4NPUA

Crystal structure of hiv-1 protease multiple mutant p51
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKVGGQLREALINTGADDTIFEEISLPGRWKPKLIGGIGGFMKVRQYDQIPIEIAGHQAIGTVLVGPTPINVIGRNMLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structures of darunavir-resistant HIV-1 protease mutant reveal atypical binding of darunavir to wide open flaps.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4npuA00
1EC3A 1APVE 5P4AA 3BGCA 4PHVA 4ZSMA 5P3OA 4PZXA 5P6DA 5P0BA 3OUAA 4D83A 3PJ6A 2AZ8A 2FNTA 1FB7A 3GI6A 4HE9A 3SKFA 4JPCA 1KJFA 1NSOA 4Y3WA 5P68A 1BWBA 2QCIA 5P8HA 4DFGA 1D4LA 5P5XA 5P4UA 5P2DA 5HE5A 5P75A 2B7FA 5OZ4A 3S43A 5JFUA 5SZ9A 3TLHA 5I3WA 2EWYA 1K6TA 3VYDA 2QNQA 5P4ZA 1W6IA 1LYWA 3O9HA 5P5UA 2R3WA 1SMRA 3SM1A 4EJKA 2ZYEA 3HBOA 3LZSA 3UQXA 1XDHA 4ZPFA 2RMPA 4J5JA 1HVLA 4LXKA 1XS7D 5AH6A 1HBVA 3OXCA 2ZJJA 1HPOA 5P3QA 1QBTA 5P1FA 1C70A 3UQPA 1TSUA 3KMXA 4Y5CA 5P7OA 3CKRA 5P5DA 2PK5A 5P3BA 2MIPA 5P5CA 3LINA 4ZSQA 4RCFA 4DPFA 5JODA 2VJ7A 4TRYA 4EWOA 5P7DA 3S8IA 3UDHA 1BXQA 2OF0A 5DR8A 4GJ9A 5KOQA 2OHUA 4OC6B 2QI1A 2VIJA 2IKOA 3OTYA 3PM4A 1FQ7A 1ME6A 1IVPA 4ZIPA 3VUCA 5OZQA 5P8PA 1YT9A 3UDYA 5I3XA 1LYBB 1F34A 4B0QA 3T11A 4J54A 2F81A 3OQFA 2P3BB 2QD8A 3ZPUA 3IN4A 2OHLA 3NSHA 5P8NA 4YD3A 4Y3DA 5DQ1A 3PCZA 1LF4A 5PEPA 5KQFA 3K5DA 4J1HA 3VEUA 3OU4A 1E5OE 5IVQA 5ISJA 2BPWA 3HD8A 3KT5A 3PCWA 3HVGA 4DQBA 2APRA 3INEA 4I0EA 3JVYA 5P85A 1ZSFA 3BVBA 5SXNA 4J1CA 5P33A 3SA3A 4B78A 2ZHTA 4Y9WA 3BUGA 1LYBA 5P0PA 5P47A 3CKPA 5P38A 1SIPA 3KFSA 3Q70A 4RCDA 4Y5LA 2QHCA 5P6BA 2VJ9A 1BVEA 1HRNA 3I7EA 3R0YA 5P66A 4YOBA 5APRE 5COPA 4H1EA 1B6PA 3EL0A 5P2LA 3TOFA 5P49A 3PRSA 4Y57A 5P8KA 5P7WA 4HDFA 2OHMA 5P3DA 5OZ0A 5P6FA 3O9CA 3EBZA 5OYYA 5HU0A 5P8IA 5P3WA 4YHQA 4B72A 5P67A 5P8GA 4HEGA 5P13A 3Q3TA 4RVXA 3DM6A 1HTRB 5OYZA 3OGQA 3URIA 5P2QA 5P0AA 1SMEA 2PWRA 1FMUA 4Y39A 1XE6A 1PFZA 4Y3HA 1T6EX 2FGVA 1AJVA 5P73A 3ZLQA 5P1CA 5P4RA 5AHBA 1DIFA 5P5ZA 1HTFA 1D4JA 3AIDA 3PGIA 3S56A 1HHPA 3ZPTA 3TOHA 4COEA 4QJAA 3TPPA 4Y58A 5AHAA 5P2HA 4Y3FA 5P3CA 1W6HA 4NJUA 2ZE1A 5SY3A 1SGUA 2NPHA 2JXRA 5P4SA 4ZSPA 5P5MA 1FQ5A 4I12A 3Q5HA 3U7SA 4Y4EA 1GKTA 5E5KA 1D4HA 4J17A 4UPJA 5P65A 5OYUA 2G69A 5P26A 5P7MA 1W5YA 4Y4ZA 5P1HA 4WY1A 2AOHA 1YTHA 5P0JA 1GVXA 5P29A 1Z1RA 3SABA 5P52A 5P00A 1GVTA 5DPZA 5P88A 1EPQE 1YTGA 5P03A 5P5QA 2FLEA 4TRZA 3EKVA 5P5VA 4YBFA 1T7IA 5P3ZA 1EPLE 2B8LA 5SY2A 3IGBA 4L7HA 3TPJA 1M4HA 3OADA 4DH6A 5JFPA 2XYFA 5P80A 1E81E 3IA9A 5P1RA 1EC2A 1HXWA 5DR0A 3NUJA 4LXMA 4MC2A 3K5GA 5P11A 1U8GA 4F76A 1ZPAA 3VLBA 4Y5MA 3S85A 2QAKA 2HPEA 5HDVA 5OZ6A 4TVHA 5P5NA 4DI2A 4I0GA 4RYGA 1LV1A 5P0RA 5P42A 2VS2A 3OQ7A 4LC7A 5P3SA 3PHVA 1BDRA 3UCBA 4GYEA 4DQEA 1Z8CA 5P1AA 3R2FA 5P81A 2HS1A 3BUHA 3ZKIA 2G27A 1LF2A 5P1KA 1HVRA 4E43A 3GI5A 4Y4BA 3UDNA 2F3EA 3O9LA 4DJWA 5P3YA 4GMIA 3ER3E 5P6ZA 1W51A 5P83A 3PB5A 4EP3A 2HAHA 1FQ6A 2P83A 2JYSA 3EL1A 3MSLA 1BBSA 2AODA 1QRPE 4GJ7A 1UH9A 5P3EA 1FQ8A 1MSMA 2WF3A 1BXOA 1KJ4A 3BGBA 3IN3A 2IRZA 5P7AA 5P43A 4B1CA 3PSUA 2OHSA 5P32A 4I10A 5P69A 3QRMA 3URJA 1HVJA 3EKPA 3QVIA 3T7PA 3HVPA 1SDTA 3EL9A 5P3NA 2R8NA 3G72A 5P1NA 5P6YA 4YD4A 3QBHA 2I4DA 4B70A 5P4IA 4CPQA 3OXWA 2G21A 5DQ4A 5P1VA 4BFDA 3NLSA 5P1IA 4F75A 2HPFA 3EKYA 5OZPA 3T6IA 5P4TA 4D88A 4Q1YA 2AZ9A 3G6ZA 4Q1NA 5IVRA 2QP8A 5P07A 3QI1A 3GI0A 2O4KA 2NXDA 5P17A 4PPHA 5C9BA 1VIJA 1NPVA 3OHFA 4Y4WA 5P6GA 2AOEA 2AVMA 2V11C 1GVWA 3BXRA 3LIXA 4J1EA 5P2FA 3PLLA 5COKA 5P0KA 3HW1A 4A6BA 3MSKA 3LZYA 5P87A 5P36A 5P0CA 1RL8A 5P3RA 3PWRA 3VF7A 4FRIA 3QAAA 4H3JA 4WTUA 5P48A 4U8WA 5P74A 1BWAA 4LAPA 5P41A 4Y4AA 4I1CA 5OYXA 5P4KA 2PH8A 5OZBA 2Q63A 5OYVA 1EEDP 2FDPA 2ASIA 3PMUA 1W5VA 5OZVA 2ZJIA 1FIVA 5IE1A 1EBYA 4J0YA 5OZ7A 5P5KA 5OZJA 1QBSA 5P82A 1CMSA 1B6MA 3OGPA 5DR3A 3DUYA 4FRKA 3URLA 5P6QA 4Y4JA 2FXDA 4XKXA 4KB9A 3PMYA 1HXBA 1MTBA 2WEDA 4YBIA 3VG1A 5BS4A 3L59A 4YD5A 1KJGA 2NR6A 1BVGA 4APRE 5P4WA 3OUDB 3OQAA 4Y47A 5AH8A 5P5GA 3RSXA 1HSHA 1JLDA 3NR6A 5P1BA 3UQRA 5P1EA 3S7LA 5P8BA 3EM6A 4NJTA 4PYVA 5P2VA 2ZHRA 5P6WA 3SO9A 2G26A 5DR4A 5OZ9A 2I1AA 3VYEA 3I8WA 4K9HA 1ZPKA 2PSUA 5P61A 5HE7A 4FSEA 2A1EA 2ER6E 3NU6A 2Q64A 1FMBA 5OZIA 5P34A 5P8EA 5P0FA 1AIDA 1EC1A 2BB9A 5P3PA 5OZ3A 5DR7A 3OAGB 4J1IA 3ER5E 3TKWA 1MESA 2WEAA 1BAIA 3GGUA 2OAHA 3KDDA 7UPJA 4GJ5A 5P7ZA 1WBKA 3ZKXA 2QZWA 3GGXA 4FL8A 5P7XA 4HVPA 2QNPA 5P6MA 1G35A 3KN0A 4U7VA 3NDXA 5P7SA 5P24A 5P4HA 1XE5A 3OUDA 1FF0C 4Y38A 5P5EA 2I4XA 2UXZA 5P2TA 5OZHA 5P5PA 4YA8A 5OZUA 2QMDA 4M8YA 4B1DA 5P1XA 1AXAA 1HSGA 2XYEA 5P2KA 4H3FA 3D1XA 4Q1XA 1HVIA 4B77A 4IVTA 3OU3A 1RNEA 1C6XA 3NWXA 3MXDA 1UH8A 5P51A 3EM3A 5P0QA 1LZQA 3PSGA 3QS1A 4I0DA 3A2OA 2QI6A 3GI4A 1BILA 1MERA 3OAGA 5P7GA 5P3JA 1DP5A 3UDKA 5P62A 5P6EA 4FE6A 4I8WA 2AZBA 5P0VA 1BV9A 4D89A 1B6JA 2G1YA 3S7MA 3OQKA 5P5LA 3WZ8A 2PYNA 4RGHA 2R38A 5CLMA 5P72A 1K2BA 1EPPE 3OU4B 3RTMA 2QD6A 1MT9A 2ZJNA 2WHHA 2QD7A 1HOSA 3VCMA 5P7YA 5P0DA 1FG6C 1NPWA 4OBHA 2AVOA 2R9BA 3Q4BA 3L3AA 5P5JA 1OD1A 5OZOA 1HVKA 5P3UA 5P16A 2V16C 3FNUA 2VIZA 5P09A 5OZZA 2Q5KA 3VSWA 2P3DA 8HVPA 5OZFA 1RV7A 3R4BA 1DPJA 4Q1WA 2QU3A 2FDEA 5P7UA 3ECGA 1KJ7A 3TTPA 4EYRA 4NKKA 1ODWA 5P2YA 5KR0A 3APRE 4Y54A 2Q3KA 3NDWA 3TH9A 4B05A 1G2KA 3NU3A 3LPIA 1MUIA 5IVSA 4FS4A 4DJUA 4YE3A 3TPLA 5P4XA 5HTZA 4DQCA 2HIZA 2VNMA 3K5CA 4XX4A 5P5BA 5P6HA 2ZHVA 1HIVA 5EZZA 4CPUA 1XL2A 1HVCA 2ZDZA 2VA5A 4GJ6A 2O4NA 1TCWA 1RPIA 5P6TA 2ZGAA 3SM2A 1M43A 1K6CA 5P1QA 4QGIA 4GZFA 2RKFA 4H3IA 1SIVA 5P27A 4CPXA 1ZAPA 4A6CA 4I0ZA 1K1UA 2G22A 2ANLA 3JVWA 3FNSA 5HDZA 5P6NA 5P8QA 3S45A 2OHNA 2FS4A 3TPRA 3NXEA 4Y50A 3SA5A 2AOGA 5P1PA 2IGYA 3SKGA 2VIEA 5P57A 4M8XA 4Y5AA 2HB3A 3EKXA 2WF0A 5P0XA 3VYFA 5OZAA 5P8DA 3S54A 4ZE6A 5P8FA 5P3KA 1W5WA 1FQ4A 2NXLA 3PI5A 2FGUA 5P46A 2OHKA 4KE0A 4X2LA 1KZKA 2BKSA 2V00A 2H6SA 4ER1E 4Y3NA 4XXSA 5COOA 3BXSA 4J0PA 5P8SA 1W5XA 2RENA 1GNNA 4R93A 1Q9PA 5OZ2A 3INHA 3NDTA 3SA8A 1CZIE 5HDXA 1HPSA 1YM4A 1TSQA 5P84A 3OTSA 5P5AA 4EHCA 5P2XA 4FIVA 3B7VA 3OADB 5P8TA 3BC4A 2HC0A 2IQGA 3L5BA 4ER2E 3UDQA 3UFLA 3OXXA 3O9IA 5P8MA 4LHHA 1HIIA 1MRXA 2FDDA 5P3MA 1FFIC 1UPJA 4I0HA 3IXJA 3T3CA 4KE1A 3DV1A 5P6XA 2AVSA 5P1MA 2CEJA 1T3RA 5C9FA 5KOSA 1FLHA 1A8GA 4JPEA 2OHQA 2BPZA 3KYRA 3G70A 5P40A 3LNKA 4OBZB 1TCXA 1BDLA 1IZEA 2J9JB 3TL9A 5P20A 4GJBA 4AA8A 3GGAA 4J1FA 3SQFA 2G1SA 5P3VA 5P4YA 2QHYA 3T7QA 2RKGA 5OZTA 5P89A 3UDJA 4HDBA 4Y5NA 5P35A 4FRJA 5P2WA 1EBZA 2V0ZC 5P1JA 5P30A 5P7LA 4XX3A 3ZKMA 3HAUA 6UPJA 1EAGA 5DQ2A 5E5JA 4F73A 3O9LB 4NPTA 1APWE 5P2JA 5P3IA 4WY6A 5P4MA 5DQCA 2F3FA 5I70A 1YX9A 1QBUA 4Y51A 5P18A 5AGZA 5B18A 5P8CA 3SA7A 2JJJA 3QIHA 5P02A 5P45A 5P4PA 4APEA 1YM2A 4I0IA 1PSNA 3KM4A 3RTHA 5P1GA 5P7KA 1WBMA 4OBZA 4JECA 1GVUA 2Q55A 2J9JA 3NYGA 3QVCA 1VIKA 2HM1A 5P5RA 5P0MA 5OZNA 9HVPA 2RSPA 3LITA 3LHGA 3CMSA 5OZSA 4DJXA 1PROA 2WL0A 3D1ZA 2FNSA 5I3VA 3N4LA 3SPKA 3L5DA 1MPPA 5P2ZA 1IZHA 2I4VA 5P6RA 5P50A 4FLGA 4K4QA 5P6UA 3OUCA 1D4IA 2WF4A 3EKWA 3FKTA 1HSIA 3LIYA 5OZRA 5P3LA 3O9AA 5P7FA 3INDA 1MTRA 4Q5MA 2XFIA 5P7TA 2OHTA 3PVKA 3CYWA 3RU1A 3SA9A 4EP2A 3OWNA 4QLHA 4RRSA 5P2NA 4DVFA 4CKUA 5OYSA 2F8GA 3I6OA 3QRSA 3O99A 5OZMA 5OZGA 5KQZA 1HPVA 4Y4DA 2Q15A 4Y53A 1E82E 3SA6A 5DGWA 5OYTA 3RVIA 1APTE 4TVGA 1BIMA 2QHZA 4DJQA 5HVPA 1WKRA 4RLDA 1MT7A 2BBBA 2I4UA 3B80A 2FIVA 4FAEA 1E80E 2BKTA 4R92A 1T7KA 5OZWA 5P8OA 2VNNA 1G6LA 4OD9A 5P3XA 3ZL7A 3D3TA 4A4QA 2QI3A 2WECA 3VLAA 5P2RA 5P05A 3KFNA 4Y3SA 1ODYA 1PSAA 2IKUA 3R1GB 4EJLA 3IVIA 2WF1A 5P7EA 5KQXA 5P4FA 3WB4A 3ZKQA 3L58A 3S2OA 1GNMA 3BUFA 2QI7A 1PSOE 2ZJKA 3KDBA 5P44A 1AJXA 5P1ZA 1KJHA 3R0WA 1EPME 1LYAB 3ZOVA 5F01A 3PI0A 4Y3LA 1HVSA 1IIQA 5P2BA 2Q11A 2QNNA 4L1AA 3VFBA 2G94A 2QI5A 3L5FA 5KAOA 4LL3A 5DQ5A 5P59A 3I25A 3APPA 1LF3A 1J71A 2R3TA 4F74A 4QJ8A 4AMTA 3T7XA 4Y5PA 5P5IA 4NJSA 2G24A 4RYCA 1GVVA 1QDMA 1AM5A 2AIDA 3H5BA 3BVAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EC3 A;  1APV E;  5P4A A;  3BGC A;  4PHV A;  4ZSM A;  5P3O A;  4PZX A;  5P6D A;  5P0B A;  3OUA A;  4D83 A;  3PJ6 A;  2AZ8 A;  2FNT A;  1FB7 A;  3GI6 A;  4HE9 A;  3SKF A;  4JPC A;  1KJF A;  1NSO A;  4Y3W A;  5P68 A;  1BWB A;  2QCI A;  5P8H A;  4DFG A;  1D4L A;  5P5X A;  5P4U A;  5P2D A;  5HE5 A;  5P75 A;  2B7F A;  5OZ4 A;  3S43 A;  5JFU A;  5SZ9 A;  3TLH A;  5I3W A;  2EWY A;  1K6T A;  3VYD A;  2QNQ A;  5P4Z A;  1W6I A;  1LYW A;  3O9H A;  5P5U A;  2R3W A;  1SMR A;  3SM1 A;  4EJK A;  2ZYE A;  3HBO A;  3LZS A;  3UQX A;  1XDH A;  4ZPF A;  2RMP A;  4J5J A;  1HVL A;  4LXK A;  1XS7 D;  5AH6 A;  1HBV A;  3OXC A;  2ZJJ A;  1HPO A;  5P3Q A;  1QBT A;  5P1F A;  1C70 A;  3UQP A;  1TSU A;  3KMX A;  4Y5C A;  5P7O A;  3CKR A;  5P5D A;  2PK5 A;  5P3B A;  2MIP A;  5P5C A;  3LIN A;  4ZSQ A;  4RCF A;  4DPF A;  5JOD A;  2VJ7 A;  4TRY A;  4EWO A;  5P7D A;  3S8I A;  3UDH A;  1BXQ A;  2OF0 A;  5DR8 A;  4GJ9 A;  5KOQ A;  2OHU A;  4OC6 B;  2QI1 A;  2VIJ A;  2IKO A;  3OTY A;  3PM4 A;  1FQ7 A;  1ME6 A;  1IVP A;  4ZIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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