1HTEA

X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hteA00
3OK9A 4B72A 2Q63A 2WF3A 5ENMA 3I2LA 3UF3A 5P0XA 3LZVA 2NTRA 3IAWA 4ZPGA 5P44A 3VEUA 1PSOE 4MC2A 5P34A 4ZPEA 3OUDA 1QBUA 4ER1E 5HDVA 4EPJA 3L59A 4PZXA 3BUGA 4QJ8A 4CPSA 4DJVA 4KUPA 1SDUA 4Y3YA 3KDCA 5P4KA 2G27A 5P1AA 5JFUA 3OXVA 5OZ5A 3CICA 5P8JA 5AH9A 5P7HA 3SPKA 3O9LA 3JVYA 2F81A 1DIFA 4YCKA 4RZ1A 2HS1A 5KAOA 1ZP8A 1AZ5A 4X7IA 5P4AA 1HEGE 2F80A 4KB9A 3UDRA 4ACXA 1D4YA 3PSYA 1NH0A 1FGCC 2ZJJA 5P13A 6UPJA 3O9IA 5IVSA 5OZ3A 5P2FA 5P2VA 4GJBA 3APPA 5DR0A 1XN2A 1BAIA 3ZL7A 1LYAB 1SDVA 3PSGA 3D20A 3O9FA 4DQHA 1LF2A 1JLDA 5SXNA 3L5EA 4DJQA 4BELA 5P7AA 3O9EA 3BRAA 1RPIA 4AUCA 4QJ7A 1A30A 1EPNE 3OOZA 5JFPA 5AH8A 3EKPA 4YD3A 5P4ZA 3D1ZA 1YG9A 1E5OE 4PZWA 1RNEA 5IVTA 5P42A 3T3CA 2PH8A 4Y5PA 3BGCA 1APWE 5P2UA 4RLDA 1WBMA 4Y3NA 4FE6A 1C6YA 2Z54A 2V10C 3GI0A 5KQZA 4CPTA 4Y35A 4OC6B 5P72A 3T7XA 1PROA 4Y51A 5P8SA 4DQEA 1Q9PA 5KQXA 2OHNA 4I0EA 4F75A 3UDYA 4NKKA 4Y5NA 1MTRA 3BGBA 2R3WA 4B05A 5P4WA 4RYGA 4Y39A 2R38A 3T6IA 5P2IA 3IA9A 5P8AA 4APRE 2VNNA 2WHHA 3OHHA 1MSMA 1HIVA 5P0FA 5P8PA 1KJHA 2ZDZA 3U71A 1EPLE 2WEZA 3BHEA 4J54A 5OZQA 5P81A 4ZLSA 5P7XA 4Y41A 4Y5GA 5P5XA 4RCEA 5P8TA 5P6BA 4I0DA 4Y4BA 5P1BA 3PJ6A 3OY4A 3DUYA 3Q4BA 4NJSA 4Y45A 5P4JA 2AOGA 3NLSA 5OZXA 3SA3A 4LXAA 5P39A 4YD6A 4GJ7A 4OD9B 5BRYA 3CIBA 3UPJA 5P0CA 3SKFA 1LV1A 4GJAA 3IN3A 2G1RA 1LYBA 1ZAPA 5P29A 3O9CA 1FG8C 4B70A 3MWSA 3GGUA 3PCZA 3IN4A 4YBFA 2QMDA 5P2AA 4ZPFA 3HVPA 3IXJA 5P8DA 4QLHA 4Y5MA 2QZXA 5OZ4A 1C70A 5P18A 5P4QA 5P3EA 3QS1A 1ODYA 4B1CA 5E5KA 3O9DA 1T3RA 2V0ZC 3KFSA 2ZHTA 5I3XA 3ZKNA 5AH6A 2G1YA 3GGVA 1EC3A 4J0YA 5P7VA 1B6LA 5P1JA 1IIQA 4FM7A 5P5RA 3S7MA 5ISKA 3NU4A 5P3GA 3TNEA 2I4UA 1META 5P1QA 3GGAA 4EYRA 1ZSFA 3Q3TA 4Y3HA 5P48A 3T7QA 5P46A 1GKTA 1IDAA 3O9AA 5P2YA 5P5WA 3TPPA 1EPME 3OQAA 2F3EA 3ZOVA 1HVRA 2BKSA 4U8WA 4B0QA 1IZDA 2HIZA 5UPJA 5IS4A 1F34A 5P0UA 3QRMA 5P0LA 5P1UA 2OHLA 2PQZA 3AUPA 4TVGA 5P5PA 5P8IA 4FAEA 3NU3A 3FKTA 3PHVA 4Y43A 5P8GA 3KT2A 1TCXA 2OHTA 1YT9A 4R5NA 5OZBA 1Z8CA 1UH9A 5OYXA 2HPFA 3VYFA 2IGXA 3IXKA 1GNMA 5P14A 4HA5A 5P23A 3OU4A 5P1XA 1K6CA 3PBDA 5OZ6A 5P6QA 5P37A 4Q1NA 3UFLA 3URJA 5P8FA 1A9MA 3OU1B 2NPHA 1IBQA 4HDFA 4LL3A 4TVHA 5P1DA 3NU6A 4H1EA 2SAMA 3LZSA 4YHQA 4FLGA 2VKMA 3ZKIA 3PVKA 3OQFA 2PC0A 5P32A 5P0KA 1QRPE 1BXOA 2PH6A 5P8KA 5OZFA 4OBDA 3LZYA 2NXLA 4Y3FA 4J1EA 1D4KA 3R4BA 5AHCA 5P4GA 1HTEA 2FNTA 1LF3A 3CYXA 5DR8A 4BEKA 1HPXA 2G21A 3D3TA 1MT7A 5P0GA 4LXMA 2FNSA 3QBHA 5P0IA 1E80E 1B5FA 5P8NA 5OZRA 5OZ9A 4J1CA 3SKGA 2JXRA 4FRJA 3DK1A 3EL4A 3S43B 2ZHVA 2ER9E 4Y4EA 5P85A 1SGZA 2G1NA 5P88A 3SM1A 5J25A 5P25A 1M4HA 1G2KA 2ZHRA 5HE7A 2WEDA 1SBGA 5HDXA 5PEPA 2NMZA 3MSLA 3VF3A 5IE1A 1GVTA 1XL2A 3Q5HA 3QP0A 5AHAA 3HW1A 2A1EA 2HPEA 4EP2A 3KM4A 1BV7A 1GNNA 5P3LA 3QROA 5P4VA 1BV9A 3PB5A 4GJCA 3ZKSA 3CKPA 4Y6MA 2QZKA 5P2BA 5KR0A 4K4RA 5P8BA 2AQUA 1FG6C 1VIJA 4AA8A 3DV1A 2BPWA 5P1HA 5P2WA 5P4EA 4J1KA 2QZLA 2BPZA 1K6VA 1PPME 3PMYA 2FDPA 5P4CA 4OBZA 2RKGA 1UH7A 3BVAA 5OYWA 4IVTA 1K6TA 4FRIA 4I0FA 5P53A 4E43A 5ENKA 3UDJA 5P3KA 1MRXA 4DVFA 5P4IA 3JW2A 5P3AA 4KE0A 1G0VA 2VIJA 3FNUA 1EBKC 5P7SA 4Z50A 4Y54A 5P3TA 5HTZA 3IVIA 4OBHA 5P7ZA 4R95A 5P1FA 2G94A 5OYZA 3SACA 4GB2A 2FDEA 3EKVA 4ZSRA 3C9XA 5P5BA 4Y5AA 3URIA 3R0WA 1GVXA 2G1SA 1D4LA 2G69A 2P3AA 1QS8A 3VUCA 3CIDA 3UQRA 3K5CA 5P1TA 2XYEA 4ZEAA 3L3AA 5P7QA 5IVQA 5JODA 2FIVA 5P6KA 4H3GA 2PSVA 3QBFA 3JVWA 1B6JA 1FQ7A 3PMUA 1XL5A 2WEAA 4DPFA 5P0WA 3S8IA 4J1FA 3OADA 3UFNA 3G6ZA 3EL1A 2QI0A 3R0YA 3K5GA 5P0DA 5P7NA 4I0ZA 3QPJA 5P40A 4YBIA 2HB4A 3NDXA 2QNNA 3UQPA 1GVVA 4CMSA 4TRWA 5OZYA 1T6GA 3HLOA 3NU5A 3EKXA 2R8NA 3WB5A 5SZ9A 4X2LA 3RTNA 2WL0A 3BC4A 4FRKA 4J5JA 5P54A 5P0BA 5P78A 2ZJMA 1T6EX 2VA5A 3S85A 3NU9A 5P28A 5KR8A 2NXDA 3WZ7A 1PPLE 3HDKA 1FB7A 2R9BA 3PBZA 3ZPTA 5P6DA 4OBFA 1IVQA 1YTHA 4EJKA 4I11A 5ISJA 2RENA 1W5WA 3OXWA 4DPIA 5P35A 5OZ7A 4Y3SA 3QVCA 4B00A 5EZXA 3PEPA 5P6AA 3INFA 2OHQA 4HLAA 2HS2A 5OZLA 4YOAA 1ZSRA 2WF1A 4J0ZA 1W5VA 1SMEA 5P5KA 4J1IA 5OZ8A 1A8GA 5KOSA 5P0HA 1D4IA 3PWRA 3PLDA 1HRNA 2QI7A 5P82A 4EHCA 3Q6YA 2O4SA 2OHKA 3L5CA 5P5TA 3KMYA 4FGXA 4Y47A 5C9BA 2G20A 3QRSA 5P55A 2G26A 2Q55A 3Q70A 5P0VA 4D88A 2HC0A 3K1WA 4PYVA 3SA6A 4Y53A 3EL9A 3OUCA 4YD7A 5P2EA 4YCTA 1ODWA 5HDZA 4EQ0A 5OZ2A 1HIIA 3WZ8A 4CPUA 4I8WA 2AODA 5P3WA 4Y4UA 5P70A 2P3BA 5P0AA 5P1MA 5P15A 1TCWA 1QBSA 3NWXA 3IGBA 2ZHUA 1YM2A 1MIQA 5OZ0A 4I0GA 2BKTA 5COPA 5DR7A 2I1AA 5P36A 5P6CA 2AOCA 3BXSA 5OZGA 5P62A 1HPVA 2QHZA 5P76A 5P5DA 3D1YA 4LBTA 2XFJA 2B8VA 5P7IA 5P6NA 1FQ8A 4H3IA 3NR6A 5P5EA 2JJJA 2V00A 2QD8A 5P3QA 3VCMA 2HM1A 3ZKQA 3ZKGA 2FXEA 3KN0A 5P69A 5P0EA 5P02A 2P3DA 4GJ6A 5P5GA 3ECGA 5P68A 3ST5A 3UQXA 5KQYA 2QI1A 4HEGA 3S7LA 5P6UA 4IVSA 2OHUA 1KZKA 5P1VA 2V13A 5P45A 5P4LA 5OZWA 3VFAA 4HZTA 5P1NA 3HBOA 4Y3LA 5ER2E 3D91A 3G72A 5P43A 4D85A 4Y36A 3O99A 4CPWA 3HD8A 5P47A 2RSPA 2QNPA 3TPJA 1SP5A 4Y38A 1FQXA 3TH9A 2G24A 2Q15A 4B1DA 3LPIA 1K2CA 3LZUA 2AZ8A 2AIDA 1MEUA 1EC1A 5P2CA 2R43A 1MERA 3S45A 3KFPA 3QVIA 1DP5A 1D4SA 1QBRA 5P52A 3INEA 2VA6A 3ER3E 3LITA 5P0YA 2ZJHA 4DJXA 5P5YA 4WY6A 1IZEA 5P89A 4Y4GA 3R1GB 3SLZA 2QMGA 2V16C 5OZMA 2QCIA 1E81E 3EXOA 3S53A 5KQFA 3HAWA 5I3YA 3GI5A 5OZJA 2UXZA 1APUE 1C6XA 1KJ4A 4D8CA 1NSOA 5AH7A 5P57A 1VIKA 4GJ5A 1W6HA 2AVVA 5OYVA 4Q1YA 5P27A 1RL8A 1G35A 1ODXA 3HVGA 1HSIA 1U8GA 5P20A 2I4WA 2ZJIA 4FIVA 3VYEA 3UCBA 1A94A 3A2OA 1FEJC 2O4NA 1LYAA 3RSVA 4Y58A 2WF4A 3B7VA 3TKGA 3SAAA 5P04A 4EJ8A 5BWYA 3UTLA 5P51A 2VS2A 1MVPA 3K5DA 2FXDA 3PI0A 1J71A 5P11A 5AHBA 3N3IA 5KR2A 5P6JA 4Z22A 2VJ9A 1T7KA 1PSAA 3OQKA 4YD5A 5P2LA 1EBYA 1YX9A 1D4HA 4YD4A 5OYQA 1MRWA 3B80A 5OZOA 4FM6A 4J55A 2AOFA 1K6PA 3TOHA 2NXMA 5P7WA 4Y50A 2AOHA 2BBBA 1FMBA 2MIPA 2UY0A 2OHRA 4OC6A 1AXAA 2IEOA 4Y48A 1GNOA 4DUSA 4U7VA 4RVXA 5P2RA 3QI1A 5P5VA 3CYWA 3R2FA 3SA5A 1FFIC 2B8LA 1CPIA 5KOQA 5P5FA 4I0HA 5P5NA 1HVKA 3TLHA 4CPQA 2QAKA 3OWNA 4F76A 3DM6A 1EPQE 5P5HA 3NDTA 4Y5BA 5P4TA 2HB2A 1LYWB 1MESA 3SQFA 4APEA 6FIVA 2OHPA 3OAGB 3BUFA 5P73A 2I0AA 5P8RA 3OGPA 4HVPA 1AJVA 4Y4AA 1AIDA 1BDRA 4R91A 5P0SA 4LC7A 1ZLFA 1HOSA 2BPYA 3TKWA 5P8MA 1AVFA 4GZFA 3OHFA 1XN3A 3RU1A 2G1OA 5DGWA 3VYDA 5DGUA 4H3JA 4WY1A 3WZ6A 5COKA 4YDFA 1IVPA 4DV9A 3PRSA 1WBKA 3NSHA 3H0BA 4OD9A 3FNSA 5P5LA 5P80A 5CLMA 3UDHA 3ZKMA 3FV3A 1LZQA 5P5JA 1AJXA 5P4DA 3OU3A 5OYTA 2AZ9A 3CKTA 5P3OA 2O4KA 2FGVA 3SA9A 1MSNA 3VV8A 1UPJA 3EL0A 4FCOA 4JP9A 5P3XA 4XX4A 1F7AA 5AGZA 4EWOA 4JPCA 2QMFA 4D89A 2QU2A 4N00A 5P3RA 2P4JA 3U6AA 4FL8A 1HVCA 5DQ2A 2I4QA 3UDQA 1W5XA 5COOA 4Y3EA 1FQ6A 2P3CA 1EC0A 5C9FA 3INDA 4PEPA 1HWRA 3SFCA 1HPOA 5P7TA 2ZGAA 5P6MA 5ER1E 1CMSA 5I3VA 4H3FA 5P1SA 1HBVA 3LNKA 1M0BA 3SO9A 3LHGA 3CMSA 4ZE6A 3VF5A 2VA7A 5OYRA 5P3DA 3LIYA 5P4OA 1PSNA 3OTYA 5P6ZA 5P2QA 5P59A 4Y3JA 3L58A 1FIVA 2BB9A 2B60A 3QRVA 4Q1XA 3OAGA 5P58A 3VLBA 4Y44A 3GGXA 4QJ9A 3OOTA 1HSHA 5P08A 5OZPA 5P2GA 3K4VC 5JG1A 5P22A 5P7MA 3TTPA 3I7EA 3EKTA 5P8UA 1SMRA 2ZJKA 1DAZC 4PPHA 5DQ4A 3OU1A 1EPOE 3OXCA 9HVPA 1TW7A 3NXEA 3NUJA 4NJVA 4J1HA 5P2DA 3RVIA 1AAQA 2FDDA 5P77A 2VIZA 5P0JA 5P8LA 2I4DA 2AOJA 1DPJA 1PFZA 5I3WA 2NR6A 5P07A 5KR1A 1RQ9A 4Y37A 4RYCA 3VSXA 3FIVA 5P06A 5DQCA 3UQUA 1HIHA 2J9JB 1ZPKA 1EPRE 2F8GA 5P0QA 1FLHA 2PK5A 5P3MA 3ZPSA 5P2TA 3HZCA 2IKUA 2F3FA 5P6GA 1HVJA 1BIMA 2QD6A 4J0PA 5P3NA 3EMYA 1Z1RA 4FRSA 1ZBGA 3KT5A 1MUIA 5P2MA 3S43A 3S56A 4DJYA 1FQ5A 4GYEA 3OUDB 5P0RA 1KJ7A 3EM6A 4Y4XA 3UHLA 5P0ZA 2BPXA 3T11A 4ACUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OK9 A;  4B72 A;  2Q63 A;  2WF3 A;  5ENM A;  3I2L A;  3UF3 A;  5P0X A;  3LZV A;  2NTR A;  3IAW A;  4ZPG A;  5P44 A;  3VEU A;  1PSO E;  4MC2 A;  5P34 A;  4ZPE A;  3OUD A;  1QBU A;  4ER1 E;  5HDV A;  4EPJ A;  3L59 A;  4PZX A;  3BUG A;  4QJ8 A;  4CPS A;  4DJV A;  4KUP A;  1SDU A;  4Y3Y A;  3KDC A;  5P4K A;  2G27 A;  5P1A A;  5JFU A;  3OXV A;  5OZ5 A;  3CIC A;  5P8J A;  5AH9 A;  5P7H A;  3SPK A;  3O9L A;  3JVY A;  2F81 A;  1DIF A;  4YCK A;  4RZ1 A;  2HS1 A;  5KAO A;  1ZP8 A;  1AZ5 A;  4X7I A;  5P4A A;  1HEG E;  2F80 A;  4KB9 A;  3UDR A;  4ACX A;  1D4Y A;  3PSY A;  1NH0 A;  1FGC C;  2ZJJ A;  5P13 A;  6UPJ A;  3O9I A;  5IVS A;  5OZ3 A;  5P2F A;  5P2V A;  4GJB A;  3APP A;  5DR0 A;  1XN2 A;  1BAI A;  3ZL7 A;  1LYA B;  1SDV A;  3PSG A;  3D20 A;  3O9F A;  4DQH A;  1LF2 A;  1JLD A;  5SXN A;  3L5E A;  4DJQ A;  4BEL A;  5P7A A;  3O9E A;  3BRA A;  1RPI A;  4AUC A;  4QJ7 A;  1A30 A;  1EPN E;  3OOZ A;  5JFP A;  5AH8 A;  3EKP A;  4YD3 A;  5P4Z A;  3D1Z A;  1YG9 A;  1E5O E;  4PZW A;  1RNE A;  5IVT A;  5P42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QU3 A;  3PWM A;  4EJD A;  5P6R A;  5OYU A;  4XX3 A;  5SY2 A;  1TSU A;  5P1O A;  2IQG A;  3APR E;  4F74 A;  5OZC A;  5P60 A;  4DJW A;  5P4S A;  4DJP A;  2QNQ A;  3KFN A;  5EZZ A;  1BXQ A;  2PWC A;  5P79 A;  3SM2 A;  3IVH A;  1BDL A;  1NPW A;  1SH9 A;  2F3K A;  5OZE A;  4L1A A;  5P16 A;  5OZ1 A;  4RCF A;  1SIP A;  5HU0 A;  5P6I A;  2Q54 A;  2B42 A;  4NPT A;  5P17 A;  3DCK A;  3M9F A;  4LHH A;  2WEC A;  2AOI A;  3ZPU A;  5P3P A;  4Z4X A;  4COE A;  1ER8 E;  3LIZ A;  4XXS A;  4RRO A;  4DJR A;  5P5I A;  4AZY A;  1HHP A;  5P2S A;  5P3I A;  1HVL A;  4L7G A;  1NPV A;  4B77 A;  3G70 A;  5P6E A;  4M8X A;  4Q1W A;  5P5C A;  3OAD B;  1LF4 A;  1YTG A;  2J9K A;  2BPV A;  2IKO A;  3NYG A;  3S2O A;  5OYS A;  4LAP A;  2Q3K A;  5P7L A;  1LYW A;  5P0N A;  3NWQ A;  3OUB A;  1Z1H A;  3DOX A;  4Y3D A;  4QJ6 A;  2WF0 A;  3I25 A;  5P7F A;  3VV6 A;  2I4X A;  1YTJ A;  3U7S A;  4EJL A;  4DH6 A;  5P30 A;  4YE3 A;  4GMI A;  1EC2 A;  3VV7 A;  1TSQ A;  1LS5 A;  2RMP A;  3INH A;  2IS0 A;  1HVS A;  1TZS A;  3FX5 A;  3LIX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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