5P1PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 108
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1pA01
2P3DA 5P24A 1VIKA 2F81A 4Y3LA 5P2DA 5HE7A 5P6VA 5P2VA 1FLHA 4B00A 5KR2A 3RSXA 5P6TA 5KOQA 2IKUA 5P49A 3K4VC 5P54A 1D4LA 4HDFA 1B6KA 3IN4A 3URLA 5P8GA 4I0IA 2PK6A 5P3VA 4LAPA 5HTZA 4AMTA 2APRA 3QBHA 1FIVA 3NXEA 4ZPGA 3KDCA 3K5GA 1B5FA 1EC3A 4I10A 2I0DA 5P1GA 2VIYA 1YTIA 3O9BA 2AZ8A 4U7VA 2OAHA 2P3CA 5P46A 1EPPE 1G2KA 2PSUA 4L7GA 3UCBA 5JG1A 4Y5EA 1E80E 5DPZA 4OBHA 2J9JA 1SGUA 1B6JA 2F3KA 5ISJA 3ZOVA 1HIIA 1Z1HA 1META 3OK9A 1HTFA 4OD9B 5P7AA 4DQGA 2BKTA 3PSUA 1F7AA 4XX4A 4Y35A 1MERA 3S54A 5P5BA 1ZSFA 4I0DA 4IVTA 4Y5KA 5COOA 5OYTA 5P7CA 1W5VA 5P1PA 3S56A 2B60A 5P6KA 5P6PA 1FB7A 4L6BA 1RL8A 5DGUA 3UPJA 2ZYEA 5OZYA 3OUBA 5UPJA 5P0ZA 4JPCA 3JVWA 1K6TA 4LP9A 3UDRA 4J1CA 4L1AA 2QHCA 1AJVA 2V13A 3EC0A 1PPLE 3QP0A 5P7HA 4ZIPA 4B1DA 4ZSMA 3O9LA 4QJAA 3ZKIA 2Q5KA 1EBWA 2QMFA 4OBZB 5P3FA 4Y5CA 2G1NA 1BBSA 3L59A 5P5OA 3CYWA 4L7HA 3INHA 5AH9A 2CEMA 1B6PA 3NUOA 2PWRA 5P8IA 3EM6A 5OZLA 4Y44A 5P7TA 4D8CA 1HBVA 5TOLA 5P7OA 4TVGA 2G1SA 5P79A 1PSOE 4Y53A 2AIDA 4Y45A 5P4VA 3EKXA 2RENA 4RYGA 4J55A 5COPA 1E82E 4DQFA 3LIVA 5P1IA 5P7NA 3DV5A 1ZAPA 5P6JA 3H0BA 3OAGA 1AIDA 4DJQA 5P8NA 3K4VA 3D20A 2J9KA 5P59A 5P8JA 3T7XA 5P4RA 1HXWA 5OZMA 3NU6A 4Y3RA 5IVSA 4D83A 3OUAA 5CLMA 1W6IA 2P3BA 5DQ4A 4MC1A 3INDA 2OHLA 2XFJA 3AIDA 5KR8A 4NPTA 4TRWA 1PPME 2JE4A 5KR1A 5P61A 1GVUA 2RSPA 1FFIC 4Q1YA 5P0MA 4Y5AA 2BKSA 3QS1A 5P1ZA 3TPLA 4OBGA 1MVPA 5P5HA 1EPQE 1UH8A 5P42A 1HIHA 1BAIA 4J0VA 2QI5A 4RZ1A 5P5GA 5P1EA 1M4HA 5P4EA 2QU3A 3CIBA 2Q63A 5DGWA 5P33A 4CPRA 2F3FA 5KQYA 5P0HA 1TW7A 3KFSA 4DJWA 5P1MA 2QI0A 5P51A 1HSIA 3FIVA 4B70A 5P50A 1W6HA 4DJYA 4DJVA 5P38A 5P8HA 1RQ9A 3BGCA 1FMBA 3UQPA 5P22A 3GGUA 5OYZA 3TOGA 5P5XA 3LZSA 5P3AA 3UF3A 1LF2A 4I0GA 2VJ7A 4B72A 4Y4AA 2BB9A 2ER6E 5P7WA 2AOIA 3LZVA 5P0RA 5P2JA 1EC1A 2AZBA 3OU4B 1B6LA 3PSYA 1Z8CA 2NNPA 3VFBA 4YHQA 4Z50A 2XYFA 4I0JA 3PSGA 2B7FA 5P87A 4APRE 1MT7A 3ER3E 3OY4A 3BXRA 2ZJLA 4TRZA 1FQ7A 5HVPA 3DOXA 5P1TA 6FIVA 5P8AA 5P5MA 3Q5HA 2QD6A 5P82A 5P0EA 2AZ9A 3BC4A 5P10A 4GJAA 4X2LA 2H6SA 5OZ9A 2NXLA 3OTSA 3RTHA 3KM4A 2B7ZA 2PYMA 3PMYA 4I12A 4X7IA 3LPIA 3OGQA 3URJA 5P26A 2VIZA 1W51A 4BEKA 5P0AA 4YCYA 4WY1A 2OHTA 5P5LA 2BPXA 4Y3WA 1WBKA 5OYUA 3OWNA 3NWQA 5P04A 3MSLA 4Y4ZA 5P6WA 3OQFA 1UH9A 2Q55A 4Y5NA 1C70A 1LYWA 4I0FA 2F3EA 3TTPA 4Z22A 3EM4A 4DJPA 3JW2A 4Q5MA 4GJDA 2QZXA 4A4QA 1LYBB 5P7DA 1NH0A 3QI1A 2F80A 2QAKA 5P6CA 1MSMA 5P5RA 5HD0A 1FQ6A 4BFBA 4XKXA 5OZFA 3BGBA 2O40A 5P5FA 1HEGE 1C6YA 5OZ8A 2QNNA 5P4CA 4GJ7A 2HAHA 2JYSA 4JOOA 4Y50A 2Z54A 3SA4A 2OHMA 3PGIA 2O4KA 5P06A 5P83A 5P7RA 5P36A 1FQ5A 2R9BA 1BVGA 2WEZA 5P3PA 5AHBA 1TCXA 4PPHA 3LIYA 5P2OA 4M8YA 5P6OA 3LZYA 1QBSA 4HZTA 2FGUA 5P0KA 4D89A 4EXGA 1LV1A 4Y4TA 5P1NA 2QMPA 4HLAA 3U6AA 4EJLA 1LYAA 5P5UA 3LIXA 4NJSA 3OU1B 1BDRA 4EHCA 3I2LA 5P66A 1T6EX 1WBMA 5DQ1A 5P1CA 5OZZA 2G1YA 1K1UA 5P2KA 1IIQA 3TH9A 1D4SA 5HDXA 1G35A 2AZCA 5P34A 5P0IA 3C9XA 1FQXA 5P32A 3VG1A 2OHKA 1YTGA 5P4MA 5P44A 2ZHSA 1HVJA 3T3CA 5HCOA 3CKTA 5P56A 3TL9A 4XX3A 5P8OA 3TKGA 2QI6A 4B1EA 4IVSA 4Y3JA 5P8LA 5P7FA 5P40A 5P62A 5P2IA 2NTRA 1CZIE 2IEOA 5P86A 1HVHA 3S7MA 1ODWA 4KE1A 5P0OA 3FNSA 4GJ9A 3L58A 4GJCA 4Y5LA 4EYRA 2AOFA 1HPOA 3SFCA 3B80A 1Z1RA 1FKNA 4Y3HA 1BWAA 1KZKA 5P5DA 4DUSA 3G72A 4I11A 4U8WA 4H3IA 3OUDB 3O9DA 5P3IA 5P4IA 5DQCA 1EBKC 3N4LA 5P3UA 3VYEA 1IZEA 1EPOE 3EKVA 4J1FA 1DMPA 4Y3SA 4Y5BA 1RPIA 1KJFA 5P4SA 2AVMA 5F01A 1D4YA 1QRPE 5P6AA 7HVPA 3O9GA 4Y3ZA 5I3VA 1EEDP 3IXOA 4J1EA 2XFKA 4A6CA 5OYYA 5OYSA 5P6RA 1YT9A 5P89A 5P3ZA 4RRSA 5P5SA 1K6VA 1HVIA 4DQBA 2HM1A 4GJ5A 4Y38A 5T4SA 5P4ZA 3SA5A 2HS2A 3MWSA 4RCDA 5P8VA 4U7QA 1HSHA 5P3JA 3UFLA 3UQWA 3O9CA 4MC2A 2NXDA 5P3GA 3VV8A 4FCOA 4J0ZA 5P0CA 3PBZA 1HRNA 4RLDA 4Z4XA 4YD3A 5OZHA 1QBUA 1APUE 1SMRA 5P1YA 5P0YA 2AOHA 4FM8A 2BPWA 2HB4A 3KDBA 2JJJA 5P1UA 5P7SA 2G69A 4Y5GA 3K1WA 5P39A 1M0BA 5P4FA 3HAUA 5P4WA 3PBDA 4YCKA 5KAOA 1CMSA 2V12C 3NDWA 3OHHA 5EZZA 3SA7A 5IS4A 3PI0A 2ASIA 3L3AA 4Y3TA 2ZHTA 4K9HA 5P25A 3GI5A 1N49A 1FG8C 2BPYA 5OYXA 5P48A 2ZHUA 2VKMA 4OBDA 3KMYA 3QVIA 1ZP8A 4D88A 1HPVA 5P2ZA 4Y3GA 1BXQA 2EWYA 2ZJKA 5P3HA 1B5FB 1ER8E 5P71A 3SPKA 4D85A 3KFPA 5EZXA 5E5JA 5BS4A 5P27A 2AVQA 3T7PA 5P12A 3WZ6A 4WTUA 1DPJA 4LHHA 5P3XA 1T7IA 2BBBA 2HPFA 3S43B 4LXKA 1AJXA 3D3TA 2G27A 1FG6C 4FAFA 1A30A 1HVSA 5P41A 1W50A 3OUCA 4EQ0A 3FX5A 5P4TA 4RYCA 1ZJ7A 5P4OA 5I3YA 4FM6A 4FRIA 3DV1A 4Y5MA 5OZQA 3VV7A 4J1IA 4EJKA 5P15A 5SY2A 3SQFA 1T7KA 2QI4A 3NLSA 4Y3EA 4QGIA 5P2LA 1K6PA 3DUYA 5P3NA 2QD8A 5P7ZA 2AODA 2P8HA 2WEDA 5P6ZA 3NXNA 4OD9A 1EPLE 3CICA 5P45A 2VJ9A 2AOCA 3HDKA 2WF2A 4NJTA 3GGVA 5IE1A 5OZSA 3IXKA 5P4PA 1KJGA 1IDBA 5J25A 4GJBA 5AHCA 5P8EA 2I4WA 5P3OA 1A8GA 1BXOA 3QPJA 3WB4A 5B18A 1FMUA 5ER2E 5P0GA 5P6UA 3O9LB 5OZ4A 4Z2ZA 2HB2A 2NNKA 3LINA 3HVPA 3SA8A 1HOSA 3IA9A 3LIZA 5AH8A 4ER2E 3LPKA 2O4LA 3Q6YA 1LEEA 5SXNA 3EBZA 5I3WA 5P4KA 3NDXA 2HB3A 3UDKA 3WSJA 1W5YA 1D4JA 1XN2A 5P7YA 3ER5E 2AVSA 1BDQA 4YDFA 1AVFA 1F34A 1YG9A 4NJUA 4OBZA 1PFZA 4FS4A 3PM4A 4NKKA 4B77A 5P7IA 4FLGA 1MSNA 1EC2A 2PWCA 5JODA 3OAGB 3PLDA 5P2BA 4LC7A 5P2GA 1HVRA 3VF5A 5P8BA 2V00A 1MRXA 4K4PA 4I0EA 3BUGA 1OEXA 4EP2A 2QK5A 2UY0A 3APRE 4RVXA 4L7JA 4AA9A 5P2UA 1B6MA 1LS5A 3NDTA 3EL9A 5P5KA 4Y3QA 5P3SA 2Q64A 3OXXA 2QHZA 3JVYA 2QI1A 3EKTA 5P8DA 2QMDA 2R8NA 4Y43A 4GJ8A 1GKTA 5P8MA 3VSXA 3I8WA 3OTYA 3S2OA 4J5JA 3UFNA 5P02A 2Q15A 1BVEA 5P2AA 3TPPA 5P72A 3K5CA 4R93A 3PCZA 5P58A 5P7LA 5P7MA 4CPSA 4F75A 1EBZA 4PZXA 3PWRA 2QU2A 2Q54A 5P3MA 1BV9A 4QJ7A 4Y36A 5P1JA 5P8KA 5P1OA 1YX9A 1HWRA 1MRWA 5DR0A 1EPNE 3I7EA 4YBFA 2WHHA 5OYVA 2MIPA 1G0VA 5P6FA 2G24A 4ER4E 5P3CA 5C9DA 5DR4A 2UPJA 3TPJA 3LNKA 5HU1A 4DFGA 2PC0A 1XL2A 5P43A 2QNQA 5SZ9A 5I70A 4F74A 1MPPA 4DJUA 1BILA 5P2CA 2B8LA 4CPXA 1HPSA 1ZSRA 2WF1A 4Y48A 5BWYA 4H1EA 2G94A 2R43A 2ZJHA 5P0LA 3N3IA 1SDVA 4FSLA 4HA5A 4CPQA 2HS1A 4Y3YA 4DQEA 3CKRA 3OU4A 1M43A 3EKYA 3PCWA 4B05A 2BPVA 3QRSA 3QN8A 3VUCA 2XFIA 1DIFA 1YM4A 1WKRA 4Y3MA 4Y56A 4FM7A 1C6ZA 5OZNA 4YE3A 4YD5A 5P0QA 1UPJA 5ENMA 3NSHA 5P0TA 4QJ6A 5COKA 3IN3A 4YA8A 3S7LA 3SKFA 3OOTA 4AZYA 4Y3FA 3EL0A 4FL8A 3NU4A 3GI4A 2QCIA 9HVPA 5P0VA 4H3JA 5P5NA 5OZ6A 5P3QA 1W5XA 2WJOA 5P19A 5P0SA 4Y37A 5P68A 2V0ZC 3EL4A 4E43A 5P8PA 5DQ5A 3S85A 5AH7A 1TQFA 5P05A 5P6DA 3ZPSA 4EWOA 3HLOA 1ZPKA 5HDZA 3L5DA 1TZSA 4LL3A 1IZHA 1GVWA 5P81A 5P6QA 5HDUA 4R91A 3OQKA 5P1QA 2FDPA 3BRAA 2FMBA 3T7QA 5OZ2A 2FS4A 5P08A 2O4SA 3M9FA 5P8SA 2O4PA 3HVGA 4JP9A 3ZKMA 4LXMA 5P3TA 5P6MA 5AH6A 2B42A 5P1BA 3Q70A 3UDMA 2Z4OA 2Q11A 1LYBA 3KYRA 5P77A 4J1HA 5P3BA 3GI0A 1XE6A 2OHQA 1QDMA 3Q4BA 2WKZA 2PH6A 4GIDA 3SO9A 1BWBA 1A94A 1SDUA 3QROA 5OZRA 1LF3A 4I8WA 2PYNA 4RCFA 2ANLA 5P88A 3O9HA 2RMPA 1EPME 1FQ8A 4Y57A 5DR8A 5OZ0A 4CKUA 3OXVA 2NMZA 4FAEA 4YBIA 2RKFA 3EKQA 1DP5A 2AOEA 5P85A 3KT5A 3MSJA 3PB5A 1ENTE 2R3TA 3B7VA 1BIMA 4AA8A 5P2HA 4PYVA 2CENA 4Y4WA 1T7JA 3O9EA 4BFDA 5P47A 1GVTA 4Y4EA 3S8IA 3LPJA 3OU1A 3I25A 5ER1E 5P0PA 5P7PA 4HE9A 5E5KA 5KOSA 3KN0A 3L5FA 3EL5A 3U71A 3FNTA 4J0TA 4LBTA 1XDHA 5OYRA 3PWMA 1SP5A 4DJRA 4Y51A 1NPAA 3LIQA 2IQGA 3VEUA 3NU3A 1UH7A 2FIVA 3DJKA 3MSKA 4COEA 4DJOA 4I0HA 2WF0A 5P69A 1XS7D 3KDDA 4GYEA 5IVQA 4B78A 3UDQA 4YD6A 2XYEA 3CIDA 4OBFA 2VNMA 4RGHA 3QRMA 4TVHA 3DM6A 1SIVA 5DR7A 3K5FA 2I1AA 5P7EA 1ZPAA 5P8QA 5OZBA 3SABA 4H3FA 2G1OA 2A1EA 4J0YA 5P5IA 1APWE 4QJ2A 5P63A 3UQXA 4RVIA 4PZWA 5OZGA 3G70A 4Y58A 3TOHA 1KJHA 5P1LA 1TSQA 2QZWA 3NYGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3D A;  5P24 A;  1VIK A;  2F81 A;  4Y3L A;  5P2D A;  5HE7 A;  5P6V A;  5P2V A;  1FLH A;  4B00 A;  5KR2 A;  3RSX A;  5P6T A;  5KOQ A;  2IKU A;  5P49 A;  3K4V C;  5P54 A;  1D4L A;  4HDF A;  1B6K A;  3IN4 A;  3URL A;  5P8G A;  4I0I A;  2PK6 A;  5P3V A;  4LAP A;  5HTZ A;  4AMT A;  2APR A;  3QBH A;  1FIV A;  3NXE A;  4ZPG A;  3KDC A;  3K5G A;  1B5F A;  1EC3 A;  4I10 A;  2I0D A;  5P1G A;  2VIY A;  1YTI A;  3O9B A;  2AZ8 A;  4U7V A;  2OAH A;  2P3C A;  5P46 A;  1EPP E;  1G2K A;  2PSU A;  4L7G A;  3UCB A;  5JG1 A;  4Y5E A;  1E80 E;  5DPZ A;  4OBH A;  2J9J A;  1SGU A;  1B6J A;  2F3K A;  5ISJ A;  3ZOV A;  1HII A;  1Z1H A;  1MET A;  3OK9 A;  1HTF A;  4OD9 B;  5P7A A;  4DQG A;  2BKT A;  3PSU A;  1F7A A;  4XX4 A;  4Y35 A;  1MER A;  3S54 A;  5P5B A;  1ZSF A;  4I0D A;  4IVT A;  4Y5K A;  5COO A;  5OYT A;  5P7C A;  1W5V A;  5P1P A;  3S56 A;  2B60 A;  5P6K A;  5P6P A;  1FB7 A;  4L6B A;  1RL8 A;  5DGU A;  3UPJ A;  2ZYE A;  5OZY A;  3OUB A;  5UPJ A;  5P0Z A;  4JPC A;  3JVW A;  1K6T A;  4LP9 A;  3UDR A;  4J1C A;  4L1A A;  2QHC A;  1AJV A;  2V13 A;  3EC0 A;  1PPL E;  3QP0 A;  5P7H A;  4ZIP A;  4B1D A;  4ZSM A;  3O9L A;  4QJA A;  3ZKI A;  2Q5K A;  1EBW A;  2QMF A;  4OBZ B;  5P3F A;  4Y5C A;  2G1N A;  1BBS A;  3L59 A;  5P5O A;  3CYW A;  4L7H A;  3INH A;  5AH9 A;  2CEM A;  1B6P A;  3NUO A;  2PWR A;  5P8I A;  3EM6 A;  5OZL A;  4Y44 A;  5P7T A;  4D8C A;  1HBV A;  5TOL A;  5P7O A;  4TVG A;  2G1S A;  5P79 A;  1PSO E;  4Y53 A;  2AID A;  4Y45 A;  5P4V A;  3EKX A;  2REN A;  4RYG A;  4J55 A;  5COP A;  1E82 E;  4DQF A;  3LIV A;  5P1I A;  5P7N A;  3DV5 A;  1ZAP A;  5P6J A;  3H0B A;  3OAG A;  1AID A;  4DJQ A;  5P8N A;  3K4V A;  3D20 A;  2J9K A;  5P59 A;  5P8J A;  3T7X A;  5P4R A;  1HXW A;  5OZM A;  3NU6 A;  4Y3R A;  5IVS A;  4D83 A;  3OUA A;  5CLM A;  1W6I A;  2P3B A;  5DQ4 A;  4MC1 A;  3IND A;  2OHL A;  2XFJ A;  3AID A;  5KR8 A;  4NPT A;  4TRW A;  1PPM E;  2JE4 A;  5KR1 A;  5P61 A;  1GVU A;  2RSP A;  1FFI C;  4Q1Y A;  5P0M A;  4Y5A A;  2BKS A;  3QS1 A;  5P1Z A;  3TPL A;  4OBG A;  1MVP A;  5P5H A;  1EPQ E;  1UH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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