3TPLA

Apo structure of bace1
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
392
structure length
371
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Flexibility of the flap in the active site of BACE1 as revealed by crystal structures and molecular dynamics simulations
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 371
sequence length 392
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tplA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tplA02
2F3EA 1HEFE 1HIVA 1BVEA 3KMYA 2IDWA 1Z8CA 2P3AA 5P5KA 3UQRA 3EL5A 2IEOA 3DV1A 3VYFA 3GW5A 5P7QA 5C9DA 5ISKA 4H3FA 1QRPE 3BVAA 4Y5CA 4Z2ZA 5P0BA 1EC0A 1YM4A 3RTMA 5P10A 4GJ5A 4Q5MA 1AAQA 3NDXA 5P26A 5P0MA 5P2AA 5P16A 1MT8A 5P8NA 5P5CA 1IVQA 2ZJLA 2WEZA 3VUCA 4M8XA 3JVYA 3OWNA 4GJBA 5OZTA 2PH8A 5P20A 5UPJA 4NKKA 3PLDA 2WF1A 5P1WA 1AVFA 5P4NA 2HB4A 5P3VA 1D4YA 5CLMA 5P7MA 3ER5E 4MC9A 4DQBA 4RROA 2CEJA 5P70A 5P64A 4Y45A 3SPKA 3ZKNA 3ZKIA 4Y4EA 3S43A 1N49A 3ZKGA 5P8AA 4Y35A 2FS4A 2V12C 2HPFA 5P52A 3TNEA 2ER9E 2ASIA 1LYWB 5OZUA 3CYWA 5FIVA 3MXDA 1TSUA 3FV3A 3PBZA 3O9FA 4FE6A 2B7ZA 5P3GA 5P5DA 4D88A 4J5JA 3HAWA 1FMXA 2Q64A 5OZOA 1EBWA 3ZKSA 1CMSA 5P4MA 1EPOE 4EHCA 5P28A 4Y3GA 2BKTA 2QD6A 4FGXA 2WEBA 3ECGA 2VJ6A 3I7EA 5P0UA 3B7VA 2BPYA 3PHVA 3APRE 2PWRA 2ZGAA 1HIHA 1ODWA 2VIZA 3EM4A 1HPSA 5P55A 2WHHA 5OZ5A 3F9QA 2FDPA 3QROA 5P7TA 4YD3A 3K5GA 1RPIA 2G69A 5DQ1A 2ER7E 2VNNA 5T4SA 1FMUA 9HVPA 5BRYA 3PI5A 5P45A 3OAGB 1U8GA 1PPME 3TOHA 3PCWA 1MT7A 1FF0C 4JPEA 3VLBA 2I1AA 3U6AA 3NUJA 4A6CA 5BS4A 5P4ZA 4Y3HA 4B1DA 3OQAA 3EKTA 3OXXA 5P4EA 3OU3A 5P43A 3ZKMA 5P5XA 1RNEA 3OAGA 2QU3A 1D4KA 1GVUA 5P3YA 5OZ4A 5P1JA 5P2JA 4FL8A 5P72A 2P83A 3SA3A 5P0LA 5P4OA 1RL8A 1HIIA 4IVTA 3VV8A 3QS1A 1MTRA 4I0FA 4RRSA 5P71A 1SBGA 3PB5A 2QD8A 1HVIA 2B8VA 5P7LA 4Y51A 5P0EA 2V0ZC 3TKWA 4TVGA 2BPZA 5P3BA 3LZUA 3H5BA 2QMFA 5P7GA 1MRXA 5DQ2A 5P3AA 3ZMGA 3S7MA 3SACA 3WZ6A 5IVRA 3VCMA 2HC0A 4OBJA 5P5PA 3CICA 5P38A 3TOGA 1BV7A 1EBKC 2VA7A 2PQZA 3LPKA 5P2GA 1XL5A 4I0GA 2WF3A 5DQCA 1MESA 5P2WA 5AHCA 4DJUA 2NPHA 5P7PA 3T3CA 4EQJA 3URJA 5P4HA 4BEKA 5P51A 4ZEAA 5P02A 5KR0A 3GGXA 4DUSA 4EWOA 3O9LB 5DR7A 5COKA 4Y4ZA 5P8JA 1BDLA 5P1RA 1IZDA 1A8GA 5P1GA 2CENA 4Y48A 5ER1E 5I3VA 5P8BA 1ZPKA 3O9LA 5P2RA 3QBHA 3CKRA 4R93A 2SAMA 4CKUA 5P2OA 5P6QA 2G24A 1FQ4A 3OQDA 2IRZA 1W51A 1VIKA 3NWQA 2AZCA 1A9MA 5KAOA 5P04A 1G2KA 5P88A 3VYDA 4DJVA 3OXCA 1ENTE 3OU1B 4D83A 5P4AA 6APRE 4YD4A 3NR6A 3S56A 5P1BA 3NU4A 3GGVA 3IXOA 4YD6A 5C9BA 1W5XA 4DQGA 2BBBA 4R92A 3AIDA 5OYXA 5SY3A 4YCTA 5P4KA 4XKXA 5P47A 1LYAB 3NU5A 3KDCA 4Y3FA 3PWMA 5P5RA 5I3WA 1EPNE 3SAAA 2G1YA 5OZDA 5P4RA 5P69A 2I4WA 1M43A 2V10C 5F01A 5P0ZA 3UTLA 4ER1E 2Q15A 3BVBA 4Y44A 4CPTA 1PPKE 1KJFA 5P6AA 2IL2A 3UDYA 5P63A 2ZHRA 3UFLA 2G20A 3DM6A 1T7IA 5DGWA 4Y4UA 5P6BA 3CKTA 4J1CA 2B42A 3WZ7A 1FB7A 5P33A 5P0WA 3RTNA 5P3NA 3BGCA 5IVSA 1KJGA 2NXDA 1D4HA 3ZKXA 2UXZA 5P6YA 1HVLA 3NSHA 5C9FA 5OZ7A 4Y50A 2JJIA 3OUDB 4HEGA 5P5EA 2PK5A 1HXWA 4LXMA 4HA5A 5P03A 4DQFA 1ZAPA 4QJ9A 3EM6A 5OZKA 3NU3A 3OUDA 4B0QA 4DI2A 4YOAA 5P0GA 5I3XA 2B8LA 5P1TA 4F76A 4JPCA 5P6TA 4TRYA 5P1FA 4EP2A 3M9FA 7HVPA 4Z50A 3IN4A 5P7WA 1ODXA 3T7PA 3APPA 2I0AA 4RGHA 4I0IA 2O4PA 2WEDA 2QZWA 1D4LA 2AQUA 2WKZA 5P6JA 4LAPA 5P8CA 4RYCA 2B7FA 1CZIE 4Y43A 3MWSA 5P6DA 2QU2A 5P5IA 2VJ7A 1IBQA 4GJCA 5P82A 5P1OA 2RKGA 5DGUA 2Q11A 4OBGA 1C6YA 5OZNA 5P5HA 1FEJC 2J9JB 5P8GA 5P0SA 1GNOA 2QAKA 5P67A 3DCKA 4XX4A 5P75A 5P7BA 2J9JA 1MIQA 4U7QA 3QVIA 3QAAA 5P15A 5OZJA 4Y3SA 2ZDZA 4NJSA 5P6OA 5E5KA 4J0VA 4EYRA 3D20A 1FQ7A 4Y3RA 5P6MA 1B5FB 3UHLA 5KR2A 3PJ6A 5P6CA 4ACXA 4R95A 4A4QA 5OZAA 1XL2A 2APRA 1T7KA 5IS4A 2FNTA 1EC3A 2WF2A 1B5FA 5P5UA 5OZGA 5P4WA 5P1MA 4I12A 4Y3YA 4K9HA 5P5FA 4Y5LA 2G1NA 3Q6YA 3PMUA 1KZKA 5OZYA 3O9EA 1MVPA 1LZQA 4YCYA 5P2KA 4XX3A 4Y4AA 4TRWA 2P3BB 1F34A 2F80A 4N00A 4Y3MA 3L5BA 1YG9A 5JFUA 1MEUA 4FM6A 1HRNA 3OHHA 5P6IA 2WF0A 3INFA 1B6LA 5JFPA 3TKGA 4GJ6A 1ZJ7A 5P0CA 4FAEA 2QI5A 4QJ7A 2BPWA 2G27A 2QK5A 3K5DA 3BUFA 5P1YA 2AVQA 5IVTA 4Y53A 3IAWA 5DR4A 5P07A 3UCBA 3GGUA 3UF3A 2FGUA 5P41A 1HVHA 3QI1A 3D1YA 2O4SA 5F00A 2G26A 2Q5KA 4Y3NA 1E5OE 5P1UA 4H3IA 5P2XA 1APTE 5P6VA 5P85A 3SKFA 2F3KA 3S8IA 1HSHA 1K6PA 2V16C 3SA8A 4J0ZA 3OUBA 2QNQA 4U7VA 2PK6A 5OZIA 5P44A 3ER3E 2P4JA 5P1DA 5P1CA 5P7RA 1NPVA 3L5EA 4OBHA 1IIQA 1META 4AUCA 1FMBA 1QBRA 3WB5A 5KR8A 4IVSA 1RV7A 3MXEA 3KMXA 2BKSA 1YX9A 3EXOA 3SA5A 3LHGA 1T3RA 4GJ8A 4Y4BA 5P13A 2G1SA 5ISJA 5P0OA 2I4VA 2F81A 5OZWA 3IGBA 1YTIA 4OC6A 4F73A 3R1GB 4ZSQA 1GVXA 3CMSA 2JJJA 2AOIA 2G1RA 2AOGA 4NPUA 3LIZA 4Y5EA 2I4DA 3UDKA 5HDXA 2FGVA 3MSLA 1QBTA 4GMIA 2NXLA 8HVPA 5AH7A 3AUPA 5P4SA 5J25A 5P77A 5P8DA 2AOHA 4DQCA 5P62A 2G1OA 1EEDP 4Y9WA 3LIVA 5P60A 5P0JA 4KB9A 4Y37A 4FRKA 4Y3TA 5P27A 3OTSA 4EJLA 3HDKA 4CPWA 6UPJA 3DCRA 4APEA 4DPIA 3S43B 2HS1A 2PSGA 2AODA 3BHEA 2XYFA 4B70A 4HDBA 2Z4OA 4RCFA 1KJ7A 5AHBA 4Q1XA 4Y47A 5PEPA 4CPXA 4ZE6A 5P5WA 1C70A 5OZVA 1GVWA 5P3IA 4ER2E 2FMBA 4DJWA 2Z54A 4YE3A 3PSUA 5P50A 5P8UA 4HVPA 4DVFA 3D3TA 1CPIA 1HVKA 1WBKA 1HVJA 4L1AA 4U8WA 3Q70A 4RCEA 1SMRA 4ZSMA 4DJPA 1QBUA 2F8GA 4PYVA 3PSGA 5ENMA 2HB2A 2ZJHA 2IQGA 5P1ZA 5P1PA 2P8HA 1BXQA 2RMPA 3OXWA 3EKPA 2AZ8A 4Y3ZA 1T7JA 1FKNA 2QHCA 3EL9A 1XDHA 3NDWA 3PEPA 3VF7A 3WZ8A 3L5CA 3K4VC 5P3EA 2BPVA 2AVMA 4QJ8A 5P2CA 5P0FA 1E82E 4LP9A 5P1QA 5P2SA 1EPME 3S54A 3UDRA 3BRAA 3VFAA 1ZBGA 2IKOA 2ZJJA 5P4YA 5P6NA 1HPXA 4DJYA 2XYEA 5P7AA 3LNKA 4DJXA 5OYUA 2VA6A 3QIHA 5P7DA 4J17A 4Y3EA 5P3RA 4Y39A 3MSKA 3OOZA 2R5PA 3OUCA 3FX5A 4LBTA 2PWCA 3R0WA 1PSAA 5P79A 3K1WA 3O9DA 1UPJA 4DJRA 2QZKA 3PSYA 5OZFA 1ER8E 4DPFA 5OZ2A 1K6TA 2BB9A 3OUAA 4GZFA 1DPJA 3JVWA 3LPIA 1JLDA 3SKGA 5P30A 3S85A 3EC0A 4TRZA 4D89A 2RKFA 1BWAA 5P3LA 3HBOA 4CMSA 5P4QA 2NMZA 1MSNA 3LITA 1FQ5A 4PZWA 4K4QA 2FXEA 3VSXA 2P3CA 2UPJA 5P1HA 3DOXA 5P0IA 5SY2A 2O4NA 4I8ZA 5P59A 1W5VA 3L59A 2VS2A 5P2YA 2MIPA 3KYRA 4K4RA 1LEEA 3T7XA 3HZCA 5P6RA 3T11A 1MT9A 3VV6A 1TCXA 2QZLA 1HVCA 3UDQA 5OZRA 5AH8A 2R3WA 3S7LA 5P68A 4Y4GA 1MSMA 4J55A 1BIMA 1A8KA 5OYTA 4TVHA 4EXHA 3NU9A 2ER0E 2NNKA 4PEPA 3SM1A 1NPAA 3T7QA 1EBZA 3UQWA 3I8WA 2I4UA 4RYGA 5P1XA 2I0DA 1IZEA 5P6UA 3K4VA 1W5YA 1TCWA 4WY6A 1B6KA 5P3JA 2OHLA 2WL0A 5ENKA 1HPOA 5P73A 2QZXA 1TZSA 5OZQA 1SGZA 1EPLE 3PCZA 4RLDA 3FNSA 3PLLA 4GJ9A 4Y5PA 4DQHA 1K6CA 2P3DA 5DPZA 4FSLA 5KQZA 4I0EA 1ZSFA 1BV9A 3FNUA 2QNPA 1G0VA 1ZSRA 3K5CA 1SIVA 4FS4A 2ER6E 1T6EX 1E80E 2QI6A 4J1KA 5P09A 4Y3WA 3PRSA 4LC7A 1PSNA 5P1NA 5P74A 4EXGA 4QGIA 5P3CA 2VA5A 2HM1A 5P4FA 3C9XA 3CIBA 5P49A 5HE4A 1MERA 3HD8A 5DR0A 5P5MA 5P0XA 2PSUA 3SA7A 3KFPA 4OBDA 5P3KA 2RENA 4OBKA 4L7GA 3L3AA 3PBDA 4L6BA 2QI4A 2OHUA 5OZPA 5P7FA 2Q63A 5P5LA 1D4IA 5IVQA 3EKYA 3Q5HA 1FGCC 3G72A 4Q1WA 4CPQA 5CONA 5P8EA 5P1VA 2AOJA 4WTUA 4Y3JA 4YDGA 4EPJA 3ST5A 1NSOA 1YTHA 5BWYA 4EJDA 5P31A 3G70A 3SO9A 1OEWA 2QHZA 5KOSA 5P4TA 5P39A 1FG8C 3Q3TA 3U71A 2V13A 5P3TA 4LXKA 1LF2A 2G21A 5P4LA 4Y38A 3FSMA 2RSPA 2AOEA 5P01A 3JW2A 5P37A 4FCOA 3QN8A 1W6IA 2AOCA 3URLA 5P2EA 3KFRA 2ZHUA 1UH8A 1K1TA 1ODYA 4YD7A 3DUYA 5P18A 4LXAA 5P2VA 2ZJMA 3DK1A 4OBZB 5P2DA 3LIXA 1RQ9A 1TSQA 4KUPA 5P53A 5HDUA 1YTJA 4B78A 4AMTA 5OZ3A 5P2UA 5OZEA 4OBZA 5P3MA 5P5AA 4Q1YA 2FIVA 2QI1A 5P1EA 4JP9A 5P3XA 3RU1A 3FNTA 1K1UA 4Y4TA 4ACUA 1BXOA 3URIA 3U7SA 3HVPA 2VJ9A 5P4CA 4Y3XA 3QVCA 4XXSA 3OADA 3FKTA 4L7JA 2R8NA 1PSOE 1K2CA 4I0ZA 5P0KA 3R4BA 1ZTZA 1SDUA 2G94A 3RSXA 5JG1A 4I0JA 1W50A 1D4SA 1BDRA 3ZLQA 3KA2A 4NJTA 5P86A 3OY4A 4F75A 3WSJA 5HD0A 5P3QA 3OXVA 3OQFA 4DJQA 1BBSA 4A6BA 2BPXA 3A2OA 3VSWA 5P7EA 2NXMA 4DH6A 4B77A 1DAZC 3B80A 5P4DA 3INDA 4R8YA 5OZ9A 2B60A 5P7IA 2EWYA 3CIDA 4FAFA 1DMPA 1QBSA 1Z1RA 4QJ6A 3UDNA 4Z22A 2QCIA 1DP5A 5P3ZA 4GJAA 5P22A 3PWWA 1NPWA 3BXSA 5P8OA 1K6VA 4ZPGA 1PFZA 2AZ9A 1IDAA 5OYQA 5P76A 5P35A 5P6WA 1PPLE 4EP3A 4KE0A 2QI3A 5HDZA 5P6XA 4J54A 5P61A 3GI4A 5P7CA 3RVIA 1MPPA 3TLHA 2PC0A 4B72A 3HLOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F3E A;  1HEF E;  1HIV A;  1BVE A;  3KMY A;  2IDW A;  1Z8C A;  2P3A A;  5P5K A;  3UQR A;  3EL5 A;  2IEO A;  3DV1 A;  3VYF A;  3GW5 A;  5P7Q A;  5C9D A;  5ISK A;  4H3F A;  1QRP E;  3BVA A;  4Y5C A;  4Z2Z A;  5P0B A;  1EC0 A;  1YM4 A;  3RTM A;  5P10 A;  4GJ5 A;  4Q5M A;  1AAQ A;  3NDX A;  5P26 A;  5P0M A;  5P2A A;  5P16 A;  1MT8 A;  5P8N A;  5P5C A;  1IVQ A;  2ZJL A;  2WEZ A;  3VUC A;  4M8X A;  3JVY A;  3OWN A;  4GJB A;  5OZT A;  2PH8 A;  5P20 A;  5UPJ A;  4NKK A;  3PLD A;  2WF1 A;  5P1W A;  1AVF A;  5P4N A;  2HB4 A;  5P3V A;  1D4Y A;  5CLM A;  5P7M A;  3ER5 E;  4MC9 A;  4DQB A;  4RRO A;  2CEJ A;  5P70 A;  5P64 A;  4Y45 A;  3SPK A;  3ZKN A;  3ZKI A;  4Y4E A;  3S43 A;  1N49 A;  3ZKG A;  5P8A A;  4Y35 A;  2FS4 A;  2V12 C;  2HPF A;  5P52 A;  3TNE A;  2ER9 E;  2ASI A;  1LYW B;  5OZU A;  3CYW A;  5FIV A;  3MXD A;  1TSU A;  3FV3 A;  3PBZ A;  3O9F A;  4FE6 A;  2B7Z A;  5P3G A;  5P5D A;  4D88 A;  4J5J A;  3HAW A;  1FMX A;  2Q64 A;  5OZO A;  1EBW A;  3ZKS A;  1CMS A;  5P4M A;  1EPO E;  4EHC A;  5P28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TPR A;  5P48 A;  3ZPS A;  3UFN A;  2A4F A;  1KJ4 A;  1EC1 A;  1FQ6 A;  3HAU A;  3NDT A;  1UH7 A;  1FFI C;  3VLA A;  4B05 A;  4Y3P A;  4JEC A;  5ER2 E;  5P42 A;  5P05 A;  1B6M A;  5P81 A;  4HZT A;  2WEC A;  3CYX A;  4ZSP A;  2QP8 A;  3OQK A;  3O99 A;  1TQF A;  5HE5 A;  5DQ4 A;  5DR8 A;  2BQV A;  1XE6 A;  4I0H A;  3RTH A;  3O9C A;  1AID A;  2I4X A;  3S2O A;  2F3F A;  5P3D A;  4JOO A;  5P7X A;  4PHV A;  3QRS A;  7UPJ A;  3KN0 A;  5P7S A;  3QP0 A;  4I0D A;  3ZKQ A;  5P06 A;  5P8S A;  5P3F A;  3IXJ A;  2HS2 A;  3TPL A;  5P6L A;  2OF0 A;  5P8L A;  1BIL A;  1TW7 A;  1HVS A;  2QI0 A;  1K2B A;  1LF4 A;  2OHT A;  4LHH A;  5P29 A;  5P4U A;  1T6G A;  4X2L A;  1ZP8 A;  3NLS A;  4MC6 A;  5P3O A;  1IDB A;  4K4P A;  1IZH A;  4PPH A;  5P08 A;  2VIJ A;  3O9A A;  3OGQ A;  5I3Y A;  2P3B A;  2QMP A;  5P4P A;  4M8Y A;  4UPJ A;  3LIQ A;  5P58 A;  5P3U A;  5P1A A;  5P1L A;  2V11 C;  5P0V A;  3NU6 A;  1C6Z A;  2H6S A;  3UQP A;  2WF4 A;  1YM2 A;  2AVO A;  5P8T A;  5HU0 A;  3NUO A;  4B00 A;  3TPJ A;  5P19 A;  5P8F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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