3INHA

Bace1 with the aminohydantoin compound r-58
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
389
structure length
366
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 366
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3inhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3inhA02
3SABA 2RKFA 5P1XA 1W5WA 5P2QA 1T6GA 3T6IA 3N3IA 4OBFA 2P3BB 4EQJA 5P7QA 1EBKC 2ZJLA 4PEPA 3O9GA 5P7PA 2ER7E 3INEA 3MSLA 3QN8A 3VV7A 4CP7A 4NKKA 5P6AA 1QBRA 5P7IA 5P6WA 3EM4A 1EC3A 1HEFE 4Y5CA 5P3CA 5KQFA 3SA9A 5P0HA 2QU3A 4Y5KA 5DR4A 3UF3A 1T6EX 5B18A 5HE7A 3GGXA 5OZ7A 5P7VA 5DGWA 1IVPA 2QHCA 5P1CA 1DW6C 4Y54A 5OZZA 1UPJA 2BJUA 3O9EA 3OU3A 5P1PA 2WF3A 5P1IA 4D85A 1GNNA 1HPXA 1ZJ7A 3O9HA 5P5JA 2HPEA 2P83A 3UFLA 1NPWA 1HVKA 5P6YA 2AZCA 2PSGA 5P8IA 4Y3JA 5P4UA 4EP2A 1VIJA 4KE0A 1ODXA 5OYTA 3TPJA 2VIYA 3O9AA 5KR8A 4FRIA 4FIVA 1BV9A 3SA4A 4Y3HA 1ODWA 5P4LA 2QI3A 5P0PA 5P5RA 1BWAA 3UPJA 5KR1A 2AOEA 5P56A 1WBMA 2WEBA 3MXEA 5HDUA 4YCYA 5ISKA 2Q15A 5P70A 5P3XA 1FQ8A 2R3WA 1KJFA 5P2JA 3PWMA 5P8QA 1E82E 3WB5A 3HDKA 4LBTA 1C6ZA 3ER3E 3UDHA 5IE1A 2G1SA 5KR0A 4J0YA 5P74A 4ER1E 5AH8A 1KJ4A 2QCIA 5P5BA 4I0JA 2VIZA 1D4LA 5P51A 4B77A 5P0IA 2FIVA 3ZOVA 3RSVA 3Q3TA 5P4BA 4I12A 3PSYA 4Y3SA 2ZJHA 5P2RA 4J0PA 4J5JA 5P8EA 3S7MA 4RVJA 4Y3GA 3DOXA 1MRXA 4Y3DA 5OZSA 4Y5LA 3C9XA 3BRAA 4Y41A 5P0EA 5P5MA 4LP9A 5OZ8A 1LS5A 5ISJA 4XX4A 3UQUA 3CKTA 1W51A 1CMSA 4CPWA 3O99A 3IGBA 4Y3XA 1HIVA 5P58A 4HE9A 5P3NA 5P0GA 5P86A 4WY6A 2UPJA 3DK1A 2QI4A 4YBFA 1UH8A 4AUCA 1HPSA 5P12A 5P5FA 4GJBA 5P5KA 3QI1A 2BQVA 4Y4GA 5P6KA 4R8YA 2Q55A 2EWYA 5KQYA 5P8RA 3TH9A 4J55A 5P40A 5P2WA 5DR7A 1GNMA 1FGCC 4Y44A 4GJ9A 4Q1XA 3UQRA 5OZBA 3GGAA 1TCXA 4JOOA 1EPOE 1ZLFA 4QJAA 2AOFA 4Q1WA 2XYEA 4WY1A 5P62A 2B7FA 1IDBA 5P61A 5P1QA 4Y9WA 3PGIA 5P4PA 3PMUA 1FQ4A 5P8KA 2QMDA 1KJGA 3OOTA 5P7FA 1PFZA 5OYZA 1HTRB 4Y3ZA 3EKPA 2WF4A 5P1OA 3VFBA 2WL0A 5P3UA 2HC0A 3NUOA 3KFPA 5P3MA 1NPAA 4YCTA 3AIDA 1K6PA 4NPUA 5P48A 4ZSRA 2AZBA 4KB9A 1LV1A 4YE3A 4XKXA 3PWWA 5OZPA 2ZJNA 3WZ6A 3UDNA 4F76A 2VJ7A 3VYEA 4CMSA 2QHYA 1DIFA 3O9LA 4J1FA 5IVQA 3RU1A 2FS4A 1YM4A 3CICA 5P6IA 4Z4XA 3K5FA 2NMYA 5P4VA 5P77A 1TZSA 5P8JA 5P7LA 2QAKA 5P5HA 1A9MA 1B5FB 4DQHA 1BDLA 4CPSA 3L5DA 2BPWA 5P0ZA 4MC6A 3GW5A 5P0JA 1EBZA 7HVPA 2ER0E 4Y5NA 5P6VA 5I3WA 2BPVA 4AA9A 4EJDA 4PZWA 4UPJA 1GNOA 3PBDA 4ZLSA 5OZYA 4YD3A 4K4PA 3JW2A 3O9DA 3LPIA 4PHVA 2ZJIA 5P4EA 5P7SA 2AVQA 5P35A 3SKGA 1FQXA 4IVTA 1D4YA 3S56A 4DPFA 1MUIA 3KDDA 5P1VA 5P4SA 5P7HA 1BBSA 2CENA 2HAHA 4M8YA 4DUSA 1PPLE 3LIYA 2ZJJA 3IN4A 3MWSA 4DH6A 4ZIPA 3OU1B 4Y4UA 4OC6B 3VLAA 3KFSA 5P73A 2UY0A 3OUDA 5P2HA 1RV7A 2I0AA 5P15A 3BVAA 3EL1A 3IXKA 3O9CA 4HDFA 3L59A 2I4DA 5P5IA 5P1LA 1SDUA 2FDDA 2RSPA 3HLOA 1EBYA 5P7AA 4TRYA 4DJQA 5DQCA 4X2LA 4F75A 5P2TA 2MIPA 3H0BA 3B7VA 5P3FA 1LYWA 1YTGA 3DCRA 1APVE 1ZPAA 3KFNA 5P6EA 2NXMA 4Y3FA 5ER2E 4K4QA 1QRPE 5ENKA 4U7VA 3PBZA 3INDA 1Z1RA 1FFIC 5P07A 1K6VA 5P2SA 4D8CA 5P1KA 4JP9A 2R9BA 5OZ9A 5P3GA 5P4KA 3TNEA 3KMYA 5DPZA 2V13A 1MESA 2VJ9A 4U8WA 5P7MA 4DFGA 2NR6A 1LF3A 2I4UA 1ENTE 4L1AA 3D1YA 5P0CA 2WF0A 5P4CA 1B6MA 5T4SA 5P1WA 2QMPA 2WKZA 4CPTA 2I4XA 3U6AA 4FAEA 3EL5A 3ZKIA 1MIQA 2O4KA 1IIQA 2QI6A 3PHVA 2AOCA 5P89A 4LHHA 5P5YA 2VIEA 1TSUA 5OZVA 4F74A 3BGBA 3UFNA 5P3IA 9HVPA 5OZ6A 1EPPE 4I8ZA 5I70A 5AH6A 3NU9A 1D4HA 1FMXA 4ZSPA 2B8LA 4Y37A 1LZQA 3KDBA 5P45A 3OQAA 2R38A 5P50A 1W5YA 5P1MA 2XYFA 5DQ2A 2F8GA 2G27A 2BKTA 1AZ5A 1XN2A 3VF5A 1FG6C 3QIHA 2ER6E 2XFKA 4YDGA 4OBJA 5P47A 3UCBA 5P1EA 5BWYA 5P81A 3FV3A 4DQCA 1ZBGA 4J1KA 1TW7A 3GI4A 5P53A 5IVRA 5HDZA 1KJ7A 3LZUA 3BUFA 2WF1A 4D89A 3SKFA 3TPPA 5F01A 1EPLE 2NNKA 3OWNA 4J0TA 4OBZA 4DI2A 1PPKE 1G6LA 2G26A 2O4NA 5P5TA 3SAAA 1MVPA 5P6OA 4J0ZA 5P8PA 3TKWA 3BXRA 4FM8A 4R91A 3BUHA 2ZDZA 2ZHRA 4Y50A 5DR3A 1PSAA 2PSVA 3QRSA 5DR0A 4I11A 1EPME 1GVTA 2BBBA 3OQ7A 5P2DA 2R8NA 2H6SA 5P8CA 4Y3RA 5OZ2A 5HD0A 5OZTA 3CYXA 5P3AA 4GJ5A 2QNNA 2ZHVA 3Q5HA 5P3WA 4DV9A 2NPHA 3FNUA 1BAIA 3SFCA 1IZEA 3LPJA 4RVIA 1HTGA 5P5WA 2O4SA 1MSMA 4Y3MA 1GVWA 5P0MA 3NUJA 2UXZA 1UH7A 3BHEA 4B72A 4OBKA 5P2BA 3S45A 4YD5A 2O40A 4QJ9A 2JXRA 2PC0A 1HWRA 5P11A 4DQBA 1NPVA 5P33A 1EPQE 3MXDA 1FFFC 3OQDA 3LZYA 3G6ZA 3UHLA 5P87A 2VNNA 5P2AA 1HTFA 4MC2A 5P0DA 1NSOA 5AHAA 5OZMA 5P25A 2QD7A 2FGVA 5AHBA 1YTIA 3VYDA 2V10C 5P2XA 5P1ZA 1GVUA 5COPA 3EKQA 5P4OA 1T7JA 3TLHA 3FSMA 1J71A 4Y3EA 3TPLA 2VNMA 1XE5A 3HZCA 3APRE 1BVEA 5JFPA 1APTE 4FM7A 5P46A 1PROA 4EHCA 3DUYA 2BPZA 4J1IA 4RROA 5P0AA 1A8GA 3S43B 3EM6A 4APRE 3CKPA 2P3BA 5P2EA 4EXGA 3TL9A 4EQ0A 5EZZA 2QZLA 5OZWA 5P6PA 1BV7A 3IVIA 5C9BA 3UDQA 1HRNA 5P0BA 4FS4A 5P7YA 3BGCA 1YTJA 3S54A 1APUE 3DJKA 3K5DA 1OHRA 1XL2A 4I0ZA 5P0UA 5P6HA 1A30A 1ME6A 4TVHA 4QJ2A 2ZHUA 4AA8A 4CPQA 1LF4A 2NTRA 5UPJA 1AXAA 3KFRA 5P23A 5P6JA 5P88A 5KOQA 3U71A 1C6XA 3EXOA 5P6UA 4H3GA 4I0FA 2J9JB 1QS8A 1A8KA 3CIDA 1K2BA 5BS4A 3EM3A 1T3RA 2SAMA 3OAGA 4Y4WA 5P7NA 3K1WA 2PH6A 3K4VC 3OK9A 5OYXA 4GIDA 3PM4A 1QBSA 1FMUA 4FRSA 5P7WA 3HBOA 2PYNA 5P55A 3EKXA 3EL0A 3G72A 1ZTZA 5P7JA 3VV8A 3OXCA 5P4AA 1JLDA 3SA3A 4ACXA 4QLHA 3NU5A 4J1HA 4ZE6A 3O9BA 3LNKA 5IS4A 3DV5A 3EKTA 5P24A 3ZKGA 1RQ9A 5AGZA 3ZKQA 4DJVA 1GVXA 4EJLA 2JE4A 1SIVA 2BPYA 5P8HA 5P5GA 1C70A 1K6CA 4Q5MA 1D4JA 4FL8A 3WZ7A 3WSJA 4DJXA 3NYGA 5P3TA 3KYRA 3GI6A 2IGYA 5P19A 6UPJA 4YD7A 5P01A 3HVPA 2QMGA 3PLLA 5P80A 3VG1A 4EP3A 4Y3YA 5P8DA 5P7DA 5P1NA 5P57A 4Q1YA 4Y38A 4B1EA 5P0RA 5OYRA 5PEPA 3NDUA 2VKMA 3VSXA 4GZFA 2HB2A 3OHFA 5DQ4A 1MSNA 2Z54A 4I10A 5SXNA 2VJ6A 4QJ8A 2PWCA 1ZSRA 3ZMGA 5P6QA 4B05A 5P03A 5P3HA 3KA2A 5P42A 4ZPEA 1W5VA 4Y57A 5OZOA 5P7EA 3BUGA 5AHCA 5P1JA 4PPHA 3URJA 5P7BA 2V11C 2WECA 5OZ4A 2J9KA 3IXOA 3ZPTA 3L5BA 3PJ6A 2OHTA 5P20A 5P2OA 1SDVA 1MTBA 1HSIA 5P0QA 2G22A 4HEGA 2V00A 4B70A 2AOJA 5OZHA 5P1AA 3EL4A 2O4PA 5P2YA 5P5QA 3VV6A 3ZPSA 3HD8A 3D3TA 3VFAA 5P1GA 4JPCA 2BPXA 3D20A 4B00A 2OHMA 3PMYA 2XFIA 5OZXA 5I3YA 2F80A 2H6TA 4E43A 4J1EA 5OZIA 5P65A 3UQXA 5P8SA 5P1TA 4Y3WA 1MPPA 2AZ8A 2QMFA 1MRWA 2ZHTA 4AZYA 2NNPA 5SZ9A 1BILA 3U7SA 5KAOA 4X7IA 3H5BA 4CPXA 5P7XA 5P0LA 5P34A 4Y3TA 4FSLA 3PRSA 1ER8E 1FG8C 3OUCA 4RGHA 4TRZA 1HVRA 1CZIE 5P6SA 1GKTA 1LYAA 1ZSFA 3TOHA 4Y43A 4DJYA 1BDRA 1FLHA 5P16A 1TCWA 5P72A 5IVTA 1EC0A 3O9LB 3Q70A 2OHNA 4AMTA 5OZJA 5P02A 4DQEA 5P66A 2IKOA 3LPKA 4RYGA 4A6CA 4LAPA 1U8GA 5P38A 5IVSA 5OZUA 2B60A 5OZ1A 2ZJKA 2A4FA 4B0QA 3S85A 2I4VA 1ZPKA 3KT5A 4L7JA 3EC0A 3R2FA 5P3LA 4RVXA 2XFJA 5TOLA 3R1GB 3EKYA 2G21A 4TVGA 3EKWA 3IVHA 5P5SA 5P85A 5E5JA 2G1RA 2G1OA 4LL3A 4BELA 2F3FA 5P4JA 5P4IA 3RTNA 3ZLQA 3VEUA 1MT9A 5AH7A 5P4MA 2Q3KA 3QROA 4APEA 2CEMA 3T7QA 3UQPA 4Y3PA 3LZVA 4R95A 3PCWA 1RPIA 5OZQA 3ZL7A 4OC6A 3HAUA 3TOGA 3TPRA 1K2CA 5P6XA 3PSGA 5P5NA 5DQ1A 4YBIA 3NXNA 2VIJA 5P64A 5KQZA 4I8WA 5P79A 3EMYA 4I0GA 2P8HA 1LYBA 5DR1A 2V0ZC 1E80E 2G94A 5P5VA 4TRWA 5HDXA 2OHQA 3OU4B 5P08A 4FM6A 3VUCA 1FQ7A 3KT2A 4BFBA 2AVMA 3INFA 4Y5EA 2OHKA 1LYWB 3S53A 3NLSA 4FGXA 2ZHSA 5P0VA 5P4ZA 5P29A 2AZ9A 3G70A 5SY3A 3OUAA 2HIZA 4FLGA 3NWQA 3TKGA 4K4RA 4XX3A 3SM2A 3MSKA 3QRVA 5P4XA 5OYSA 4B1CA 2Z4OA 2HM1A 1NH0A 5P4RA 3R4BA 5P05A 5P6GA 1B6PA 4Y39A 5P3PA 4HLAA 2F3KA 3EL9A 4JPEA 1SGZA 3JVWA 1OEWA 5CONA 2IL2A 4L1AB 3S8IA 5OYVA 5P7ZA 3VLBA 4Y48A 5DR8A 5P4GA 1F7AA 5HU0A 3TOFA 4Y3QA 4ZSQA 4YOBA 5I3VA 4Y4EA 5P2FA 3T3CA 1MTRA 4H3IA 1DMPA 2RMPA 3UDMA 4NPTA 5P7UA 2IQGA 5OZLA 5P0OA 5HDVA 1APWE 3SQFA 5P5PA 2IEOA 5P30A 5P8UA 5COOA 2F81A 5ER1E 5P36A 4IVSA 4ZPGA 3QBFA 4RRNA 4K9HA 5P52A 2FDEA 3LIVA 1EEDP 3OQFA 3PB5A 3NSHA 5P7CA 1IZIA 1K6TA 4HDBA 4ZSMA 2FXEA 5HCOA 3Q6YA 5P83A 1TQFA 5P3YA 1FQ5A 5OYUA 1Z8CA 1GVVA 5P60A 4FRJA 3PSUA 1ODYA 4YDFA 4Y5GA 1F34A 5P7KA 1EBWA 5P67A 2P4JA 1YT9A 4Y5MA 2IRZA 5P18A 3UDKA 5OZGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAB A;  2RKF A;  5P1X A;  1W5W A;  5P2Q A;  1T6G A;  3T6I A;  3N3I A;  4OBF A;  2P3B B;  4EQJ A;  5P7Q A;  1EBK C;  2ZJL A;  4PEP A;  3O9G A;  5P7P A;  2ER7 E;  3INE A;  3MSL A;  3QN8 A;  3VV7 A;  4CP7 A;  4NKK A;  5P6A A;  1QBR A;  5P7I A;  5P6W A;  3EM4 A;  1EC3 A;  1HEF E;  4Y5C A;  5P3C A;  5KQF A;  3SA9 A;  5P0H A;  2QU3 A;  4Y5K A;  5DR4 A;  3UF3 A;  1T6E X;  5B18 A;  5HE7 A;  3GGX A;  5OZ7 A;  5P7V A;  5DGW A;  1IVP A;  2QHC A;  5P1C A;  1DW6 C;  4Y54 A;  5OZZ A;  1UPJ A;  2BJU A;  3O9E A;  3OU3 A;  5P1P A;  2WF3 A;  5P1I A;  4D85 A;  1GNN A;  1HPX A;  1ZJ7 A;  3O9H A;  5P5J A;  2HPE A;  2P83 A;  3UFL A;  1NPW A;  1HVK A;  5P6Y A;  2AZC A;  2PSG A;  5P8I A;  4Y3J A;  5P4U A;  4EP2 A;  1VIJ A;  4KE0 A;  1ODX A;  5OYT A;  3TPJ A;  2VIY A;  3O9A A;  5KR8 A;  4FRI A;  4FIV A;  1BV9 A;  3SA4 A;  4Y3H A;  1ODW A;  5P4L A;  2QI3 A;  5P0P A;  5P5R A;  1BWA A;  3UPJ A;  5KR1 A;  2AOE A;  5P56 A;  1WBM A;  2WEB A;  3MXE A;  5HDU A;  4YCY A;  5ISK A;  2Q15 A;  5P70 A;  5P3X A;  1FQ8 A;  2R3W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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