1XE6A

Structure of plasmepsin ii in complex of an pepstatin analogue
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Plasmepsin 2
publication title Structure of plasmepsin II in complex of an pepstatin analogue
rcsb
total genus 80
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2004-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe6A01
5P43A 5P6IA 5OZPA 2ER0E 5P71A 1D4JA 5OZOA 5P6RA 2SAMA 5P5JA 4Y3MA 4K4RA 4Y3LA 5P8DA 4ZEAA 3EL1A 2HIZA 2R5PA 4DJWA 1Z1HA 3GW5A 3OUAA 5P8FA 1XN2A 4EP2A 4Y3DA 5OYVA 4DH6A 2VIYA 5KAOA 2ZGAA 4GMIA 5P8HA 4YDGA 4I11A 1ODWA 2QD8A 3VF5A 5P5NA 3UDNA 1FMXA 1NPVA 3SACA 3GGVA 4FS4A 1HEFE 3OAGB 4K4PA 3LIXA 3TPRA 3UDPA 5DR1A 5P1SA 1BIMA 4Q1YA 5P3XA 4Y3EA 4CPSA 2I1AA 2VNMA 1B6MA 2O4NA 5OZ9A 4YHQA 4Y5NA 4YD3A 5P3WA 1Z8CA 5P0GA 2I4WA 3U6AA 5P7YA 5EZZA 3QVCA 2RMPA 4I0HA 5P5IA 5P13A 1EC0A 5OZVA 2FDPA 5P1VA 1HTGA 4ZLSA 3ECGA 2IQGA 5P6SA 4J0YA 4Y3RA 1MIQA 2J9JA 5E5KA 3PWRA 4DJQA 5C9DA 4X2LA 4FM7A 5OZJA 5P31A 4RVXA 5P68A 5P8AA 3UQWA 2XFKA 4J17A 2AVVA 1QS8A 5OZXA 4AA9A 5P6XA 5HE4A 2Q63A 5P0OA 4Y3TA 5OYYA 3G72A 3T11A 5P5XA 5P4GA 3M9FA 1PPLE 5P5YA 4L6BA 3Q3TA 2QI5A 5P4HA 5OZKA 5P2KA 2FDDA 3R1GB 4WY1A 1HEGE 4DJUA 3RTMA 5P5BA 2CEMA 4FL8A 4WTUA 5P1CA 1LYAA 2Q11A 1Q9PA 4YD6A 5P45A 2QI7A 4OC6A 5P1NA 3HAUA 4TRWA 3VUCA 3SAAA 1OHRA 2QHYA 3KT2A 1UH7A 5P14A 3H5BA 2QU2A 3NDWA 1ODYA 5P0HA 4FM8A 5P0DA 4YOAA 5P7IA 4MC9A 4RRSA 3SA7A 3PJ6A 1IVPA 5P8EA 4FRSA 3QRMA 2PQZA 1B5FA 1FKNA 1K6VA 5DQCA 3OQAA 2G69A 2ZJNA 3OTYA 5P36A 5P2EA 4XX4A 1AM5A 3LHGA 4L1AA 4A6BA 1IIQA 5P16A 2IKUA 3ZL7A 5P09A 4FGXA 3GGUA 4Y4JA 5ER1E 3BVBA 1HBVA 2UPJA 1LF3A 2QZKA 4OBHA 5P3VA 1META 4RRNA 5P4QA 3PMYA 5P5GA 2V13A 5P04A 5P42A 2B8LA 3BGCA 3O9GA 5AH8A 4OD9A 2QI1A 5P3CA 4A4QA 3EL5A 2Q3KA 2PK5A 5P32A 4DJRA 1D4IA 1DMPA 4EJKA 3INHA 5P0AA 1EC1A 5P1JA 2RSPA 2QD6A 1MESA 2AVOA 4FAFA 2RKFA 4KE1A 3LNKA 2P3AA 1PPKE 3EL0A 4LXAA 5P2BA 3DV5A 3FKTA 1LF4A 4XX3A 1MEUA 1D4HA 2AOIA 4Y3PA 5P7GA 4QGIA 3PVKA 1NH0A 3IXKA 2PYMA 5P4FA 1PROA 5P0TA 5OYSA 3UCBA 2B7ZA 5P73A 3D20A 5OZ7A 5P4ZA 3R0YA 5P5SA 2G27A 5P3IA 5P1QA 3WB5A 1GVVA 5P33A 5IVTA 5OZ2A 5P6PA 4DJPA 4KB9A 3KDBA 1LF2A 4J1EA 4NKKA 5HD0A 4AMTA 4FRKA 2ZHUA 3K5FA 5P3LA 2QP8A 5KQFA 4JP9A 5P0BA 2IDWA 5P3HA 3NLSA 1EPRE 5P2LA 5B18A 3IVHA 3IAWA 4GIDA 1SIPA 3K4VA 2A1EA 3NXNA 1T6GA 4Y5MA 3G6ZA 4J0TA 2FLEA 3QIHA 2R43A 5P2HA 3VV8A 4H3FA 4APRE 5P05A 4B05A 4HDPA 3DCRA 4ZSRA 3GI0A 3IN3A 3UQXA 5P0XA 3ST5A 3ER3E 2HPFA 4H1EA 4I10A 5P48A 3URJA 3O9LB 3VYFA 4B0QA 3L58A 4FIVA 1A30A 3CYWA 4R93A 2VIJA 4EXHA 1T7KA 1CMSA 5P6QA 4Z22A 5P4TA 1ZP8A 1YTJA 4BEKA 4I0EA 1TSUA 5P46A 1YTGA 4Y35A 4U8WA 2QK5A 4MC2A 1FMUA 2PMAA 5COKA 3SO9A 1W5XA 2ER7E 1HVHA 3EMYA 3VCMA 1YT9A 2WF0A 1W6IA 1YM4A 3C9XA 5P1RA 4RCDA 5P0CA 3NU9A 1IZDA 2OHQA 3VYDA 5P5KA 5OZWA 5OZCA 1OD1A 5P1MA 5P1YA 2QNNA 1HIIA 4R91A 4D83A 3NUOA 4NJTA 1UH9A 5I70A 4Z4XA 4Y4DA 3KMXA 3S53A 4J54A 1MT9A 4B1EA 4DPIA 3PB5A 5P6CA 3QRVA 3SA3A 4EQJA 4JOOA 4B1DA 1HIHA 4ZE6A 4FSEA 1Z1RA 3NDUA 5P3FA 1RNEA 2G22A 5P69A 2FIVA 4U7QA 5P7LA 5P52A 4DV9A 2H6TA 4Q1WA 5P2UA 1EPPE 5I3YA 5P2AA 2Q54A 2I0AA 4K4QA 4Y3WA 1OEXA 5P4XA 1HVRA 2HB3A 5OZSA 3OXXA 3GGAA 3KDDA 2ANLA 3U7SA 1XDHA 3RSXA 1QDMA 3O9EA 3K5DA 3O9CA 4PPHA 1A8KA 2AZ8A 3WZ7A 5OZUA 3RVIA 3JW2A 2WJOA 2R5QA 5F00A 1VIJA 1BDRA 2Z54A 5P19A 3PRSA 3OWNA 5P20A 4RYCA 1A8GA 1F7AA 6FIVA 3PLDA 3QN8A 5P0MA 4DI2A 2P3DA 4I0DA 5P1UA 5I3WA 3ZKQA 5P3RA 3TOFA 5P03A 2G20A 5P1XA 1HVKA 3ZPSA 4BFDA 4Y5CA 3BGBA 4RCFA 4Y5PA 5P4JA 1K1TA 5APRE 6UPJA 1LYAB 1GVXA 2FS4A 3SLZA 1HSIA 4DJVA 1BXOA 4AUCA 4I0FA 4PEPA 4OC6B 1LEEA 3VEUA 2AODA 5OZHA 4NJVA 1IZHA 2G24A 5P8PA 4MC6A 2F8GA 2QD7A 3OHFA 4RLDA 5P3DA 3ZKNA 5P30A 5P8VA 4QJ8A 5P35A 1E82E 4DJOA 3S45A 4B78A 1FQ4A 2ZDZA 3NU6A 1PSNA 4Y36A 4GJ9A 5P5MA 1KJGA 3QPJA 4IVSA 4L7JA 2V0ZC 5P8UA 1LYBA 4OBJA 4Q5MA 4Y47A 4PZXA 1HPOA 4JECA 3HVPA 4L1AB 5P5VA 6APRE 3KYRA 3KFPA 3EM4A 1YG9A 5P83A 3TOHA 5P0VA 3HZCA 4EP3A 2G1YA 5P4PA 1W5VA 3VF7A 2AOCA 2IRZA 3QBHA 1M43A 4Y4BA 1C70A 5KOQA 5P5PA 5P08A 2BPWA 5P66A 3ZPTA 1EPQE 5DR0A 2WEZA 4ER2E 2Q15A 2AOGA 3EKYA 5P8MA 4H3JA 5P0FA 1EPOE 3JVYA 4S1GA 1E80E 4OD9B 3NU3A 1AZ5A 2JYSA 3N4LA 2WEBA 4FE6A 5P37A 2PWCA 4LP9A 3O99A 4J1FA 5P7EA 4D85A 5KR1A 4I1CA 5P5DA 2FXDA 3BRAA 1AJVA 3QRSA 3UDRA 3D91A 3VV6A 3VYEA 3VSXA 2QZLA 3ZKSA 2XYFA 3NUJA 5P7RA 5P3AA 2VA7A 4F75A 2P8HA 3GI5A 5P5UA 2ZE1A 5P49A 3VFAA 5P78A 4B72A 5P1EA 5P8LA 2BJUA 3O9LA 3INDA 3TNEA 4J1CA 5P7DA 1G6LA 5AGZA 1APTE 5JFUA 3MXEA 4EJDA 1EPLE 2ER6E 3LZYA 4Y4TA 1EBKC 2I0DA 4J1IA 5I3XA 5OZRA 2QU3A 4PZWA 1BVEA 2ER9E 3VV7A 5P11A 4GJDA 4Y54A 5P5ZA 1WBKA 3BUHA 4YD5A 1FMBA 3MSKA 1APWE 1FQXA 5BRYA 3LZUA 5HE5A 5P40A 5CLMA 2IKOA 5AHCA 2AIDA 3BHEA 4J5JA 5IE1A 9HVPA 2ZJJA 2FGVA 3LIQA 1AJXA 4HVPA 4Y37A 3OTSA 5P53A 5IVQA 4JPEA 4NPTA 4DJYA 5P63A 4CPQA 2F80A 4DJXA 4Y4UA 5P41A 3HBOA 1GVWA 2V12C 2PSUA 1HPVA 1TSQA 5P0EA 5P1TA 2I4UA 4Y56A 5P1BA 3BUFA 5FIVA 3ZKIA 3KFRA 5JFPA 4MC1A 1FQ5A 5I3VA 3WB4A 1G0VA 1AVFA 1M0BA 2BPVA 3O9HA 2OF0A 3OQKA 5P2QA 3OU1A 4ER4E 3BC4A 3TKGA 5OZLA 3OU4A 5P8JA 3KA2A 3KMYA 5P2FA 1HSGA 4GJ6A 2JJIA 2WF1A 5P5OA 5P6NA 4Y5AA 5P7OA 3OQDA 1HVSA 1GNNA 1EC3A 5SY3A 5HVPA 3PBDA 3K5CA 2VA5A 1DP5A 3O9DA 4Y5KA 2FMBA 4RGHA 5OYRA 3UFNA 4Y4EA 5IS4A 4L7HA 5P3UA 2AVMA 3NDXA 5P8TA 3HVGA 2R38A 5P23A 3Q5HA 5P5LA 4ZSMA 1BV7A 1MTBA 2VJ9A 3FV3A 5P7FA 2VIZA 5OZQA 5P2XA 5P6BA 1FB7A 3EKPA 1TCWA 5P7PA 5P2YA 4OBFA 3O9BA 4ZPGA 2NNKA 1W5WA 1FG8C 5P4NA 3LPJA 2R9BA 1SP5A 1HTEA 3SFCA 4X7IA 3BUGA 4DPFA 4DQHA 1XN3A 1SGZA 5P1WA 3BXRA 1APVE 5P8GA 3CMSA 2V16C 2BKTA 2Z4OA 4GJCA 4XXSA 1KJ4A 2MIPA 3T7QA 1EBZA 4ACXA 3DUYA 4Y48A 2QMGA 1SMEA 4Y9WA 2APRA 2A4FA 4UPJA 3KFNA 1MSMA 4ZSPA 2QNQA 4DUSA 4ZPEA 4YCTA 3EXOA 3UDKA 3VSWA 5OZBA 3IVIA 5JG1A 3APPA 4RYGA 2AZ9A 3NXEA 2HC0A 5P28A 5HU0A 1GVTA 1FEJC 2ZHSA 2BPYA 1D4SA 3D1YA 3CICA 4M8XA 1GVUA 4B1CA 4AZYA 2B60A 5P8NA 1HOSA 4DQFA 5DR4A 2FNSA 1RPIA 5P7WA 4HEGA 5P3BA 5P06A 2QAKA 3KM4A 3OQ7A 4Y50A 3T7PA 1T7JA 5P58A 4Y3FA 2P3CA 4Y6MA 1AXAA 5P4VA 4BFBA 4EQ0A 1LYBB 5P54A 3EM6A 4ZSQA 3ZKGA 2O4PA 1QBSA 4EPJA 3KFSA 1MTRA 1SIVA 3EM3A 5P27A 3KN0A 3PGIA 3R0WA 4I0IA 3ZKXA 5BS4A 5AH9A 5J25A 5P1GA 3OXVA 4A6CA 3WSJA 3I2LA 5DR8A 4Z50A 5P1KA 2OHUA 5P86A 2G1OA 5PEPA 1KZKA 4Y53A 5P7ZA 4Y3JA 1MUIA 1MERA 2VKMA 3O9IA 1ZLFA 3FNSA 3PBZA 4F74A 5OZ8A 5P1FA 3UDMA 5DQ1A 5KR0A 4D8CA 2AVQA 1SH9A 4GZFA 1ME6A 3RTNA 4K8SA 1E5OE 3OXCA 2NXDA 4FCOA 4EYRA 1ZPKA 1D4YA 2VNNA 3NU5A 3O9FA 4Y58A 4YCYA 2NNPA 1N49A 4M8YA 1EAGA 2B42A 5AHBA 1W51A 4OBZA 3D3TA 3PI0A 3VG1A 1RL8A 5P7MA 2XFJA 1ZAPA 3AIDA 4R8YA 4OBKA 2PSVA 3MXDA 5P4OA 5COPA 4CPUA 4Y5GA 4HE9A 1SDUA 5P0LA 2VA6A 3VFBA 5P34A 4TRZA 5P6YA 2F81A 4H3GA 5P5QA 1FQ7A 4CPXA 3SKFA 1W50A 3FIVA 4YDFA 7UPJA 5P3KA 5OZFA 2I4XA 3S54A 1D4LA 3U71A 5OZ1A 2OAHA 5P3PA 3SQFA 4Y5EA 4RCEA 5P7VA 1EC2A 3LPIA 1ZSRA 5KR8A 5P0QA 2QHZA 5OYTA 4Y38A 1LS5A 5P0WA 2OHKA 3LINA 3FNUA 1FG6C 3TOGA 4I8ZA 5P8BA 5P1DA 4Y3QA 5OZ0A 2O4KA 1HVCA 5P2TA 3EBZA 2ZJHA 2QZWA 4Y5BA 4NPUA 3DJKA 3PMUA 2V00A 3IN4A 5P0JA 3FSMA 4QJ2A 1FFFC 3OQFA 1IBQA 1PPME 1BDQA 3LIYA 1MSNA 1ZPAA 5DR7A 5P56A 5P02A 3OU1B 2HM1A 5P3TA 3CYXA 4YD4A 3OU4B 1MPPA 2AZCA 3OGQA 3TL9A 5EZXA 1YM2A 5COOA 3KDCA 3ZMGA 1YX9A 3UFLA 2WHHA 4F76A 1APUE 4R5NA 4FAEA 5HDUA 4DQCA 5P8KA 5P2IA 4GJAA 5P10A 3DCKA 5P4YA 5P7UA 2AOJA 5OYZA 3UPJA 4E43A 3EC0A 5P84A 3CKPA 5DQ5A 4I0GA 3EL4A 2P4JA 3O9AA 5P6KA 2QMDA 5P5HA 4LBTA 5P1ZA 3QS1A 2XFIA 3PLLA 3MSLA 3EL9A 4CPWA 4EHCA 4YD7A 2JXRA 2IS0A 3D1ZA 5DPZA 5P0RA 7HVPA 3UTLA 1HPXA 4PHVA 5OZ4A 4I8WA 1K2BA 5P77A 5ER2E 3UDQA 4YOBA 2QI3A 5P6WA 3QI1A 1WBMA 3OY4A 3OHHA 1WKRA 4CMSA 4IVTA 1RQ9A 5P39A 3CIBA 3QROA 3QP0A 4CPTA 1SDTA 1T3RA 2OHSA 2IEOA 1ODXA 2WF4A 2B7FA 4Y43A 5P7HA 5OZYA 4CKUA 3DOXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P43 A;  5P6I A;  5OZP A;  2ER0 E;  5P71 A;  1D4J A;  5OZO A;  5P6R A;  2SAM A;  5P5J A;  4Y3M A;  4K4R A;  4Y3L A;  5P8D A;  4ZEA A;  3EL1 A;  2HIZ A;  2R5P A;  4DJW A;  1Z1H A;  3GW5 A;  3OUA A;  5P8F A;  1XN2 A;  4EP2 A;  4Y3D A;  5OYV A;  4DH6 A;  2VIY A;  5KAO A;  2ZGA A;  4GMI A;  5P8H A;  4YDG A;  4I11 A;  1ODW A;  2QD8 A;  3VF5 A;  5P5N A;  3UDN A;  1FMX A;  1NPV A;  3SAC A;  3GGV A;  4FS4 A;  1HEF E;  3OAG B;  4K4P A;  3LIX A;  3TPR A;  3UDP A;  5DR1 A;  5P1S A;  1BIM A;  4Q1Y A;  5P3X A;  4Y3E A;  4CPS A;  2I1A A;  2VNM A;  1B6M A;  2O4N A;  5OZ9 A;  4YHQ A;  4Y5N A;  4YD3 A;  5P3W A;  1Z8C A;  5P0G A;  2I4W A;  3U6A A;  5P7Y A;  5EZZ A;  3QVC A;  2RMP A;  4I0H A;  5P5I A;  5P13 A;  1EC0 A;  5OZV A;  2FDP A;  5P1V A;  1HTG A;  4ZLS A;  3ECG A;  2IQG A;  5P6S A;  4J0Y A;  4Y3R A;  1MIQ A;  2J9J A;  5E5K A;  3PWR A;  4DJQ A;  5C9D A;  4X2L A;  4FM7 A;  5OZJ A;  5P31 A;  4RVX A;  5P68 A;  5P8A A;  3UQW A;  2XFK A;  4J17 A;  2AVV A;  1QS8 A;  5OZX A;  4AA9 A;  5P6X A;  5HE4 A;  2Q63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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