4BFDA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
372
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Bace1 Inhibitors: A Head Group Scan on a Series of Amides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfdA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfdA02
1EAGA 1ER8E 1BILA 4HE9A 3SPKA 5P10A 4MC1A 5P86A 2VA6A 2OHTA 3TL9A 5OZRA 5OZTA 5P7TA 2BKSA 4CPWA 2R5PA 1W50A 5AH7A 3R2FA 1T3RA 3KT2A 5P8OA 3EKQA 3KFPA 5ENMA 4K4QA 1D4JA 1IVPA 3OQKA 4ZIPA 4Y3TA 1W5YA 4R92A 5P48A 4EQ0A 3WZ6A 3MXEA 3KT5A 5E5KA 4Y51A 3LZUA 5P6IA 3SKFA 4EYRA 2I4DA 1FMBA 5IVSA 5JODA 2QI7A 3C9XA 5P6DA 3ECGA 5ER1E 3SKGA 2AVOA 1T7KA 2VJ6A 2JJIA 1GVUA 3UQRA 5P8NA 5P3VA 4FIVA 5HVPA 4NJSA 4JPEA 3BUFA 5P4LA 1ZLFA 3EKPA 5OZFA 1SGZA 5P4TA 5P55A 5P49A 3WZ8A 1QDMA 5OZQA 3LIZA 4J1CA 3T6IA 5P70A 3QAAA 2V16C 3GGAA 5JFUA 5P7NA 3GGUA 1LYWB 1KJ4A 1Z8CA 4EJDA 3B7VA 4K4PA 1RPIA 1SIVA 3TPJA 5P26A 4JP9A 2PWRA 2AQUA 3NWQA 3VG1A 5P2RA 5P68A 5P7KA 1IDBA 1EC2A 4Y4TA 5DR3A 4H3GA 5P84A 5P2KA 5P65A 2ZHUA 1AAQA 3VV8A 2I4VA 2O4PA 1HSIA 1KJ7A 4IVSA 3MXDA 1F7AA 2VJ7A 1NPAA 5P60A 2G1RA 3NXNA 3UF3A 3G72A 4OBZB 5P57A 5P64A 4DJWA 4J1EA 5P66A 4U8WA 4PZXA 2BPXA 1HTGA 5P8KA 5P18A 4DV9A 4FCOA 2F3EA 3SQFA 2AOIA 3PWRA 3ZKMA 5P43A 2FMBA 2NR6A 3NXEA 5P17A 3CMSA 2OAHA 5P2IA 1MRXA 1K6CA 3PI0A 3VF7A 1XDHA 2AOFA 3LPJA 3I7EA 4Y58A 5P0AA 5P7LA 3WB5A 3U7SA 1HWRA 1QBSA 5COOA 5IVQA 1TW7A 2AZ8A 2R9BA 4Y5AA 3SAAA 5OZMA 2ER6E 3U6AA 1TSUA 4ACXA 3NDXA 2ER7E 2O4KA 4LC7A 5P7AA 1AM5A 2R5QA 5COPA 2BPVA 2QMFA 1MPPA 5OZZA 1K2BA 3HD8A 3TOHA 5P6QA 4PZWA 1CZIE 2HPFA 5AHCA 5P1OA 3OADB 4Y3RA 5HD0A 1BXOA 3EC0A 3KF0A 5P3KA 3OK9A 2XYFA 5OZ6A 4H3FA 4EQJA 5P47A 5P1QA 1SBGA 2P3DA 4J1HA 5P8AA 4R8YA 4YD6A 5P83A 3PB5A 4LXAA 4YD3A 5JG1A 5P5WA 3L5BA 5P61A 1EPNE 2PMAA 2G94A 5FIVA 1XL2A 3EM4A 5P0KA 5P3BA 1FQ7A 3AIDA 3ZKIA 5DQ4A 2HAHA 3UDYA 3S54A 2RSPA 5P8HA 5P4KA 2P83A 5SXNA 1LS5A 5P24A 2RMPA 1FG8C 4K8SA 2B7ZA 3L59A 1BDLA 4OC6B 3QRSA 5P7EA 5KOQA 3APRE 1ODWA 2NXDA 5P7PA 1G2KA 2V12C 1AXAA 2HC0A 5P0VA 3TTPA 3DOXA 3PLLA 5P6VA 2VA5A 1C6XA 4CPRA 5P62A 3VYDA 2P3AA 3UDPA 2Q5KA 1HSHA 2FLEA 5OZVA 3GI5A 4Y4EA 3Q70A 3FSMA 2WL0A 3DK1A 1HTEA 2VJ9A 5COKA 1TSQA 1SMRA 5P69A 1C6ZA 1BAIA 2AOGA 5P7WA 3OU4B 1KJFA 2H6TA 4PPHA 3LIXA 3SFCA 4OBGA 4FE6A 2QD6A 3S8IA 3EL9A 3KDBA 4OBJA 2PH8A 1A94A 4Y3XA 3LIVA 4YBIA 3HDKA 4RCFA 4B1DA 5P2GA 4AA8A 5P0FA 6FIVA 2ZJMA 1BVEA 5JFPA 5P2JA 4Y3HA 3SABA 2F3KA 3R1GB 1E5OE 1BIMA 3INHA 3T7QA 1HPSA 5C9DA 4FRIA 5OZ7A 2I4WA 1BVGA 5P7ZA 5P67A 2O4NA 2AVMA 5OYUA 1T6GA 4Y3LA 1ZBGA 2AZ9A 3D20A 3QVCA 5P6KA 2QU3A 3APPA 4MC2A 4DH6A 4J0VA 2ZJLA 5P8LA 3VYFA 3OTSA 3OUCA 4XXSA 5P13A 5P3MA 5P0TA 5BRYA 5P3DA 5P50A 4F74A 5P6LA 2BQVA 3HZCA 4YOBA 5DQ5A 3NDWA 5P0YA 5P20A 5CLMA 4B1EA 6UPJA 5P5SA 3UDRA 3K4VA 4D89A 2JJJA 5T4SA 4COEA 5OZIA 1FMUA 3BGBA 3UDMA 3QPJA 5P56A 5P1EA 1XE5A 1FFFC 1B11A 4YD7A 3S53A 1GNOA 4Y57A 1W51A 2P8HA 5P29A 1D4HA 5DGUA 2HM1A 3ER5E 3VLAA 4YD4A 5I3XA 4J0TA 2Q3KA 1E81E 1HVIA 1HXWA 3PSYA 4J1IA 4NJUA 2HS1A 5KQXA 2FXDA 2WECA 4AUCA 1EC1A 5P3IA 4ZSRA 2Z54A 3HVPA 3SA9A 3PGIA 4HLAA 3OGQA 3Q5HA 3VF3A 2G20A 4EXGA 3UCBA 1FIVA 3D1ZA 1HEGE 2O4SA 5P6UA 5SY3A 1E80E 1W5WA 1D4SA 5P1PA 5PEPA 1SGUA 3PRSA 5KQZA 4Y35A 3ZPTA 2ZHSA 5P7QA 5P1SA 5P8FA 1FF0C 5P3EA 4M8YA 2R43A 3EXOA 2J9JB 1HXBA 3OU1A 4TRZA 5P2DA 3VV6A 4I0DA 4EWOA 3ZKGA 2NNPA 2P4JA 3SACA 2PSUA 5P87A 4L1AA 4EP2A 3EL1A 5P7JA 2J9KA 4YCKA 4Z22A 1EPOE 4F75A 3L5EA 1M0BA 5P5PA 5KAOA 3PBDA 4DJYA 3CYWA 5P15A 4B78A 4BFBA 2ZYEA 3K5GA 4RROA 5HU1A 2G69A 5P34A 2G24A 5P1ZA 3TKWA 4U7QA 1EBZA 4H1EA 5ISJA 5P88A 5OYRA 3BXSA 3PVKA 2QMDA 5P4FA 5HU0A 1QRPE 2PYNA 4DQEA 2IKOA 4DJOA 5OYWA 4R5NA 4DQBA 2QHZA 5P6SA 3DV5A 1ZPAA 4I0GA 3PSUA 4HDFA 5P6JA 3PCZA 3KFNA 3UQWA 1A8KA 1HVJA 5P1AA 1HVRA 5P6XA 1B6LA 3JVYA 1IZHA 6APRE 5HDVA 4Z4XA 5P8EA 2G26A 2QNQA 5P14A 5P2MA 3LITA 2ZHRA 3LIYA 4FLGA 4RRNA 3VLBA 2AOEA 1BV9A 3EM3A 3OXCA 5P5FA 5P5GA 1B5FA 4OBKA 3VV7A 1IBQA 3OTYA 3N4LA 5P8RA 3RTHA 2BB9A 3ZPUA 3INDA 2I1AA 3HAWA 2WEDA 5AH9A 2NMZA 4QJ7A 4OD9B 5P0JA 5P80A 1EC0A 4FS4A 4Y5EA 4GJ5A 1MESA 4FM6A 1LF2A 5OZXA 2F3FA 3PI5A 1PFZA 1BDRA 2NPHA 3RSXA 5P72A 5P7UA 2ZHVA 5P02A 4FSEA 4Q5MA 1VIKA 2EWYA 2B42A 5P4RA 3OXWA 4IVTA 4S1GA 3O99A 3PJ6A 2Q63A 5P4NA 1HBVA 3KMXA 3S85A 2R8NA 5EZXA 4Y41A 2PQZA 3UHLA 1EPQE 1F34A 4ZSQA 3Q4BA 5P3CA 5P81A 4NPTA 1META 3QN8A 3OQDA 3L58A 5E5JA 2QMGA 4D85A 3CKRA 5P85A 5P1NA 1Q9PA 1MERA 5P6OA 1HIIA 5P3NA 3L5DA 5OZCA 4J1FA 5P0OA 4DJPA 1LF4A 3KFSA 5P3UA 1UH9A 2IGYA 3D1YA 5P6EA 3N3IA 3QBFA 5P19A 3BC4A 4FAEA 2XFKA 1YX9A 2AOCA 1PSOE 2PC0A 4EJ8A 5I70A 4L7HA 1GVVA 2FS4A 5P8CA 5P2TA 3L3AA 1NSOA 5P63A 3WSJA 3SA7A 4M8XA 3CYXA 4OBFA 4GJAA 4YBFA 5P5JA 1SMEA 4Y36A 1WBMA 2OHQA 2UY0A 4RCEA 1VIJA 1PPME 3PSGA 3S43B 5P4BA 1M4HA 2WHHA 1W5XA 3EKYA 3H5BA 3LPIA 5P3JA 3SO9A 4Y3DA 1HTFA 5P2LA 1MIQA 4GJDA 3UDJA 3U71A 5OYXA 1T7JA 4KE1A 4Y3PA 4QJ9A 1RL8A 1APVE 3TPLA 3I6OA 3NDTA 2ER9E 3QVIA 2H6SA 5C9FA 4Y39A 5OZEA 1XN3A 5BWYA 5P1MA 2P3BB 4B72A 3VSWA 1TCXA 5OYVA 2OHSA 3NWXA 3DUYA 1UH8A 4DJQA 5P3TA 5P6FA 4CPSA 1MT7A 4D88A 1DMPA 5P5BA 4HDPA 1HTRB 3VF5A 4Y5KA 3SM2A 4Y3GA 4B00A 3HW1A 4Y3MA 5P8PA 1K6PA 2BPZA 2QU2A 1PSNA 5P2XA 3IN4A 3QRVA 3IXJA 1YTGA 4CKUA 1IZIA 5P16A 1W6HA 3S45A 4Q1WA 4U7VA 3QIHA 5P75A 1A30A 3NU6A 4RCDA 4YDGA 2ZJJA 3AUPA 4Y4AA 5P73A 1DAZC 3OQAA 2G1OA 3LHGA 3VCMA 5P5OA 4DJUA 1HVSA 2AVVA 3RTMA 2OHUA 1GNMA 1EBYA 1QBTA 4I1CA 5EZZA 4J0PA 3GW5A 4B05A 1ZJ7A 3DCKA 2ZJHA 1HEFE 5P1IA 5P28A 3SA5A 5P1XA 4CPQA 1FQ8A 3PCWA 2PSVA 2XFIA 4CPXA 2CEJA 1SH9A 4LL3A 4Y4XA 5P4JA 3Q3TA 1LYBA 1B6JA 5P7SA 3VFBA 5P8TA 3ZMGA 1G6LA 5P5IA 3PMYA 3FIVA 5P11A 1YT9A 2VNNA 5P1HA 1MTBA 4LBTA 5P77A 5C9BA 5P1RA 2QI4A 5P23A 5OYTA 2BPYA 3NU4A 3OY4A 1G35A 3NU9A 3O9LA 1FEJC 3HBOA 2APRA 4FSLA 5ER2E 5I3VA 5P5NA 2IKUA 2A4FA 2AIDA 4NKKA 2I0AA 4Y3WA 2OHMA 5P79A 5ISKA 4BEKA 1NH0A 4WY6A 4GIDA 1MSNA 3SA4A 1IIQA 1AJXA 3DV1A 3OUDB 5P3HA 5P5EA 3MSKA 4EXHA 5P71A 5KQFA 2XFJA 2QZLA 5KOSA 5OYZA 1APUE 1ME6A 5KR0A 3GGVA 5P1FA 1HPOA 4Y3NA 5P4XA 2FGVA 5P0WA 3R0YA 1XS7D 4AZYA 4GYEA 1HSGA 2B7FA 3VSXA 5I3YA 4HA5A 3BXRA 1LEEA 3WZ7A 2NXMA 1ZTZA 3O9DA 5P0CA 1DW6C 4AMTA 5P1BA 5APRE 1OD1A 4B1CA 4Y5PA 1FQXA 5P5DA 5P0PA 5P03A 5AGZA 3WB4A 2VS2A 5P7DA 1K2CA 3PWWA 3BVAA 3PWMA 2QHCA 3EKXA 2OHKA 1QBUA 2WJOA 3KA2A 4I10A 5P8BA 5KR2A 5P4MA 4JOOA 2BKTA 3S7MA 3EL5A 3O9AA 3MSLA 5P5LA 2RENA 2PWCA 2FXEA 2Q15A 2A1EA 3EBZA 4LXKA 4I0HA 1EPME 3QI1A 1BXQA 4ZEAA 4Y5GA 5P78A 4TRWA 4GJ9A 1B6KA 3KM4A 2Q55A 5P7CA 3LZSA 5P36A 5P54A 2IGXA 2WF3A 3OWNA 4FRJA 5P40A 3UDKA 4B0QA 4J5JA 5P39A 2QZXA 3R0WA 2IRZA 3RU1A 3CIDA 2F80A 5DR7A 5P6BA 4HZTA 1OEXA 2Z4OA 4J54A 5P4GA 1K6VA 5P12A 5BS4A 5P2EA 5P5VA 5P0EA 5P4SA 5P8DA 1CMSA 1B6PA 2FDEA 4DFGA 3BUHA 5I3WA 3LZYA 1LYWA 4Y53A 4QGIA 4RZ1A 1AVFA 1LYAA 1RNEA 5P46A 4I0JA 2I4XA 4GB2A 4LXMA 3BHEA 2R3WA 5J25A 2QD8A 4QJ6A 5P7YA 2V10C 5P8GA 3TPPA 4BFDA 3K1WA 4RLDA 3NDUA 2IL2A 3VYEA 1FKNA 2QI0A 3OXXA 2QD7A 3OAGA 1JLDA 3CICA 5P5ZA 3QRMA 2JXRA 2QI1A 5OZNA 3UQXA 4Y50A 4OBZA 4YDFA 2ANLA 3INEA 4Y3YA 5HCOA 5P08A 5P8IA 3DJKA 5P8SA 2B8LA 4I11A 5P1CA 3UFLA 5P6NA 3NU5A 3FNUA 4DQHA 5P8VA 4GJ8A 4ZPFA 5P6RA 3T3CA 2F81A 3S2OA 1UH7A 3G70A 5P00A 5P0SA 4J1KA 1K1TA 3ST5A 1J71A 5P0LA 3OUBA 4EJKA 2NTRA 3NUOA 1HOSA 7UPJA 3MSJA 5OZ2A 3H0BA 4R91A 5TOLA 2JE4A 4RYGA 4KE0A 3JVWA 3TOFA 3OHHA 2IS0A 5P0UA 5P4DA 5P4YA 1GVWA 5P3SA 2QI5A 5P1GA 2BBBA 4DVFA 4Y47A 4Z2ZA 1ODYA 4XX4A 4JECA 3O9EA 3UFNA 5P0DA 2BJUA 1EBKC 1C6YA 5P2YA 3O9IA 1PSAA 2Q11A 5P37A 1LYBB 1SDTA 3OADA 5P5RA 2FIVA 1TCWA 2RKGA 1SDUA 4Y9WA 4CPTA 3I2LA 5P2UA 5P07A 1SDVA 4D83A 5OZLA 1HVLA 1IVQA 2G1SA 2ZE1A 1MT8A 2XYEA 3L5CA 5P7IA 1GVTA 2ZDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EAG A;  1ER8 E;  1BIL A;  4HE9 A;  3SPK A;  5P10 A;  4MC1 A;  5P86 A;  2VA6 A;  2OHT A;  3TL9 A;  5OZR A;  5OZT A;  5P7T A;  2BKS A;  4CPW A;  2R5P A;  1W50 A;  5AH7 A;  3R2F A;  1T3R A;  3KT2 A;  5P8O A;  3EKQ A;  3KFP A;  5ENM A;  4K4Q A;  1D4J A;  1IVP A;  3OQK A;  4ZIP A;  4Y3T A;  1W5Y A;  4R92 A;  5P48 A;  4EQ0 A;  3WZ6 A;  3MXE A;  3KT5 A;  5E5K A;  4Y51 A;  3LZU A;  5P6I A;  3SKF A;  4EYR A;  2I4D A;  1FMB A;  5IVS A;  5JOD A;  2QI7 A;  3C9X A;  5P6D A;  3ECG A;  5ER1 E;  3SKG A;  2AVO A;  1T7K A;  2VJ6 A;  2JJI A;  1GVU A;  3UQR A;  5P8N A;  5P3V A;  4FIV A;  5HVP A;  4NJS A;  4JPE A;  3BUF A;  5P4L A;  1ZLF A;  3EKP A;  5OZF A;  1SGZ A;  5P4T A;  5P55 A;  5P49 A;  3WZ8 A;  1QDM A;  5OZQ A;  3LIZ A;  4J1C A;  3T6I A;  5P70 A;  3QAA A;  2V16 C;  3GGA A;  5JFU A;  5P7N A;  3GGU A;  1LYW B;  1KJ4 A;  1Z8C A;  4EJD A;  3B7V A;  4K4P A;  1RPI A;  1SIV A;  3TPJ A;  5P26 A;  4JP9 A;  2PWR A;  2AQU A;  3NWQ A;  3VG1 A;  5P2R A;  5P68 A;  5P7K A;  1IDB A;  1EC2 A;  4Y4T A;  5DR3 A;  4H3G A; 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 3UCB A;  1FIV A;  3D1Z A;  1HEG E;  2O4S A;  5P6U A;  5SY3 A;  1E80 E;  1W5W A;  1D4S A;  5P1P A;  5PEP A;  1SGU A;  3PRS A;  5KQZ A;  4Y35 A;  3ZPT A;  2ZHS A;  5P7Q A;  5P1S A;  5P8F A;  1FF0 C;  5P3E A;  4M8Y A;  2R43 A;  3EXO A;  2J9J B;  1HXB A;  3OU1 A;  4TRZ A;  5P2D A;  3VV6 A;  4I0D A;  4EWO A;  3ZKG A;  2NNP A;  2P4J A;  3SAC A;  2PSU A;  5P87 A;  4L1A A;  4EP2 A;  3EL1 A;  5P7J A;  2J9K A;  4YCK A;  4Z22 A;  1EPO E;  4F75 A;  3L5E A;  1M0B A;  5P5P A;  5KAO A;  3PBD A;  4DJY A;  3CYW A;  5P15 A;  4B78 A;  4BFB A;  2ZYE A;  3K5G A;  4RRO A;  5HU1 A;  2G69 A;  5P34 A;  2G24 A;  5P1Z A;  3TKW A;  4U7Q A;  1EBZ A;  4H1E A;  5ISJ A;  5P88 A;  5OYR A;  3BXS A;  3PVK A;  2QMD A;  5P4F A;  5HU0 A;  1QRP E;  2PYN A;  4DQE A;  2IKO A;  4DJO A;  5OYW A;  4R5N A;  4DQB A;  2QHZ A;  5P6S A;  3DV5 A;  1ZPA A;  4I0G A;  3PSU A;  4HDF A;  5P6J A;  3PCZ A;  3KFN A;  3UQW A;  1A8K A;  1HVJ A;  5P1A A;  1HVR A;  5P6X A;  1B6L A;  3JVY A;  1IZH A;  6APR E;  5HDV A;  4Z4X A;  5P8E A;  2G26 A;  2QNQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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