5P3UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 183
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3uA01
2AOCA 1K1TA 1NSOA 6APRE 1BVGA 2AOFA 5P38A 5P2WA 2B8LA 2ZHUA 4Y5PA 5OZNA 5P7BA 4F75A 2OHQA 5OZ3A 3QVIA 2P3DA 1EC1A 3EKQA 4L7JA 1CPIA 2BPZA 4DFGA 3BC4A 7UPJA 3OTSA 5P79A 3EKPA 3ECGA 5I70A 2ZDZA 5P0IA 4HA5A 4HE9A 1B5FA 5P75A 4I0HA 3KDBA 3EM3A 5COPA 5P83A 3T7PA 2R9BA 3R4BA 2IGYA 4J54A 3INHA 4J1HA 3FKTA 5EZXA 5BWYA 1FB7A 1LYAA 4NJTA 5P4VA 5P3BA 4U7VA 4OBZA 2B7FA 4RVJA 3QBHA 5P60A 4I0IA 5P6ZA 5P31A 3UQWA 1PPKE 4Y4XA 3NWXA 5P7OA 5ISKA 3PJ6A 4ZSPA 5P1VA 2HM1A 5P72A 1FF0C 5P3HA 1HPVA 1SH9A 4FS4A 3B80A 4Y4BA 5P87A 3URIA 5P26A 4AA9A 1GNMA 4K4QA 5OYYA 2UXZA 5DQ1A 2JXRA 1B11A 4Y3FA 3UDKA 5P2TA 4AMTA 5IVRA 3LITA 3U6AA 3L59A 1MVPA 3GI4A 4Y3JA 3EL5A 5HCOA 2G1RA 3NUOA 2JYSA 5P6BA 5P6QA 5P7WA 3OUDA 3OGQA 5P2ZA 5OYXA 1YTHA 2UY0A 1NPAA 2HB3A 3SA3A 5P8EA 5KQZA 5I3XA 3VCMA 5P6MA 2AZ9A 5P4DA 4A6CA 5P7CA 4FM8A 4J1FA 2O4SA 5P1TA 5P88A 1MT7A 5DR3A 2AZBA 3GI6A 3LPJA 4J5JA 2ASIA 4ZSRA 5P2CA 5P0XA 5P73A 3TOGA 4QJ9A 4Y58A 1B6PA 4ACXA 1ENTE 1D4JA 1EPNE 2NMYA 5P3MA 5DGUA 5P8DA 5IVSA 3OY4A 5DQCA 3KF0A 1GVXA 1EC2A 3U7SA 3MXDA 3PWRA 1RV7A 4N00A 3KFNA 3TNEA 1XDHA 3TOHA 5P3EA 5OZIA 4RCFA 3LZYA 1EPRE 3D1XA 3PSUA 1GVTA 4I11A 1HPXA 5P2YA 5P6HA 3URLA 3B7VA 3OXVA 3L38A 3EL0A 3Q6YA 1A8GA 3SO9A 2ZJMA 1LZQA 2R3WA 5P7FA 5P63A 5I3YA 4DI2A 3UQXA 5P1IA 3K5GA 1W6IA 2WEZA 3QAAA 5EZZA 1QBRA 3S2OA 3IVHA 1GNOA 5P4LA 5P45A 1D4HA 4R8YA 3TOFA 2P3BB 1K6PA 1ME6A 3OXCA 5P3TA 5OZUA 2NTRA 2ZHTA 4R92A 5P5RA 5DR1A 5OZ6A 1IIQA 5P1GA 4Y9WA 4GZFA 2AQUA 3HAWA 2CEJA 1MPPA 4DV9A 2O4PA 4ZIPA 3SA5A 4K4RA 4DQHA 2QP8A 4DJXA 3D3TA 3LZSA 4KE1A 5P12A 4Y47A 4ZPFA 3UFLA 2AOJA 5P6LA 5P4JA 3UDHA 4LXMA 3UFNA 2PWCA 3SA7A 1PSNA 3INEA 1QDMA 3VYDA 4Y3RA 2QI6A 3LIZA 1PSOE 1VIJA 3OXWA 5P1KA 3RTMA 1ZP8A 5P10A 2F3KA 3HZCA 5P25A 1Z8CA 4DQBA 3LIQA 1C6XA 1UPJA 4Y57A 5TOLA 2ZJJA 3L5DA 4EQ0A 1TSQA 3EMYA 1NPWA 5HDVA 2FS4A 5OZ4A 5P0YA 4E43A 5P3UA 3MSJA 5P02A 5P6EA 5P3DA 4NPTA 4Y4TA 3EKXA 4Y3AA 3EXOA 2IGXA 4ZSQA 2F81A 4MC2A 4K9HA 5AH8A 2OHSA 3OTYA 4COEA 5OZXA 2AODA 3FIVA 4LAPA 4Y5NA 5P39A 2P4JA 5P2MA 4U8WA 1DMPA 2P83A 4OBGA 5P2HA 3T6IA 5BS4A 1ODYA 1APTE 4Y3YA 5SY3A 5P89A 2I4UA 1W5WA 3UTLA 5KR1A 5P0QA 5P7SA 2RKGA 2XFIA 1K6VA 2G1NA 5P6CA 3PLDA 5P1MA 3VV8A 2PWRA 3IGBA 1LF4A 1SMEA 1YM2A 3PBDA 3O9BA 3BRAA 1FQ7A 2I4WA 3N4LA 5OYSA 5P2RA 1D4KA 4NJUA 3NUJA 5P8HA 1F34A 5P82A 2PH6A 5P71A 2NNPA 3QRVA 3ZMGA 3D20A 5P4QA 5P8BA 1FG6C 2BPXA 3S53A 5P4SA 1MIQA 4Y54A 4ZPGA 4J1EA 5KOQA 4EYRA 2VIJA 5P32A 1B6JA 2BBBA 5P3IA 3URJA 5AHBA 1SDUA 5P8SA 2QI3A 3RSVA 1B5FB 4Y5LA 2Q5KA 5P08A 5P5LA 3OGPA 5ER2E 3CKRA 2B60A 3BXRA 3PWWA 4GJ9A 4DUSA 5OZWA 1DPJA 5P65A 1HEGE 3OQKA 4FM7A 4B0QA 1XE6A 2WF4A 3NU3A 2FGVA 5OZHA 1BBSA 5HDZA 4RYCA 1EPPE 4HDFA 4Y3PA 3UQRA 5P3VA 3DV1A 2XFJA 3UPJA 3VV6A 1K2BA 2HPFA 3FV3A 5P8QA 4OBZB 2PK5A 3OHHA 3CYXA 3WZ7A 3O9LA 3APPA 4Q1YA 5P5CA 1TCWA 3C9XA 5P29A 1APWE 3ST5A 3L5EA 4GJ6A 3VG1A 5OZCA 3OQDA 1C6ZA 1MT9A 1HSIA 5P00A 5HD0A 1WBKA 3ZPUA 1HVRA 3EKVA 3CKTA 3WB5A 3S7LA 3NDTA 4YD6A 3BGCA 3PB5A 4Y4EA 1ODWA 4QJ7A 3KFRA 3KDDA 1HIVA 5P04A 5P6JA 1BXOA 1M0BA 4RVIA 2G69A 2PYMA 5P8KA 4CPWA 5P8IA 3QS1A 4J0TA 4FSLA 2XYEA 3EKTA 5P8GA 5OZ5A 2PQZA 5OZ8A 4XX4A 3VYEA 3PSGA 1ZJ7A 1D4LA 4Z50A 5COKA 5P5KA 4NJVA 2Q3KA 2B7ZA 5P0WA 5HVPA 5E5KA 4GJCA 3QBFA 2ZYEA 3OADA 5P35A 4J17A 3IXKA 4KUPA 2R38A 1WBMA 3EKWA 1LS5A 4H3GA 5KQFA 5P4WA 3O9CA 5P6VA 5CLMA 2OHUA 1EAGA 3OAGA 3PRSA 5P81A 2ZJHA 4QJAA 2R5QA 2PC0A 1FGCC 5P0FA 4APRE 1K1UA 2O40A 3O9FA 4Y3HA 2PSGA 4L7GA 5P14A 4CP7A 5OZOA 3K5CA 2WF0A 1BDQA 3PMUA 4D83A 1HTGA 5P59A 5P1LA 5P5YA 5IS4A 3CKPA 3PWMA 3EL9A 4YD3A 2WF3A 1BVEA 1OD1A 4R95A 4RRSA 2ANLA 4J1KA 1APVE 3BUFA 4OBKA 4BELA 2AZCA 2A1EA 2QMGA 4KB9A 2F3FA 5P3WA 3D1YA 3K4VC 4Y3LA 4K8SA 3G72A 1MRXA 1MRWA 3TKWA 2EWYA 3BXSA 4LXAA 3LIVA 3GW5A 1ZSFA 3HLOA 5KR8A 1FQXA 5P6XA 5P6SA 5P4HA 5P6AA 1HIHA 2ZGAA 3HVPA 1GNNA 1TCXA 3R0YA 4XX3A 4EJDA 4AUCA 1KJGA 2NNKA 3CIDA 1C6YA 3LZVA 2PMAA 1FFFC 5OYZA 3SACA 1EPQE 5P8JA 3H5BA 3GGXA 4D8CA 4YE3A 2IENA 5SZ9A 5P44A 5T4SA 3I7EA 5P0RA 1QS8A 2QHYA 4RVXA 1M4HA 3SKFA 3PI5A 5P0LA 5P6GA 2OF0A 2QI0A 1FMXA 4Y5KA 1FMBA 2JJIA 5P6FA 1HVLA 5P17A 1SP5A 2NXLA 1MESA 4I0FA 1KJ7A 3VF5A 4X2LA 3NSHA 3ZPTA 5P7VA 4DJRA 5P3JA 2IQGA 4YD4A 3O9DA 1FMUA 2FMBA 4A4QA 1M43A 5IE1A 3RVIA 2OHKA 5P7LA 4DJOA 5P6PA 1K6CA 5P52A 5P6TA 5HU0A 4FRSA 4EXGA 5OZEA 5P3LA 2RENA 2IKUA 2VNMA 1B6KA 5ENMA 1CMSA 2ZE1A 3JVWA 1ODXA 5HCTA 3MSKA 2OHMA 5P3KA 5IVQA 5P86A 3TPJA 3GI0A 5OZBA 3K5DA 4EPJA 1LEEA 5P5VA 5P4XA 5P4RA 1LYBB 2FDPA 5P2XA 4I0JA 4DJWA 1E82E 4GIDA 5OYVA 5P3OA 4FL8A 1META 3S54A 2QMFA 4BEKA 5P05A 3ZKXA 3NDUA 1GVWA 2ER6E 4OBFA 4FIVA 5P7GA 3EM4A 4I0EA 3LINA 2FXEA 2I4VA 2B8VA 1HVJA 3DJKA 3O9HA 5P5BA 4XKXA 5P1SA 4B77A 9HVPA 5ER1E 1IDBA 1MUIA 2ZJNA 2QD7A 4FGXA 5P0HA 5KR0A 3INFA 5P8MA 5P6KA 1E80E 1HSHA 2QAKA 3OUBA 5P53A 5P7KA 3VFBA 2Z4OA 2P8HA 3A2OA 5KAOA 2WECA 6UPJA 5HE5A 1E5OE 4DVFA 2ZJKA 3KM4A 5P5GA 4L6BA 5P7QA 2UPJA 2OHRA 5P8UA 2FIVA 3OOZA 1GVVA 4CKUA 3GGUA 2RSPA 2I0DA 2QHZA 5P28A 1MTRA 4B70A 5P1ZA 3Q5HA 4GYEA 4EWOA 2V11C 4YDGA 2H6TA 3DCKA 4RLDA 1PPME 1MEUA 5P78A 2V16C 3FNSA 1IZIA 3TPLA 5P8NA 1SDVA 3GGVA 1APUE 3OQ7A 2ZHRA 5KQYA 3OUAA 5P1QA 1HTFA 3OU1A 1Q9PA 2QZLA 2QNQA 2J9JA 5P2LA 2V00A 5HDXA 5P4UA 5P1HA 3G70A 3MSLA 3UDJA 3OQFA 5HE7A 3SKGA 3O9LB 5DQ4A 4RRNA 5F00A 1HXBA 4Y5GA 3GI5A 3S43A 5P2OA 1SGUA 5P7IA 3CYWA 3PSYA 3ZKNA 5P5NA 3SA6A 2QNNA 4CPRA 1RNEA 3S56A 5P5IA 5P2EA 2F8GA 5P42A 4JP9A 4U7QA 4EJKA 4IVTA 5P0CA 2I4QA 3BGBA 3O9AA 3O9EA 5P1JA 5P06A 1FEJC 4CPSA 2BQVA 5P0PA 5OZ9A 4CPUA 2VJ7A 3U71A 4PPHA 2NXDA 5P4YA 1K2CA 5OZKA 4RGHA 1HIIA 1F7AA 5P6NA 3L58A 2OHPA 5P5JA 1ZBGA 4DJVA 1FLHA 1GVUA 2AVMA 2OHNA 2WEAA 5P54A 5OYWA 2FNSA 2HC0A 4WTUA 4PEPA 4Y3MA 1AVFA 1OEXA 1HPSA 7HVPA 2BKSA 2ZHSA 5P0EA 5P2UA 1QRPE 3UDMA 5P07A 1YTGA 4Y5MA 5P5FA 3O9GA 4ZE6A 4Y37A 1G6LA 1EPOE 4Y3GA 1PSAA 4Y4UA 5AHCA 4EP3A 5P61A 1OHRA 3EBZA 1T7KA 2QZKA 4XXSA 5P43A 1BAIA 4J1CA 4J0VA 2PSUA 4DJUA 5P8CA 5P4OA 3IA9A 5P8RA 3OUCA 3NDXA 5P0DA 2AVOA 4Y50A 1WKRA 4OD9A 5HDUA 1YM4A 3I25A 2ER7E 1HTRB 3SM2A 4I0GA 1DIFA 4DQGA 1EBZA 2BPYA 3ZKGA 4A6BA 4ER4E 5HU1A 4Y3SA 2O4LA 2G1SA 2V0ZC 4CPQA 4YA8A 4EJ8A 5P1YA 2FXDA 2G26A 4FRKA 2ZJIA 5P6WA 5P5SA 2AOGA 1XS7D 5C9BA 1TW7A 1KJ4A 1MT8A 5P0MA 2Q63A 5P5ZA 2OHTA 2IDWA 3DOXA 2VA7A 2BJUA 3SLZA 5P5HA 2F3EA 4FRJA 3EKYA 1XL5A 4TVHA 2R5PA 1D4YA 2JE4A 3S85A 3M9FA 1MSNA 1YT9A 4LHHA 5P15A 4CMSA 1ZSRA 1Z1HA 1FFIC 5OZJA 5P20A 5P5DA 2V12C 2QI1A 4ACUA 2WF1A 1TZSA 2JJJA 5P47A 1RL8A 4BFBA 1SDTA 2CEMA 5JODA 1D4IA 2MIPA 2QZXA 4Y4ZA 2HS1A 5AH9A 4B1CA 5P3QA 4OBJA 1LYWA 5P5QA 3K4VA 3GGAA 1MSMA 3QVCA 3HAUA 3JVYA 4WY6A 3SA9A 1HWRA 2QD6A 2QCIA 3FX5A 3NR6A 3OWNA 1KZKA 5P2NA 1ER8E 1W50A 1AXAA 5B18A 5P1DA 1LYAB 4H3IA 5APRE 4EHCA 2QI5A 4Y38A 1W6HA 5P0ZA 4EXHA 3DK1A 4APEA 1PFZA 5OZFA 5P11A 3ZOVA 3ZKQA 1E81E 5E5JA 4PHVA 3IXJA 5P0OA 5P2BA 4Y41A 3IXOA 5FIVA 3LZUA 3HBOA 3OU4A 1IZEA 3ZKMA 5BRYA 5P57A 1UH9A 5P0KA 2G94A 2FLEA 5OZ2A 3H0BA 4DJPA 2Z54A 2QHCA 5P50A 3R0WA 3TKGA 3UHLA 1EC3A 3PM4A 2IKOA 5P4TA 1BIMA 5P69A 1HVCA 4EJLA 4GB2A 5AGZA 5C9DA 3NWQA 1SGZA 4Y3XA 3I8WA 3OUDB 5OZZA 4UPJA 2P3BA 1XN2A 5P1NA 2G20A 3DUYA 3LNKA 4QLHA 4I0DA 1FG8C 5I3VA 4Y3DA 4JOOA 2QNPA 4LP9A 5P0GA 4I0ZA 1MTBA 5P1BA 3L3AA 5P3RA 5P4PA 2O4NA 1W51A 4Y5EA 5P4FA 2IS0A 4CPXA 5P0JA 1LF2A 4DQCA 1QBTA 1HVKA 4ER1E 2AVQA 2BB9A 4Z22A 1EBWA 5P3GA 4R91A 2VNNA 4Y3WA 1HVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOC A;  1K1T A;  1NSO A;  6APR E;  1BVG A;  2AOF A;  5P38 A;  5P2W A;  2B8L A;  2ZHU A;  4Y5P A;  5OZN A;  5P7B A;  4F75 A;  2OHQ A;  5OZ3 A;  3QVI A;  2P3D A;  1EC1 A;  3EKQ A;  4L7J A;  1CPI A;  2BPZ A;  4DFG A;  3BC4 A;  7UPJ A;  3OTS A;  5P79 A;  3EKP A;  3ECG A;  5I70 A;  2ZDZ A;  5P0I A;  4HA5 A;  4HE9 A;  1B5F A;  5P75 A;  4I0H A;  3KDB A;  3EM3 A;  5COP A;  5P83 A;  3T7P A;  2R9B A;  3R4B A;  2IGY A;  4J54 A;  3INH A;  4J1H A;  3FKT A;  5EZX A;  5BWY A;  1FB7 A;  1LYA A;  4NJT A;  5P4V A;  5P3B A;  4U7V A;  4OBZ A;  2B7F A;  4RVJ A;  3QBH A;  5P60 A;  4I0I A;  5P6Z A;  5P31 A;  3UQW A;  1PPK E;  4Y4X A;  3NWX A;  5P7O A;  5ISK A;  3PJ6 A;  4ZSP A;  5P1V A;  2HM1 A;  5P72 A;  1FF0 C;  5P3H A;  1HPV A;  1SH9 A;  4FS4 A;  3B80 A;  4Y4B A;  5P87 A;  3URI A;  5P26 A;  4AA9 A;  1GNM A;  4K4Q A;  5OYY A;  2UXZ A;  5DQ1 A;  2JXR A;  1B11 A;  4Y3F A;  3UDK A;  5P2T A;  4AMT A;  5IVR A;  3LIT A;  3U6A A;  3L59 A;  1MVP A;  3GI4 A;  4Y3J A;  3EL5 A;  5HCO A;  2G1R A;  3NUO A;  2JYS A;  5P6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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