5P59A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 234
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p59A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p59A01
5HDXA 5P5TA 4YCYA 3Q3TA 1FQ5A 4FLGA 5IVSA 5DR7A 1ZBGA 2WEBA 1D4HA 5P2VA 1G0VA 4Y44A 4AA8A 2Z4OA 4COEA 5AHBA 3TNEA 4Y3PA 1HTFA 3KDCA 3OXWA 1MEUA 3CMSA 3LIYA 5P1LA 4Y3GA 1GVVA 1W5YA 5P1MA 5P0LA 3LHGA 3INFA 5P5JA 1NH0A 5P8RA 4Y3ZA 4Y3AA 2ZJNA 1FIVA 4BFDA 3L58A 4J0VA 3T7PA 5P5XA 2NXMA 2G22A 1RL8A 3ZPTA 2IKOA 3QP0A 1FQXA 1W5WA 4YHQA 4EHCA 1IZIA 4Y3RA 1QDMA 2CEJA 5P67A 4OBZA 4Y45A 5P78A 5C9FA 1U8GA 3OXCA 5P3JA 5P7UA 5P49A 1HWRA 5AHCA 4YDGA 3OTSA 5P81A 3VFAA 5P68A 3TTPA 2NXDA 2ZJMA 1UH7A 2QI3A 4YOAA 5OYWA 5P4YA 2XFIA 3QRMA 5CONA 4RVJA 5AGZA 5P6HA 1APVE 2HM1A 3OTYA 5P0DA 5P5WA 4KUPA 5P3GA 4R8YA 1EPRE 5HDVA 2AZ9A 2QD7A 4GIDA 5P2KA 5P70A 5P74A 3O9LA 4GJAA 1FFFC 2JJJA 5P1YA 3DCKA 1XS7D 3HAUA 3EL0A 4FRKA 5P3KA 2ZJJA 5P57A 3SAAA 3LZSA 5P5IA 5P2BA 5IVQA 5P30A 5P0MA 2VIEA 1FFIC 5KR8A 5P2ZA 4I10A 2BPYA 4Y3WA 2NMZA 1K6CA 3OU4B 5SXNA 3TPJA 1YM4A 2G1NA 2G24A 5OZGA 3EBZA 5P6BA 3ZMGA 4DQFA 5OZAA 4LAPA 3OUBA 4PHVA 1RNEA 2G20A 1D4YA 3D20A 2WL0A 5ISKA 2VNNA 4Y5GA 3QBHA 3LIZA 5P7PA 1TCWA 4NPUA 4FE6A 3KM4A 1PSNA 3PRSA 1FF0C 5P7GA 1OD1A 5KR0A 5P3TA 3MSLA 5P8OA 2FLEA 3EKVA 5P07A 5P5EA 4J1EA 3T3CA 3UCBA 5KOQA 3T7XA 5COKA 3OY4A 3SQFA 1KJGA 1LV1A 2QZKA 4B1EA 4E43A 4Z22A 5P39A 5P86A 3VV8A 5P51A 3D91A 1FMBA 4YDFA 5P4JA 3UDQA 2HB4A 4Q1WA 4MC1A 4I0FA 1MUIA 1ZSRA 3D1ZA 2AOEA 3HZCA 3L38A 2O4LA 1SGZA 5P1QA 4FAEA 1HSIA 1B6KA 5P6KA 5P0NA 2QMFA 3HVGA 4TVHA 4Y35A 4QLHA 4J1CA 4NKKA 4A6CA 2QI1A 3IA9A 2QI4A 4S1GA 6APRE 2Q5KA 5P6IA 4Y3QA 4R95A 2QMGA 5P62A 4DVFA 2CENA 4HDFA 5P27A 1ZTZA 2QI6A 5P6GA 5OZ7A 5IE1A 1K6PA 3OXVA 2I4VA 1K2CA 4ZSMA 4CPQA 3K5CA 4CPRA 3FV3A 3S85A 3LINA 4F75A 5HCOA 2IRZA 1D4KA 3UFLA 3KN0A 4R91A 5P4LA 1HEGE 5P6PA 3S43B 2PH8A 3D3TA 3PEPA 3QIHA 4D83A 5P6TA 1FG8C 2AOIA 5P7DA 5P77A 4BFBA 2FDPA 4K4RA 5P03A 3BGCA 2R9BA 4J0ZA 3TOHA 2P3BA 4Y47A 2I4WA 4K8SA 5P2UA 2IGXA 4RCFA 1DIFA 1QBSA 5P7MA 1MTBA 2Q55A 1HBVA 2ZHVA 5P75A 4WTUA 3FX5A 1HHPA 2QMPA 3RSVA 1IBQA 1KJ7A 3FIVA 2ZHRA 3PI5A 2JJIA 2OF0A 1FQ8A 3NR6A 3O9IA 1XN2A 5P4BA 5P52A 3JVWA 2UPJA 2FNSA 3UDKA 2I4UA 2PMAA 4L7GA 5P4DA 2QMDA 4FGXA 5AH8A 5P2QA 5KQZA 5J25A 3RVIA 5HE7A 3LIXA 5P66A 3NSHA 1T7KA 3EMYA 1DW6C 5P08A 5P63A 1C6XA 4I0EA 1XE6A 3LZUA 5P4AA 2JXRA 3QBFA 4CP7A 2WEDA 1OEWA 3R1GB 4Z4XA 4NPTA 3KT5A 4LL3A 2NTRA 3OADA 1META 4RVIA 3JVYA 4F74A 1HXWA 2BJUA 3N4LA 4Y4DA 4RCEA 3SKGA 2F80A 5P5BA 3RTNA 3OQFA 4Y5KA 2OHUA 1VIJA 3PSGA 5P5GA 2VA6A 3ZKSA 3GI0A 5P1GA 3ZKXA 2VIYA 2QI5A 3GGVA 1K1TA 1GNOA 4GZFA 3URLA 5P5FA 1BILA 5COOA 1HXBA 2MIPA 1KZKA 4X7IA 3SA6A 3ZPUA 1HIIA 3GGUA 3OK9A 4FRIA 5P4FA 5OYVA 1IVQA 1KJHA 4YD5A 3B7VA 4J1KA 3BGBA 2ZYEA 5P7RA 4FM7A 4Q1NA 1FKNA 3MSJA 3BVAA 2OHMA 1RV7A 5OZWA 1HVKA 3PLDA 4I0IA 4JOOA 3SA9A 2I4QA 5P6SA 3DJKA 5P0KA 4TRYA 5P3YA 2P8HA 4FM8A 4I8ZA 5OZIA 5P1EA 2FNTA 1MT7A 3O9HA 1MRXA 1ZPKA 4Y3JA 3NWQA 5KQYA 1MERA 5P71A 4Y4EA 1EPOE 4DQCA 1YTIA 4EJKA 2QZLA 4DPIA 4YBFA 5P20A 5P3DA 3NDWA 1LYWA 3N3IA 3TPPA 4RLDA 5P1CA 1HIVA 5P0GA 4B05A 1HOSA 3UTLA 5P42A 3BUFA 3SA4A 1K6TA 5E5KA 5P3CA 5P1TA 4KE0A 4J1FA 4DQEA 5P40A 5P46A 1W6IA 3UQRA 1B6JA 5P26A 5P4TA 1B5FB 5P7XA 1T7IA 3SLZA 5P47A 3O9GA 2AVQA 5P2MA 3S54A 4FM6A 5P5NA 2RKGA 4U8WA 1QBRA 2F3KA 4DUSA 3UDPA 2I0DA 4OBDA 5P0EA 4XX4A 4I0HA 3DCRA 4JECA 3IVIA 1TSQA 3PMYA 2A1EA 1RQ9A 1HPXA 3OQ7A 4Y51A 5P3VA 4LXKA 2NPHA 5P8KA 5OZQA 5P50A 1F34A 1LYAA 5OYZA 5P0JA 1SDTA 5P5RA 3KFSA 1EAGA 1FG6C 1AM5A 2UXZA 5P34A 1GKTA 2IS0A 2Q11A 4GJ9A 1W5XA 2G27A 2I0AA 4KE1A 2WF1A 3KDBA 3EM4A 5P6WA 1EC0A 4MC2A 3EM3A 5KAOA 4GJCA 3H5BA 3OUDA 3ZKMA 4YD4A 1YTHA 1WBKA 2R5QA 4U7QA 4RYCA 4GJ7A 4GJ6A 4OBKA 5I70A 1ZJ7A 4J17A 5P12A 4XX3A 1A8KA 5OZLA 5P11A 7HVPA 2V11C 4OC6B 2V00A 1NPVA 2OHTA 4L1AB 3F9QA 5P6LA 1ZAPA 5DGUA 3TKWA 5P8NA 6FIVA 5HTZA 4Y4WA 5P4NA 2WHHA 4Y5BA 4LXMA 4CKUA 4DI2A 2PQZA 1Q9PA 3I25A 3U7SA 1APWE 3TOGA 3OOTA 1EBWA 1Z1RA 5P8MA 5P6XA 5P7AA 1SGUA 2QHZA 1EPME 4B78A 1CMSA 3OU1B 5UPJA 1YX9A 1HPVA 5P2FA 5P7CA 3C9XA 3L5FA 4I0DA 1MPPA 5OZEA 1LF4A 4K4PA 4K9HA 3UDJA 3PBDA 5P2XA 5P05A 4B0QA 2AOJA 1APTE 5P7WA 1G6LA 2PYNA 3S53A 3OQDA 2ZJHA 5P4UA 2AIDA 1Z1HA 5P3OA 3GGXA 4DJUA 3HBOA 5P0UA 3RTMA 2ZJLA 5P2NA 4DJXA 5KOSA 4YCKA 4Y4XA 4XXSA 5JG1A 5DR1A 5P4IA 3UDHA 3NDUA 3PWMA 5P53A 3QPJA 5OYSA 2HPFA 1W5VA 5P0IA 4Y5PA 4HE9A 3GI4A 4YA8A 1MT9A 2ANLA 2Q3KA 5P6AA 5KR2A 4D8CA 3WZ6A 4CMSA 2XYEA 1SIPA 3S45A 1EC1A 1T6EX 4YD7A 2O40A 1HPOA 1IIQA 2ER7E 2V0ZC 3TKGA 5P7NA 5P82A 3EL1A 3ZKGA 5P5UA 1PSOE 2QHYA 4RGHA 4RYGA 4CPTA 5P3EA 4YD6A 5OZNA 2IL2A 2XFJA 3JW2A 5FIVA 4RRNA 3IGBA 3VF5A 3KFPA 5OZ8A 3AIDA 5P0WA 2OHPA 2PSGA 4M8YA 5DQ5A 3TOFA 4Y5MA 3K1WA 5I3WA 3O9AA 1ER8E 2WF4A 4AA9A 4CPWA 1SDVA 1IDAA 4APRE 3PSUA 5P23A 5P6OA 5P13A 5P45A 1HVSA 5I3YA 1FB7A 1MSNA 2OAHA 5P8IA 2QZXA 2BPVA 3SPKA 5P16A 4Q5MA 4Y53A 2QNQA 4B1CA 5OYXA 3FNTA 5P7JA 3INDA 5P19A 4DV9A 2G1YA 3K5GA 2VIJA 4J54A 1FQ7A 5P2AA 5P7SA 2J9JB 5P0CA 1QS8A 2PSVA 4BELA 4R5NA 2VJ9A 3L5CA 3VYDA 3DV5A 3OAGA 5P2EA 3T6IA 5P7OA 2IKUA 3IXKA 3EKXA 5HU1A 3APPA 3NDTA 4LP9A 2Q54A 3B80A 1HVHA 5P7YA 4N00A 1AXAA 1FEJC 5P41A 4DJVA 3BHEA 2VS2A 2HIZA 2NR6A 2BPZA 5DQ2A 5P1NA 1JLDA 3SA7A 5P4HA 3EC0A 5P4VA 3S2OA 4ZPFA 5P6YA 5P8AA 3VEUA 5P7TA 3IAWA 5CLMA 1PPME 2P3DA 1DPJA 3EKPA 3O9BA 5HVPA 4ZSPA 5P7EA 5OYYA 3LZVA 1FQ6A 2AVMA 2QHCA 4Y39A 2BPWA 4R93A 4J1IA 3VF7A 5P0PA 5P22A 3S7MA 4ZSQA 3UDMA 3VLAA 3DV1A 5P64A 4I11A 4EJLA 2G21A 5SZ9A 3R0YA 4FS4A 1M43A 3UF3A 1GVTA 2AVVA 3R2FA 5P69A 1BDQA 5P5MA 2ZGAA 4M8XA 3PCWA 4GJ8A 3EXOA 5DR3A 4B77A 2G69A 4DQHA 3DM6A 5P6ZA 3O9CA 2R38A 3KFRA 2EWYA 5PEPA 4D85A 3UHLA 4H3IA 5P10A 5P76A 5OZTA 1PROA 1D4LA 1MIQA 5ENKA 2O4KA 5P24A 5ER1E 1GVUA 1DAZC 4I0JA 2H6TA 5SY2A 2ER0E 5OZVA 3SM2A 3VCMA 5C9DA 3KA2A 3LPJA 4PPHA 1B6PA 3Q5HA 4J5JA 5P04A 5P1RA 5P72A 1EBZA 5P54A 4HVPA 2PK5A 2B7FA 2R5PA 3WZ8A 1AJXA 5P88A 3WB5A 3NXNA 4Q1XA 1LZQA 3K4VC 4H3JA 5P44A 1HTGA 2F81A 3EL5A 4ZEAA 2OHSA 8HVPA 3CYWA 1LYBB 3UPJA 3L5DA 1AIDA 5P5HA 2Z54A 2IQGA 3TL9A 3EKWA 3I8WA 3NU9A 5P4ZA 3UDRA 3PBZA 5E5JA 4Y38A 2R43A 3KYRA 4Z2ZA 1D4SA 1ZP8A 4ZE6A 3PMUA 1G35A 5P31A 4EP2A 2IDWA 3L59A 3GW5A 9HVPA 1HVJA 3NLSA 3ZL7A 4Y3LA 3SM1A 3PSYA 3EL9A 1APUE 1BAIA 3K5FA 3S56A 1SIVA 3VFBA 5P18A 5OZKA 2QZWA 3WZ7A 5I3VA 4DH6A 5HDZA 1T7JA 4U7VA 1BDLA 2QP8A 2ZE1A 5P7KA 5P0ZA 3HDKA 5AH9A 1IVPA 1EPQE 2G26A 3VF3A 3IN4A 5P0SA 1QBUA 4EJ8A 4DPFA 6UPJA 2FIVA 1BV7A 4J0PA 2QAKA 4Y3NA 1VIKA 3BUHA 3OU4A 3G72A 5OYTA 3VUCA 4EQ0A 4QJ7A 1MT8A 5P0YA 5IS4A 3MXDA 2F3EA 5B18A 5P1JA 3PHVA 4Y3YA 4FSEA 4JPCA 3NU6A 2P4JA 4TVGA 4OD9B 3OUCA 2I1AA 3LZYA 3IXJA 3PWRA 5P2SA 5P0RA 5P8VA 2B8VA 3R0WA 1BV9A 5P5OA 5P2GA 1EEDP 3URIA 5P5PA 4B72A 2JYSA 1SH9A 2FMBA 5P7FA 3HVPA 1FMXA 3UFNA 5P83A 2PSUA 5P4EA 3O9EA 1EPLE 4I0ZA 4OBFA 4QJ8A 5P8DA 1IZEA 1CZIE 5DR8A 3HAWA 1MRWA 3PCZA 4Y43A 2B7ZA 5P1ZA 5P4MA 5P85A 4ACXA 3EKTA 1SP5A 5P09A 2BQVA 4L6BA 5P3WA 1F7AA 1WKRA 4RVXA 4CPXA 3G70A 5OZ3A 5EZZA 2APRA 4WY1A 5P5CA 5P2JA 4YBIA 4Y4GA 2HB2A 5OZBA 2WKZA 4AUCA 2FDEA 4ER2E 5DPZA 4OBZB 2F3FA 1YTJA 4GJDA 4PYVA 2PC0A 1ZPAA 5F01A 2HAHA 3SABA 3T7QA 4KB9A 4DQGA 3ER3E 5P29A 4EJDA 1IDBA 2I4XA 5P2OA 2V16C 3Q4BA 2AOHA 2O4NA 2OHKA 3EKQA 3BXRA 2V12C 5DR4A 3PB5A 4DJWA 4YCTA 1HTRB 3KFNA 3QN8A 5TOLA 1YM2A 1DP5A 3BRAA 2QU3A 1BXOA 3BUGA 1A8GA 1G2KA 1OHRA 2HPEA 2FXDA 3NUOA 1E82E 2WF2A 5P5YA 1GVXA 4I12A 5P0FA 3ST5A 3S43A 5OZZA 1B11A 2HS2A 1HRNA 5P7ZA 5P1IA 3O9LB 4AZYA 2OHRA 2BKTA 3QAAA 3Q6YA 5P7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HDX A;  5P5T A;  4YCY A;  3Q3T A;  1FQ5 A;  4FLG A;  5IVS A;  5DR7 A;  1ZBG A;  2WEB A;  1D4H A;  5P2V A;  1G0V A;  4Y44 A;  4AA8 A;  2Z4O A;  4COE A;  5AHB A;  3TNE A;  4Y3P A;  1HTF A;  3KDC A;  3OXW A;  1MEU A;  3CMS A;  3LIY A;  5P1L A;  4Y3G A;  1GVV A;  1W5Y A;  5P1M A;  5P0L A;  3LHG A;  3INF A;  5P5J A;  1NH0 A;  5P8R A;  4Y3Z A;  4Y3A A;  2ZJN A;  1FIV A;  4BFD A;  3L58 A;  4J0V A;  3T7P A;  5P5X A;  2NXM A;  2G22 A;  1RL8 A;  3ZPT A;  2IKO A;  3QP0 A;  1FQX A;  1W5W A;  4YHQ A;  4EHC A;  1IZI A;  4Y3R A;  1QDM A;  2CEJ A;  5P67 A;  4OBZ A;  4Y45 A;  5P78 A;  5C9F A;  1U8G A;  3OXC A;  5P3J A;  5P7U A;  5P49 A;  1HWR A;  5AHC A;  4YDG A;  3OTS A;  5P81 A;  3VFA A;  5P68 A;  3TTP A;  2NXD A;  2ZJM A;  1UH7 A;  2QI3 A;  4YOA A;  5OYW A;  5P4Y A;  2XFI A;  3QRM A;  5CON A;  4RVJ A;  5AGZ A;  5P6H A;  1APV E;  2HM1 A;  3OTY A;  5P0D A;  5P5W A;  4KUP A;  5P3G A;  4R8Y A;  1EPR E;  5HDV A;  2AZ9 A;  2QD7 A;  4GID A;  5P2K A;  5P70 A;  5P74 A;  3O9L A;  4GJA A;  1FFF C;  2JJJ A;  5P1Y A;  3DCK A;  1XS7 D;  3HAU A;  3EL0 A;  4FRK A;  5P3K A;  2ZJJ A;  5P57 A;  3SAA A;  3LZS A;  5P5I A;  5P2B A;  5IVQ A;  5P30 A;  5P0M A;  2VIE A;  1FFI C;  5KR8 A;  5P2Z A;  4I10 A;  2BPY A;  4Y3W A;  2NMZ A;  1K6C A;  3OU4 B;  5SXN A;  3TPJ A;  1YM4 A;  2G1N A;  2G24 A;  5OZG A;  3EBZ A;  5P6B A;  3ZMG A;  4DQF A;  5OZA A;  4LAP A;  3OUB A;  4PHV A;  1RNE A;  2G20 A;  1D4Y A;  3D20 A;  2WL0 A;  5ISK A;  2VNN A;  4Y5G A;  3QBH A;  3LIZ A;  5P7P A;  1TCW A;  4NPU A;  4FE6 A;  3KM4 A;  1PSN A;  3PRS A;  1FF0 C;  5P7G A;  1OD1 A;  5KR0 A;  5P3T A;  3MSL A;  5P8O A;  2FLE A;  3EKV A;  5P07 A;  5P5E A;  4J1E A;  3T3C A;  3UCB A;  5KOQ A;  3T7X A;  5COK A;  3OY4 A;  3SQF A;  1KJG A;  1LV1 A;  2QZK A;  4B1E A;  4E43 A;  4Z22 A;  5P39 A;  5P86 A;  3VV8 A;  5P51 A;  3D91 A;  1FMB A;  4YDF A;  5P4J A;  3UDQ A;  2HB4 A;  4Q1W A;  4MC1 A;  4I0F A;  1MUI A;  1ZSR A;  3D1Z A;  2AOE A;  3HZC A;  3L38 A;  2O4L A;  1SGZ A;  5P1Q A;  4FAE A;  1HSI A;  1B6K A;  5P6K A;  5P0N A;  2QMF A;  3HVG A;  4TVH A;  4Y35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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