3PWMA

Hiv-1 protease mutant l76v with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVVVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title The L76V Drug Resistance Mutation Decreases the Dimer Stability and Rate of Autoprocessing of HIV-1 Protease by Reducing Internal Hydrophobic Contacts.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pwmA00
4YD3A 3QROA 4DJXA 4PPHA 4EWOA 2G94A 4B72A 1MSNA 3EMYA 2QZLA 2HB3A 4R95A 4RRNA 4H3IA 5P4MA 4Y41A 4Y3JA 5P44A 2ER0E 5P68A 3K5FA 5OZRA 4DQCA 1XL2A 5P7UA 3VCMA 4JPEA 5P0UA 5P34A 1EEDP 5HDVA 3PSUA 2PQZA 4EXGA 2AOFA 2WF3A 5P0YA 4DJUA 3EBZA 1EC1A 5P4WA 2Z4OA 3LIZA 3OQAA 5P2ZA 3AIDA 1GNOA 1NPAA 7UPJA 1HIVA 5P0XA 3OU1B 3LPKA 2IS0A 5P73A 2OHKA 5P7PA 2R9BA 5P8PA 1PPLE 1PPKE 5P62A 4MC1A 1CZIE 4OBKA 3CKRA 1APTE 4Y5CA 1UPJA 3R0YA 4YD6A 5OZ6A 1EBWA 3DV1A 5P0LA 5P6EA 1AXAA 3QP0A 4APRE 2B42A 1EC0A 5P4CA 4L1AA 4Y43A 2Q63A 3HDKA 5ISJA 5J25A 4WTUA 3ST5A 5P51A 2QMGA 4Y36A 5KAOA 4PZXA 5P66A 3WSJA 5P1QA 4H3JA 4D88A 1ZPKA 1WKRA 1DIFA 5HDZA 1TSQA 2OAHA 5P8IA 1K6CA 1HSHA 1IBQA 1T6GA 4GJ8A 3KYRA 2QD6A 5OZFA 5P5RA 1ODWA 5I70A 1FEJC 5P7GA 5DQ2A 1WBKA 5P8CA 3NDUA 1APVE 3IVIA 4DV9A 4Z50A 3WZ6A 3MXEA 4QJ8A 5P2VA 2F3EA 3D1XA 2UPJA 1D4KA 3R1GB 3TPJA 5P47A 3IVHA 5P2CA 4EPJA 4ZPGA 1GNMA 1FMXA 4YE3A 2WECA 5P27A 4NPUA 3VYEA 3S43A 3VEUA 2I4VA 4JPCA 3ZOVA 4Y3SA 1VIJA 1B6LA 5P6VA 4CPSA 1MVPA 2AOGA 5P59A 5KR2A 3PSGA 4GJDA 1T7IA 3DUYA 3L3AA 1OEXA 2XFIA 5P2FA 5DGUA 4YCKA 4Y3WA 2QZKA 5P0PA 4AMTA 3KDDA 3NUJA 3NDWA 1HVSA 2IEOA 1D4YA 3D20A 5P7IA 5P4SA 1WBMA 5P42A 1D4IA 4OBHA 2BPYA 3EL9A 5P8RA 1NPWA 4OD9B 3CIBA 5P8HA 2PSUA 5OYSA 3GW5A 4L7JA 3O9HA 4GJ9A 4Y3EA 5P1XA 5OZUA 5E5JA 1ZPAA 2FMBA 1RL8A 3T7PA 4HDBA 3SAAA 2QNPA 6FIVA 5SZ9A 4NJTA 2PK6A 3SM2A 4KE1A 5P2XA 3IN3A 3PMUA 4Y39A 4FGXA 5P4OA 1D4HA 5P83A 4J0YA 5P5AA 5P12A 4AZYA 5P4UA 2P8HA 4FM6A 4R5NA 3KMXA 1GVUA 5OZVA 3INDA 1K6TA 5P75A 2P83A 1Z1RA 3N3IA 4NKKA 1HWRA 1JLDA 4D89A 4Y56A 4I0FA 4DJRA 2G1SA 5P4VA 3TPPA 1ODXA 2QD8A 3OADA 5P1MA 5P04A 1Z1HA 3L5BA 5IVRA 5P29A 4LL3A 1EPRE 1IZEA 1B6MA 2ZHRA 3EM3A 1MIQA 4F74A 1TSUA 1MESA 1ODYA 4DJYA 2BJUA 3DV5A 5OZKA 3UDHA 5OYYA 4A6BA 2RKGA 2EWYA 4D85A 2P3DA 1BV9A 4LXMA 3SACA 3Q70A 2JXRA 1TCXA 1K1UA 4Y3XA 4EXHA 5P18A 1PSAA 4AA8A 2HB4A 2OHUA 3IXOA 2I0AA 5P3NA 5P00A 3KFRA 3EM6A 4NJSA 1RV7A 3OUAA 1MTBA 5P3VA 1BBSA 1T7JA 3S2OA 4ZSMA 3GI4A 4Y48A 4OBJA 3SFCA 3INFA 5AH9A 4B00A 3O9GA 5P6YA 4Y4JA 2RKFA 3OGPA 3EL5A 4AUCA 1EC2A 1LZQA 2ZHSA 2I4XA 3UDMA 4DH6A 1HPVA 3HD8A 5P7KA 2ANLA 5P7RA 2QI7A 1AM5A 5P2WA 3LZVA 3ZKSA 3PLDA 1HIIA 5P2HA 5I3YA 5P09A 5P79A 1EPQE 3VLAA 5P3TA 5P1AA 1SH9A 3VF3A 2A4FA 5P3WA 2VA5A 1C6ZA 5P4ZA 1GVWA 5P3MA 5OZIA 4J17A 3SA5A 3OAGB 4EJDA 3Q3TA 3PB5A 2ZJKA 3PGIA 4J1CA 5P6OA 3U6AA 1DW6C 3UDYA 4HZTA 3ER5E 4DJQA 4GZFA 3PI0A 3NU4A 4F75A 3OUBA 4K4QA 3O9FA 3UFLA 4J54A 5P71A 1LYAB 4Y51A 2AOIA 3KA2A 4I0EA 3FSMA 1A8GA 4YCTA 3ZLQA 4EQJA 4YHQA 2QI0A 5P72A 5C9FA 5B18A 1KJ4A 2QMFA 2QI1A 5P50A 4QGIA 3SA7A 1UH7A 5C9DA 3PCZA 1FQ7A 3G70A 5P8GA 5C9BA 6APRE 5P2KA 3EM4A 1G0VA 4Y3AA 4QJ7A 4I8ZA 5P4LA 4TVHA 3UDRA 4OBGA 5P5SA 4Y3MA 5P48A 4OBZA 2WF2A 3LNKA 3HAWA 4B70A 1EPOE 5P52A 2P3BB 2ER9E 3GGVA 3UTLA 5P1JA 4Y3QA 3WB5A 2HPFA 4F73A 5IVQA 1XN2A 3T11A 5P33A 1ENTE 1SP5A 5FIVA 1HIHA 4LP9A 3IXKA 2VJ9A 1APUE 2B60A 1GKTA 3IAWA 4XX3A 2R3WA 5P60A 3KMYA 3EKXA 3QBFA 3VFBA 3SA4A 5P2QA 3ZPTA 1EPNE 5P1CA 5P3HA 4BFBA 3S53A 3CICA 1HEFE 3ZMGA 5OYRA 1W6IA 2QK5A 1LYWB 2RSPA 1LF3A 5P81A 3UQWA 1BV7A 2IQGA 3NXEA 2VIZA 2AOCA 4FM8A 5P35A 5P3PA 3LITA 4Y45A 3I2LA 5OZAA 4ZSQA 1KJ7A 3M9FA 3BVBA 5P5OA 7HVPA 1OHRA 2R8NA 3PEPA 3PWWA 1QBTA 5OZYA 2G1YA 3FX5A 5P3QA 5P3KA 4MC2A 5P5KA 4CPXA 4CMSA 2UXZA 2PC0A 4Y5KA 4HDFA 5P3EA 4D8CA 3BGCA 4FIVA 5SXNA 5COKA 4Y5MA 1LEEA 4B0QA 5P3AA 3URJA 2WJOA 5P36A 3VSWA 3ZPSA 5UPJA 3NWXA 5P67A 5OZ0A 4FE6A 1BIMA 5P3BA 5P0SA 4Y44A 4EJLA 2FGUA 2VKMA 5P24A 3QBHA 2APRA 4B1DA 5P7DA 1DPJA 3NYGA 1EBKC 1BDQA 4GB2A 5AGZA 4RVIA 2FNSA 4YOBA 4GIDA 3OXCA 2OHMA 4Q5MA 5KR0A 1XE5A 3PM4A 1IDAA 1YX9A 5P8VA 1LYAA 5OZTA 4QJ2A 1HXBA 2QHCA 1IZDA 1UH8A 5DQCA 4LHHA 5OYWA 3PBZA 1HTGA 4WY1A 3K5DA 4Y9WA 5P26A 5P0EA 2J9KA 3QIHA 3LPIA 4CPWA 2QNNA 4DJVA 4EHCA 4Y3FA 5P2TA 3TNEA 2H6SA 4FCOA 5P53A 1NSOA 4TRWA 2FS4A 5P17A 2V13A 4Y4UA 1ZAPA 3NU6A 4Y38A 3OQFA 3S7LA 2HB2A 1LYBA 5P5HA 1MT8A 4I0IA 5P1UA 5CLMA 1ZJ7A 3T3CA 5P0WA 4FAFA 4I10A 5OZJA 5P4TA 3OY4A 2PK5A 1FLHA 3BRAA 5ISKA 3GGUA 3K4VC 5P58A 5P7HA 2G26A 2FXEA 2WKZA 5P38A 3RSVA 1B6KA 2WF4A 5OZCA 3JVWA 2I4QA 3CKTA 3KDBA 4Y4EA 5P1IA 5P22A 3LIVA 5P2BA 4Y4WA 5P1WA 3RTHA 2HC0A 1QBRA 5P4DA 3TPRA 1QBSA 4N00A 5I3XA 5AHBA 3N4LA 3RTNA 4K9HA 1F34A 4Y3NA 4MC9A 4J0PA 1TZSA 1T3RA 1RQ9A 4Y4ZA 3BXSA 3L5FA 5P69A 3NDTA 5HE5A 2J9JA 5OYZA 5P6PA 4JECA 2Q54A 3OQKA 3L5DA 5P2UA 3FKTA 1UH9A 4ZPEA 1AZ5A 5P77A 2AZ8A 4Y4AA 3EKWA 4Y4GA 4BELA 2OHTA 3UDQA 1TCWA 5P46A 1MRXA 3EKQA 4ER1E 4RRSA 4OC6A 1HVCA 4RZ1A 5DQ1A 2IKUA 3NWQA 5P2GA 3D91A 1A30A 4EYRA 2FGVA 3DJKA 3NU5A 3MSLA 3INHA 1LF4A 1PSNA 5P7OA 2VIEA 4K8SA 1QS8A 4I0DA 5HDXA 5P7CA 5P7JA 3K5CA 3VF7A 1D4LA 5P74A 4L6BA 3SLZA 5P0BA 4Y3DA 5OZLA 3PMYA 3SKGA 3JVYA 1EAGA 2AVMA 5HDUA 5JFUA 5P5GA 3OXWA 4J1IA 4M8YA 3UPJA 5P39A 5P10A 1K2CA 4ER2E 2F80A 1FIVA 3VSXA 4R93A 2O40A 5P57A 4DPIA 4I8WA 4NJUA 2QD7A 3O9BA 2AZBA 4H1EA 4Y58A 1U8GA 1YTJA 3HZCA 4Q1NA 3GI6A 5P8KA 3S8IA 5JFPA 5P4EA 2V11C 4RROA 4PYVA 1B6PA 2CENA 5P03A 1B5FB 3PRSA 3K1WA 1QBUA 1AAQA 5P7SA 5P5UA 3UDNA 2B7ZA 5P6WA 5AHAA 5BWYA 3K5GA 1XN3A 4HVPA 4TRZA 5P0ZA 2B8LA 3OUDB 2UY0A 4ZPFA 2BPWA 3INEA 2WEZA 2PSGA 2ZE1A 2OHSA 3L38A 4Y5EA 1G2KA 3I6OA 3OU1A 3QVIA 2QI3A 5P40A 1MUIA 2QI6A 4E43A 1KJGA 3GI5A 1PPME 5IVSA 1TQFA 1RPIA 2QI5A 3FNTA 4L7HA 3KFNA 3URLA 5T4SA 3LIQA 2HS2A 4FRIA 3WB4A 5P5NA 2VJ7A 4RVJA 1KJFA 4YCYA 4H3FA 2HIZA 5P0TA 4GJ7A 5P19A 4GJAA 5P5ZA 3PLLA 4Y3ZA 3K4VA 3GI0A 5OZSA 5P6MA 2A1EA 3UDKA 4Y3HA 1XDHA 4Y4DA 5AH8A 1IDBA 4PEPA 4Y3TA 1IVPA 1B6JA 5OYUA 2V0ZC 3LIYA 4CPTA 3ZKXA 2NXMA 2QU2A 2G1NA 1LV1A 3L58A 5P6AA 5DR3A 2FDDA 1TW7A 3QVCA 5P7EA 5P7TA 2V12C 3B80A 5P4KA 5P13A 5F01A 4Y5NA 2RENA 5P3OA 3Q5HA 5F00A 1HXWA 1EBZA 4H3GA 5P0HA 4CKUA 2PYMA 1A94A 1HVHA 4ZSRA 1FF0C 2OHNA 4I1CA 1E82E 1DP5A 4J1FA 1AIDA 1W50A 1DMPA 2QP8A 2ASIA 4Y3RA 5P3JA 5P2DA 3NU3A 4GJBA 3DM6A 1E5OE 1HSGA 2NMZA 2O4NA 3UDPA 1CMSA 3VV7A 3D1ZA 3OU3A 3SA8A 2XFKA 5P6ZA 3O9LB 1OEWA 4FRKA 3T7XA 2BB9A 4FRJA 3L59A 1SGZA 1BVGA 3TOGA 5P7LA 3PBDA 3RSXA 3SABA 1FQ8A 4R92A 5P3ZA 4HDPA 4LXKA 1LS5A 1K6VA 4RCDA 5P45A 5P32A 5P0MA 4NJVA 5P7VA 4BFDA 2AVSA 3CIDA 5OZ3A 2F3FA 3GGXA 3IGBA 4J55A 5P6LA 1ME6A 5P4GA 5P8LA 5P2OA 2Q5KA 3ECGA 4GJ5A 3UQPA 5JG1A 4GJ6A 2BKSA 4OD9A 5P08A 4EJKA 1BWAA 3KN0A 2O4PA 4FAEA 3IA9A 3EL0A 5P6RA 2HS1A 1XE6A 1SDVA 5P3GA 4Y35A 1EBYA 2G22A 3BUHA 5P2SA 3OWNA 2IENA 4NPTA 5KQFA 1Z8CA 2OHQA 3S45A 3TH9A 4EJ8A 4ACUA 3HVGA 5P0OA 2QZWA 5P5CA 4A6CA 5HU1A 3BXRA 1AJXA 1FGCC 3DCRA 5P2NA 4JOOA 3HBOA 2AVQA 3QRSA 5DQ5A 2NNKA 5DR4A 3L5CA 5SY2A 4A4QA 8HVPA 4HA5A 2AOJA 5P0DA 4B78A 4J0TA 3BC4A 2CEMA 4LBTA 4Y50A 4Y4XA 5P0IA 3OK9A 1Q9PA 1W5XA 1ZBGA 1W6HA 1SIPA 4ER4E 4Y47A 5OZZA 1YG9A 4Q1XA 3SA6A 3OUCA 1MT9A 4EQ0A 2R5PA 2FXDA 2ZJHA 1KZKA 2HAHA 4DJWA 4DQGA 5TOLA 3LZSA 3OTSA 2QMPA 2ZJIA 5OZMA 1G35A 2QHYA 4RYGA 3EKPA 4CPQA 2O4LA 5P3DA 1HVRA 5I3VA 3I25A 2HM1A 2ZJLA 5P86A 1J71A 1SIVA 2AOEA 2WHHA 5P7FA 1FG8C 3CYWA 5P4QA 2G20A 2JYSA 2NNPA 5P2JA 5P6TA 1MERA 5P6HA 1FMBA 3UDJA 1E81E 4ZEAA 3OQ7A 3BGBA 3FIVA 2XYEA 1FB7A 2WF0A 5P7YA 5P5JA 5P15A 2ZJMA 5P5BA 3ZKMA 4Y4BA 1QDMA 3ZKGA 2Q64A 5P3FA 3OU4B 2FDPA 3H5BA 5P20A 4U7QA 5P11A 5P55A 3VLBA 4L1AB 4LC7A 4FM7A 1IZIA 3G72A 3FNUA 5P6JA 5P8MA 1LF2A 4FSEA 3EL1A 1SMEA 2G21A 3O9LA 3ZKNA 3ZKQA 4OBDA 1XL5A 1E80E 3SA9A 5P8NA 3Q6YA 2ZGAA 4DPFA 5P6FA 5P6UA 1K6PA 3R2FA 2P3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YD3 A;  3QRO A;  4DJX A;  4PPH A;  4EWO A;  2G94 A;  4B72 A;  1MSN A;  3EMY A;  2QZL A;  2HB3 A;  4R95 A;  4RRN A;  4H3I A;  5P4M A;  4Y41 A;  4Y3J A;  5P44 A;  2ER0 E;  5P68 A;  3K5F A;  5OZR A;  4DQC A;  1XL2 A;  5P7U A;  3VCM A;  4JPE A;  5P0U A;  5P34 A;  1EED P;  5HDV A;  3PSU A;  2PQZ A;  4EXG A;  2AOF A;  2WF3 A;  5P0Y A;  4DJU A;  3EBZ A;  1EC1 A;  5P4W A;  2Z4O A;  3LIZ A;  3OQA A;  5P2Z A;  3AID A;  1GNO A;  1NPA A;  7UPJ A;  1HIV A;  5P0X A;  3OU1 B;  3LPK A;  2IS0 A;  5P73 A;  2OHK A;  5P7P A;  2R9B A;  5P8P A;  1PPL E;  1PPK E;  5P62 A;  4MC1 A;  1CZI E;  4OBK A;  3CKR A;  1APT E;  4Y5C A;  1UPJ A;  3R0Y A;  4YD6 A;  5OZ6 A;  1EBW A;  3DV1 A;  5P0L A;  5P6E A;  1AXA A;  3QP0 A;  4APR E;  2B42 A;  1EC0 A;  5P4C A;  4L1A A;  4Y43 A;  2Q63 A;  3HDK A;  5ISJ A;  5J25 A;  4WTU A;  3ST5 A;  5P51 A;  2QMG A;  4Y36 A;  5KAO A;  4PZX A;  5P66 A;  3WSJ A;  5P1Q A;  4H3J A;  4D88 A;  1ZPK A;  1WKR A;  1DIF A;  5HDZ A;  1TSQ A;  2OAH A;  5P8I A;  1K6C A;  1HSH A;  1IBQ A;  1T6G A;  4GJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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