5P76A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 303
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p76A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p76A01
5P6HA 2HIZA 4I0HA 5P0VA 3O9FA 5P46A 2ER6E 5I3XA 2OAHA 5P63A 1MSMA 3TOGA 3URLA 2HAHA 3O9LA 4NJUA 3TKGA 4S1GA 5P2VA 4LXAA 5OYXA 1HBVA 4Y3AA 5P2BA 5P6KA 1META 4RVJA 2P3AA 2QCIA 3BUFA 5OZSA 3TTPA 4Q1XA 3VSWA 1NPWA 3UDQA 1RPIA 3QBFA 5P80A 3LPJA 3PVKA 5KAOA 1BBSA 4GJCA 5P7LA 3QVCA 5P4DA 5JFPA 1D4JA 1CZIE 1D4HA 3EKVA 3SA5A 2FNSA 3UQXA 1EBYA 5P8AA 2IS0A 4Y5MA 3S8IA 5BS4A 5P62A 5C9DA 2QNQA 2Q55A 3OAGA 3MXDA 2IQGA 3PWRA 3EXOA 1MEUA 5KR0A 4DH6A 5P2MA 4PPHA 1SGUA 2VJ7A 4Y3EA 1PPKE 5P3HA 1PROA 5P02A 5P7SA 3VV8A 4RCDA 5DR4A 5P1QA 3WZ6A 5OZEA 2I4WA 5P60A 5P8HA 3PI0A 1MESA 1BDLA 9HVPA 5IVTA 5P5BA 5P82A 2UPJA 1HVLA 5P43A 3O9GA 4PHVA 3RTHA 1Z8CA 3INDA 4Y3XA 2F3EA 2OHTA 3RTMA 4BFBA 4Z22A 5P1WA 5KR2A 3HVPA 4QLHA 3DV1A 2VJ9A 3NWQA 5HU0A 1IDBA 5T4SA 5DQ4A 3CIBA 5P20A 5P73A 5COPA 5I70A 5P27A 4Y3RA 1APVE 5P40A 1AAQA 2QD6A 4B1CA 1ZPAA 3BUGA 2IRZA 2WEBA 4LBTA 5JG1A 5P4HA 5SY2A 5P7KA 5P25A 2G1RA 5P3VA 3INHA 2P3BB 4JPEA 5P6VA 3S56A 4EJ8A 1FQ7A 2APRA 2HB3A 2OHSA 2FGVA 5P8DA 3OUCA 4APRE 4RVXA 1EC3A 5CLMA 3KYRA 4YA8A 4GJ9A 4Y5EA 1HRNA 4GJ6A 5OYTA 1XS7D 4JOOA 3QRMA 4FIVA 4LL3A 2OHRA 1EBZA 4MC6A 5P0UA 5P52A 1HVIA 4FRJA 5P04A 3EM6A 4YD5A 4Y35A 2PYNA 3I7EA 3HLOA 3INFA 1MRWA 3OU4A 4YD6A 4GB2A 2A1EA 2Z4OA 3VSXA 2NNKA 4ZSPA 2QI1A 3QRSA 4F76A 5P28A 3TL9A 3SA6A 3S54A 1EPQE 1APWE 3D91A 1EPRE 4GJ5A 3FNTA 2QAKA 5P06A 5P4JA 2VJ6A 5DPZA 5DQ2A 1D4SA 2XFJA 5P1AA 5P3LA 5P7GA 1ZSFA 4XX4A 5P0DA 5P05A 5TOLA 3UPJA 2B7ZA 5P34A 3OK9A 3DJKA 3NU9A 3QI1A 4LXMA 1K2CA 4Y4JA 4NKKA 1IZEA 1DAZC 3SM2A 2R5QA 1HIIA 5HDVA 2I0AA 3UDHA 5P0QA 3KFSA 4FM6A 5B18A 4OBZA 1EC0A 2RSPA 3OQKA 5P5KA 2Q5KA 3T6IA 2G26A 5DR0A 5P16A 4QJ7A 4ZPEA 5P0GA 4J1KA 5P1DA 5P3DA 5P4UA 5P8FA 1N49A 3VV7A 2QI6A 4CPWA 2ER7E 3OADA 3IXKA 3UCBA 4DQFA 4Y45A 4PZWA 2I1AA 2ER0E 3BVAA 4Q1WA 4B1EA 3R4BA 4MC2A 4B70A 5OZ4A 3K4VA 5P3GA 4Y41A 2G1OA 3RVIA 2QU2A 5P3TA 2IGXA 4R93A 3PWMA 3VLBA 2R43A 3K4VC 2V12C 2FIVA 2G1NA 4ZSRA 4L7HA 2XYFA 3KFPA 5P0RA 1NPVA 1K1UA 2G69A 1W5VA 4JP9A 2FNTA 4Y53A 2QK5A 2F3FA 1HPOA 5EZXA 4Y43A 3PJ6A 4TRWA 2A4FA 4Y4BA 3G70A 4K4RA 1OHRA 3OUBA 4ACUA 5P0YA 3DV5A 2H6SA 5P72A 3ER5E 4ZPGA 5HE5A 5P7YA 5OZVA 5P4VA 5P2FA 4Y44A 5P2QA 5P48A 4I0ZA 2NXMA 5P5XA 4DI2A 1HPXA 2BQVA 2PC0A 5P0KA 4IVTA 4GJ8A 5P8GA 2BPWA 5P4KA 4DJWA 2ANLA 1J71A 3L3AA 1W5WA 5P2ZA 4DV9A 3OGQA 3TLHA 4NJTA 5P3KA 2HPEA 5P0NA 4FRKA 4Y3DA 1RNEA 4Y38A 3OU4B 2I4XA 3L5CA 1APTE 3CYXA 1MERA 4Y3NA 4J0VA 1GKTA 1FQXA 2SAMA 4CPTA 3FIVA 3K5CA 1QBSA 2ZHSA 4FL8A 1LF4A 1NSOA 4Y5GA 4ER1E 2WF1A 5P32A 3BXSA 5P3SA 1T7KA 3H0BA 3S7LA 5P88A 5P5WA 1T6EX 1B6LA 5P17A 5P37A 1D4YA 3LZYA 1SH9A 4DJXA 2PWCA 4D89A 1IIQA 3SAAA 3OHHA 3KT5A 1ODWA 4ZIPA 5BRYA 3C9XA 4GMIA 5OZYA 5P10A 3UF3A 5P18A 4AA8A 4Y6MA 2WECA 5P7CA 4HDPA 5P8VA 2ZJHA 3ZPSA 3VF5A 3ECGA 5P71A 1E80E 1YTGA 3PBZA 5P59A 5KQYA 2WEDA 5HE4A 3S7MA 5P8EA 5P23A 3UDRA 2ER9E 5P4FA 5P2UA 1SMRA 1DW6C 2G20A 5P7AA 3S43B 4DJUA 2BPZA 3H5BA 3Q6YA 2AZCA 1AIDA 1G0VA 2FGUA 1BWAA 1K6PA 4OD9B 2PSVA 5P79A 1FIVA 2R9BA 2NR6A 4FSEA 1DMPA 5OZGA 3DK1A 2HS2A 3PCZA 5P58A 5P6FA 5OZAA 8HVPA 4EJKA 4J1HA 5SY3A 4I0FA 5P00A 3I25A 5OZNA 2I4UA 5P7HA 5P1RA 4RRNA 3K5FA 5P35A 1TSQA 2IENA 1LYBA 2BPYA 5P50A 4GJBA 1HIHA 5P2KA 1B5FB 3NU5A 1MIQA 1FG6C 5UPJA 4FGXA 5P1OA 5P2WA 2VIZA 3O9DA 4R8YA 5P3YA 1RQ9A 5P4BA 5P6OA 4OBDA 4L1AA 2QI4A 2BB9A 2QHZA 2VA7A 2ZHVA 2XYEA 5P1ZA 1XE6A 3QS1A 3MWSA 3QAAA 4OBKA 5P15A 4ZLSA 5SXNA 1PSOE 4TRYA 1TCXA 1SMEA 1HXBA 3EL4A 1HTGA 5COOA 3LNKA 4R95A 3I6OA 1FF0C 3ZKGA 4AZYA 4Y36A 1LYAA 4FRIA 4Y54A 2AOIA 5P3ZA 2P8HA 1WKRA 4CPRA 5P8BA 5P8LA 3NSHA 2ZJNA 3OOZA 5P1CA 3KFRA 2ZDZA 1C6XA 3NUOA 1WBMA 5P5GA 3UDNA 3R1GB 2AOJA 5AH6A 5P2LA 2NMZA 1EBWA 5P03A 3HD8A 1IBQA 4D88A 5P44A 5OZKA 5CONA 3NR6A 3ZOVA 5P31A 4COEA 5P8IA 4B00A 5OZ7A 5OZ6A 3M9FA 3D20A 4BFDA 4XXSA 5P64A 2WKZA 4Y47A 2RKGA 5P2CA 4Y5AA 5P0HA 4EJDA 1BAIA 1WBKA 4FAFA 5P6AA 2MIPA 1UH8A 1B6KA 3T11A 4I0GA 1SIVA 5DGUA 1ZP8A 5P8KA 5P0CA 5P74A 5P4CA 3L38A 1LYWB 3OU1B 3FSMA 2BBBA 4EP3A 3ZKSA 5P2OA 1QDMA 1YM2A 2V11C 4N00A 3PMUA 5P1PA 1Z1HA 5AHBA 3WB5A 2P3DA 1EPLE 4Y3QA 5AHAA 1K6CA 4H3GA 3ZKMA 3B80A 3DUYA 5OYUA 5P8PA 5P8UA 5ER1E 3EM4A 3O9BA 5P4TA 3OXCA 1HVHA 4YBIA 2O4LA 5DQ1A 2NXDA 4LP9A 1M4HA 5P3BA 2IEOA 2ZGAA 1MT9A 1HOSA 2OF0A 3IA9A 4Y3ZA 5P1MA 1LV1A 1GVXA 4GZFA 3EBZA 4Y4ZA 3QBHA 2P3CA 1XE5A 1JLDA 3GGUA 4EXHA 3I2LA 1YTIA 2O4SA 5P78A 4EPJA 5P84A 1IVPA 4AUCA 2AIDA 5P01A 3R2FA 6APRE 3OTYA 1PPLE 5P13A 1HWRA 1W6HA 2UXZA 3EKPA 2CENA 4Y5BA 5P7XA 1LYBB 1MT8A 1FQ8A 4DPIA 3D1ZA 1BWBA 2G22A 5P77A 5JODA 3KT2A 2OHQA 1FG8C 2R38A 4HVPA 1YG9A 3OXVA 5P1SA 5OZCA 4L1AB 4Q1NA 3KMYA 2P83A 5P4EA 3AIDA 2ASIA 3RSXA 1MRXA 2Q15A 3KDDA 5P2DA 5P7UA 1BXOA 3Q4BA 1T6GA 3BXRA 5P2YA 5P1UA 3GI0A 4KE0A 4R5NA 3NXEA 1EPOE 5ISKA 3QN8A 4PZXA 5P2JA 4NPUA 3UFNA 1SGZA 5P4NA 3ZPUA 3UQPA 1BXQA 1A8GA 2PQZA 2RENA 3URIA 4CP7A 4HLAA 1VIKA 3I8WA 1D4KA 1FMBA 3QVIA 2G27A 4J1FA 4B1DA 4Y50A 3FNSA 1GVVA 3PSUA 3UDKA 1SDVA 2PK5A 5P7TA 3SFCA 2FS4A 5P4SA 3IN4A 3N3IA 5P7PA 4FAEA 4YD4A 2QP8A 3UHLA 4HE9A 4QJ9A 3DCKA 4LHHA 3OUDA 5P6DA 3BGCA 4K9HA 5OZWA 3EC0A 4QJ8A 2WF0A 5KR8A 3NU6A 2CEMA 4J55A 4QJAA 1HEGE 5OYRA 3CKPA 2QD7A 4Y37A 5P0MA 4Y5KA 1QBRA 2ZYEA 2NXLA 5OZ2A 2UY0A 1IZDA 5P68A 3VF3A 4APEA 5P56A 5P8MA 4CPXA 6UPJA 5P0IA 3O9LB 2HB2A 5OZ5A 1ENTE 3CMSA 4RCEA 1MTBA 2NPHA 4I8WA 5AHCA 5P3WA 5P5JA 3KF0A 3L5EA 2NNPA 4I0JA 4FM7A 4YD3A 1T7IA 5KQFA 4Y4XA 4J1EA 1F7AA 2WF3A 1FQ4A 4OBJA 4EQ0A 3SA4A 3SM1A 2P4JA 1B6MA 1W51A 2G1YA 4R91A 5P2SA 3GI6A 4H1EA 3T3CA 4Y58A 3OAGB 5P54A 5P5UA 2BKSA 3IXJA 3NYGA 3Q5HA 5P66A 2HS1A 1ODYA 2PMAA 2WF4A 3EL9A 3NU3A 5P07A 5OZUA 2AVMA 5P0JA 1UH7A 5P4QA 4QJ2A 5ENMA 2H6TA 1BV9A 2I4QA 3UFLA 4CMSA 4YCKA 5P3UA 5DGWA 5P7JA 1TQFA 2O40A 5P24A 3ZPTA 4DJRA 1HVCA 2QU3A 4Y3MA 5OZZA 1ODXA 4QJ6A 5P6SA 4GJDA 4I1CA 3JW2A 4AMTA 1AZ5A 2V00A 5KQZA 1EBKC 2J9KA 3TPLA 3CYWA 4H3IA 5OZBA 4OC6A 4ZE6A 3KA2A 4YDFA 4ACXA 5P6PA 3LIQA 3TPPA 2Q3KA 4PEPA 3O99A 4Y3LA 2ZJLA 1NH0A 3ZKQA 2R5PA 4I8ZA 2HPFA 5DR1A 1KJHA 5P8QA 4RROA 3U7SA 3SA9A 2PH6A 1FLHA 2AVQA 5HD0A 5P1JA 5P4AA 1UH9A 1PPME 2JJJA 2BPVA 5P0TA 5P4XA 5P3EA 3VG1A 5P57A 3L59A 5P0LA 3S53A 5P0PA 4I10A 5OYZA 2WJOA 1E5OE 3FNUA 3ER3E 3FV3A 4X2LA 2IL2A 3O9HA 5ER2E 2VA5A 1GVTA 5P5RA 2J9JA 3B7VA 3PGIA 3IVIA 3OOTA 4WY1A 4GYEA 5P7EA 5P3MA 4YE3A 4DQEA 4CKUA 5P6EA 1PSAA 4Y56A 3VFAA 2OHKA 2AOEA 2RMPA 1EPNE 5P6UA 1YX9A 1U8GA 5P36A 1M0BA 3T7QA 1HXWA 1B6JA 3TOFA 5P87A 3O9IA 4J0PA 5AH8A 4Y51A 1TCWA 1YTHA 1YTJA 3BUHA 3K1WA 3OQ7A 4OBZB 5P6YA 3FX5A 4YBFA 1SBGA 3URJA 4YOAA 2VNMA 1ZJ7A 5P4WA 4GIDA 3L5FA 4EXGA 3BHEA 1ZBGA 3VV6A 5P6LA 5P1NA 5P8NA 3PHVA 4HZTA 1KJ7A 4FRSA 3OADB 5JFUA 3L5DA 2PSGA 4RLDA 5P4ZA 2OHNA 5DQCA 3VYFA 4EP2A 3TNEA 1K6VA 5P7QA 2ZHUA 4Y4GA 5HDUA 2G94A 4D85A 4Y3YA 1KZKA 1HTEA 1GVWA 1RV7A 2QHCA 4RGHA 2OHLA 4EHCA 4DJQA 3O9CA 5P1IA 1CPIA 2OHPA 1XDHA 2AZBA 3S45A 2PH8A 2FDDA 3QROA 5HDZA 1KJGA 4J0ZA 3ZL7A 3K5DA 2FXEA 2FMBA 1TW7A 3ZKIA 4DQGA 3CKRA 3HW1A 4YD7A 1A9MA 2QZXA 4Y3HA 5DQ5A 1QBTA 1HTRB 3LZVA 5KOQA 5P6TA 4OC6B 4RYCA 7HVPA 1GVUA 1HHPA 4Y5LA 4J5JA 2F81A 4BEKA 4U7QA 2QI7A 3HZCA 5OYWA 2QD8A 4I0IA 5OYYA 3BRAA 5OZTA 3UQUA 3UQRA 1BIMA 2AQUA 3O9AA 4D83A 4Y3FA 5P65A 2QZLA 5ISJA 1KJFA 2JYSA 4Y3SA 5P42A 3BGBA 5P70A 1BDRA 2RKFA 3DOXA 5P5ZA 3JVYA 3TOHA 3EKXA 5P55A 5AH7A 4FSLA 5P41A 5P0EA 5P7WA 5P5TA 4I0EA 5HVPA 3OXXA 5P0AA 4RYGA 5P6IA 4AA9A 3VYDA 5PEPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6H A;  2HIZ A;  4I0H A;  5P0V A;  3O9F A;  5P46 A;  2ER6 E;  5I3X A;  2OAH A;  5P63 A;  1MSM A;  3TOG A;  3URL A;  2HAH A;  3O9L A;  4NJU A;  3TKG A;  4S1G A;  5P2V A;  4LXA A;  5OYX A;  1HBV A;  4Y3A A;  5P2B A;  5P6K A;  1MET A;  4RVJ A;  2P3A A;  2QCI A;  3BUF A;  5OZS A;  3TTP A;  4Q1X A;  3VSW A;  1NPW A;  3UDQ A;  1RPI A;  3QBF A;  5P80 A;  3LPJ A;  3PVK A;  5KAO A;  1BBS A;  4GJC A;  5P7L A;  3QVC A;  5P4D A;  5JFP A;  1D4J A;  1CZI E;  1D4H A;  3EKV A;  3SA5 A;  2FNS A;  3UQX A;  1EBY A;  5P8A A;  2IS0 A;  4Y5M A;  3S8I A;  5BS4 A;  5P62 A;  5C9D A;  2QNQ A;  2Q55 A;  3OAG A;  3MXD A;  2IQG A;  3PWR A;  3EXO A;  1MEU A;  5KR0 A;  4DH6 A;  5P2M A;  4PPH A;  1SGU A;  2VJ7 A;  4Y3E A;  1PPK E;  5P3H A;  1PRO A;  5P02 A;  5P7S A;  3VV8 A;  4RCD A;  5DR4 A;  5P1Q A;  3WZ6 A;  5OZE A;  2I4W A;  5P60 A;  5P8H A;  3PI0 A;  1MES A;  1BDL A;  9HVP A;  5IVT A;  5P5B A;  5P82 A;  2UPJ A;  1HVL A;  5P43 A;  3O9G A;  4PHV A;  3RTH A;  1Z8C A;  3IND A;  4Y3X A;  2F3E A;  2OHT A;  3RTM A;  4BFB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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