3EXOA

Crystal structure of bace1 bound to inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Identification of a small molecule beta-secretase inhibitor that binds without catalytic aspartate engagement.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3exoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3exoA02
3OOTA 1RPIA 3UQRA 5P2RA 1A8KA 2JJIA 5UPJA 4M8XA 5P7PA 2VIJA 5P27A 3RVIA 2AOGA 4Y4TA 1NPWA 2I4VA 3NU4A 5P40A 3ZPSA 3I6OA 1LYBB 2QD8A 3URJA 5P10A 3SA9A 5KOQA 4Y44A 4I0DA 5P0OA 4Y45A 4Y5GA 3UDJA 3R4BA 1EC0A 2ZHUA 4D8CA 5P09A 1FIVA 2IGYA 1EPQE 5P1RA 3I2LA 5P6TA 1YTIA 3BHEA 5P12A 5P8VA 1MIQA 5OZXA 3GGUA 3OU4B 3G70A 5P5WA 1B6LA 1UH8A 1DPJA 3TH9A 5DR0A 2AOJA 4RCDA 4Y4EA 4CPRA 5JODA 4Y4GA 4YBIA 4EPJA 1J71A 3OTYA 4I0IA 3R1GB 3VSWA 2VNNA 4GJ9A 1TW7A 4MC6A 2CEJA 3KFPA 4K9HA 5P7CA 5OZOA 1C6ZA 3KFNA 5ENMA 2B7FA 3LPIA 3TOHA 1XL2A 4Y43A 2G24A 5ISJA 3Q5HA 3U71A 1HVKA 4B1CA 1M0BA 3GW5A 5P5HA 1OEXA 3SLZA 1MSNA 4APEA 3PWRA 1QBRA 2AOFA 4YA8A 3TPJA 2IKOA 1K2CA 5P1XA 3NDUA 4ACUA 4ZE6A 2NNPA 1EC2A 4OBJA 1BVGA 1B11A 2B8LA 2XFKA 5P7MA 1FQ5A 4MC9A 4QGIA 3SA3A 3KFSA 5I70A 5P5XA 3OAGA 5P6PA 4YDGA 1LF3A 1LF2A 1GNOA 1FGCC 3CYXA 4I10A 5P28A 4I1CA 4B05A 5P3XA 3NXEA 3KF0A 2B7ZA 2P3CA 2G1RA 3OTSA 3VV7A 5P2GA 3EM3A 3KT5A 4Q1XA 1SIPA 5P4AA 1YTGA 2OF0A 5P0DA 2P3BA 1GVXA 4HZTA 2V11C 2R38A 5P89A 4CPWA 3VV8A 2RENA 1UH7A 1PPME 3B7VA 3SA5A 5P63A 1PPKE 5COKA 1HTEA 2Q11A 3TL9A 5P4ZA 5P62A 2O4SA 1HIVA 2I4UA 5OYWA 5P5RA 3WZ8A 5P5CA 1KZKA 2AODA 5P3VA 5P55A 4DQFA 1DW6C 2ANLA 2I0AA 2WECA 1BAIA 1CZIE 1YM4A 5P26A 2FXDA 3SKFA 5P3WA 2IKUA 3R2FA 5P2JA 5P1DA 1C6YA 5HDZA 3KMYA 4J0ZA 2V00A 5P4WA 4WY1A 4D83A 4Y3RA 3H0BA 5COPA 4OBGA 4PEPA 2F3FA 5P51A 1HTRB 3DJKA 3UDKA 1EBZA 1OHRA 1W51A 3K1WA 1HEGE 1C70A 5P6YA 1MTBA 1SH9A 1APUE 1BXQA 5C9DA 1G2KA 3QBHA 5P8OA 2PK5A 5P6LA 3NSHA 3PGIA 3EL5A 5SXNA 1ZTZA 5P1BA 5P78A 5P7XA 5P58A 4YD4A 1BILA 1HXWA 3KMXA 3QN8A 1SDUA 3FKTA 5DR3A 4Z50A 3MXDA 4QJ7A 2VS2A 1PSAA 2A1EA 5P7LA 2FS4A 3ER3E 2QI0A 5P3TA 2OHQA 4EJ8A 5P39A 1BDRA 5P6BA 2PWCA 4DI2A 2ZJLA 4EP2A 5P2AA 5P8DA 4OBFA 2ASIA 2QHCA 3HVPA 3CIDA 5P71A 3MWSA 3IGBA 3IVIA 5DQCA 2QNPA 4DJVA 1HPXA 4Y3HA 4Y4UA 5ER2E 3ZPTA 3T3CA 1Q9PA 4EXHA 5P3JA 4J0PA 5P8EA 4DQCA 2I1AA 5P7RA 4I0GA 4IVSA 5P1SA 1FF0C 4A6BA 3Q70A 2VJ6A 5P8SA 4Y37A 2BB9A 3ZLQA 5P4HA 3F9QA 3OADB 3QPJA 4DH6A 2QMGA 3S53A 5P4VA 5P45A 3CIBA 4LHHA 5DR1A 5P0NA 5P6OA 3TLHA 1BWAA 5P4UA 1SGZA 2F3KA 1EPRE 2PSUA 5P4MA 1LYBA 1ZJ7A 4MC1A 2G94A 2OHUA 2NXMA 1FQ8A 5P54A 5P65A 1MT9A 3EKPA 4Y9WA 3O9EA 4UPJA 5P6SA 3UQXA 4L6BA 3NUOA 4BFBA 1HXBA 4Y38A 1GKTA 3OUBA 3DUYA 2G1OA 4Y3EA 4DVFA 4B1DA 2BJUA 5P4LA 3S8IA 5P76A 2R43A 1T3RA 1T6GA 5P15A 5P30A 4BFDA 4DJRA 4Y5KA 4YD3A 3OU4A 5APRE 3UQUA 3I25A 1IDAA 2QMFA 4F74A 5P5PA 2P4JA 5P6VA 2FLEA 3OUDB 5P60A 5P1VA 2BKSA 3MSJA 3OQFA 5P3GA 1IZDA 1HPSA 3QVCA 5P1OA 5BS4A 5P8AA 1C6XA 3S7MA 4BEKA 4Y6MA 5P2LA 3QVIA 3SABA 3PCZA 1B5FB 5P48A 4Y3YA 1GVUA 1FG8C 1D4JA 3O99A 4R8YA 5P7BA 1EPPE 3O9BA 3LIZA 3T7PA 1WBKA 5OZHA 4OC6A 2I4DA 3O9LB 4YD5A 2R8NA 4Q1NA 2HB3A 5OZPA 5ISKA 2O40A 1LYWB 5P1MA 2FDEA 4CPTA 5P5YA 1XL5A 3DK1A 3PHVA 3VYFA 5P7UA 1K6CA 3PJ6A 1E80E 4ZPFA 3OXCA 1Z1RA 3T7XA 1FQ4A 1ZAPA 2ZHVA 2O4LA 5P0RA 5P3ZA 1G6LA 3SM2A 3BUGA 4XX3A 4DJQA 3VEUA 4MC2A 3LZSA 5HE5A 1ZSFA 2CENA 4OBKA 1T7JA 2AVVA 1PSOE 4L1AB 4HDBA 4Y5AA 4HE9A 3FSMA 5P7YA 3NLSA 5P5EA 4ZPEA 5HU0A 5P64A 3RSVA 3LZYA 4QJ6A 3IAWA 3VFAA 2QU2A 1E81E 3I8WA 1EBWA 1IZIA 2P3DA 3SQFA 2NMYA 5P0UA 3N3IA 1Z8CA 1G35A 3LPJA 4AUCA 5P2SA 5P0QA 4PHVA 2FNSA 3A2OA 4Y3JA 5P7FA 5OYRA 5DQ1A 1MESA 4LC7A 1W50A 5KQYA 5AH7A 2G22A 3ST5A 3WSJA 3K4VA 5P1WA 2BPWA 4J5JA 5P37A 1ODYA 1EBYA 5P0SA 4JPCA 4TRWA 2AZCA 3IXJA 3QRSA 1MT8A 3OY4A 5P07A 5P81A 1IBQA 5KR1A 3MSLA 4FAEA 4YD6A 2WKZA 1HSIA 3PSGA 3RSXA 4FM8A 5P7JA 3RTNA 3NU6A 5P2FA 3TKGA 3LZUA 5P6ZA 1GNNA 2RSPA 5P1HA 4CPSA 1IIQA 3T11A 3IN4A 5P4GA 2PK6A 3VSXA 3KA2A 2Q3KA 5P03A 3UTLA 2O4NA 1RQ9A 4HLAA 2VJ9A 4RGHA 3BUHA 3UPJA 4J0VA 4YD7A 4APRE 5P3MA 2Q15A 3O9DA 3OQ7A 2WJOA 5DQ5A 4OBDA 5P3HA 3FV3A 4ZSRA 5P0KA 3INDA 2XFIA 5P77A 3SA4A 5P8IA 5P7AA 1IZEA 2ZHTA 5KQFA 5P2XA 4BELA 4Y5PA 1HVLA 1FFIC 4RVJA 4I0ZA 5P4NA 2HC0A 4JECA 1EC1A 3BVBA 5HCTA 2QI3A 3CKPA 5I3VA 5P79A 5P67A 5P3FA 5P16A 3PCWA 5P2IA 2ZJKA 2G1NA 4OBZB 3ZPUA 5P0XA 4I11A 4I8WA 3EM6A 2JYSA 2PYMA 3OK9A 1SBGA 2J9JB 5P5AA 2BPXA 5OZCA 1A30A 3EC0A 2UPJA 4Y3NA 2RKFA 4TRYA 1SDVA 4I8ZA 3BGBA 4R95A 5P35A 4ACXA 1BDLA 4Y53A 5EZZA 4ZSPA 3O9HA 1TCXA 4KE0A 3ZKGA 1KJGA 2VIZA 2R9BA 3NDTA 5KQZA 1XN2A 1BV7A 4ZSQA 4Y3FA 5OZQA 3B80A 3OQKA 5P7KA 5P3EA 5P4XA 1UPJA 3NYGA 1MT7A 2R3WA 3EL9A 2P83A 4FE6A 4Y5EA 1MRWA 4X2LA 5DQ2A 2VIYA 1MSMA 5P8LA 5ER1E 5FIVA 5P8BA 3HAWA 1W6HA 2BPZA 3O9IA 3IVHA 3S56A 1LV1A 5P8HA 3LITA 5OZZA 3AUPA 5P2MA 3WZ7A 2RKGA 2ZGAA 5P4OA 5P87A 5P5OA 1A8GA 5P6CA 2HB2A 4KE1A 4Y35A 4J55A 5P17A 4B1EA 1B5FA 3PB5A 5OZ9A 5HTZA 1HVJA 4HDPA 4Y47A 4EP3A 2F3EA 4YDFA 5P1GA 3CYWA 2QZKA 5P3YA 1MTRA 3TTPA 3FIVA 2FMBA 2P8HA 5P43A 1LYWA 3T6IA 4Y3XA 4Y3MA 4Y56A 5P5TA 3SM1A 3S7LA 1K1UA 4RLDA 1LYAB 3SACA 2B60A 3ZL7A 2AOCA 2XYEA 1META 3URIA 5OZBA 5P88A 4J1KA 3TPRA 1XE5A 4Y3AA 1AZ5A 1KJHA 4Y4BA 2I4WA 5P1UA 3GGVA 1BWBA 3HVGA 5COOA 4FIVA 5OZ7A 3DM6A 3M9FA 5P3DA 3Q4BA 5HD0A 3PEPA 4FAFA 3UFNA 2NNKA 2G69A 5P31A 5P1KA 4J0TA 2F8GA 5P5KA 5AH8A 4L1AA 4N00A 4GJ5A 5BRYA 4NJVA 5OZ8A 5T4SA 1E82E 2O4PA 3IXKA 2G20A 3KFRA 2Q64A 4LBTA 2OHMA 3OXXA 2G27A 3EL0A 3WB5A 3GI5A 5OZ3A 4R5NA 3GI6A 5OYQA 3SA6A 3GI0A 4HEGA 2ZJMA 4D89A 5P7IA 4FRKA 1FQ6A 5P1JA 5DQ4A 2XYFA 3PI0A 4NPUA 4NJTA 5P1TA 1QBSA 2QK5A 1FG6C 3ZKXA 1ZP8A 4Y54A 1HEFE 3KYRA 3PSYA 5AGZA 5P7OA 3R0YA 3L5EA 2QMPA 2ZYEA 3BRAA 5P8KA 3LNKA 2PSVA 3PBDA 6UPJA 1APWE 4Y50A 4NJUA 5IVSA 4Y3PA 5OZAA 5HU1A 4J1FA 3OQAA 3D1XA 3KN0A 1CMSA 1RL8A 3L59A 3KDBA 5OZJA 2HIZA 5P2OA 5OZIA 5P1QA 3PVKA 4LXAA 5E5JA 5P3BA 5P1EA 8HVPA 1VIJA 1NPAA 3OHHA 4QJ9A 4CPXA 1ZPAA 5P4IA 5P4YA 3OGQA 1K2BA 2FDPA 4L7HA 5BWYA 3S43B 3LPKA 3U6AA 4PZXA 4DJUA 3EKQA 3APRE 3VV6A 4Q1WA 3K5GA 4ER2E 1B6PA 1ENTE 1APTE 4FS4A 5P5LA 5P68A 5P4KA 5P0WA 5P6RA 1LS5A 2ZE1A 3S54A 3INEA 1BIMA 2VA5A 5AH9A 1D4LA 5HE4A 4FRJA 3NUJA 4GJ7A 3LIYA 4QLHA 4J1EA 4Y4DA 3O9FA 3HLOA 3VF7A 5OZFA 3DV1A 2OHNA 1W5XA 1HVCA 1VIKA 5P7GA 3JVWA 5P6QA 3VCMA 4A4QA 2G1SA 1DMPA 1NPVA 1FMUA 3SPKA 4TRZA 5F00A 3RTHA 5P1YA 5OYVA 2AZ8A 5DGWA 2QCIA 4GJBA 3SA7A 1FQXA 1ZSRA 5EZXA 5P5JA 2QZXA 5P6KA 2PWRA 2FGVA 2IQGA 5OZNA 2IL2A 4Y3SA 4R92A 5AHAA 2WF2A 3PLDA 5IVQA 2NPHA 4OBZA 1BVEA 3L5CA 5P4SA 4ZIPA 4K4PA 3EXOA 2SAMA 4U8WA 5P4TA 1U8GA 3OOZA 2AOEA 2V10C 3L5DA 2ER6E 3G72A 3OUCA 5KOSA 5P2UA 4NPTA 3ZKNA 1WBMA 4EWOA 3IXOA 2P3AA 5SZ9A 2G26A 5P7QA 4LAPA 3ZKQA 5P6DA 4Y39A 5P7TA 3QP0A 1Z1HA 2G21A 3QROA 3GGAA 2A4FA 4B70A 5P0ZA 3EKVA 5OYUA 2NXDA 3SFCA 5OZYA 2WL0A 3EKTA 3O9CA 3KDDA 2IDWA 4Y3ZA 5P1AA 3BC4A 5ENKA 2AOHA 2IGXA 1ZBGA 2HS1A 4GJAA 2B42A 4EJDA 5P80A 3EBZA 5P6AA 4GJ6A 4RZ1A 5P53A 5P2WA 2O4KA 5P8QA 2QNNA 5DPZA 4AZYA 2OHTA 9HVPA 3PRSA 1EBKC 5P05A 4XX4A 4LL3A 4Y5NA 1OD1A 1XN3A 4GB2A 5P02A 1YT9A 4YCTA 2JXRA 5P0PA 4Y36A 3L3AA 5KAOA 3DV5A 1KJ7A 4ZEAA 3LINA 2V13A 1IDBA 5OYSA 5P8CA 5P57A 2HPEA 1PPLE 5P3LA 2CEMA 5P6HA 1F34A 3LHGA 3BGCA 3OWNA 2JE4A 2OAHA 4Y4WA 2HS2A 1LYAA 5CLMA 3ECGA 1HHPA 3ZOVA 3PWWA 5IVRA 3INFA 4FGXA 4FM6A 5P13A 4GMIA 5JFUA 4DJWA 4TVHA 1XDHA 5P4EA 2QAKA 3MXEA 5P8JA 2Q54A 1IVPA 1FMXA 2NR6A 2I0DA 5P6GA 1M4HA 2PH8A 4CP7A 1LEEA 3UFLA 3OXWA 5HDXA 2PQZA 4AA8A 1HPVA 2ZHSA 4Y51A 3EL1A 1HOSA 5P6MA 3UDHA 3OHFA 4FSLA 5P8GA 5P1FA 2VKMA 3EMYA 5KR8A 2BBBA 1AAQA 5P2QA 5P83A 2Z4OA 5P2CA 3INHA 3ER5E 1BV9A 2OHPA 1HBVA 1HTFA 1DIFA 3UDNA 3LIXA 1AM5A 2PYNA 5P18A 4Y3WA 5P8NA 4FLGA 3QAAA 3NDWA 5P49A 3VUCA 5P1CA 3PMUA 4U7QA 3GGXA 1EC3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OOT A;  1RPI A;  3UQR A;  5P2R A;  1A8K A;  2JJI A;  5UPJ A;  4M8X A;  5P7P A;  2VIJ A;  5P27 A;  3RVI A;  2AOG A;  4Y4T A;  1NPW A;  2I4V A;  3NU4 A;  5P40 A;  3ZPS A;  3I6O A;  1LYB B;  2QD8 A;  3URJ A;  5P10 A;  3SA9 A;  5KOQ A;  4Y44 A;  4I0D A;  5P0O A;  4Y45 A;  4Y5G A;  3UDJ A;  3R4B A;  1EC0 A;  2ZHU A;  4D8C A;  5P09 A;  1FIV A;  2IGY A;  1EPQ E;  5P1R A;  3I2L A;  5P6T A;  1YTI A;  3BHE A;  5P12 A;  5P8V A;  1MIQ A;  5OZX A;  3GGU A;  3OU4 B;  3G70 A;  5P5W A;  1B6L A;  1UH8 A;  1DPJ A;  3TH9 A;  5DR0 A;  2AOJ A;  4RCD A;  4Y4E A;  4CPR A;  5JOD A;  4Y4G A;  4YBI A;  4EPJ A;  1J71 A;  3OTY A;  4I0I A;  3R1G B;  3VSW A;  2VNN A;  4GJ9 A;  1TW7 A;  4MC6 A;  2CEJ A;  3KFP A;  4K9H A;  5P7C A;  5OZO A;  1C6Z A;  3KFN A;  5ENM A;  2B7F A;  3LPI A;  3TOH A;  1XL2 A;  4Y43 A;  2G24 A;  5ISJ A;  3Q5H A;  3U71 A;  1HVK A;  4B1C A;  1M0B A;  3GW5 A;  5P5H A;  1OEX A;  3SLZ A;  1MSN A;  4APE A;  3PWR A;  1QBR A;  2AOF A;  4YA8 A;  3TPJ A;  2IKO A;  1K2C A;  5P1X A;  3NDU A;  4ACU A;  4ZE6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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