5P8EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 347
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8eA01
4Y3FA 2QI0A 5P1OA 2IS0A 5KR8A 4Y4JA 6UPJA 2HIZA 4UPJA 3OXXA 2JYSA 5P8DA 2I4WA 3PLLA 4Y47A 3RU1A 3UFNA 4LXAA 2B8LA 1W5WA 3OGPA 4Y5KA 3D91A 1BDQA 3O9DA 4PHVA 4YCTA 3SQFA 1YX9A 2SAMA 1UH7A 2QI5A 3QIHA 3OAGA 2FGUA 4A4QA 4OD9A 4BELA 4Y3SA 2OHUA 4I0FA 5P5YA 5P84A 4BFBA 1RQ9A 5P1SA 2BJUA 3SA9A 3INFA 2G27A 5P8RA 1IDBA 5P77A 3KT5A 3EKVA 3VV8A 5HCOA 4F74A 2VIZA 4Y3RA 1DP5A 1XL5A 3BUHA 2F8GA 4H3IA 5P5ZA 5P7SA 3SACA 5HE5A 3VYEA 4Y6MA 4NKKA 5P6AA 2Q63A 2B60A 3OK9A 5P5RA 5DPZA 5P3ZA 2AZ8A 4YD6A 3PCZA 4RRSA 2ZGAA 5OZUA 3DV1A 3SKFA 3OGQA 3OTSA 4KE0A 4PZWA 4QJ8A 1B6LA 1PFZA 3LZYA 4CMSA 1UH8A 2QU3A 4JPCA 5P32A 5P4KA 5P1KA 4TRZA 1QBRA 1EPLE 3UQPA 2CEJA 4DQHA 3DV5A 5P72A 3O9LA 2IRZA 3L38A 5P17A 5OZOA 3UTLA 1HTFA 3S85A 5DGUA 5P0MA 3WZ8A 1G2KA 3PI0A 4HA5A 3ZOVA 3FNTA 5P2QA 4Q1YA 4CP7A 5P6WA 5P1EA 2F80A 2AZCA 3Q4BA 3BHEA 3PM4A 3K1WA 1T3RA 4F76A 4Y39A 4ZLSA 3UQRA 5P4OA 2WJOA 3FIVA 3I7EA 4D8CA 3NUJA 4DJVA 4EJLA 5P4JA 3S45A 3LPKA 3VF3A 1NPWA 3SA4A 1ZAPA 1PSOE 5P2CA 3UDRA 5ER2E 2NXLA 2FGVA 5KR1A 5P4GA 3S7LA 5P16A 3NU4A 2G1RA 4QGIA 2B8VA 5DQ2A 1A94A 5P5WA 1K2BA 1EC1A 3SM2A 3GI4A 5DR8A 1QBUA 5B18A 3O99A 5P8GA 1RV7A 3EMYA 5P6BA 8HVPA 5P38A 1G6LA 1HVSA 2UXZA 1NH0A 2QHYA 4Y3MA 4YCYA 5P2DA 1FFFC 5OZCA 5P4AA 3JVYA 2WF0A 1FG6C 5P7EA 4FSLA 3VFBA 5ENKA 3D1XA 3EL0A 2NXMA 4M8XA 5HDZA 1KJGA 4I0DA 5EZXA 1FG8C 5P2UA 4FSEA 4ER4E 4WY6A 3WB5A 4FM8A 5J25A 2Q54A 5P6UA 5P09A 5P58A 5P7AA 1T7JA 5P29A 1QBTA 2JJJA 2BBBA 4R91A 4YDGA 1K6PA 2PSVA 5P2WA 3GGUA 5DR4A 5HVPA 3WZ7A 2QD6A 3UDYA 1C6ZA 5P5IA 1JLDA 1FMBA 5P73A 3HZCA 3BXSA 2PMAA 3L5DA 4DVFA 2OHLA 5P31A 2XFKA 4Y36A 3OQFA 3PWMA 5KR0A 2WECA 1ZSRA 2A4FA 4YA8A 3LZUA 4R95A 3TPJA 1BDRA 1EPME 4J0YA 4J1HA 4PZXA 3NDWA 3DK1A 4QJ7A 1YG9A 4Y4BA 3SFCA 1D4SA 1KZKA 3QPJA 3URJA 5DR3A 1WBKA 3NWXA 5P7BA 1HIIA 5OYQA 4DV9A 3ZPSA 3TL9A 2ZJMA 2AZ9A 5P0ZA 4LP9A 5P62A 5OZ1A 1G35A 1IIQA 4EHCA 2QZKA 3NR6A 1SMRA 4X2LA 4ZPFA 1D4KA 3UDNA 4FAFA 4I12A 4EPJA 4NPUA 1XN2A 3OUDB 3DM6A 3URLA 4Y3DA 2I4DA 5P8PA 3FSMA 3ZLQA 3HAUA 4Y4AA 3ZMGA 5P5LA 3OU1A 4QJ9A 3L3AA 1MRXA 3UCBA 3FX5A 3IXOA 4HZTA 5P82A 5OZQA 2BB9A 3INEA 1BVEA 5P8AA 2QI4A 1B5FA 1META 4BEKA 2V00A 5P7QA 2P4JA 1K2CA 5P6CA 2HPFA 3SAAA 3ZKGA 3BGBA 5HE4A 3LZVA 1RPIA 3NU6A 4J1KA 7HVPA 5P1UA 2O4KA 5OZSA 5P0VA 1PPLE 3OQ7A 2OHMA 4Y37A 3OU4B 5P18A 3I6OA 2G1SA 5OZTA 5P8JA 2V16C 4H3FA 5P5FA 2APRA 3TPPA 1SMEA 3S43B 1FIVA 5P15A 5KOSA 4LL3A 2R3WA 4EQ0A 2F3EA 4Y5LA 3NYGA 5DR0A 1MTRA 2G1OA 5P60A 4ACXA 2QAKA 3OXCA 4J1EA 3BVAA 1SH9A 4D88A 5P0UA 3GW5A 4RCEA 4I10A 1SDVA 3OUBA 2ZHSA 4H1EA 5P4RA 4EWOA 4J1CA 5P6GA 5OYRA 3QVIA 2ZJNA 5P53A 3ER5E 3OADA 4GMIA 5P49A 5P7FA 3RVIA 3GI5A 4K4RA 5P6RA 3T3CA 1APWE 1PSAA 1TW7A 3NDTA 1SDUA 1E5OE 1SP5A 1AM5A 3EBZA 2H6SA 5P12A 3SLZA 1T6GA 5P0EA 5P1TA 1GVWA 3EL1A 1RL8A 4N00A 5P5AA 2I0DA 1XE6A 4J0PA 5P00A 2QHZA 5P5CA 4Y5MA 4B00A 4WTUA 5OYXA 3NXEA 2B7ZA 2OF0A 3ZL7A 5P5TA 1Q9PA 5P3OA 2XFIA 3QVCA 2WF3A 4J1IA 5P79A 4OBZB 2QZLA 5P0JA 3S2OA 3OHHA 5OZZA 3CYWA 3I8WA 5P02A 3QBFA 1HVRA 2R5QA 3BVBA 2J9JB 5P54A 5OYWA 4I0HA 5P3IA 1ODXA 4CPXA 4B05A 1TSUA 5OZYA 5P3JA 2WF2A 4YBFA 2ZHUA 2P3DA 1FKNA 1ODYA 2P8HA 1W5XA 3N4LA 4ZSQA 3SKGA 5IS4A 5P5OA 2OHRA 2Z4OA 4QLHA 1ZTZA 5P78A 5P39A 5OZLA 5P4BA 5P6FA 1HPXA 5P1ZA 5P0GA 3OOZA 4ER2E 2NXDA 3FNUA 5ENMA 2P3BA 5P4EA 3EL9A 3RTMA 4LHHA 2Q11A 2ZYEA 5P0WA 1HVHA 5AHCA 3UQWA 4R5NA 1MRWA 3ZKMA 2IL2A 2H6TA 2IEOA 4APRE 3L58A 3CICA 4J5JA 4J17A 2VS2A 2ZE1A 4J0ZA 2I4VA 5KQYA 5P4MA 1FMUA 2G20A 3NLSA 5P3QA 1FMXA 3HW1A 3EL4A 4TRYA 1LYWA 5HD0A 5P05A 5DR1A 4S1GA 3G72A 4DJOA 4H3JA 1MSNA 5P4YA 2VJ9A 4GJDA 1GNNA 3EM4A 5HU1A 5P61A 2WF4A 5P4HA 2R3TA 3APRE 2O4SA 4FM7A 1DPJA 3LHGA 3OOTA 5P1HA 1BXQA 3T7QA 3WB4A 1HRNA 5SZ9A 5PEPA 3KDBA 4RGHA 2F81A 2QNQA 3K5DA 2WEBA 4Y5AA 5TOLA 4KE1A 4ZIPA 3R4BA 1HXWA 3D20A 3O9AA 5P47A 2ZHTA 3ZKIA 4COEA 4BFDA 1EPNE 1K1TA 6APRE 1ZPAA 5P7JA 1A8KA 1F34A 4ZSRA 2WEZA 4Y4DA 1YTGA 3TOHA 3APPA 5P89A 4B1EA 4J0TA 4EJDA 4RRNA 3L59A 5F00A 3QAAA 3D1ZA 4JECA 5P76A 4QJAA 9HVPA 3T7XA 5P6SA 5P2IA 3ZKSA 3LIYA 3GGAA 5P23A 3VV6A 4GJCA 2NNKA 1ZP8A 3QN8A 4L1AB 3AUPA 5P1BA 1EC0A 5P2ZA 5P5VA 2G26A 3L5BA 2AOCA 1EPPE 4OC6B 3KN0A 4U7VA 5P5DA 4J0VA 1D4JA 5P2JA 4F75A 2ZJJA 4Y3XA 2QK5A 2P3AA 3O9FA 4DUSA 5P59A 3IXKA 1M43A 4FGXA 3TPLA 1TQFA 5P2HA 2NPHA 1B6KA 3ZKNA 5P1PA 2PQZA 5P6NA 4HEGA 4Y54A 4TVGA 3QRMA 1GVUA 4GJBA 1ZPKA 3HD8A 4ZE6A 5P0RA 3GI0A 3H5BA 5COPA 3RTHA 4D83A 1KJ7A 2R38A 1CZIE 5OYVA 5JFPA 4Y4ZA 5OZMA 1XE5A 1D4HA 4APEA 3PEPA 3R1GB 4DQBA 2PYNA 5E5KA 3IAWA 1FF0C 5P2FA 4D89A 4YOAA 5DQCA 3UHLA 3NSHA 5P2EA 3A2OA 7UPJA 3FNSA 4Y3GA 1T7KA 2ZJIA 1OHRA 5APRE 4Y43A 1EBKC 5KQZA 3R2FA 1LF2A 4GZFA 5P5PA 3O9BA 1HSIA 2BQVA 4DPFA 5HTZA 4FL8A 4EP2A 4HVPA 5P0FA 5P3SA 5E5JA 4I8ZA 3S56A 1Z8CA 3PBDA 1VIJA 1HVJA 2RKGA 2WEDA 4RVIA 3SM1A 4FE6A 4GJAA 2QMPA 5P4WA 1OEWA 3Q70A 4Q1XA 5P10A 1FQ4A 5P7WA 2NTRA 5P0KA 5P46A 3K5GA 1K6VA 4RCDA 4QJ6A 3SA7A 5P2GA 3EL5A 5P6VA 5P6XA 2QI6A 5CONA 5P41A 2BKTA 5P56A 4Y3PA 5P22A 1E80E 3IVIA 4DJUA 2AVSA 1MVPA 1XS7D 5I3VA 5I3YA 2IKOA 5OZWA 1HBVA 4I0JA 1BDLA 2AOGA 5C9BA 4K9HA 5P1GA 1CPIA 3SA8A 1LYAB 1D4IA 3MXEA 1EC3A 1BV7A 4Z4XA 3DUYA 4XX3A 4JOOA 3PJ6A 1IVPA 4DJQA 2ER9E 4Y3AA 4ACUA 3HVPA 2O4NA 5P71A 5P8OA 4Y38A 4MC1A 5P2YA 2G24A 1PPME 1B6MA 5P0AA 2QNPA 5OZRA 1MUIA 5P48A 1LYBA 4XX4A 1MT7A 4HDFA 5P8SA 1SGUA 5OZPA 2PC0A 3T6IA 3TH9A 4Z50A 2QI1A 3VUCA 5P13A 5P36A 1N49A 5P6MA 3SA6A 4PYVA 1BXOA 2QCIA 1B6JA 4OBHA 5P2MA 2QZWA 3PMYA 2ZJHA 5IE1A 1AAQA 1EBZA 1IZDA 2R5PA 3BXRA 3PHVA 5P0YA 1NPAA 3PWRA 4RLDA 2VIEA 2R8NA 5IVRA 1B6PA 5P43A 3PLDA 5P68A 5P57A 3M9FA 2QI7A 4PEPA 5AH7A 3ZKXA 2AZBA 3UDKA 3O9EA 3EKPA 3Q3TA 4DJXA 5P3MA 4GJ9A 5P3EA 4Y5EA 4GB2A 3OUDA 5OZ4A 1A30A 4A6BA 5P1AA 3KMXA 4RROA 2Q55A 3VYFA 5OZ6A 4AA8A 3EM6A 5P0BA 1ZLFA 4KUPA 2BKSA 3R0YA 3LIXA 5P83A 5P8KA 2OAHA 2F3KA 5P3TA 3HDKA 5OZNA 2O4LA 1TCXA 2EWYA 5OZHA 1T6EX 3VLBA 4OBGA 5P0NA 4CPUA 1SDTA 3SO9A 4Y4EA 2HB4A 3OU4A 3OQAA 3BC4A 3CIDA 5AHBA 5P0XA 3TKGA 1QS8A 5P7ZA 5P0TA 5P6YA 3KF0A 3S43A 4U7QA 4TRWA 5P1MA 5P27A 5F01A 3OXWA 3BGCA 3VG1A 2AOFA 1DAZC 2QMFA 2Q3KA 4Y5CA 3IXJA 4GIDA 4LBTA 3TLHA 5P7VA 4R93A 3MWSA 5P4PA 5P8IA 3UDHA 2ANLA 4AZYA 5P7PA 4OBFA 4NJTA 2BPYA 1UPJA 5P0IA 5P6HA 3RSVA 5OZEA 1E81E 3INHA 4I0ZA 5P8EA 1T7IA 4DH6A 1SIVA 1YTHA 2BPVA 5P3LA 4MC6A 5HDXA 1MT8A 1QRPE 1W50A 1MTBA 3JVWA 5P7DA 4I0GA 5P11A 1APUE 3G6ZA 5P4FA 5P0CA 3VF5A 1TZSA 5OZBA 3Q5HA 5OZAA 1J71A 2WKZA 1IZIA 4MC9A 1PROA 4L7HA 3CKTA 3HLOA 4K4PA 4J1FA 3QP0A 1HTGA 4K4QA 2P83A 3ZPUA 4RZ1A 5P7IA 4WY1A 4YD7A 3PCWA 4OBZA 4D85A 1GVTA 3FKTA 2JXRA 1IVQA 1EPOE 1LF4A 5P3WA 2ER7E 5P65A 1HIVA 5P67A 5ISKA 2PYMA 2Z54A 5P64A 5P3AA 4MC2A 4I1CA 2J9JA 4GJ5A 1APVE 1RNEA 5HCTA 1G0VA 2QD7A 5OZFA 3D3TA 1D4LA 3B7VA 5DQ4A 4L7GA 5P69A 2I1AA 3RSXA 1HPVA 3T11A 2PWCA 2HS1A 4OBDA 3DOXA 1HOSA 5OYSA 3QRVA 4Y4WA 2PWRA 3N3IA 5P88A 2OHSA 1CMSA 2PK5A 4NJUA 1AJVA 2FNTA 1K6TA 4EYRA 1EPRE 1SGZA 5P14A 2V12C 2Q15A 3KM4A 4DPIA 3NU3A 3LINA 3IVHA 2IKUA 5UPJA 3L5EA 5OZIA 5P7LA 4EJKA 5COKA 5P7TA 3PB5A 3G70A 4Y3YA 5P7UA 3D1YA 2XFJA 2IENA 3PSGA 5BRYA 1BILA 2FXDA 4CPSA 1FLHA 5KQXA 4Y50A 1HIHA 4GJ8A 4CPQA 3VYDA 5SY2A 5OZXA 1A8GA 2FXEA 3VLAA 5IVSA 5P51A 3WZ6A 4DJPA 1VIKA 5P3KA 3S53A 1HWRA 2O4PA 1MEUA 4DFGA 5P1QA 5P3DA 1F7AA 5AHAA 4IVTA 2PSUA 5P3XA 3CKPA 1APTE 2ASIA 3IA9A 3ER3E 5P2AA 3PVKA 1EBWA 4Y45A 2QU2A 5P5QA 1FQXA 3IN4A 5P7YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3F A;  2QI0 A;  5P1O A;  2IS0 A;  5KR8 A;  4Y4J A;  6UPJ A;  2HIZ A;  4UPJ A;  3OXX A;  2JYS A;  5P8D A;  2I4W A;  3PLL A;  4Y47 A;  3RU1 A;  3UFN A;  4LXA A;  2B8L A;  1W5W A;  3OGP A;  4Y5K A;  3D91 A;  1BDQ A;  3O9D A;  4PHV A;  4YCT A;  3SQF A;  1YX9 A;  2SAM A;  1UH7 A;  2QI5 A;  3QIH A;  3OAG A;  2FGU A;  4A4Q A;  4OD9 A;  4BEL A;  4Y3S A;  2OHU A;  4I0F A;  5P5Y A;  5P84 A;  4BFB A;  1RQ9 A;  5P1S A;  2BJU A;  3SA9 A;  3INF A;  2G27 A;  5P8R A;  1IDB A;  5P77 A;  3KT5 A;  3EKV A;  3VV8 A;  5HCO A;  4F74 A;  2VIZ A;  4Y3R A;  1DP5 A;  1XL5 A;  3BUH A;  2F8G A;  4H3I A;  5P5Z A;  5P7S A;  3SAC A;  5HE5 A;  3VYE A;  4Y6M A;  4NKK A;  5P6A A;  2Q63 A;  2B60 A;  3OK9 A;  5P5R A;  5DPZ A;  5P3Z A;  2AZ8 A;  4YD6 A;  3PCZ A;  4RRS A;  2ZGA A;  5OZU A;  3DV1 A;  3SKF A;  3OGQ A;  3OTS A;  4KE0 A;  4PZW A;  4QJ8 A;  1B6L A;  1PFZ A;  3LZY A;  4CMS A;  1UH8 A;  2QU3 A;  4JPC A;  5P32 A;  5P4K A;  5P1K A;  4TRZ A;  1QBR A;  1EPL E;  3UQP A;  2CEJ A;  4DQH A;  3DV5 A;  5P72 A;  3O9L A;  2IRZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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