1DMPA

Structure of hiv-1 protease complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Aspartyl proteinase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Improved cyclic urea inhibitors of the HIV-1 protease: synthesis, potency, resistance profile, human pharmacokinetics and X-ray crystal structure of DMP 450.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dmpA00
1BDLA 2QZXA 4CKUA 4HVPA 5P3FA 6APRE 2QK5A 4WY6A 5P04A 2QZWA 3EKVA 1IZDA 5P2DA 5P1IA 1QS8A 3PB5A 3PI5A 4FS4A 5OZIA 3VLBA 3ZL7A 5P3MA 4ZLSA 5OZVA 2PH6A 2AOHA 1A30A 3OU1B 3FKTA 1XE5A 5P5JA 3KT2A 3DOXA 3SA7A 4ER2E 4YCYA 2QD6A 5SZ9A 1E5OE 2I4XA 3DUYA 1FFFC 4EYRA 2P3BA 2IGXA 1YTGA 1EC3A 1APTE 4LL3A 5P8RA 4Y58A 5I3XA 3EM3A 1EPPE 3RVIA 3OQ7A 5P1CA 2CENA 5P81A 4A6CA 3CYWA 4RYCA 5P16A 3B7VA 1QBSA 1W5XA 4YOBA 1W5VA 2VIJA 4I0JA 3DM6A 5P0SA 4H3IA 1ZTZA 5P1TA 4PZXA 4DJPA 1K6TA 2FDDA 4YHQA 4J1IA 3LIQA 3TLHA 3KFSA 5P5MA 4F73A 1B5FB 3DV5A 5P62A 4DQGA 5P4LA 2R3TA 1YX9A 5AH6A 5P5WA 3PCZA 4B00A 4FAEA 1HPSA 4J1FA 5P38A 1APUE 2QZLA 1MTBA 3BUGA 2WF2A 5OZPA 1BBSA 1Z1HA 3OHHA 2FNTA 4J1EA 4YD7A 1EPRE 3RTNA 1GNMA 4DJRA 4NPUA 4OBFA 5P7NA 2ASIA 5P5CA 2BKSA 5P66A 2R8NA 5IVSA 2BKTA 3U6AA 4DJQA 3VFAA 5P03A 5P46A 1FMBA 1HOSA 2G24A 4R95A 5P8VA 3QN8A 4EXHA 2F80A 2VIEA 1YTJA 4KB9A 3ER5E 5P00A 5P25A 5P3GA 4IVTA 4Y5BA 4OBGA 5P2OA 5SY3A 3PWMA 1SH9A 5P1ZA 5P0GA 5P8EA 4R93A 5OZEA 5P45A 2B8VA 1ZSFA 3FSMA 3UPJA 2OHSA 3LPIA 2QAKA 5P4TA 1GNOA 2AZBA 4HLAA 5P7DA 5P3QA 5P2KA 4LAPA 2Q11A 5P74A 4OC6A 1EPOE 3UDKA 4Y5KA 4Y3SA 3RSVA 1LYAA 3K4VA 3L5DA 3O9HA 5COPA 5P5BA 2HB3A 1HPOA 4OBDA 5KQXA 5P3VA 5OZ9A 4BELA 1ZPAA 3LZVA 5P1DA 3PWWA 4JECA 2PQZA 4YDGA 2XYFA 4YD4A 5KR0A 4GJCA 5OYXA 1CZIE 2G21A 3IGBA 1E82E 5DGWA 4JOOA 2PYMA 4GZFA 5P7HA 4GB2A 1W6IA 1EEDP 5P5VA 4MC9A 4Z2ZA 3VF7A 1SDTA 2NXLA 2JJJA 4OBHA 4B05A 5P6WA 2UY0A 4RCFA 5P1WA 1MT7A 2ZJIA 4K4RA 3EKYA 1K2CA 2EWYA 4Y4GA 5OZ5A 5P8HA 5P1GA 3SA5A 3R4BA 1PSAA 3BGCA 2ZJKA 4DH6A 2G26A 4R5NA 3VG1A 4JP9A 5P4YA 5P6NA 5P6BA 2ZGAA 3HLOA 3PBDA 3NSHA 4GJBA 5TOLA 3MXDA 2BPWA 5P0IA 5P63A 3QAAA 4RCDA 5P6SA 2AOIA 1QBUA 4I11A 1ZP8A 5P4NA 4DV9A 2G27A 1T6EX 4DJWA 3INEA 5P34A 4Y43A 2HIZA 3BC4A 4GJ7A 5P8TA 4FM6A 1ZSRA 7HVPA 4Q1XA 3IVHA 4YBFA 1MERA 3HVGA 3HDKA 3TKWA 2O4PA 5P1UA 1ZPKA 5P6EA 2NXDA 3PGIA 5HCTA 4GJDA 1LV1A 1WKRA 1A8GA 1QBTA 5P3CA 5P0RA 3EL5A 4TRZA 3PVKA 2BPZA 1IBQA 5P0AA 2R9BA 1HIVA 1U8GA 4EXGA 2Z54A 1W5WA 4OBZB 4OD9A 4GYEA 5P8UA 1FQ8A 5P6HA 4Y4ZA 2BPXA 3QRSA 3INHA 1D4IA 3L3AA 5HU1A 5CLMA 4KE1A 5P3PA 3K5DA 3SFCA 1PSOE 3CICA 3L38A 5P87A 5BRYA 5ISKA 2QZKA 5P1HA 1FKNA 3DK1A 5P68A 5P4KA 2PSGA 3C9XA 2RKFA 1XDHA 5DR4A 3VLAA 5OZLA 5P6GA 4YOAA 2WHHA 3QROA 3TKGA 5P65A 1TZSA 5P1NA 1META 5P7CA 4COEA 5P4PA 5ENKA 4Y3DA 5P88A 4ZPFA 3BHEA 3TPJA 1AJVA 2P3DA 4RYGA 3HZCA 1FEJC 1HTFA 5P8LA 3ST5A 4Q1NA 2AVMA 3TPLA 5P4ZA 4I0DA 3SA8A 3PBZA 1ME6A 5P4DA 5P2ZA 5P5SA 2I4DA 3BUFA 3FX5A 1FQ7A 3OADB 1A8KA 5P82A 2P4JA 4I0FA 2ZHSA 4CPXA 3OAGA 5IE1A 3O9BA 5AH9A 2XFKA 2IGYA 2IL2A 4ZPGA 1TCWA 5HDXA 2CEMA 5AH7A 5OZ1A 3TNEA 2QMDA 3L5FA 5OZOA 5P3TA 5P1AA 3VF5A 2F8GA 3O9GA 1XE6A 5P1EA 4ZEAA 1EAGA 3QRMA 3VEUA 3QIHA 4I0HA 2G1OA 5P5RA 3VV8A 1A9MA 1BXOA 6UPJA 1K2BA 3ZPSA 2IQGA 5COOA 1MEUA 2ZHUA 5P80A 4U7QA 1VIKA 5DR0A 5OZFA 3NU9A 1HSIA 4H3GA 4H3JA 5P1KA 5P2TA 1OHRA 5OZ2A 4E43A 4CPTA 5P20A 2O4LA 3D20A 5P43A 2O4NA 5EZXA 5JFUA 2B60A 3OUAA 1DIFA 5P5PA 2Q3KA 3KMYA 5P42A 4WTUA 1FQ5A 5P48A 5OZXA 2AVSA 5OZYA 1BV7A 2FS4A 2ZJLA 1YT9A 5P0KA 3BRAA 5P02A 5OZSA 5P0NA 1ODYA 5P70A 4Y4UA 4FRSA 3BVBA 3PWRA 3OQAA 5HU0A 4I1CA 3MSLA 1FMXA 5HVPA 1D4JA 3LINA 4DJYA 4X2LA 5P7SA 1SDVA 4XXSA 5P2XA 1MIQA 2P3BB 3H0BA 5OYSA 5JFPA 5P0MA 3I2LA 3ZPTA 3AIDA 2RSPA 4J55A 5P6XA 1HEGE 3TOHA 4CPUA 5P61A 5AH8A 5P8NA 2WJOA 4GJ6A 5EZZA 4J0VA 1MUIA 5ENMA 5P57A 4UPJA 2JE4A 4QGIA 5COKA 5OYYA 1NPAA 4DQEA 5DR8A 3SAAA 3UQXA 2B42A 3KDCA 5P7OA 5OYRA 1LEEA 3BUHA 3KFNA 2XFIA 2BQVA 2WEAA 5P5FA 5KAOA 2HS1A 3PM4A 3ZKGA 2VNMA 2Q54A 4DJUA 1SBGA 2FGUA 3Q5HA 5BWYA 5C9BA 1BVEA 5P4VA 5HD0A 5P4UA 2QHYA 4Y3PA 4Y3JA 4MC6A 5IVTA 3EKTA 3TPRA 4DPIA 4Q5MA 3S53A 5P5LA 1APVE 3VYFA 5P5NA 3OXVA 5OZ7A 2WF3A 2QMGA 5P2EA 4RRNA 5P85A 2VA5A 1NSOA 5P8KA 5OZGA 2VKMA 3K1WA 4JPCA 5HE4A 4Y4XA 4L7HA 2NNPA 1SIVA 3GGXA 3ZKNA 1MRWA 1SGZA 3RTHA 4Y4BA 1KZKA 1YM4A 3EXOA 3IVIA 4QJ9A 2QHZA 3ZKMA 3EM6A 4HDFA 5P29A 4AZYA 1UH7A 5P4EA 3WB5A 5P2BA 1HHPA 3HVPA 4Y5MA 2OHRA 1NPVA 3OOZA 1T7IA 4LBTA 4OC6B 1HTGA 1CPIA 3OTSA 5P10A 5P28A 3S54A 5P56A 1LYAB 1OD1A 5P3NA 5P7WA 4D8CA 3JVWA 4RVJA 3G70A 5P7LA 3NLSA 5P6AA 2VIZA 3MSKA 3OOTA 5OZBA 3SA9A 3ZMGA 5P4BA 5ISJA 3KDDA 5KR1A 4I8WA 4J17A 2R5PA 1RPIA 1FQ6A 1ENTE 4EHCA 3QP0A 5P6CA 5P84A 3EL0A 2G20A 1B6PA 2BB9A 4QJ2A 4DJVA 3DJKA 4FSEA 4DUSA 2OHLA 3TH9A 1A94A 4Y5AA 5P0PA 4FAFA 3LIZA 4Y57A 3QPJA 5P3OA 3D3TA 4Y5GA 2JJIA 3PMYA 3BGBA 4I12A 3BXSA 5IS4A 1BILA 3INFA 1NH0A 5AHBA 1LYWA 3VCMA 2AOCA 3QVCA 3SQFA 3VSXA 2QD7A 1D4HA 5P4XA 1PSNA 1G0VA 1PFZA 5P78A 2NXMA 3HD8A 3FIVA 1KJ4A 3VSWA 5P07A 2RKGA 5P51A 4F75A 3UF3A 3EM4A 2A4FA 4DJXA 1MTRA 1SMRA 5HE7A 5P0UA 1HTEA 3UDYA 5KOQA 4Y3FA 1RL8A 2RENA 1OEXA 1M4HA 1FQXA 4MC1A 1YG9A 4Z4XA 5P60A 4XKXA 5P73A 4FE6A 1IDBA 2CEJA 2PYNA 4ACXA 4CMSA 4GIDA 1B6KA 4Y47A 3A2OA 1YTIA 2ZHRA 3PLLA 4FSLA 5HCOA 4Y9WA 1C6XA 3UFLA 2R3WA 5J25A 5P5AA 1MSMA 3T3CA 1XL2A 5CONA 3ECGA 4I0IA 2R43A 5P3SA 1EBKC 3EKWA 3LNKA 4D89A 5OZQA 3O9AA 3WZ6A 1HVHA 4GJ8A 2I0DA 2QP8A 4U7VA 4B70A 5OZDA 5AHAA 3SM2A 4EPJA 5OZHA 4L7GA 4OD9B 7UPJA 5P83A 4NKKA 5P8BA 4FRKA 6FIVA 3UDPA 1DPJA 2AZCA 5P6JA 5OZ3A 2HS2A 5P0DA 5P2YA 5BS4A 4NJUA 4TRYA 5P0ZA 1ZLFA 5OZTA 3URLA 2G94A 2AODA 1D4SA 4ZSPA 3F9QA 2P83A 5P3HA 3K5FA 3KDBA 3TTPA 3CKRA 2O4KA 1DMPA 4FRIA 3SA3A 2VIYA 4FM8A 2I0AA 2HC0A 5P6LA 1KJFA 1IZEA 5P3UA 2Q5KA 4YCTA 4A6BA 4APEA 3INDA 1C6YA 2I4UA 2I1AA 4Y4AA 3GGAA 3NUOA 5OZKA 1BV9A 3QVIA 3RTMA 5JG1A 5P13A 4Q1YA 4MC2A 4HEGA 5P7BA 1LF4A 5P24A 4J1KA 1TSQA 8HVPA 2V13A 2PC0A 4BFBA 2QI5A 1HSGA 2V00A 2FXDA 4Y3NA 4YA8A 5APRE 3VV6A 3S2OA 4ER4E 2P3CA 2IKOA 5P4SA 1SP5A 3NUJA 2V0ZC 3OAGB 5P1OA 2ZJJA 5P6YA 3VYDA 1BIMA 3HBOA 4Y48A 5DR7A 3HAUA 5I3YA 3DCRA 4DQHA 2HM1A 4QJ8A 3UQRA 3O9CA 3APPA 3IAWA 3UDNA 1Z8CA 5P1YA 5P2UA 5P47A 3NR6A 5P2NA 3LHGA 2NTRA 5P7JA 4HA5A 3PI0A 5IVQA 2HPFA 4DQFA 4K4QA 1K1UA 2ANLA 3PSGA 1IZIA 5P2CA 1FGCC 4GMIA 4L1AA 3OGPA 4ZIPA 2NMZA 5JODA 4Y5PA 3EC0A 1FQ4A 5DQCA 4Y3MA 5P3WA 4EJDA 4Y4EA 3OUDA 1BAIA 5P6TA 4NPTA 3BXRA 4RVIA 3OUCA 4Y5CA 3MXEA 3OU4A 5P3AA 1K6VA 3OWNA 4Y5NA 4L7JA 2IS0A 3PJ6A 5P7ZA 3KN0A 2R5QA 3IN3A 4I8ZA 4Y5LA 4NJSA 1WBMA 4Y3YA 3APRE 3AUPA 2VS2A 3GI4A 4R8YA 5P6MA 3OU3A 2AZ8A 3S7MA 1SDUA 5DR1A 5P26A 3UTLA 9HVPA 5P1VA 5P4JA 2QI0A 1HIHA 1IIQA 5P1LA 3WB4A 3B80A 1XN2A 2WEDA 2WKZA 4YCKA 3LIVA 5P44A 3MWSA 1LS5A 2HPEA 5AGZA 1QRPE 4APRE 3T7XA 5P1FA 1DW6C 3JW2A 4EP3A 3OQDA 3R0YA 5P3KA 1IVQA 1FLHA 5KQYA 3NU3A 5P7UA 5P6KA 5P3IA 2ZJNA 3O9LA 2J9JA 3UDRA 3OTYA 5P2VA 5ER1E 1TCXA 5P3JA 1K1TA 1UH9A 5P8PA 2B8LA 3OQKA 5P1BA 4I0GA 2QNPA 1BVGA 1RV7A 1HBVA 2V11C 2NNKA 1HTRB 3KM4A 5P58A 5P19A 1LYBA 2VNNA 5ER2E 3LZYA 3T11A 5P4RA 3NWXA 5P7KA 1HPVA 5P0QA 5P5UA 3ZOVA 5KR8A 4I0ZA 1XL5A 4RCEA 4QJ7A 1LF3A 5P8OA 2WECA 2QD8A 1VIJA 1GVUA 3L5CA 3NDTA 3EKXA 2PK6A 2WF4A 3WZ8A 2I4VA 4TRWA 2Z4OA 1AZ5A 2AVVA 4DJOA 4EQ0A 5P2AA 3KMXA 5P0VA 5P8QA 1BDRA 1Q9PA 3IXOA 5P49A 4ER1E 1FG6C 1T3RA 5P8SA 4Y3ZA 3S43A 5P67A 2F3EA 2ZDZA 4XX4A 5P54A 4PPHA 3ZLQA 3QRVA 5P1PA 3T7QA 4DQCA 3OXCA 4EJKA 4F74A 3NXEA 4J5JA 1IDAA 3GI6A 2H6SA 1GVTA 4Y45A 5P52A 2ER9E 4Y38A 1T7KA 2A1EA 5P0CA 2FMBA 1EC0A 3FV3A 3R0WA 4EQJA 5IVRA 4EP2A 5P8DA 1M0BA 3PSUA 2FGVA 3FNSA 2AOJA 2HB2A 2IENA 4YDFA 5P6IA 5P1RA 4Z50A 4Y35A 5P7AA 1EBZA 4K8SA 4YD6A 5P7EA 4WY1A 2PMAA 3NU4A 5P79A 3R1GB 4D85A 4I10A 4YD5A 5I3VA 4GJAA 5P4FA 3L5BA 5P6DA 5P1JA 3DV1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDL A;  2QZX A;  4CKU A;  4HVP A;  5P3F A;  6APR E;  2QK5 A;  4WY6 A;  5P04 A;  2QZW A;  3EKV A;  1IZD A;  5P2D A;  5P1I A;  1QS8 A;  3PB5 A;  3PI5 A;  4FS4 A;  5OZI A;  3VLB A;  3ZL7 A;  5P3M A;  4ZLS A;  5OZV A;  2PH6 A;  2AOH A;  1A30 A;  3OU1 B;  3FKT A;  1XE5 A;  5P5J A;  3KT2 A;  3DOX A;  3SA7 A;  4ER2 E;  4YCY A;  2QD6 A;  5SZ9 A;  1E5O E;  2I4X A;  3DUY A;  1FFF C;  4EYR A;  2P3B A;  2IGX A;  1YTG A;  1EC3 A;  1APT E;  4LL3 A;  5P8R A;  4Y58 A;  5I3X A;  3EM3 A;  1EPP E;  3RVI A;  3OQ7 A;  5P1C A;  2CEN A;  5P81 A;  4A6C A;  3CYW A;  4RYC A;  5P16 A;  3B7V A;  1QBS A;  1W5X A;  4YOB A;  1W5V A;  2VIJ A;  4I0J A;  3DM6 A;  5P0S A;  4H3I A;  1ZTZ A;  5P1T A;  4PZX A;  4DJP A;  1K6T A;  2FDD A;  4YHQ A;  4J1I A;  3LIQ A;  3TLH A;  3KFS A;  5P5M A;  4F73 A;  1B5F B;  3DV5 A;  5P62 A;  4DQG A;  5P4L A;  2R3T A;  1YX9 A;  5AH6 A;  5P5W A;  3PCZ A;  4B00 A;  4FAE A;  1HPS A;  4J1F A;  5P38 A;  1APU E;  2QZL A;  1MTB A;  3BUG A;  2WF2 A;  5OZP A;  1BBS A;  1Z1H A;  3OHH A;  2FNT A;  4J1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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