1HVHA

Nonpeptide cyclic cyanoguanidines as hiv protease inhibitors
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Acid protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Nonpeptide cyclic cyanoguanidines as HIV-1 protease inhibitors: synthesis, structure-activity relationships, and X-ray crystal structure studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvhA00
3QP0A 2G1YA 3LINA 4FRJA 3OAGB 1BILA 1T6EX 2G27A 2R5PA 2WF3A 4NJUA 2I0AA 5P71A 1PPME 1TSQA 2ZHVA 5P4TA 3MSJA 2O4NA 3ER5E 2AIDA 3PSGA 4Y48A 3T6IA 4D85A 2B7FA 3APRE 4L1AA 3KFSA 5P6XA 1HPVA 4J55A 2QMGA 1NSOA 2FLEA 5P6SA 4J0YA 3EL5A 3L5DA 4OBZB 4GJAA 5P7VA 2G94A 2I4VA 5P6VA 5BRYA 4Y3HA 3GI4A 2B60A 3OQ7A 5OZEA 3DV1A 5P5BA 5P6IA 1A30A 5P6DA 4WTUA 3RVIA 3UDKA 3ZKIA 5HE4A 5P1IA 5P7WA 4D8CA 1SIVA 1M4HA 1DAZC 2QZKA 3ZKNA 3EBZA 4Y5LA 6UPJA 5P15A 4F74A 3BVBA 5P6MA 1G2KA 3OAGA 5P54A 5OZOA 2MIPA 4Y5KA 5P09A 4KUPA 5OZCA 5P7CA 2FMBA 2OHNA 4RVJA 4Y3DA 5P2KA 5OZFA 2AZBA 5OZ9A 4ZSRA 1KJGA 3VYEA 3BUFA 5DQ1A 5P88A 4J0VA 2AVVA 1GVWA 5P5LA 2G21A 4AZYA 3PCWA 3LITA 1MIQA 3G6ZA 5SY3A 1BWBA 1AZ5A 3L5EA 2BKTA 5OZSA 1ODWA 4DJUA 5P1WA 5P67A 7UPJA 3TTPA 3INFA 2RENA 1B6LA 3LIXA 4RYCA 3S7LA 5DQ5A 5P2YA 4WY6A 3CKRA 1APUE 2PC0A 1LEEA 3HW1A 4I0DA 5P2IA 4FM6A 5P66A 2O4SA 2QZLA 4J1HA 5P0JA 3OADB 4CP7A 5OYRA 5C9DA 1FQ5A 1EBYA 3OGQA 1ZSFA 5P6TA 4LL3A 3BGBA 3F9QA 4Y4XA 3IGBA 1ZAPA 3EM4A 2VJ6A 3D20A 4GJ7A 5P0DA 4YD5A 5P0SA 3TOFA 1ZBGA 5P6PA 4N00A 3OOTA 5KQFA 3K5DA 3GGVA 3ZKSA 2ZJIA 5OZXA 3OUCA 5F00A 4IVSA 3EKXA 5P3NA 1PSOE 4J1KA 2AOFA 5OZVA 2NNKA 4ZSQA 5E5JA 4D89A 4MC6A 2O40A 2CENA 1GNNA 3NSHA 2WL0A 3L3AA 3RU1A 3OQDA 4EJDA 1HSGA 2WEAA 5P5QA 1XDHA 1QBTA 1IZIA 2WF1A 1RPIA 4EP2A 5OZAA 5P6YA 3BUHA 5P3MA 5P0KA 5P1OA 5IS4A 5P1MA 5P2RA 2FDPA 3OADA 2BJUA 1D4YA 1BVEA 1FFIC 4PEPA 1XE6A 2NMZA 5AHBA 4X2LA 5P52A 1Z1RA 3LIVA 3O9AA 1RL8A 2BPWA 3NUOA 4CKUA 5C9FA 1FQXA 4K4RA 3PB5A 4J1FA 4DQCA 1EBWA 3Q5HA 2IENA 4ER4E 5P51A 5KR1A 4JECA 5DR1A 2FXDA 1LYAB 5P3JA 5P1XA 3ZKMA 2IEOA 3QVIA 3K5FA 2QAKA 5P34A 4Y54A 5ER1E 4FAFA 5P5MA 2ASIA 5P4ZA 4EYRA 4Z50A 2Q54A 5P8LA 5P8DA 2R38A 3INDA 2I4UA 5BWYA 5P57A 3TPLA 2XFKA 4JP9A 2HM1A 5P53A 4Y57A 5KQYA 3L58A 1BXOA 4FS4A 1EPLE 5P32A 4APEA 3H0BA 5OZLA 4I0IA 3LZVA 5P3GA 6APRE 5P3CA 4Y4WA 4Q1XA 4Y4EA 3O9BA 8HVPA 3VV8A 5P4VA 2QD7A 4I0HA 2QU3A 2JJIA 5P55A 1EPME 4I0ZA 4Y6MA 5P0QA 5P64A 4DQEA 2R5QA 1HPXA 4YE3A 5HE7A 2VJ9A 3BHEA 3SQFA 5OZ4A 5P5KA 1EPNE 5P0MA 5OZKA 5P5OA 2A4FA 5P77A 1HVLA 2O4PA 5P7EA 3TNEA 4DPIA 5P58A 4U8WA 1LYAA 4Y37A 2JE4A 2F81A 4DJXA 3PBZA 2HB2A 5JFPA 2P3DA 1WKRA 4FRIA 5P7NA 4Y44A 3TLHA 5P3HA 4Y3TA 2WF4A 5P0YA 3AUPA 2P4JA 3DJKA 4BEKA 3O9EA 1A8KA 4RYGA 2G69A 3ZKXA 3CKTA 3LIZA 3IN4A 5IVTA 5HVPA 2WEZA 3AIDA 4FM8A 4X7IA 5P41A 4QJ2A 1VIKA 5P7JA 3S53A 1MSNA 3Q3TA 2I4QA 1D4SA 4I0EA 3LHGA 3CKPA 5P8MA 5ISJA 3HAUA 1HEGE 4I8ZA 1AIDA 2FNTA 3PI5A 1EEDP 3PSYA 3BVAA 4PZXA 1HTRB 1HTGA 1FQ8A 2QP8A 4Y3EA 3IXOA 3EM3A 5OZPA 2IL2A 2OHPA 5P3OA 1QBSA 1HEFE 2P3AA 3WB5A 1OEWA 4D88A 2FGUA 4Y3YA 2VIYA 3TL9A 4YCYA 2F3EA 3CIDA 2FDEA 4Y4AA 5P4IA 4Y4UA 1FGCC 5P1KA 4HVPA 3SA6A 2I4XA 5P4XA 1BDRA 3IVHA 4R92A 2A1EA 4Y3FA 5OYSA 4ZIPA 5P5DA 3HVGA 2HC0A 1IIQA 4J1CA 2P3BB 3PMYA 3T3CA 5P7AA 4B72A 3NXNA 1XE5A 4UPJA 5AH6A 4Y5EA 5P8UA 4TVGA 4JPCA 1EBKC 4ER2E 5OZ7A 1BVGA 2P8HA 5KAOA 1MERA 1W5VA 1SDVA 2V00A 3O99A 3RTHA 2B42A 4Y51A 4J0TA 1HHPA 4MC9A 4QGIA 2Q15A 4F73A 5HDUA 5TOLA 4GMIA 2O4LA 1B6KA 5P29A 5T4SA 5P4LA 4EXHA 3LPIA 1F7AA 4QJ8A 4K9HA 3PCZA 1RNEA 1MTRA 3NXEA 4HEGA 2ZHSA 4U7VA 4Y3WA 2QD6A 5P1VA 2AQUA 1HVKA 4Y3ZA 5P6KA 2PK6A 1PPKE 5P08A 5P5HA 1JLDA 3OOZA 4FM7A 3SA3A 4J0ZA 2P3BA 4CMSA 3G72A 1LF3A 4LC7A 1FMUA 5EZZA 5DPZA 5OZHA 5P0ZA 5P7KA 3TKWA 4B00A 3S7MA 5P8IA 2J9JB 3VFBA 3KFNA 4FCOA 2WF2A 5OZ5A 4I10A 5P1DA 5P3IA 5OZJA 1K2CA 3KT5A 5P0EA 1YG9A 3RSVA 1FLHA 5P87A 3O9HA 4ZSMA 3IXKA 4DJVA 3O9DA 1K2BA 4FLGA 4H3GA 3WSJA 4J1EA 4GJDA 1AJVA 2ER0E 4L6BA 2QI4A 5P25A 3O9LB 3H5BA 3PWWA 5OYQA 5P46A 5DR3A 5I3VA 4ZLSA 5P6RA 5P01A 3RTNA 4Y5BA 5P8TA 5P43A 1KZKA 1SBGA 5P0IA 3SAAA 5P4YA 3NR6A 7HVPA 2RKGA 4J5JA 3K1WA 2OHKA 3EKWA 3OQKA 1EPPE 4B77A 1ZLFA 1HRNA 2J9JA 3L5CA 5OZMA 1KJ7A 4KB9A 5P6QA 5OZNA 2I4WA 3UQUA 3SA9A 2PH6A 2BQVA 3B7VA 4I1CA 4J0PA 2JXRA 4Y4JA 3OK9A 2R3TA 2I1AA 3INHA 5P28A 1HWRA 2JJJA 4Y9WA 3QROA 2NPHA 3KF0A 1LV1A 1T7JA 4TVHA 3U6AA 2G22A 5P8EA 2IGXA 5P7DA 3O9LA 2NMYA 2AZ8A 1LYWB 5P23A 4EHCA 1D4KA 2AVSA 5P0BA 4Y3LA 5P3AA 3ZPSA 5P4UA 5P22A 4Y45A 5P3UA 1META 3NU5A 2OHLA 4DJOA 4DJQA 4B1DA 3EL4A 2HB3A 4Q5MA 4Y4ZA 5P18A 1EAGA 4XKXA 5I70A 4XX4A 4DQFA 5P6NA 3RSXA 2VA6A 2FXEA 4DVFA 1OHRA 3NDXA 3OHHA 3VSWA 3URLA 3ZKGA 4ZEAA 5P2UA 5P1JA 3LZUA 4GJ6A 5OYWA 3IA9A 5P8FA 1APTE 4TRWA 4I8WA 4OBGA 1K6TA 4NJSA 1HVHA 4PZWA 3SM1A 1MT7A 3R4BA 5P4NA 1CPIA 5P89A 4CPXA 4HA5A 4AUCA 2HAHA 5OZDA 3S45A 1UPJA 5P3XA 1LYWA 5P2XA 1GKTA 5HU0A 3DV5A 5P2ZA 1W51A 5HDZA 3NU9A 2VA7A 4J54A 2VIEA 4R8YA 4R91A 5P2QA 1XN2A 3OGPA 4DQHA 1B6PA 1M43A 3NUJA 5P80A 2AOHA 3KN0A 5P2BA 5IVQA 4XXSA 3SKFA 1GNMA 4OBZA 3N4LA 5P7HA 3SABA 5P1EA 1HTEA 4APRE 5P5YA 4Y47A 4NPTA 3PI0A 4GJ8A 5OYVA 4MC1A 5AH9A 3UHLA 5P2GA 1ZPKA 5P73A 4E43A 2ZE1A 3CYXA 3NU3A 4Y3PA 2NTRA 2IKOA 1GVTA 1W50A 4NJTA 1SIPA 3DK1A 2PSGA 4OBDA 5P0TA 3HZCA 2QI6A 5DGUA 4Y3MA 1ZSRA 1HSIA 1B5FB 3IAWA 5P4FA 1FIVA 3EXOA 4PYVA 3UDRA 1XN3A 4YD7A 3UQWA 1GVVA 4OBFA 2BKSA 3FSMA 4JOOA 3NDUA 5P47A 1BBSA 2PWRA 4Y58A 2Q5KA 5P1NA 5P2MA 2OHSA 3I7EA 5P6WA 4Y4TA 4PPHA 3GGAA 4WY1A 5P39A 3SM2A 5P8AA 2UXZA 3DUYA 1PROA 2AVOA 2QNPA 4A6BA 4NKKA 1IZHA 2VIJA 1EC2A 2BPXA 2PSUA 4RZ1A 5DQ2A 3ZMGA 3R0WA 4DJPA 3GGXA 3WZ6A 3VV6A 3INEA 2PSVA 4NJVA 5P03A 1PSNA 3GI6A 3JVYA 3SO9A 1B5FA 5P5PA 1YTJA 2B7ZA 2QZXA 5P6HA 5SZ9A 5P3FA 5JFUA 3EMYA 5P33A 1ZPAA 5P1GA 1ME6A 4HZTA 5P00A 2ZJMA 2FGVA 1N49A 4GJBA 2IKUA 1HTFA 3C9XA 1HVJA 1QS8A 5P2AA 2HB4A 5P3DA 5P79A 4FSEA 5P1HA 4RRSA 3UDYA 1FMXA 5KR0A 5SXNA 4Z2ZA 5P2TA 5P1QA 1Z8CA 5P7GA 4K4QA 2CEMA 2P3CA 1HXWA 5P5RA 3MWSA 1SDUA 2H6SA 4OBHA 3NWXA 2O4KA 2WF0A 3FNUA 4DJRA 4S1GA 1IZEA 3PEPA 5JODA 4FSLA 1IZDA 3FNSA 3UCBA 3Q6YA 4AMTA 1PFZA 4H1EA 4LAPA 3BUGA 3NDWA 1K6CA 5P6JA 4I0FA 5P12A 1B11A 4KE1A 4Y36A 3FNTA 5COPA 5P4DA 2AOJA 5P59A 5P0CA 5P2VA 3PWRA 3O9FA 3BC4A 5P10A 5COOA 5OYZA 5HTZA 5P2NA 1HPOA 1HXBA 5BS4A 3TH9A 4Y50A 1D4IA 5P6FA 3OXXA 5E5KA 4MC2A 1BV9A 3N3IA 2V0ZC 5P70A 4HE9A 5I3YA 1HOSA 2AVMA 5P8RA 1K1TA 3VYFA 3OWNA 4I0JA 1D4LA 2IS0A 3LIYA 5P13A 5P5NA 5P6ZA 1IDBA 5P20A 4CPUA 4YCKA 3TOGA 4A4QA 1TCWA 1BDQA 5P0FA 4B78A 1Z1HA 4FE6A 1PSAA 2ANLA 2ZHUA 2OHMA 3SKGA 1HBVA 1FKNA 2V12C 3T7PA 3LIQA 5P4WA 2ZGAA 5P76A 1QBRA 4DPFA 1YTIA 3QBFA 1AM5A 3PSUA 4ZSPA 5KOSA 1UH7A 2QI1A 3SA4A 3SA5A 2QMPA 4OC6B 3VUCA 2RSPA 5P81A 1C6XA 4Y4BA 2PYNA 3JW2A 3O9IA 1BIMA 3VEUA 1BWAA 4CPQA 5P5EA 2QI3A 1NPVA 5P2DA 3VCMA 5DGWA 5IVSA 1FG8C 1MPPA 5P56A 5OZRA 4QJ7A 3EL1A 3DCRA 2Q11A 3CMSA 2ER9E 5P62A 2H6TA 5OYXA 2QMFA 3Q70A 2Q55A 3NU4A 5HD0A 3VV7A 3R2FA 5P3LA 3KT2A 2R8NA 2G1OA 5P8SA 2QI0A 1APVE 2G1SA 2AVQA 3GI0A 3O9CA 2BPVA 5AH8A 5KQXA 4H3JA 5P7IA 2R43A 3HBOA 5OZ1A 5OYYA 4OC6A 1MVPA 5P4SA 3EKQA 3QRVA 5P1AA 5P0XA 3VF5A 3SLZA 3HDKA 2Q3KA 5P3WA 5HCOA 2ZJKA 5APRE 2QI5A 2XYFA 5P2EA 3VF7A 3FV3A 4GJ9A 1ENTE 1Q9PA 3BXSA 4RVXA 2V10C 3QS1A 3PLDA 3VLBA 4LP9A 1C6YA 1SGUA 5P05A 5P78A 2ZHTA 3KDCA 5P83A 4DJYA 2VNNA 3MSKA 2ER6E 3MSLA 2NXDA 1QBUA 3QIHA 5P5SA 1MRXA 2BBBA 5P11A 4YDGA 1W5WA 4DFGA 3CICA 1KJ4A 5P4MA 3A2OA 5ENKA 5P61A 4DV9A 5ER2E 5P7RA 5P75A 4GB2A 4Y3GA 1OD1A 5FIVA 5P5WA 3KYRA 3GGUA 4AA9A 1UH8A 4HDFA 1HVCA 3QRSA 5P4JA 4R93A 1LYBB 5P40A 2QU2A 4Y3RA 3PHVA 4LHHA 2XFIA 1DP5A 3HAWA 5OZ0A 4DQGA 4YBIA 4CPTA 1B6MA 1HVSA 2NR6A 4OBKA 1E82E 1KJHA 5P69A 5HCTA 3HLOA 2I0DA 2R3WA 2OAHA 5P3PA 1DIFA 3GI5A 3OTSA 2PYMA 4ZPGA 5P2CA 5B18A 3PRSA 3UQRA 5P5XA 5P17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QP0 A;  2G1Y A;  3LIN A;  4FRJ A;  3OAG B;  1BIL A;  1T6E X;  2G27 A;  2R5P A;  2WF3 A;  4NJU A;  2I0A A;  5P71 A;  1PPM E;  1TSQ A;  2ZHV A;  5P4T A;  3MSJ A;  2O4N A;  3ER5 E;  2AID A;  3PSG A;  4Y48 A;  3T6I A;  4D85 A;  2B7F A;  3APR E;  4L1A A;  3KFS A;  5P6X A;  1HPV A;  4J55 A;  2QMG A;  1NSO A;  2FLE A;  5P6S A;  4J0Y A;  3EL5 A;  3L5D A;  4OBZ B;  4GJA A;  5P7V A;  2G94 A;  2I4V A;  5P6V A;  5BRY A;  4Y3H A;  3GI4 A;  2B60 A;  3OQ7 A;  5OZE A;  3DV1 A;  5P5B A;  5P6I A;  1A30 A;  5P6D A;  4WTU A;  3RVI A;  3UDK A;  3ZKI A;  5HE4 A;  5P1I A;  5P7W A;  4D8C A;  1SIV A;  1M4H A;  1DAZ C;  2QZK A;  3ZKN A;  3EBZ A;  4Y5L A;  6UPJ A;  5P15 A;  4F74 A;  3BVB A;  5P6M A;  1G2K A;  3OAG A;  5P54 A;  5OZO A;  2MIP A;  4Y5K A;  5P09 A;  4KUP A;  5OZC A;  5P7C A;  2FMB A;  2OHN A;  4RVJ A;  4Y3D A;  5P2K A;  5OZF A;  2AZB A;  5OZ9 A;  4ZSR A;  1KJG A;  3VYE A;  3BUF A;  5DQ1 A;  5P88 A;  4J0V A;  2AVV A;  1GVW A;  5P5L A;  2G21 A;  4AZY A;  3PCW A;  3LIT A;  1MIQ A;  3G6Z A;  5SY3 A;  1BWB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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