2O4PA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k) in complex with tipranavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords protease
publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4pA00
3EBZA 4NPUA 4HDFA 2F80A 1A9MA 3UFNA 1ZTZA 5P0SA 2PSGA 3U7SA 5OZZA 4IVSA 5P6AA 5OYSA 4JPEA 5P34A 3UQPA 5P8IA 1FQ4A 2WHHA 2R43A 3OTYA 4FM8A 4YCYA 1FF0C 5P52A 5P0NA 3B80A 5P0XA 4EQ0A 2ZHVA 2VJ6A 5DQ4A 5P1MA 5P0JA 4FS4A 5P2GA 2O4LA 3VYDA 2O4SA 4DI2A 5P81A 3VFBA 1TSUA 5P2TA 1B11A 1M4HA 2ER6E 2IKUA 1UH7A 4DPFA 3NUOA 5P2FA 2QI5A 4RROA 2I4VA 3LZUA 2ER7E 5P43A 5P3BA 3PCWA 3OTSA 2QD6A 3S85A 2OHTA 5OZYA 5OZRA 2OHMA 5P7MA 4CPXA 5P5FA 4ZIPA 3LIZA 3O9FA 4Y4AA 3BHEA 1IIQA 5P8EA 3VSWA 4EXGA 3QIHA 5P30A 4CPTA 5P4NA 3QBFA 1SIPA 1MSMA 3BXSA 4OBJA 4FRKA 2ZJLA 4LBTA 5P2JA 4L7JA 2QNNA 5OYTA 5P7PA 1SP5A 5P15A 5P0FA 2Z4OA 4Y5AA 3HAUA 3VLBA 3KA2A 4I0HA 5P79A 3MSLA 1HTRB 4LL3A 3VLAA 3PBZA 3LHGA 1CMSA 1PPKE 3PWRA 2BPVA 4FSLA 1W5XA 3EL5A 2PWRA 1BDLA 1OEXA 2O4NA 5P4KA 2BBBA 5P26A 3GGUA 1YT9A 4RVJA 2QZLA 4DQHA 4RZ1A 1MTBA 5OZ3A 5P27A 1YTGA 5OYYA 5BRYA 4Y3TA 3L58A 1K1UA 3OU4A 5UPJA 3FKTA 5P7DA 3OU4B 2B8LA 2WF4A 1UH8A 4Y53A 1HEGE 5P0BA 4APEA 1BBSA 1YM4A 5P2IA 2A1EA 4QJ2A 5OZ9A 5P45A 6UPJA 4AA8A 5P4JA 5P1CA 3SM2A 5HCOA 5P0QA 1U8GA 4PHVA 1IZIA 5P5JA 5P3FA 5P7IA 2Q54A 3RU1A 1LV1A 5DR7A 2NR6A 5P64A 1D4KA 1ZSFA 2G27A 1BVEA 2B60A 4Y4XA 3TH9A 2ZJMA 1T7IA 5OZAA 3TLHA 1WKRA 3OHHA 5P47A 1AVFA 2F8GA 5OZKA 3UDHA 3R1GB 2OHQA 3VF3A 3TKGA 5DR4A 4EJ8A 1HIVA 4CKUA 3EKVA 4J0PA 5P1OA 4Y5LA 3LNKA 1NPWA 2NNPA 5P8SA 1XN3A 5P65A 5F01A 5CONA 4R93A 1HTFA 1LF3A 4H1EA 5OZ6A 3UDKA 3ZKXA 5P2UA 5DPZA 5P2BA 1WBMA 4Y5BA 4F73A 5OYWA 3WSJA 3EKQA 2ANLA 1K2BA 2P4JA 1M0BA 5P2LA 3SLZA 3HLOA 1G2KA 4J54A 1A30A 2AODA 3IXOA 2H6SA 3PMUA 4FRSA 2R38A 1HWRA 5P32A 1M43A 4FL8A 1META 1XL5A 5P4RA 2QI7A 1W6IA 4HEGA 3PGIA 5OZCA 4NPTA 1FQ8A 1SMEA 3I7EA 5J25A 4A6CA 3R4BA 1BXQA 2AVMA 3HBOA 1T7KA 4MC1A 1APWE 2V10C 3PB5A 1KZKA 4J55A 3ZKMA 4J1IA 3BUHA 4LXAA 5P69A 2WF1A 3S45A 1FLHA 2AVQA 3CMSA 5P0TA 3SPKA 2B7FA 3NU5A 5P0IA 5P8PA 3TNEA 1DMPA 2QMPA 5AHAA 2QP8A 3T6IA 4GJ7A 5HE5A 5HU1A 3S2OA 5P8HA 3D1YA 4DJOA 1BWAA 2HIZA 4GJBA 1BWBA 3PVKA 5OYQA 1FGCC 1LYWA 4Y3GA 1LYWB 5JG1A 8HVPA 5P7JA 4EPJA 4DJVA 5P1XA 2QZXA 1EBYA 3URJA 1VIKA 3OUCA 3D3TA 4OD9A 4H3JA 5P7AA 4QJ9A 4R8YA 1F7AA 4OD9B 5P4IA 5IVTA 3LIQA 3OXXA 1K6CA 4PYVA 5OZWA 2QI6A 5P0PA 3I6OA 3ECGA 5P3DA 1B6KA 2VKMA 5P3XA 4J1CA 4XX3A 5ENMA 1TQFA 4YCTA 3D20A 5DQ2A 4Y4TA 3PI0A 1EPQE 3DOXA 1NPAA 1LF4A 5P6IA 2FNTA 3KT5A 3PI5A 1BAIA 4FAEA 1MPPA 4Y43A 3KFPA 3QAAA 1PFZA 3CKPA 5P56A 4NJTA 3O9GA 4Y47A 4X7IA 5P2AA 4ZPFA 5P8OA 4J17A 5P6RA 5P3JA 5AHBA 3OUDA 5KQZA 5P1SA 1TZSA 3OUDB 4BFDA 3VEUA 2V13A 3O9HA 3PWWA 5P3CA 4AZYA 3PMYA 3K5CA 3ZOVA 3QRSA 5P1LA 5P0WA 1LZQA 1FKNA 5P1FA 5P08A 3IXJA 5P8NA 4FLGA 1MTRA 5P40A 2NTRA 3ER5E 4D88A 4U8WA 4AUCA 2I4WA 3QVIA 2R3TA 4HA5A 2H6TA 1EPPE 4XXSA 1T7JA 5P0HA 5P60A 3NUJA 4R95A 4J0YA 3OQDA 5P1RA 3IN4A 5P6FA 3ZPTA 1CPIA 2IL2A 3KFRA 2AOEA 4DJQA 5P1HA 4J1KA 5P12A 2G1SA 5P5WA 2NMZA 1BIMA 2ZJKA 3BXRA 5P5IA 1YTHA 2QAKA 2NXMA 5P0ZA 1GKTA 3EM6A 1HOSA 4I8WA 2FIVA 3ZL7A 3I2LA 5OZMA 5P31A 5OZ4A 3OWNA 2UPJA 5C9DA 5P82A 5OZLA 2O4KA 5P4CA 4Y4UA 3H0BA 3OXCA 4QLHA 2ZHSA 4Y48A 3DK1A 2PC0A 4E43A 4RYCA 4FSEA 3DCRA 1ER8E 4GMIA 1SDTA 3LIVA 5P8GA 3KMXA 4GJCA 5P84A 4EHCA 3SA5A 2IGXA 3O9BA 4CPUA 5OYXA 5P2XA 1YM2A 5OZXA 2AZCA 5P16A 2ER0E 1IDAA 5AHCA 4I11A 2HB2A 3NU4A 1IBQA 4DQEA 5OZVA 4I0GA 4LAPA 3DUYA 3SABA 4RGHA 1PSOE 2G1RA 5OYZA 3SKGA 2WEAA 5P8AA 2O40A 3EKTA 4FE6A 5OYVA 5P7VA 3O9AA 3PCZA 5P0YA 2SAMA 3NDUA 3PRSA 2XYFA 3DV5A 4K4PA 1ZBGA 5AH7A 3LZYA 4F76A 5P6EA 5P28A 2VNMA 5P78A 4Y4JA 5P2OA 2WKZA 5OZSA 3FSMA 2IQGA 5P8RA 3K5FA 3UDMA 2WF2A 5P2NA 4JOOA 4B70A 2ZE1A 3S43A 5P62A 5AGZA 3S43B 5AH8A 4TRYA 2Q11A 5P4EA 5P3OA 1IVQA 2QHZA 5P8CA 2I0DA 1C6ZA 2R5QA 5P5VA 3JVWA 5P5XA 5P6DA 5P5DA 3OQ7A 2Q5KA 2QI3A 4RCDA 5SZ9A 3SA4A 4DFGA 5P04A 5P6UA 5ISJA 4KUPA 4OBHA 2R9BA 5P3AA 2QHYA 3UFLA 4ZSQA 4XX4A 1FB7A 4ZSRA 1GNMA 3SA8A 4KB9A 3SFCA 5P70A 3OQFA 2FDPA 4I0ZA 3HD8A 4ZSMA 1EBKC 1ENTE 4ER1E 2PH6A 5P44A 5P53A 3ER3E 3ZLQA 4CPSA 4J1HA 2I4XA 3KFNA 4L1AA 4EJDA 1HVHA 3RSVA 4L1AB 3OGQA 3G70A 4OBKA 3BRAA 3TPRA 2P8HA 5P57A 5P63A 2QMGA 2ZHTA 5P89A 1BILA 5P4YA 2QHCA 5P71A 5APRE 4Y5GA 2QCIA 5P37A 2FGUA 4DH6A 5COOA 3UTLA 5P58A 4ZLSA 1GVTA 2FDEA 2Q63A 1AZ5A 1XDHA 3RTHA 2AIDA 1E5OE 3UQWA 5P2DA 1XL2A 3NDWA 4YD5A 4D8CA 1DP5A 4EP2A 5HDVA 2IGYA 2VIYA 1AJXA 5P4XA 3BC4A 1D4IA 2ZJNA 5P51A 5P6PA 1EPLE 5P3IA 3SKFA 5P4UA 3APRE 1MRXA 5P3GA 4ACUA 5P61A 3KM4A 1DPJA 4J1EA 5OYUA 5P7GA 5P5SA 4OBDA 5C9BA 4A6BA 3HW1A 3TL9A 3KFSA 4H3IA 4EXHA 2NXLA 1MERA 3UDQA 3M9FA 4KE0A 3VV8A 5P3NA 3UQRA 2B8VA 1FIVA 4YHQA 5P6CA 5P00A 3IGBA 3UPJA 5P4DA 1HTEA 2OHRA 1K6TA 5HCTA 4OBFA 1YTIA 5P6OA 3VYEA 5P5EA 4Y38A 3LINA 5P6HA 1FQ5A 3NSHA 3OXWA 4EWOA 5SXNA 1N49A 1SDVA 2Q3KA 3ST5A 4ZPGA 4J0VA 5OZ1A 2QMFA 5P4LA 2AVOA 4HZTA 1W51A 1HXWA 2RKGA 1MESA 1HRNA 4Y3JA 5P0LA 1RNEA 5P3KA 1MSNA 3BUFA 2HB3A 2WF0A 3EM4A 3PHVA 3Q3TA 5C9FA 1MRWA 3OUAA 2JJJA 1BXOA 1EEDP 3PLLA 1FEJC 3R0YA 5SY2A 4AMTA 4PEPA 5P13A 5P6QA 5P6BA 5P8QA 3R0WA 4QJ8A 1AIDA 5HE7A 2BQVA 4AA9A 5OZTA 3VCMA 2WEDA 1TW7A 3U71A 3S56A 2HC0A 3GGVA 1DAZC 4Y9WA 4ACXA 5BS4A 3Q5HA 2G21A 2ZGAA 2PYNA 5P0VA 4I0DA 3HVGA 4J5JA 1W50A 4I0FA 3KMYA 4Y6MA 4LXKA 9HVPA 2BPYA 4M8YA 4DJYA 4B77A 2A4FA 1TSQA 5KQFA 3VYFA 3N3IA 4XKXA 3D91A 1GVUA 3H5BA 1B6PA 4Y4GA 2AZ9A 5P24A 3FX5A 5P5OA 3D1ZA 2FGVA 2HS1A 1LYBA 3LITA 3NU6A 5P1NA 1LYBB 4JP9A 1K6PA 5P4OA 5P2SA 2P3AA 1ME6A 5IVQA 1ZPAA 3OADA 5OZEA 4LC7A 2ZHRA 3OADB 3Q6YA 4GJAA 4HVPA 2QMDA 2WECA 3EL9A 4L7HA 5P6TA 4Y35A 4DJRA 2PMAA 1ODXA 1HVCA 4M8XA 5P2YA 5P0DA 1GNOA 5OZ0A 4I0JA 4APRE 2AOJA 2HM1A 3TTPA 1WBKA 5P0OA 4DPIA 3BGBA 5P5LA 5P14A 1TCWA 1VIJA 3NU3A 5HDUA 4N00A 5P4HA 1SDUA 2AOGA 5ER1E 1GVXA 2CENA 5P1JA 2QI1A 3LPKA 1B5FA 2APRA 3WZ8A 1B5FB 3IA9A 2QU3A 5P2KA 4Q1WA 5P5PA 4COEA 4YA8A 3K5DA 5OZNA 5P7NA 1BV9A 2PK6A 3HZCA 3NLSA 3QPJA 3URIA 2AOIA 3APPA 5P83A 3HAWA 3B7VA 1EBZA 1EAGA 1XS7D 2JE4A 5ENKA 5PEPA 2BB9A 5FIVA 3SA9A 2O4PA 1E82E 1D4YA 1EPRE 2XFIA 5P4WA 1C6XA 2J9KA 4Q1NA 3UDPA 3INHA 4GJ5A 5P4QA 4EYRA 5P1IA 5P5YA 4TRZA 3VV6A 3DJKA 3UDRA 7HVPA 3T11A 3CIBA 5P4AA 3U6AA 4RCFA 1MVPA 3K4VA 5P1BA 5P3ZA 3QS1A 3AUPA 3ZKSA 3LPIA 2G1NA 5OYRA 3SA3A 1G35A 4HDBA 2HB4A 5P1PA 1D4HA 4DJXA 2QZWA 5P6JA 1HVKA 5P2QA 1AAQA 5BWYA 3K1WA 1FFFC 3VF7A 2QNQA 4L7GA 4B05A 1IZDA 2F3FA 1ZSRA 4EJKA 1F34A 4J0TA 1OD1A 2Q15A 2R8NA 4Y44A 1HPSA 2CEJA 5KQXA 2RSPA 3FV3A 4Y3PA 1E80E 3KN0A 3QVCA 1SIVA 5P5TA 4MC2A 3K4VC 1HTGA 1NSOA 3HDKA 5P0UA 4QJAA 5P5AA 1GNNA 5P5CA 5P0GA 3S53A 4Z4XA 4YE3A 4WY6A 3MSKA 4QJ7A 3GI5A 1D4LA 5E5KA 5P68A 1D4SA 7UPJA 5P4BA 2FDDA 5OZJA 5HTZA 5HDXA 4DQBA 5P88A 3NYGA 4YDFA 3L3AA 5DR0A 1BVGA 1DIFA 5P0KA 4HDPA 5P07A 5P6YA 5P67A 1Z8CA 5B18A 2AZ8A 5P38A 1NH0A 5P1VA 3CYXA 2F3KA 2ZDZA 3BUGA 3UQXA 1HPVA 3PBDA 3NR6A 5T4SA 5P25A 2CEMA 4Y3YA 2PYMA 4DUSA 3PSGA 4R92A 4ER2E 5P3QA 3CICA 4Y39A 4Q5MA 4YD6A 4WY1A 1HPXA 2VA5A 3Q70A 5P8TA 4YDGA 4LHHA 3MXEA 1HVSA 5OZBA 2PK5A 4FCOA 4PPHA 5P0RA 2WEZA 3O9EA 4L6BA 5P5KA 5P3PA 3T7QA 4HE9A 5P10A 3O9LA 5HD0A 1HSHA 5P2WA 2I4UA 3O9LB 5DQ5A 1KJHA 4Y4ZA 2XFKA 1PSNA 2NMYA 3IAWA 2V11C 3NDXA 1BDQA 5P1UA 3GI6A 5P7SA 4Y5CA 4H3GA 1Z1HA 5P17A 5HVPA 1OEWA 4NJUA 1LF2A 4YD4A 5P29A 5P6LA 5P66A 2ER9E 1GVVA 3WZ7A 4EJLA 4Y37A 4Y5KA 5IVRA 5P01A 3PM4A 5I3WA 5P41A 3LIXA 2WF3A 5P8LA 4S1GA 4CPWA 5KAOA 3L5EA 3IN3A 4I1CA 2V12C 1RV7A 4ZPEA 4RCEA 4Y4WA 4Y36A 5P76A 2BPZA 3EL4A 4DJUA 4RYGA 4Y3AA 5P4FA 5P05A 5P75A 5TOLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EBZ A;  4NPU A;  4HDF A;  2F80 A;  1A9M A;  3UFN A;  1ZTZ A;  5P0S A;  2PSG A;  3U7S A;  5OZZ A;  4IVS A;  5P6A A;  5OYS A;  4JPE A;  5P34 A;  3UQP A;  5P8I A;  1FQ4 A;  2WHH A;  2R43 A;  3OTY A;  4FM8 A;  4YCY A;  1FF0 C;  5P52 A;  5P0N A;  3B80 A;  5P0X A;  4EQ0 A;  2ZHV A;  2VJ6 A;  5DQ4 A;  5P1M A;  5P0J A;  4FS4 A;  5P2G A;  2O4L A;  3VYD A;  2O4S A;  4DI2 A;  5P81 A;  3VFB A;  1TSU A;  5P2T A;  1B11 A;  1M4H A;  2ER6 E;  2IKU A;  1UH7 A;  4DPF A;  3NUO A;  5P2F A;  2QI5 A;  4RRO A;  2I4V A;  3LZU A;  2ER7 E;  5P43 A;  5P3B A;  3PCW A;  3OTS A;  2QD6 A;  3S85 A;  2OHT A;  5OZY A;  5OZR A;  2OHM A;  5P7M A;  4CPX A;  5P5F A;  4ZIP A;  3LIZ A;  3O9F A;  4Y4A A;  3BHE A;  1IIQ A;  5P8E A;  3VSW A;  4EXG A;  3QIH A;  5P30 A;  4CPT A;  5P4N A;  3QBF A;  1SIP A;  1MSM A;  3BXS A;  4OBJ A;  4FRK A;  2ZJL A;  4LBT A;  5P2J A;  4L7J A;  2QNN A;  5OYT A;  5P7P A;  1SP5 A;  5P15 A;  5P0F A;  2Z4O A;  4Y5A A;  3HAU A;  3VLB A;  3KA2 A;  4I0H A;  5P79 A;  3MSL A;  1HTR B;  4LL3 A;  3VLA A;  3PBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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