2BQVA

Hiv-1 protease in complex with inhibitor aha455
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title A New Class of HIV-1 Protease Inhibitors Containing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimicking Scaffold.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2005-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bqvA00
4R5NA 5P0BA 5OZWA 2AZ8A 1BVGA 1ZJ7A 4TVHA 1K6VA 1T3RA 4ZSQA 5P38A 1Z1RA 1PPLE 3ER3E 1J71A 1HPXA 2QMDA 2ZHVA 3KDDA 2AOEA 3S7MA 5P6PA 5P8KA 3O9BA 4D83A 1CMSA 2QP8A 2WEBA 5DR4A 3WZ6A 1IVPA 5P12A 1MTRA 5OZ1A 5I3XA 5P4IA 2PSGA 3NDWA 3PLLA 5OZVA 5ISJA 5JG1A 2ZJJA 4LXAA 1YTGA 3TKWA 5COOA 5OYRA 2A4FA 5ER2E 3QRVA 1TW7A 3BVBA 1QBSA 3LIQA 3TOGA 2OHPA 3UDYA 4YD6A 4DJRA 4ZEAA 1ZSFA 3RVIA 4Y44A 5P8MA 3CYXA 1SMEA 3LPJA 3ZPTA 2BKTA 5P1XA 3OQDA 5P5VA 1HPSA 2QI3A 4HDFA 5P3UA 5P74A 1XL5A 5P08A 1VIJA 5IVTA 1HVHA 5P7XA 3H0BA 3NU4A 4DPIA 4EXGA 3QRSA 1DP5A 1QBTA 2RKGA 5P27A 5OYSA 1HPOA 1YTIA 3VYFA 4YCKA 3AIDA 3PWWA 4EQJA 1UH9A 4EPJA 5OZFA 1EC3A 5P7EA 5P7QA 3H5BA 3SM2A 1GNMA 5P49A 3L58A 2Z4OA 5P58A 1LF2A 3LIYA 4GJCA 4PZXA 3ZKXA 3INHA 4H3JA 3PJ6A 5P15A 5OZAA 4LL3A 5P11A 3VV7A 3NWXA 4QJ8A 2Q63A 3EL4A 3ZL7A 3N4LA 5P4BA 1SGUA 5AHAA 3UFLA 1B6KA 4QJ6A 4X7IA 1EC0A 4FSEA 5P45A 2JJJA 5DR1A 1GVTA 3Q3TA 4CPSA 5P0EA 2HC0A 4J54A 1AZ5A 2VJ7A 3LITA 5P7TA 5HU1A 3OTYA 3EKPA 2I4VA 4NJSA 4ZSMA 4J17A 5P5WA 5P4AA 2NXDA 2ER9E 3QRMA 2R3WA 4YD3A 2FXDA 2IS0A 5P82A 2AVMA 2PQZA 1IDAA 5P7HA 3UDRA 2PH6A 1MPPA 1HSHA 3U71A 2I4UA 4F74A 4GJBA 2AOJA 1MESA 1MRWA 3G70A 4J0VA 4NKKA 3TPJA 1K1TA 4R93A 4D8CA 2VA7A 4DVFA 5E5KA 2PSVA 4Y3XA 5OZIA 4YHQA 2AIDA 4FRSA 2Z54A 1META 1JLDA 5P5LA 4Y50A 1FQ6A 4Y4TA 2B60A 5P2CA 3SKGA 1IDBA 2FIVA 1FMXA 2OHRA 2ZHRA 3UDQA 1LYAB 4ZE6A 1YTJA 5SXNA 3NDUA 4Q1NA 1HVJA 3KYRA 5P61A 4ZIPA 2G69A 3MXDA 4L7HA 4DQCA 2P3BB 5OZTA 3D1YA 2B42A 5OZXA 2PSUA 2P3DA 5P3BA 4CPXA 5P69A 5P0OA 2F80A 4RZ1A 1EC2A 5OYUA 5P3XA 4Q5MA 3NUJA 4DQFA 1HIVA 3HAWA 5P7LA 4CPWA 3LHGA 4Y57A 3PMUA 5P6WA 2PMAA 6APRE 2HS2A 3LIVA 2NMYA 3LZUA 2ASIA 3TKGA 5P4OA 2ZJHA 4I1CA 1E81E 2Q5KA 3KF0A 4ACXA 3Q5HA 5CONA 5P0NA 5AH7A 2NXLA 5P5UA 2VIJA 3DJKA 1EPLE 5P03A 1APVE 2OHNA 3OAGA 4Y4WA 3EKXA 2QHYA 4QJ7A 5C9FA 2G1NA 4J55A 1NPWA 2RSPA 5P1SA 3PWMA 1HXBA 2AOGA 1M0BA 3T6IA 4RLDA 1BV7A 2R5PA 4Z50A 4MC9A 4I8ZA 3DCKA 1LZQA 3QP0A 5C9DA 5P4FA 3F9QA 4Y3EA 2PWRA 5P7OA 2NR6A 5OYXA 2BPYA 1SDUA 1AIDA 2WEAA 3IAWA 1IZEA 1BVEA 4CKUA 4M8YA 3OHHA 5P5TA 3KDBA 3FKTA 1AVFA 2NMZA 1T7KA 3I8WA 4YD5A 1MT8A 2WEZA 2IGYA 2IQGA 4Y54A 3ZKGA 3MWSA 3OWNA 4NJVA 3LPKA 1A9MA 3L38A 3UDHA 3LZSA 1B6PA 5P30A 2OHUA 3QS1A 5P81A 1M4HA 2WL0A 4FLGA 5P2OA 1BDRA 3CICA 4JECA 4XXSA 2O4LA 5HD0A 1HOSA 3UPJA 4FS4A 3UDJA 1UH8A 1MSNA 2QCIA 5P42A 3SKFA 3OADB 4DI2A 1OEWA 2O40A 4OBHA 4APRE 7HVPA 1XE5A 3G72A 4Y5NA 4GJ5A 1SGZA 5P1YA 2WECA 5P0WA 4BELA 1EPRE 4TVGA 3FV3A 4YDFA 4Y4UA 1MT9A 5APRE 4Y3QA 2ER0E 5P26A 3CKRA 5P02A 2FGVA 3QVCA 1YG9A 3ZKQA 1MIQA 4FM7A 2PC0A 5B18A 1ENTE 4RRSA 4Y3TA 2F8GA 1FQ5A 4DQHA 5P83A 2IDWA 5P5JA 5P72A 2IRZA 2H6SA 3EKQA 4IVSA 5HTZA 3DM6A 4H3FA 1CZIE 5AH6A 3ZOVA 3BUHA 1FMUA 3ZLQA 1NPVA 4FAFA 3T7PA 5BRYA 4AA9A 2WHHA 4J1HA 4Y3HA 1BIMA 1NPAA 1IBQA 2ZHUA 5P3WA 5P8NA 5KR8A 3URIA 2QZWA 3IXOA 5ISKA 1FG6C 1QS8A 4FRJA 2XYEA 3HVPA 2I4XA 3EKTA 2P3CA 4D88A 4LC7A 1HVRA 5P4NA 2BPXA 4J0TA 2J9JB 4TRYA 5P1EA 2OHMA 3HDKA 5P1AA 1YT9A 5AH9A 4HE9A 5P4TA 1PSNA 4RCFA 4DJPA 3ZMGA 3DK1A 2AQUA 5DGWA 1MUIA 3CIBA 4OC6A 1MERA 1LV1A 5P0YA 3OGQA 1HVLA 4Y5LA 3GW5A 5P7SA 5P24A 3DUYA 5KAOA 5P85A 1OEXA 3BGBA 5P3LA 3D1ZA 1FQ4A 5P0QA 2J9KA 4DJUA 4NPTA 5P41A 3BRAA 4Y43A 5OYVA 4B0QA 5P6MA 3HLOA 5P7NA 5P6RA 5OZ9A 1FB7A 1ZSRA 1KJHA 3L3AA 1BILA 4RVXA 1ZP8A 4WTUA 1T7IA 1OHRA 4H1EA 5OYTA 5ENKA 4HDPA 3O99A 2AOHA 3K4VA 5P3IA 4Y5GA 2Q11A 3NR6A 4Y37A 1SBGA 4AUCA 3OXXA 1ZBGA 3SA3A 3SO9A 5P1DA 3DV1A 4EP3A 5P88A 4AA8A 4DQGA 5P6UA 4CPQA 1HTEA 4R92A 3NDTA 4YBIA 4I0JA 5P5FA 4FRIA 1BV9A 1BXOA 3L59A 4KE1A 5P07A 3BUFA 2FXEA 1K2CA 4KUPA 5P5NA 3PHVA 5P6HA 4QJ2A 3MSJA 5I3VA 3U7SA 3SQFA 5P2HA 2V11C 3L5DA 1SH9A 3SAAA 3PCWA 2O4NA 3S45A 1PROA 1IZIA 3OU3A 5OZUA 1LF4A 4Y35A 4RROA 4ER4E 3SA7A 5P2FA 1K1UA 2VNNA 5P8IA 1FEJC 1W5WA 5P33A 1HHPA 1PPKE 3LNKA 5P6DA 3VSWA 3OU4A 1EBZA 3EL1A 5P3VA 5P8VA 5P7ZA 3S7LA 3O9LB 4DJYA 1ZTZA 3ZKMA 3S54A 3GI6A 5P7WA 4YA8A 2OHKA 2ZJIA 2FDPA 5P1RA 3UTLA 5JFPA 4GIDA 3OQAA 4Y3JA 5P8GA 1AXAA 4PHVA 4J1FA 1QBRA 5P6ZA 2RKFA 3WZ7A 1RQ9A 4A6CA 4Y6MA 5HCOA 5P31A 5P7UA 5BWYA 3FIVA 2AOIA 5P3FA 1LEEA 1K6TA 4DQBA 1FQ7A 3GGAA 5P3MA 4FRKA 1XE6A 1TSQA 3SLZA 4Y3PA 4OBKA 3BHEA 4HVPA 3NWQA 2ANLA 3I2LA 1EEDP 5P4YA 5P5DA 3JW2A 2QU2A 5OZDA 1UPJA 2QHCA 1GNOA 2ZJMA 5P80A 3UQRA 3SABA 3R0YA 4YCTA 4CP7A 3TL9A 3NYGA 4R91A 4YBFA 2XFKA 4QLHA 5P35A 5OZPA 4L1AB 5P87A 3PRSA 1D4KA 3INDA 2JYSA 4Y51A 5P7PA 5P4CA 3R0WA 5P7MA 5P5OA 1LS5A 3K5FA 3L5CA 2AVSA 1SIPA 3KFSA 3L5BA 5P6JA 4OD9A 4Y5MA 3OQ7A 5P6NA 3O9IA 2AVQA 2I4QA 4A4QA 4ZSRA 1W50A 4U8WA 5P2XA 5P2BA 1A8KA 5P65A 2WJOA 3OUDB 3NXEA 4EHCA 1XS7D 1EPOE 5OYZA 1VIKA 2ER7E 4I0DA 5P7RA 1HVSA 5P8DA 5OZZA 1C6ZA 3ST5A 3VCMA 5P1NA 5IVSA 5P3HA 3IN3A 5P1KA 5I3WA 1B11A 5KR2A 2FMBA 1E82E 5IVQA 4EWOA 4LP9A 3QBHA 3CKTA 5P32A 5P6LA 1FKNA 1YTHA 3APRE 3PBZA 5P5KA 1LYWB 1IZHA 4Y4XA 5P6TA 3OOZA 4LBTA 3SA5A 2VJ6A 3EC0A 4Y3WA 2IKUA 4FIVA 4B1DA 1AJVA 4DJOA 3VSXA 4RCEA 3KT5A 3BVAA 2I4WA 3I25A 4GB2A 4Y3NA 1XL2A 1RNEA 3PEPA 4J1EA 4X2LA 4LXKA 4RCDA 5P8LA 2WF4A 1XN3A 2CEMA 2XYFA 5OZOA 1LYBA 4GZFA 2R9BA 5SY2A 5P55A 2B8LA 3MSLA 5OZRA 4OBZA 5P3EA 5OYWA 3DV5A 2G94A 1T6GA 4PZWA 3RTHA 5P29A 2QI5A 3EMYA 3B80A 4Y39A 5P0KA 5P7YA 2AOCA 1BAIA 5P6OA 3INEA 3OU1A 4DJWA 5P47A 2ZYEA 2QHZA 5P3ZA 4Y5CA 3UDKA 2QAKA 4D85A 4RVIA 1BXQA 4QJAA 5P3QA 4ZLSA 5P1LA 1E5OE 4Y5BA 3S43B 3VF3A 5P0AA 3VFAA 5P6QA 1BDLA 1B5FB 4Z4XA 5P0GA 5P48A 4Z2ZA 4Y3SA 2R8NA 2P3AA 3SA6A 1GVVA 4OBJA 2OHSA 5P3OA 3VV6A 2CENA 5P2SA 4I8WA 3VLAA 2QNQA 5P0XA 1Z8CA 5P1PA 5P3YA 2OAHA 1A8GA 4YOBA 2VA6A 4DH6A 1FGCC 3OK9A 5DQ4A 2ZHSA 5E5JA 4ACUA 1WBKA 5P63A 4KB9A 2VJ9A 4HZTA 2A1EA 3EM3A 4GJ8A 5AHCA 5P53A 2G1YA 2WF2A 2QK5A 3QPJA 3EKVA 2O4KA 1TCXA 1HEFE 3EM6A 5P6SA 5P3DA 5P3RA 5DR8A 3OXWA 5P89A 1FLHA 4U7VA 1HVCA 4F73A 3O9CA 3TTPA 4LXMA 3D20A 3UQXA 1SMRA 2AODA 5P2AA 3KT2A 3UQUA 1EPQE 5P0FA 4HA5A 5OZJA 2AVVA 1EBWA 3O9FA 5P09A 4J1IA 1BWBA 2V0ZC 1HIHA 2NXMA 5C9BA 1D4HA 1SP5A 2Q3KA 3IXJA 2QMPA 1K2BA 3KMYA 4Y3RA 4ZSPA 3SA8A 4Y5KA 3BUGA 2H6TA 3A2OA 5P1TA 5P7GA 4GMIA 2ZGAA 3L5FA 4DUSA 4J0YA 3OUCA 5KQFA 1D4IA 3CIDA 2IL2A 4GYEA 5P0ZA 4F75A 3OQFA 4MC2A 5P3TA 1DAZC 5DR0A 5OZ3A 5P0MA 3Q6YA 5P62A 1HRNA 4YDGA 1ER8E 5P5IA 1MRXA 3HVGA 3D3TA 2PK5A 1EC1A 2QU3A 1K6CA 2BJUA 3PMYA 2FNSA 3CYWA 3ER5E 4Y4AA 1NH0A 1B6LA 1A30A 1GKTA 3TPLA 6UPJA 3JVYA 3FNTA 4EJKA 5AGZA 5KOQA 2Q15A 5P78A 1TQFA 3LIXA 3NXNA 5P7KA 4I12A 3VLBA 2FS4A 3TLHA 5P8SA 4CPTA 1FQXA 5DR3A 4ZPFA 2QZLA 2NPHA 5P2QA 1HBVA 3O9LA 5P76A 4DPFA 3N3IA 3S85A 5P2VA 5CLMA 4XX4A 2BKSA 2OHLA 3VYEA 3QIHA 2QMGA 2QI7A 4Y56A 5P4ZA 5KQZA 5OZ7A 4GJ9A 5P7AA 3U6AA 5OZLA 4DV9A 3KFRA 5OZEA 4RRNA 5P43A 5P4GA 1DPJA 5P71A 5P8JA 4WY1A 3GGXA 3WZ8A 1EPME 1AM5A 4JP9A 5P6CA 3S2OA 2VA5A 2VIZA 2ER6E 2XFIA 3OXCA 1AAQA 4Y3MA 5P2WA 1DIFA 5P0HA 2V10C 3FX5A 3VF7A 3ZKSA 3HAUA 2G1OA 5P36A 1M43A 3O9AA 3PM4A 5OZ8A 4L6BA 2HIZA 4JPEA 3PSUA 5P5EA 5P2KA 2QD6A 5P8RA 4H3GA 3BXSA 3WB5A 2G20A 5ER1E 4FCOA 1APWE 1QBUA 1NSOA 1PFZA 5P3AA 4K9HA 5P5CA 3FSMA 4QGIA 5PEPA 3IGBA 5P67A 4FSLA 4OBFA 5P05A 1AJXA 2WF0A 3RTMA 3QAAA 5P6IA 1IZDA 3OUDA 3OUAA 2G1RA 2HAHA 1GVWA 5P8FA 2HPEA 5P2RA 1SDVA 4Y3AA 3VYDA 1D4LA 3NU5A 2FDDA 5HVPA 4FAEA 3GI4A 5P2UA 5P04A 5IE1A 1T6EX 2WEDA 4FL8A 2Q55A 3G6ZA 5HE4A 4ER1E 4JPCA 3KN0A 5P79A 2BB9A 2APRA 4CPRA 5HDZA 5DQ2A 5P17A 2I0AA 2WF3A 1B6JA 3OHFA 4M8XA 5P52A 4F76A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R5N A;  5P0B A;  5OZW A;  2AZ8 A;  1BVG A;  1ZJ7 A;  4TVH A;  1K6V A;  1T3R A;  4ZSQ A;  5P38 A;  1Z1R A;  1PPL E;  3ER3 E;  1J71 A;  1HPX A;  2QMD A;  2ZHV A;  3KDD A;  2AOE A;  3S7M A;  5P6P A;  5P8K A;  3O9B A;  4D83 A;  1CMS A;  2QP8 A;  2WEB A;  5DR4 A;  3WZ6 A;  1IVP A;  5P12 A;  1MTR A;  5OZ1 A;  5I3X A;  5P4I A;  2PSG A;  3NDW A;  3PLL A;  5OZV A;  5ISJ A;  5JG1 A;  2ZJJ A;  4LXA A;  1YTG A;  3TKW A;  5COO A;  5OYR A;  2A4F A;  5ER2 E;  3QRV A;  1TW7 A;  3BVB A;  1QBS A;  3LIQ A;  3TOG A;  2OHP A;  3UDY A;  4YD6 A;  4DJR A;  4ZEA A;  1ZSF A;  3RVI A;  4Y44 A;  5P8M A;  3CYX A;  1SME A;  3LPJ A;  3ZPT A;  2BKT A;  5P1X A;  3OQD A;  5P5V A;  1HPS A;  2QI3 A;  4HDF A;  5P3U A;  5P74 A;  1XL5 A;  5P08 A;  1VIJ A;  5IVT A;  1HVH A;  5P7X A;  3H0B A;  3NU4 A;  4DPI A;  4EXG A;  3QRS A;  1DP5 A;  1QBT A;  2RKG A;  5P27 A;  5OYS A;  1HPO A;  1YTI A;  3VYF A;  4YCK A;  3AID A;  3PWW A;  4EQJ A;  1UH9 A;  4EPJ A;  5OZF A;  1EC3 A;  5P7E A;  5P7Q A;  3H5B A;  3SM2 A;  1GNM A;  5P49 A;  3L58 A;  2Z4O A;  5P58 A;  1LF2 A;  3LIY A;  4GJC A;  4PZX A;  3ZKX A;  3INH A;  4H3J A;  3PJ6 A;  5P15 A;  5OZA A;  4LL3 A;  5P11 A;  3VV7 A;  3NWX A;  4QJ8 A;  2Q63 A;  3EL4 A;  3ZL7 A;  3N4L A;  5P4B A;  1SGU A;  5AHA A;  3UFL A;  1B6K A;  4QJ6 A;  4X7I A;  1EC0 A;  4FSE A;  5P45 A;  2JJJ A;  5DR1 A;  1GVT A;  3Q3T A;  4CPS A;  5P0E A;  2HC0 A;  4J54 A;  1AZ5 A;  2VJ7 A;  3LIT A;  5P7T A;  5HU1 A;  3OTY A;  3EKP A;  2I4V A;  4NJS A;  4ZSM A;  4J17 A;  5P5W A;  5P4A A;  2NXD A;  2ER9 E;  3QRM A;  2R3W A;  4YD3 A;  2FXD A;  2IS0 A;  5P82 A;  2AVM A;  2PQZ A;  1IDA A;  5P7H A;  3UDR A;  2PH6 A;  1MPP A;  1HSH A;  3U71 A;  2I4U A;  4F74 A;  4GJB A;  2AOJ A;  1MES A;  1MRW A;  3G70 A;  4J0V A;  4NKK A;  3TPJ A;  1K1T A;  4R93 A;  4D8C A;  2VA7 A;  4DVF A;  5E5K A;  2PSV A;  4Y3X A;  5OZI A;  4YHQ A;  2AID A;  4FRS A;  2Z54 A;  1MET A;  1JLD A;  5P5L A;  4Y50 A;  1FQ6 A;  4Y4T A;  2B60 A;  5P2C A;  3SKG A;  1IDB A;  2FIV A;  1FMX A;  2OHR A;  2ZHR A;  3UDQ A;  1LYA B;  4ZE6 A;  1YTJ A;  5SXN A;  3NDU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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