5P0TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 76
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0tA01
5SZ9A 2I1AA 5P1PA 5P4PA 2VIZA 5P8DA 1ZSRA 2A1EA 1GNMA 1HTGA 5P5TA 2I0AA 5P0WA 4AZYA 1JLDA 5AHBA 5P81A 4EQJA 3QVIA 3OU4A 5P3JA 2WEAA 1E80E 3CYWA 3GI6A 5HCTA 2ZJMA 4L1AB 5OZ8A 3S2OA 4A6BA 3SQFA 5P0SA 2BPXA 3VFBA 3D91A 1FEJC 2NXMA 1ER8E 1BXOA 5JODA 3RSXA 1APVE 5OYVA 4BFBA 1XDHA 4LL3A 2ZHTA 3UHLA 1HVIA 4NJUA 3ZKQA 1FQ6A 4GJCA 2F3KA 3SA8A 5OZVA 1APWE 1GVVA 5TOLA 3ZKMA 5OYUA 4DJOA 5BWYA 1YTIA 3KFSA 2PK6A 4KUPA 4Z2ZA 4N00A 4CPQA 3QRSA 4EP2A 5OZZA 4Y44A 4YCKA 5P5WA 4DJPA 1XL5A 1ZBGA 4DJRA 4ZSRA 5P7WA 1EC1A 5P19A 3OHHA 2OHRA 3URJA 5P6UA 2B42A 1B5FB 2Q63A 2QD6A 5P8EA 3LPIA 3NUOA 5P7XA 5P3IA 5P8OA 4DVFA 2WEBA 5P2HA 5P44A 2G22A 1IIQA 3RTNA 1FFIC 3ZMGA 4GJ5A 5P3BA 5P36A 5DR4A 3SABA 2VA7A 3VCMA 1TCXA 3OU3A 3BGCA 3IN4A 4F74A 1EBKC 4I0EA 2Q55A 3D3TA 3VSWA 4PYVA 3OXCA 1CPIA 3PI0A 5P6JA 5P14A 1FQXA 5P6IA 4J1CA 2NNKA 5P7GA 5DQ1A 4Y45A 2VA6A 4Y5BA 5KR1A 5OZUA 3PWWA 1XN3A 3TPRA 2Q64A 1MT8A 3L38A 5P4CA 5COOA 1YM2A 2NMZA 4DJVA 5KQFA 3GGXA 4GB2A 5P3UA 3APPA 5P5DA 5P4YA 5OZAA 5P3XA 1FMUA 2QHCA 4L7JA 5KQZA 3AIDA 3OQKA 2AVOA 1W50A 4Y5LA 3R0YA 1AXAA 2P3BA 3SLZA 3CICA 3LZUA 2QI1A 5OZWA 5P5SA 1WBMA 4YD4A 4EXGA 5KR0A 3KYRA 3ST5A 2B8LA 1GVXA 4Q5MA 3PI5A 1HIHA 5P8AA 3UTLA 4K4PA 2QHZA 3VSXA 1HSHA 5EZZA 5P6HA 2PC0A 1MVPA 3SM1A 2H6TA 3U7SA 2VIYA 1K1UA 3VF3A 3ZPSA 1HHPA 3KM4A 2RSPA 5P48A 2G1NA 4WY1A 2FMBA 2FLEA 2O4KA 5OZXA 2EWYA 3VUCA 2BBBA 2OHLA 4I0IA 2OHSA 1W5YA 1RL8A 3DM6A 3OHFA 2I4QA 3MSLA 5P7JA 2WF0A 4YDFA 3NDWA 4R5NA 2JXRA 5DGWA 2BPVA 1DW6C 2QZWA 3H0BA 4OD9B 4EQ0A 3D1YA 1T6GA 1BVGA 4UPJA 3SA5A 5P2CA 2O4PA 5P0PA 3IXKA 4AUCA 5AH6A 3NU5A 3EBZA 2QD7A 3WB5A 1T3RA 1E81E 5P3TA 1MSNA 4JOOA 4PHVA 4F75A 3NWXA 3FNTA 5P17A 5OZIA 4D8CA 3O9DA 5P5QA 3ZPTA 4J0VA 1HBVA 3S56A 2XYFA 5E5KA 4FSEA 5P8SA 5COPA 5P0XA 5P5OA 2I4WA 5P0UA 3UDRA 3I25A 3QVCA 2NTRA 2O4NA 5P2EA 3VF7A 1EPRE 3DCRA 4LC7A 4RZ1A 1HVKA 2A4FA 2FIVA 3SAAA 5OZNA 5BRYA 3O9LA 2ZHRA 1FG6C 5CONA 2V12C 2Q54A 4IVTA 5OZ2A 3LIXA 4I8WA 1BV9A 1YTHA 2R43A 4R91A 3TH9A 4Y3MA 4NJVA 2QI5A 5P02A 1LYBB 3R2FA 4H3IA 4U7VA 1HRNA 3HVGA 5P8MA 1ZTZA 4KE0A 5OZPA 1C70A 3EXOA 5P78A 3FKTA 4MC1A 5I3YA 5P5EA 3O99A 5P6SA 3WZ8A 5P3QA 5P7SA 1ZJ7A 4QJ7A 3EKQA 1IBQA 1K2CA 5P6OA 5APRE 5P88A 4HA5A 3VV7A 4J1FA 2IL2A 4DQGA 3TLHA 4Y3TA 2O40A 5P2RA 4BEKA 1ZPKA 3EKPA 5P3WA 2V10C 5P1ZA 4FM7A 3SKGA 1BIMA 1XL2A 1FG8C 2G27A 3VV6A 3F9QA 2HS2A 5P6PA 5P0EA 3TTPA 5P0MA 2G1RA 2BKTA 2OHPA 5P3PA 2QNQA 5P4MA 5P5LA 2ZGAA 5P7CA 4MC9A 5DR7A 1CZIE 5P4EA 2PK5A 2PWCA 2OHUA 1XS7D 3MXEA 5P3RA 5P0CA 4LXKA 1ODWA 1LYAA 3KA2A 1AAQA 4Y4XA 5P51A 1EBZA 2Z4OA 1QBTA 3OADA 4COEA 4JP9A 1NPAA 1PSAA 5P2LA 1HXBA 1EPPE 5P1NA 6UPJA 3UQXA 1WBKA 3VYDA 1MRXA 3KMXA 3OGQA 2QZLA 5P5GA 2F3FA 1HTFA 5ER1E 3NU4A 5P5CA 4J0PA 1TW7A 2JE4A 2AZCA 1QS8A 2ER7E 1G2KA 4Y3WA 3A2OA 3S7MA 4Y3EA 2VKMA 4H3FA 2JJIA 5P53A 5P7HA 1UPJA 1FB7A 5P3VA 2R38A 5P2XA 2AZBA 5P4OA 2QD8A 1RPIA 5ISJA 5P1CA 4YBFA 5P6KA 1TQFA 5P0YA 3O9IA 5P4XA 1XE6A 2QI7A 5P8GA 2NMYA 4NKKA 2HAHA 2FDEA 3NR6A 3URIA 4J0TA 2G24A 5P4QA 5OYZA 5P8IA 3GI5A 4R92A 1DMPA 4OC6B 5P0DA 5P6EA 3SFCA 5KOSA 1FQ8A 1AM5A 1XN2A 1IVPA 2QK5A 5P8BA 5P8CA 3GGUA 4GJAA 4FCOA 3HAUA 1A94A 5P5AA 2RMPA 4Y3NA 1PSNA 3QS1A 2IENA 2QI6A 4PZXA 3S43A 4HE9A 3LIYA 3VLBA 1IVQA 4DQFA 3EKXA 4I12A 1VIJA 1PROA 4HDBA 3EKTA 3T3CA 2HPFA 2R5QA 3L58A 4QLHA 5P11A 5ENKA 3HVPA 4FSLA 4ACUA 3Q3TA 5P55A 1WKRA 4DJWA 4YD3A 2P3AA 3EL9A 4OBFA 2H6SA 3O9BA 4TVHA 4M8YA 1HXWA 5P8FA 2FXDA 5P7MA 4QJ9A 2J9JB 2AOGA 4GJ9A 3D1ZA 3WZ7A 5HVPA 2XFJA 1MSMA 4Y5CA 4RVXA 5P5ZA 5P4FA 1DAZC 5P3DA 3UDMA 3K5CA 2NPHA 2ER9E 3O9AA 4EP3A 1ODYA 2AQUA 4Y4GA 3NLSA 2Q3KA 5P20A 1SH9A 2QHYA 2OHTA 3UQWA 5P59A 4ZE6A 1HIVA 5OZRA 2G69A 5P52A 3RVIA 1GNNA 2G1YA 5P8LA 3BHEA 3TOGA 5C9FA 1B6JA 2OHQA 2WKZA 5P7YA 3NXNA 5OZFA 3PBZA 5P24A 5P0OA 5P76A 1GNOA 4Y5KA 4ZSMA 2WHHA 4DH6A 3OUDB 2ER0E 1RV7A 2V16C 3QP0A 1LYWA 2QZKA 3PSYA 3NWQA 5P07A 5P1IA 3I8WA 5P67A 4PZWA 1MPPA 1K1TA 2BPYA 5DQ5A 2WEZA 5P0HA 1MRWA 2F3EA 2ZJJA 5E5JA 4RVIA 1EBYA 5T4SA 5KQXA 4J0YA 3DOXA 4NJTA 1QBUA 1YX9A 5HDVA 3ZL7A 3G70A 2ZDZA 2P3DA 5IE1A 5OZ6A 3BC4A 3MSKA 4Y4AA 1K6VA 4H3GA 3BXRA 3HDKA 3KMYA 4EJ8A 5P69A 4I10A 5P37A 3VYEA 2F81A 1EPOE 5HDXA 3PLDA 5HU1A 3GI0A 3PLLA 5P28A 4EJKA 5P2VA 1IZDA 5P4ZA 4ER1E 5P05A 4GJ8A 5OZQA 2G1SA 5P39A 5OYRA 3SO9A 2QI4A 4FRKA 4EXHA 4D88A 4OBGA 3KFRA 1MIQA 5OZMA 4J1IA 2FXEA 4HZTA 3VV8A 2IDWA 5P4HA 4FRIA 4L1AA 5EZXA 4D89A 4YA8A 4MC2A 4XX4A 5OYXA 5P03A 4OBZA 1A8GA 1W5XA 4DI2A 2IKOA 3UFLA 4Z50A 5OZGA 5P42A 1D4JA 1A8KA 5P6ZA 1M43A 1KJ7A 3H5BA 2G21A 4HDPA 4JPEA 4L7GA 4TVGA 3KFPA 5AH8A 4Y48A 2XFIA 5P5VA 5P4TA 4M8XA 3TPJA 5P0TA 3JVWA 5P7RA 2AZ8A 3CYXA 1AJVA 6FIVA 5P1QA 2JYSA 5P41A 2I4UA 5P3ZA 2AOFA 1B5FA 4LBTA 5P25A 2I4DA 5P23A 1TSUA 4RGHA 3DV5A 1BV7A 1E5OE 1KJGA 3INHA 3M9FA 3CIDA 3NXEA 4YE3A 4K9HA 4I1CA 5JFUA 5P3HA 3FSMA 2Q5KA 4NPTA 4Y3ZA 5P1KA 1ZPAA 1KZKA 4Y3LA 2R9BA 2PQZA 4DQCA 2P3BB 5DGUA 3OK9A 5P3CA 5P15A 4Y4WA 4QJ2A 2F80A 1HVSA 5FIVA 4Y6MA 5P2QA 5ISKA 5P06A 5P66A 1BWAA 5P83A 1HTRB 3URLA 4B1EA 5KOQA 1ZLFA 1HVCA 4E43A 5P2JA 5P5KA 1APTE 5OZ5A 4QJ8A 1ZP8A 3T6IA 3OQAA 3OU1A 3VYFA 5C9BA 2ZJKA 4GYEA 3PWMA 5OYSA 5OYQA 3SKFA 4DPFA 1SDUA 1BXQA 3BVAA 1SDVA 4ZSPA 5OZ0A 5P09A 5HE5A 5P2WA 4Y4BA 4Y3QA 4AA9A 2IRZA 5P22A 2NR6A 1OEXA 5P6DA 1N49A 3RSVA 2PYMA 4RYGA 4WY6A 3OUAA 5P8UA 3OAGB 4FM6A 1C6ZA 3DJKA 3UCBA 3LINA 1FQ5A 2OHMA 4KB9A 2WF4A 5P6FA 5P1DA 1HVLA 4X7IA 5OZ1A 5P2YA 5P2TA 3LITA 1IZIA 5P2GA 1C6XA 3OTYA 1MTBA 5P2DA 1E82E 2FGVA 1YG9A 3GGVA 5P1WA 2HB3A 5P0VA 3TNEA 4Y3DA 5HE4A 5ER2E 3VLAA 4CPUA 3UQPA 5P12A 1SGUA 5P1BA 4RVJA 1MESA 1SIVA 5P2ZA 3D20A 4ZIPA 3PBDA 3UDHA 1Z1HA 2AOHA 5P08A 5P75A 5P1OA 2BJUA 2ZJIA 5AGZA 3INDA 3ZKIA 4OD9A 2PSUA 1NH0A 2UXZA 3O9LB 1M4HA 3LNKA 1HVRA 4Y3SA 3OOZA 3NUJA 5F00A 3BRAA 4R8YA 3CKPA 5P7TA 4DQHA 4B1DA 4CP7A 4XKXA 1FQ4A 5P35A 2VJ7A 5HU0A 2B7ZA 2ZJHA 4ER4E 3PEPA 5DR3A 2P8HA 4L7HA 5P26A 5P43A 2HC0A 4HLAA 1NSOA 1NPWA 3O9GA 3VF5A 3JW2A 4YOAA 5OZCA 3BVBA 1G6LA 5P4IA 5OZLA 4ZPGA 1BBSA 3PCZA 4FM8A 3RU1A 2BPWA 5P6XA 2WJOA 1EBWA 1HPSA 3IXJA 3OUBA 4X2LA 4Y4TA 3K4VA 5DQCA 4Y3RA 5P3YA 2AODA 1GVUA 1GVTA 1D4IA 1LYBA 2PH6A 3QAAA 3SA9A 2VA5A 2G94A 2FDDA 3OQFA 4B78A 5OZOA 5P2NA 1YTJA 1QBSA 2Z54A 5P2IA 1T7IA 4XX3A 1BDLA 4I0HA 1FQ7A 3KDDA 1ME6A 4I0ZA 2QCIA 3K5DA 5JG1A 3JVYA 4JPCA 3I7EA 5OZDA 5P5HA 2IQGA 2VJ9A 2AVSA 3O9HA 3MXDA 3B7VA 1G35A 5P10A 3CMSA 5I70A 2PH8A 2FNTA 5OYWA 5P86A 5P73A 3MWSA 5OZTA 1EC0A 5P60A 1CMSA 5P85A 2B7FA 2PMAA 3GI4A 4DJQA 3BGBA 3NYGA 1J71A 3GW5A 2J9KA 3OXXA 5P64A 7UPJA 5P6VA 5OZ7A 6APRE 2RKGA 5P1GA 3TPLA 4D85A 3Q70A 1QRPE 4B77A 5P58A 4H1EA 3CKTA 2VNNA 5P4LA 2IKUA 5P3FA 4FE6A 5P1SA 5IVRA 1B6LA 4LXMA 2BQVA 4Y3HA 3TKWA 1LS5A 5P84A 4B0QA 4Y56A 4U8WA 1HOSA 2IEOA 3EL0A 2F8GA 3G6ZA 3SA7A 3OXVA 4ACXA 3LIQA 2VIEA 4LP9A 2RKFA 1HPOA 4Y5MA 2QU3A 3BUFA 4ZLSA 4YD7A 5P1MA 1HPVA 4EJLA 4GJBA 5OZKA 5AHAA 5OZ9A 4I8ZA 2QMDA 1SBGA 1FLHA 1MERA 1HWRA 4QGIA 3EMYA 1RNEA 4APEA 5P1HA 3PB5A 5P77A 5I3WA 4S1GA 4YCYA 4FRJA 4MC6A 5P7ZA 3EC0A 4K4RA 1SDTA 4DJYA 4J1KA 5DPZA 3TOHA 5AHCA 3U6AA 4CPTA 1YM4A 5P6NA 4PPHA 3OXWA 5P2SA 5P70A 2MIPA 5P1XA 4R95A 4B72A 2SAMA 1SIPA 4PEPA 5SXNA 5P56A 1AIDA 2V13A 1BWBA 5P40A 3QBFA 1MUIA 5P5UA 3SPKA 4NPUA 1SMRA 2ER6E 2QI3A 5P6RA 4Y3FA 2HM1A 3OY4A 5P7EA 5P2KA 5P4KA 3UDNA 4RLDA 4LAPA 4Y3GA 3N4LA 4Y5NA 3HAWA 3APRE 5P1YA 4HDFA 1W6IA 1B6PA 3Q5HA 5P4RA 5P1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SZ9 A;  2I1A A;  5P1P A;  5P4P A;  2VIZ A;  5P8D A;  1ZSR A;  2A1E A;  1GNM A;  1HTG A;  5P5T A;  2I0A A;  5P0W A;  4AZY A;  1JLD A;  5AHB A;  5P81 A;  4EQJ A;  3QVI A;  3OU4 A;  5P3J A;  2WEA A;  1E80 E;  3CYW A;  3GI6 A;  5HCT A;  2ZJM A;  4L1A B;  5OZ8 A;  3S2O A;  4A6B A;  3SQF A;  5P0S A;  2BPX A;  3VFB A;  3D91 A;  1FEJ C;  2NXM A;  1ER8 E;  1BXO A;  5JOD A;  3RSX A;  1APV E;  5OYV A;  4BFB A;  1XDH A;  4LL3 A;  2ZHT A;  3UHL A;  1HVI A;  4NJU A;  3ZKQ A;  1FQ6 A;  4GJC A;  2F3K A;  3SA8 A;  5OZV A;  1APW E;  1GVV A;  5TOL A;  3ZKM A;  5OYU A;  4DJO A;  5BWY A;  1YTI A;  3KFS A;  2PK6 A;  4KUP A;  4Z2Z A;  4N00 A;  4CPQ A;  3QRS A;  4EP2 A;  5OZZ A;  4Y44 A;  4YCK A;  5P5W A;  4DJP A;  1XL5 A;  1ZBG A;  4DJR A;  4ZSR A;  5P7W A;  1EC1 A;  5P19 A;  3OHH A;  2OHR A;  3URJ A;  5P6U A;  2B42 A;  1B5F B;  2Q63 A;  2QD6 A;  5P8E A;  3LPI A;  3NUO A;  5P7X A;  5P3I A;  5P8O A;  4DVF A;  2WEB A;  5P2H A;  5P44 A;  2G22 A;  1IIQ A;  3RTN A;  1FFI C;  3ZMG A;  4GJ5 A;  5P3B A;  5P36 A;  5DR4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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