4Y5GA

Endothiapepsin in complex with fragment 272
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5gA01
3TNEA 4ER4E 1DPJA 4YCKA 2SAMA 5P71A 3UDMA 3URLA 3SM2A 2O4NA 3IVIA 1BBSA 2QU2A 5P4CA 5OZ8A 2AVOA 4Y4XA 2R8NA 1ODXA 5P7EA 5JG1A 1HPSA 1LZQA 5OZ5A 5P0BA 5P0PA 3IGBA 5P4HA 1HXBA 1DIFA 1GVUA 4H3JA 1EAGA 3T3CA 3VCMA 5OYUA 2ZYEA 3SQFA 1B6MA 5P2XA 4ZPFA 2QI5A 4L1AA 3KDDA 5P16A 5P89A 2R43A 2A4FA 1C6XA 2PYMA 5ISKA 4CPXA 1FQ5A 2FMBA 4Y3TA 3I25A 4OC6A 2HB3A 2HAHA 1KZKA 1CMSA 1SMEA 2AZCA 5P2SA 5KOSA 3OTSA 3TPJA 4RCEA 2VA7A 3UDNA 4DQFA 1IVQA 1RQ9A 4RYGA 3EBZA 5P5OA 2AZ8A 4PPHA 3RTMA 3LINA 1IVPA 2IQGA 2OHUA 2UY0A 4KE0A 2PSUA 1HEFE 3GW5A 2VJ6A 3CKPA 5OZMA 1QBTA 1K6PA 2IEOA 3R1GB 5P40A 3IXJA 5DR0A 1FGCC 4BELA 3EM4A 3TTPA 4Y43A 1D4YA 5P2CA 1C6ZA 1QDMA 3BUHA 4QJ2A 2VA5A 1BDQA 3SO9A 1IDAA 5P80A 5P5QA 5P5ZA 5P35A 3SM1A 3L5FA 4Q1XA 4YHQA 3PCWA 1SBGA 2JJIA 1EPPE 5P2LA 4GJ5A 2BJUA 5P6AA 5P72A 3UDKA 3FNTA 1XS7D 2QD8A 5P8SA 3EM6A 5P36A 5P08A 2IS0A 4K8SA 4FE6A 5OZNA 1T7JA 3U7SA 3JVWA 4FRKA 4JPCA 3RVIA 5F00A 5P4OA 1D4IA 4FCOA 1MTRA 3ST5A 4Y5AA 3OU1B 5P5XA 4OD9A 1IZIA 5P6DA 1XDHA 4GJ6A 3TH9A 3N3IA 4CMSA 4FRJA 5OZEA 3VUCA 1FMBA 5P1ZA 4F76A 5P37A 4H3FA 5KR0A 4FRSA 2FXEA 3QI1A 3S2OA 5P53A 4LHHA 1YTJA 1B6KA 3OXWA 5P6VA 5P7DA 3URIA 5P10A 5KR1A 1HVKA 3QVIA 6APRE 4L1AB 1K6CA 3KA2A 4RCFA 5P47A 5P56A 1IZDA 2B7FA 3KN0A 3MWSA 3PHVA 5HTZA 3OGPA 3S7MA 5P3FA 5P1SA 3TOHA 1FEJC 4Y5LA 5P46A 3NDUA 3BUGA 3KFPA 4Y3MA 4Y5PA 1M43A 5P2AA 3LIXA 3UHLA 1AIDA 4Y3AA 3NDTA 1C6YA 2HB2A 3UDRA 3SKFA 1B6PA 5P0IA 5P3NA 4FM8A 2F80A 5P07A 1D4SA 5P3OA 5P76A 3BXRA 4LP9A 3L38A 4RZ1A 4Y36A 5P23A 3VEUA 5HDVA 1TSUA 4YBFA 1LF3A 3L58A 5P32A 5P52A 3O9EA 5P67A 1SDTA 4Z2ZA 5P7FA 3QN8A 3KFRA 1KJ7A 3NDXA 5P6KA 3UDJA 5P3QA 4DI2A 2IENA 3BC4A 2AOEA 4PZWA 1TSQA 1W6IA 2AZ9A 2ASIA 4YD7A 1BDRA 4DQHA 5P6ZA 3ZKQA 1QRPE 1BXQA 3SA8A 2I4QA 1XL2A 1QBSA 2ER9E 1FQ8A 2AOFA 4GJDA 4Y44A 2VA6A 1K1TA 4RROA 5P6FA 2QHYA 4GZFA 4L7HA 4LXAA 4DJQA 2UPJA 1LEEA 4EJKA 1A9MA 4D89A 3K1WA 2Q15A 4EP2A 2QZKA 5P5VA 3I8WA 1YX9A 5OYYA 3OUBA 5ER2E 2P83A 3INEA 4KE1A 3BGBA 1GVVA 3OOZA 3QIHA 2CEJA 5AHBA 4APRE 4DFGA 3RSXA 5P77A 4GJ9A 5P8HA 5P8GA 4YA8A 5OZGA 1PSAA 4HVPA 4I0IA 4Y3FA 3S45A 3QS1A 3KT2A 3PJ6A 3QBFA 4Y6MA 1AM5A 3EKWA 2V16C 4RYCA 2QI4A 1U8GA 2OHRA 3IXKA 4LXKA 5P83A 3OQDA 5HDZA 5P3WA 1D4HA 1SH9A 1PROA 5DQ2A 5P03A 5P7CA 5P5EA 3OXXA 5APRE 4DQEA 1MT8A 5P7AA 3UFNA 1PFZA 5P27A 3NWQA 2ZHVA 1PPKE 4IVSA 3UQRA 1TCWA 3BUFA 4IVTA 1HIVA 4B05A 4BFBA 4ZE6A 4FAEA 3O9DA 1GNNA 3LZSA 5FIVA 4DQCA 3Q70A 1T3RA 2Q11A 2NNPA 2AOIA 3PGIA 4CPQA 2QMDA 4EP3A 1LYWA 4AA9A 2B8VA 5P5BA 5I3YA 4K4RA 2JXRA 3FNUA 5P8LA 1SIVA 1RNEA 3R0WA 5CLMA 2B8LA 4M8XA 3QRMA 2VNMA 1APWE 5P7XA 5BS4A 2H6SA 4R5NA 1EPOE 3OY4A 5P4GA 4FL8A 4Z22A 2F3FA 4GJBA 5P87A 4RVIA 4DJYA 4ZSRA 1BV9A 3PBDA 1APUE 5P4RA 2BPZA 2J9JB 3ZMGA 5P4MA 5P5HA 1APVE 1PPME 5P8NA 5P1VA 4Y4GA 4Y58A 1PPLE 4Y45A 5KQZA 2I0AA 4U7QA 1KJGA 5P6LA 4CPSA 2PYNA 3Q6YA 5P8OA 5P0RA 2I0DA 2ZHTA 1G35A 2PC0A 2ZHUA 4GJ7A 1EC3A 5P44A 4QJ9A 5P1QA 3EL1A 2FDDA 2IGXA 3UQXA 1UH9A 4OBFA 3T7XA 3U6AA 4MC9A 3PB5A 5P6WA 2HPFA 5P5KA 5P78A 2RMPA 2CEMA 1FFFC 4Q1YA 5P6XA 3EKQA 4R93A 5P0FA 5P7HA 3LPKA 3OUDB 3INFA 1XN2A 3O9IA 5P7WA 3CIBA 5P4WA 5P11A 1GVXA 3ZKMA 4L7JA 1BIMA 5P4PA 3T6IA 3PMYA 3T7PA 1HEGE 5PEPA 5P1AA 4J0YA 2HC0A 4DQGA 4YD3A 3UF3A 3OADA 3VSXA 3TL9A 3L3AA 1OEXA 1PSNA 2MIPA 1MPPA 5P0LA 5OYVA 4AMTA 5SXNA 3B80A 5P25A 4Y51A 3LITA 5IVTA 3FX5A 1KJ4A 5E5KA 5P6JA 5P3RA 4EJLA 2WF1A 2BB9A 2NTRA 3GI5A 5P2MA 4H3GA 4QLHA 3OQKA 3NYGA 2G20A 1FLHA 4COEA 1IZEA 2Q55A 4Y54A 2IRZA 4OBZB 3D91A 4ZPEA 3PLLA 3VV7A 5P1NA 3KM4A 2G1RA 5P19A 3OU4A 2XYFA 3ECGA 3CIDA 3EXOA 4DJOA 4YE3A 1VIJA 5AH9A 2NNKA 4NJUA 4R91A 5P2QA 3OQAA 5P6MA 2OHPA 3AIDA 1HVSA 1K6VA 4L6BA 3ER3E 4MC1A 4RVJA 2BPVA 1NSOA 5P17A 2WEAA 5JODA 4OBJA 3WZ8A 5OZSA 5P3JA 3HAWA 4I8WA 2AOCA 3GI6A 1VIKA 1BWBA 3NR6A 5P73A 4DPIA 4A6CA 3LIVA 4ZEAA 3H0BA 3QAAA 1ZAPA 5P5CA 4U7VA 2QMGA 5P75A 2P3BB 4NJSA 5DR7A 5OZVA 1HPOA 5P14A 5KQXA 5DPZA 5BWYA 1HSGA 1MRXA 4Y37A 5P12A 1TW7A 3GGAA 3UDYA 5OYQA 3D1ZA 3FIVA 5EZZA 5P2BA 5OYXA 5P2YA 5EZXA 5P5JA 3UQUA 2XFKA 5P3PA 1EPME 3RSVA 2PWCA 2B7ZA 4LL3A 2G1NA 2ZGAA 3PWWA 3WZ6A 5P41A 3NXEA 1EC1A 1GVTA 3VLBA 4XX3A 4YCYA 5P6SA 2FNSA 5P2ZA 5P70A 2QNQA 1K1UA 4TVGA 1DP5A 4QJ6A 4Y5MA 2RSPA 4GJ8A 2PH6A 3KDCA 1QBRA 1XN3A 5P57A 5P4ZA 5P1KA 1C70A 3UFLA 3I7EA 4YBIA 1YM2A 3OU3A 1SDUA 5P3DA 3K5FA 4RRNA 5OZTA 4Y47A 3UCBA 5BRYA 1B6JA 4TRZA 5B18A 3QVCA 3OQ7A 4EJDA 4Y4JA 3AUPA 5P2KA 5P1JA 2FGUA 4DJXA 1BV7A 5P0ZA 1FFIC 2VKMA 3BHEA 5OZDA 5P6EA 5P4EA 3HD8A 5OZ6A 4LAPA 2ER0E 2AQUA 3KF0A 3L5DA 4APEA 2ZJNA 4FS4A 5P6NA 5P22A 4FSLA 3EL4A 4N00A 4HEGA 2G1SA 5COOA 1YTIA 5P0VA 3SA9A 4QJAA 1FF0C 5P31A 5OZYA 5P0CA 5P7BA 2PSVA 3UQWA 3EKVA 4I8ZA 4J1FA 2WF0A 5OYTA 5OZKA 4Y3QA 3QPJA 2NMYA 2QI1A 4EWOA 4Q1NA 5P79A 2HS1A 2G1OA 3LZVA 4RRSA 5HDUA 3T11A 4I0EA 3K5DA 2QU3A 5HD0A 4I0JA 5P6TA 3EKTA 2WJOA 1SGUA 3SA4A 3L5EA 1MSMA 2OF0A 3OAGA 4Y3RA 2I4DA 1EPLE 4ZSQA 5P1DA 4RCDA 5P01A 1D4LA 4Y53A 3UDPA 4R92A 3Q4BA 3TKGA 1A8KA 4MC6A 4LXMA 1AVFA 3DUYA 5P62A 5P2GA 4EYRA 5P86A 5P0MA 5HDXA 1GKTA 3Q5HA 5P5GA 3ZKSA 3VFBA 3IAWA 5P5YA 1DAZC 3OXCA 3KMXA 5COPA 4YOBA 5P5IA 2QD7A 1TCXA 4B1CA 2ZJJA 2PQZA 1BWAA 4FRIA 4DJPA 1KJFA 3L59A 5P4DA 5P55A 4F73A 3HVPA 4QJ8A 4NPTA 4D88A 2PK6A 2R5QA 5P0EA 4H3IA 5P7TA 2OHMA 1FMUA 5P0WA 3ZOVA 4PYVA 5OZOA 4OC6B 1HTFA 5P0OA 4F74A 3EKYA 3MSLA 5P6CA 1ENTE 2WKZA 5AHCA 1HTRB 4GJCA 4ZPGA 3C9XA 5P60A 3U71A 4Z4XA 2BKSA 1HTGA 1MSNA 3NU9A 3PM4A 5P5UA 3K5GA 3SA3A 1KJHA 5P7PA 1BILA 5P6OA 1B11A 5P5NA 5CONA 3S8IA 1FG6C 3BVBA 2G26A 4J5JA 4NJVA 2P8HA 4OBDA 1HBVA 4H1EA 1META 3BGCA 5P1YA 3SA7A 3RTNA 3NDWA 5DR1A 3N4LA 4E43A 1A30A 3OUCA 2Q3KA 2NR6A 4Y3JA 4EXHA 1K2BA 3EKPA 5OZJA 1HPVA 2AVQA 2I4VA 2OHLA 2B42A 5P00A 4YCTA 4NKKA 7UPJA 2Q54A 5AH8A 1APTE 3LZYA 2H6TA 4Y5KA 5P64A 1E5OE 4Y56A 3TKWA 1MESA 5SY2A 1LS5A 3VF5A 2I4UA 4FM7A 4K4PA 1LYAA 3OOTA 5OZQA 5P8EA 3S53A 5P38A 3TPPA 3KFSA 4GIDA 2BQVA 1LYBA 2WL0A 5P28A 1EC0A 2B60A 1MT7A 5P3HA 4Y4WA 5TOLA 3O9LA 5P09A 5P2RA 5P8DA 5P1OA 3RTHA 3ZPUA 5P5TA 5DR8A 3TOFA 1D4JA 2V11C 5ISJA 2QNPA 3UPJA 2BKTA 4OD9B 3CKTA 3NU5A 4NJTA 4I0FA 1ER8E 1NPWA 5P7YA 1WBKA 1SIPA 1GNOA 4HDBA 2IKUA 5JFUA 3EL9A 5P20A 3NU4A 4I12A 1LV1A 1FIVA 3JVYA 5C9DA 4HDPA 4Y4DA 5P48A 2G27A 5P5SA 5IVQA 1A8GA 1IBQA 2J9KA 5P42A 5DQCA 3URJA 1FQ7A 3EC0A 1YM4A 5P2IA 5P3EA 1HVJA 5KAOA 4R95A 5OYZA 4XXSA 3O9AA 3CKRA 3MXEA 4J0TA 4Y5NA 1G0VA 2R3WA 1BAIA 3FV3A 5P15A 1IZHA 5P0QA 5P7NA 1JLDA 1SDVA 3SA5A 4YD5A 5P1PA 3M9FA 4Y3WA 4Y5GA 2VJ9A 2ZE1A 4GJAA 3UTLA 4ER1E 3D1XA 5P54A 4GB2A 1SP5A 1YG9A 5P1CA 2QK5A 1OEWA 4Q5MA 4QGIA 4ZSPA 3DCKA 3HZCA 4Y41A 5P4QA 1MTBA 5P3BA 5HE4A 4YD4A 3NU6A 3A2OA 5P66A 5P61A 5OYSA 1Z1RA 3O9FA 3KMYA 3PWRA 5P4LA 1ZP8A 3MSJA 2I4XA 3S43A 4ZLSA 5P8QA 5P6UA 5P8VA 2HS2A 1N49A 4RLDA 2UXZA 5P2FA 1YT9A 1T7IA 2P4JA 5P3LA 5P6GA 1NPVA 3R0YA 4DPFA 2IDWA 4X2LA 4DH6A 2NXLA 5P1MA 3DJKA 5HU0A 1EPQE 3LZUA 1E82E 5J25A 4RVXA 5KQYA 2NXMA 5P65A 1B5FA 1UPJA 4ER2E 3NUOA 4B70A 1ZSRA 2WF3A 2V12C 3IA9A 4CPRA 3O9LB 5SZ9A 4Y4ZA 3LNKA 3SAAA 4OBGA 2P3CA 3EM3A 4J0PA 4CPTA 3BXSA 4D83A 2P3AA 4EQ0A 4Y4EA 1EPRE 4BEKA 5P5PA 3GGXA 3WB5A 2G69A 4NPUA 4ZIPA 1MVPA 3FNSA 5P63A 1MRWA 3CYWA 5KOQA 5I3WA 3S85A 4CPUA 1ZSFA 2O4SA 2QMFA 4Y3YA 3VFAA 2JE4A 2FXDA 5OZLA 5OZ0A 5P4XA 1NH0A 5P7MA 3PSYA 1W5VA 3WSJA 5P2NA 4Y4TA 5P49A 3TOGA 5P1FA 5JFPA 2V10C 2VIEA 4GMIA 3ZPSA 3BRAA 2QMPA 3TPRA 3K5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TNE A;  4ER4 E;  1DPJ A;  4YCK A;  2SAM A;  5P71 A;  3UDM A;  3URL A;  3SM2 A;  2O4N A;  3IVI A;  1BBS A;  2QU2 A;  5P4C A;  5OZ8 A;  2AVO A;  4Y4X A;  2R8N A;  1ODX A;  5P7E A;  5JG1 A;  1HPS A;  1LZQ A;  5OZ5 A;  5P0B A;  5P0P A;  3IGB A;  5P4H A;  1HXB A;  1DIF A;  1GVU A;  4H3J A;  1EAG A;  3T3C A;  3VCM A;  5OYU A;  2ZYE A;  3SQF A;  1B6M A;  5P2X A;  4ZPF A;  2QI5 A;  4L1A A;  3KDD A;  5P16 A;  5P89 A;  2R43 A;  2A4F A;  1C6X A;  2PYM A;  5ISK A;  4CPX A;  1FQ5 A;  2FMB A;  4Y3T A;  3I25 A;  4OC6 A;  2HB3 A;  2HAH A;  1KZK A;  1CMS A;  1SME A;  2AZC A;  5P2S A;  5KOS A;  3OTS A;  3TPJ A;  4RCE A;  2VA7 A;  3UDN A;  4DQF A;  1IVQ A;  1RQ9 A;  4RYG A;  3EBZ A;  5P5O A;  2AZ8 A;  4PPH A;  3RTM A;  3LIN A;  1IVP A;  2IQG A;  2OHU A;  2UY0 A;  4KE0 A;  2PSU A;  1HEF E;  3GW5 A;  2VJ6 A;  3CKP A;  5OZM A;  1QBT A;  1K6P A;  2IEO A;  3R1G B;  5P40 A;  3IXJ A;  5DR0 A;  1FGC C;  4BEL A;  3EM4 A;  3TTP A;  4Y43 A;  1D4Y A;  5P2C A;  1C6Z A;  1QDM A;  3BUH A;  4QJ2 A;  2VA5 A;  1BDQ A;  3SO9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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