4DUSA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with n-((2s,3r)-1-(4-fluorophenyl)-3-hydroxy-4-((6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridin]-4'-yl)amino)butan-2-yl)acetamide
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
365
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Potent and Orally Efficacious, Hydroxyethylamine-Based Inhibitor of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 365
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dusA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dusA02
3R2FA 5ER2E 3WB5A 4Y4JA 4J1CA 3QI1A 2R3TA 5P85A 2ANLA 1ZPKA 3PLDA 5P8VA 3IVIA 1PPLE 3HAUA 1PPKE 3INFA 3H5BA 4DQHA 3VYDA 3NYGA 4CKUA 1MT8A 2G27A 3FX5A 1D4SA 4B0QA 2Z4OA 5P6YA 5OZ9A 3L3AA 3T11A 1M0BA 1IZEA 4GJ9A 5P8LA 3K5GA 2HB2A 5P0CA 5P6VA 1HVKA 1PFZA 3OUBA 2QHZA 1Z1HA 5P45A 3DK1A 4GJ8A 4PEPA 3QAAA 4YDFA 4Y5KA 5P6EA 1KJ4A 3T6IA 5P7WA 1MTBA 2F80A 4B05A 3GI5A 3UDJA 4Y3XA 2O4LA 4Y3NA 3FIVA 3R0YA 3EL1A 5ER1E 4OBGA 5P12A 2WHHA 1MERA 3SACA 1CMSA 4Y5NA 3ZKGA 2G69A 5IVTA 2XYEA 2OHMA 1HPXA 1ODYA 5P7SA 5P35A 1FF0C 2PWRA 4E43A 5P82A 4KB9A 3L38A 3KMYA 3QRMA 3SA8A 3VF3A 1MESA 3HLOA 3OOZA 1B6MA 5P1RA 1LF2A 2WECA 1YX9A 2FDPA 5P3BA 5IE1A 1SBGA 3PWMA 1HVLA 5P4UA 4PZXA 3Q5HA 4HDFA 1HTEA 5P5QA 5KQXA 4I8ZA 2I4DA 3PLLA 3L59A 4NJTA 3SKFA 3UDNA 1YTHA 2WF4A 2AZ8A 4K8SA 2HAHA 1BDQA 4RGHA 4HDBA 1GVWA 1T7JA 3OXWA 3SLZA 3SA7A 3RTHA 1D4HA 4K4QA 4DI2A 3INHA 5P04A 5P7EA 3D20A 3KDBA 4XXSA 5P36A 3EC0A 3PBZA 5DQ4A 1PSNA 1GVVA 4R8YA 4Y3PA 4XX4A 1HVSA 2PMAA 4CP7A 3QS1A 4WY1A 3NLSA 9HVPA 3WB4A 1HVJA 1HPOA 3VYEA 5OYTA 3IA9A 4B78A 3NSHA 5P2YA 5ENMA 4Y5BA 1HPVA 5PEPA 1XE6A 1N49A 3EM4A 1NPWA 3FV3A 2VKMA 5P5FA 3KA2A 2QI5A 2QMFA 3EKTA 1Q9PA 5I3YA 4N00A 5COOA 3C9XA 1T7IA 3NWQA 4HDPA 5P10A 5P76A 5P5UA 3BUFA 1XL2A 3K5DA 5P07A 3S8IA 2UY0A 4PPHA 1B6KA 5P6PA 4RCFA 4ZLSA 1IBQA 3U71A 1IZIA 4FRSA 4D85A 5P7TA 2AOFA 3LPIA 3NU3A 4RVJA 5OZEA 2QD6A 5P0SA 3B7VA 3FNTA 5P4JA 3BGBA 5P11A 3NU6A 7UPJA 1GVUA 4LXAA 3NU4A 3CKTA 4IVTA 5P16A 3ZKMA 5P5LA 4J54A 4I0ZA 4CPSA 4Y54A 1LYBB 4Y53A 3VV7A 3OU3A 3OQDA 2HB3A 4QGIA 4Z22A 2QHYA 3UDHA 2XFKA 4B72A 3D91A 3WZ7A 3PSGA 3NXEA 4EXHA 2BKTA 1EBKC 4FS4A 2ER9E 4L7JA 1VIJA 2FDDA 5P3QA 4MC1A 5P4IA 5P7QA 1LYBA 2AOGA 4APRE 5OZDA 1HTRB 1EC1A 2JYSA 1BV7A 2OHRA 4H3IA 3MXEA 2AOEA 1WBKA 4L1AA 3O9FA 3RTNA 4DH6A 5I3WA 1SMRA 2OHNA 4DJVA 4GJDA 3DOXA 1LYAB 5DGWA 5P70A 1G2KA 1MUIA 2QZLA 3N3IA 6FIVA 4QJ7A 5OYQA 4FAEA 5P7BA 1ZTZA 5P84A 5P6KA 5OZZA 3PHVA 5P31A 5P88A 1LYAA 4Z4XA 4HA5A 5P5YA 5P7IA 3LIXA 2VJ9A 5P0EA 2QMDA 4LAPA 4Y3AA 5OZWA 1RPIA 4FL8A 3VSXA 5CONA 5P0RA 3LIYA 5P7YA 1M4HA 1RNEA 5DR4A 1AIDA 5P68A 3DV5A 3UQRA 1IIQA 5P75A 5OZGA 4QJ6A 4Y43A 5DR0A 5P2SA 4B00A 5OZIA 2OHSA 2NMZA 2F3KA 3PSYA 5P3ZA 4FGXA 2ZHRA 2IS0A 2O4NA 3OQAA 3TPPA 5P78A 4BELA 5P34A 4LC7A 1C70A 4F76A 4I11A 4YD3A 3QPJA 2ZJJA 4EP2A 5P66A 4Y39A 5P2IA 3ST5A 2I0AA 3SQFA 4CPTA 1M43A 3GGXA 5SXNA 5P24A 5P0BA 1HVIA 2V12C 1U8GA 2FLEA 3I8WA 3ZMGA 4YHQA 1GVTA 5P87A 5P51A 5P6OA 3K1WA 5P89A 1D4YA 4YOBA 3O9AA 4J0ZA 1ZPAA 5P3EA 4ZE6A 4QJ2A 1YG9A 5P59A 1DIFA 4DQGA 5OYSA 3ER5E 3SFCA 1D4JA 2HS1A 3BUGA 5P1GA 5P2JA 5B18A 5HVPA 4D89A 5P6WA 2ZDZA 2BPZA 1LS5A 4FE6A 1ZP8A 5P1CA 3N4LA 3OTYA 4RCEA 4ER4E 4WTUA 3Q70A 3TNEA 4APEA 4FAFA 2HB4A 4U7QA 2R9BA 4F75A 5P2WA 4EJDA 1W5WA 2NNKA 3UHLA 3EKXA 2A1EA 5OZ3A 2F3FA 4UPJA 1CZIE 5P0NA 3ZLQA 4YOAA 4I1CA 3TOFA 1B6PA 1QBUA 5P4PA 2BPXA 5HDUA 1ODWA 3U6AA 1GKTA 3PRSA 2H6TA 1Z8CA 5P47A 1IVPA 4ZIPA 5P6HA 5P32A 3MSLA 2PH6A 4GIDA 1EPOE 5P7UA 2AODA 5P3UA 2APRA 3HW1A 1G35A 4NKKA 5I3XA 5P7CA 5P4TA 4H3GA 3TPRA 5P5NA 5P1YA 1CPIA 4L7GA 3CIBA 5IVSA 4TVGA 4YDGA 5P0MA 2NTRA 4OBHA 2F8GA 5P5RA 3EBZA 5P4BA 5P0AA 2NPHA 5P3OA 3INEA 3EL9A 5P5WA 2IGYA 1APVE 1YTIA 2RSPA 5KQYA 4AA8A 1WKRA 1BDRA 5OZAA 5P2CA 1K2BA 1ODXA 1HVCA 5P7DA 1ZLFA 2PH8A 2ZHTA 4Y4WA 2WF1A 5P4FA 3QBHA 5P65A 3UFNA 5P8UA 4FM7A 4RVXA 5C9BA 3ZKIA 4S1GA 1SMEA 5AH8A 5P4NA 5OZCA 1TSUA 2WF3A 5HTZA 1W5YA 5P37A 2O4KA 5P8CA 2FMBA 3T7PA 1DW6C 2IGXA 1LZQA 1DPJA 2XFJA 1AJVA 1EEDP 4Q1YA 3OUDB 3D1YA 3ZL7A 4J1HA 5P7LA 4Y3SA 3BXRA 3URLA 5AGZA 4AA9A 1AXAA 2MIPA 4D83A 1BDLA 5P3HA 3GI6A 4CPQA 4CPUA 4OBFA 2V11C 4EXGA 4YCYA 2VA5A 3OUDA 1A94A 3WZ6A 4OBZA 1XE5A 4R5NA 4DJYA 4EJ8A 3O99A 2WEAA 4GJAA 4J55A 4BFDA 1DP5A 2H6SA 5P3VA 5KQZA 3NUOA 5P44A 5P48A 4OC6B 5P5EA 3LZVA 4RYGA 1SIPA 2Q55A 1FQ6A 3KM4A 3SA6A 2OF0A 5P1LA 1EC3A 5AH7A 2VIEA 3OQKA 4J0PA 1KJHA 3B80A 5P7GA 3URJA 3LITA 5P26A 4OC6A 3Q6YA 2IKUA 3KDCA 1EPNE 1XS7D 1LYWB 3NDUA 5P0HA 4FM6A 2BPWA 4I10A 1EBZA 1LYWA 1D4KA 5P5ZA 3IGBA 1BVEA 2AQUA 3G70A 3ZKQA 3K4VC 3LPJA 3TTPA 2Q64A 4YCTA 5P5AA 3UTLA 2AZBA 4NPTA 3HDKA 4JPCA 2Z54A 2IL2A 2G1NA 4J5JA 5P5BA 3VFBA 2ZE1A 3UDQA 2VS2A 3VEUA 5P8DA 3EM6A 4B70A 4GZFA 2NNPA 2I4VA 2IKOA 3FNSA 2ZGAA 4Y4UA 5P1WA 3CYXA 2NXDA 2WEBA 4A4QA 3TPLA 3DV1A 4Y56A 5P17A 5P1JA 3TH9A 4Q1XA 4Y3HA 4B1DA 1D4LA 3DCKA 5P8OA 1EAGA 2FGVA 5HCTA 4NPUA 2PC0A 4Y5PA 3VSWA 5P6MA 1BAIA 2UPJA 5P3RA 3WZ8A 1HIIA 2I4WA 4FIVA 1LEEA 5P2XA 5P7PA 1E5OE 5HDVA 4ER1E 1ZSRA 5P55A 4K4RA 5P1VA 5HCOA 1W6HA 5P0ZA 2PSUA 3ER3E 3PCZA 4EPJA 3RU1A 1HVHA 5P6JA 4Y3QA 4D88A 4BEKA 3IVHA 4RLDA 2P3CA 5P7HA 3JVYA 1FG6C 5P08A 5P0WA 3SA5A 5P77A 5P06A 2I0DA 2P4JA 1AZ5A 3HBOA 2V0ZC 4RROA 5P8QA 5OZSA 2PSGA 3OY4A 2ZJMA 3CMSA 4I0GA 5P23A 1TSQA 3OHFA 1A8GA 5P72A 3KF0A 5P29A 1YM2A 1TCWA 5P0LA 1YTGA 5OYXA 5P0KA 3QVCA 2VIZA 1UH9A 4YD4A 1SGZA 2FDEA 2XYFA 1QDMA 2I4QA 4ZPGA 1SH9A 5P6UA 3GGUA 3JVWA 3LINA 4DPIA 3NWXA 2QI0A 5P4WA 4RRNA 1XL5A 3KT5A 3OQFA 3LIVA 2Q5KA 5OYUA 2B8VA 2OHLA 5P7MA 4I8WA 5HDXA 5P58A 3EKPA 3KFSA 1MT9A 3EKYA 5P6LA 4PYVA 3UQXA 1MVPA 5P67A 5P7FA 5P4GA 5P5PA 2QP8A 3OTSA 3EM3A 3URIA 5P57A 5OZ7A 1E82E 4JOOA 1ZJ7A 2HS2A 4CPWA 2J9JB 2G1YA 3SM2A 5P5JA 5P2BA 5P6CA 4XX3A 3CIDA 3RSVA 3M9FA 2WF2A 3PEPA 5P5OA 3L5EA 1A8KA 5P33A 3OGPA 5P6BA 5OZNA 5EZZA 3NDXA 3RVIA 1SP5A 2ER7E 3BC4A 3PCWA 3ZKXA 2F81A 3UQUA 3KFNA 3VV6A 5C9DA 5JG1A 4NJUA 3WSJA 4Y38A 1HEGE 2QD8A 5P1MA 3QN8A 1FQ4A 3UQWA 2FS4A 3G6ZA 5KR0A 1EPPE 5OYWA 5P2KA 4YD5A 3O9HA 3O9EA 1PSAA 3MXDA 5P6SA 4FRKA 5OZ6A 4DJUA 4R91A 4DJOA 1MTRA 4I0HA 2V00A 5P1NA 5P3SA 2IEOA 3BVAA 3H0BA 5BWYA 4Y47A 5P1UA 2IDWA 5OZ1A 4EYRA 1FFFC 1LV1A 4RYCA 4U8WA 3U7SA 4HVPA 3ZKNA 1NH0A 1FMBA 5P1QA 5P2DA 3LIQA 5P28A 2ZJHA 3APPA 1IDAA 5P3LA 2RKGA 3UFLA 5UPJA 4LBTA 5P19A 2WEDA 3EKVA 5P83A 2AZ9A 5OZKA 5DQCA 5P6QA 4GB2A 2IRZA 3LNKA 2B7FA 2JJIA 3IXOA 5P02A 3PVKA 2QZKA 2CEJA 4B1EA 5P14A 5P3CA 4RZ1A 1SIVA 3O9CA 3MSKA 2OHKA 2O4SA 5P4QA 3I6OA 1YT9A 4QJ8A 4F73A 5P3XA 1PROA 2Q63A 5P2UA 4R92A 5OZ0A 2WF0A 2WL0A 1F7AA 3SABA 4Y3DA 5P3YA 3TPJA 2IENA 3HVGA 5P6XA 4AMTA 4ZPFA 4ZSMA 2FNSA 2VIYA 2QHCA 1C6ZA 5KAOA 1KJGA 2G1SA 5P53A 2QI4A 5P80A 2SAMA 5P4RA 3TLHA 3PI5A 1NSOA 2F3EA 1MRWA 5HE7A 3R0WA 3SO9A 2G21A 3VG1A 5P6DA 2EWYA 1ENTE 3OOTA 4PZWA 1ME6A 5P54A 3VFAA 4Y5GA 1RV7A 1OD1A 5P0UA 2OHQA 4DJWA 5P2FA 5P01A 4ER2E 4Y44A 4Y3LA 2G1RA 1XN2A 3MSJA 5ISKA 3ZKSA 4I0DA 5P41A 4Y41A 5P40A 1GNNA 2Q11A 3UCBA 1JLDA 3TOGA 3OUAA 4Y3TA 3IN3A 5P8EA 3UQPA 2XFIA 4IVSA 4MC9A 2QI6A 5P1AA 5P8MA 3VUCA 5P7AA 2V13A 5P8HA 1ZSFA 3G72A 5P1XA 5KR8A 5HE5A 5P43A 2PYMA 3S53A 3IN4A 3OK9A 3VYFA 3KMXA 3PI0A 4J1IA 5DR3A 1QBRA 3CYWA 1AJXA 4NJVA 1K6PA 4DJPA 5P09A 5P49A 3BVBA 5P18A 4YD7A 5OZJA 4BFBA 2B8LA 3FNUA 2G24A 5DGUA 2V10C 3NUJA 5P39A 1T6EX 1AVFA 2AZCA 3LPKA 4KE1A 2JXRA 4LXMA 1T7KA 4NJSA 5P3NA 2AOCA 2AIDA 4Y3GA 4HZTA 5P2AA 5P5DA 4DJRA 2FXEA 1YM4A 3UF3A 1RL8A 5P8TA 5IVRA 2AOHA 4Q1NA 4QJAA 3HD8A 4Y35A 1W51A 2ZJLA 5P2RA 5P1FA 4GJBA 3RTMA 5JODA 4ZPEA 4YCKA 1HTGA 2V16C 5P74A 5DPZA 5OZUA 5P7XA 1AM5A 5P1DA 2ZJIA 2AVQA 1K6TA 1G0VA 5P3PA 3LZUA 3PSUA 4M8YA 4RRSA 5P63A 4XKXA 3VF5A 1HSHA 5P6IA 1BWAA 2P3DA 5P71A 3OU4B 1NPAA 4Y3EA 4R93A 4AUCA 5P4DA 5P2EA 3Q4BA 3VLAA 5P2HA 2VNMA 1OEXA 4EWOA 4LP9A 1B11A 3UDRA 4J0VA 5APRE 4JPEA 2BJUA 3OU4A 5P1OA 5P0VA 1BVGA 4FCOA 4Y4XA 2PYNA 3K5CA 2QK5A 2RMPA 1J71A 5P5XA 1HEFE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R2F A;  5ER2 E;  3WB5 A;  4Y4J A;  4J1C A;  3QI1 A;  2R3T A;  5P85 A;  2ANL A;  1ZPK A;  3PLD A;  5P8V A;  3IVI A;  1PPL E;  3HAU A;  1PPK E;  3INF A;  3H5B A;  4DQH A;  3VYD A;  3NYG A;  4CKU A;  1MT8 A;  2G27 A;  3FX5 A;  1D4S A;  4B0Q A;  2Z4O A;  5P6Y A;  5OZ9 A;  3L3A A;  3T11 A;  1M0B A;  1IZE A;  4GJ9 A;  5P8L A;  3K5G A;  2HB2 A;  5P0C A;  5P6V A;  1HVK A;  1PFZ A;  3OUB A;  2QHZ A;  1Z1H A;  5P45 A;  3DK1 A;  4GJ8 A;  4PEP A;  3QAA A;  4YDF A;  4Y5K A;  5P6E A;  1KJ4 A;  3T6I A;  5P7W A;  1MTB A;  2F80 A;  4B05 A;  3GI5 A;  3UDJ A;  4Y3X A;  2O4L A;  4Y3N A;  3FIV A;  3R0Y A;  3EL1 A;  5ER1 E;  4OBG A;  5P12 A;  2WHH A;  1MER A;  3SAC A;  1CMS A;  4Y5N A;  3ZKG A;  2G69 A;  5IVT A;  2XYE A;  2OHM A;  1HPX A;  1ODY A;  5P7S A;  5P35 A;  1FF0 C;  2PWR A;  4E43 A;  5P82 A;  4KB9 A;  3L38 A;  3KMY A;  3QRM A;  3SA8 A;  3VF3 A;  1MES A;  3HLO A;  3OOZ A;  1B6M A;  5P1R A;  1LF2 A;  2WEC A;  1YX9 A;  2FDP A;  5P3B A;  5IE1 A;  1SBG A;  3PWM A;  1HVL A;  5P4U A;  4PZX A;  3Q5H A;  4HDF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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