3IN4A

Bace1 with compound 38
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Di-substituted pyridinyl aminohydantoins as potent and highly selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3in4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3in4A02
2PYMA 4Y5NA 5KQFA 5AHBA 4JPCA 4I0JA 1NH0A 3PMUA 4FGXA 3BUHA 2B7ZA 3OXVA 5OYYA 5P5PA 4J1KA 4DQGA 3NUOA 3ER5E 5P8SA 1FG8C 4J55A 5P2XA 1FKNA 3PLLA 5P7YA 3O9FA 2BPXA 4Y3DA 5OZIA 3CYWA 5HE5A 1SIPA 5P48A 1Q9PA 4Y39A 5P79A 4MC1A 2F3FA 1HVHA 2VA5A 5P6NA 5P4AA 4GZFA 4DJYA 1GVWA 3TPPA 3JVWA 3O9IA 5P4HA 4E43A 4FIVA 5OZ4A 2Z4OA 5IE1A 5P7OA 1TQFA 1T7IA 4RVXA 1E82E 5DQ5A 5P3UA 4Y56A 5P0NA 4Y4TA 3VV7A 5P6KA 3PWRA 2G1YA 1SIVA 5P3DA 5P39A 1YTGA 3PHVA 2QI3A 5HE4A 5P1QA 2G26A 3NU4A 5P73A 3LINA 1HOSA 2XYEA 1G2KA 4Y36A 2VA6A 2VNNA 5OZ2A 1M0BA 1EEDP 4Y47A 5P6ZA 3NR6A 4ZSPA 5APRE 1BIMA 3QRVA 3S53A 3KDCA 4FL8A 3K1WA 1LYWA 5OYTA 3SKGA 4L7JA 2ZJIA 4ZIPA 5CONA 3IVIA 3AIDA 4YA8A 5P2FA 3SLZA 1E81E 4EPJA 1HBVA 2NXMA 2QZWA 5TOLA 1NPAA 5P7PA 1MUIA 1EC3A 1FFIC 4A6CA 4DH6A 2NTRA 4NJVA 2NR6A 4N00A 2PC0A 4DI2A 2I4VA 1UH9A 4I0EA 2G69A 5P6VA 1BVEA 1Z1HA 1APUE 4NKKA 4Y3SA 3F9QA 4WTUA 4Y5PA 2CENA 3TOHA 2OF0A 4QJ8A 5P08A 5P7IA 1B5FA 3Q70A 3O99A 4YD4A 3S2OA 5P71A 5HCTA 3S7LA 3O9AA 4RCDA 3NDTA 1SMEA 2ER0E 4XKXA 4F74A 3IXOA 2P83A 4IVTA 2V16C 5P4QA 3TKGA 5E5KA 5P3WA 1SDUA 3RU1A 2VIJA 4DJUA 3GGAA 3CKPA 2FNSA 1NPWA 4Y4AA 4QJ6A 1ZSRA 3BVBA 5P03A 4EJLA 1DW6C 1HIVA 1MVPA 5OZMA 2QAKA 4AMTA 2QNNA 3KMXA 3PI5A 1HPSA 1MT9A 3S7MA 4DQEA 4I8WA 3N4LA 1KJFA 5P5OA 5P3TA 4OBKA 5P8HA 3D91A 3PWMA 5P28A 3UPJA 2I0AA 4Y5LA 1W5YA 5P3IA 1JLDA 1LYAB 2QMPA 3OOTA 2O40A 5P63A 5DQ4A 2J9JB 1XN3A 5P12A 5P6GA 3DCRA 4BELA 1DMPA 1ODWA 3WZ8A 3GI4A 1BBSA 3UFNA 5P0EA 4RYGA 1D4SA 3TPLA 1K6CA 5P0OA 2OHPA 3INHA 5P8MA 3SACA 4D83A 3K5GA 5HDVA 2AVVA 5P2WA 1APWE 1M4HA 3B80A 1BDLA 5P00A 5OZ0A 4APEA 5OZ7A 3L38A 5DQ2A 2IGYA 2IL2A 3VSXA 1T7KA 5P6LA 3KT5A 4GB2A 5P19A 3OTSA 4B1CA 5P3ZA 5BS4A 1SGUA 3INEA 3ZPTA 4Y41A 3NDUA 1OD1A 2FXEA 3L59A 4B00A 1EC0A 1HTFA 3IXKA 5P50A 4BEKA 1MRXA 3VFAA 5P1BA 5P2JA 5P2NA 2O4LA 3KM4A 5P17A 3TNEA 3EL4A 4Y3WA 3LZYA 5P6PA 3UQXA 2VS2A 2G20A 5P87A 3LNKA 3MSJA 2I4DA 2PWRA 7HVPA 5DQCA 1E80E 4R95A 4J17A 5P60A 1EPLE 5P6AA 2NMZA 3U6AA 1NSOA 4RROA 5P23A 5OZQA 3BHEA 4GJ5A 3HVPA 4PZXA 3NWQA 5P5ZA 5P8UA 5OZVA 1OHRA 3QS1A 3UCBA 2HB2A 4Y3ZA 5P57A 4WY1A 2B60A 4B78A 1GKTA 3BUFA 1G35A 4Y3EA 3DM6A 3INDA 5P2VA 1RL8A 3ST5A 2NPHA 2VIEA 3UHLA 1VIJA 2AZCA 5OZLA 3BVAA 5P47A 2B42A 1HVKA 5P6HA 1ME6A 5P4ZA 3EKXA 1D4JA 3L5DA 5P3PA 5P3JA 3URLA 2R8NA 2FGUA 4BFDA 1QBUA 1LV1A 4OC6B 5BWYA 1GVXA 4R91A 5OZUA 2ZDZA 3TKWA 2F3KA 5P1VA 3ZKNA 1HXBA 2FNTA 4CPWA 2HB4A 3NXEA 3HLOA 1BWBA 3APPA 1HSGA 3OQFA 3ZKIA 4FCOA 5P8NA 4RVJA 5HD0A 1IBQA 1META 2BPZA 5P3LA 5KOQA 4X2LA 5DR4A 5P5NA 3KN0A 8HVPA 3G72A 5P67A 2AOGA 5P72A 4LHHA 1YG9A 4I0ZA 2Q64A 2IQGA 2R43A 4YE3A 3BRAA 5P36A 4EP2A 4J0YA 5P46A 2Q11A 2BPWA 1J71A 3HD8A 5P7JA 4DJRA 4DVFA 4Y4EA 3T3CA 5P5JA 5SZ9A 3MXDA 1SGZA 2QHCA 4I1CA 5P11A 1ZAPA 4H3JA 1FEJC 3SKFA 3DUYA 3FIVA 4Y3FA 2IS0A 5P7DA 5P2OA 2VJ6A 3TOFA 3EL1A 3OUDB 1C6ZA 4D88A 4FRKA 5P1DA 3SA8A 4QGIA 3IGBA 5DR3A 5P69A 3ER3E 3KDBA 5DGWA 1D4YA 4Y3LA 2BPYA 3ZKXA 2NNKA 3LIZA 2OHKA 1GVVA 5P53A 3SM1A 3K4VA 4YHQA 4I0DA 5P7KA 5CLMA 4EXHA 3ZPSA 4B70A 3UDMA 5P1UA 5KR8A 2QU3A 1GVUA 1BDRA 4Y5BA 3OAGB 5P5VA 1G6LA 4KB9A 2AZ8A 2P3CA 4YBIA 3L5CA 1CMSA 4F76A 4LL3A 4MC6A 3UDQA 3BC4A 2RKGA 4PHVA 1WBKA 2QMFA 4CPSA 4YCYA 2R5PA 3LPJA 5P4VA 1HEGE 1FGCC 3OHFA 4UPJA 3CIDA 3UQRA 1AJXA 1D4IA 2F81A 3DV1A 3QBHA 1XDHA 4J5JA 3U7SA 5P35A 1BV7A 4TRWA 5P0QA 5P89A 1FG6C 5P05A 2HIZA 1IVPA 1FMUA 1HEFE 5P27A 2IGXA 5EZXA 5P86A 5OYWA 3BXSA 2B8VA 4ZPEA 2G94A 3HBOA 5P4DA 1OEXA 1W5XA 2V13A 2HB3A 2AOHA 3IA9A 5P2UA 1UH7A 1YTIA 3U71A 4R93A 2ZHVA 4ZSQA 5P55A 4FRJA 2PYNA 3O9EA 5P2MA 1HVCA 3PLDA 5P5KA 2OHLA 5P3SA 2FIVA 4HDPA 3CICA 2QD6A 1EC2A 3OU3A 3I2LA 1LYWB 5P7NA 5P85A 5OZXA 5P14A 1YT9A 5P09A 5P5RA 3QN8A 4K4RA 1A8GA 4HDFA 1ZBGA 4ACXA 2ER7E 1KJHA 1RV7A 2IDWA 5SY2A 4QJAA 4JPEA 3LZVA 5P7SA 2ZHRA 5P4GA 1AIDA 4GJ6A 1W5WA 5P8KA 3EKYA 3KFPA 5P7QA 4DV9A 3UDKA 3APRE 4EWOA 4ZPGA 2QNPA 3D20A 4L1AA 3WB4A 2AOJA 4M8YA 1D4HA 3G70A 2ZGAA 3QRMA 6UPJA 3NU6A 3VF7A 3KDDA 5P8PA 5P0TA 5P75A 2HAHA 4YDGA 1B5FB 5P5MA 4XX4A 4Z2ZA 5KQYA 2AOCA 3UDPA 2R5QA 4DFGA 3D1XA 5HVPA 5P0HA 5IVRA 3S85A 5KQXA 3OQ7A 2BKSA 3PBDA 1DIFA 5P1AA 4GJAA 5KR1A 5OYSA 5P04A 1B6JA 1EPOE 4D89A 4FM7A 5P6RA 3OXXA 4Y44A 3D1YA 1APVE 5P2GA 4FSLA 3JW2A 4J1HA 4NJTA 4ER2E 2R3TA 3S56A 5P66A 5P0XA 5P8OA 5P0IA 3TPJA 2XFKA 1ZTZA 4J0PA 5P7HA 5P1ZA 3I7EA 2AVOA 2PMAA 5P1XA 3PCZA 5P0PA 4YBFA 3BGCA 2PH8A 2G21A 1TCXA 3NDWA 5OZ3A 5OYQA 3RVIA 3WSJA 2WF2A 5P4BA 1HIIA 5ER2E 2QI1A 5JODA 3T7QA 2P3BA 5I3VA 1IZIA 2H6TA 5P26A 3NXNA 3QVIA 4Y4GA 2Q3KA 1TSQA 5P1YA 2FLEA 4Y3XA 5P6TA 4OD9B 2PSVA 5P2ZA 1OEWA 4FM6A 2Q54A 5P7GA 4Y3HA 3SM2A 5P5EA 1IZEA 1PFZA 5P4SA 4LC7A 5HCOA 4XXSA 4A4QA 5P30A 5P0ZA 2R38A 4RGHA 3UDNA 4Y5KA 2ANLA 5P7CA 1IVQA 4YD5A 4Y6MA 3RTNA 3ZKQA 5P74A 5P54A 4RZ1A 4B0QA 1AVFA 5P8JA 5P32A 2QZKA 2IEOA 4J0VA 5OZSA 4Y58A 1PSNA 4Y4WA 3KF0A 4J1EA 5OZHA 4HLAA 5P4JA 5P3YA 2G1RA 5I70A 3SFCA 3IN3A 5P5DA 4F73A 4H3IA 2G27A 3NUJA 4TVGA 2Q5KA 5P0FA 2PK5A 2IKOA 1AXAA 3C9XA 5P1TA 3TLHA 5OYXA 3FNUA 3OADA 2FS4A 7UPJA 4RLDA 3PM4A 5IVSA 5P2IA 1AAQA 3DJKA 5P4YA 1MPPA 4Y57A 4ER1E 4LBTA 5P0VA 2ASIA 2QI7A 5COKA 3VSWA 2JYSA 1W6HA 4HZTA 2FMBA 3EKTA 5P84A 2O4SA 5P4LA 3CYXA 4QJ2A 5P4WA 1GNNA 2I4QA 4Y5AA 2BPVA 6APRE 4Q5MA 4RCFA 3EKQA 2V00A 5BRYA 4Y3GA 4B05A 3EXOA 3K5CA 4CMSA 5P68A 5P8LA 2ZJLA 5P3CA 4U8WA 3CMSA 3VFBA 2G1OA 5P5TA 1HVSA 4B1EA 1DP5A 5P24A 1A9MA 3HVGA 3SA3A 2MIPA 1BILA 5P1SA 4Y3MA 2HS2A 3L5EA 4I8ZA 4EP3A 4PYVA 1QRPE 4DJPA 5P4PA 1DAZC 3GI6A 4HEGA 3OOZA 5P3VA 4K4QA 1LEEA 4M8XA 1XL2A 2ZHTA 1KZKA 3L58A 1FQXA 2HS1A 1HVIA 2F3EA 3Q4BA 3VYDA 4Y4UA 3KFRA 5P7TA 1TZSA 5F00A 2WECA 5P5CA 5OYUA 1HVRA 1MSNA 4DPFA 5ENMA 1MERA 1K6PA 5P33A 4HA5A 4J1IA 5P6EA 3URJA 2OHQA 4NPUA 1YM4A 4OBZA 5AH7A 1FIVA 5COPA 3IN4A 4OBDA 1HHPA 5P1GA 3UDJA 2QI4A 1HVJA 5P3AA 1FQ5A 4PPHA 3SPKA 2XYFA 1RQ9A 2I1AA 5P4IA 3ZKGA 2FDPA 3TH9A 5P2LA 3ZL7A 3HW1A 5P7UA 4U7VA 1FQ8A 1MT8A 5P18A 3OUCA 3RTMA 3NSHA 1NPVA 1B6MA 3ZPUA 4OBGA 4Y4BA 2WEZA 5JG1A 5P76A 3ZMGA 2V10C 1FB7A 1ZLFA 5P6JA 3PWWA 1ENTE 2WKZA 5P8RA 2OHSA 3BXRA 4I0GA 5P4FA 2A1EA 2PH6A 5KOSA 5HU1A 5P6FA 3OXCA 2OHNA 5P4CA 1T3RA 3M9FA 3ZKSA 3K4VC 4NPTA 2PSUA 1XE5A 2AZBA 4FM8A 5P25A 5P70A 5P7VA 9HVPA 3SA5A 3QROA 5DQ1A 1LYBA 1SMRA 1EPRE 3ECGA 4EQJA 5OZNA 3OU1A 5P15A 5P5IA 1PROA 4QJ9A 2WJOA 3OTYA 5OZCA 2AQUA 4H3FA 2G1NA 1QDMA 4R5NA 5P0SA 1LS5A 3LZUA 3QVCA 3URIA 2VNMA 5OZWA 4RCEA 1ZPAA 3ZOVA 3SA6A 2UY0A 4K8SA 2BBBA 2V12C 2JJIA 5FIVA 1W50A 1EAGA 1Z1RA 1HTGA 3CIBA 5P1MA 1IIQA 3QIHA 3PEPA 5P6DA 5OZBA 3A2OA 3S43A 1T7JA 4TVHA 1SDVA 6FIVA 3UTLA 1XN2A 1A94A 5P0RA 4I0FA 4K4PA 1N49A 1W5VA 5P6XA 4CPTA 4CPRA 2QD8A 4I12A 3SQFA 5P8QA 4GIDA 3DOXA 1HTRB 1EPQE 4I0HA 5P0YA 4L6BA 1AM5A 2OAHA 2APRA 2PSGA 3MSKA 1EPNE 5KQZA 5P2RA 4Y4JA 4DJOA 3ZLQA 3BUGA 3R0YA 4LXKA 4J1FA 2EWYA 5HU0A 5P0BA 5P2EA 5OZ8A 1MIQA 1QBSA 2FXDA 4KE0A 4DQHA 1FF0C 2BJUA 1EBYA 1PPME 2OHMA 4KE1A 5I3XA 5DR1A 3Q3TA 1LZQA 4GJ7A 2ZJJA 5P10A 1XS7D 4S1GA 4EJDA 3WZ6A 2WEDA 2H6SA 3GGXA 4DJVA 3UFLA 4RYCA 5HDXA 1IDAA 4CPQA 5P6CA 3I6OA 1CZIE 3TPRA 1E5OE 5OZ5A 4LP9A 1EBWA 3WB5A 2V11C 2QI5A 3L5BA 5IVQA 5OZKA 4L1AB 5P4NA 4Y43A 5P37A 3OQAA 3LIVA 3PB5A 4CPXA 5OZPA 2WF3A 3EKWA 3KA2A 4X7IA 4COEA 5ISKA 2PQZA 5P3FA 3AUPA 5P6BA 3UQWA 3PI0A 3KMYA 4ZPFA 3RSXA 1B6PA 5P5AA 4JOOA 5P02A 5P7MA 5P3OA 5HTZA 5P7WA 3NWXA 1MTRA 4B1DA 4LXAA 1MRWA 2QMGA 1ODXA 3OK9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PYM A;  4Y5N A;  5KQF A;  5AHB A;  4JPC A;  4I0J A;  1NH0 A;  3PMU A;  4FGX A;  3BUH A;  2B7Z A;  3OXV A;  5OYY A;  5P5P A;  4J1K A;  4DQG A;  3NUO A;  3ER5 E;  5P8S A;  1FG8 C;  4J55 A;  5P2X A;  1FKN A;  3PLL A;  5P7Y A;  3O9F A;  2BPX A;  4Y3D A;  5OZI A;  3CYW A;  5HE5 A;  1SIP A;  5P48 A;  1Q9P A;  4Y39 A;  5P79 A;  4MC1 A;  2F3F A;  1HVH A;  2VA5 A;  5P6N A;  5P4A A;  4GZF A;  4DJY A;  1GVW A;  3TPP A;  3JVW A;  3O9I A;  5P4H A;  4E43 A;  4FIV A;  5OZ4 A;  2Z4O A;  5IE1 A;  5P7O A;  1TQF A;  1T7I A;  4RVX A;  1E82 E;  5DQ5 A;  5P3U A;  4Y56 A;  5P0N A;  4Y4T A;  3VV7 A;  5P6K A;  3PWR A;  2G1Y A;  1SIV A;  5P3D A;  5P39 A;  1YTG A;  3PHV A;  2QI3 A;  5HE4 A;  5P1Q A;  2G26 A;  3NU4 A;  5P73 A;  3LIN A;  1HOS A;  2XYE A;  1G2K A;  4Y36 A;  2VA6 A;  2VNN A;  5OZ2 A;  1M0B A;  1EED P;  4Y47 A;  5P6Z A;  3NR6 A;  4ZSP A;  5APR E;  1BIM A;  3QRV A;  3S53 A;  3KDC A;  4FL8 A;  3K1W A;  1LYW A;  5OYT A;  3SKG A;  4L7J A;  2ZJI A;  4ZIP A;  5CON A;  3IVI A;  3AID A;  4YA8 A;  5P2F A;  3SLZ A; 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 3TOF A;  3EL1 A;  3OUD B;  1C6Z A;  4D88 A;  4FRK A;  5P1D A;  3SA8 A;  4QGI A;  3IGB A;  5DR3 A;  5P69 A;  3ER3 E;  3KDB A;  5DGW A;  1D4Y A;  4Y3L A;  2BPY A;  3ZKX A;  2NNK A;  3LIZ A;  2OHK A;  1GVV A;  5P53 A;  3SM1 A;  3K4V A;  4YHQ A;  4I0D A;  5P7K A;  5CLM A;  4EXH A;  3ZPS A;  4B70 A;  3UDM A;  5P1U A;  5KR8 A;  2QU3 A;  1GVU A;  1BDR A;  4Y5B A;  3OAG B;  5P5V A;  1G6L A;  4KB9 A;  2AZ8 A;  2P3C A;  4YBI A;  3L5C A;  1CMS A;  4F76 A;  4LL3 A;  4MC6 A;  3UDQ A;  3BC4 A;  2RKG A;  4PHV A;  1WBK A;  2QMF A;  4CPS A;  4YCY A;  2R5P A;  3LPJ A;  5P4V A;  1HEG E;  1FGC C;  3OHF A;  4UPJ A;  3CID A;  3UQR A;  1AJX A;  1D4I A;  2F81 A;  3DV1 A;  3QBH A;  1XDH A;  4J5J A;  3U7S A;  5P35 A;  1BV7 A;  4TRW A;  5P0Q A;  5P89 A;  1FG6 C;  5P05 A;  2HIZ A;  1IVP A;  1FMU A;  1HEF E;  5P27 A;  2IGX A;  5EZX A;  5P86 A;  5OYW A;  3BXS A;  2B8V A;  4ZPE A;  2G94 A;  3HBO A;  5P4D A;  1OEX A;  1W5X A;  2V13 A;  2HB3 A;  2AOH A;  3IA9 A;  5P2U A;  1UH7 A;  1YTI A;  3U71 A;  4R93 A;  2ZHV A;  4ZSQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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