5P8IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 351
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8iA01
3PSYA 4B70A 3L3AA 3VFAA 2CENA 1YT9A 1GNOA 1LEEA 1AAQA 2VIZA 5AGZA 5P1YA 2VKMA 3GI0A 2JXRA 4I8ZA 5P34A 4GJ9A 2QMPA 1LYBA 5BRYA 4ZLSA 5P42A 1FQ5A 3O9GA 3UQWA 3EL1A 6FIVA 5HTZA 1FMUA 3SPKA 3VG1A 3QS1A 1W5XA 3ECGA 4I10A 3KMYA 1ODXA 4HLAA 3KFNA 5P0TA 3PSUA 5P5KA 3M9FA 1HIVA 5TOLA 4Y5EA 5P3IA 3MSKA 1CPIA 4Y5MA 2HPEA 4I8WA 3O9BA 2NNKA 3D1YA 4Y4TA 3U6AA 1DIFA 2SAMA 4RRSA 2ZYEA 1PSNA 5P57A 3UDMA 4CP7A 5P12A 1EBKC 1FQ6A 1TSUA 5P6FA 1LYWB 2WHHA 2HIZA 2HB3A 1TCXA 5P1RA 1HSIA 4FL8A 4Y3GA 2HC0A 1DMPA 3JVYA 5P01A 5I3XA 2JYSA 5P6KA 4NKKA 5P2OA 1SBGA 4Y5GA 1AJXA 5P65A 4DJUA 4FSEA 5P5LA 5P03A 5P52A 1KJGA 3FNTA 5P0YA 5P8FA 3EL4A 2I4WA 4XXSA 1D4KA 2R5QA 5P0LA 4Y3JA 4F76A 2FDDA 3PLLA 4JPEA 1TQFA 3SACA 3FSMA 3B80A 2QZLA 4KE0A 3TL9A 1BV9A 4ZPEA 2WL0A 4I0EA 4NPTA 1KJ4A 4PYVA 6APRE 4ZSRA 1EPQE 2P3CA 4GJ5A 5P4XA 1LS5A 3NXEA 4DV9A 4B78A 3UDQA 3OK9A 1HTEA 5BWYA 2OHSA 1HVIA 1YTIA 3KM4A 2G22A 4OC6A 2AOFA 5IVRA 1ODWA 4KE1A 4EXHA 2OF0A 4Y3AA 5P1EA 2AOEA 4EXGA 3MWSA 5DGWA 5P5EA 1B6JA 1FF0C 3OQFA 5P0ZA 2QHZA 1FQ8A 3HAWA 4I0IA 4FM6A 5P6GA 2QHYA 1IZHA 2OHNA 4I11A 4B1EA 1W6HA 5P2FA 1YX9A 3O9LB 2O4NA 4L1AA 5I3YA 2FGUA 3ZKXA 2PSUA 5P4BA 3MSJA 5P53A 2QI0A 3OU4A 3HDKA 5P2KA 3T3CA 1APWE 3QAAA 2QMDA 2IEOA 4RRNA 2BPXA 2QI6A 2ZGAA 5AH9A 5P3MA 5I3WA 1K1UA 5P6XA 5P49A 3G70A 1LV1A 3IXOA 1META 5P06A 2IS0A 2P4JA 5P79A 3BUFA 1U8GA 4QJ2A 5DR7A 4Y3WA 5OZ6A 1ZPAA 1WBMA 3O9DA 5P3AA 1UH7A 5P50A 3S7LA 3URLA 1NPVA 5P0IA 3KFSA 1B5FA 3VEUA 3GGUA 4R95A 3ZKNA 5P2QA 2WF4A 1HPXA 4M8XA 4Y3FA 1B6PA 4EJDA 2OHMA 5OZBA 4ZSPA 3APPA 3LINA 3K5DA 4OBFA 3DM6A 3EL0A 1HOSA 2B7ZA 3EC0A 4OD9B 1FB7A 4NJVA 3OHHA 4FIVA 3IXKA 2JJJA 1EC0A 5P2YA 3ZL7A 3RU1A 2FXEA 4B05A 4PPHA 4K4PA 2AVOA 1A8KA 4FM7A 1FQXA 2ZJIA 3K5FA 1OD1A 4DPIA 3QBFA 3NWQA 3ZOVA 4YBIA 1YG9A 2WF0A 4QJ7A 4Y4GA 4DQBA 5P4YA 4RYGA 3A2OA 2P3BA 4ER4E 5P88A 1BAIA 4RVXA 3OXVA 3Q4BA 3QBHA 5P26A 1ZPKA 5DPZA 3LITA 1RPIA 1YM4A 5P4LA 2O4SA 4J1CA 4I0JA 2F81A 4TVGA 4Y47A 4Y9WA 5P4QA 2IGYA 1PPLE 3UF3A 4LC7A 5P70A 4Y3PA 5P5ZA 2VJ9A 4H3FA 3B7VA 5P8QA 1QDMA 3BUGA 2V16C 3LIZA 1XS7D 4ER1E 4RLDA 5KQYA 1SIPA 3L38A 1AJVA 1WKRA 4FRSA 3Q5HA 5P8PA 5P4WA 5P7WA 3PI0A 4RVIA 5P0FA 5P0CA 1SMEA 5OZ7A 3K5GA 3CIBA 5P3FA 5P86A 2AODA 1EPPE 4F74A 4U7QA 4H3IA 3SM2A 4H3GA 3OUAA 4DQHA 1B5FB 1EPRE 1K2CA 3OXWA 1ZAPA 3ZKGA 4J1FA 4DQGA 5P5TA 3D20A 5P6CA 3OU3A 3OXCA 2EWYA 2BKSA 4TVHA 5OZLA 4PEPA 2NXMA 3L5BA 5P2RA 3OUCA 4EQ0A 2VIYA 2HB4A 4LXAA 2F8GA 2XYEA 4L6BA 3DJKA 2G1YA 2QZXA 3VF7A 2NMYA 3TPLA 5HVPA 5P8KA 4Y4BA 5P1PA 5P2NA 4BELA 5P5CA 4LBTA 1MESA 5P4ZA 4ZIPA 5P2VA 4Y54A 1HSGA 3PMYA 3UDPA 3WZ7A 3I2LA 5F01A 3OUDB 4Y4UA 5P6SA 5HCOA 1OHRA 2R8NA 1SGUA 3LZYA 4J1HA 1A94A 2NNPA 3D3TA 2J9JB 4Y56A 1EPME 2Q54A 3RVIA 1AM5A 2ZJLA 5P1HA 5SXNA 2VIJA 3LPJA 5ENKA 2AVSA 5OZPA 4OBJA 2ZHTA 3S43A 3CMSA 3BHEA 3ZKMA 4EWOA 1IBQA 3S54A 3QRMA 4YOAA 2OHTA 3O9IA 4I12A 3LIXA 3HLOA 5JODA 5P07A 1ZLFA 5P78A 1IZDA 5P2EA 4LHHA 1N49A 4YD7A 5P1WA 4Y43A 5P0WA 2OHUA 3DV1A 5J25A 2ZE1A 1MT9A 3SABA 5HCTA 4Y5AA 4Y50A 5OZ0A 2FXDA 2WECA 5EZXA 2PH8A 3S8IA 3UQXA 4DJPA 3IVIA 1QS8A 2PWCA 3KYRA 2I4VA 5P3GA 5KOQA 1QBUA 5P5UA 3UPJA 3TOFA 3PSGA 4QJ6A 4OBKA 3TTPA 3UFNA 5OZ9A 5P74A 3QP0A 1IVQA 3O9FA 3S2OA 4GJCA 4J0YA 3DOXA 3UQRA 5KR8A 4QGIA 4FRJA 4LXMA 5OZKA 5P39A 5P0EA 3SFCA 1JLDA 4Y5BA 5P4PA 3NU5A 4COEA 3OU1A 2BPWA 5P84A 1HIIA 3LZSA 1G6LA 3OOTA 4HA5A 4Z22A 1W5WA 4RROA 5P69A 5P7VA 1TSQA 3PBDA 5P05A 5P51A 3EKQA 5P0PA 5P5IA 2PMAA 5P8UA 1NSOA 2IL2A 3INDA 1W51A 2ZJMA 4U7VA 3BXRA 3VCMA 1FLHA 5P1VA 3DUYA 5P47A 5P2WA 3QRSA 5OZUA 4YDGA 3TOHA 3Q70A 4I0ZA 1APVE 4X2LA 3OTSA 1RL8A 4Y3ZA 4Y45A 4EQJA 2IKOA 5P3TA 1HPSA 2PYMA 3GGVA 1QRPE 1K2BA 3S43B 3HAUA 2XFJA 5P7UA 5P04A 1FFFC 2NTRA 3OY4A 5P16A 3FNSA 5OZNA 1C6ZA 3EM4A 5P5HA 5P7AA 1EPNE 1D4LA 1A30A 4XX3A 1QBTA 5DQ1A 3D91A 2QI4A 3PLDA 2HB2A 2OHQA 4K9HA 1OEWA 4JP9A 4RGHA 1HVRA 5KAOA 4ZE6A 5P09A 4KB9A 5OZEA 2RMPA 3SM1A 5OZ2A 4M8YA 2VIEA 2ANLA 5P40A 5P5FA 3UDRA 3EM3A 5P4SA 5P4FA 4Y53A 5DQCA 1HTFA 4ZPGA 2IKUA 4Y4XA 3O9HA 5P25A 5P2UA 4DH6A 4Y3MA 1HIHA 2NPHA 3OXXA 1BBSA 5HE7A 2QD7A 5OZHA 5P5MA 4Y5KA 4AMTA 5P8LA 3OGPA 1W6IA 3SKFA 4ER2E 3OADA 4J1EA 3GGXA 1UPJA 3PCWA 4UPJA 5DQ5A 1MRXA 1CMSA 2I4UA 1BDLA 4FSLA 1ZSFA 1G0VA 4GJBA 5KQFA 5APRE 3D1XA 4DI2A 3DK1A 5P8VA 5P1JA 7UPJA 3HD8A 4YD5A 2I4DA 4Y3YA 5P2ZA 1DW6C 5P5DA 2VA5A 3UDKA 1ZSRA 1HVLA 3UDJA 2OHKA 5P4VA 5C9DA 3OUBA 3EXOA 3R2FA 5OZ3A 5C9BA 5OZSA 2AZ8A 3RTHA 3LNKA 3TOGA 5DGUA 4J0PA 3BVBA 5P5SA 3NWXA 1TW7A 4Q1WA 5OYZA 5P48A 2QZKA 5P8IA 3VF3A 5P20A 3S56A 4BFDA 2FMBA 1BV7A 4DJOA 2NMZA 5P7HA 3CICA 5UPJA 5P3YA 1EC3A 3N3IA 1ME6A 4Y5PA 5P7GA 3PBZA 1K6VA 5P59A 4FRKA 3PB5A 4B1CA 3MSLA 1K6TA 4GIDA 3U71A 4CPRA 1D4HA 5OZZA 4ZSQA 2HAHA 1BXOA 2PWRA 5P6JA 1HRNA 1FQ4A 8HVPA 4CPUA 4RCEA 2O4PA 4Y4AA 4J17A 5P82A 5OZJA 2R9BA 3EM6A 4Y4EA 5P3XA 1EBWA 2QI7A 1LYBB 5F00A 2QZWA 2BQVA 3IAWA 1OEXA 5P8GA 2UY0A 5P2TA 5SY3A 2VA6A 4EHCA 3VFBA 5P23A 3VYEA 1EEDP 5P4MA 1T6GA 2Z54A 1GKTA 4EJ8A 1EC2A 3T11A 5ISKA 3OGQA 2G26A 4DJRA 4YHQA 4OBZA 2G94A 3T7XA 5P71A 1GVVA 5AH6A 1GVUA 1J71A 2F3FA 5P6OA 4B0QA 5P7XA 1BWAA 1D4JA 4Z4XA 2FDEA 5P7EA 1C6YA 5OZYA 5P4CA 2MIPA 3DCKA 3FX5A 1SH9A 1FKNA 4Y3LA 2VNNA 3VV7A 5P8JA 2AOGA 5P89A 4J0ZA 2VA7A 3L5CA 1FIVA 3OQ7A 3VYFA 2IQGA 2ER7E 3PGIA 1EPOE 5KQXA 2QU3A 5DQ4A 5E5JA 4RCDA 3LIQA 5PEPA 2PC0A 2ZJKA 3AUPA 2Q55A 2F3KA 3NDUA 2B8VA 5P8HA 2CEMA 3GI6A 4D83A 1ER8E 5OZRA 5IVTA 1AVFA 4D85A 5P56A 1IZEA 1M0BA 3R4BA 1GVWA 2I0AA 4MC2A 5P85A 1E80E 3I8WA 1Z8CA 2BPVA 4OC6B 5P14A 3RSVA 4Y39A 1SP5A 1LYAA 4QLHA 3URJA 3H0BA 1AXAA 3QVCA 5P55A 5P1IA 4NJSA 2Q3KA 3NDXA 5P2IA 3SA3A 2PK5A 2G1NA 1BDQA 3OQAA 2IRZA 2Q5KA 3OQKA 5P61A 5P5RA 5P3UA 5P5JA 3NXNA 5P3WA 4KUPA 5P1ZA 3LPKA 1HPVA 4L1AB 1SDVA 5P1BA 4HEGA 5I70A 3UDYA 5P7BA 3UDNA 2Q15A 1MSMA 3OU4B 3KT2A 3VLAA 5E5KA 1MERA 5P1GA 4B72A 4R5NA 3NR6A 3R0WA 5P75A 3SKGA 4BFBA 5KOSA 5ER1E 5P1OA 3EMYA 3CYWA 4DJXA 5P6BA 4DPFA 4A4QA 3INFA 3WSJA 2BJUA 2QI3A 4DFGA 4R8YA 1SMRA 5P0OA 1MVPA 2G69A 5ER2E 1YM2A 1NPAA 1KJFA 3INHA 4N00A 1ENTE 5P6QA 4GJ6A 5P6MA 4Y4DA 5P4NA 5P5YA 4OBDA 3FIVA 3OHFA 2F80A 2G27A 2HS1A 1FG6C 5P80A 1LF3A 5HDZA 4FGXA 3TPPA 5P0NA 3HVGA 5EZZA 1AZ5A 3URIA 5P43A 2BKTA 5P4HA 4YA8A 2HM1A 4I0HA 5P38A 5HDXA 4EPJA 5P22A 5P7PA 3ZLQA 5COOA 5P6RA 2IDWA 2VJ6A 2RKFA 1XE5A 1TCWA 5P0JA 4CPWA 5P0DA 4MC6A 2PYNA 5P87A 5P27A 1M43A 4Y3SA 5P4RA 4ZPFA 5COKA 3OTYA 5P3VA 3UQUA 4LXKA 2WKZA 3EKWA 5HE4A 2P3BB 5P73A 4YCKA 4HZTA 4Y5NA 2PSVA 4TRZA 3R0YA 2AOIA 5OZ4A 1MTRA 1HHPA 3QRVA 5P1MA 5ISJA 4XKXA 5P2LA 2G24A 5P0UA 5P4KA 5P1QA 3EL9A 5P17A 3ZKIA 3SAAA 4GYEA 2OHPA 5P8RA 1K6CA 1B11A 3K4VC 5AHCA 5IVQA 1E81E 2FNSA 2G21A 4D89A 1AIDA 4L7HA 5P5GA 5KR1A 1EPLE 5P4DA 3NU6A 1QBRA 3Q3TA 5P0RA 2P8HA 3NU3A 5P1UA 2FGVA 3MXEA 2QD6A 5P4EA 3SA9A 1EBZA 3VV6A 3EL5A 1NH0A 5P1AA 3Q6YA 2AZBA 4RYCA 5P1LA 3PWRA 5P19A 1IDAA 2WF2A 2O40A 3QROA 3NDTA 5OZWA 3T6IA 1B6KA 3BC4A 4YD3A 3KN0A 1HBVA 1PSAA 5P64A 5P3QA 5P3JA 1NPWA 3OAGA 2AOHA 5P29A 3WZ6A 4CPXA 3EKTA 1EBYA 3SA5A 4MC9A 4AUCA 5P76A 4OBGA 5P0XA 4ACXA 5P8SA 1YTGA 5HD0A 1MRWA 3K1WA 4Y3TA 3ZKQA 4ACUA 2A4FA 2BBBA 5CONA 4I0FA 2AVVA 2CEJA 4ZEAA 5P7RA 1HXBA 3HBOA 3PRSA 2O4LA 4D8CA 4Y6MA 1KJHA 2I1AA 4Y3EA 3BGCA 1GNNA 1SIVA 7HVPA 2Q64A 2FNTA 5P0MA 5P02A 4CPTA 4Z50A 4K8SA 1HEGE 5P2AA 5P6PA 3K5CA 1Q9PA 1LF2A 1RQ9A 5P0AA 1T3RA 3HW1A 3D1ZA 2AOCA 2OHLA 4Y57A 3NUOA 5P6WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PSY A;  4B70 A;  3L3A A;  3VFA A;  2CEN A;  1YT9 A;  1GNO A;  1LEE A;  1AAQ A;  2VIZ A;  5AGZ A;  5P1Y A;  2VKM A;  3GI0 A;  2JXR A;  4I8Z A;  5P34 A;  4GJ9 A;  2QMP A;  1LYB A;  5BRY A;  4ZLS A;  5P42 A;  1FQ5 A;  3O9G A;  3UQW A;  3EL1 A;  6FIV A;  5HTZ A;  1FMU A;  3SPK A;  3VG1 A;  3QS1 A;  1W5X A;  3ECG A;  4I10 A;  3KMY A;  1ODX A;  4HLA A;  3KFN A;  5P0T A;  3PSU A;  5P5K A;  3M9F A;  1HIV A;  5TOL A;  4Y5E A;  5P3I A;  3MSK A;  1CPI A;  4Y5M A;  2HPE A;  4I8W A;  3O9B A;  2NNK A;  3D1Y A;  4Y4T A;  3U6A A;  1DIF A;  2SAM A;  4RRS A;  2ZYE A;  1PSN A;  5P57 A;  3UDM A;  4CP7 A;  5P12 A;  1EBK C;  1FQ6 A;  1TSU A;  5P6F A;  1LYW B;  2WHH A;  2HIZ A;  2HB3 A;  1TCX A;  5P1R A;  1HSI A;  4FL8 A;  4Y3G A;  2HC0 A;  1DMP A;  3JVY A;  5P01 A;  5I3X A;  2JYS A;  5P6K A;  4NKK A;  5P2O A;  1SBG A;  4Y5G A;  1AJX A;  5P65 A;  4DJU A;  4FSE A;  5P5L A;  5P03 A;  5P52 A;  1KJG A;  3FNT A;  5P0Y A;  5P8F A;  3EL4 A;  2I4W A;  4XXS A;  1D4K A;  2R5Q A;  5P0L A;  4Y3J A;  4F76 A;  2FDD A;  3PLL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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