA 1LS5A 5KAOA 4JPEA 2Q5KA 4I11A 3CKTA 4YD4A 4J0ZA 2IQGA 5P3RA 1KJ7A 5P8LA 1ME6A 3RU1A 2PWRA 3NU9A 3OU4B 5OYZA 3PB5A 4CPQA 1XN3A 2I4XA 3O9GA 2ZHSA 5OZNA 4Y4UA 5P5KA 5P5TA 3EL5A 4COEA 2QI3A 2QD8A 1EBWA 3ZKNA 3F9QA 3EM6A 3OQKA 5ENMA 5P55A 4MC6A 2HC0A 2FIVA 1HIVA 1E5OE 5OZVA 5P6YA 5P0EA 2QMDA 3HZCA 3OAGB 5P44A 3KDDA 1FMXA 3D1YA 3OADA 5P0VA 1MRWA 5P4JA 1AZ5A 3H0BA 4H3IA 2AVMA 2QP8A 4Y38A 5P4VA 2J9KA 3EL9A 5P5RA 4K9HA 1FMBA 5OZ6A 2OAHA 5P8FA 1BWAA 5OZUA 2V0ZC 2PH8A 3QRVA 3ER5E 2F3EA 4FRJA 2G1OA 1BWBA 5AHCA 4Y47A 5P6RA 2RKFA 3T7QA 3VFBA 2QMPA 3SLZA 4Y50A 1TSQA 5KR0A 5P39A 5P33A 3Q70A 3OTYA 1HIHA 4LC7A 2NTRA 1AM5A 2RMPA 1RV7A 2G1RA 3ECGA 5P3EA 5SY3A 3OXWA 3O99A 3FNTA 4Q1XA 1W5WA 2VIEA 5P8AA 1ZSRA 5AHBA 3ZKXA 1ZLFA 3CICA 1FLHA 5P8HA 1FG6C 4GJ7A 1SMRA 2AZCA 2AODA 1PROA 3M9FA 5P07A 5P3XA 2AOCA 5P4HA 3O9FA 5P36A 5I3XA 3Q4BA 4HDBA 1D4IA 4Y3JA 3IVHA 3PMUA 2OF0A 3PI0A 4Y3XA 2UXZA 5P26A 3VFAA 5C9FA 4EJKA 1APVE 2QI1A 4HEGA 4I0JA 4HE9A 4IVSA 5P4NA 1B5FA 1MT9A 4RYCA 1RQ9A 4DQGA 2AOIA 3KM4A 5P1WA 1TSUA 5P1NA 3Q5HA 2AZ9A 3MXEA 5HDXA 5P7ZA 5ER2E 5P62A 1B6KA 4Q1YA 5P58A 1HPXA 4Y45A 4BFDA 2PH6A 5P0FA 4DV9A 4DJWA 3I7EA 4ZPFA 4I8WA 3IAWA 4GJ8A 2FGVA 5P6IA 3NDUA 3OU4A 5P38A 5IVTA 2HPFA 3UDPA 4FAEA 2RKGA 4YDFA 5P5GA 2G1NA 3GI4A 1KZKA 3UQRA 4NJSA 4UPJA 2O40A 5P2VA 5P6FA 2HIZA 1KJGA 1AAQA 2JJJA 5OZLA 3S53A 5DR3A 1ODYA 5AHAA 5AH9A 5HCOA 1M4HA 5P37A 2OHTA 4S1GA 4WY6A 5P3PA 5P5OA 3URLA 2IRZA 1EPPE 5P71A 5P2SA 4Y4AA 5P13A 4RROA 3OAGA 4PYVA 2G27A 2BPWA 5P57A 5P67A 5P64A 4JOOA 3KMYA 4L7JA 3PEPA 2CENA 2PWCA 5P2WA 4TVHA 5P5DA 3K5DA 3OQFA 4FRSA 5P1RA 5P7UA 1LF4A 1HVHA 5P4DA 1IZIA 5P4RA 2QHYA 1DIFA 5KR1A 1K6PA 3OOTA 3OQ7A 4QJAA 5HU0A 3PWWA 4ACUA 3UF3A 2HB2A 2PK5A 5P3JA 1SH9A 5P6MA 3LITA 3IXJA 5CLMA 4J54A 4A6BA 3IGBA 1HHPA 3D1ZA 1FQ4A 2ZYEA 3QP0A 4NKKA 4B1EA 1OD1A 1E80E 3ZPSA 1UPJA 3CYXA 1Q9PA 3SA6A 4B0QA 3VYEA 3PCWA 5P6DA 4Y9WA 4Y4BA 4Y3NA 1TZSA 5P60A 2AVQA 2HB3A 1W50A 2AVOA 2G1YA 4I0DA 5P0TA 5P0YA 1EPNE 5OZ4A 4NJUA 2NPHA 1MRXA 3SFCA 5P3ZA 3TKWA 4NPUA 3D3TA 5SXNA 3S85A 5OZBA 2FNTA 4Y56A 3SPKA 1HVRA 2O4LA 1HSHA 4DJRA 1HIIA 2PC0A 5TOLA 2P3BB 3TLHA 2FXDA 5KQFA 1DP5A 1TCXA 2O4NA 5OZQA 4J55A 2R43A 2UPJA 3VYFA 5P11A 5P0UA 3EKQA 3OHHA 5HE4A 3TPRA 3KT5A 3WZ8A 3ZKQA 2QZLA 3IN3A 4ZSRA 1MVPA 2ZJKA 3LIQA 5P4KA 2AOFA 3HVPA 5DQ5A 5P79A 3HD8A 5P2DA 5P45A 4RCFA 2B60A 1BVEA 1XE5A 5P56A 3UTLA 2AVVA 4I0IA 2R5QA 3OU1B 1GNOA 2F8GA 3EKTA 4Y3EA 1SMEA 5P4CA 2BKTA 2F3FA 4HA5A 4HVPA 1GVWA 5OZ3A 1T7IA 5P47A 4YA8A 1C6XA 2JYSA 3OOZA 1NPAA 3ST5A 4PEPA 2OHLA 5P0BA 1Z1RA 3C9XA 4KB9A 5P2EA 5P1LA 5OYRA 3SA4A 5P5UA 1GVVA 4RRSA 3URIA 3UDRA 3JVWA 1Z1HA 1QBSA 2VIYA 2QU2A 1EAGA 1HTFA 3MSLA 1EPOE 1B11A 3PMYA 1XN2A 1K1UA 2PSVA 1W5XA 3EM3A 3B80A 3UQPA 5P0MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQA A;  1OEX A;  3KFR A;  1MPP A;  1IVP A;  4Y58 A;  4APE A;  1SP5 A;  1G6L A;  3O9C A;  5P7K A;  5P22 A;  5HE5 A;  1HVC A;  3JVY A;  4Y4J A;  3K4V A;  4XX4 A;  1TQF A;  4OBZ A;  6UPJ A;  5P4F A;  2P3B A;  5P30 A;  1ZPK A;  3OUA A;  1APW E;  2Z54 A;  6APR E;  3FX5 A;  5P8C A;  1B6M A;  2FNS A;  5P4I A;  2V10 C;  1HPV A;  4LXM A;  2P83 A;  5P3Q A;  4QJ2 A;  4YOA A;  2QHZ A;  5P5J A;  5P1Q A;  3TH9 A;  5P2R A;  3U71 A;  4BEK A;  5BS4 A;  1QBU A;  1IDB A;  2G26 A;  4L6B A;  1HVS A;  4K4P A;  2V00 A;  1MTR A;  1BV7 A;  5P5W A;  4Y3P A;  5P5N A;  5P1F A;  4NJT A;  3TPL A;  3UDM A;  5P1A A;  3OU1 A;  3UCB A;  5P66 A;  2Q63 A;  4I10 A;  2R5P A;  3EMY A;  1LYW B;  3GW5 A;  2NNK A;  3WZ7 A;  1QRP E;  5P3W A;  4RVX A;  5P0I A;  1A8G A;  3O9H A;  1Z8C A;  4Y5K A;  5P63 A;  2VKM A;  1GVU A;  4IVT A;  5P2Y A;  4B72 A;  3R1G B;  5P1Y A;  3CKR A;  1ZTZ A;  2FGU A;  1LZQ A;  2G20 A;  5P6T A;  4Y5B A;  4OC6 B;  5P34 A;  2WF3 A;  4KE0 A;  4Y4G A;  4DJY A;  4EJL A;  3B7V A;  5P6C A;  2XFK A;  2HPE A;  4EYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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