5P44A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 193
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p44A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p44A01
3EKQA 3UDRA 4DJUA 2I4WA 2ZHVA 4YD4A 2VIYA 2P83A 4F73A 2Q63A 2I4DA 4CPRA 5HTZA 5OZJA 3A2OA 2J9KA 4JECA 4YOBA 5P15A 5P2VA 1EPNE 4FIVA 5HCOA 4B77A 3MXDA 3CIDA 3L5EA 4XXSA 3CKTA 4H3IA 1U8GA 5P3NA 5P5HA 1FQXA 5P4AA 1HVHA 5P5FA 5P2GA 3CICA 5P1OA 4M8XA 1K1TA 3HVGA 4Y5PA 4EXGA 4DJXA 3O99A 5P8MA 5AHAA 1BDLA 4Y4DA 2F80A 2WHHA 3EL9A 5P7KA 4DJWA 4GJCA 1MT7A 1HTGA 2XFIA 5C9FA 3PB5A 1ZSFA 3IGBA 3WZ7A 2ER0E 5OZNA 5P4VA 1MEUA 4GYEA 1LYAB 2I4UA 4DJQA 5HDVA 2F3EA 3TTPA 2NNPA 5P2KA 3OAGB 5I3YA 4L1AA 1HPOA 3NXNA 5ISKA 1HXBA 1QDMA 3BXSA 4D8CA 1MT9A 2ZJNA 1G2KA 1PPKE 3OTSA 4Y39A 2P3BB 3WB4A 5P1FA 4JOOA 1HIIA 4Y3LA 4DUSA 1JLDA 3DCKA 4K4RA 4CPWA 3CYWA 5HDZA 1HBVA 1SP5A 5P3CA 4Q1WA 5P6YA 4Y5AA 1TZSA 4K8SA 2OHUA 1MERA 3DJKA 1CMSA 4YCKA 5P5XA 5OYRA 3ZKGA 5COPA 5P7NA 5I3XA 5P6SA 1C6XA 1BXQA 5P32A 3KF0A 4YDFA 1B5FA 3EXOA 4FAEA 3UQUA 3G70A 1IZDA 5P1HA 1FEJC 5OZLA 3O9IA 3NWXA 1SMRA 1GVXA 1SGZA 3DK1A 5P48A 2ZDZA 2FNTA 3FNTA 3PLDA 3D1YA 4YBFA 2QP8A 3LPIA 2F3KA 5P2OA 5DR8A 4K9HA 1MRWA 5P28A 2ER7E 1E82E 5P2ZA 2QZXA 2J9JB 1LF4A 1XL2A 3INEA 2QD8A 1HPXA 2QMGA 5CONA 2QMFA 3QRVA 2H6TA 4A6BA 3KM4A 3L3AA 1KJHA 3APPA 3O9HA 2F81A 5P1ZA 5P31A 5P3RA 4ZPEA 2IKOA 3Q6YA 5OYXA 4DH6A 1BBSA 2Q54A 4LXKA 5P3GA 3T6IA 1MPPA 5P5UA 3SFCA 3OGQA 5AHBA 3OU1B 4TVGA 5UPJA 3UQRA 3QAAA 1AJXA 5P66A 5P3IA 4F75A 5OZ3A 5P00A 5P13A 1CPIA 3IN4A 3LPKA 1HEGE 5P57A 5AH6A 2QI1A 2HB3A 5P1AA 5P4RA 4I0DA 2JXRA 1TQFA 4JP9A 5APRE 3RSXA 5P0RA 4FCOA 5IE1A 4RRNA 4QJ8A 3PEPA 5P47A 5P2EA 1IDBA 3UHLA 5P6NA 1YTIA 4EXHA 3PGIA 2AVOA 4FRJA 2AVSA 5SY3A 2G69A 1HVLA 1QS8A 1GVTA 4I8ZA 1LYBB 4RCEA 4EQJA 4DI2A 5P81A 4I0FA 4B70A 1GVVA 3UDHA 5P7XA 3URJA 2VA5A 1D4LA 3VYFA 3UPJA 5P1JA 3EM3A 3B80A 4ZEAA 2OF0A 3EC0A 4WTUA 5P0OA 4K4QA 5P2RA 3UDYA 4U7VA 2PYMA 5P5IA 1BVGA 3QRSA 5P0FA 4DQGA 4Y3RA 1AAQA 5P7FA 1SGUA 5KR0A 3OQKA 5P07A 4BFBA 5P2BA 1EPRE 4BFDA 5P5GA 3ER3E 3EBZA 1ZLFA 5P50A 5P83A 1HVSA 2CENA 3S8IA 5P1SA 3OU4A 3VF3A 4B1CA 1BV7A 1AM5A 3OY4A 2PSGA 5P6XA 4AMTA 1B6LA 3FKTA 4YCTA 3U6AA 1ENTE 4HEGA 3SA7A 2ZJMA 3TPPA 1NSOA 3UDKA 3K5DA 2ZJJA 5P8EA 5P8DA 5P4EA 5P34A 5SY2A 1QBTA 5KQYA 4R95A 1AVFA 5OZPA 4DPFA 1FIVA 1T6EX 5P3WA 4ZPGA 5P8QA 4Y5KA 4Q1YA 5P44A 3NLSA 5DQCA 1W50A 5P4SA 5OZKA 4RZ1A 3IVIA 3O9LA 3SM1A 4BELA 5OZ8A 1LS5A 3AIDA 5P2JA 1MVPA 4XX4A 4FM8A 4E43A 4QGIA 1HTEA 5P1CA 3SM2A 3MSKA 5P51A 2WKZA 3EMYA 1RL8A 1CZIE 2XFKA 3KDCA 4Y56A 2Q3KA 2QNQA 3OUAA 5OZ1A 4QLHA 3I7EA 3SA4A 3KMYA 4Z50A 5P53A 2HS2A 5P6CA 2HB4A 4Y5CA 5P6GA 5P7QA 2RENA 1T7KA 3T7QA 3LINA 3OQ7A 4Y54A 5AH9A 4Y5BA 1D4SA 4EJKA 5OZRA 3CYXA 5P7OA 3VLAA 3NYGA 4Q1XA 4PPHA 4MC2A 1LZQA 1W5XA 3BC4A 4LC7A 4Y48A 3OXWA 5P46A 5P3HA 3S7MA 1YT9A 4NPUA 5P0VA 3VV8A 2EWYA 3QPJA 4CPSA 2WF4A 1K1UA 2B8LA 5P76A 7HVPA 5OZAA 1ZSRA 3ZKMA 1MESA 5OZZA 2QAKA 3SPKA 2IRZA 3OTYA 5KOSA 3L38A 5P2QA 5P1KA 5P6TA 3TPLA 5P08A 5P84A 5P7GA 2QI3A 5P38A 4EWOA 5P2DA 4GJ6A 3WZ6A 2HAHA 2NPHA 1ZPKA 1YM4A 2IEOA 2PK6A 5P45A 3VUCA 2AOGA 4EP3A 3O9FA 1NH0A 5P69A 1SIPA 3ZPTA 4L7HA 3UDJA 5P86A 2P3AA 2AIDA 2VJ7A 2NXLA 2VIJA 5P23A 3NU4A 2V13A 5P5QA 5P6PA 3VFBA 2AVVA 2V12C 3JW2A 2WF2A 5P7UA 4RROA 2G20A 5P4CA 1DIFA 5P62A 2G21A 3RTMA 5P54A 4XX3A 5P4WA 1E80E 4D83A 5P8NA 1D4JA 4OC6A 2RKFA 2BBBA 1ZBGA 1B6JA 4Y9WA 1FG6C 2BPWA 5P1PA 4Z4XA 2FDPA 4AA9A 4Y5MA 5KAOA 1F7AA 1BWBA 3RVIA 4QJ6A 4TRYA 5OZGA 5P30A 5OYZA 2AOFA 1MTRA 2VIEA 4CP7A 4TRZA 3HVPA 3ZMGA 1EPLE 4YA8A 4L6BA 3LIYA 5P6OA 5OZUA 4ZE6A 3PWWA 2G94A 3ZPSA 5P59A 1G0VA 1T6GA 3L58A 1APVE 5COOA 5IVSA 4DV9A 3KFNA 1VIKA 4LBTA 5P7DA 3PI0A 4I0JA 5P3TA 5P3AA 4J0TA 4DQCA 2ASIA 3LNKA 2QHYA 4HLAA 5DQ4A 1T3RA 5P52A 1TSUA 4JPEA 5P1MA 2NNKA 4RCFA 4Y4UA 2WEZA 5P4FA 1Z1HA 3SO9A 2R3TA 3URIA 4Y5LA 5P1GA 1HSGA 2AVMA 5OZ9A 1KJ4A 3NU3A 3HZCA 3Q5HA 2I4XA 2FDEA 5P4NA 4CMSA 5OZ4A 5EZXA 2NMYA 5P7YA 5JFUA 3NDTA 3SAAA 4R5NA 1KJFA 3KA2A 4LP9A 2BPXA 1B5FB 4I12A 5AH8A 3ZKSA 1EBZA 5P5VA 2HPFA 5P7BA 5P7ZA 3QI1A 4FM7A 1HEFE 2NXMA 3O9CA 5P6VA 3PRSA 3OGPA 5P4DA 4GJDA 4APEA 4YE3A 5P2WA 5T4SA 4LAPA 5P17A 1A30A 4HVPA 2VIZA 5P29A 3VFAA 3S85A 1LF2A 2Q5KA 5P4BA 1FQ6A 2NTRA 4OD9A 5SXNA 5P1VA 3SABA 1HSIA 3FIVA 5P55A 4DQHA 3D3TA 3LZVA 3VF5A 3OQAA 1ER8E 4Y45A 3H0BA 5P40A 4X2LA 5P5YA 1LYWA 5P5NA 3TOFA 4Z22A 1NPVA 5P2YA 4Y4WA 5P49A 3G72A 5P8UA 5P5JA 1APWE 2R43A 3EM4A 4DQEA 2O4PA 4I8WA 3PBZA 3OUDB 3WSJA 3VV7A 5P6HA 2P8HA 5P4ZA 5P72A 4Y3ZA 3O9AA 5DQ5A 3BUHA 3FNUA 2BKSA 1K6TA 5P8AA 4DQBA 3DV1A 3Q3TA 5OZSA 3L5BA 4Y4GA 2I0AA 4JPCA 4FE6A 1YG9A 5P5KA 3I6OA 4B0QA 3IVHA 2I1AA 5P2SA 1TCWA 5P77A 4Y3XA 5P8TA 4DFGA 4EP2A 3AUPA 1ODYA 3LIQA 1PPLE 3I25A 1HVKA 1ZAPA 5BS4A 2AZ8A 2QCIA 3NSHA 2PWRA 5P12A 3PWMA 3QIHA 3RTNA 2CEJA 3T7XA 2P4JA 3KFSA 4EHCA 2AOHA 5P4HA 3R2FA 4Y4JA 2JYSA 5P3OA 1IVQA 5P7EA 2O4SA 1GVWA 5C9BA 2PH6A 3UQXA 4NKKA 1LEEA 3S2OA 2AOIA 5HVPA 1NPAA 1XS7D 2G24A 1W5WA 5P3MA 4Y5NA 2IGXA 5P7HA 5P6JA 1N49A 5P5CA 4HDFA 2ZJIA 1FQ7A 2B8VA 4FRKA 1PSOE 2WF0A 2QD7A 3K1WA 2OHRA 3U7SA 3PSYA 1EC0A 2OHNA 3NUOA 5DGWA 1C70A 3B7VA 5B18A 3SACA 3NXEA 2WF1A 5OYWA 1EC1A 4HE9A 3UTLA 5OYQA 3S56A 4Y5EA 4I11A 4PYVA 3OADA 3BGCA 3VLBA 4GB2A 2PSVA 5P1DA 5P4IA 1B6MA 5P05A 5P1IA 3T3CA 4RCDA 1KZKA 3I2LA 4R93A 4Y4ZA 5P06A 5P3EA 3VSXA 3S43B 3SLZA 2QI7A 4YHQA 3QS1A 3KDBA 5P88A 3D1XA 5P7MA 4Y4EA 5P3SA 5P1RA 3OU3A 3ZLQA 1EEDP 4OBHA 1B6PA 5P5OA 1MSMA 3EL4A 5OZHA 2IDWA 1MSNA 5OZ0A 2BQVA 4Y4XA 4RYGA 3INHA 1MIQA 4S1GA 4PZWA 2JJJA 4DQFA 3QBFA 1EC3A 4OBZB 1FFIC 3IXOA 3OOTA 3R0YA 4NPTA 4Q1NA 4B00A 4J54A 5HCTA 3KT2A 1NPWA 2IGYA 1LYAA 5P85A 5OZQA 3BRAA 2ZJHA 1GKTA 5P6ZA 4Y57A 2P3DA 4GZFA 3D1ZA 2ANLA 2AQUA 2G1NA 1W5VA 5OYUA 5P7LA 1D4IA 2QNPA 2AOCA 1D4KA 4Y3JA 1IZIA 5P8KA 2VA7A 2XFJA 4HDPA 5ER2E 4K4PA 5P1NA 5SZ9A 3INDA 2PWCA 3PI5A 5DQ2A 4BEKA 3EKWA 1APUE 3OUBA 2G1RA 1YTHA 5BRYA 3UCBA 3S45A 5P0WA 2PMAA 2SAMA 5P6UA 4GJAA 2WEAA 5P6RA 3VF7A 4PHVA 5DQ1A 5P67A 2ZJLA 2F8GA 4Y4TA 1DAZC 1FLHA 5P68A 5P1TA 2VNNA 1KJ7A 4OBJA 4Y5GA 4EYRA 3D20A 1M4HA 3PMYA 3UFLA 3ZKNA 2PH8A 2R3WA 3GGXA 3INFA 5P10A 5AGZA 4YD3A 5P2AA 5HDUA 4Y43A 4PEPA 5P0EA 2I0DA 1FMXA 2VA6A 2FGVA 4AA8A 4J1KA 3R1GB 4LHHA 1IDAA 3TKWA 4OC6B 3HAWA 2VS2A 3UFNA 1IBQA 5P4XA 3ZKQA 2QD6A 5OYSA 2UY0A 3EL0A 3SA3A 5P2HA 2AOEA 2J9JA 1XN3A 3QP0A 3S7LA 1K6PA 4F74A 3K5CA 3SQFA 5P03A 1XDHA 3TOHA 4CPQA 5EZZA 5P63A 5P7CA 3LZUA 5P2XA 4Y51A 4I1CA 2B42A 4J1IA 1FMUA 3O9BA 5IS4A 3CIBA 5P8GA 2V00A 4Y50A 3U71A 1PSNA 1FMBA 4U7QA 4ZSQA 4DJVA 4Y3QA 3IXKA 3NU9A 4I0ZA 1G35A 3SKGA 3QBHA 2ZJKA 3GI4A 4GIDA 1BILA 2QK5A 5P0SA 1MUIA 3K5GA 5P7PA 5P3DA 2A4FA 3OU1A 3NDUA 3ZL7A 1K2BA 2A1EA 3QROA 2Q15A 2Z54A 2AODA 1E81E 2ZE1A 5KOQA 3BVBA 2BPVA 4ACXA 5P6BA 3OQDA 1A8GA 1HVCA 4Y3SA 5DGUA 1TSQA 1YM2A 4R92A 4J1EA 4RVXA 1UPJA 4GJ8A 3GGVA 3BGBA 2P3CA 3IXJA 4DJRA 2FS4A 4Y41A 2G1YA 4RYCA 1BAIA 1HPSA 1B11A 1AJVA 1K6VA 4QJ2A 3SKFA 1LYBA 4KE1A 4RVJA 4Y3GA 1T7IA 3CKRA 2WEBA 3NU6A 3PMUA 4QJ7A 3LPJA 3EM6A 5P5PA 5DR7A 2ER9E 3DOXA 1HVIA 4Y36A 4FL8A 1BXOA 1GNOA 2H6SA 5P02A 1MTBA 4RRSA 4KUPA 5P3PA 2FDDA 4EQ0A 5P6MA 2HC0A 4OBDA 2BJUA 4U8WA 4AZYA 3BUGA 1W6HA 2G26A 1SMEA 4D88A 1MRXA 4DPIA 5P0AA 1QBUA 3HAUA 5P2IA 5HD0A 5JG1A 2RKGA 5I70A 2WF3A 2AZCA 5OYYA 2PC0A 5P11A 2QMDA 4J0ZA 3VYDA 5P5BA 1M0BA 1A8KA 1OEWA 4KE0A 5P64A 3ER5E 3KT5A 1AXAA 1DMPA 1A94A 4J1FA 5FIVA 3GGUA 3UDPA 1VIJA 3UDMA 3N4LA 3SA6A 5DR4A 4Y58A 1APTE 1G6LA 3ST5A 2R38A 3KMXA 8HVPA 2UXZA 4L1AB 3HBOA 5P0BA 5P0GA 1HTRB 4FSLA 1EBKC 4NJVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKQ A;  3UDR A;  4DJU A;  2I4W A;  2ZHV A;  4YD4 A;  2VIY A;  2P83 A;  4F73 A;  2Q63 A;  2I4D A;  4CPR A;  5HTZ A;  5OZJ A;  3A2O A;  2J9K A;  4JEC A;  4YOB A;  5P15 A;  5P2V A;  1EPN E;  4FIV A;  5HCO A;  4B77 A;  3MXD A;  3CID A;  3L5E A;  4XXS A;  3CKT A;  4H3I A;  1U8G A;  5P3N A;  5P5H A;  1FQX A;  5P4A A;  1HVH A;  5P5F A;  5P2G A;  3CIC A;  5P1O A;  4M8X A;  1K1T A;  3HVG A;  4Y5P A;  4EXG A;  4DJX A;  3O99 A;  5P8M A;  5AHA A;  1BDL A;  4Y4D A;  2F80 A;  2WHH A;  3EL9 A;  5P7K A;  4DJW A;  4GJC A;  1MT7 A;  1HTG A;  2XFI A;  5C9F A;  3PB5 A;  1ZSF A;  3IGB A;  3WZ7 A;  2ER0 E;  5OZN A;  5P4V A;  1MEU A;  4GYE A;  1LYA B;  2I4U A;  4DJQ A;  5HDV A;  2F3E A;  3TTP A;  2NNP A;  5P2K A;  3OAG B;  5I3Y A;  4L1A A;  1HPO A;  3NXN A;  5ISK A;  1HXB A;  1QDM A;  3BXS A;  4D8C A;  1MT9 A;  2ZJN A;  1G2K A;  1PPK E;  3OTS A;  4Y39 A;  2P3B B;  3WB4 A;  5P1F A;  4JOO A;  1HII A;  4Y3L A;  4DUS A;  1JLD A;  3DCK A;  4K4R A;  4CPW A;  3CYW A;  5HDZ A;  1HBV A;  1SP5 A;  5P3C A;  4Q1W A;  5P6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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