4J1IA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4r,5r,6r)-2-amino-5-fluoro-4-methyl-6-trifluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1iA02
3NXNA 5DQ2A 5P7QA 3TOFA 2OAHA 5OZZA 3VUCA 4CPSA 4EYRA 4Y53A 3MXDA 5P59A 5P23A 4Q5MA 3PSGA 5P6VA 3KFSA 3NXEA 5OZ6A 1YT9A 5BWYA 1HSIA 1HSHA 2HS2A 1E5OE 4ZSMA 3ZKMA 5P2LA 3UQXA 1D4YA 1TSUA 5P2OA 2V12C 3LPJA 4D85A 2G1OA 2WEAA 2Q3KA 5P2UA 2AZ9A 2Q15A 1EEDP 5OYZA 3UTLA 3VCMA 1MT9A 2P3CA 4BFBA 2PYNA 2OHLA 5TOLA 3UHLA 5B18A 4IVSA 5P72A 2Q5KA 3IN4A 1ODXA 4Y3TA 4Y4GA 4DQFA 4GJ7A 3K4VA 1HXBA 3BC4A 1LS5A 3OUDA 5COOA 4GB2A 5P7RA 1IIQA 5KQYA 5P51A 3R0WA 4RCFA 2G20A 1EPRE 1YX9A 4Y3MA 2O4KA 3INHA 5P6TA 5P1QA 3PB5A 1W50A 3EM3A 1KJGA 3OOTA 3O9LB 5P65A 3O9FA 1B6PA 5P55A 2XFKA 2G1RA 3L58A 5IS4A 4CPXA 5HDZA 1MERA 4Y5CA 5DPZA 5KR1A 1D4IA 4J1HA 3HD8A 4J1CA 4B05A 5P3HA 5P5RA 4ZIPA 3UFLA 3O9BA 4RRSA 5P0KA 3BXRA 1Q9PA 3KYRA 2FMBA 5OZVA 4BFDA 3L38A 1HIHA 1ODYA 4AZYA 1BAIA 1K6CA 5P3CA 1DP5A 1SDTA 2QNQA 3K5DA 3URJA 5P7EA 4H3GA 3SA6A 3T7PA 2BQVA 1RV7A 4F76A 5C9FA 5P4JA 1G2KA 4L1AA 2QCIA 1TCWA 5P3SA 3PSUA 3SM1A 3LPKA 5P4ZA 4Y50A 2QZWA 5KQXA 5CONA 2WF4A 3ZOVA 4FS4A 4GJBA 5P8VA 1Z1RA 5P05A 2Q54A 5OZ9A 2F8GA 4RYGA 2NMZA 2I4DA 3EL1A 3OHFA 3GI0A 4CPRA 5ER1E 5OZNA 4DQEA 3WZ8A 5P1NA 1FQ5A 3OXVA 4NKKA 3TKGA 3SPKA 2NXLA 4A4QA 4CPWA 1UH9A 3HVGA 2B60A 5P7OA 3BVBA 2AIDA 3NUJA 5OZUA 3IGBA 4Y5BA 2PSGA 3LHGA 5P08A 5P0OA 5P48A 1EC0A 2HM1A 4OBJA 5DR7A 5P2XA 5P4DA 1VIKA 2P3AA 3PVKA 2NXMA 5OZIA 1J71A 5P2IA 5OZWA 2WJOA 4ER2E 1KJHA 3PLDA 4JECA 1G0VA 2QI6A 5AHCA 5OZXA 3KDBA 3PWRA 5P38A 5P29A 4FLGA 4DI2A 5P43A 5P06A 5P39A 3APRE 5AH8A 5P5AA 2I1AA 4D89A 4Y5EA 1FMBA 2QI0A 3TH9A 1U8GA 3UCBA 3EMYA 1HVJA 4HLAA 5P4TA 3T7QA 2F3EA 5P8LA 3NDUA 1HXWA 5P11A 4Y3XA 4J0PA 2ZGAA 1EBYA 1GVXA 1HWRA 5P40A 5P5XA 1A9MA 5P2AA 3OXXA 1YM2A 5P18A 1LF3A 1APWE 4QGIA 5P8GA 5IVSA 5OZHA 1MSNA 2QI1A 1IVQA 5P6EA 3OU3A 5P6OA 2R43A 5OZQA 4EWOA 5HE4A 1LF2A 1BXQA 3LZYA 1FF0C 5P83A 5P7TA 4QJ2A 3O9IA 5P6UA 2OHSA 4RZ1A 5KQFA 2ZJHA 1ODWA 4GJ9A 3L5CA 2P4JA 5P4OA 5PEPA 3D1XA 5JFPA 2FDEA 3S2OA 1IDAA 3PWWA 3VLBA 4L6BA 1MRWA 3WSJA 4ZPFA 4RCDA 5P5UA 4Z2ZA 4LBTA 3UDKA 4H1EA 1K2CA 1C70A 2FGVA 5P1JA 5P6IA 3TNEA 5P4RA 4EJDA 2Q11A 4GYEA 5P8IA 5P45A 2PK6A 4CPQA 3TPJA 4QLHA 4QJ6A 3TOHA 6APRE 4R95A 1UH7A 4Z22A 5P8TA 3CKRA 1YTGA 3S43A 2V13A 4Y47A 2BPWA 4I8ZA 5P17A 5P66A 5P7DA 2AZ8A 2FNTA 4FM6A 3KFRA 5P2FA 1HEFE 2J9JA 3TPRA 1ZBGA 1QBUA 2WECA 2WEDA 3FSMA 4I0IA 3VV8A 3GI5A 4M8XA 5OYRA 3INEA 1ZSFA 2APRA 1FIVA 5P8CA 3NDTA 3AUPA 1B6MA 2FGUA 3WB4A 3S53A 5P7HA 2OHNA 5P2TA 2HB4A 5P3BA 3NWXA 1QBRA 2ER7E 4Y3WA 5COKA 1PPLE 5P30A 5DQ5A 4I8WA 5DQ4A 5P5YA 3LIQA 5P00A 5P3DA 2A4FA 4NJVA 4IVTA 2RMPA 3VV7A 3EKYA 2B8LA 3OADB 4HZTA 4LC7A 5P1SA 3PJ6A 2AVSA 4Y6MA 2BBBA 3ZL7A 4BELA 3OTSA 3NU6A 4Q1XA 3OQ7A 4Y3YA 2IRZA 1MVPA 5IVQA 5P7FA 5P6CA 3TL9A 2ZJIA 5P71A 2HB3A 4YD4A 1HVRA 5F01A 5SXNA 1PSAA 5P0VA 5P6AA 5FIVA 1SGUA 4I10A 4J54A 5P74A 2PH6A 1TCXA 3SA7A 1ZAPA 5AHAA 4OBGA 4Y4EA 1FG6C 1C6XA 5P1XA 3UQPA 3L3AA 5OZ0A 1HVIA 1SDUA 5P1DA 4Y58A 4K9HA 1RL8A 2I0AA 1EAGA 3VYEA 1B6LA 3OY4A 4HEGA 5P7JA 5P2MA 4YA8A 3TLHA 2PH8A 5P6WA 5OZYA 5P5JA 3BXSA 4FL8A 3S8IA 2AOEA 5P0AA 3IA9A 3PCWA 3EL4A 5OZRA 3U7SA 1FKNA 3SA3A 5P0HA 3VEUA 5DQCA 4PPHA 5IVTA 3EM4A 2Z4OA 1FQ8A 5P3GA 2ZJMA 4FSEA 3T3CA 1T7IA 5P22A 1E81E 3BVAA 4YCKA 5HE5A 1XL2A 5OYSA 4Q1NA 2ER0E 4Y4JA 5HCTA 2AVOA 5P5TA 5OZ3A 4U7QA 4J0VA 1HPSA 5P0IA 3GGXA 4L7GA 2BKTA 1HRNA 5KAOA 5KR0A 1META 5P3KA 5P03A 5P4UA 4NPUA 3MXEA 3UPJA 3DOXA 1SP5A 3DUYA 4KE0A 2QP8A 3N4LA 5AH9A 5P3FA 1HSGA 3VF5A 4I0JA 5HDUA 2BPXA 2VJ7A 3UQUA 4GZFA 4TRZA 4Y3EA 3SKGA 1FFFC 1JLDA 4YCYA 3HDKA 4J5JA 2BPYA 4ACXA 5P7AA 4ZPGA 2OHRA 5P63A 3SO9A 4Y3GA 5P82A 5P5GA 4AA9A 2F3KA 3CIBA 5P6HA 5P4LA 5P7VA 4EP2A 3IAWA 5P5LA 3UDPA 3UDMA 4Y4UA 4TRYA 1HTRB 5ER2E 4E43A 3ECGA 3OU1B 3OTYA 3HLOA 2R3WA 4XKXA 2AOIA 6UPJA 5P8HA 2ER6E 2QU2A 5OYQA 5P5IA 4Y3ZA 5P5SA 1E82E 2HB2A 3LIVA 4OC6B 1LYAA 2WF1A 3EL5A 5OZOA 5P1BA 2P3BB 4EXHA 5P5QA 3EC0A 3OU4B 4NPTA 3KN0A 1ZJ7A 4OD9B 1FG8C 3HAWA 5P0JA 5P77A 2HC0A 3S7MA 3L5BA 4YD7A 2HS1A 3LNKA 5P1FA 3G72A 3GGUA 4B1CA 2QU3A 1K6TA 5KOSA 5HU0A 3D1YA 2R5QA 2VS2A 3NU3A 3HAUA 5P44A 3KFNA 4Y44A 5P1MA 1AZ5A 2P3DA 1EPME 3SLZA 4D8CA 2BB9A 5EZZA 1HPOA 5P16A 3PSYA 1IZDA 2IGXA 3TKWA 5P60A 4D83A 3IVIA 3GGAA 4JPEA 4ZSQA 2JE4A 2QZXA 1BDRA 1W5XA 2B7FA 3QS1A 3VSWA 3OAGA 3OOZA 4I0FA 1B6KA 3SAAA 2UXZA 1G35A 5AH6A 2FXDA 3PMYA 3FKTA 3VF7A 3QRSA 4RLDA 5P42A 3APPA 1XN3A 3H5BA 1A8KA 5P8SA 2QD7A 3ST5A 5P09A 3L5DA 4L7JA 4DPIA 4Y3SA 4J1FA 5P1PA 3NU9A 5C9DA 3GI4A 2HAHA 5P0DA 2V10C 4I11A 3SA5A 1LYWB 4F73A 1GNOA 3PHVA 5P0XA 4YDFA 3NDXA 2HIZA 3DJKA 3S56A 4XX3A 5P4EA 5C9BA 1PFZA 3RSXA 2ZHVA 3OQFA 1LF4A 3R4BA 4OBZB 1RNEA 4ZPEA 5P6GA 2ZDZA 1FQ7A 3UDJA 2UPJA 4Y56A 1OEXA 5HD0A 1SMRA 2QHZA 5P85A 2ZJLA 5KR2A 1HBVA 3C9XA 3T7XA 1HVSA 4DFGA 2QI7A 3KM4A 5P8OA 5P4QA 3GGVA 5OZ1A 2QNNA 5OZPA 5CLMA 5P41A 5P3XA 5P0CA 4XXSA 1AAQA 3QP0A 5OZDA 4F74A 3D1ZA 4DH6A 2ZJKA 4FAFA 5P2RA 5P7GA 1BDLA 1W5WA 4AMTA 3EKPA 3PI0A 2VIEA 4Y3PA 2BPZA 5SY3A 3KF0A 4Y36A 3NDWA 1MTRA 1W6IA 1XN2A 3OQKA 7HVPA 4F75A 4YD5A 4Y3AA 1GNNA 5P5KA 5P5CA 3QBHA 1BWAA 5P7CA 1N49A 5P24A 5P61A 1K6VA 1FGCC 3OQAA 5P5BA 1APTE 4GJ6A 5P2JA 5P0FA 4GMIA 5P7SA 1SIVA 4HA5A 5P62A 3VYDA 5P1EA 5P8UA 5I3WA 3OQDA 1MUIA 1EPPE 2XYEA 5P31A 5ISJA 4EHCA 5P01A 3KMXA 5P56A 3O9HA 3QN8A 3O9LA 2Q63A 3K5FA 1KJ4A 1TW7A 4DV9A 1EPQE 1FQ6A 5P57A 1NPAA 1A8GA 5F00A 5P3WA 5OZ2A 5P02A 4YHQA 2O4NA 4DJPA 2WKZA 2AOJA 5P4PA 1A30A 3L5EA 5BRYA 2VA6A 2J9KA 4FIVA 5P3RA 5AGZA 3Q6YA 3CKPA 3CYXA 5I3YA 2I4WA 4LXAA 1APUE 1SMEA 1ZSRA 5P4FA 2AZCA 5P0BA 1FB7A 3RSVA 5P1IA 5I3XA 5P7XA 3LIZA 3CIDA 5P6JA 1D4KA 5P12A 4JPCA 5HCOA 2P83A 1KZKA 1Z1HA 4TRWA 2AVVA 1MT7A 2IS0A 3I6OA 5P2EA 5P8RA 4CPUA 1NPWA 4EP3A 2FS4A 3IN3A 2NMYA 5DR1A 3M9FA 5P07A 3CICA 1EBKC 4CMSA 5P13A 5P4KA 3G6ZA 2JJJA 5P1TA 1MEUA 3OGQA 5P6ZA 3QVIA 4DQHA 4QJ7A 3FX5A 4DPFA 4BEKA 2R9BA 4Y37A 4HDBA 4WTUA 3UF3A 3D3TA 3Q5HA 3SFCA 4K4RA 1HVHA 1LYBB 1BIMA 3ZMGA 5OYVA 3SA9A 4U8WA 2FDPA 2RKGA 3LZVA 3LINA 1GKTA 3INDA 3LIYA 5P4AA 5DR3A 3UDRA 4EQJA 1F34A 5ISKA 5P7IA 2FXEA 1K6PA 5P5WA 5P4NA 1HIVA 1K1TA 3GW5A 1LEEA 4DJRA 1HIIA 4LXMA 4YBIA 4FCOA 4QJAA 4J0ZA 3EKQA 3EL9A 3CYWA 4ACUA 5P64A 4B77A 4Y4TA 2ZHUA 5P5HA 2VA5A 1YG9A 3EKTA 2V16C 4AA8A 3I2LA 3I8WA 5P5PA 3EL0A 1AM5A 1T7JA 5ENKA 2QAKA 4Y5KA 5P7NA 4FSLA 4YCTA 4APEA 5P84A 5P7KA 3URLA 5OYUA 5P54A 5P35A 4Y41A 4EQ0A 3VYFA 5P70A 2PMAA 4FAEA 2QMPA 3S7LA 2P8HA 5I3VA 5OZKA 2QZKA 4Q1YA 3N3IA 3RTNA 4YOBA 2QHYA 4J55A 1K1UA 5P10A 4B78A 1FQ4A 5OZEA 5OZ7A 3R2FA 3FNUA 1W5VA 5P26A 5P2NA 4S1GA 5P5VA 2QI5A 5P4WA 1D4SA 2CEMA 1HHPA 2VJ6A 4Y4BA 3WB5A 3QPJA 4I0GA 1ZPKA 2ER9E 5P52A 1PSOE 4YDGA 1SGZA 3NLSA 4CP7A 4Y4ZA 1T7KA 1ZLFA 2G22A 5P6MA 3Q70A 1IVPA 4H3IA 3QBFA 1FQXA 3ZPUA 2G1NA 4YBFA 1B5FB 2NR6A 5OZGA 3MSJA 5P1ZA 2IGYA 3U71A 1QS8A 5P1LA 2I4XA 2ZJJA 4Y35A 1BBSA 3PGIA 3ZPTA 5P79A 2VIJA 1WBKA 1BVGA 2QMFA 4DQCA 5DR0A 2A1EA 3RU1A 4Y3JA 4Y45A 1C6ZA 1MRXA 4PHVA 4MC1A 3MSKA 7UPJA 2QNPA 2ZYEA 3SA8A 4R92A 2AOHA 1PROA 2UY0A 1HVCA 2OHUA 2Q64A 2AZBA 5P20A 4I0EA 3UDYA 5P2VA 5P5FA 4Y5MA 4DJXA 1G6LA 5AH7A 5P8DA 2AVMA 1AIDA 3HZCA 2RSPA 5P4MA 2H6TA 2ZHTA 3T6IA 2ASIA 5P5NA 1SIPA 2VNNA 4LHHA 4J1KA 4Z50A 3ZPSA 2BKSA 1PPME 5P3ZA 3S85A 3LITA 4ZE6A 3OADA 2BJUA 5OZFA 5P7YA 5P1AA 1D4JA 5P2KA 5P68A 3ZKQA 3RTHA 3PM4A 5P4XA 5P1UA 5APRE 5JODA 5P87A 4ER1E 5P0UA 1M4HA 4I0DA 5P6XA 2IDWA 1D4HA 5P0WA 5P15A 3R0YA 3DCKA 4J1EA 1FFIC 5P6NA 5P2WA 3PLLA 4AUCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NXN A;  5DQ2 A;  5P7Q A;  3TOF A;  2OAH A;  5OZZ A;  3VUC A;  4CPS A;  4EYR A;  4Y53 A;  3MXD A;  5P59 A;  5P23 A;  4Q5M A;  3PSG A;  5P6V A;  3KFS A;  3NXE A;  5OZ6 A;  1YT9 A;  5BWY A;  1HSI A;  1HSH A;  2HS2 A;  1E5O E;  4ZSM A;  3ZKM A;  5P2L A;  3UQX A;  1D4Y A;  1TSU A;  5P2O A;  2V12 C;  3LPJ A;  4D85 A;  2G1O A;  2WEA A;  2Q3K A;  5P2U A;  2AZ9 A;  2Q15 A;  1EED P;  5OYZ A;  3UTL A;  3VCM A;  1MT9 A;  2P3C A;  4BFB A;  2PYN A;  2OHL A;  5TOL A;  3UHL A;  5B18 A;  4IVS A;  5P72 A;  2Q5K A;  3IN4 A;  1ODX A;  4Y3T A;  4Y4G A;  4DQF A;  4GJ7 A;  3K4V A;  1HXB A;  3BC4 A;  1LS5 A;  3OUD A;  5COO A;  4GB2 A;  5P7R A;  1IIQ A;  5KQY A;  5P51 A;  3R0W A;  4RCF A;  2G20 A;  1EPR E;  1YX9 A;  4Y3M A;  2O4K A;  3INH A;  5P6T A;  5P1Q A;  3PB5 A;  1W50 A;  3EM3 A;  1KJG A;  3OOT A;  3O9L B;  5P65 A;  3O9F A;  1B6P A;  5P55 A;  2XFK A;  2G1R A;  3L58 A;  5IS4 A;  4CPX A;  5HDZ A;  1MER A;  4Y5C A;  5DPZ A;  5KR1 A;  1D4I A;  4J1H A;  3HD8 A;  4J1C A;  4B05 A;  5P3H A;  5P5R A;  4ZIP A;  3UFL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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