5P2LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 139
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2lA01
4FRKA 1AJXA 5OZ1A 5P1RA 3UDNA 5P2YA 1AZ5A 2AVVA 3RSXA 5KQFA 5P2QA 2WF2A 4OC6A 2HM1A 4DQGA 5P1FA 2IKUA 5OYTA 1XN2A 1M4HA 1ZBGA 1F7AA 3NR6A 3OGPA 4L7GA 1QBRA 2ZHVA 3PI0A 3BXSA 5P1NA 1BXQA 5SXNA 4J0VA 2I0DA 3G6ZA 4EHCA 1DIFA 5P5XA 5P6IA 1EBWA 1HPVA 3EM6A 1FGCC 3U6AA 4HDFA 5P6XA 4I8WA 1HEFE 5ER2E 4RYGA 2B7ZA 5P7AA 3PRSA 1K1TA 1IZIA 1MSMA 5OZVA 5P24A 3SA3A 3UQUA 4DFGA 3D91A 2I4DA 2BPXA 4BFDA 2OHUA 2VJ6A 3TPJA 2BPYA 2QZWA 2G69A 2FDEA 2VA7A 2QCIA 5KR1A 3PWWA 2OAHA 4GYEA 2JJIA 5P01A 5P3SA 3L5FA 5P7ZA 1QBSA 3GGAA 1MERA 1XDHA 3C9XA 4RVJA 3NU4A 5P8KA 2OHSA 3OU3A 4HA5A 3FV3A 3OAGA 3ZKGA 5P2XA 2Z54A 3PB5A 2SAMA 3NU5A 4LXAA 1A30A 5P85A 2ZDZA 5DR8A 2P3AA 5P32A 5T4SA 2G20A 3HD8A 5P7FA 3EXOA 2QU2A 4RVIA 5P28A 3IXKA 3ER3E 5P59A 3L59A 2ZJKA 5KAOA 4EJ8A 3PI5A 4ER2E 3PMYA 2ZHRA 4J1FA 1K6VA 4RCFA 3SO9A 4RZ1A 2NR6A 5P7DA 3O9DA 1HVIA 1HTRB 5P5MA 5P83A 4FRJA 1FQ7A 5AHCA 5OZJA 1UH7A 4TRWA 5P6PA 5JFPA 3CKPA 5P57A 3SACA 3BUFA 5P60A 3DCRA 3S43B 2ZJHA 2FDPA 2G94A 1W50A 4YBFA 1IZEA 5P2FA 5P4QA 4CPWA 2WL0A 5HCTA 4B70A 4CPXA 1D4SA 4Y44A 1PPLE 3KDDA 2CEMA 3BVAA 5HCOA 2V13A 5P19A 4Y50A 3EL0A 3MXEA 4OBHA 1FQXA 2OHQA 5JODA 4LXMA 5P8IA 3ZKXA 3ZKIA 2QD6A 4X7IA 2QI5A 5OYYA 2VIYA 2BKSA 3HVGA 4BFBA 2WEAA 5P1GA 5P5BA 3LIQA 1C6YA 3DUYA 5P5ZA 5P07A 1B5FA 1T6EX 5OYSA 3R2FA 3VYDA 1LEEA 2UY0A 3VLAA 2IS0A 5P0IA 4DQBA 3EMYA 2HC0A 5P3PA 3EL1A 1XL5A 4HEGA 5P5WA 2JE4A 5OZOA 3VV7A 3OTYA 5P1JA 4YHQA 1HVHA 1FF0C 1XE5A 4N00A 5DR0A 2R5PA 3PBZA 2Q5KA 3OQKA 3D20A 3HVPA 4IVTA 1TZSA 3OQAA 4U7QA 2B60A 3KDBA 1BVGA 5P4XA 1XE6A 3SPKA 5P08A 5P4TA 2QK5A 2AODA 2IEOA 4DQHA 5HVPA 1IZHA 2HS1A 4HDPA 5P7IA 1C6ZA 4QJAA 4OBZB 5OZ6A 4A6CA 5P0ZA 3EKQA 1BBSA 5COKA 4J1CA 5P67A 5P4MA 3VF3A 3Q5HA 2AVMA 1PPME 3ZLQA 1BAIA 5JG1A 4NJVA 5P1YA 5P4SA 2ZGAA 4QJ7A 1QRPE 2AZCA 3I7EA 1FMXA 5P4YA 1NPVA 3SFCA 4FLGA 5P27A 2OHLA 1YM2A 3I2LA 3B7VA 3LPJA 2G22A 4I0GA 1KJGA 5P6NA 4DJXA 3BVBA 5OZYA 5CONA 1LYAA 3QRVA 5P1VA 3Q6YA 3N3IA 4OD9B 5P51A 1MT7A 2Q54A 4EJKA 5P30A 3S2OA 3URLA 1META 1ZP8A 2P3BB 2VNMA 3ZPUA 1J71A 4RLDA 3L5CA 5P6BA 4ZPGA 4Y3LA 2I4XA 1YTIA 2OHRA 4Y4TA 1YTGA 5P69A 3CIBA 2AIDA 2BBBA 4QJ6A 5P76A 3LIZA 3PSUA 1GVVA 5P6QA 5P3YA 5DQCA 4QJ9A 2HIZA 3UHLA 3NU9A 5ISJA 5OYUA 1BDRA 3SA7A 1K2BA 5P4LA 4OC6B 5P6AA 4RRSA 5P1HA 2P3CA 4B78A 2AVOA 5P3HA 3APRE 5P8NA 4PZXA 5OZRA 5HD0A 3T11A 2FGVA 3EL4A 3LIVA 1LYWA 1FG8C 3MXDA 4OBDA 4Y4WA 4ZSMA 5AH7A 1HVRA 2FS4A 3EKVA 4L1AA 3KYRA 1IDBA 5I3YA 4FM6A 1VIJA 4CPRA 3IN3A 4Y41A 4I0ZA 4Y5AA 4Y38A 4A4QA 4GJ6A 3VYEA 5P6RA 5KQXA 3ECGA 1B6MA 1FQ8A 1PPKE 2Q3KA 5P0MA 1T7IA 5BS4A 3DJKA 3OQDA 4NKKA 1MESA 2IENA 5P35A 5P3ZA 1KZKA 5P3DA 5P45A 2FMBA 5P5FA 3EKXA 1SBGA 1LZQA 3R0WA 3OAGB 4LL3A 4OBGA 5ENMA 5COOA 3VF7A 3UQPA 5P3TA 4Y3XA 4AUCA 5DQ4A 5P26A 5P1OA 4ZSRA 3EKYA 5OZSA 4A6BA 3UF3A 5P63A 2NXLA 5P89A 2F80A 3G72A 3IGBA 3KT5A 2ZJIA 5P8SA 3O9IA 4GMIA 5P8QA 5P2NA 1MTRA 3KMXA 5IVSA 4Y5GA 2FLEA 4K4QA 3BXRA 5P4JA 2NXDA 1FIVA 1T7JA 5P2OA 3U71A 4I8ZA 5OZGA 7HVPA 1HXWA 3LZVA 3VEUA 5P1WA 1ENTE 2G1NA 1EC2A 2V0ZC 5P4HA 3I25A 4B1DA 5P4FA 3SM2A 2NPHA 1EPME 3D1ZA 3SA9A 4LXKA 5I3WA 2AOEA 5P6LA 2O4PA 4GJ7A 4Y37A 3SAAA 5P77A 4NJUA 1T6GA 5OZCA 5OZBA 4ZEAA 5P7CA 1KJHA 5P0JA 1BWAA 5P39A 5P42A 2ZJMA 1E80E 1MT8A 5C9BA 4D83A 4EQ0A 4JPCA 1K6CA 5P3CA 1B5FB 3GGXA 2FNSA 5DQ5A 5P6YA 4YCKA 3QRMA 1OD1A 2R5QA 5P46A 1LF2A 1UH9A 2QU3A 2QD7A 2ZE1A 3VF5A 4CPSA 5OZTA 5P6OA 3FNUA 5P11A 2QMGA 3RU1A 4J1HA 3OHFA 5P5NA 5P4BA 4ZSPA 5P2EA 5P6SA 3FSMA 5C9DA 3PBDA 5P22A 4EJDA 3FIVA 4GJ9A 3VYFA 1G2KA 1YT9A 5P02A 3ZMGA 1EPRE 3TPLA 2I4WA 1Q9PA 2RENA 4Y35A 4MC1A 3RTHA 5P17A 3IVHA 2CENA 1FB7A 3O9GA 5P2UA 2F3FA 5P1KA 1YG9A 5P4ZA 3AUPA 4Y5EA 2R9BA 4HZTA 5P3KA 5P05A 3OUBA 3SA6A 1MRXA 2XFJA 5P0FA 5COPA 1NH0A 2BPVA 3KFRA 1QBUA 3VFBA 4ZLSA 4X2LA 5P0YA 5P4GA 2PMAA 4Y5MA 5P8GA 3TKGA 4FAFA 3OXVA 5P7VA 3H5BA 2OHPA 4KE1A 4YOBA 4K8SA 2FGUA 5P0WA 4DI2A 3OTSA 1HPSA 2VA6A 2ZHSA 3PCZA 2OHNA 5P8HA 4I1CA 5P7HA 6APRE 2G1OA 3CKRA 1SGUA 4L7JA 3WB4A 4LP9A 5AGZA 1DMPA 1LF3A 4Y3FA 3PHVA 1BWBA 2O4LA 4DJVA 1PROA 5P5TA 3OUDA 3FX5A 1HIHA 3D1XA 5P34A 2Z4OA 3NLSA 3PEPA 1QBTA 1ZTZA 4H3GA 1LYAB 1ZPAA 3L58A 2QNNA 5AHAA 1MT9A 1B6PA 2V12C 5P1ZA 2VA5A 5OYZA 5P7QA 4FSLA 1EAGA 3KF0A 1A94A 4Q1YA 3QIHA 4WY6A 5P2KA 4J0TA 3UPJA 1MRWA 1FQ4A 4RRNA 4DQFA 2R38A 5P4EA 4Y3PA 3BGCA 4YCTA 1ZLFA 4KB9A 4XX4A 3QVIA 5P7SA 5P0SA 3KFPA 5P1EA 2AVSA 2BJUA 3GGVA 3NSHA 4RYCA 5AH9A 1YM4A 4I0HA 4ER1E 3NUJA 4Y4AA 3QP0A 4NPUA 5OYQA 4Z2ZA 2PH6A 3CICA 3PSYA 1WKRA 2F8GA 3FNSA 5P4CA 5TOLA 1NPWA 2O40A 4F73A 2FNTA 3OU4A 3SQFA 3G70A 1M0BA 5P4RA 2R3WA 3OUAA 5P68A 3BHEA 1KJFA 5P6FA 4J1EA 5P4VA 4JOOA 4NPTA 4XXSA 3DK1A 5P78A 3HAUA 2XYFA 3K4VA 3ZL7A 4FS4A 2P8HA 4PHVA 1Z1RA 1LYWB 5P4PA 4EPJA 4CPQA 5P40A 1XL2A 5P1AA 2AOJA 2V11C 1D4IA 5P2BA 3QS1A 1A8KA 4L1AB 1B6KA 3UDQA 5P6DA 4YOAA 3PLDA 4TVGA 2ER9E 5P8UA 5P7TA 4OBJA 1PSOE 2BQVA 3MSKA 1VIKA 3TH9A 3UCBA 3IVIA 1WBMA 5P5QA 5EZXA 2G1SA 4K4RA 3UDYA 1G35A 2HB3A 5HDZA 1W5YA 2IGXA 1K2CA 1D4YA 2F3EA 2G1RA 2QP8A 4FE6A 3BC4A 4FRIA 1WBKA 5P3BA 4DPIA 5BWYA 4GJDA 5P20A 5OZIA 5HDUA 4J5JA 4I0IA 4DUSA 1A9MA 5ISKA 2AQUA 3D3TA 3ZKQA 5HTZA 1EBYA 3I8WA 5P5YA 3T6IA 4Y3QA 2WJOA 3VG1A 7UPJA 1EPPE 2QAKA 2UPJA 2QI1A 2A4FA 5EZZA 3INEA 5P7YA 2FXDA 4AA8A 5P79A 2HB4A 2VJ9A 3L38A 2F3KA 5OZWA 5BRYA 5OZQA 2A1EA 5P5GA 1BVEA 3O9HA 3O9CA 5P14A 5P7UA 1TCXA 2PWRA 2RMPA 3PLLA 3NXEA 1EBKC 3O9LA 1MIQA 3KDCA 3SA5A 1HVKA 4B1CA 4YD5A 1D4JA 2ANLA 2BB9A 5SY3A 5P6TA 4GJBA 5P7JA 4M8XA 4GB2A 1D4KA 3S8IA 5P3VA 5P49A 2PK5A 3JVWA 5P8PA 1E5OE 2OHKA 3WZ6A 3EKWA 4HE9A 4D88A 4D89A 2Q11A 1B6LA 1CZIE 2UXZA 1ODYA 3LINA 5DQ1A 2PK6A 3OUCA 1EBZA 2FDDA 3OQ7A 4CMSA 1IVQA 1HSGA 5P3XA 5DR7A 3WZ7A 4EP2A 1C70A 1K6PA 2O4KA 4LHHA 2QZXA 2AZ8A 4J0ZA 1FFIC 5P82A 2B8LA 1C6XA 4B72A 3OXXA 5P0AA 1W5WA 3TTPA 5KQZA 5P7KA 5P4IA 4Y5KA 3URJA 3Q70A 1B6JA 1ZJ7A 2VKMA 5P3GA 3FNTA 3HAWA 4Y3MA 4MC6A 5P2WA 3S56A 4DJUA 5P62A 3VV6A 5AHBA 4GZFA 5P5JA 1TQFA 1MSNA 1GVXA 5P84A 3F9QA 5KQYA 4ACUA 2AOHA 5DQ2A 5P5AA 4EYRA 1PFZA 2Q55A 1K1UA 1ZSFA 5P3EA 3CYWA 5P1TA 3OU1A 5P5EA 1D4LA 3UTLA 4GIDA 1W6HA 5P0RA 5P4WA 3R4BA 4B05A 4R92A 5P37A 5OZ0A 5P7GA 4JECA 2XFIA 3H0BA 3APPA 3OXCA 1N49A 5P1SA 1FG6C 1RNEA 2B7FA 4Y48A 2WF3A 1E81E 2PSVA 5P4NA 2QI3A 4HVPA 3QRSA 5P0DA 2CEJA 2QNQA 1HRNA 5P64A 2AZ9A 4Y4JA 4LBTA 3EKTA 3KM4A 1GNNA 4F74A 5OYRA 1BIMA 2AOCA 3OUDB 4ZIPA 4Y3HA 3VSWA 5P8JA 3HLOA 5P74A 5HE7A 3UDRA 3LZYA 2V16C 3CMSA 5P18A 2H6SA 1AM5A 2OHMA 4DJRA 3QROA 4BEKA 4RVXA 2QZKA 3IXOA 5P8FA 2ER0E 1RV7A 2QMDA 4Y4EA 5P04A 2P83A 2WHHA 3OK9A 2H6TA 5P0OA 5P12A 1YTJA 1EC3A 3PGIA 3L5BA 5P3UA 3ZPTA 2WF4A 5DGWA 4AMTA 4Y56A 5P2MA 3ER5E 1HTGA 3SKGA 3KN0A 1HXBA 1SIVA 3OWNA 5P1DA 5P00A 5SZ9A 1HIVA 5P0TA 4Y43A 3IN4A 4Y39A 3VFAA 4ACXA 3S54A 3OU4B 5P61A 3TKWA 1W5XA 2I4QA 1B11A 5PEPA 3LPIA 9HVPA 3K5GA 1ZSRA 5P3FA 4YCYA 5P5OA 1TSQA 3K1WA 3OADA 2WF1A 1AAQA 4Y57A 5P4OA 4MC9A 3I6OA 4J0YA 4Y3YA 4Y3TA 5IS4A 4Y45A 4DJWA 5OZ8A 1SMRA 3JVYA 5OZ7A 5P8DA 2PC0A 3HZCA 2VIJA 1EEDP 5P2ZA 5OZ9A 3NU6A 2Q63A 4DJPA 5P7BA 1AXAA 4FCOA 3VUCA 2B42A 5OZEA 4Y6MA 5P6MA 1IIQA 4Y3RA 4GJAA 3TOGA 2HB2A 4Y54A 4B00A 4FM7A 2O4NA 5P1BA 5ER1E 3TLHA 1F34A 5P5UA 3U7SA 3KT2A 3NDXA 2J9JA 5P53A 5DR1A 1HSIA 1KJ4A 5P6GA 5P2RA 3QPJA 5HDXA 2FXEA 1IVPA 1OHRA 5P0QA 1HVSA 4Y3NA 2HPFA 3TOHA 4MC2A 5P7RA 4LC7A 1LV1A 3BUGA 4OBFA 4HLAA 4B0QA 1APTE 1ME6A 4S1GA 2B8VA 5OYWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRK A;  1AJX A;  5OZ1 A;  5P1R A;  3UDN A;  5P2Y A;  1AZ5 A;  2AVV A;  3RSX A;  5KQF A;  5P2Q A;  2WF2 A;  4OC6 A;  2HM1 A;  4DQG A;  5P1F A;  2IKU A;  5OYT A;  1XN2 A;  1M4H A;  1ZBG A;  1F7A A;  3NR6 A;  3OGP A;  4L7G A;  1QBR A;  2ZHV A;  3PI0 A;  3BXS A;  5P1N A;  1BXQ A;  5SXN A;  4J0V A;  2I0D A;  3G6Z A;  4EHC A;  1DIF A;  5P5X A;  5P6I A;  1EBW A;  1HPV A;  3EM6 A;  1FGC C;  3U6A A;  4HDF A;  5P6X A;  4I8W A;  1HEF E;  5ER2 E;  4RYG A;  2B7Z A;  5P7A A;  3PRS A;  1K1T A;  1IZI A;  1MSM A;  5OZV A;  5P24 A;  3SA3 A;  3UQU A;  4DFG A;  3D91 A;  2I4D A;  2BPX A;  4BFD A;  2OHU A;  2VJ6 A;  3TPJ A;  2BPY A;  2QZW A;  2G69 A;  2FDE A;  2VA7 A;  2QCI A;  5KR1 A;  3PWW A;  2OAH A;  4GYE A;  2JJI A;  5P01 A;  5P3S A;  3L5F A;  5P7Z A;  1QBS A;  3GGA A;  1MER A;  1XDH A;  3C9X A;  4RVJ A;  3NU4 A;  5P8K A;  2OHS A;  3OU3 A;  4HA5 A;  3FV3 A;  3OAG A;  3ZKG A;  5P2X A;  2Z54 A;  3PB5 A;  2SAM A;  3NU5 A;  4LXA A;  1A30 A;  5P85 A;  2ZDZ A;  5DR8 A;  2P3A A;  5P32 A;  5T4S A;  2G20 A;  3HD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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