1A8KA

Crystallographic analysis of human immunodeficiency virus 1 protease with an analog of the conserved ca-p2 substrate: interactions with frequently occurring glutamic acid residue at p2' position of substrates
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV PROTEASE
publication title Crystallographic analysis of human immunodeficiency virus 1 protease with an analog of the conserved CA-p2 substrate -- interactions with frequently occurring glutamic acid residue at P2' position of substrates.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a8kA00
1T6GA 4YD5A 1ZP8A 4BFDA 3O99A 5P6EA 1HPOA 1FIVA 1D4LA 1W51A 1BAIA 4ZIPA 5AHCA 5P63A 5KQZA 3IVIA 2CEMA 3UDJA 1MSNA 3LZVA 5P3VA 4TVGA 5P02A 5I70A 3DUYA 3OUBA 5OZ0A 5P8GA 4DPIA 2ER6E 4Y3LA 4Y3EA 1SGZA 4J0PA 1HSGA 1XDHA 4Y3YA 1AVFA 1HIVA 4DI2A 4AUCA 4A6CA 3QI1A 3SA9A 5P6FA 4FRKA 1EPOE 4RCDA 1EBYA 4ZPGA 5ISJA 1W50A 4FIVA 3LZYA 2VJ6A 4YE3A 4Y4DA 4OBHA 5P80A 3SA7A 4J1HA 2NPHA 1SDTA 3CYWA 5P0SA 4DH6A 5IVQA 4HLAA 5P2TA 1T6EX 5P6KA 2ER0E 3NWXA 4LXMA 5P4JA 4Y5KA 3K1WA 5OZJA 4DJVA 5P3RA 5KAOA 3PGIA 1AZ5A 5P5JA 4Z4XA 5AGZA 5I3WA 3OU1A 1ZPKA 3MSKA 6FIVA 1AJXA 1TSUA 2JXRA 5P8TA 5P4NA 3HLOA 3BRAA 1QRPE 3SA5A 3VSWA 1YG9A 4R92A 5P8KA 4J55A 1K2BA 2A1EA 5P13A 3EKWA 5P4KA 1QS8A 3KYRA 5P7IA 3ZLQA 4CMSA 5P67A 3ST5A 3O9IA 4Y5BA 3EM3A 1DIFA 4LXAA 5IVRA 2UY0A 5C9DA 5HDUA 1WKRA 2V11C 4LAPA 2ER9E 1MSMA 1AJVA 3O9BA 4Y44A 4OC6A 3OXXA 3L5EA 4FLGA 2ZJMA 5P8BA 2WF3A 5P7UA 5P2BA 3ER5E 3PCZA 5P1RA 5OZKA 3EKVA 2OF0A 4A4QA 3DV1A 5P5MA 2G1YA 3DCKA 4DPFA 5OZNA 5BWYA 4NPUA 3PJ6A 5P54A 1FFIC 2I0AA 5P3TA 1KJ7A 5P0YA 5P0LA 2MIPA 5P4WA 3TOFA 2G26A 2WHHA 2VIJA 5OZLA 2CENA 1PSOE 4QLHA 4NJSA 3ZOVA 3OY4A 3O9LA 3B80A 3MXEA 3JW2A 2PK6A 4CP7A 4CPWA 5AHBA 5P7DA 4Y5CA 4CKUA 5EZXA 2VIZA 5P0WA 5P8HA 3R0WA 3KMXA 1NPAA 1FQ6A 3PHVA 2F80A 5P85A 5P0IA 5P8CA 3NXEA 5P4QA 5P08A 4Y37A 5P35A 5P4AA 2WF1A 2VNNA 1CZIE 3EM6A 2OHNA 1XL5A 5P0TA 5OZHA 5P8FA 1BILA 4DFGA 3O9GA 1G2KA 1IIQA 3TH9A 2O4PA 3D20A 3BVBA 3OUCA 3MSLA 4Y35A 1HXBA 2IEOA 2HM1A 4DQBA 1HIHA 5P1IA 1K6VA 3LPJA 1G0VA 4YOBA 2A4FA 4FGXA 5P40A 1D4YA 2WECA 3VYFA 5OZOA 3TL9A 3PWWA 4Y3SA 4YDFA 2I0DA 1FFFC 2V16C 2P4JA 3OHHA 5P44A 2ZJHA 2Q55A 2G22A 3KMYA 2OHMA 5P2SA 3CMSA 2G20A 4QJ6A 1ZBGA 4GJCA 4Y3ZA 2AOFA 2PH8A 5P2MA 4DQGA 4Y4BA 3EM4A 4Y3NA 2WEBA 3CIBA 5P8PA 1D4HA 3ZKIA 1YTHA 2APRA 3EL5A 1SMEA 3KFNA 5P6OA 5P7JA 5F01A 1T7IA 2AVSA 1Q9PA 2QU2A 2AVOA 4Y3QA 2BPZA 5P0PA 5P0NA 2FMBA 4D85A 4RGHA 1Z1HA 5P3ZA 3NU4A 4J1CA 5P06A 3MWSA 4Y54A 2P3DA 1HVSA 1GVXA 4I0GA 4J1FA 5P8JA 4YBIA 2I4VA 3ZL7A 4M8XA 3UPJA 2FXDA 2IGYA 1MIQA 5P8RA 2PYMA 4HDPA 3RTHA 3EL9A 5P4BA 5P8VA 3DV5A 1B11A 4X7IA 4D89A 1ENTE 2J9KA 4D83A 4MC6A 2IKUA 3EL4A 2NNPA 2I1AA 5P3BA 2ZHTA 3UFNA 3I8WA 5P84A 3OK9A 2HS2A 5P0FA 5TOLA 3I2LA 5P8DA 1ZPAA 1BVEA 5BS4A 3NDTA 3DOXA 5P05A 5HCOA 2QI1A 1B6KA 4Y5LA 1QBSA 5P55A 5KQYA 5P7AA 1XN3A 2F3KA 4DQHA 1BIMA 3R0YA 2BB9A 3OAGB 2XFIA 5F00A 2G1SA 5P6CA 3EC0A 4HDFA 3TPRA 1IZIA 4Y3RA 2FGUA 2V00A 5P3PA 4DJXA 5P2GA 3D3TA 5P4OA 4PEPA 3DM6A 4KB9A 3RTMA 1QBUA 1HSHA 1EPQE 3URLA 1ODXA 2I4DA 5P7RA 5P25A 3RU1A 4B00A 3LIXA 5P10A 5P3QA 4Q1YA 1FGCC 5P62A 1YM2A 4F75A 2ZDZA 5P1LA 2QHZA 2ZYEA 5OZSA 3FNTA 3D1XA 1FKNA 2WKZA 4Y5GA 1B6MA 3BGBA 2VJ7A 3KDBA 3T7PA 5FIVA 3WB4A 3ZPTA 1HEGE 3OQ7A 4Y3FA 2B8VA 4AMTA 4ZSQA 4COEA 4OBDA 3K5DA 4I0DA 3VYEA 4EQ0A 2V13A 2O4KA 2QMGA 3FX5A 5P3GA 1T3RA 1HVJA 4MC1A 3H5BA 3CICA 2Q15A 5P70A 3TOGA 3S85A 4MC9A 3UDNA 1PSNA 2P8HA 4U7VA 5P8QA 5P7HA 1MESA 4ZPEA 3PI5A 5P6UA 2F8GA 5P3HA 3OTYA 5P07A 3HW1A 3IA9A 5P23A 5P8LA 5B18A 4FM7A 5P1GA 1PPLE 5HCTA 2AZ9A 3OQAA 1EBZA 2OHUA 3FNSA 3IN3A 1SDVA 3K5FA 5P4MA 1LYBA 3UDKA 2R3WA 2AZBA 1OEWA 5P1MA 3SFCA 1BXQA 1SH9A 3ZPUA 5P04A 3QN8A 4Z2ZA 1IZDA 4B05A 4EYRA 8HVPA 3BUFA 4RRNA 1KJ4A 1YTJA 3T11A 5DQ4A 1W6HA 2PWCA 2NNKA 5P2UA 1FQ7A 5P82A 2RMPA 4GJBA 4HEGA 4J0VA 5P7VA 7HVPA 2AZ8A 5P4PA 3RSVA 5P3CA 1IVPA 5P5AA 5P4HA 1HBVA 5OYWA 5P7FA 3CKTA 2IS0A 3PCWA 3DK1A 2PSVA 5COOA 1MT7A 2P3CA 5P6QA 5P01A 1APWE 2V12C 3KT2A 5OZ7A 1BWBA 2BBBA 5P5SA 4GJ6A 4B1CA 1CMSA 4R95A 5DPZA 4Y3DA 5IS4A 2VKMA 4I10A 4I8ZA 4S1GA 3I7EA 2VNMA 4ER2E 5P7GA 3SQFA 5P8EA 2ZJIA 5AH8A 2IGXA 5OYUA 1YX9A 5P4UA 4Y3HA 4DJWA 5P3MA 2WL0A 3I6OA 4Y51A 4RYGA 5COPA 1SBGA 3SPKA 1BWAA 3GI6A 2Q11A 1PFZA 4A6BA 3INEA 3O9CA 1HVRA 4FM6A 5OZPA 3VLAA 5P3AA 2NXDA 5P69A 3OU3A 2AOGA 2NMZA 1PPME 3UDYA 5HVPA 5KQFA 4YD4A 1BDQA 5P47A 6UPJA 2B7FA 3QP0A 4WY6A 5P34A 5P5ZA 1M4HA 2BJUA 5P0JA 1LYWB 3OGPA 2JYSA 3I25A 2QD7A 2QZLA 2XFKA 3T6IA 3PB5A 4K4QA 3F9QA 4QJ2A 4Y3XA 2HC0A 4DQFA 5P1EA 1RPIA 3IVHA 4Y4UA 1IDBA 5P29A 2VA7A 5P51A 3ECGA 4OBJA 3EKXA 4U8WA 1KJFA 5P0XA 3EL1A 5P12A 3OUDB 3QRMA 1EPPE 5C9FA 5P53A 5P3KA 1HVLA 2BPWA 3FKTA 5P0OA 3G70A 3UF3A 3VFBA 5P1XA 1B6JA 3NU5A 3HDKA 2QI4A 2AQUA 4NKKA 5OZIA 4CPUA 3HZCA 1PROA 3FIVA 1UH9A 5P7QA 5SXNA 3NUOA 4X2LA 3JVWA 5P7WA 1HOSA 3QBHA 3K4VA 2O4NA 5HE7A 2QI5A 5P5UA 1DPJA 2WEZA 4LP9A 2P3AA 1QBRA 1ODWA 2PQZA 5BRYA 5P8OA 4WTUA 3OU4A 3NSHA 5P1JA 4FRJA 2RSPA 3O9EA 5P74A 3HBOA 4JP9A 5SZ9A 5P0AA 3O9DA 3UDHA 3PSUA 4OBFA 4DV9A 2R38A 2OHRA 4RZ1A 4Y45A 5P5TA 4Y48A 5P0ZA 4GJ5A 4Y4AA 1BXOA 1MERA 2G1OA 3C9XA 3BC4A 5T4SA 2UPJA 5UPJA 3OUAA 4Y38A 2I4QA 3OTSA 5P8IA 2R9BA 3SA6A 1MUIA 5P2ZA 5JFUA 5P4XA 1TQFA 4B0QA 5P28A 5P59A 4JPEA 1ZAPA 1PPKE 3OXCA 5OYYA 5P75A 1HTFA 2ZHSA 1YTIA 4Y3PA 1DMPA 1BDRA 4GB2A 4J0YA 5P4FA 5P7OA 1HIIA 5P7MA 3A2OA 1EC2A 3TPPA 2Q5KA 5P3YA 4LBTA 5P24A 3QRSA 1K6CA 5P73A 3UQUA 5P3SA 5P87A 3R2FA 5DQCA 5P19A 3QROA 5P1SA 3GGUA 2G69A 1CPIA 2VA5A 3VF5A 5AH7A 2QNPA 3NU9A 5P0GA 5ER2E 3VEUA 1EC3A 3SO9A 5P1NA 5P1YA 5HDXA 4KE1A 3CYXA 4YOAA 1LF3A 1EAGA 3OQFA 5P4EA 1NH0A 3LIYA 5P4GA 1OEXA 3AIDA 3PSYA 1ZTZA 3LHGA 3LZUA 1BBSA 1K6TA 5P2LA 4I11A 2FLEA 3IN4A 5P4DA 3BXRA 4TRYA 3UQRA 5P3UA 4Y4EA 2ZJKA 4MC2A 1XS7D 1DAZC 1FG8C 1K1TA 2WF2A 1EPLE 5P2NA 5DQ2A 2QP8A 4Y58A 3LIQA 1GVTA 3O9HA 3LNKA 3KF0A 3DJKA 4GJDA 3D1YA 1HPSA 5P52A 4NJTA 1XN2A 2HIZA 5DR1A 4H3JA 5P3NA 4TVHA 1HSIA 3FSMA 1ZJ7A 5P8SA 1FQ5A 3D1ZA 4B70A 1A8KA 1GNNA 2QAKA 3QVIA 3PRSA 1HTGA 5P4YA 2NXMA 5P7NA 2I4XA 3SKGA 3TPJA 5P2JA 1M0BA 1RNEA 4Z22A 1NSOA 4Y9WA 2XFJA 5APRE 1BV7A 4D88A 5P66A 5P4IA 1J71A 2IRZA 5DGUA 3FNUA 4I1CA 1APTE 3UTLA 2VA6A 3SA8A 4GJAA 5P46A 4Y5NA 5COKA 4Q1XA 4RROA 2RENA 5P5PA 3SLZA 3OQDA 1SDUA 4H1EA 5OZUA 3L3AA 1LYWA 2PC0A 4IVTA 3TLHA 5P6GA 4RCEA 3KDDA 4OBKA 5P4SA 5P1BA 1U8GA 3KFRA 5P57A 1G35A 3INFA 3EKQA 5P3XA 3ZKNA 5P38A 1FG6C 5P86A 2F3EA 4PZXA 4Y6MA 5P5IA 5OZ3A 4L1AB 1HEFE 3OUDA 4TRWA 4Y3GA 3OHFA 3L58A 1EPNE 5P5NA 4OBZB 5P1KA 2BQVA 3OADB 4I0IA 4KE0A 2QI0A 4RRSA 3NXNA 5OZYA 4AA8A 5P3LA 2ZJLA 5OZDA 5P6VA 3KN0A 4Y4JA 5P0MA 4NJVA 5P1HA 3UDRA 5P5LA 3INDA 2H6SA 5P7CA 2BKTA 3L5BA 3Q6YA 5CLMA 2AOJA 3UQPA 2WF0A 5IVSA 5KR8A 4RVXA 2HB2A 2AOCA 4YBFA 2HB4A 2R8NA 3NU6A 3Q5HA 4J5JA 4YHQA 1HHPA 1A30A 4YCTA 3SM2A 1RV7A 5P5VA 3ZKSA 5P32A 3NUJA 5JODA 5KR0A 3PWMA 3URJA 5P77A 3KM4A 3L5FA 2QZXA 5P2FA 5P6IA 4J0ZA 2AOEA 5EZZA 4OBGA 3SACA 5AH9A 3QBFA 4ACXA 3SM1A 5P6TA 1XE5A 3S45A 3G6ZA 4FM8A 4DVFA 1SIPA 4Y5EA 4BEKA 3GW5A 4NJUA 1E5OE 1AAQA 1LEEA 1JLDA 2FNSA 4ACUA 3OOZA 5ISKA 3CKRA 5P41A 5P5CA 1MRWA 5P5YA 4B78A 2P3BB 4EP2A 3NU3A 2QI7A 2JJJA 4Y5PA 5HTZA 5P0RA 2AVMA 3UHLA 3PBZA 4XX4A 5P0CA 1T7KA 3VF7A 4Y36A 4Y57A 4E43A 1LF2A 3K4VC 2QD6A 5P17A 1SGUA 2ANLA 4YD7A 5HDZA 3OU1B 4DQCA 5P48A 5P2DA 5OZXA 4ZSMA 4JECA 3LITA 5OZQA 4K4RA 2J9JB 5P0VA 4CPTA 4FAEA 1UH8A 3ZPSA 1EBWA 1FMXA 2OHSA 2G1NA 2QNQA 1GKTA 1MRXA 2O40A 3BXSA 5P3FA 1HVIA 3KDCA 2ZE1A 5P2YA 5OZZA 3PWRA 2B60A 3NYGA 2AODA 5P4VA 1W6IA 3VCMA 2BKSA 1AM5A 3S54A 4H3GA 1TW7A 1Z1RA 5P6SA 3LZSA 3EMYA 4EPJA 1IZEA 3RVIA 5P2KA 3S7MA 5OYZA 1EC0A 1MEUA 2AOIA 2QI3A 1T7JA 4QJ7A 5P72A 1QBTA 3Q4BA 5OYVA 2JE4A 2NR6A 4J1IA 1META 1GVVA 5P1WA 4ER4E 5DGWA 5OZAA 1IZHA 5JFPA 4ZLSA 5J25A 3IXOA 5OZMA 2OHLA 2BPYA 5P56A 1ME6A 3GGXA 2Z54A 3QPJA 1FMUA 2JJIA 4DUSA 5P5RA 2VIYA 2VJ9A 3BHEA 3T7QA 2XYEA 2I4UA 3VG1A 3T7XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6G A;  4YD5 A;  1ZP8 A;  4BFD A;  3O99 A;  5P6E A;  1HPO A;  1FIV A;  1D4L A;  1W51 A;  1BAI A;  4ZIP A;  5AHC A;  5P63 A;  5KQZ A;  3IVI A;  2CEM A;  3UDJ A;  1MSN A;  3LZV A;  5P3V A;  4TVG A;  5P02 A;  5I70 A;  3DUY A;  3OUB A;  5OZ0 A;  5P8G A;  4DPI A;  2ER6 E;  4Y3L A;  4Y3E A;  1SGZ A;  4J0P A;  1HSG A;  1XDH A;  4Y3Y A;  1AVF A;  1HIV A;  4DI2 A;  4AUC A;  4A6C A;  3QI1 A;  3SA9 A;  5P6F A;  4FRK A;  1EPO E;  4RCD A;  1EBY A;  4ZPG A;  5ISJ A;  1W50 A;  4FIV A;  3LZY A;  2VJ6 A;  4YE3 A;  4Y4D A;  4OBH A;  5P80 A;  3SA7 A;  4J1H A;  2NPH A;  1SDT A;  3CYW A;  5P0S A;  4DH6 A;  5IVQ A;  4HLA A;  5P2T A;  1T6E X;  5P6K A;  2ER0 E;  3NWX A;  4LXM A;  5P4J A;  4Y5K A;  3K1W A;  5OZJ A;  4DJV A;  5P3R A;  5KAO A;  3PGI A;  1AZ5 A;  5P5J A;  4Z4X A;  5AGZ A;  5I3W A;  3OU1 A;  1ZPK A;  3MSK A;  6FIV A;  1AJX A;  1TSU A;  2JXR A;  5P8T A;  5P4N A;  3HLO A;  3BRA A;  1QRP E;  3SA5 A;  3VSW A;  1YG9 A;  4R92 A;  5P8K A;  4J55 A;  1K2B A;  2A1E A;  5P13 A;  3EKW A;  5P4K A;  1QS8 A;  3KYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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