1IVQA

The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
publication title The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ivqA00
4Y3GA 3VV7A 3OUDA 5P2WA 3IXKA 3NSHA 1MPPA 2AOHA 4J0ZA 5HDZA 5P2SA 3EKTA 5P1EA 1QS8A 1TQFA 2NXMA 4QJ6A 4Y5CA 2WF1A 2WEBA 5B18A 5P7KA 3ZOVA 1A30A 3H0BA 3RSVA 1MRXA 4ZLSA 5P65A 3FSMA 4OBZA 5P4FA 4FL8A 1PPLE 5JODA 5BRYA 1K1TA 3URLA 1A94A 5P2AA 5P2KA 5P6KA 1LZQA 5DR1A 2ZHSA 3R4BA 2HPFA 2RKFA 3UQWA 3L59A 3NWQA 3K5FA 5OYSA 5SY3A 4B77A 4TRWA 4YHQA 4Y53A 5P2UA 5P0WA 2IENA 5HE4A 5P51A 2PH6A 1HPOA 4J1IA 4L7GA 4UPJA 4Y4AA 4Z22A 5P0QA 3VLAA 3OXCA 5HCOA 5P2YA 5P77A 3INHA 5P7YA 2OHMA 3S43A 3EL0A 1FFFC 4DH6A 4Y5BA 5P89A 4J1CA 5KR2A 5EZZA 5P3KA 4AUCA 4Q1XA 5P0HA 4ZPFA 3NUOA 5DR0A 3TOGA 2OHNA 2ZJIA 5P23A 3GI6A 3O9FA 2EWYA 4GJDA 5P5RA 5P8NA 4RCEA 4OD9B 2IGXA 2B8LA 2O4PA 5P0YA 3GGXA 1GNNA 1UPJA 3UDPA 1GVTA 5P8SA 1T6EX 5P3IA 4J5JA 3RTMA 4Y38A 5P7GA 1Z1RA 5IVTA 3URIA 5P75A 1BIMA 1T6GA 4HDFA 3UDKA 3K1WA 5OZ6A 4CPXA 4EP2A 4Y4XA 4RCFA 5P2ZA 3UDNA 4B1EA 5P7CA 3Q3TA 4GJAA 1HVRA 5AH9A 3QIHA 3LPKA 5P84A 5P7PA 2IGYA 4KE0A 5P3SA 1D4HA 1APVE 4L7JA 1BXOA 1HTRB 5P5SA 3OU1B 3QRVA 3PBDA 1APTE 5ER1E 3SQFA 4TRZA 1KJFA 1SIPA 1MERA 4Y35A 2Q54A 4YBFA 5P41A 1B11A 3BUFA 3T7QA 5P52A 2FXDA 5P2QA 5P4CA 2BBBA 2I0DA 4OBDA 3IN4A 3OUDB 5P0SA 5P13A 1QBRA 2QU3A 5P44A 1K1UA 1QBTA 2G69A 3S7LA 5P0EA 3LZVA 5EZXA 2P3DA 5HCTA 5ISJA 5P0AA 5P16A 5OZTA 3OAGA 5P7UA 5P2CA 4I0FA 2J9KA 4QJAA 1FG8C 3ZKXA 1ZSFA 3SA9A 5P7TA 4EP3A 4R91A 3EKPA 3D1YA 2ZHTA 1RNEA 2QNPA 2H6TA 2ZE1A 3EL4A 1AVFA 2QCIA 4YD6A 2QMPA 2V12C 2QI0A 1FMUA 2BPXA 1TSQA 1E5OE 5P0NA 2HS1A 5P0XA 5P33A 3Q5HA 4B0QA 1D4YA 2B7ZA 5P46A 2ER7E 1HVSA 5FIVA 5DQ2A 4D8CA 2FNTA 5OZBA 4Y47A 2IQGA 5OZYA 4DJOA 5P31A 1XL5A 4M8XA 3JVWA 1EPRE 5P4WA 3S43B 1B6PA 2AZCA 2I4DA 4Y58A 4NJUA 5P34A 5OZIA 2WEAA 3VFAA 5P6ZA 1EBYA 4RYCA 3OQ7A 3I7EA 5P8QA 4Y5PA 3U7SA 1MTBA 5P5AA 1AJVA 3HVPA 4I0IA 5P14A 2ZHRA 2ZHVA 4DJVA 5OZ2A 3VYDA 5P6HA 5BS4A 2QD7A 5P1XA 5P8RA 5P4SA 2XFKA 3MSKA 3QVCA 5P7ZA 2WECA 5P73A 5P06A 5P8BA 3UF3A 2P4JA 3TL9A 5OZXA 1HSIA 5P8UA 1XN2A 2AVMA 3APPA 5PEPA 4YDGA 2O4KA 2QK5A 5P76A 3PB5A 4FRKA 5P1HA 1HHPA 3O9GA 3K4VC 3QBHA 1AZ5A 2QU2A 5P67A 5I3XA 4R5NA 4EXHA 4XXSA 5P45A 1YTGA 1SMRA 4NJSA 5P38A 4RVXA 1RV7A 1TSUA 4ER1E 1SBGA 4Y3QA 3LPIA 4S1GA 1G6LA 5OZEA 5P6NA 5P1YA 2I4XA 4Y3ZA 3DCKA 3HD8A 5P1FA 4IVSA 2G21A 3NYGA 4ZPEA 2BKSA 5HE7A 3CKRA 3KYRA 3O9CA 4DJXA 5P7NA 1HSGA 4PEPA 3VF7A 1HTEA 3EBZA 3HLOA 2FMBA 5P5EA 4J0TA 5OZ9A 4HEGA 4APEA 1MIQA 1APUE 1K2BA 1EEDP 2V10C 1XN3A 2O4SA 5P71A 4DQEA 1HXWA 1ZSRA 2QI3A 3OAGB 2UPJA 3OHHA 3BGCA 2NPHA 2WF3A 4EQ0A 4Y3LA 5P62A 1KJ4A 5DQCA 5OZDA 5P88A 4K4RA 2HAHA 2JJJA 3KMYA 5OZ5A 3ZKSA 5P69A 4AA9A 4B00A 5P5BA 5OYYA 4EYRA 5P2DA 3EL1A 3S85A 5P25A 1UH9A 4Y5KA 5DQ4A 3VFBA 5P2TA 5P7IA 5OYVA 2Z54A 1ODYA 1TCWA 4Y4ZA 4EPJA 1ZPAA 3KN0A 2FNSA 3SM2A 2CEJA 5P39A 2AZ8A 5P78A 2NMZA 4NPUA 3CICA 1NPAA 5P6EA 2VIYA 4Y4UA 4AMTA 5T4SA 4GJ8A 3LZUA 5P7AA 4J1EA 3K5DA 1XL2A 3LINA 2PH8A 3TKWA 5JFUA 1BBSA 2FDEA 1IZEA 4Z4XA 3OUCA 3L5FA 5P6OA 4ZSQA 2VA6A 1EC2A 5P3TA 4Y4GA 5P6TA 1ZTZA 1D4SA 4PYVA 1FMBA 1EPPE 5P5VA 2AVSA 5E5KA 2AVVA 4RYGA 1GKTA 3APRE 3UDYA 1A8KA 5OZ1A 4Y5MA 1BDRA 4GYEA 2QHCA 4FE6A 4GIDA 5P22A 3ZKMA 5AH7A 5P3ZA 5P4AA 3OXXA 5P87A 3MXEA 1LV1A 3VG1A 4X7IA 5AH8A 3SAAA 2P3BB 3AUPA 4N00A 3UQPA 3BVAA 4DPFA 3IVHA 4FM7A 4RROA 2FDDA 5KQFA 3KFNA 4CKUA 5OYWA 5P66A 4FRIA 1PSAA 1K6TA 5P0BA 4ZIPA 3G70A 4LC7A 3GGAA 5P5CA 1EAGA 4Y44A 4HA5A 3PHVA 5P0FA 4OC6A 1BDQA 2P8HA 3RU1A 1YTJA 5HDUA 3EL5A 4CMSA 1T7JA 3PI0A 1AM5A 3VV8A 3M9FA 5P70A 1BILA 2JYSA 4Y9WA 2B60A 3B7VA 5P63A 3OXVA 4EQJA 2OHLA 1JLDA 3NXEA 2B7FA 2FLEA 1W6HA 3OU3A 1B6MA 1EC3A 2HS2A 1VIJA 1T7IA 5AH6A 3GGVA 5P8OA 3K4VA 5P1AA 3T3CA 3QRSA 4JOOA 1SP5A 5P49A 3UDMA 4QJ8A 1MT7A 1CPIA 3LHGA 1SH9A 4YE3A 5P7QA 1MVPA 1FFIC 4QJ2A 4Y3WA 3WZ6A 4RVIA 4QJ9A 2R5PA 5KR8A 5P1NA 3ZKQA 5OZCA 2ZJLA 1HWRA 4Y45A 4LXAA 2ER6E 2RSPA 3QPJA 5P2FA 3NDTA 3VV6A 2PWCA 4Y50A 5P32A 4Y43A 1OEXA 4WTUA 3O9DA 5P4HA 3S53A 4GJBA 1C6XA 5P5IA 3INEA 4Y4BA 1E80E 3BHEA 1HPVA 4A4QA 3NU4A 4FRJA 4JPEA 2RKGA 5COKA 1BDLA 1ZBGA 3C9XA 3SKGA 2G26A 1FG6C 5KAOA 4XX4A 1YTIA 3L58A 4H1EA 4ZSRA 2HPEA 5OZ8A 5P6XA 3UPJA 4B78A 3QVIA 5DQ1A 1GVUA 4D89A 3T11A 2ANLA 1ODXA 2OHQA 4Y3JA 3FNUA 2QMFA 4YD3A 3CKTA 1IBQA 3GGUA 2JJIA 4AA8A 5P61A 5P6CA 2HM1A 1NPWA 1Q9PA 2HB3A 3RTHA 2PSUA 1HVHA 1EC0A 2I4QA 5P00A 3OHFA 4Y3AA 3IN3A 5HE5A 4DV9A 5AHAA 4Q1YA 3FX5A 3A2OA 2QMGA 4FLGA 3LZYA 4I0HA 3TLHA 2O4LA 5P3MA 4PZWA 1EBZA 4Y3TA 1OD1A 2QZWA 2WF4A 3S54A 1HTFA 2OHUA 5P7BA 1CZIE 1K6CA 4YOAA 5HU1A 5COPA 1ENTE 1GNMA 5P11A 5P1SA 5P57A 2XFIA 4APRE 3ZMGA 1EC1A 1AAQA 1EBKC 1T3RA 4Y3MA 5DR3A 2O4NA 4Y4WA 5P4UA 4LXKA 4OC6B 2AIDA 3NU5A 4RVJA 1FEJC 5P3RA 5ENKA 4H3FA 4EXGA 4Q5MA 5P60A 2ZHUA 3VSXA 4Y48A 2ZJKA 1Z1HA 2AOJA 1F7AA 4J0YA 1SDUA 2QAKA 4K8SA 3L5DA 5P8GA 3T6IA 1RPIA 4K4QA 5P10A 4Y5AA 5P4NA 3OK9A 3OADA 3OQDA 3TPLA 2PMAA 1PPME 2VNMA 5OYZA 1XDHA 5P1QA 5P3UA 3WZ8A 3I8WA 4DFGA 2G24A 5P0OA 1DPJA 4H3GA 4DI2A 3SKFA 2G1RA 5P35A 1IIQA 5P1DA 3CYWA 5OYQA 4B70A 4BEKA 4Y57A 4F76A 3GI5A 5P2IA 5HDXA 2O40A 3VSWA 5P8HA 1LYAA 2AVOA 2V0ZC 3UFNA 2BJUA 6UPJA 3O99A 4EJDA 4YD7A 1OEWA 5P0ZA 2XFJA 1XS7D 5P01A 5P81A 2VIZA 3PM4A 5P72A 2ZJHA 5P5WA 5DGWA 5P5QA 2BPWA 5P3YA 4DQHA 3PRSA 5P3LA 5E5JA 1LYWA 5P5DA 1WBKA 4L6BA 5P7RA 4LL3A 3IA9A 4K9HA 4RCDA 3QAAA 1PROA 4Y6MA 3IVIA 3BGBA 3ZLQA 4Y4JA 5P6JA 5JG1A 2VIEA 5P8LA 2ER0E 3R1GB 2ZGAA 5CONA 1DIFA 4H3IA 4I11A 1HTGA 4OBGA 5OYTA 5P3WA 1YT9A 3WB4A 3ER3E 5P8EA 2G1OA 3SACA 2PWRA 1IZHA 1TCXA 5J25A 2FS4A 5P1TA 2ZYEA 5P20A 3OWNA 2NNPA 3ZKNA 3FNSA 5P6LA 5P4BA 1BV7A 5IS4A 2A1EA 3NDUA 4Y3HA 5P40A 1IVPA 4J54A 5P0GA 5P80A 5P6FA 2ER9E 2QD6A 3SA6A 2VA7A 4E43A 2V13A 1LF3A 1EBWA 4ZSMA 3INDA 4WY6A 4Y4DA 5P53A 4DJRA 2WF0A 3D3TA 5P24A 4YDFA 1MT8A 2F80A 3NU3A 5OYRA 4RGHA 5P26A 5P8CA 3UQRA 4DQBA 4I10A 1HXBA 5OZWA 3I2LA 3EM3A 5OZOA 2Q3KA 3VUCA 5OZUA 4I1CA 3SA8A 5HDVA 5OZ0A 4J1KA 2I0AA 3QBFA 4KUPA 3NR6A 2J9JA 1EPLE 5P7JA 3LIVA 5P2HA 3PEPA 1UH7A 3MWSA 3CIBA 4YCKA 3N3IA 5P4KA 5P7OA 4EJLA 2P3BA 5P09A 3DOXA 4I0ZA 3OADB 5P5PA 3OOTA 3OTYA 5KQZA 1BXQA 4EJKA 5P2XA 2Q11A 1FKNA 2P3AA 2I4VA 1IDBA 2JE4A 5P30A 3MSJA 3TNEA 2VJ9A 1SMEA 5P8IA 5HTZA 4GJ7A 1AIDA 4HE9A 5P4EA 3D91A 3TPRA 3OOZA 5P08A 2G22A 2R5QA 5P4DA 3UHLA 3CYXA 1LYAB 2HB4A 3QN8A 1C6YA 3VLBA 3KMXA 5P1VA 1ZJ7A 1T7KA 4D88A 1IVQA 3S2OA 3EXOA 1FQ8A 1Z8CA 2RENA 1BV9A 1YX9A 1A8GA 3JVYA 5DPZA 5P3PA 2QHYA 5P48A 5P68A 1DW6C 3NDWA 5IVQA 4OBHA 5OZLA 5P7SA 4BELA 1LYWB 3NU9A 2QZLA 5P7WA 4GJ5A 4ER4E 4U8WA 2OHKA 1TZSA 8HVPA 5OYUA 2VS2A 2QZKA 3OQAA 1G0VA 1QRPE 5P7XA 3HZCA 5P6RA 1HVKA 3S8IA 5DQ5A 3R0WA 5P0DA 2BQVA 1MT9A 3IGBA 4ER2E 5P42A 5P5JA 4CPQA 5P2GA 3VF3A 4F75A 4U7VA 3KDCA 1QDMA 3O9BA 2CEMA 1W5VA 1C70A 4RLDA 4GJ9A 5TOLA 1HPXA 2NXLA 3PCZA 2AOGA 2SAMA 5P8JA 1EPNE 1BWBA 2QNNA 4F74A 4M8YA 1BWAA 2NNKA 3G6ZA 3UQXA 1SGZA 4QJ7A 3L38A 4OBKA 2OAHA 2F3KA 1ODWA 2OF0A 2FGVA 3IAWA 3KM4A 4I8WA 5P15A 3K5GA 3SA5A 3R2FA 4LP9A 5P3FA 2G94A 4Y4TA 1LS5A 3UQUA 3FV3A 5P6WA 1LYBB 2WEZA 3UFLA 7HVPA 4JP9A 5P4GA 1E81E 5P03A 5OZPA 3OU4A 1FLHA 3I25A 1W5XA 5OZJA 3BUGA 5P85A 3PGIA 2UY0A 5P6QA 1EPME 2ZDZA 3Q4BA 2J9JB 4L1AA 4I0EA 3KT2A 5P5YA 5P1UA 2HIZA 3SPKA 4D85A 1HPSA 1NSOA 2VJ7A 2MIPA 2WKZA 1SIVA 5P0RA 4RRNA 4JPCA 5P0IA 2P83A 4FIVA 4NJTA 1FQ4A 5P18A 5P1JA 3MSLA 3EKQA 2FIVA 5P1ZA 5P2MA 4Y54A 5P2EA 1EPOE 5P3CA 3UDJA 2PYNA 1J71A 3LIZA 3DV1A 5P2JA 5P4PA 3PVKA 5SY2A 2BB9A 5P8DA 4DJQA 4B1DA 3K5CA 5P8TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3G A;  3VV7 A;  3OUD A;  5P2W A;  3IXK A;  3NSH A;  1MPP A;  2AOH A;  4J0Z A;  5HDZ A;  5P2S A;  3EKT A;  5P1E A;  1QS8 A;  1TQF A;  2NXM A;  4QJ6 A;  4Y5C A;  2WF1 A;  2WEB A;  5B18 A;  5P7K A;  3ZOV A;  1A30 A;  3H0B A;  3RSV A;  1MRX A;  4ZLS A;  5P65 A;  3FSM A;  4OBZ A;  5P4F A;  4FL8 A;  1PPL E;  5JOD A;  5BRY A;  1K1T A;  3URL A;  1A94 A;  5P2A A;  5P2K A;  5P6K A;  1LZQ A;  5DR1 A;  2ZHS A;  3R4B A;  2HPF A;  2RKF A;  3UQW A;  3L59 A;  3NWQ A;  3K5F A;  5OYS A;  5SY3 A;  4B77 A;  4TRW A;  4YHQ A;  4Y53 A;  5P2U A;  5P0W A;  2IEN A;  5HE4 A;  5P51 A;  2PH6 A;  1HPO A;  4J1I A;  4L7G A;  4UPJ A;  4Y4A A;  4Z22 A;  5P0Q A;  3VLA A;  3OXC A;  5HCO A;  5P2Y A;  5P77 A;  3INH A;  5P7Y A;  2OHM A;  3S43 A;  3EL0 A;  1FFF C;  4DH6 A;  4Y5B A;  5P89 A;  4J1C A;  5KR2 A;  5EZZ A;  5P3K A;  4AUC A;  4Q1X A;  5P0H A;  4ZPF A;  3NUO A;  5DR0 A;  3TOG A;  2OHN A;  2ZJI A;  5P23 A;  3GI6 A;  3O9F A;  2EWY A;  4GJD A;  5P5R A;  5P8N A;  4RCE A;  4OD9 B;  2IGX A;  2B8L A;  2O4P A;  5P0Y A;  3GGX A;  1GNN A;  1UPJ A;  3UDP A;  1GVT A;  5P8S A;  1T6E X;  5P3I A;  4J5J A;  3RTM A;  4Y38 A;  5P7G A;  1Z1R A;  5IVT A;  3URI A;  5P75 A;  1BIM A;  1T6G A;  4HDF A;  3UDK A;  3K1W A;  5OZ6 A;  4CPX A;  4EP2 A;  4Y4X A;  4RCF A;  5P2Z A;  3UDN A;  4B1E A;  5P7C A;  3Q3T A;  4GJA A;  1HVR A;  5AH9 A;  3QIH A;  3LPK A;  5P84 A;  5P7P A;  2IGY A;  4KE0 A;  5P3S A;  1D4H A;  1APV E;  4L7J A;  1BXO A;  1HTR B;  5P5S A;  3OU1 B;  3QRV A;  3PBD A;  1APT E;  5ER1 E;  3SQF A;  4TRZ A;  1KJF A;  1SIP A;  1MER A;  4Y35 A;  2Q54 A;  4YBF A;  5P41 A;  1B11 A;  3BUF A;  3T7Q A;  5P52 A;  2FXD A;  5P2Q A;  5P4C A;  2BBB A;  2I0D A;  4OBD A;  3IN4 A;  3OUD B;  5P0S A;  5P13 A;  1QBR A;  2QU3 A;  5P44 A;  1K1U A;  1QBT A;  2G69 A;  3S7L A;  5P0E A;  3LZV A;  5EZX A;  2P3D A;  5HCT A;  5ISJ A;  5P0A A;  5P16 A;  5OZT A;  3OAG A;  5P7U A;  5P2C A;  4I0F A;  2J9K A;  4QJA A;  1FG8 C;  3ZKX A;  1ZSF A;  3SA9 A;  5P7T A;  4EP3 A;  4R91 A;  3EKP A;  3D1Y A;  2ZHT A;  1RNE A;  2QNP A;  2H6T A;  2ZE1 A;  3EL4 A;  1AVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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