2Q63A

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIAVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q63A00
4EJ8A 4CKUA 4QJ7A 5P4FA 5OZ5A 5P5CA 2QP8A 3RVIA 1A9MA 3TPJA 4Z4XA 1W5VA 4HDBA 2VA7A 1ZTZA 4YD7A 1D4HA 1YTHA 1XS7D 1MUIA 3LNKA 3HVGA 3F9QA 1YTIA 1FQ6A 5P30A 3EKXA 1ODXA 4J0PA 3UDMA 2I4WA 3O9HA 2ZJKA 2HM1A 5P23A 4RRSA 3MSKA 2BBBA 1LF3A 5P12A 4CPSA 2R9BA 2QK5A 5I3WA 4FE6A 4Y5BA 2IGYA 3QRVA 3T3CA 3DM6A 4RCFA 4HEGA 5P2BA 4FSLA 3PWRA 4ZSPA 1FFFC 2ZE1A 2ZDZA 4Y57A 3K4VA 5P0MA 3VV6A 1EPOE 3PCZA 3VV7A 1T7IA 4Y4GA 4ZIPA 5P0WA 4H1EA 2AVSA 4WTUA 3GI0A 4WY6A 5OZKA 5COKA 1LYBA 3KFRA 5P77A 3L5CA 2I0DA 3PM4A 5P3CA 2V10C 1ZP8A 2AVOA 2QHZA 4Y3NA 5P5RA 4MC1A 5AHAA 4DJWA 5P8OA 5P3DA 3UHLA 1SMEA 5KOSA 3Q3TA 5ER1E 5P0VA 1YG9A 4FRKA 5TOLA 5COOA 5P7IA 4EYRA 4H3JA 5P3BA 1C6XA 2R3WA 5P6QA 5J25A 2Z54A 3SA6A 5P3HA 5KQFA 3CIDA 2NTRA 3SACA 1QBSA 5P3EA 5P5JA 5IE1A 4RRNA 1PROA 1PSOE 2VIEA 3KT5A 5P56A 1OHRA 5P3YA 4E43A 1PPKE 4GMIA 3K5CA 3EM6A 4GJ8A 3KYRA 2AVMA 3K5FA 4RLDA 2CEJA 2OHNA 2P3DA 1DAZC 5P27A 2R5PA 4FSEA 1M43A 1QDMA 2OHSA 4GJAA 2WHHA 5P32A 1HTFA 3Q70A 5P05A 1W6HA 1TCXA 5P43A 2P8HA 1QBUA 3BGCA 3PSUA 2AOJA 5OZFA 1FG8C 2AZ9A 3SABA 2P4JA 1W6IA 1MT9A 2ER0E 2OHMA 5AHBA 5P5XA 4DJXA 1LF4A 1SDUA 1ZSRA 4DV9A 3GGVA 4J55A 3NU6A 2WECA 1F34A 5KAOA 3G6ZA 4JPCA 5P17A 5P1YA 5P6VA 2WEZA 3OWNA 2HPEA 4I0IA 5IVQA 1GNMA 1IBQA 2AOFA 4Y4WA 2Q5KA 4K9HA 4RROA 5P2DA 2WJOA 2QHYA 5OYUA 5P5WA 5BRYA 5P7EA 4ZSQA 5P8GA 3PCWA 5P6PA 4D83A 3OOZA 4DUSA 3KFPA 1EBWA 4U7VA 2OHUA 5OZPA 5DR0A 3GI4A 2P83A 5P0RA 4Q5MA 1PFZA 1A8KA 2VIYA 5P1OA 3ZPSA 3LITA 2PH6A 3SKGA 1DIFA 5P59A 5P5DA 4I12A 2FDDA 5P58A 3HZCA 1APWE 5P62A 3QP0A 2NPHA 1UH9A 4DJVA 1ZBGA 1MRXA 1E82E 3IN4A 1AM5A 3EM3A 3T6IA 2B7FA 4PEPA 5P3GA 3DV1A 5P1LA 5P35A 5P8CA 1EAGA 4A4QA 4H3IA 3I7EA 5P8QA 5P4DA 2RENA 4DQCA 3S7LA 4JOOA 2V00A 4RCEA 2Q63A 1GVWA 2ZJHA 4OBHA 2ER7E 1B5FB 3QPJA 3UCBA 3S43A 3DCKA 5P4SA 4YOAA 2IENA 4Y56A 3UQRA 3H0BA 1ER8E 4FLGA 1GVXA 2O4LA 1KJGA 5P4AA 5OZAA 2G20A 3O9LA 1HSGA 1W5WA 3PSGA 2IS0A 1HTRB 4DH6A 3T7QA 5P31A 3L58A 5P0OA 4HDPA 1D4LA 1UPJA 3S7MA 2Q11A 5P1GA 1QBTA 2OF0A 3FX5A 3EXOA 5P6XA 2ZJMA 3UFNA 5ISKA 3N3IA 5P48A 4NKKA 4J0VA 3INHA 4EJKA 3VEUA 1FKNA 5CONA 1MSMA 2JYSA 2QU3A 1HVSA 1IVQA 4R8YA 5P6EA 1LS5A 4J1EA 4Y3AA 1OEWA 5P7OA 5OZHA 5P70A 4QJAA 3MXEA 1CZIE 4Z22A 3R0WA 5P7TA 1HIVA 5P82A 5KQZA 5P5OA 3ZKGA 1SGUA 1ZPKA 5P2KA 2ANLA 3NDUA 5P6FA 3RTHA 2IDWA 4DPIA 2V0ZC 3IXJA 2AOEA 2O4KA 4GJCA 1K6PA 1BV9A 2G94A 1EPNE 2HB2A 3RSXA 3OHFA 5DQCA 2HIZA 4TVGA 4EQJA 4D89A 3VF3A 4DJRA 1XDHA 3KFSA 4YCKA 3BVAA 3SQFA 5OYXA 4RZ1A 2P3BA 3ZKMA 1J71A 4KE1A 1BDLA 5P18A 5P0AA 2OAHA 1KJ7A 3PSYA 5JFUA 5P5QA 3GGXA 4Y50A 2G21A 5P07A 3SA7A 5DGWA 5P1HA 2QNQA 4Y3QA 1HVJA 5P4PA 3S8IA 3D20A 3S56A 4A6CA 1UH7A 5P1ZA 4J1FA 1NH0A 3SA3A 4F75A 3VV8A 3D3TA 1Z1HA 3QS1A 3C9XA 5P28A 2O4NA 4Y45A 3OGQA 5P1FA 2ZHVA 5P3FA 3INFA 5HD0A 5P5GA 3OTYA 3DCRA 1EPLE 2Q55A 1QBRA 4L1AA 5OZEA 4Y5MA 3MXDA 3D1ZA 4K4RA 1A94A 5P4RA 5PEPA 4OBZA 3BGBA 3GGAA 3VSXA 2QAKA 4EXGA 3FNSA 2UY0A 5P5FA 3OUAA 3BUHA 3EM4A 1PSAA 5P1AA 1LV1A 5P5VA 2XYFA 4I0HA 5P7ZA 5P3MA 5HU0A 5OZ1A 2RSPA 3VF5A 5P1UA 5I3VA 1JLDA 3KDCA 3IXOA 2WL0A 1FEJC 2NXMA 4IVSA 1LYAB 2PYNA 1LZQA 3A2OA 2F3FA 5OZWA 5C9DA 5DR7A 2WEAA 3SA4A 1PPME 4AZYA 1BXQA 3QAAA 4R92A 4Y5CA 4M8YA 3K5GA 1E80E 4J1CA 4Y36A 4J54A 5P2VA 2BKTA 3PVKA 1SDTA 4HDFA 3KM4A 2AVQA 5P41A 5AH7A 2XFKA 1D4SA 1YTGA 3KMXA 2QMGA 5P02A 2FLEA 4Y4DA 3OAGA 3KDBA 3TKWA 1SH9A 5P37A 5P87A 1LEEA 5OZSA 5P6ZA 4DQBA 3WB4A 3VG1A 2FIVA 2QMPA 1RNEA 3Q6YA 2QMFA 1GVUA 1HXBA 3OU4B 4ZPEA 5P3PA 5ENKA 4R5NA 3RTNA 2WF1A 5AH8A 3LIZA 4LC7A 2VS2A 1MVPA 2AOHA 5OZXA 5P4EA 1SGZA 4YDGA 4I0EA 3URIA 4Y3TA 5P6BA 4EP3A 4Y3PA 5P53A 3UDYA 3D1YA 5EZZA 3WZ7A 4NJTA 3CMSA 4APRE 1MIQA 3UQXA 1G6LA 4BFDA 3UQPA 4MC2A 4LL3A 2AVVA 4Z2ZA 2WEDA 1FQ4A 3KF0A 5P7GA 5P8SA 4KUPA 3NLSA 1B6MA 4OD9B 2QU2A 1GNOA 4FRJA 3QN8A 5P5PA 4EWOA 4DJUA 2VIJA 5I3XA 5FIVA 2RMPA 4YBIA 4Y47A 4QJ6A 2V13A 4HE9A 2FXEA 1BILA 5OZ2A 4NJUA 1DW6C 3LPKA 2PWRA 3BXSA 4Y4AA 3NYGA 5P00A 4EXHA 2FDEA 2R3TA 1N49A 1NPAA 3B7VA 5P5SA 2G1YA 2IQGA 4F76A 5P2UA 4L1AB 5P11A 4HZTA 4EP2A 5P4UA 2OHLA 5P8EA 3APRE 1SIVA 2VJ9A 2VA5A 5P1EA 2AZBA 4RVJA 4Y4UA 5P2TA 5P66A 4L7JA 3UDNA 2R5QA 5P20A 3ZMGA 2Q64A 1W5YA 4AA8A 3NDWA 1AIDA 1TQFA 5P2EA 4S1GA 1HSIA 4AMTA 5P03A 4I8ZA 4APEA 4GZFA 5P8MA 4BEKA 3PMUA 7HVPA 4YCTA 2ZYEA 4GJ6A 4I10A 5P25A 5P7NA 4ZE6A 1TSUA 1MTRA 5P3LA 5P6YA 2IGXA 4HVPA 5P1KA 1BDRA 1K1TA 3DV5A 4ZLSA 4DJOA 5I70A 1B11A 4J1IA 5P0KA 1HHPA 1RL8A 3G70A 5P1JA 3OTSA 1ODWA 4PYVA 3EL1A 2G27A 3G72A 3PMYA 5P6LA 4R95A 3Q4BA 2FXDA 3LZYA 2ASIA 4ZSMA 2G69A 4GJ7A 2ZJLA 5P7CA 5P7XA 2JJJA 3LIXA 5P3IA 1LYWA 5HDVA 5KQXA 3NDTA 4K4QA 1XL5A 5HCTA 2CEMA 5DR4A 5P51A 5P40A 3DUYA 3OAGB 4Y3ZA 1B6JA 2ZHUA 4COEA 3CYXA 3QROA 5P8RA 1AVFA 2G26A 4I8WA 4B77A 1APTE 2APRA 1YM2A 5P5HA 5OZJA 4B78A 4I0JA 5OZVA 3TLHA 4DVFA 5AH9A 4RGHA 3CKTA 3KMYA 1HRNA 4Y5LA 2G1OA 3LPIA 3O99A 3LIVA 1G2KA 4Y5PA 4LBTA 2HAHA 2AZ8A 1ZAPA 3EL5A 3R4BA 1W5XA 4NJSA 4YOBA 5KR2A 3L3AA 4QLHA 5P2SA 4I0DA 3NDXA 1IIQA 1ENTE 3TOHA 5P2IA 2B7ZA 1IZHA 4Y39A 2VJ6A 3U6AA 3SM1A 4Y4EA 3TNEA 3QBFA 4Y3MA 5P1SA 3EL9A 4HA5A 4DPFA 5HDZA 3M9FA 5P4MA 1DP5A 5P57A 5P42A 5OZ8A 5P2GA 2WEBA 1PSNA 3L38A 3QVCA 2OHPA 3TPRA 3KFNA 2I4XA 5P3WA 5P8TA 4OC6A 3JW2A 1FQXA 3PHVA 5P3QA 2ZHTA 2O4PA 5P0CA 2OHRA 3VUCA 3T7PA 2FMBA 3VCMA 5P7MA 5P6CA 4DJQA 6FIVA 5HE4A 5P1RA 1YTJA 5JFPA 2IKOA 3WZ8A 5HU1A 3OQ7A 5P3VA 5P6OA 4FL8A 5APRE 3QI1A 2FS4A 4X7IA 3PB5A 3I25A 3R1GB 4DJPA 3CKPA 5P15A 3HW1A 4Y43A 2ZGAA 2J9KA 4PZWA 2Q3KA 3QRMA 5P2RA 1WBKA 3OHHA 5HDUA 5P7JA 5P8HA 2PK6A 1IDBA 4OBFA 5P0JA 3OU1A 1IZDA 4LAPA 4Q1NA 5KR8A 1D4YA 3O9FA 5P49A 6UPJA 4B70A 5P3XA 2QI5A 3HBOA 2QCIA 5DR8A 3SA8A 5OZ9A 3IA9A 2F81A 3O9BA 2J9JA 2R43A 3IVIA 2PSGA 1LYBB 5P2QA 4OBGA 5C9BA 4CPWA 2QZWA 5EZXA 5P4XA 3LIQA 5P4ZA 5P6KA 5P55A 5OYTA 5P6HA 4R91A 4A6BA 3O9EA 1BVEA 5P3UA 2PMAA 1FMXA 3OUBA 5P85A 5P04A 4Y4BA 1MPPA 2R8NA 1BWAA 2G22A 4CPRA 5ENMA 2ZHSA 4Y35A 2PQZA 4B00A 4Y41A 4MC9A 3EBZA 5P72A 4GJDA 3L5EA 5KOQA 2B60A 4EQ0A 1BV7A 1T7KA 3CYWA 5P36A 4J5JA 1EPRE 5CLMA 5P47A 5F01A 1T3RA 5OYQA 4NJVA 5DQ2A 2EWYA 1DMPA 3I2LA 5P5ZA 5P76A 1SMRA 2PYMA 3INEA 4QJ9A 1HWRA 5IVRA 4H3FA 4Y3DA 3UDRA 5T4SA 1K6VA 2WF4A 1META 4U7QA 2QZKA 5P1BA 3ZPUA 2P3AA 3L5FA 5OZRA 5P26A 1ODYA 1TSQA 2P3CA 3BUFA 4YE3A 1VIKA 1FQ7A 5OZIA 1W51A 4Y53A 3VYDA 5P89A 3MSLA 4FRSA 5P14A 2FNTA 5DQ1A 5P4VA 5OZQA 5P4JA 3HAWA 5P0ZA 5ER2E 5OZGA 5P7YA 3AIDA 3EKTA 1TW7A 5P4NA 3PEPA 3UQUA 5P2OA 3QVIA 4Y5GA 2V16C 4L6BA 2WF3A 3OGPA 4Y48A 5P6JA 5P2YA 5DR3A 4IVTA 3B80A 1W50A 3UDHA 1GVTA 5AHCA 3OK9A 3KN0A 5P4IA 5P75A 5P6NA 2G1RA 4Y51A 4YD5A 1ME6A 2F3KA 4ZEAA 5P8PA 3SM2A 2FGUA 3S85A 1AJVA 5P7AA 5P7RA 3S54A 2UPJA 3LIYA 1FFIC 3LZUA 2NNKA 1PPLE 2JXRA 5P1DA 7UPJA 4B1EA 4YD6A 1XN3A 4D85A 1NSOA 1GKTA 4ZSRA 4M8XA 5P78A 1HVCA 3ZKSA 4Y44A 1BDQA 5P7PA 5P08A 1GNNA 4LXMA 5P19A 4YDFA 3MSJA 1MERA 4GIDA 5HCOA 5HE7A 5P64A 1EC3A 4FGXA 5AGZA 3O9AA 3FV3A 3PJ6A 3RSVA 3PWMA 4B1CA 4DQHA 1FF0C 4EJLA 3NU9A 1WBMA 4Y3EA 5P16A 3S43B 4Y5KA 3LINA 3HAUA 5OZBA 1B6PA 2JJIA 5P0UA 4DI2A 3O9LB 3UDJA 5P1IA 5P0HA 5OZZA 2IL2A 4OBDA 3TOFA 2MIPA 3I6OA 4LXKA 4PHVA 5OZUA 5DGUA 1NPWA 5P33A 3ECGA 4XX4A 3L59A 3URLA 4AUCA 5P2WA 1AJXA 3OUCA 4LXAA 4FIVA 1RQ9A 1VIJA 1BBSA 4B0QA 3PBDA 4RYGA 2AODA 3OU3A 4CPUA 2QI1A 3ZKQA 1B6KA 1MSNA 1BIMA 2F80A 4Y3XA 5P0TA 4CPTA 1M0BA 3AUPA 4Y5AA 4Y4ZA 3VLBA 5P6DA 3EKQA 1GVVA 4TRYA 3OY4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJ8 A;  4CKU A;  4QJ7 A;  5P4F A;  5OZ5 A;  5P5C A;  2QP8 A;  3RVI A;  1A9M A;  3TPJ A;  4Z4X A;  1W5V A;  4HDB A;  2VA7 A;  1ZTZ A;  4YD7 A;  1D4H A;  1YTH A;  1XS7 D;  1MUI A;  3LNK A;  3HVG A;  3F9Q A;  1YTI A;  1FQ6 A;  5P30 A;  3EKX A;  1ODX A;  4J0P A;  3UDM A;  2I4W A;  3O9H A;  2ZJK A;  2HM1 A;  5P23 A;  4RRS A;  3MSK A;  2BBB A;  1LF3 A;  5P12 A;  4CPS A;  2R9B A;  2QK5 A;  5I3W A;  4FE6 A;  4Y5B A;  2IGY A;  3QRV A;  3T3C A;  3DM6 A;  4RCF A;  4HEG A;  5P2B A;  4FSL A;  3PWR A;  4ZSP A;  1FFF C;  2ZE1 A;  2ZDZ A;  4Y57 A;  3K4V A;  5P0M A;  3VV6 A;  1EPO E;  3PCZ A;  3VV7 A;  1T7I A;  4Y4G A;  4ZIP A;  5P0W A;  4H1E A;  2AVS A;  4WTU A;  3GI0 A;  4WY6 A;  5OZK A;  5COK A;  1LYB A;  3KFR A;  5P77 A;  3L5C A;  2I0D A;  3PM4 A;  5P3C A;  2V10 C;  1ZP8 A;  2AVO A;  2QHZ A;  4Y3N A;  5P5R A;  4MC1 A;  5AHA A;  4DJW A;  5P8O A;  5P3D A;  3UHL A;  1SME A;  5KOS A;  3Q3T A;  5ER1 E;  5P0V A;  1YG9 A;  4FRK A;  5TOL A;  5COO A;  5P7I A;  4EYR A;  4H3J A;  5P3B A;  1C6X A;  2R3W A;  5P6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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