4Y5KA

Endothiapepsin in complex with fragment 274
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5kA01
5P0UA 2WEAA 3ECGA 2IKOA 2CEJA 4E43A 5P5YA 3D1ZA 4ZIPA 5HTZA 3TKGA 3VF7A 1SIVA 1E81E 4D89A 4ZEAA 5P0LA 1IVPA 5OZ4A 2VIZA 5P14A 3N4LA 4QGIA 1HIIA 4YCTA 4OBKA 1EBKC 5OZ7A 1EAGA 4Y3EA 1G2KA 2J9JB 5DQ2A 5P4GA 3KFSA 1YG9A 4J5JA 5COPA 1D4JA 5P0XA 1J71A 2WF4A 5P1NA 4J54A 3SKFA 5P55A 4RYCA 1XL2A 4FSEA 1EEDP 5P1AA 2O4LA 5DR3A 3UDNA 1ZSRA 4Y5NA 1HTRB 3ZKSA 3UFLA 1VIJA 3GGAA 5KR1A 2J9KA 3MSJA 5P2MA 1SMRA 3QRSA 3PBDA 5FIVA 5B18A 1A94A 1ZPKA 2PYMA 5P0VA 5P88A 5P73A 4I0HA 3WZ8A 5P0GA 5P64A 4FRIA 4J1FA 5P8NA 3NLSA 2OHPA 3OQAA 2QZWA 1APUE 3NWXA 2R3WA 3WB5A 5P71A 4EJLA 1APTE 4YD4A 4PYVA 3O9AA 3EL5A 4Y4DA 5P37A 1W6HA 3EL1A 5P16A 2OAHA 3IAWA 5P3WA 1MT7A 4OBDA 2NXMA 5P3LA 3TOHA 4RLDA 5P34A 5P6TA 2PQZA 5P28A 2QMGA 1ME6A 4OC6B 5P3XA 3URIA 5P1IA 1T6EX 5OZ8A 1HVRA 1MTBA 1MT9A 3L3AA 5P36A 2QU2A 3KFRA 1HWRA 5P25A 1LF4A 3VLBA 3UPJA 4Q1WA 3NUOA 2NXLA 2OHMA 4TVHA 3D1XA 4WTUA 3O9IA 1FLHA 5P27A 3EBZA 4I10A 4Y5PA 5P24A 3UDJA 3VFBA 1FEJC 1LYWB 1MERA 5P7XA 2AOJA 2AOEA 1QBRA 1FB7A 2OHSA 5P5IA 1EC3A 2HB2A 2G26A 1LYAA 2G1SA 5P35A 3ZKGA 2I4XA 5P5ZA 2R9BA 5P1UA 3HDKA 2ZJNA 3BGBA 4A6CA 5P76A 4Y51A 5P4OA 3TPJA 2ZJIA 5P7DA 3SKGA 1RV7A 2ZDZA 1AJVA 2NTRA 3OQFA 3VV8A 4ZE6A 3VYDA 5DR8A 5KQFA 4HLAA 3OQDA 3O9HA 1OEWA 3CKRA 3BC4A 3B7VA 5T4SA 4Y3QA 2QI3A 5P7HA 2BKSA 5IVTA 2UY0A 4I1CA 5P2RA 1MRXA 2FS4A 3Q5HA 4RRNA 3LZSA 1D4HA 1FG6C 3DCRA 5P8IA 5COKA 1HXWA 3EM4A 5P3TA 3LIYA 4J1CA 4FSLA 3T7QA 4QJ2A 1IDBA 5KQYA 4LXMA 4QJ7A 5P06A 3CKPA 4FM8A 5P3SA 1HBVA 4YD7A 1BXQA 3IXKA 3BXRA 2B8VA 4TRYA 4B78A 4JPCA 5OZ2A 1YTIA 1C6YA 4Y4ZA 5HD0A 5P1VA 1HIHA 4U7VA 5P2JA 1Q9PA 4OBZA 2R3TA 2VIEA 3U6AA 1G0VA 4U8WA 5P82A 5P5SA 3ZPUA 2BQVA 3PWWA 3OOZA 4Z2ZA 1SGUA 5P1ZA 2G1OA 2QNQA 2VNNA 5P0IA 2ZHUA 3EL0A 5P3MA 5OYYA 5OYTA 6UPJA 1IZHA 3G6ZA 5P3DA 5P52A 3EKPA 5P3ZA 2OHRA 3S45A 5P75A 3UDPA 1W5VA 5P6PA 5P4DA 5P4UA 5P87A 5P6IA 5KQXA 5P32A 3VSWA 5P22A 4GJ6A 3GI4A 5P33A 1HEGE 2RKGA 4OBJA 5BS4A 5AHAA 5P3FA 5P0NA 2V16C 3INDA 4F75A 2PYNA 2G1YA 1PSNA 5P6MA 4DJQA 1ZAPA 5HE7A 1WBMA 3L59A 3NSHA 3DV5A 3NXEA 4KE0A 3UDYA 1MEUA 2I4DA 2PSVA 4BEKA 5P51A 3OGQA 5P8CA 1JLDA 2AZCA 2IEOA 4I0IA 3PLLA 5P5VA 4RGHA 3GGUA 4GMIA 5P6KA 4KE1A 5P03A 2FGVA 3U71A 1Z1HA 5P68A 1A9MA 2QI4A 1K6TA 4Y44A 2O4KA 3H5BA 2B42A 2AZBA 1ZLFA 3OOTA 4A4QA 4R8YA 3OHFA 4MC2A 5P5XA 1AAQA 2P8HA 1EPPE 5OZLA 5P5HA 5P4NA 1AM5A 4ER1E 2AOFA 5P4ZA 3HLOA 3NR6A 5P3EA 5P42A 5P8DA 3TPRA 1SDUA 5HE4A 3WSJA 3ZOVA 5P11A 5P10A 2HS2A 1APVE 1MVPA 5APRE 4Y3GA 2G69A 1SBGA 3LPJA 5P5NA 3EC0A 2AOHA 4R95A 3L58A 3KFPA 3CYXA 5C9FA 5P1JA 2VIJA 4EYRA 1G35A 4CPSA 1SDVA 2QNNA 2FNTA 5KR8A 4FAEA 5P54A 5P4PA 5P2NA 3IXOA 5P26A 3ER3E 1GNNA 1D4YA 5P7KA 1CMSA 3S85A 5OZTA 4QLHA 1PPLE 4F74A 4H3IA 1D4LA 5P45A 5P5MA 4OBZB 3EM6A 4YD6A 1FGCC 2ZHTA 3DM6A 2JJIA 2F8GA 4F73A 2QNPA 3IXJA 3BGCA 2NR6A 3S54A 2IGYA 2IKUA 2WKZA 3LINA 5P7MA 4HDFA 4DJOA 3OTYA 5P6DA 2Q15A 4ZSRA 5P79A 5P2FA 3MXDA 4Y4EA 5P7IA 5P0HA 2QI7A 3QRVA 5P2SA 1AVFA 5P0DA 3GGXA 4B1CA 3O9FA 2AZ9A 5KAOA 3DJKA 1FFIC 3LPKA 5P5PA 3NXNA 3INEA 4I0EA 2Z54A 4Y35A 3HAUA 5IVSA 5P78A 4Y4JA 4FE6A 4QJ8A 5P40A 4EHCA 5P4MA 5F00A 5P0CA 4B72A 1HVKA 5HCOA 3TPLA 4Y43A 5P1XA 2V12C 1YX9A 3K1WA 2O4PA 4HE9A 1GNMA 2AVSA 2Q64A 3QIHA 3RTNA 4DUSA 3SPKA 4PZWA 5P4TA 1T7JA 2H6SA 2ZJHA 3DV1A 4K9HA 3T7XA 1HVIA 3B80A 5P4IA 5OZZA 1ZP8A 2ASIA 5P4JA 3EM3A 4DQCA 1KJFA 2F3KA 2ZJLA 2XFIA 3GI6A 5P8BA 4R91A 4J1HA 4JP9A 5OZRA 4EP3A 5C9BA 5UPJA 3RU1A 6APRE 3RTMA 1DPJA 5P5DA 5P1FA 3SA3A 1A8GA 1APWE 5P48A 5OZWA 2Q63A 3PVKA 4EXGA 2AVQA 4Y3SA 5IVRA 4DI2A 5P04A 1BDQA 4LC7A 1ZJ7A 4FGXA 5EZZA 1RNEA 4Z4XA 1BIMA 5P6HA 5P5BA 2BJUA 1ODYA 5P01A 5P05A 2UXZA 4Y3HA 3SACA 5HDZA 1FMBA 2V11C 3VUCA 4RZ1A 3PJ6A 1G6LA 4Y3RA 2AODA 4GJ5A 4R93A 1M0BA 3BVAA 3LZUA 3ZKXA 4I8WA 1A8KA 1TCWA 3PSUA 2BB9A 4Y4XA 5P1CA 5P77A 3PM4A 3IGBA 4FRJA 5OZYA 5P4VA 4Y3AA 4D83A 2O4NA 4YDFA 4K4QA 3CMSA 4Y39A 4JPEA 1W5YA 4B70A 3Q70A 2VJ6A 4Y5MA 4Y4BA 1PROA 1B6MA 5HDXA 5P2UA 1ER8E 3K4VC 4DPIA 9HVPA 4GJ8A 4YCYA 3QS1A 4ZSMA 5P0OA 4DQEA 3VSXA 1C6ZA 2QHYA 3EKVA 3K5CA 3CICA 5P3NA 5P2IA 4CPTA 4A6BA 4QJ9A 5P57A 5P0WA 4YHQA 4B05A 1EBWA 1HPVA 2R5QA 2XYEA 5P5TA 3OUCA 5OZ5A 5P0KA 5P3RA 2RSPA 3OHHA 1HSGA 4IVTA 2EWYA 2ZGAA 4FRKA 4K8SA 1OHRA 3QVIA 5OZOA 1KJGA 1Z1RA 1B6KA 4L6BA 2VS2A 3GW5A 3EMYA 5P2OA 2WEZA 2P3BB 2IL2A 1GKTA 3UF3A 5P44A 1NPVA 2CENA 5I3XA 2NNKA 2SAMA 1BAIA 1BWBA 3OK9A 5P6YA 5P2GA 3G70A 2R8NA 5OYQA 2PK6A 2QI6A 1HSIA 5P4AA 5OZUA 4DFGA 3NU6A 4Y5BA 4Y5AA 3UQWA 5ENMA 3FNUA 4Y6MA 4Y3FA 5P4HA 1ZBGA 3I8WA 2V13A 5P2QA 4JECA 3DCKA 1FQ4A 5P0FA 1F7AA 2P83A 4J0VA 1LF2A 2ZJJA 1FQ7A 1SIPA 3INFA 4NKKA 5HE5A 5OZQA 3UFNA 1UH7A 5P7NA 1BVGA 4LBTA 3LIZA 5P61A 4MC6A 4K4RA 1HSHA 3JVYA 5OZ0A 4RYGA 3HZCA 1BV9A 3NDUA 4Y3YA 2ER7E 3OXXA 3ZLQA 4HDBA 3PMYA 3QP0A 4RCDA 1M43A 1UH8A 2PSUA 1TSQA 3FKTA 3UQRA 3O9CA 4Y4AA 1HVLA 5P81A 5P17A 5P07A 3OXVA 3KT2A 2AVVA 5P47A 4J0TA 1HPXA 2BPVA 3C9XA 5P8UA 2RKFA 5OZKA 1MSNA 3S43A 1K2CA 3PLDA 3OU4A 3K5GA 3EKYA 3U7SA 3MWSA 3ZKNA 2F3FA 4YOBA 5HCTA 1B6LA 5P3HA 1HPOA 5P5OA 2AOGA 5P0QA 5P7UA 3D1YA 5P3IA 3ST5A 1T3RA 3BUFA 3KDBA 5P5JA 5BWYA 2HC0A 5P1DA 3L5EA 3URLA 4DJWA 5AH6A 5P3AA 4CPRA 3I2LA 4X2LA 5P7RA 1QBTA 4YD3A 4Y38A 3S53A 3DUYA 3WB4A 4GJ7A 4DJVA 3ZKQA 2BPYA 2IRZA 2WECA 1W50A 3N3IA 3K4VA 3SQFA 4GYEA 4DPFA 3APRE 5P8EA 1XE5A 2P3DA 5P2YA 2OF0A 3T11A 4FAFA 5IE1A 5P7YA 5DQ5A 3ZL7A 3GI0A 2QZLA 3ER5E 4Y4GA 5OZNA 4Y48A 3O9LA 3SABA 5OZFA 1MPPA 4ER4E 4YBFA 3KYRA 1GVWA 1HXBA 1HTEA 3MSLA 4K4PA 7UPJA 1FIVA 2QMPA 4HDPA 4CP7A 3ZMGA 3S2OA 2OHQA 2R43A 3I25A 3EKQA 2I1AA 4YOAA 4RRSA 2I4VA 4CPWA 1LF3A 5P3VA 3Q6YA 4DJRA 5I3VA 5OYUA 3R1GB 4PZXA 3Q4BA 3KN0A 1ZSFA 5CONA 3QRMA 5P8HA 2FXEA 2VA7A 4EJ8A 4OBGA 1BILA 5AH9A 5P5RA 1IZDA 3OXWA 4XX4A 5JFPA 2QK5A 3CKTA 5SY2A 5P0TA 2A1EA 3UHLA 2WF1A 5P00A 1CZIE 2G94A 4MC1A 3RSXA 3KM4A 4FM6A 4DJXA 3SA5A 4Q1YA 3F9QA 1C6XA 2PWCA 4L7GA 4EP2A 4J17A 5P6RA 2F80A 3G72A 1FFFC 3IA9A 3LITA 4L7JA 2BPWA 2PK5A 1EPQE 2JYSA 3LIXA 5P83A 5OZBA 1FMUA 1EPLE 5P1RA 3NWQA 5AH8A 3IVIA 5P2BA 3KA2A 4J1KA 2FXDA 3SA7A 3PWRA 2WEBA 3TL9A 5ER1E 4COEA 5P50A 1K1TA 4DH6A 5OZVA 1LYAB 2B60A 4J1IA 4Y47A 4Y5EA 5P6FA 4CPQA 1YTJA 1HIVA 5CLMA 3S43B 1XE6A 3OU4B 5OZAA 5P6LA 5P69A 3PCZA 4DJUA 1IIQA 4L7HA 1OD1A 3UDKA 5OZPA 2Q11A 4WY6A 1PPME 2AZ8A 4RVJA 1B6PA 5P1KA 5P4FA 4Y41A 2VJ7A 4HVPA 1FF0C 3K5DA 1Z8CA 2OHNA 4YA8A 1K6PA 2WF0A 5P8LA 3PSGA 4M8XA 2P4JA 1KJHA 2BBBA 3SA8A 2ZYEA 1PSOE 1SMEA 1T7IA 3CIBA 5KR0A 1SH9A 1RPIA 2NMZA 1GVTA 2QI0A 5P5UA 3NDXA 4Y3NA 4Y57A 3OQ7A 2NNPA 4OBHA 5C9DA 1HEFE 5SZ9A 3L5FA 3L5CA 3QN8A 5P0AA 1HOSA 3NU3A 2NMYA 4Y3JA 5AHCA 4JOOA 3OUDA 3OU1A 1TSUA 3OUAA 5DR7A 5P41A 5P65A 4OD9A 3SM2A 4AA9A 2FDPA 4Y58A 3O9LB 3EL4A 3SM1A 5HU0A 5P66A 4DQHA 5P7OA 5P3YA 4AA8A 1ZTZA 3PRSA 2WHHA 2OHUA 4ZPGA 4CMSA 1KJ4A 1QRPE 2IS0A 4ZPFA 3GI5A 4GJCA 4Z22A 3PCWA 1LS5A 2I0AA 5J25A 1EBYA 5OYZA 1A30A 1ENTE 4LL3A 5IS4A 4LXAA 5OZHA 3FV3A 4YE3A 2AVOA 3KDCA 5P46A 5P15A 4NJSA 5SY3A 4YBIA 3LHGA 5P3KA 5P39A 4NPTA 2AOIA 4Y4TA 5P2ZA 4GJ9A 5DR1A 1EPME 2APRA 4Y54A 4Y3MA 4I12A 5P4QA 3FIVA 3TTPA 4B0QA 2PH8A 1HVJA 5P8QA 1D4KA 2FMBA 3KDDA 4OBFA 4ZSPA 4EQ0A 3CYWA 2ZHRA 5OZIA 3L5BA 2AVMA 5OZ9A 5OYSA 3SA4A 5ER2E 5P3GA 4Y53A 2UPJA 5P7SA 3SFCA 5OZEA 5BRYA 3D91A 3TLHA 4I8ZA 5OZMA 3M9FA 2ZJMA 1NH0A 1DAZC 2QHZA 3ZPSA 3QBFA 5P6WA 2HPEA 5P8SA 3BUGA 5F01A 2ZJKA 2VA5A 1MT8A 2XYFA 1HVHA 4ZLSA 4XKXA 3Q3TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0U A;  2WEA A;  3ECG A;  2IKO A;  2CEJ A;  4E43 A;  5P5Y A;  3D1Z A;  4ZIP A;  5HTZ A;  3TKG A;  3VF7 A;  1SIV A;  1E81 E;  4D89 A;  4ZEA A;  5P0L A;  1IVP A;  5OZ4 A;  2VIZ A;  5P14 A;  3N4L A;  4QGI A;  1HII A;  4YCT A;  4OBK A;  1EBK C;  5OZ7 A;  1EAG A;  4Y3E A;  1G2K A;  2J9J B;  5DQ2 A;  5P4G A;  3KFS A;  1YG9 A;  4J5J A;  5COP A;  1D4J A;  5P0X A;  1J71 A;  2WF4 A;  5P1N A;  4J54 A;  3SKF A;  5P55 A;  4RYC A;  1XL2 A;  4FSE A;  1EED P;  5P1A A;  2O4L A;  5DR3 A;  3UDN A;  1ZSR A;  4Y5N A;  1HTR B;  3ZKS A;  3UFL A;  1VIJ A;  3GGA A;  5KR1 A;  2J9K A;  3MSJ A;  5P2M A;  1SMR A;  3QRS A;  3PBD A;  5FIV A;  5B18 A;  1A94 A;  1ZPK A;  2PYM A;  5P0V A;  5P88 A;  5P73 A;  4I0H A;  3WZ8 A;  5P0G A;  5P64 A;  4FRI A;  4J1F A;  5P8N A;  3NLS A;  2OHP A;  3OQA A;  2QZW A;  1APU E;  3NWX A;  2R3W A;  3WB5 A;  5P71 A;  4EJL A;  1APT E;  4YD4 A;  4PYV A;  3O9A A;  3EL5 A;  4Y4D A;  5P37 A;  1W6H A;  3EL1 A;  5P16 A;  2OAH A;  3IAW A;  5P3W A;  1MT7 A;  4OBD A;  2NXM A;  5P3L A;  3TOH A;  4RLD A;  5P34 A;  5P6T A;  2PQZ A;  5P28 A;  2QMG A;  1ME6 A;  4OC6 B;  5P3X A;  3URI A;  5P1I A;  1T6E X;  5OZ8 A;  1HVR A;  1MTB A;  1MT9 A;  3L3A A;  5P36 A;  2QU2 A;  3KFR A;  1HWR A;  5P25 A;  1LF4 A;  3VLB A;  3UPJ A;  4Q1W A;  3NUO A;  2NXL A;  2OHM A;  4TVH A;  3D1X A;  4WTU A;  3O9I A;  1FLH A;  5P27 A;  3EBZ A;  4I10 A;  4Y5P A;  5P24 A;  3UDJ A;  3VFB A;  1FEJ C;  1LYW B;  1MER A;  5P7X A;  2AOJ A;  2AOE A;  1QBR A;  1FB7 A;  2OHS A;  5P5I A;  1EC3 A;  2HB2 A;  2G26 A;  1LYA A;  2G1S A;  5P35 A;  3ZKG A;  2I4X A;  5P5Z A;  2R9B A;  5P1U A;  3HDK A;  2ZJN A;  3BGB A;  4A6C A;  5P76 A;  4Y51 A;  5P4O A;  3TPJ A;  2ZJI A;  5P7D A;  3SKG A;  1RV7 A;  2ZDZ A;  1AJV A;  2NTR A;  3OQF A;  3VV8 A;  4ZE6 A;  3VYD A;  5DR8 A;  5KQF A;  4HLA A;  3OQD A;  3O9H A;  1OEW A;  3CKR A;  3BC4 A;  3B7V A;  5T4S A;  4Y3Q A;  2QI3 A;  5P7H A;  2BKS A;  5IVT A;  2UY0 A;  4I1C A;  5P2R A;  1MRX A;  2FS4 A;  3Q5H A;  4RRN A;  3LZS A;  1D4H A;  1FG6 C;  3DCR A;  5P8I A;  5COK A;  1HXW A;  3EM4 A;  5P3T A;  3LIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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