1D4JA

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor msl370
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1d4jA00
5P1KA 3SA7A 4Y3MA 4Y4TA 4LP9A 5OYSA 2WL0A 2UPJA 2F3KA 3GGAA 5P8LA 4FCOA 1AIDA 3UFNA 2G94A 4Y3LA 1OEWA 2QU2A 1T7IA 5P30A 4GMIA 5P8BA 3O9GA 5HE4A 5P5SA 3VEUA 2AOFA 5OZ7A 3LZSA 4Y3HA 3EL1A 3TOFA 2QMGA 1YTGA 5OZ0A 2HS2A 1KJ7A 5KQFA 1SMEA 5P62A 5P7KA 4FRKA 1QDMA 2VJ9A 3WZ7A 3DJKA 3OTSA 2WEDA 3RSXA 3VLBA 5AGZA 2NXDA 5P72A 5P5XA 3NU3A 2QNPA 4I0IA 3RTNA 4HLAA 2QHCA 1HPSA 2QI6A 5P31A 3JVYA 1LF3A 1K6VA 5P3IA 2NMYA 4Y5CA 3IXOA 3NXNA 7UPJA 3VSWA 5I3VA 5P66A 1E5OE 5P0HA 3T7XA 1ENTE 1EAGA 5HDVA 1LYAB 1GNNA 3T3CA 4RRSA 5P3JA 4FM7A 5KAOA 1WKRA 2G22A 4XX3A 3EL9A 5C9FA 3O9LA 3Q3TA 5P28A 2B8LA 3FX5A 2Q15A 2IDWA 1XE6A 1FG8C 2IRZA 5P2BA 2P3BB 6APRE 2PSGA 5OZ4A 3UDJA 1FMXA 5OZMA 2ZJLA 1HTEA 2OF0A 5P2MA 5P47A 4Y3JA 4LL3A 2OHSA 3Q70A 2QI1A 2ZE1A 4JOOA 5DQ5A 4CP7A 2BBBA 2ZJJA 5P40A 2BPYA 5P4AA 5P6QA 5P7MA 2VIZA 4F76A 5P70A 2V12C 4Y44A 1PPKE 5P6IA 1MT7A 3QBHA 2O4NA 5P27A 3IAWA 5P0GA 3OU1A 1HTRB 1B6PA 2R9BA 4GJAA 3ZLQA 2I0AA 4ZSQA 3DV1A 5P8GA 4DQBA 4QJ6A 5COOA 5P5RA 1BXOA 5P7BA 5DQ1A 4E43A 5P0AA 3K5FA 3OQAA 4GJCA 3EKXA 5P7IA 1MT9A 3MWSA 5P14A 5P5QA 3F9QA 3GI0A 3RVIA 2WF4A 5P7WA 1VIJA 5P7FA 5HDUA 5P4KA 1KJ4A 2RKGA 5P1ZA 2Z54A 4L1AA 3VYEA 5P0RA 3Q4BA 1FQ7A 1SIVA 4OD9A 3S53A 3VFBA 4YOAA 1APVE 1J71A 3SQFA 4FSEA 5JODA 3PB5A 4FIVA 5T4SA 5OYRA 4Y4XA 5DR3A 3HZCA 4B1EA 3INDA 4J0ZA 3UDPA 3L38A 5ER2E 4DPIA 4Y56A 1BAIA 3KFSA 4GJ9A 4ZIPA 3FSMA 2CENA 2VIEA 4JPEA 4PZXA 1NH0A 4BELA 3S43B 5P4FA 2F8GA 3QVCA 5P75A 4GJBA 4FRJA 5P1GA 1K1TA 1BDRA 5P0TA 2ZHUA 3KF0A 5P33A 2QI4A 4I0HA 1XN3A 4YD7A 1JLDA 5OZJA 4BEKA 2FIVA 4I11A 4RCEA 3KA2A 3M9FA 4K8SA 2Q64A 5P8TA 2AVSA 3G6ZA 3CYWA 1MRWA 5P89A 2HPEA 5OZ3A 5P3NA 2XYEA 1RL8A 1B6MA 5P4WA 3ZPSA 5P82A 5P8VA 3ZMGA 4WY6A 5P5WA 2FLEA 1FQ4A 2ASIA 2I4VA 1SGZA 5ENKA 5P5BA 4Y54A 4XKXA 2V13A 2EWYA 2IGXA 3NU6A 3PMYA 2JJJA 4I8WA 1G0VA 2VKMA 3ZOVA 2ZDZA 2PH6A 4Y5LA 2QU3A 2ZJNA 1SGUA 4YBFA 4OBDA 3UQUA 3QS1A 3MSLA 4EQ0A 4BFDA 3TPRA 3R0YA 4U7QA 5P6KA 4UPJA 4X2LA 5DR8A 4I12A 5BS4A 1G2KA 3RTMA 3LINA 5P45A 5KQZA 2RSPA 1MUIA 4DJUA 2QI0A 1BV7A 1D4KA 5OYUA 3DM6A 3CYXA 1B6LA 5IVRA 4DJWA 2BPXA 5P32A 4Z22A 4J1KA 1T6EX 2OHLA 1T3RA 1ZPAA 5P7GA 2QP8A 1HVLA 1W5XA 2OHUA 4B78A 3SACA 4MC1A 1GNMA 2FXEA 1NPWA 5P46A 3KMYA 3GI5A 5KOSA 3OTYA 4OBHA 5F01A 2ZHVA 2HB2A 3IGBA 4ZSMA 3SO9A 1K6PA 2I0DA 2P3AA 5P03A 5P2QA 2FDPA 5FIVA 1ZAPA 1ME6A 2HAHA 5P2JA 5P71A 5P4DA 1B6JA 2PC0A 4DJRA 2Z4OA 1BVGA 1PFZA 2FMBA 4ZLSA 5IE1A 2R5PA 1M4HA 2V0ZC 2HB4A 5P3TA 5HE7A 4FAEA 4Y5BA 5OZZA 5P5HA 1Z1HA 5P59A 5OZQA 5DQ4A 1BDQA 3TOGA 3QRMA 1FMBA 3IVHA 5CLMA 6FIVA 3D1ZA 4EJLA 5P65A 4Y58A 4YDGA 5P6ZA 4Y5GA 2VIYA 3QIHA 2NNKA 1OHRA 3K5CA 3CIDA 2J9JA 2RENA 4EHCA 4Y5EA 2WEZA 1KJFA 3BUFA 5P1LA 3QBFA 4J1IA 2APRA 1WBMA 3EKWA 1NPAA 5P6GA 3HW1A 4DQFA 1DPJA 5P77A 1TSUA 3SPKA 5P16A 4I0FA 1EC1A 2H6SA 1LYBA 5F00A 1RQ9A 4Y51A 1NPVA 3SA5A 5P8UA 5P88A 2B7ZA 3N4LA 3D1XA 1NSOA 2VS2A 3EC0A 1IDBA 3ZPTA 5P7PA 1MERA 3PLLA 4RYGA 5OYXA 5P8JA 5P0YA 1W5VA 1EPPE 3OHFA 4K4PA 3OAGA 1FQ5A 1QS8A 3TLHA 5P3OA 4F74A 3D3TA 2F3FA 1D4YA 3ZL7A 3NU4A 3L59A 3GI6A 4L6BA 2IQGA 1GVWA 5HCOA 4FGXA 1PROA 2P3DA 3PWRA 4HZTA 4YCYA 4JECA 1T7KA 3OUDB 5KOQA 4Y4BA 3INHA 5DR0A 2VA7A 5P05A 3LIVA 3EM6A 4Y5PA 2OHTA 4RCDA 5P53A 1HVKA 5PEPA 4Y3XA 3DCRA 1DP5A 3BVAA 5P18A 5P4CA 2QZKA 5P3GA 5I3WA 5P4UA 3K1WA 5P20A 3BXRA 2AZ9A 4Y4UA 5P68A 3O99A 2ZHRA 2Q55A 5P08A 2AODA 4DQHA 5P5UA 4EXHA 2XFKA 4GYEA 4ACUA 1EBYA 3SA8A 3AIDA 3ZKNA 1C70A 1EPRE 1XN2A 3ZKGA 4CPWA 5KQYA 1E80E 5HE5A 1Q9PA 2BJUA 5KR2A 1K6TA 5P8KA 5C9BA 3IXKA 3O9HA 4Y48A 3OQ7A 3PCWA 5P4RA 4B05A 2PQZA 1QBUA 3BGBA 5P5EA 4Y4ZA 5OZOA 5P7CA 3U6AA 4M8XA 3TTPA 4ZEAA 3OU4A 1MIQA 5P0KA 3A2OA 5P1IA 7HVPA 1M0BA 3PCZA 5ISJA 3OXCA 5P8AA 3LHGA 3TOHA 3I7EA 2ER9E 5AHAA 2AZCA 1W6IA 1D4LA 3S2OA 3VYFA 1B5FA 2A4FA 1YT9A 4D83A 5OZIA 4YD5A 3FIVA 1FQ8A 3ZPUA 5P1TA 2I4WA 5P4GA 4CMSA 2AVQA 3EXOA 4Y5MA 5SY2A 1G35A 5P2DA 3BUGA 2I4DA 3OGPA 1YG9A 3KMXA 2VIJA 4OC6A 4GZFA 5OZNA 5P84A 2JE4A 2AOJA 2OAHA 2QI7A 1ZPKA 5P8SA 1LV1A 1HRNA 4OBZA 3ER3E 5OYYA 5IVTA 2JYSA 5P12A 1YTHA 3QN8A 5SZ9A 1HEFE 5HDXA 2FDEA 1A8GA 4M8YA 1DIFA 2XYFA 5OZLA 5P6VA 1TQFA 5P6NA 3OXVA 3VV6A 5P3CA 5P0FA 3EM3A 1AM5A 5P6DA 5DPZA 2AVVA 3OUAA 5P1JA 5P3RA 1CZIE 5P7OA 4FM6A 5P42A 2WHHA 5P07A 5P64A 5OZ1A 4B0QA 4TRZA 5E5KA 1HTGA 1SBGA 4J1CA 4RYCA 1ER8E 2OHQA 5P5DA 3VUCA 5AH8A 2VNMA 5P1WA 4I0GA 3FNUA 5P0BA 4Y5AA 5P8RA 2I4QA 3DCKA 5P4ZA 4DV9A 1A8KA 2AOIA 1DAZC 3BUHA 3B80A 1APWE 1ZLFA 5P4QA 4Y3EA 1BWAA 4F73A 4DJYA 5OZEA 1BV9A 5OZCA 3UHLA 3KFNA 2JJIA 4TVGA 1XL2A 5P51A 1LS5A 3KDCA 3O9BA 1QBRA 5P4PA 5DGWA 2G1OA 1FB7A 2QK5A 2ER7E 3JW2A 2PYNA 4B1DA 4FRSA 5APRE 5P6BA 3PSYA 1B6KA 4J0VA 1HIHA 1SMRA 5P73A 3HDKA 4Y4AA 5P3YA 2WF0A 4RLDA 1YM4A 1A30A 1D4SA 4H3GA 2ER0E 3EL0A 5HCTA 1TZSA 1QRPE 2I4XA 5HDZA 3PEPA 2QNNA 4YCKA 3SM2A 5P7LA 2Q3KA 5P3VA 4B70A 2QZXA 4AZYA 1MTBA 5P1HA 1EPLE 5P1NA 3CKTA 2AOGA 3SKGA 5P6HA 2B7FA 5P87A 4Z4XA 4Y3QA 2OHMA 5OYVA 5P1VA 1EC2A 5P4SA 4Y3PA 4ACXA 3OADB 2BKSA 3LZYA 1U8GA 3WSJA 1DMPA 4I10A 5P5TA 3BC4A 3GGUA 4JP9A 2G1SA 5P3PA 3DUYA 4DFGA 5DR4A 2AZBA 2I1AA 3SA3A 1K2BA 4Y47A 2V00A 5P50A 5P7QA 1HVIA 4HA5A 4Y6MA 3OQDA 1SP5A 3VFAA 3UQXA 3H0BA 5P7DA 5P1PA 2SAMA 1MSMA 3I2LA 1HXBA 1QBSA 5P5GA 5P11A 4Z2ZA 3DK1A 2QHZA 4NKKA 5P83A 3NU9A 3UF3A 4ER2E 2QD6A 5P3QA 2IGYA 4Y3RA 3NR6A 1HIVA 5P8CA 2P3CA 5P3LA 2WEAA 4Y36A 3SABA 5P5KA 3QP0A 1EC0A 3G70A 3HAUA 5P80A 3O9DA 4EJKA 4BFBA 2B8VA 5P0NA 1GVVA 4GB2A 2BPVA 1HPOA 3PSGA 3LIYA 3TKGA 2UXZA 4FE6A 2R3TA 5P0EA 3ECGA 3KT2A 3OQKA 3OQFA 3NDXA 2QMPA 5P2TA 1AXAA 1LYWA 1XDHA 5P81A 4DJOA 5KR8A 5P0PA 5P38A 2WF2A 5P4BA 4FLGA 2NXMA 3S8IA 3CICA 1AJVA 2AVMA 2PYMA 4YCTA 4R91A 3CIBA 3PI0A 3EKYA 5P23A 1LF2A 3FNSA 2JXRA 5OZUA 3U7SA 1GVXA 2V11C 4AMTA 3NWQA 3SLZA 5P00A 4HEGA 3IVIA 5P85A 1EEDP 5P5MA 1PSAA 1MT8A 2G26A 5P58A 5P0WA 5C9DA 3SAAA 4H3FA 2WF1A 3VSXA 5P6OA 4CPQA 4KB9A 3QRSA 4YBIA 5P5AA 1IZEA 1LZQA 4OBJA 3VF5A 2R38A 3R2FA 2OHRA 1EBZA 1QBTA 5P2GA 5P7VA 3UDQA 5P04A 5EZZA 3PHVA 5P57A 3K5DA 4R5NA 5P4TA 2AQUA 3D1YA 5EZXA 3ZKSA 1IZIA 4IVSA 5P06A 2UY0A 5P7YA 4DJXA 1XE5A 5P44A 1ODWA 5P6UA 1HEGE 5P1CA 5P41A 3S7LA 1LYAA 3LZUA 3PI5A 2NXLA 3HVGA 3PMUA 1FMUA 4Y9WA 4N00A 4QJ9A 5SY3A 5P3ZA 2IKOA 1KZKA 4B72A 1MPPA 3VV7A 3QRVA 3TPJA 3GGVA 2NTRA 3I25A 2P3BA 3WZ6A 1AJXA 5P3UA 3H5BA 5P1FA 4EP2A 5P3SA 4Y3ZA 3KDDA 3NUOA 4EXGA 1HHPA 4LHHA 3UDMA 5JG1A 3WZ8A 3DV5A 2WF3A 4J1HA 2NR6A 4U8WA 4TVHA 3JVWA 5J25A 2QI3A 5OZXA 3K4VA 2ZJHA 2WEBA 4RRNA 1META 4FS4A 5P1QA 3EKVA 5P7NA 3NSHA 4LBTA 3OWNA 4YHQA 3LPJA 4Y4GA 4MC2A 5P0XA 5P5LA 3INEA 2QMFA 1HPXA 2CEJA 4MC6A 1T7JA 5P6AA 3O9FA 5JFUA 5P6YA 2WJOA 5P3DA 5P8FA 9HVPA 5P4XA 1MSNA 5P6LA 3HBOA 4DJPA 5HU1A 4QJ8A 1HSGA 3SFCA 5P0MA 2G21A 4Q1NA 5P0OA 5KR0A 3NLSA 1GKTA 1D4IA 3L3AA 1B11A 5P2WA 1OD1A 3EBZA 5P1YA 5P2SA 3ER5E 2H6TA 4ZPEA 3PBDA 1HSIA 4Y3AA 4KUPA 1E82E 2R8NA 1UH8A 1TCXA 4Q1WA 3UDRA 2PWCA 4QJAA 2O4KA 2PSVA 4LXAA 1WBKA 5P5NA 1FIVA 1MVPA 2G69A 4FRIA 3TPPA 4WY1A 3S43A 2OHPA 4I0EA 3PSUA 4APRE 1APTE 2AOEA 3O9LB 5P5FA 2ZJMA 5P56A 5P43A 5P2EA 3S54A 2AOHA 3O9CA 5SXNA 1FQ6A 3VCMA 3HD8A 1BIMA 3UDYA 1FFIC 4EJ8A 4ER1E 2Q63A 8HVPA 4I0JA 2BB9A 3LITA 5CONA 1SDUA 5OZGA 5P2CA 3SA9A 5P39A 3OU1B 5P6CA 1EPOE 4KE1A 1BDLA 4DJQA 5ISKA 5P0ZA 3EKTA 3KM4A 2PMAA 3TH9A 4LAPA 3UDHA 5P7TA 5P69A 4AA9A 4ZSPA 4Y3FA 2PK5A 2NMZA 4Y3YA 2IEOA 4XX4A 5P0SA 5P0DA 1C6YA 1HPVA 1YX9A 4L1AB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1K A;  3SA7 A;  4Y3M A;  4Y4T A;  4LP9 A;  5OYS A;  2WL0 A;  2UPJ A;  2F3K A;  3GGA A;  5P8L A;  4FCO A;  1AID A;  3UFN A;  2G94 A;  4Y3L A;  1OEW A;  2QU2 A;  1T7I A;  5P30 A;  4GMI A;  5P8B A;  3O9G A;  5HE4 A;  5P5S A;  3VEU A;  2AOF A;  5OZ7 A;  3LZS A;  4Y3H A;  3EL1 A;  3TOF A;  2QMG A;  1YTG A;  5OZ0 A;  2HS2 A;  1KJ7 A;  5KQF A;  1SME A;  5P62 A;  5P7K A;  4FRK A;  1QDM A;  2VJ9 A;  3WZ7 A;  3DJK A;  3OTS A;  2WED A;  3RSX A;  3VLB A;  5AGZ A;  2NXD A;  5P72 A;  5P5X A;  3NU3 A;  2QNP A;  4I0I A;  3RTN A;  4HLA A;  2QHC A;  1HPS A;  2QI6 A;  5P31 A;  3JVY A;  1LF3 A;  1K6V A;  5P3I A;  2NMY A;  4Y5C A;  3IXO A;  3NXN A;  7UPJ A;  3VSW A;  5I3V A;  5P66 A;  1E5O E;  5P0H A;  3T7X A;  1ENT E;  1EAG A;  5HDV A;  1LYA B;  1GNN A;  3T3C A;  4RRS A;  5P3J A;  4FM7 A;  5KAO A;  1WKR A;  2G22 A;  4XX3 A;  3EL9 A;  5C9F A;  3O9L A;  3Q3T A;  5P28 A;  2B8L A;  3FX5 A;  2Q15 A;  2IDW A;  1XE6 A;  1FG8 C;  2IRZ A;  5P2B A;  2P3B B;  6APR E;  2PSG A;  5OZ4 A;  3UDJ A;  1FMX A;  5OZM A;  2ZJL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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